Protéger la culture de la pomme de terre à l’Île-du-Prince-Édouard

Pommes de terre infectées par la galle verruqueuse de la pomme de terre, bonnes à manger, mais peu appétissantes.   
(Référence photographique : Len Ward, ACIA)

Par une belle journée d'automne de 2000, un cultivateur de pommes de terre de l'Île-du-Prince-Édouard constate la présence de tubercules aux formes étranges parmi les milliers qu'il vient de récolter. Curieux, il prélève certains de ces tubercules difformes et les envoie à l'Agence canadienne d'inspection des aliments (ACIA). Le diagnostic tombe comme un couperet : galle verruqueuse de la pomme de terre.

Les pommes de terre infestées par ce champignon sont comestibles, mais d'allure tellement repoussante que personne ne voudra tenter l'expérience. Elles ne sont donc pas commercialisables. Comme la culture de la pomme de terre à l'Île-du-Prince-Édouard, une industrie évaluée à 1 milliard de dollarsNote de bas de page 1, est un pilier de l'économie de la province, il s'agissait là d'une très mauvaise nouvelle.

Presque aussitôt, pour perotéger leurs propres cultures, les États-Unis ont fermé leurs frontières aux pommes de terre de table et de semences en provenance de l'Île. L'embargo durera huit mois. Les cultivateurs de l'Île-du-Prince-Édouard ont subi des pertes de ventes estimatives de 70 millions de dollars. Si l'on tient compte de l'emploi et d'autres activités économiques, les répercussions sur l'économie de la province se sont chiffrées, selon les estimations, à 280 millions de dollars au totalNote de bas de page 2.

Épidémie ou cas isolé ?

Avant de consentir à rouvrir leurs frontières aux pommes de terre de l'Île, les États-Unis ont exigé que le Canada prouve que la maladie n'était pas répandue, c'est-à-dire que la découverte de spécimens atteints de la galle verruqueuse était un cas isolé et que l'on pouvait contenir la contamination.

Des échantillons de sol ont été prélevés dans les champs de culture partout dans la province à des fins d'analyse visant à détecter la présence de spores par lesquelles le champignon se propage. L'ACIA a donc ouvert trois nouveaux laboratoires à l'Île-du-Prince-Édouard et engagé un contingent de spécialistes pour procéder aux tests. Chacun des 600 000 échantillons devait être examiné au microscope.

À l'époque, il s'agissait de la seule méthode de diagnostic existante et il a fallu des mois pour examiner tous les échantillons. Comme si cela ne suffisait pas, la procédure d'examen en soi était difficile, car le sol regorge de spores d'une multitude d'espèces de champignons, la plupart inoffensives, mais qui se ressemblent à s'y méprendre, même sous la lentille d'un microscope. Le risque d'un « faux positif » qui prolongerait indûment la fermeture des frontières était donc très élevé.

Preuve irréfutable

Comme les représentants de l'ACIA souhaitaient disposer d'un test plus efficace, ils ont fait appel à Agriculture et Agroalimentaire Canada (AAC), sachant que le Ministère effectuait de la recherche en génomique.

Six semaines après le premier contact, une équipe dirigée par un chercheur d'AAC, André Lévesque, a mis au point un test génétique qui a été utilisé pour valider tout résultat positif trouvé dans les échantillons de sol examinés au microscope.

« Le test que nous avons mis au point fonctionne un peu selon le principe des codes à barres, explique M. Lévesque. Il consiste à comparer plusieurs sections de la séquence d'ADN suspecte à la séquence d'ADN de la galle verruqueuse. S'il n'y a pas de correspondance, on peut exclure d'emblée qu'il s'agit de la galle verruqueuse. »

Saut à 2012

Le fait qu'un test d'ADN ait permis d'établir que le champignon se trouvait uniquement sur une très petite parcelle d'un champ de pommes de terre est ce qui a permis au Canada de négocier avec succès la réouverture des frontières américaines aux cultures de l'Île-du-Prince-Édouard en avril 2001. Plusieurs années plus tard, soit en 2012, une version améliorée du même test a également été déterminante pour maintenir les exportations de pommes de terre lorsqu'une seconde infestation a été découverte dans deux autres champs de l'Île en 2012.

Guillaume Bilodeau, chercheur de l'ACIA au Laboratoire des végétaux d'Ottawa, a expliqué que depuis le premier incident en 2000, différents projets financés par l'Initiative de R-D en génomique (IRDG) du gouvernement du Canada, ainsi que des recherches connexes réalisées grâce au soutien du Programme canadien pour la sûreté et la sécurité, ont permis de bâtir une base de données du génome d'une grande diversité d'organismes, dont plusieurs souches du champignon responsable de la galle verruqueuse de la pomme de terre.

« Le financement obtenu a également ouvert un accès plus large aux outils de bioinformatique pour analyser les séquences d'ADN stockées dans la base de données, poursuit M. Bilodeau. Les efforts déployés pour améliorer les tests se poursuivent, mais la nouvelle capacité en génomique nous a permis de prouver que l'éclosion de galle verruqueuse de 2012 n'était pas une nouvelle épidémie, mais bien un cas isolé de la même souche détectée en 2000. Nous avons pu en faire la preuve très rapidement, grâce à la vitesse et à la précision des nouvelles technologies de séquençage de nouvelle génération dont nous disposons aujourd'hui. »

Établir la norme

En se fondant sur ces deux cas, M. Lévesque affirme que le soutien de l'IRDG a sans aucun doute contribué à éviter un autre coup dur pour l'industrie de la pomme de terre de l'Île-du-Prince-Édouard en 2012. « Et en plus, souligne-t-il, le Département de l'agriculture américain a adopté le test de dépistage de la galle verruqueuse de la pomme de terre que nous avons mis au point ici, au Canada. »

Notes de bas de page

Note de bas de page 1

PEI Potato Board: [traduction] « Selon une étude d'incidence économique réalisée en 2011, l'industrie [de la pomme de terre] injecte plus d'un milliard de dollars dans l'économie de l'Île chaque année. » Consulté sur le site www.peipotato.org/potato-industry

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Note de bas de page 2

CBC News, Potato farmers put price tag on U.S. border closure, 13 mars 2001; consulté sur le site www.cbc.ca/news/canada/potato-farmers-put-price-tag-on-u-s-border-closure-1.261496

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