Recherche en génomique pour atténuer les risques liés à Listeria

Les experts considèrent le système canadien de salubrité alimentaire comme l'un des meilleurs, voire le meilleur Footnote 1du monde. Or, quelque quatre millions de personnes au Canada sont malgré tout frappées annuellement par une maladie d'origine alimentaire Footnote 2, ce qui est révélateur de la complexité d'assurer la salubrité des aliments.

Heureusement, pour la grande majorité des personnes touchées, la maladie est bénigne, pour une minorité significative cependant, une maladie d'origine alimentaire peut avoir de très graves conséquences. Ces maladies ont par ailleurs un coût économique appréciable, de l'ordre de plusieurs milliards de dollars par année en soins de santé et en perte de productivité. Footnote 3

Rare, mais dangereuse

La bactérie Listeria est particulièrement préoccupante. L'ingestion d'aliments contaminés par cette bactérie peut provoquer la listériose, une maladie grave. Rare au Canada, cette maladie est très dangereuse pour les femmes enceintes, les aînés et les personnes immunodéficientes. Dans certains cas graves, elle peut causer des fausses couches, des infections du cerveau, des empoisonnements sanguins, voire des décès. En 2008, 24 personnes au Canada sont mortes à la suite d'une importante éruption de listériose.

Comme pour toute maladie d'origine alimentaire, plus la source de l'infection est détectée rapidement, plus les autorités peuvent agir avec célérité pour en limiter la propagation. Au Bureau des dangers microbiens de Santé Canada, Franco Pagotto et ses collègues ont réalisé des progrès importants et prometteurs dans la lutte à Listeria.

Identification plus rapide

Grâce au financement obtenu de l'Initiative de R-D en génomique (IRDG) du gouvernement du Canada, M. Pagotto et ses collègues chercheurs ont procédé au séquençage complet du génome de centaines de souches de Listeria. Combinant les résultats de leurs travaux aux séquençages effectués par d'autres chercheurs de par le monde, ils ont créé une banque de données qui contient le génome de quelque 1 000 formes de Listeria, et se sont dotés de la capacité bio-informatique nécessaire à l'analyse de toutes les données génétiques collectées.

Grâce aux analyses effectuées jusqu'à maintenant, les chercheurs ont identifié un certain nombre de zones du génome de Listeria où les séquences d'ADN varient d'une souche à l'autre. Selon Franco Pagotto, codirecteur du Service de référence sur la listériose au Canada de Santé Canada, ces différences uniques pourraient contribuer au succès des futures enquêtes sur la salubrité alimentaire. « De là, il devient relativement facile de développer un test automatisé permettant de dire si les échantillons de Listeria prélevés à un endroit proviennent de la même souche de Listeria que ceux prélevés ailleurs », indique-t-il. « Cet élément d'information est fondamental pour déterminer la source d'une infection. Or, avec la méthode actuelle, il arrive que les comparaisons génétiques nécessaires pour l'obtenir prennent jusqu'à cinq jours. Avec la méthode que nous développons, le même résultat pourra être obtenu en une seule journée. »

Atténuation du risque

Les recherches effectuées pourraient aussi contribuer à réduire les risques que Listeria parvienne à s'infiltrer dans la chaîne alimentaire.

En identifiant les zones uniques de l'ADN des différentes souches de Listeria, M. Pagotto et ses collègues ont découvert que ces mêmes sections d'ADN donnaient une compréhension nettement supérieure de la biologie de la bactérie. « L'analyse des données génétiques des différentes souches de la bactérie au moyen de notre capacité bio-informatique a révélé que ces mêmes marqueurs génétiques permettent d'identifier les souches de Listeria plus susceptibles de provoquer des maladies chez les humains », affirme-t-il. « Certains des marqueurs que nous utilisons pour différencier les souches sont aussi associés à la persistance de la bactérie, un trait génétique qui rend la souche beaucoup plus résistante, entre autres, à certains produits désinfectants. Cette information sera notamment extrêmement utile aux usines de transformation d'aliments désireuses de s'assurer que leurs procédés de désinfection sont aussi efficaces que possible. »

Influence internationale

La méthodologie de bio-informatique (algorithme) développée par l'équipe de M. Pagotto pour analyser Listeria est actuellement utilisée dans des recherches sur la salubrité alimentaire à l'étranger.

« Un des boursiers postdoctoraux qui ont collaboré à ce projet travaille actuellement pour la Food and Drug Administration (FDA) des États-Unis », poursuit M. Pagotto. « La FDA a en fait adopté notre algorithme pour ses propres travaux sur Listeria et elle cherche un moyen de l'adapter à l'analyse du génome d'autres agents pathogènes. Nous espérons que l'algorithme deviendra la norme dans l'analyse des génomes pour la détermination des sources. »

Notes de bas de page

Footnote 1

Conference Board du Canada, Classement mondial 2014 : Salubrité des aliments, consulté sur le site à l'adressehttp://www.conferenceboard.ca/cfic/research/2014/foodsafety.aspx

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Footnote 2

canadiensensante.gc.ca, Estimations annuelles des maladies d'origine alimentaire au Canada,http://canadiensensante.gc.ca/eating-nutrition/risks-recalls-rappels-risques/surveillance/illness-estimates-estimations-maladies/yearly-annuel-fra.php?_ga=1.240657859.1726210065.1449086422

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Footnote 3

ASPC, Relevé des maladies transmissibles au Canada, Volume 40-14,http://www.phac-aspc.gc.ca/publicat/ccdr-rmtc/14vol40/dr-rm40-14/dr-rm40-14-comm-fra.php

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