Vers une gestion plus rentable des pêches à l'aide de technologiques génomiques de pointe

Qu'on le pêche commercialement ou pour le sport, ou peu importe la place qu'il occupe depuis des millénaires dans les us et coutumes des Autochtones, nul ne niera l'importance que revêt le saumon pour la Colombie-Britannique. On comprend donc pourquoi Pêches et Océans Canada (MPO) travaille en étroite collaboration avec la province, les communautés autochtones et d'autres intervenants pour préserver et gérer les stocks de saumon du Pacifique. Le ministère coopère aussi avec les États-Unis pour administrer et réguler la pêche commerciale de cette espèce, aux termes du Traité sur le saumon du Pacifique.

Les stations d'alevinage qu'exploitent MPO et d'autres intéressés jouent un rôle capital dans ces efforts, car elles libèrent chaque année les millions de jeunes saumons qui iront grossir et renouveler les populations vulnérables, dont celles des saumons Chinook et Coho, désormais au nombre des espèces menacées. Comme l'explique Terry Beacham, chercheur à la Station biologique du Pacifique de MPO, « garder la trace des saumons que relâchent les élevages — c'est-à-dire déterminer combien sont pêchés, à quel endroit et le reste — nous aide à estimer l'abondance des espèces d'une année à l'autre, et facilite l'élaboration de stratégies générales de gestion. »

Sur la piste des saumons

On retrouve la plupart des saumons Chinook et Coho issus des salmonicultures grâce à des micromarques codées, implantées dans l'alevin avant sa mise en liberté. Une fois récupérée et déchiffrée, cette étiquette révèlera l'âge du poisson et sa provenance. Toutefois, l'opération étant relativement coûteuse et la micromarque codée ne pouvant être retirée sans que l'on tue l'animal, seuls dix pour cent environ des alevins sont identifiés. En conséquence, beaucoup de saumons d'élevage ne peuvent être rattachés à une salmoniculture particulière.

Depuis quelques années, MPO a rehaussé ses capacités en la matière en recourant à la technique dite du « marquage génétique » pour identifier les saumons d'élevage. « Au lieu de fixer une étiquette physique, nous établissons le génotype des reproducteurs dans chaque élevage », explique M. Beacham.

« On peut échantillonner l'ADN d'un saumon dans l'océan de manière non invasive, puis le comparer aux génotypes conservés dans la base de données pour savoir s'il s'agit d'un poisson d'élevage et, dans ce cas, établir quand et où il a été relâché. À dire vrai, cette technique ne permet pas seulement d'identifier l'élevage d'où vient le poisson, mais ses parents également. En génotypant les reproducteurs d'une salmoniculture, on "marque" la totalité de leurs rejetons, ce qui constitue une nette amélioration par rapport aux dix pour cent qui auraient été identifiés auparavant avec les micromarques codées. »

Un pas de géant grâce à l'IRDG

Les fonds de l'Initiative de recherche et développement en génomique (IRDG) du gouvernement fédéral ont permis au laboratoire de M. Beacham de hisser d'un cran plus haut le marquage génétique des saumons Chinook et Coho. « L'avènement des technologies de séquençage de prochaine génération change complètement la donne, déclare-t-il, car ces technologies nous permettent d'analyser l'ADN de 384 poissons à la fois (bientôt 768) et d'établir combien sont des saumons d'élevage, l'endroit d'où ils viennent et quels étaient leurs parents. »

Pareille analyse serait irréalisable sans une base de données sur le génotype des parents des saumons Chinook et Coho. « Enregistrer le génotype des reproducteurs tous les ans et identifier les marqueurs génétiques qui associeront les alevins à leurs géniteurs est une entreprise passablement dispendieuse », déplore M. Beacham. « Nous poursuivons le génotypage annuel des reproducteurs Chinook dans les élevages où l'on implante encore des micromarques codées aux jeunes saumons avant de les relâcher, toujours avec le soutien financier de l'IRDG. »

Prochaines étapes

Pêche expérimentale visant à estimer l'abondance des saumons et à prélever des échantillons (MPO)

Même si l'évaluation de ces travaux n'est pas terminée, M. Beacham est persuadé qu'une fois que l'on aura prouvé que le marquage génétique fournit au moins autant d'informations que les micromarques codées, les technologies de génotypage de la prochaine génération montreront que le marquage génétique est la méthode la plus rentable pour recueillir et analyser de telles données.

« Puisque le marquage génétique permet d'étiqueter tous les poissons d'un élevage, on disposera d'un échantillonnage plus complet et représentatif sur lequel travailler quand l'on essaiera de comprendre l'incidence des différents élevages sur la population de saumons, d'établir si les poissons d'élevage sont aussi productifs que leurs congénères sauvages, et dans quelle mesure ils survivent dans la nature », poursuit M. Beacham. « Plus nous aurons d'informations de ce genre, plus nous en apprendrons au personnel de MPO sur l'apport des élevages à telle ou telle population. Les activités d'élevage et de pêche s'en trouveront mieux gérées. »

Selon David Willis, biologiste de soutien et d'évaluation d'amélioration de MPO à Vancouver, les progrès réalisés par le marquage génétique au cours des dernières années nous ont procuré un nouveau jeu d'outils pour administrer les élevages de saumons en Colombie-Britannique.

« Pouvoir marquer tous les alevins produits par un élevage et retracer l'origine des poissons sur plusieurs générations nous permettra de gérer plus efficacement la salmoniculture, croit-il. Au bout du compte, cela nous aidera à mieux atteindre nos objectifs, qui consistent à faciliter une exploitation durable des stocks, à protéger les populations de saumons vulnérables et à fournir les informations indispensables aux évaluations sur lesquelles s'appuie la gestion des pêches dans les eaux canadiennes et internationales. »

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