Un test reposant sur l’ADN contribue à protéger les forêts canadiennes

L’encre des chênes rouges (ECR) n’est pas une grave menace au Canada et nous aimerions qu’elle ne le devienne pas.

Malgré son nom, cette maladie causée par un champignon pathogène appelé Phytophthora ramorum infecte et détruit bien plus que le chêne rouge, du majestueux douglas de Menzies aux rhododendrons qui ornementent nos jardins aux quatre coins du Canada.

Depuis le milieu des années 1990, l’ECR a détruit plus d’un million d’arbres le long de la côte méridionale et centrale de la Californie, estime-t-on. La maladie s’est ensuite propagée vers le nord, remontant la Californie jusqu’à l’OregonNote de bas de page 1. Elle décime aussi une multitude d’arbres dans certaines régions du Royaume-UniNote de bas de page 2 et on l’a identifiée dans plusieurs pays d’Europe.

Mieux vaut prévenir que guérir

Maîtriser cette maladie dans la nature s’avère presque impossible. C’est pourquoi le Canada, à l’instar de plusieurs autres nations, met l’accent sur un dépistage précoce et sur la prévention. Les plantes et les dérivés du bois issus des régions où sévit la maladie sont prohibés au pays, à moins qu’un certificat spécial attestant qu’ils en sont exempts les accompagne. Des restrictions semblables s’appliquent à des dizaines d’espèces végétales susceptibles d’abriter l’agent pathogène.

En plus des contrôles de routine à la frontière, les inspecteurs de l’Agence canadienne d’inspection des aliments (ACIA) visitent les pépinières et les centres de jardinage pour s’assurer que l’ECR n’y est pas présente. Les plantes pouvant avoir été infectées quelque temps avant que les symptômes n’apparaissent, ils prélèvent des échantillons de feuilles et de sol pour s’assurer qu’il n’y a pas eu contamination.

« Malheureusement, déclare le chercheur Richard Hamelin, du Service canadien des forêts, il faut parfois attendre un mois avant d’obtenir des résultats avec les méthodes de dépistage classiques et personne ne souhaite mettre un centre de jardinage en quarantaine aussi longtemps. De plus, ces méthodes entraînent beaucoup de résultats 'faussement négatifs', ce qui accroît les risques de voir le champignon se propager. »

Des forêts et une économie mieux protégées

De plus en plus de pays limitant les importations de bois et de matériel végétal des pays où sévit la maladie, l’ECR pose une double menace pour le Canada. La destruction éventuelle des forêts de feuillus mise à part, notre pays exporte chaque année pour environ 5,5 milliards de bois d’œuvreNote de bas de page 3, tandis que notre industrie horticole, de plusieurs milliards de dollars, exporte annuellement des plantes ornementales qui représentent un marché de plusieurs centaines de millionsNote de bas de page 4. La maladie constitue donc un sérieux risque pour l’économie.

Aujourd’hui, le Canada et d’autres pays disposent néanmoins d’une nouvelle ligne de défense contre le parasite responsable de l’ECR. Une équipe de chercheurs dirigée par M. Hamelin a en effet mis au point un test de dépistage, reposant sur l’ADN, beaucoup plus sensible pour détecter la maladie. Les résultats peuvent être obtenus en aussi peu que 24 heures.

« Nous avons identifié des fragments d’ADN qui n’appartiennent qu’à l’agent pathogène, explique le chercheur. Pour effectuer le test, on prélève, par exemple, un petit bout des feuilles d’une plante et on en extrait tout l’ADN. L’échantillon renfermera toute sorte d’ADN – celui de la plante, celui des microbes et des bactéries présents dans son environnement et, évidemment, celui du champignon pathogène, s’il est là. Ensuite, nous partons à la pêche avec une sonde qui reconnaît l’ADN particulier de l’agent pathogène. S’il est présent, la sonde réagit et on sait que la plante est infectée par l’ECR. »

Les États-Unis adoptent la technique canadienne

L’ACIA utilise le test mis au point par M. Hamelin et ses collègues au Canada depuis 2006 et il fait désormais partie des tests normalisés que le ministère de l’Agriculture des États-Unis emploie pour dépister l’ECR. D’autres agences, notamment au R.-U. et en France, envisagent leur emboîter le pas.

Au Laboratoire des végétaux de l’ACIA, à Ottawa, la directrice Linda DeVerno souligne que les É.-U. adoptent rarement des tests de dépistage canadiens pour les agents pathogènes. « La plupart du temps, c’est l’inverse qui se produit, dit-elle. Donc, c’est un peu un exploit pour le Canada. Cela revêt aussi une grande importance pour nos exportations. S’ils utilisent le même test, les É.-U. accepteront plus facilement nos certificats attestant que les produits sont exempts de la maladie sans les remettre en question. »

Un soutien financier capital

Les travaux de M. Hamelin ont été financés grâce à l’Initiative de recherche et développement en génomique (IRDG) du gouvernement canadien. « Les fonds de l’IRDG nous ont été indispensables. Nous n’aurions pu mener les recherches à bien sans eux, avoue-t-il. Le succès des projets comme le nôtre prouve l’utilité d’investir dans la recherche en génomique, mais l’investissement est de taille et nous n’aurions pu nous lancer dans une telle entreprise avec notre budget de base. »

Grâce aux réalisations du projet initial, M. Hamelin et son équipe ont obtenu des fonds supplémentaires de l’IRDG et de divers organismes comme Génome Canada, Genome BC, l’ACIA et Forest Products International, ce qui leur permettra de développer des tests génétiques similaires pour identifier rapidement et avec précision d’autres agents pathogènes qui s’attaquent aux arbres.

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