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Priorités partagées

Cette partie présente des articles illustrant comment le travail d'équipe accélère l'innovation et en multiplie les bienfaits pour les Canadiens.

  • Une collaboration unique attire des éloges et donne d'excellents résultats

    L'Initiative de R‑D en génomique finance des projets de recherche collaborative qui combinent ressources et compétences pour obtenir des résultats impressionnants. Le projet sur la Salubrité des aliments et de l’eau développe de nouveaux outils basés sur la génomique pour détecter les microbes alimentaires et hydriques en heures plutôt qu'en jours et avec une précision presque parfaite. Un dépistage précoce et précis protège la santé et la sécurité des Canadiens et signifie moins de rappels alimentaires coûteux. Le projet sur les espèces envahissantes et justiciables de quarantaine utilise la génomique contre la menace de ces espèces pour mieux protéger l'environnement du Canada et le commerce de produits agricoles, évalué à plusieurs milliers de dollars.

Projet sur les espèces envahissantes et justiciables de quarantaine (2011-2016)

Le projet sur les espèces envahissantes et justiciables de quarantaine a rassemblé 29 scientifiques et leurs équipes de six ministères/agences et 285 collaborateurs. Il a développé des méthodes plus rapides et précises pour détecter les espèces envahissantes et justiciables de quarantaine, les identifier et remonter à leur origine. Ces espèces sont susceptibles d'engendrer des millions de dollars en pertes économiques et en dommages irréparables à l'environnement. Les protocoles novateurs d'extraction de l'ADN et la vaste base de données de référence sur le code à barres génétique qui découlent de ce projet améliorent les décisions relatives aux règlements et aux politiques pour stabiliser l'accès aux marchés étrangers et alléger le fardeau de la réglementation pour les producteurs.

  • Les progrès en génomique : un monde de possibilités et de défis

    L'une des raisons du succès remporté par l'Initiative de R‑D en génomique est la façon dont elle veille à ce que les chercheurs canadiens disposent des outils voulus pour explorer les capacités quasi infinies de la génomique à bonifier la santé, la sécurité et la prospérité des Canadiens. Le séquençage de nouvelle génération, par exemple, a entraîné une réduction draconienne du coût et du temps qu'il faut pour séquencer l'ADN. Les chercheurs du projet sur les espèces envahissantes et justiciables de quarantaine ont recouru à cette technologie pour identifier les espèces. Ils ont aussi développé des services de bio-informatique sans lesquels on ne pourrait analyser la masse colossale des données génétiques et qui joue un rôle déterminant dans leurs nouvelles méthodes d'identification rapide.

  • Un code à barres d'ADN qui départage l'utile du nuisible

    Grâce au projet sur les espèces envahissantes et justiciables de quarantaine financé par l'Initiative de R‑D en génomique, le Canada est désormais en mesure d'identifier rapidement et sans erreur des milliers d'organismes allant des insectes aux virus des plantes, susceptibles de causer des milliards de dollars en dégâts. Les chercheurs ont extrait l'ADN des spécimens recueillis sur le terrain ou conservés dans les vastes collections des ministères fédéraux afin de constituer une formidable base de données de codes à barres génétiques. Dorénavant, il suffira de prélever l'ADN d'une espèce inconnue et de le comparer à celui gardé dans la base de données pour établir s'il s'agit d'une espèce exotique envahissante ou d'une espèce indigène inoffensive. Cette analyse se fera en l'espace de quelques heures et avec une exactitude presque sans faille, même si les deux espèces semblent identiques au microscope. En plus de concourir à barrer la route du Canada aux ravageurs, cette nouvelle capacité a déjà assuré à des partenaires commerciaux tels que l'Inde et la Malaisie que les pois jaunes et le soja canadiens étaient exempts de ravageurs.

  • Accélérer le rythme de l'innovation dans l'industrie fruitière canadienne

    Par son financement, l'Initiative de R‑D en génomique a permis aux chercheurs de l'Agence canadienne d'inspection des aliments (ACIA) de démontrer comment la génomique accélère l'innovation et en réduit le coût pour l'industrie fruitière au pays, qui représente une valeur de plus de 900 millions de dollars par an. Pour diversifier les fruits qu'ils proposent et en rehausser la qualité, les cultivateurs canadiens importent souvent de nouvelles variétés. Ces plantes sont testées au champ, dans des conditions très rigoureuses, pendant un maximum de trois périodes végétatives, avant qu'on soit autorisé à les cultiver à des fins commerciales. Les chercheurs ont mis au point un test de génomique permettant de dépister les virus des végétaux dans l'échantillon d'une plante ou du sol sur lequel elle pousse. Ce test pourrait ramener le temps requis pour approuver l'exploitation commerciale d'une variété importée à quelques semaines, voire moins, et réduire le coût du processus d'autorisation de jusqu'à 90 pour cent.

  • Du vieil ADN à la base de nouvelles technologies d'identification

    Grâce aux fonds de l'Initiative de R‑D en génomique, les chercheurs de six ministères ont extrait l'ADN de milliers de spécimens d'organismes de toute sorte, amassés sur plusieurs décennies. Cette capacité est essentielle pour exploiter la rapidité et la précision des méthodes de génomique pour identifier les parasites et les agents pathogènes qui laissent planer une menace sur notre santé, sécurité, et économie. En partant de spécimens variés des virus des plantes aux poissons, conservés de diverses manières et parfois vieux de près de deux siècles, les chercheurs ont testé une panoplie de techniques en vue d'établir celle qui produirait l'ADN de la plus grande qualité, peu importe l'origine de l'échantillon. Les ministères fédéraux utilisent désormais ces pratiques ou modes opératoires normalisés. Ces pratiques contribuent à garantir aux partenaires commerciaux du Canada que nos méthodes d'identification sont scientifiquement valables.

  • Les espèces envahissantes profitent de tous les moyens de dispersion, y compris les tsunamis

    Des travaux financés dans le cadre de l'Initiative de R‑D en génomique confirment que des espèces potentiellement envahissantes peuvent arriver au Canada par la mer, sur des épaves. En octobre 2013, un bateau de pêche japonais — apparemment un sinistre vestige du tsunami qui a ravagé l'archipel nippon il y a deux ans et demi — s'échouait sur l'île de Vancouver. En recourant à de nouvelles méthodes fondées sur la génomique et à une base de données génétiques, les scientifiques ont vite identifié, hors de tout doute, des moules qui s'accrochaient à la coque de l'embarcation : une espèce originaire de Corée. S'il est très difficile de différencier une espèce de moule d'une autre uniquement d'après son aspect, leur code génétique rend l'identification d'une précision parfaite. Bien que l'espèce coréenne en question ne pose pas de véritable menace, son identification rapide a informé les autorités canadiennes et américaines du fait que les espèces exotiques disposent de ce moyen peu courant pour atteindre les rives de l'Amérique.

  • Les cultivateurs de fraises profitent déjà de la base de données sur les aphidiens

    Pour chaque insecte qui peut endommager ou détruire une récolte, il peut y avoir des centaines d'autres qui lui ressemblent. La capacité de les distinguer rapidement et avec précision peut valoir des millions de dollars. Les cultivateurs de fraises de Nouvelle-Écosse qui sont aux prises avec un complexe viral destructeur véhiculé par des pucerons tirent déjà avantage des travaux financés dans le cadre de l'Initiative de R‑D en génomique. De nombreuses espèces de pucerons colonisent les fraisiers. Cependant, quelques-unes seulement transportent les dangereux virus. Lorsque l'on recourt aux méthodes usuelles, il faut une semaine, sinon plus, pour parvenir à une identification positive. À ce moment, il est parfois trop tard pour tenter quoi que ce soit : les pucerons ont gagné d'autres champs, détruisant la production d'une année entière. Grâce à de nouvelles techniques de séquençage de la nouvelle génération et à une vaste base de données sur l'ADN — deux réalisations de l'IRDG —, l'on peut maintenant identifier les pucerons qui envahissent les fraisières néo-écossaises avec exactitude et fiabilité en l'espace de quelques heures. Les scientifiques utilisent cette information pour aider les cultivateurs de fraises à identifier les pucerons qui pourraient endommager leurs cultures, ce qui permet une réponse et une gestion rapides avant que le nombre de pucerons ne commence à grimper et se déplacer dans d'autres champs en transmettant le virus.

  • La génomique ajoute de la valeur aux collections patrimoniales

    Avec l'appui de l'Initiative de R‑D en génomique, des chercheurs fédéraux ont montré comment des spécimens recueillis au 19e siècle permettent d'identifier les ravageurs des plantes plus vite et correctement deux siècles plus tard. Avec les méthodes classiques, des semaines entières pourraient s'écouler avant que l'on détermine avec certitude si ce que l'on a découvert dans un lot de grains est un dangereux parasite ou une espèce parfaitement inoffensive. Prendre l'un pour l'autre pourrait mettre les exportations canadiennes du produit en question en danger, ou laisser pénétrer une espèce envahissante au pays. Grâce au prélèvement et au catalogage de l'ADN de milliers de spécimens de ravageurs, l'équipe de recherche a donné au Canada le moyen d'identifier un organisme de manière précise et rapide — souvent en l'espace d'une journée. Avec ces nouvelles technologies de génomique, il suffit de comparer son code génétique à celui des parasites répertoriés dans la base de données.

Projet sur la salubrité des aliments et de l'eau (2011-2016)

Le projet sur la salubrité des aliments et de l'eau a rassemblé 53 scientifiques et leurs équipes de six ministères/agences et 148 collaborateurs. Il portait sur les risques que présentent les bactéries d'origine alimentaire ou hydrique, qui peuvent coûter plus de douze milliards de dollars chaque année au Canada. Le projet a mis en place un système fédéral intégré pour gérer des volumes colossaux de données en génomique et produit une technologie qui réduit le laps de temps requis pour dépister et isoler certaines bactéries pathogènes de cinq jours à moins de huit heures. Grâce à cela, le Canada interviendra beaucoup plus rapidement en cas d'émergence de pathogènes dans les systèmes d'approvisionnement en eau et en aliments.

  • Des recherches financées par l'IRDG font du Canada un chef de file en salubrité des aliments

    Les sommes injectées par l'Initiative de R‑D en génomique dans le projet de recherche sur la salubrité de l'eau et des aliments ont eu de multiples retombées pour les Canadiens en bonifiant ce que l'on considère déjà comme l'un des régimes de salubrité des aliments parmi les plus enviés de la planète. La collaboration sans précédent permise par l'IRDG — une cinquantaine de chercheurs et leurs équipes de six ministères fédéraux — a débouché sur la création de techniques et d'outils en génomique avec lesquels on pourra détecter les contaminants potentiellement mortels et remonter à leur source plus vite et plus efficacement que jamais. Des analyses qui prenaient il n'y a pas si longtemps des jours à se faire ne nécessitent aujourd'hui que quelques heures. Le projet a attiré l'attention du monde entier et certains officiels n'ont pas caché leur stupéfaction en apprenant que le Canada avait réussi à rassembler une équipe aussi vaste et diversifiée et à l'amener à épouser des priorités communes pour obtenir des résultats aussi impressionnants à un coût nettement plus bas que celui rapporté par d'autres pays qui investissent dans des recherches analogues.

  • La bio-informatique : la puissance de l'informatique au service de l'eau et des aliments

    Des chercheurs du projet sur la salubrité des aliments et de l'eau que finance l'Initiative de R‑D en génomique ont mis au point les capacités en bio-informatique grâce auxquelles les Canadiens bénéficieront de la meilleure protection des approvisionnements alimentaires qu'autorise la génomique. En 2008 par exemple, quand le Canada s'efforçait de retracer l'origine d'un foyer mortel de listériose, le génome entier de la bactérie responsable (Listeria), soit des millions de paires de bases, a pu virtuellement être séquencé en à peine trois jours. Un séquençage aussi détaillé accorde une précision inégalée à l'identification et à la localisation d'un contaminant. Mais sans la bio-informatique, interpréter une telle masse de données exigerait des mois. Les enquêteurs seraient donc contraints de recourir aux vieilles méthodes, moins précises, pour remonter jusqu'à l'origine du problème. Désormais cependant, grâce aux capacités en bio-informatique élaborées par les chercheurs du projet, l'analyse du code génétique s'effectue presque en temps réel, ce qui confère un atout vital au réseau canadien de surveillance des infections alimentaires.

  • Une innovation canadienne en salubrité des aliments prête à s'attaquer au marché

    Avec le soutien financier de l'Initiative de R‑D en génomique, des chercheurs fédéraux sont parvenus à réduire le temps qu'il fallait pour identifier la souche O157:H7 d'E. coli dans les aliments à 20 minutes à peine. Des recherches initiales ont débouché sur la création d'un test en génomique qui réduisait le temps requis pour dépister la bactérie, parfois mortelle, dans un échantillon d'aliments de plusieurs jours à moins de 24 heures. Ainsi, on pouvait intervenir beaucoup plus vite lorsqu'il y avait contamination. Les chercheurs ont ensuite poussé l'expérience en automatisant le test, si bien qu'à présent, il faut moins de trente minutes pour identifier la bactérie, ce qui garantit une réaction encore plus rapide. À présent, le dispositif de dépistage a été breveté, et son exploitation cédée sous licence à une entreprise canadienne qui a l'intention de le commercialiser mondialement.

  • Gain de précision dans la détermination, la caractérisation et le dépistage des menaces qui planent sur la salubrité des aliments et de l'eau grâce à la génomique

    De nouvelles connaissances et de nouveaux outils, découlant du projet sur la salubrité des aliments et de l'eau financé par l'Initiative de R‑D en génomique, aideront le Canada à mieux s'attaquer à deux des pires menaces qui planent sur nos réserves d'eau et de nourriture : E. coli et Salmonella Enteritidis. Ainsi, on pourra notamment identifier les souches de ces bactéries plus vite et avec une grande certitude. Or, une identification exacte est primordiale. En effet, distinguer rapidement une souche inoffensive d'E. coli d'une autre, éventuellement mortelle, s'avère parfois très difficile, et la moindre erreur dans l'un ou l'autre sens est susceptible d'avoir des conséquences dramatiques. Dans le cadre de ce même projet, des chercheurs ont séquencé le génome de centaines d'isolats venant des souches toxiques d'E. coli et de Salmonella Enteriditis recueillies un peu partout au pays. Ces cartes génétiques détaillées permettront au Canada d'identifier les souches de ces bactéries avec une précision et une rapidité exceptionnelles.

  • Sur la piste d'E. coli : la génomique permet de retracer la source d'une contamination dangereuse

    Au nombre de ses réalisations, le projet sur la salubrité des aliments et de l'eau financé par l'Initiative de R‑D en génomique a brossé un premier tableau vraiment pancanadien de la façon dont les souches potentiellement létales d'E. coli sont distribuées dans l'environnement. Les chercheurs ont récolté et testé des échantillons d'eau prélevés de centaines de bassins hydrographiques et de lieux marins au pays, en consignant la vocation des terres et d'autres paramètres environnementaux aux lieux d'échantillonnage. En nous aidant à mieux comprendre où les contaminants, telle la souche 0157:H7 d'E. coli, pénètrent dans l'eau, ces travaux conduiront à une évaluation plus significative des risques et à l'adoption de moyens plus efficaces pour les contrer. Une autre équipe de chercheurs a séquencé l'ADN des échantillons, si bien que l'on a pu identifier les diverses souches d'E. coli avec plus de précision, donc rehausser notre capacité à suivre les traces de la bactérie jusqu'à son origine.

  • Appui de l'IRDG à un effort pluriministériel pour renforcer la salubrité des aliments et de l'eau

    Grâce au financement de l'Initiative de R‑D en génomique, une cinquantaine de chercheurs de six ministères fédéraux ont collaboré à une échelle jamais vue auparavant en vue d'accroître la salubrité des aliments au Canada. Cinq ans plus tard, le projet de recherche sur la salubrité de l'eau et des aliments illustre comment une telle coopération interministérielle peut aboutir à des résultats impressionnants, à peu de frais. Entre autres réalisations, les chercheurs ont réduit le temps nécessaire pour isoler un contaminant tel le bacille E. coli dans les aliments d'une semaine à moins d'un jour. Maintenant, en plus de disposer d'une banque qui rassemble la signature de milliers de contaminants, nous avons les capacités en bio-informatique pour exploiter cette fabuleuse base de données. Grâce à ces réalisations, nous déterminerons plus vite la source de la contamination et prendrons des mesures en conséquence. Parallèlement, nous aurons posé les bases pour entreprendre des recherches plus poussées et développer de meilleures politiques, notamment l'adoption de mesures qui atténueront le risque de voir des contaminants se faufiler d'emblée dans la chaîne alimentaire.

Agriculture

  • La génomique à la rescousse des exportations agricoles du Canada

    Grâce au soutien financier de l'Initiative de R‑D en génomique, des chercheurs ont perfectionné un test de code à barres génétique, lequel permet de séparer avec une grande exactitude les insectes nuisibles, qui justifient une mise en quarantaine, des espèces inoffensives en apparence semblables. Ainsi, ces chercheurs contribuent à ce que les exportations canadiennes de produits agricoles ne deviennent pas la cible d'un embargo inutile et à ce que des espèces envahissantes ne se faufilent pas par erreur au pays. Le code à barres génétique suppose la comparaison de sections précises de l'ADN, qui varient d'une espèce à l'autre. Rapide et précis, le test n'est toutefois pas sans failles. En effet, des populations distinctes d'une même espèce présentent parfois un ADN légèrement différent. Pour veiller à ce qu'on utilise les bonnes séquences génétiques de l'espèce préoccupante, les chercheurs ont comparé l'ADN de plus de 200 populations d'insectes de 57 espèces dans 24 pays. Pour un surcroît de précision, ils ont aussi mis au point trois épreuves, chacune reposant sur des séquences différentes du génome appartenant à trois groupes d'espèces étroitement apparentées.

  • Le gruau est bon pour la santé et grâce à la technologie, il pourrait être encore meilleur!

    L'Initiative de R‑D en génomique a financé la participation du Canada à un projet de recherche international qui aidera notre pays à demeurer le principal exportateur mondial d'avoine.Malgré les bienfaits, largement reconnus, de cette céréale pour la santé, la création de variétés plus riches en fibres et en antioxydants si précieux pour le cœur demande du temps. C'est que le génome de l'avoine est à la fois très gros et complexe, ce qui rend difficile et onéreux l'usage des techniques d'amélioration génétique assistée par marqueur appliquées aux autres cultures. Codirigé par Agriculture et Agroalimentaire Canada et le ministère de l'Agriculture des États-Unis, le projet a permis l'application d'une technologie relativement neuve, baptisée « génotypage par séquençage », pour rendre l'amélioration génétique assistée par marqueur de l'avoine plus facile. À présent, au lieu d'une poignée de marqueurs génétiques, les obtenteurs disposent d'un test qui en identifie des dizaines de milliers, pour la modique somme de 20 $ par variété. Le même projet a concouru à développer les capacités en bio-informatique nécessaires à l'analyse des séquences d'ADN à partir desquelles les obtenteurs sélectionneront des croisements aux chances de succès considérablement plus élevées.

  • Des variétés de blé résistantes à la maladie qui ne devront rien au hasard

    L'Initiative de R‑D en génomique a financé des recherches qui laissent entrevoir la création plus rapide de variétés de blé résistantes à la brûlure de l'épi par Fusarium, une maladie qui rend cette céréale impropre à la consommation humaine et animale.La maladie gagne de vastes régions dans les principaux pays producteurs de blé autour du globe, notamment au Canada. Même si quelques variétés de blé y résistent, aucune ne se prête à la production vivrière. On peut néanmoins s'en servir pour l'amélioration génétique, mais il faut jusqu'à quinze ans pour établir si une nouvelle variété présente un potentiel commercial. Depuis qu'ils peuvent entreprendre des recherches en génomique, les chercheurs ont identifié plusieurs parties du génome du blé qui semblent jouer un rôle dans la résistance à cette maladie. Avec les techniques de sélection génétique assistée par marqueurs moléculaires, également développées avec les fonds de l'IRDG, les travaux d'amélioration pourront se concentrer sur une résistance supérieure, et l'on pourra établir le potentiel commercial d'un nouveau cultivar en aussi peu que cinq ans.

  • La recherche en génomique canadienne nous rapproche des végétaux fabriquant leur propre engrais

    Grâce au soutien de l'Initiative de R‑D en génomique, des chercheurs sont sur le point de comprendre comment certaines plantes réussissent à se fertiliser elles-mêmes, bref à tirer l'azote dont elles ont besoin de l'air. Ils espèrent éventuellement transférer cette aptitude aux cultures vivrières.L'agriculture d'aujourd'hui serait impossible sans engrais azotés. Malheureusement, ces engrais coûtent cher, ils manquent d'efficacité et leur fabrication comme leur usage ont un impact notable sur l'environnement. Les chercheurs étudient le mécanisme génétique au moyen duquel certains végétaux, notamment le pois et le soja, parviennent à extraire l'azote qui leur est vital de l'atmosphère. Quand le sol manque d'azote, ces plantes autorisent certaines bactéries à coloniser leurs racines. Ce sont ces bactéries qui fixent l'azote atmosphérique afin que la plante puisse s'en servir. Les chercheurs ont identifié des sections du code génétique végétal qui permettent aux bactéries de pénétrer dans les cellules des racines. L'équipe a aussi découvert un gène qui amorce le processus au terme duquel ces cellules s'adapteront pour accueillir les bactéries amies. Ce mécanisme ne va pas sans rappeler celui par lequel de nombreuses plantes coopèrent avec un champignon pour obtenir le phosphate dont elles ont besoin, signe que l'aptitude à puiser l'azote dans l'atmosphère pourrait être elle aussi transmise génétiquement.

  • Des découvertes en génétique pavent la voie à une meilleure lutte contre une onéreuse maladie du soja

    Des recherches financées dans le cadre de l'Initiative de R‑D en génomique aident les producteurs de soja à moins courir le risque de voir leurs cultures ravagées par le pourridié. Le champignon à l'origine de cette maladie engendre à lui seul des pertes annuelles estimées jusqu'à 50 millions de dollars au Canada et à environ deux milliards de dollars mondialement.La recherche vise à identifier les gènes qui procurent au soja sa résistance à diverses souches de l'agent pathogène responsable de la maladie. Les résultats permettront de mettre au point une série d'épreuves diagnostiques de nature génétique avec laquelle on identifiera rapidement les différentes souches du champignon dans le sol. De cette façon, les producteurs pourront semer les variétés de soja les plus susceptibles d'y résister, grâce à leurs gènes. L'équipe a profité des recherches en génomique sur le soja entreprises à l'étranger, auxquelles elle a d'ailleurs contribué. Cette collaboration précieuse se serait révélée impossible sans les fonds de l'IRDG, puisqu'en leur absence, les chercheurs fédéraux n'auraient pu acquérir les capacités en génomique indispensables à leur participation.

  • La participation du Canada à une initiative internationale visant à protéger le blé dans le monde

    Des recherches financées dans le cadre de l'Initiative de R‑D en génomique jouent un rôle capital dans un programme international qui a pour but de protéger l'une des plus importantes cultures vivrières de la planète. L'objectif : mettre le blé à l'abri de la brûlure de l'épi causée par Fusarium, une menace grandissante. La maladie attaque le blé et en contamine le grain avec plusieurs mycotoxines susceptibles de rendre sérieusement malades les personnes ou les animaux qui en mangent. Outre son impact sur les approvisionnements alimentaires, la maladie a coûté plus de 1,5 milliard de dollars aux producteurs de blé canadiens depuis le milieu des années 1990, estime-t-on.Une équipe de recherche a contribué à situer beaucoup de nouveaux gènes sur l'ADN du champignon responsable de la maladie. En partie grâce à ces travaux, le milieu international de la recherche dispose désormais de la séquence la plus complète et la plus précise du génome, sans lequel on ne pourrait comprendre comment le parasite s'y prend pour infecter la plante. L'équipe a aussi identifié les gènes qui codent diverses mycotoxines du champignon, de même que les circonstances et le moment où survient leur synthèse.

  • La génomique permet d'alléger le fardeau réglementaire des cultivateurs de soja canadiens

    Les producteurs canadiens de soja peuvent remercier l'Initiative de R‑D en génomique d'avoir persuadé l'Agence canadienne d'inspection des aliments (ACIA) d'abroger un règlement qui vise à prévenir la propagation du nématode du soja.En effet, ce parasite continuait d'envahir de nouvelles zones de culture malgré la réglementation, laquelle prévoyait diverses mesures, notamment l'obligation pour le cultivateur de nettoyer sa machinerie avant de la sortir d'un champ où se trouve le ver microscopique. C'est qu'une fois un champ contaminé, éradiquer le parasite n'est pas une mince affaire. Quand l'infestation est découverte assez tôt, cependant, on peut en limiter les dégâts par des moyens de lutte méticuleux et novateurs. Une équipe d'Agriculture et Agroalimentaire Canada a donc mis au point un nouveau test pour dépister le nématode. Ce test, qui repose sur la génomique, est à la fois plus rapide et plus précis que l'ancien, qui consistait à chercher les vers adultes dans le sol au microscope. Le nouveau test dépiste le matériel génétique du nématode dans les échantillons de sol, ce qui permet de l'identifier rapidement, peu importe la densité de sa population et son stade de développement (de l'œuf à l'adulte). Sachant que l'on peut maintenant déceler le parasite dès les débuts d'une infestation, l'ACIA a supprimé son règlement et autorisé les cultivateurs à adopter des mesures pour mieux gérer leur production sans nécessiter de réglementation.

  • Protéger la culture de la pomme de terre à l'Île-du-Prince-Édouard

    Les services de recherche en génomique créés grâce aux fonds de l'Initiative de R‑D en génomique ont véritablement sauvé l'industrie de la pomme de terre à l'Île-du-Prince-Édouard après qu'une gale verruqueuse y fut détectée, en 2000. Les États-Unis jetèrent immédiatement un embargo sur les tubercules de l'île. Dans l'espoir de prouver que le cas découvert n'était qu'un incident isolé, l'Agence canadienne d'inspection des aliments entreprit d'examiner au microscope, seul test disponible à l'époque, des centaines de milliers d'échantillons de sol prélevés dans les exploitations de la province. En quête d'une approche moins laborieuse, des chercheurs d'Agriculture et Agroalimentaire Canada, financés par l'IRDG, mirent au point un nouveau test reposant sur la génomique, qui pouvait être fait en quelques heures seulement au lieu de jours entiers. Les É.-U. en sanctionnèrent les résultats, à savoir que le champignon n'affectait le sol que d'une petite partie d'une seule ferme, et mirent fin à l'embargo des mois plus tôt que ce qui aurait été possible autrement. Le nouveau test joua aussi un rôle déterminant en empêchant un autre embargo quand la gale verruqueuse fut découverte dans deux nouveaux champs de l'Î.-P.-É., en 2012. Depuis, le ministère de l'Agriculture américain a fait de la technique canadienne son test d'élection pour dépister le parasite.

  • Culture du pois jaune : erreur sur le parasite

    Les recherches financées par l'Initiative de R‑D en génomique contribuent à préserver les millions de dollars que les exportations de pois jaune à l'Inde rapportent au Canada.En effet, depuis la découverte du nématode D. dipsaci dans un lot de pois jaunes canadiens, en 2004, l'Inde exige l'inspection de chaque nouvel arrivage. La présence du dangereux ver microscopique entraîne alors automatiquement la fumigation du lot, au coût de centaines de milliers de dollars. Heureusement, les tests de génomiques mis au point dans le cadre de l'IRDG ont permis au Canada de prouver que le nématode trouvé dans les pois canadiens en 2004 et à maintes reprises par la suite n'était pas D. dipsaci,mais bien D. weischeri, un parent virtuellement identique, et totalement inoffensif.

Environnement

  • Appliquer la toxicogénomique aux enjeux environnementaux nouveaux et naissants

    Un projet de recherche d'Environnement et Changement climatique Canada, financé dans le cadre de l'Initiative de R‑D en génomique, illustre comment la génomique permet de cerner avec précision les causes d'un problème environnemental. La municipalité de Montréal a d'ores et déjà recouru à ces résultats pour étayer sa décision d'injecter 250 millions de dollars dans un système d'ozonation des eaux usées.Même traitées, les eaux usées peuvent renfermer des bactéries, des virus, des composés pharmaceutiques et des produits chimiques industriels par milliers. Quand un problème particulier survient en aval de l'usine d'épuration, il est très difficile d'établir le coupable avec les techniques usuelles. Cependant, les chercheurs ont montré que la toxicogénomique, qui étudie la réaction du code génétique d'un organisme à une toxine, permet une identification exacte des toxines responsables du problème. Les mêmes méthodes contribuent à déterminer dans quelle mesure l'exploitation des sables bitumineux ajoute à la toxicité naturelle du bitume qui s'infiltre depuis des milliers d'années dans l'écosystème.

  • Enquêtes sur matières fécales pour retracer les sources de contamination de l'eau

    Des recherches financées par l'Initiative de R‑D en génomique transforment la façon dont les municipalités gèrent la salubrité de l'eau sur les plages publiques. Ainsi, les villes voient souvent leur efficacité augmenter tandis que fondent les coûts. Depuis des décennies, villes et villages contrôlent l'eau des lieux de natation en vérifiant la concentration d'E. coli, et ce, pour s'assurer que des bactéries intestinales ne la contaminent pas. Lorsque cette concentration est trop élevée, celle-ci déclenche l'interdiction de nager. On supposait généralement que la contamination de l'eau par les coliformes fécaux résultait d'un débordement des égouts ou de déjections d'animaux de compagnie charriées par les fortes pluies dans les cours d'eau. Cependant, de nouvelles méthodes expérimentales s'appuyant sur la génomique ont appris aux chercheurs d'Environnement et Changement climatique Canada que l'empreinte génétique des colibacilles présents dans l'eau prélevée près des plages correspond plutôt à celle des goélands et des outardes, et non celle des bactéries présentes dans les eaux usées ou les déjections d'animaux familiers. Puisque la source du problème peut désormais être identifiée avec certitude, les municipalités savent mieux comment combattre la contamination. Ainsi, au lieu d'investir lourdement dans la rénovation de son réseau d'égout, la ville d'Ottawa a posé des fils au-dessus de certaines plages pour en chasser goélands et outardes. Les résultats de ces travaux suscitent l'intérêt des municipalités du monde entier.

  • Protéger la biodiversité en comprenant mieux les maladies des amphibiens

    Des méthodes expérimentales reposant sur la génomique, élaborées dans le cadre d'un projet financé par l'Initiative de R‑D en génomique à Environnement et Changement climatique Canada, nous aident à suivre les maladies qui menacent les populations de grenouilles canadiennes avec une plus grande exactitude, mais aussi plus efficacement et de manière plus durable. Ces maladies expliquent la disparition d'un nombre important de batraciens au Canada et ailleurs.Auparavant, la seule façon d'établir s'il y avait infection consistait à sacrifier l'animal. La nouvelle technique n'est pas invasive : il suffit de passer un écouvillon sur la peau du batracien pour vérifier si les marqueurs génétiques de la maladie sont présents. Du point de vue de la conservation, la distinction est capitale, car plusieurs espèces de grenouilles sont déjà en danger d'extinction au Canada. Les données génétiques recueillies pourraient déboucher sur de nouveaux moyens de protection pour les grenouilles indigènes en expliquant, par exemple, pourquoi la virulence d'une maladie varie tant entre deux populations d'une même espèce.

Les pêches et océans

  • Nouvelles découvertes sur le sébaste du Canada

    Grâce aux recherches financées dans le cadre de l'Initiative de R‑D en génomique, le ministère des Pêches et Océans repense son approche à la gestion des stocks de sébaste qui peuple l'Atlantique, au large des côtes canadiennes. En effet, des marqueurs génétiques identifiés par les chercheurs du ministère révèlent que non pas une, mais deux espèces de ce poisson fréquentent les territoires de pêche de l'Atlantique. Quoique fort semblables, les deux espèces (le sébaste acadien et le sébaste atlantique) constituent des populations distinctes, vivant à des profondeurs et dans des zones différentes du nord-ouest de l'Atlantique. En établissant une méthode précise pour les distinguer, les recherches ont permis de mieux comprendre la structure des stocks et d'assurer une gestion qui s'appuie sur des stratégies plus éclairées. Elles ont, par exemple, joué un rôle dans la décision, prise en 2010 par le Comité sur la situation des espèces en péril au Canada, de classer le sébaste qui peuple les eaux profondes du nord-ouest de l'Atlantique parmi les espèces « menacées ».

  • Façonner la gestion de l'omble Dolly Varden du Nord

    Les recherches financées par l'Initiative de R‑D en génomique au ministère des Pêches et Océans, ont débouché sur la réouverture d'un important territoire de pêche pour les autochtones du Grand Nord canadien. Le Dolly Varden (Salvelinus malma), truite des régions nordiques, occupe une grande place dans l'alimentation, les coutumes et la culture des peuples Inuvialuit et Gwich'in du Grand Nord. On recense six petites populations de cette espèce, très sensible aux changements qui perturbent son habitat ainsi qu'à d'autres stress. Ces dernières années, deux de ces populations ont vu leur nombre baisser jusqu'à un seuil critique, si bien que l'on a dû interdire la pêche du Dolly Varden à certains endroits. Sans savoir exactement comment les différentes populations du poisson se mêlent entre elles cependant, il est difficile d'établir l'efficacité d'une telle mesure. Heureusement, les chercheurs ont identifié des marqueurs génétiques avec lesquels l'on différenciera exactement ces populations, si bien que l'on évaluera mieux la taille de chacune. Dorénavant, les mesures de protection décrétées par Pêches et océans s'appuieront sur de meilleures données et évaluations, ce qui a d'ores et déjà permis à une pêcherie locale de rouvrir ses portes, closes depuis plus de dix ans.

Forêts

  • L'amélioration génétique des arbres : un élagage

    Un projet de recherche de Ressources naturelles Canada, financé dans le cadre de l'Initiative de R‑D en génomique, illustre comment la génomique pourrait aider l'industrie forestière à prospérer durablement au Canada. Parmi les mesures d'aménagement qu'elles adoptent, les sociétés forestières plantent quelque 650 millions d'arbres chaque année. Ces arbres sont sélectionnés pour leur vive croissance, leur résistance à la maladie, leur facilité d'acclimatation et la qualité de leur bois. Malheureusement, l'amélioration génétique des arbres demande du temps. En effet, vingt années, sinon davantage, s'écouleront avant que l'on sache si un arbre affiche bien les caractères souhaités. Les chercheurs étudient le génome des arbres adultes en vue d'identifier les marqueurs génétiques associés aux propriétés les plus désirables. Ainsi, les sélectionneurs forestiers pourront choisir les arbres très tôt d'après leur constitution génétique, au lieu d'attendre des décennies pour voir quels spécimens s'avèrent les plus intéressants.

  • Un test reposant sur l'ADN contribue à protéger les forêts canadiennes

    Grâce aux fonds de l'Initiative de R‑D en génomique, des chercheurs de Ressources naturelles Canada ont réussi à mettre au point un nouveau test génétique pour l'encre des chênes rouges, maladie qui a décimé une multitude d'arbres et de plantes en Californie et en Oregon.Pour que le champignon qui en est responsable n'entre pas au pays, le Canada interdit l'importation des végétaux venant des régions où sévit la maladie. L'Agence canadienne d'inspection des aliments (ACIA) contrôle aussi les plantes des pépinières pour voir si elles ne sont pas infectées et examine les feuilles de même que le sol en vue de déceler les symptômes du mal. Des pépinières sont parfois restées un mois en quarantaine dans l'attente des résultats. Beaucoup plus précis, le test élaboré par l'IRDG n'exige que 24 heures. En usage à l'ACIA depuis plusieurs années déjà, il a maintenant été adopté par le ministère de l'Agriculture des États-Unis, tandis que d'autres pays envisagent d'emboîter le pas.

  • La génomique permet d'économiser de l'argent, du temps et des arbres — et donne naissance à une nouvelle entreprise

    En alimentant la recherche en génomique, l'Initiative de R‑D en génomique a permis aux chercheurs de Ressources naturelles Canada de faire approuver plus rapidement un nouvel agent de lutte biologique contre le diprion du sapin, insecte qui menace de plus en plus les forêts exploitées dans l'ouest de Terre-Neuve.Les chercheurs de ont découvert un virus qui s'attaque naturellement au ravageur, mais de nombreuses années se seraient écoulées avant que l'on puisse s'en servir. Grâce à la génomique, les chercheurs ont prouvé que ce virus est génétiquement très semblable à un second, déjà approuvé pour combattre une espèce différente de tenthrède. Il n'a donc pas été nécessaire de reprendre une batterie de tests et d'essais. Le nouveau virus été sanctionné plus vite et à moindres frais qu'il en aurait été normalement. Dans la foulée, un homme d'affaires du Nouveau-Brunswick a obtenu une licence lui permettant de l'exploiter commercialement et a lancé une entreprise qui produira l'agent de lutte biologique et le vendra dans le monde entier.

Santé

  • Recherche en génomique pour atténuer les risques liés à Listeria

    Des recherches financées dans le cadre de l'Initiative de R‑D en génomique contribueront à atténuer les risques que pose la listériose, l'infection alimentaire qui a causé la mort de 24 Canadiens lors d'un foyer d'épidémie, en 2008.Comme c'est le cas pour n'importe quelle maladie véhiculée par les aliments, plus vite la source de la contamination est connue, plus rapidement l'on prendra les mesures pour empêcher l'infection de se propager. Des chercheurs de Santé Canada ont identifié les marqueurs génétiques qui différencient des centaines de souches de Listeria, la bactérie à l'origine de la maladie. Le projet incluait l'élaboration d'un test automatique au moyen duquel les enquêteurs sauront rapidement si la bactérie découverte à un endroit est de la même souche que celle recueillie ailleurs — un point capital lorsqu'on tente d'établir l'origine de la contamination. Les chercheurs ont également constaté que les mêmes marqueurs permettent d'évaluer la résistance des différentes souches de Listeria à un désinfectant ou autre. Pareille information aidera les transformateurs d'aliments à assurer la pleine efficacité de leurs méthodes d'assainissement.

  • Santé Canada pave la voie à des applications thérapeutiques des cellules souches plus sûres

    Des recherches financées grâce à l’Initiative de R‑D en génomique nous aident à surmonter un obstacle de taille à l’exploitation des énormes possibilités que présentent les cellules souches mésenchymateuses (CSM) pour le traitement d’une foule de maladies. En effet, ces cellules ont l'unique talent d'assister les autres types de cellules souches lorsqu'elles réparent les tissus endommagés. Cependant, à l'instar de ces dernières, les CSM peuvent aussi muter et devenir cancéreuses. En outre, si elles aident les autres cellules souches à effectuer leurs réparations, elles peuvent amener les cellules souches cancéreuses à proliférer davantage. Épaulés par une équipe de collaborateurs internationaux, les chercheurs de Santé Canada ont découvert une série de modifications subies par les protéines et les gènes indiquant si une CSM donnée court un grand risque de devenir cancéreuse. Sur la foi de ces résultats, les scientifiques s'efforcent maintenant de créer une plateforme d'essai rapide dont les cliniciens pourraient se servir pour sélectionner des CSM inoffensives avant leur application dans un traitement.

  • L'immunotoxicogénomique : un nom plein de syllabes et de potentiel

    Avec le soutien financier de l'Initiative de R‑D en génomique, des chercheurs de Santé Canada font appel aux techniques de la génomique pour découvrir comment l'exposition à certains produits amène des personnes à devenir allergiques à quelque chose qui était tout à fait inoffensif pour elles, auparavant. La science relativement nouvelle qu'est l'immunotoxicogénomique porte sur l'identification des changements dans l'expression des gènes observés chez les cellules immunes, en présence de divers produits chimiques. En recourant à des composés reconnus pour affecter la réaction immunitaire, les scientifiques espèrent trouver un lien qui associera les modifications relevées dans les cellules immunes lors de l'introduction d'un produit donné et les signes physiques observés chez les animaux exposés à la même substance. De telles méthodes, croit-on, réduiraient éventuellement l'incidence des nouvelles allergies — grâce à l'essai des nouveaux additifs alimentaires, par exemple. Autre avantage, l'immunotoxicogénomique pourrait réduire considérablement l'usage d'animaux de laboratoire pour contrôler l'innocuité des produits chimiques.

  • Des chercheurs canadiens sont à la tête du développement de moyens plus efficaces, plus rapides et plus économiques pour vérifier l'innocuité des produits chimiques

    Les travaux réalisés grâce à l'Initiative de R‑D en génomique ont placé des chercheurs canadiens à la tête d'une véritable révolution en toxicologie légale, la science à la base des règlements faisant en sorte que tout est aussi sécuritaire que possible, des médicaments que nous ingurgitons à l'air que nous respirons.Depuis toujours, on vérifie la toxicité d'une substance chimique en l'administrant à des animaux de laboratoire (souvent en quantité nettement plus grande que celle rencontrée dans la vie), puis en voyant ce qui se passe. La méthode est lente, onéreuse et quelque peu inexacte. Des chercheurs de Santé Canada ont montré la précision et la rapidité incroyables que la toxicogénomique confère à la toxicologie légale en illustrant comment une quantité variable de produits chimiques affecte les cellules à l'échelle moléculaire. La toxicogénomique ne se borne pas à montrer ce que fait le produit chimique. Elle indique comment il le fait, tout en réduisant la nécessité des essais sur les animaux. Grâce aux travaux de ces chercheurs, le Canada a décroché un siège au sein d'un prestigieux comité international qui élabore des stratégies mondiales en vue d'appliquer la toxicogénomique à la réglementation.

  • Reconnaissance internationale pour les concepteurs canadiens d'un nouveau test de dépistage du VIH

    Des chercheurs canadiens financés par l'Initiative de R‑D en génomique ont conçu un test plus rapide et plus efficace pour vérifier la résistance aux médicaments du virus de l'immunodéficience humaine (VIH). Cette réalisation prendra, estime-t-on, une place importante dans les efforts mondialement déployés pour éradiquer le sida. Détecter très tôt la résistance du VIH aux médicaments en vue d'y remédier est crucial, car un mutant résistant du virus pourrait s'implanter dans la population et déclencher une nouvelle épidémie contre laquelle nul ne pourrait rien. Les épreuves habituelles utilisées pour vérifier la résistance du VIH aux substances pharmaceutiques consistent à congeler un échantillon de sang puis à l'envoyer à un laboratoire spécialisé pour qu'il y soit analysé. C'est un véritable cauchemar dans l'Afrique subsaharienne, où il y a peu d'installations de ce genre et où les transports comme la réfrigération manquent de fiabilité. Le test, qui repose sur l'ADN mis au point par les chercheurs de l'Agence de la santé publique du Canada, ne nécessite aucune réfrigération, analyse des dizaines d'échantillons à la fois et détecte les mutations du virus signalant beaucoup plus tôt l'apparition d'une résistance aux médicaments. On en a d'ores et déjà entrepris la distribution en Afrique et dans d'autres régions du globe.

  • Salmonella : identification plus rapide et plus précise grâce à des investissements en génomique

    Le financement de l'Initiative de R‑D en génomique a joué un rôle déterminant dans l'élaboration d'un nouveau test, articulé sur la génomique, qui permet de remonter jusqu'à la source des aliments contaminés par Salmonella considérablement plus vite, tout en allégeant le coût de l'opération.Il faut quatre jours pour identifier le type de salmonelle présent dans un échantillon d'aliment avec la méthode usuelle, qui suppose des essais sur des animaux. Or, savoir à quel type de bactérie on a affaire est la clé pour retrouver l'origine de la contamination. En outre, seuls quelques laboratoires, spécialement équipés, ont cette capacité. Mis au point par des chercheurs de l'Agence de la santé publique du Canada en tandem avec leurs collègues britanniques et autrichiens, le nouveau test identifie le type de salmonelle en moins d'une journée. Déjà reconnu par l'Organisation internationale de normalisation, il peut être appliqué par n'importe quel laboratoire, ou presque, à un coût minime. Le test se prête donc merveilleusement au dépistage routinier de Salmonelladans les usines de transformation des aliments.

  • Salubrité alimentaire : tous les éléments en place pour une percée

    Par son financement, l'Initiative de R‑D en génomique a contribué au développement d'un outil de génomique avec lequel ceux qui enquêtent sur les aliments insalubres parviendront à remonter la piste d'une intoxication jusqu'à l'un des principaux coupables : Campylobacter, bactérie qui rend malade jusqu'à 400 000 Canadiens chaque année. Bien que cette bactérie soit incroyablement commune, trouver la source d'une contamination s'avérait presque impossible, car il n'existait aucun moyen permettant de distinguer les différentes souches. Du moins jusqu'à présent. En effet, des chercheurs de l'Agence de la santé publique du Canada ont découvert un ensemble de gènes qui pourrait servir d'empreinte digitale aux souches de campylobactéries. Grâce à ce « code à barres génétique », les inspecteurs chargés de la salubrité des aliments identifieront la souche précise de la bactérie en l'espace de quelques heures, ce qui, par voie de conséquence, permettra d'établir l'origine de la contamination rapidement et hors de tout doute.