Salubrité alimentaire : tous les éléments en place pour une percée

La plupart des Canadiens connaissent bien la dangerosité de certaines bactéries comme E. coli, la salmonelle et Listeria. Cependant, Campylobacter demeure inconnue du plus grand nombre d’entre nous.

Pourtant, nous ne devrions pas la négliger. Cette bactérie, Campylobacter jejuni pour être plus précis, est en effet annuellement à la source de quelque 400 000 cas d’empoisonnement alimentaire au Canada et la cause principale des gastroentérites bactériennes.

Si le nom de cette bactérie est inconnu de nombreux Canadiens, les symptômes d’une infection par Campylobacter, eux, sont bien connus : douleurs abdominales importantes, fièvre, vomissements et diarrhée. Rarement fatale, comme le chercheur de l’Agence de santé publique du Canada, Eduardo Taboada le souligne, cette infection comporte néanmoins des coûts importants. En effet, des centaines de milliers de journées de travail sont ainsi perdues tous les ans. On peut donc dire que Campylobacter nuit considérablement à l’économie et à la productivité du Canada.

Courante, mais presque non retraçable

« Malgré la lenteur et le caractère éminemment perfectible de nos méthodes actuelles, nous disposons bel et bien de moyens pour remonter à la source des éclosions d’E. coli et de salmonellose, affirme M. Taboada. Nous pouvons notamment demander à la personne infectée où elle a mangé récemment et ce qu’elle y a mangé, et comparer rapidement un échantillon de la bactérie qui a infecté la personne avec des échantillons prélevés sur les sources probables jusqu’à ce que nous trouvions une correspondance génétique. »

Rien de tel n’est possible dans le cas de Campylobacter. En effet, même si elle est incroyablement répandue (elle est présente dans l’organisme de pratiquement tous les animaux d’élevage, des poulets aux moutons), il n’existe aucun moyen efficace d’identifier les souches de la bactérie, ce qui rend pratiquement impossible l’établissement de la source d’une éclosion.

Grâce aux travaux d’avant-garde de M. Taboada et de ses collègues, cette impuissance pourrait bientôt n’être plus qu’un souvenir.

Les nouvelles capacités en génomique, la clé du progrès

Grâce aux recherches rendues possibles par les crédits versés dans le cadre de l’Initiative de recherche et de développement en génomique (IRDG) du gouvernement du Canada, M. Taboada et son équipe ont développé une méthode permettant de prendre, pour ainsi dire, les empreintes digitales de Campylobacter à l’intérieur d’un délai de quelques heures plutôt que de quelques jours, au moyen d’outils utilisés couramment depuis de nombreuses années dans des laboratoires de microbiologie.

« Fondamentalement, nous avons adopté une démarche assimilable à celle des “systèmes de code à barres” pour rendre le processus beaucoup plus rapide et moins coûteux, indique M. Taboada. Nous avons recensé un ensemble de gènes de la bactérie qui constitue en quelque sorte les empreintes digitales d’une souche donnée. De cette manière, un laboratoire n’a qu’à étudier une très petite partie du génome de Campylobacter pour voir si elle correspond aux empreintes digitales de la souche que l’on soupçonne être à la source de l’infection. »

Amélioration de la salubrité alimentaire

Même si les résultats des travaux de M. Taboada ne sont pas encore utilisés de manière courante, ils suscitent beaucoup d’intérêt dans les milieux de la santé publique partout au Canada. Le British Columbia Centre for Disease Control, notamment, procède actuellement à des essais sur le terrain de cette nouvelle méthode et l’Agence canadienne d’inspection des aliments (ACIA) l’utilise dans une importante étude sur Campylobacter dans l’industrie avicole du Canada.

« Les études ont démontré qu’un pourcentage pouvant aller jusqu’à 70 % du poulet cru vendu dans les épiceries canadiennes est contaminé par Campylobacter (et c’est pourquoi il est si important de manutentionner le poulet cru avec les précautions appropriées et de le cuire complètement), mais nous ne savons pas à quel stade du processus de production cette contamination se produit, indique M. Taboada. Grâce à notre méthode, l’ACIA pourra déterminer avec précision l’origine d’une souche précise de la bactérie et la manière dont elle s’est déplacée d’un lieu à un autre, et de là, chercher des moyens de réduire sa propagation. »

Entre autres avantages, M. Taboada indique que la nouvelle méthode contribuera au bout du compte à améliorer la santé des Canadiens en permettant aux organismes responsables d’assurer la salubrité des approvisionnements alimentaires d’identifier rapidement et avec précision la source de toute contamination par Campylobacter.

Faire du Canada un chef de file

À Agriculture et Agroalimentaire Canada (AAC), le chercheur en salubrité alimentaire, Doug Inglis, affirme que la méthode de caractérisation de Campylobacter jejuni développée par M. Taboada « place le Canada à l’avant-garde mondiale. »

« Cette méthode permettra de véritables percées qui réduiront les effets nocifs de la bactérie sur les Canadiens, affirme M. Inglis. Ainsi, dans le cadre de nos recherches à AAC, nous planifions d’établir le génotype de quelque 20 000 isolats de C. jejuni. Ensuite, nous tenterons d’identifier ceux qui posent un danger pour les humains et ceux qui sont inoffensifs. Cette méthode de génotypage développée par M. Taboada et son équipe nous permettra d’identifier les principales sources des souches nocives et de comprendre leur mode de transmission aux Canadiens, une information cruciale pour atténuer l’effet des maladies provoquées par cette très importante bactérie. »

Du même souffle, M. Taboada affirme que, sans l’IRDG, ses recherches auraient été impossibles. « L’IRDG nous a permis de conduire des recherches en génomique significatives, de faire le genre de recherche fondamentale qui conduit aux résultats que nous avons été en mesure d’obtenir, indique t il. L’IRDG a également facilité la collaboration, ce qui nous a permis de travailler avec des gens comme M. Inglis et avec l’ACIA afin de trouver des applications pratiques susceptibles de véritablement protéger la santé et la sécurité des Canadiens. »

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