La génomique permet d’alléger le fardeau réglementaire des cultivateurs de soja canadiens

Depuis ses débuts modestes dans les années 1930 et 1940, où il faisait figure de nouveauté, le soja arrive aujourd'hui au cinquième rang des cultures canadiennes par sa valeurNote de bas de page 1. En 2013, les cultivateurs canadiens ont produit près de 5,2 millions de tonnes de sojaNote de bas de page 2, ce qui équivaut à plus de 1,5 milliard de dollars en recettes agricolesNote de bas de page 3. Les exportations de soja canadien au Japon, en Chine, dans l'Union européenne et ailleurs dans le monde atteignent aujourd'hui plus de 1 milliard de dollars par annéeNote de bas de page 4.

Kystes du nématode du soja prélevés sur des racines d’un plant infecté. Les kystes ont moins d’un millimètre de diamètre, mais peuvent contenir jusqu’à 200 œufs.  
(Référence photographique : AAC)

Comme toute plante de culture, le soja est vulnérable à une diversité de maladies et de ravageurs. L'un des parasites les plus dommageables pour cette culture est le nématode du soja, Heterodera glycines, un ver rond microscopique qui s'attaque aux racines de la plante.

Débarquement funeste au Canada

Malgré les règlements à l'importation destinés à lui barrer la route, le nématode du soja a été découvert au Canada en 1987, en Ontario plus précisément. À l'époque, les producteurs de soja dans les zones touchées devaient respecter des exigences strictes pour empêcher la dissémination de particules de sol et de tissus végétaux infestés par le nématode. Tout manquement à ces règles, en vertu desquelles un cultivateur qui avait traversé en tracteur un champ où la présence du nématode avait été confirmée était tenu de laver son véhicule pour éliminer tout contaminant potentiel avant de pénétrer dans un autre champ, constituait une infraction.

Malgré ces précautions, le nématode du soja a continué de se propager dans les zones de culture, infectant une grande partie du territoire ontarien et causant des pertes évaluées à des dizaines de millions de dollars par annéeNote de bas de page 5. Plus le parasite se propageait, plus le territoire visé par le règlement s'étendait. Le Manitoba y a été assujetti après la découverte du nématode en 2012.

Importance de la détection précoce

Une fois qu'il s'est établi dans un endroit particulier, le nématode du soja est difficile à éradiquer. L'expérience a toutefois démontré qu'il est possible de limiter les dommages causés en utilisant des mesures de lutte rigoureuses et novatrices, notamment la rotation des cultures d'une année à l'autre et la plantation de nouveaux cultivars qui résistent au parasite.

Toutefois, pour garantir l'efficacité des mesures de lutte, il faut que la détection ait lieu aux premiers stades de l'infestation. Dès que les signes d'infestation sont visibles sur les plants, il est trop tard. Si le cultivateur n'a pas accès à des cultivars résistants ou tolérants au nématode, il lui faudra mettre son champ en jachère pendant plusieurs années, le temps d'amener la population à un niveau gérable.

Améliorer la détection précoce

Dans l'optique de favoriser la détection précoce, un chercheur et spécialiste en nématodes d'Agriculture et Agroalimentaire Canada, Qing Yu, a mis au point avec l'aide de son équipe un test pour détecter la présence du nématode dans le sol. Ce test s'avère plus rapide et plus efficace que tous ceux qui l'ont précédé.

« Avant notre test, la seule façon valable de s'assurer de la présence du nématode du soja dans un champ consistait à analyser un grand nombre d'échantillons de sol au microscope pour y trouver des nématodes adultes, explique M. Yu. En utilisant la génomique, nous avons mis au point un test pour détecter la présence d'ADN du nématode dans des échantillons de sol. On peut ainsi voir s'il y est présent, même en petit nombre et à tout stade de son développement, de l'œuf à l'adulte. »

M. Yu explique qu'il n'aurait pas été possible de mettre au point ce test de dépistage sans le recours aux techniques de séquençage génomique de nouvelle génération développées grâce au soutien financier de l'Initiative de R-D en génomique (IRDG) du gouvernement du Canada. « Il existe d'autres tests de dépistage faisant appel à la génétique, mais le recours aux techniques mises au point par les chercheurs de l'IRDG nous a permis de développer une méthode de détection plus rapide et plus précise. »

Le Canada lève les exigences concernant le nématode du soya

En 2013, M. Yu a utilisé son test pour confirmer la présence du nématode au Québec pour la première fois, une découverte qui a influé sur la décision de l'Agence canadienne d'inspection des aliments (ACIA) de lever les exigences qui avaient été imposées aux cultivateurs de soja de l'Ontario et du Manitoba.

Selon Cameron Duff, directeur exécutif de la Direction des sciences de la santé des végétaux à l'ACIA, la découverte du nématode au Québec aurait pu au contraire amener les autorités à étendre le règlement aux cultivateurs de soja de la province. Toutefois, plusieurs facteurs, dont la distribution de la population, l'impact des mesures réglementaires et l'existence de cultivars résistants, ont plutôt incité les autorités à lever le règlement pour tous les cultivateurs de soja au Canada en novembre 2013.

« Le test de M. Yu nous permet de détecter le nématode plus rapidement et avec précision, explique M. Duff. Cette capacité de détection précoce a beaucoup joué dans la prise d'une décision éclairée, sachant que les cultivateurs peuvent désormais recourir à des techniques pour contrôler le parasite aux premiers stades de l'infestation et gérer leur production de manière efficace, même sans contrôle réglementaire. »

Une décision bien accueillie

La coordonnatrice de la recherche de Grain Farmers of Ontario, Meghan Moran, indique que les cultivateurs de soja ont accueilli favorablement la décision des autorités de lever le règlement. « Au lieu de perdre du temps à s'assurer qu'ils respectaient à la lettre chaque point du règlement, les cultivateurs peuvent désormais concentrer leurs efforts sur l'adoption de pratiques de gestion saines, conclut Mme Moran. Maintenant que la présence du nématode peut être détectée plus rapidement, les cultivateurs peuvent réagir plus rapidement, au moment où les interventions sont le plus efficaces. »

Notes de bas de page

Note de bas de page 1

Statistique Canada, Le soya, la culture « bonne à tout faire » de l'agriculture, gagne du terrain dans tout le Canada (rapport de 2007)

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Note de bas de page 2

Conseil canadien du soya, Statistiques sur l'industrie

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Note de bas de page 3

Statistique Canada, Recettes monétaires agricoles (novembre 2011), données sur la campagne agricole de 2010, consulté sur le site www.statcan.gc.ca/pub/21-011-x/21-011-x2011002-fra.pdf

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Note de bas de page 4

Agriculture et agroalimentaire Canada, Le gouvernement Harper crée des débouchés à l'exportation au profit de l'industrie canadienne du soja (communiqué de presse)

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Note de bas de page 5

Albert Tenuta, phytopathologiste, ministère de l'Agriculture et de l'Alimentation et ministère des Affaires rurales de l'Ontario, Watch for soybean cyst nematodes in Manitoba, Manitoba Co-operator, 14 mars 2012.

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