Les investissements en génomique engendrent de nouveaux outils qui contribuent à l'amélioration génétique du saumon

Comme le souligne la chercheuse de Pêches et Océans Canada (MPO) Ruth Withler, pour déterminer si un pisciculteur voit à ses affaires, « il est essentiel de bien connaître son poisson et de savoir où il va. »

Grâce aux fonds de l'Initiative de recherche et développement en génomique (IRDG), Mme Withler et ses collègues de la Station biologique du Pacifique de MPO, à Nanaimo, ont développé des outils et réuni les données qui permettront de répondre à ces questions de façon plus fiable que jamais.

Le Chinook

Les recherches les plus récentes de Mme Withler portaient sur la population du saumon Chinook, qui fraie dans les cours d'eau le long de la côte ouest de l'île de Vancouver. Avec un poids pouvant dépasser les 50 kilos, le Chinook est, de loin, la variété la plus impressionnante du saumon du Pacifique. En plus de faire partie intégrante du régime et de la culture des Premières Nations côtières depuis des siècles, ce poisson soutient d'importantes activités de pêche commerciale et sportive. À l'instar de tous les saumons, ou presque, le Chinook voit son abondance varier d'une année à l'autre, mais la population de spécimens sauvages ne cesse de s'amenuiser depuis trente à quarante ans.

Parallèlement à la restauration de l'habitat et à une intendance raisonnée des stocks avec la participation de la collectivité, l'élevage figure parmi les principaux instruments du Programme de mise en valeur des salmonidés de MPO, en place dans les régions du Pacifique et du Yukon depuis une quarantaine d'années. Tous les ans, les salmoniculteurs relâchent des dizaines de millions d'alevins afin de renouveler la population de saumons et d'alimenter la pêche, qu'elle soit de nature commerciale, sportive ou vivrière, comme chez les Autochtones.

Des outils de génomique pour mieux comprendre l'impact des élevages

« Les élevages favorisent la pêche, ne serait-ce que par la récolte d'un plus grand nombre de poissons. Cela ne fait aucun doute, » affirme Mme Withler. « Mais nous ne savons pas vraiment quel impact la pisciculture a sur la population de saumons sauvages, c'est-à-dire sur la biodiversité indispensable au maintien de cette population, bref les poissons qui s'adaptent suffisamment bien à la nature pour y survivre et s'y reproduire. »

Une partie du problème vient de la capacité d'établir si un saumon est sauvage ou pas. D'habitude, les saumons d'élevage sont identifiés avec une micromarque codée. Cependant, à cause du coût élevé de l'opération et du nombre formidable de poissons, les éleveurs ne marquent qu'environ dix pour cent des saumons qu'ils relâchent chaque année.

« L'IRDG nous a procuré les ressources dont nous avions besoin pour trouver et enregistrer les marqueurs génétiques des saumons d'élevage et même des saumons sauvages, dans quelques cas, si bien que nous avons pu en établir la généalogie. Plus besoin d'étiquettes, donc. L'ADN du poisson nous apprend d'où il vient », explique Mme Withler. « À présent, quand nous attrapons les poissons qui remontent les cours d'eau pour frayer, nous pouvons évaluer beaucoup plus précisément combien de saumons d'élevage et combien de saumons sauvages réussissent à atteindre les frayères et à s'y reproduire. »

À peine un début

Mateo Juan, membre de l'équipe de marquage à la Division de l'évaluation des stocks de MPO, tenant un saumon Chinook adulte. (Photo d'Allan Moreau)

Selon Mme Withler, les recherches de ce genre ne font que commencer. « Au départ, nous n'avons établi ces généalogies que pour quelques réseaux hydrographiques, avec une dizaine de marqueurs génétiques. Cependant, à partir de l'année d'éclosion 2013, nous avons caractérisé les stocks de géniteurs de tous les élevages du sud de la Colombie-Britannique qui fixaient des micromarques codées aux jeunes saumons Chinook au moyen de centaines de marqueurs. Leur progéniture commence seulement à revenir de l'océan vers les élevages et les frayères naturelles », déclare-t-elle.

« Pour la première fois, nous aurons suivi une génération entière de saumons d'élevage et avons la possibilité d'en établir le nombre, de vérifier la diversité des spécimens qui reviennent et d'évaluer la facilité avec laquelle ils se reproduisent dans des conditions naturelles. Ces renseignements nous aideront dans nos travaux et permettront aux biologistes de savoir si, en plus de favoriser la pêche, les saumons Chinook d'élevage contribuent ou nuisent au rétablissement des populations qui fraient naturellement. »

La clé : l'IRDG

Mme Withler croit que ce travail aurait été irréalisable sans l'aide de l'IRDG. « À maints égards, le soutien que l'IRDG a procuré à ce projet et à d'autres, à la Station biologique du Pacifique, a amorcé l'application de la génomique à l'amélioration génétique du saumon », conclut la scientifique. « L'IRDG a donné l'élan voulu à une brochette de projets de recherche qui nous aideront à comprendre, par exemple, pourquoi les poissons d'élevage se reproduisent si mal dans la nature au bout de quelques générations, comment la diversité des populations sauvages pourrait en être affectée et ce que l'on pourrait faire pour y remédier. »

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