Reconnaissance de la contribution des chercheurs canadiens aux efforts mondiaux déployés pour freiner la propagation de la gonorrhée

Les responsables de la santé publique du monde entier sonnent l'alarme : l'incidence de la gonorrhée a augmenté de façon dramatique. Cette maladie, transmise sexuellement, plombe lourdement les services de santé et, quand elle n'est pas soignée, peut donner lieu à de graves séquelles, permanentes, autant chez l'homme que chez la femme.

Depuis vingt ans, le nombre de cas de gonorrhée signalés au Canada n'a cessé d'augmenter. Ainsi, près de six mille cas ont été rapportés rien qu'en Ontario, en 2015. À dire vrai, ce nombre pourrait même être plus élevé, car les symptômes de la maladie sont parfois bénins, sinon inexistants. On estime que la gonorrhée fait près de 80 millions de nouvelles victimes chaque année dans le monde.

Hausse de la résistance aux antibiotiques

Alors qu'on la considérait comme un simple tracas autrefois, tracas qu'une dose de pénicilline suffisait à faire oublier, la gonorrhée se range désormais parmi les préoccupations majeures en santé publique. Comme la biologiste de l'Agence de la santé publique du Canada (ASPC) Irène Martin l'explique, soigner cette infection n'est plus aussi facile que cela l'a déjà été.

« De plus en plus de souches de Neisseria gonorrhoeae, la bactérie à l'origine du mal, résistent aux antibiotiques d'usage courant, dit-elle. Pour que ces souches résistantes ne s'implantent pas dans la population, on doit s'assurer que les personnes atteintes reçoivent sans délai le traitement le plus efficace qui soit. »

Jusqu'à tout récemment, établir le traitement idéal était surtout une question d'expérimentation : on cultivait le gonocoque en laboratoire, puis on testait divers antibiotiques pour trouver celui qui fonctionnait le mieux. L'arrivée de la génomique a tout changé.

La génomique a du bon, mais…

Selon Walter Demczuk, biologiste et collègue de Mme Martin, au Laboratoire national de microbiologie de l'ASPC, à Winnipeg, partout sur le globe, des chercheurs étudient le génome de la bactérie, en quête des gènes codant la résistance aux antibiotiques. « Cette méthode permet d'établir l'antibiorésistance beaucoup plus vite et avec une précision supérieure, mais il est difficile d'exploiter l'information recueillie, car les chercheurs appellent le même gène de diverses manières », déplore M. Demczuk. « On pourrait dire qu'ils ne parlent pas la même langue, si bien que l'on progresse, mais lentement. »

Grâce aux fonds de l'Initiative de recherche et développement en génomique (IRDG) et à l'aide de chercheurs des É.-U., du R.-U., d'Australie, de Suède et des Pays-Bas, l'équipe du Laboratoire national de microbiologie a conçu une sorte de « traducteur universel » pour l'antibiorésistance du gonocoque. Le système NG-STAR, abréviation de « Neisseria gonorrhoeae Sequence Typing for Antimicrobial Resistance », établit le sérotype des séquences qui codent la résistance aux antibiotiques chez le gonocoque.

Question de chiffres

Le site Web de NG-STAR. La description détaillée de ce graphique suit.

Le site Web de NG-STAR propose aux chercheurs un outil simple et automatisé avec lequel ils vérifieront la résistance de différentes souches du gonocoque aux antibiotiques.

La description détaillée

Les utilisateurs saisissent leurs types d'allèles dans une requête pour obtenir le profil NG-STAR de leurs isolats.

« Nous avons examiné l'ADN de centaines d'isolats de souches antibiorésistantes, identifiant et cataloguant les gènes qui signalent la résistance à des antibiotiques précis, puis nous avons attribué un numéro à chacun », reprend Mme Martin. « Ensuite, nous avons mis les données à la disposition de tous, de sorte qu'un chercheur situé de l'autre côté de la planète peut parcourir notre site Web et comparer rapidement les séquences d'ADN de la souche qu'il étudie à celles conservées dans la base de données. Si la souche en question présente une concordance avec le gène numéro vingt, par exemple, NG-STAR lui dira que le gonocoque résistera sans doute à tel ou tel antibiotique. »

Petite équipe, grand résultat

Indication de l'importance de cette réalisation, l'Institut Sanger a demandé aux chercheurs de l'ASPC s'il pouvait intégrer NG-STAR à un projet plus ambitieux de séquençage du gonocoque, en cours au siège social de l'institut, à l'Université d'Oxford (R.-U.).

« L'Institut Sanger est l'un des plus grands et des plus influents centres de recherche en génomique au monde », déclare M. Demczuk. « L'organisation est énorme. Qu'elle s'adresse à notre minuscule équipe, de quatre ou cinq personnes, prouve l'utilité de nos efforts. Il y a de quoi être fier! »

« Le résultat est un vrai travail d'équipe. Sans l'aide de certains, comme Gary van Domselaar (chef de la bio-informatique à l'ASPC) ou Sukhdeep Sidhu, à la programmation et au codage, nous n'y serions jamais arrivés », confie M. Demczuk. « Bien sûr, sans l'aide financière de l'IRDG, le projet n'aurait jamais vu le jour. Nous n'aurions pu nous attaquer à un problème de santé publique de plus en plus criant au Canada et ailleurs dans le monde. »

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