Des recherches financées par l’IRDG font du Canada un chef de file en salubrité des aliments

Juin 2016

L’ambitieux projet de recherche sur la salubrité des aliments et de l’eau qu’il a coordonné pendant quatre ans dans le cadre de l’Initiative de recherche et de développement en génomique (IRDG) du gouvernement du Canada tirant à sa fin, Sabah Bidawid n’a aucune hésitation à le qualifier de « réussite ».

« Et je le dis sans parti pris! », s’empresse d’ajouter le chef de la Division derecherche microbiologique à Santé Canada. « Au départ, nous avions dressé une liste d’objectifs précis et nous les avons atteints à plus de 95 pour cent. »

Un tel exploit aura des retombées concrètes pour la population du Canada, car un système desalubrité alimentaire parmi les plus enviés de la planète s’en trouvera rehaussé.

Déterminer plus rapidement les menaces

« Auparavant, il fallait parfois plus d’une semaine pour confirmer l’identité d’une bactérie potentiellement mortelle comme la souche O157:H7 d’E. coli dans un échantillon d’aliment », explique M. Bidawid. « À présent, les plateformes d’essai articulées sur la génomique que nos chercheurs ont mises au point permettront de l’identifier en moins d’un jour, du prélèvement au verdict. » Ces plateformes et les approches qui la complètent en sont à l’étape ultime de leur perfectionnement et feront bientôtl’objet d’évaluations rigoureuses.

Comprendre les menaces et les surveiller de près

Les chercheurs qui participaien tau projet ont recouru au séquençage du génome complet, technique qui fait ressortir les distinctions entre les souches, même les plus étroitement apparentées d’une bactérie, pour caractériser le code génétique de centaines de variétés de la souche O157:H7 vérotoxinogène d’E. coli et de souches qui n’appartiennent pas au groupe O157,mais aussi de Salmonella enteritidis.Ces données ont ensuite été analysées puis cataloguées avec les informations pertinentes sur chaque souche.

D’autres chercheurs sesont attachés à créer les outils et les applications de bio-informatique nécessaires pour mieux exploiter ces données, c’est-à-dire pour préciserl’emplacement des différents gènes sur le génome et leur rôle respectif, pour uniformiser l’analyse des données issues de diverses méthodes en génomique, et pour stocker ces informations dans des bases de données spécifiques.

Renforcer les bases de la salubrité alimentaire

Une fois combinées, les méthodes d’essai assises sur la génomique, les données génétiqueset les méthodes d’analyse reposant sur la bio-informatique aideront les organismes de réglementation à prendre les bonnes décisions en salubrité des aliments au moment opportun, ce qui, au bout du compte, concourra à rendre les approvisionnements alimentaires plus sûrs au Canada.

« Disons, par exemple, que l’on découvre une bactérie dans un échantillon d’aliment ou d’eau.On pourra comparer rapidement son empreinte génétique à celle des souches cataloguées », reprend M. Bidawid. « Si elles correspondent, il sera beaucoup plus aisé de relier les foyers de toxi-infections et de trouver d’oùvient la contamination. »

Éloges internationaux

Un résultat moins tangible,mais qui, selon M. Bidawid, présente une importance durable pour le Canada est l’attention que le projet a suscitée partout dans le monde.

« J’ai présentél e projet dans plusieurs colloques, à l’étranger, raconte-t-il, et la réaction a été incroyable, pas seulement à cause des résultats, mais aussi à cause de la manière dont nous les avons obtenus. On ne cessait de me demander comment nous étions parvenus à mettre sur pied une telle équipe de chercheurs, spécialisés dans tant de domaines, à partir de divers ministères fédéraux, et à les amener àcollaborer pour s’attaquer à des priorités communes, à un coût nettement inférieur à celui enregistré par d’autres pays qui se sont engagés dans des recherches de même nature. »

La clé : collaborer

En tout, une cinquantaine d’experts de six agences et ministères de l’État canadien – Santé Canada,l’Agence canadienne d’inspection des aliments, Agriculture et Agroalimentaire Canada, Environnement Canada, l’Agence de la santé publique du Canada et le Conseilnational de recherches du Canada – ont participé au projet.

« Sans l’IRDG pour orchestrer une collaboration d’une telle envergure, je ne crois pas que la chose aurait été réalisable », avoue M. Bidawid. « Nous avons prouvénon seulement que cela pouvait être fait, mais aussi que cette approche est très efficace. Ce projet pave la voie à la collaboration soutenue qui commence à animer les mêmes ministères. »

Élargir l’influence du Canada

Le projet n’a pas valu que des louanges au Canada. En effet, notre pays a été convié à devenir membre d’un comité international qui élaborera un guide mondial sur l’usage de la génomique en salubrité des aliments.

« Avoir son mot à dire et exercer son influence dans l’élaboration de lignes directrices internationales – plutôt que se contenter d’appliquer celles énoncées par d’autres nations – est un réel avantage », affirme M. Bidawid. « C’est également une marque de reconnaissance internationale en génomique et en gestion de la salubrité des aliments que s’est acquise le Canada avec le projetet l’IRDG dans son ensemble. »

Partager le savoir – multiplier les possibilités

Contribution ultime,les résultats du projet seront partagés avec une multitude d’utilisateurs et d’intervenants. Ainsi, les chercheurs du gouvernement et des universités se serviront des connaissances acquises durant l’aventure pour perfectionner les applications et en créer de nouvelles. De leur côté, les organismes de réglementation et l’industrie alimentaire disposeront de nouvelles données et d’une technologie plus pointue pour rehausser la salubrité des aliments et de l’eau. Enfin,on partagera les résultats des recherches avec des organisations privées quis’intéressent au potentiel commercial de certaines technologies mises au point durant le projet.

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