Les cultivateurs de fraises profitent déjà de la base de données sur les aphidiens

Pour chaque insecte ravageur pouvant s'attaquer aux cultures ou les détruire, il peut en exister des centaines d'autres qui sont pratiquement en tout point semblables. La capacité de les distinguer rapidement et avec précision est un enjeu pouvant représenter des millions de dollars.

Piège à succion pour aphidiens
(Référence photographique : AAC)

Selon Robert Foottit, chercheur scientifique à Agriculture et Agroalimentaire Canada (AAC), la rapidité et la précision des méthodes d'identification sont le nerf de la guerre. « Identifier une espèce particulière d'insectes à partir d'un simple examen morphologique, même sous un microscope, exige des compétences et beaucoup de temps, parfois des journées, voire des semaines. »

« Il faut parfois une semaine et même davantage pour établir si l'insecte trouvé dans un champ est un véritable ravageur, mais il peut alors être trop tard pour sauver la récolte. En l'absence de données, le cultivateur investira parfois des milliers de dollars pour se débarrasser d'un insecte qui est en fait inoffensif. »

La génomique offre rapidité et précision

La façon la plus rapide et la plus sûre d'identifier une espèce d'insectes reste son génome. Or, un important projet de recherche financé par l'Initiative de R-D en génomique (IRDG) du gouvernement du Canada vise justement à accroître la capacité du Canada de procéder à des identifications rapides et précises.

« L'IRDG, par le truchement du projet sur les espèces envahissantes et justiciables de quarantaine (EEQ), permet à plusieurs ministères et organismes fédéraux d'unir leurs efforts pour construire une base renfermant les séquences d'ADN de dizaines de milliers d'organismes connus, dit M. Foottit. Avec cet outil, il suffit d'extraire et de séquencer l'ADN de l'organisme qu'on souhaite identifier, ce qui peut être fait en quelques heures, et de le comparer à la base de données pour voir s'il existe des correspondances. »

Bâtir une base de données valide sur les aphidiens

Si on utilise des méthodes conventionnelles, la différenciation et l’identification des espèces d’aphidiens prises dans les pièges peuvent constituer une entreprise laborieuse.
(Référence photographique : AAC)

L'une des tâches de Robert Foottit dans le cadre du projet de l'IRDG est de mettre sur pied une base de données valide sur les aphidiens (ou pucerons). « Il existe quelque 1 400 espèces d'aphidiens en Amérique du Nord seulement, explique le chercheur. Certains sont très ravageurs alors que d'autres sont plutôt inoffensifs. La plupart d'entre eux se ressemblent et, à moins de procéder à une analyse moléculaire, ils sont parfois très difficiles à différencier. »

Durant le projet, M. Foottit a mis au jour un autre problème. « On a déjà procédé au séquençage d'un grand nombre d'espèces d'aphidiens au cours des dix dernières années, mais la génomique a beaucoup évolué depuis, explique-t-il. Nous travaillons à combler les lacunes des bases de données existantes, mais nous cherchons également à corriger les erreurs d'identification dans des séquençages plus anciens. »

Pour compléter la base de données sur les aphidiens, M. Foottit recourt aux méthodes les plus performantes pour extraire et séquencer l'ADN des spécimens. Il applique ainsi des protocoles éprouvés et qui ont fait l'objet d'une validation approfondie dans le cadre du projet sur les espèces envahissantes et justiciables de quarantaine de l'IRDG.

Les aphidiens et les fraises

À la station de recherche d'AAC à Kentville, en Nouvelle-Écosse, la chercheuse Debra Moreau met déjà en application les résultats des travaux menés par M. Foottit au profit des cultivateurs de fraises.

« Il existe un complexe viral, combinaison de deux virus, qui s'attaque aux fraisiers et cause de graves dommages ici en Nouvelle-Écosse, explique Mme Moreau. Il n'existe aucun traitement simple pour remédier à la situation; la méthode la plus efficace pour éradiquer le problème consiste à arracher tous les fraisiers et à en planter de nouveaux. »

La chercheuse pense toutefois qu'il serait possible et plus avantageux de freiner la propagation du virus. C'est là qu'entrent en jeu les pucerons. « Les virus sont propagés par des pucerons, dont de nombreuses espèces colonisent les fraisiers, dit-elle. Toutefois, seulement certaines espèces propagent les deux virus. Si la présence de ces espèces dans un champ peut être détectée suffisamment rapidement – nous ne disposons que d'une fenêtre de trois ou quatre semaines avant qu'ils ne puissent voler et infester d'autres champs –, il est possible de prendre des mesures de lutte appropriées. »

Faciliter une réponse plus rapide et plus efficace

Debra Moreau et ses collègues de Kentville posent des pièges pour collecter des pucerons dans les champs de fraises. « Avec les méthodes conventionnelles, il faudrait des semaines pour identifier toutes les espèces collectées, précise-t-elle. À l'aide des méthodes de séquençage génomique et de la base de données, M. Foottit peut nous dire rapidement de quelle espèce il s'agit et nous pouvons alors établir s'ils peuvent être porteurs des virus et établir un plan d'action approprié. »

Les travaux de Robert Foottit et la façon dont ils sont utilisés par l'équipe de Debra Moreau retiennent beaucoup l'attention. « Le virus est une plaie pour les producteurs de fraises dans tout l'Est du Canada, explique Mme Moreau. Devant les nombreuses demandes que M. Foottit et moi-même avons reçues de chercheurs de l'Ontario, du Québec et des autres provinces maritimes, nous avons décidé de mettre sur pied un réseau pour coordonner les futures recherches. »

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