Salmonella : identification plus rapide et plus précise grâce à des investissements en génomique

La plupart des Canadiens ont déjà entendu parler de la bactérie Salmonella, et nombreux sont ceux qui ont même eu le malheur de la côtoyer de près. Salmonella est en effet une des causes les plus courantes des maladies d'origine alimentaire au Canada et ailleurs dans le monde.

La majorité des infections à Salmonella sont attribuables à la consommation d'aliments contaminés par la bactérie et celle-ci peut contaminer pratiquement tous les aliments, de la viande et de la volaille aux fruits et légumes crus. Voilà pourquoi il est si important de manipuler avec soin les aliments à la maison. Salmonella peut aussi se propager par simple contact avec une personne ou un animal infecté, qui peut rester porteur de la bactérie même s'il est en santé.

La plupart du temps, les symptômes de la salmonellose (diarrhée, fièvre, crampes) disparaissent après quelques jours. Toutefois, chez les jeunes enfants, les personnes âgées ou les personnes dont le système immunitaire est déjà affaibli, Salmonella peut causer des maladies graves, parfois fatales. La bactérie a aussi des coûts économiques élevés. À l'échelle mondiale, les frais médicaux et pertes de productivité imputables à Salmonella se mesurent en milliards de dollars par année.

Contenir les éclosions

En raison du tort qu'elle cause à la santé publique et économique, Salmonella fait l'objet d'un suivi attentif des autorités de santé publique qui s'efforcent de détecter les sources d'infection afin de demander des rappels d'aliments ou de prendre d'autres mesures pour prévenir la propagation de la bactérie. Pour confirmer la source d'une éclosion, on demande aux victimes ce qu'elles ont mangé et où elles l'ont mangé, mais aussi avec qui et avec quoi elles ont été en contact. Ensuite, il faut identifier la souche de Salmonella qui les a infectées et la comparer avec la source soupçonnée de l'éclosion.

Comme John Nash, chercheur scientifique principal à l'Agence de la santé publique du Canada (ASPC) l'explique, ce processus est assez long. « Le sérotypage (la technologie utilisée pour identifier les souches de Salmonella et les distinguer des autres bactéries) est une méthode qui a été développée dans les années 1930 », indique-t-il. « Elle est lente et coûteuse, et elle exige l'intervention de spécialistes. Seulement deux laboratoires de référence au Canada possèdent les ressources nécessaires pour déterminer tous les sérotypes connus de Salmonella. »

Plus vite, plus économique, plus simple et plus acceptable

Sensible à la possibilité qu'offre la génomique d'améliorer la « bonne vieille méthode », M. Nash et une collègue de l'ASPC, la biologiste Catherine Yoshida, ont mis au point un nouveau test fondé sur l'ADN qui raccourcit le processus et réduit les coûts et les compétences requises pour identifier une souche donnée de Salmonella.

Selon Mme Yoshida, chercheuse du Laboratoire national de microbiologie de l'ASPC à Guelph, cette nouvelle méthode – le génosérotypage – permet de déterminer en une seule journée la souche de Salmonella dans un échantillon, comparativement à quatre jours au moyen de la méthode traditionnelle. « Notre méthode réduit également le coût du test de 70 % », indique Mme Yoshida. « Elle est par ailleurs beaucoup plus simple et à la portée de pratiquement tout laboratoire, ce qui élimine la nécessité d'expédier les prélèvements d'un bout à l'autre du pays pour procéder à l'identification, ce qui accélère encore le processus. »

« Ce test élimine également la nécessité de recourir à des animaux, affirme Mme Yoshida, ce qui ajoute à l'attrait du génosérotypage. »

Précision accrue

Selon M. Nash, du Laboratoire national de microbiologie de l'ASPC à Toronto, le génosérotypage accroît par ailleurs la précision du test. « Le sérotypage identifie la bactérie de l'extérieur. Or, l'extérieur d'une bactérie peut changer », indique-t-il. « Le génosérotypage est fondé sur l'intérieur de la bactérie (son ADN) et comme l'ADN ne change pas, l'identification effectuée est plus fiable. »

Outre l'aide obtenue de collaborateurs du Royaume-Uni et d'Autriche, la contribution financière de l'Initiative de R-D en génomique (IRDG) a joué un rôle fondamental dans le succès de ce projet. « Les fonds versés par l'IRDG ont servi à mettre sur pied une base de données de séquences d'ADN provenant du séquençage du génome entier d'un large éventail de souches de Salmonella », mentionne Mme Yoshida. « Un lecteur spécialisé identifie l'ADN de l'échantillon testé et l'apparie aux modèles connus de Salmonella présents dans la base de données. »

Dépistage et surveillance

Selon M. Nash, grâce au faible coût et à la simplicité de la méthode de génosérotypage, le test pourrait être utilisé par les autorités de santé publique pour lancer des programmes de surveillance routinière de Salmonella. « En fait, son potentiel en tant qu'outil de surveillance ou de contrôle de la qualité est probablement l'élément de ce projet qui revêt la plus grande valeur potentielle », poursuit-il. « Si vous exploitez, par exemple, une usine de transformation de la volaille, vous pourriez utiliser cette méthode pour tester régulièrement vos produits et vous assurer qu'il n'y a pas de contamination à Salmonella dans vos installations. Dans le cas contraire, il serait possible de détecter et de régler le problème avant qu'il prenne des proportions démesurées. »

Cette nouvelle méthode, connue sous le nom officiel d'épreuve de génosérotypage de Salmonella (SGSA), a été accréditée par l'Organisation internationale de normalisation (norme ISO 17025 pour les laboratoires d'essai et d'étalonnage) et le SGSA est actuellement mis en œuvre dans les laboratoires nationaux de référence de l'ASPC.

La méthode de génosérotypage pour l'identification des souches de Salmonella comporte quatre étapes et s'appuie sur des technologies courantes qui peuvent fonctionner à débit élevé.