Projets par ministère

Agriculture et Agroalimentaire Canada

Camelina sativa, source végétale d'énergie propre pour le 21e siècle au Canada

Période de financement : 2017-2019
Responsable : Dwayne Hegedus
Investissement global de l'IRDG : 370 000 $

On vante abondamment l'utilité de la caméline en tant que matière première pour la production de biodiesel et de carburant d'aviation. Proche parent du canola et de la moutarde, cette plante se prête aux méthodes de culture classiques et affectionne les sols pauvres qui ne conviennent guère aux cultures vivrières, de sorte que le choix délicat entre production d'aliments ou de carburant ne se pose pas. Les chercheurs examineront la diversité génétique de la caméline, recourront à la génomique pour dépasser les limites des traits agronomiques ainsi que de la qualité des semences et du produit, et entreprendront des études pour établir clairement les possibilités de cette nouvelle source d'énergie propre pour l'économie. Le projet s'inscrit dans une série d'initiatives visant à exploiter la caméline pour son potentiel énergétique. Participeront aux travaux les parties prenantes de divers paliers (agriculteurs, améliorateurs du secteur privé, fournisseurs de semences, fournisseurs de bioproduits et de biocarburant, communautés rurales).

Application de la génomique à l'identification des gènes codant la résistance et la sensibilité et à la dissection des mécanismes d'infection en vue de conférer aux céréales une résistance durable à Fusarium et à la rouille

Période de financement : 2017-2019
Responsable : Linda Harris
Investissement global de l'IRDG : 1 144 509 $

La pérennité de l'industrie céréalière canadienne dépend de la culture de céréales qui produiront une abondance de grains de haute qualité, non contaminés, ou très peu, par des agents pathogènes ou des mycotoxines. La brûlure de l'épi causée par Fusarium et la rouille demeurent les plus grandes menaces pour les céréaliculteurs. On a besoin de variétés résistantes pour éviter les pertes calamiteuses comme celles observées récemment dans l'Ouest. Grâce au solide réseau multidisciplinaire établi par AAAC (hybridation, génétique, génomique, protéomique, pathologie, culture tissulaire, métabolomique et chimie des mycotoxines), les chercheurs identifieront de nouvelles sources de résistance à Fusarium et à la rouille, et étudieront les modes d'infection de Fusarium, la régulation de la synthèse des mycotoxines et les interactions des espèces du genre Fusarium afin de conférer aux céréales une résistance durable contre les cryptogames et d'aider l'agriculture canadienne à garder sa rentabilité.

Des gènes pour combattre la cécidomyie du blé et du canola

Période de financement : 2017-2019
Responsable : Martin Erlandson
Investissement global de l'IRDG : 211 000 $

Les ravageurs dérobent des milliards de dollars à l'économie canadienne en endommageant les grandes cultures et les cultures maraîchères. Des découvertes récentes sur les interactions plante-parasite et en génomique des insectes ont débouché sur l'élaboration de solutions de rechange intéressantes aux insecticides chimiques, notamment des gènes codant la résistance des plantes et des méthodes articulées sur la génomique qui s'attaquent à des gènes précis, vitaux pour les ravageurs. La cécidomyie du chou-fleur est un important ravageur des légumes de la famille des Brassicacées et du canola en Ontario et au Québec, tandis que la cécidomyie orangée menace dangereusement la culture du blé au Canada. Ce projet servira à mettre sur pied une base de données en génomique pour ces deux parasites. Parallèlement, on étudiera leurs interactions avec la plante hôte au niveau moléculaire. L'objectif à long terme est de créer des variétés capables de résister à ces insectes.

Stratégies de pointe en génomique pour améliorer les oléagineux au moyen de nouveaux gènes

Période de financement : 2017-2019
Responsable : Kevin Rozwadowski
Investissement global de l'IRDG : 1 073 510 $

Les variations génétiques sont la principale arme employée par les phytogénéticiens pour créer des variétés qui optimisent rendement, qualité et durabilité de la production, en dépit des stress biotiques et abiotiques. Malheureusement, ces variations sont peu nombreuses dans le matériel génétique existant, ce qui réduit la marge de manœuvre des obtenteurs quand surgissent de nouveaux problèmes de production. Pour accélérer l'hybridation du canola, il faut absolument préciser la génomique des variations existantes, identifier les allèles intéressants et sélectionner les caractères désirables au moyen de marqueurs. Si on parvient à surmonter les obstacles qui nuisent à la recombinaison des gènes, il sera plus facile de modifier des gènes spécifiques pour obtenir les caractères désirés. En comprenant les variations génétiques et les outils qui en favorisent l'expression, on améliorera génétiquement plus vite les variétés de canola et on stabilisera la production et la rentabilité.

Variantes génétiques et épigénétiques des céréales canadiennes pour l'hybridation et l'analyse fonctionnelle

Période de financement : 2017-2019
Responsable : Nick Tinker
Investissement global de l'IRDG : 1 072 000 $

Avec la plantation de 5,5 millions d'acres en 2016, le soja se range troisième parmi les grandes cultures du Canada. L'Ontario, le Manitoba et le Québec en sont les principaux producteurs. Le stress biotique engendré par Phytophthora sojae, Sclerotinia sclerotiorum, le virus de la mosaïque du soja et le nématode du soja, figure parmi les principaux risques de maladie à l'origine d'une baisse du rendement et de la perte de revenus. Agriculture et Agroalimentaire Canada aborde ce problème par une approche multidisciplinaire, dans la foulée des autres projets financés en tandem par le ministère et l'IRDG qui recourent aux technologies de pointe en génomique, profilage des métabolites et des transcrits, et modification des gènes (technologie CRISPR/CAS).

Agence canadienne d'inspection des aliments

Application du séquençage du génome entier aux enquêtes d'épidémiologie moléculaire sur la tuberculose bovine au Canada et à la recherche intensive de nouveaux antigènes susceptibles de faciliter l'identification de Mycobacterium bovis et de Brucella abortus

Période de financement : 2014-2019
Responsable : Olga Andrievskaia
Investissement global de l'IRDG : 350 000 $

Le développement récent de nouvelles méthodes de génomique et le séquençage du génome entier ont permis à l'Agence canadienne d'inspection des aliments (ACIA) de mieux détecter les agents pathogènes qui menacent les animaux sauvages leur servant de réservoir. Ce projet uniformise les approches d'épidémiologie moléculaire employées lors des éclosions de tuberculose bovine et des enquêtes sur les cas de cette maladie, menées avec le ministère de l'Agriculture des États-Unis. Le projet développe des modèles sur la transmission de Mycobacterium bovis chez le bétail et chez les animaux sauvages faisant office de réservoir à la tuberculose bovine au Canada. Grâce à ces recherches, l'ACIA recueillera de nouvelles données sur l'évolution des souches de Mycobacterium bovis, de sorte qu'elle protègera mieux la faune porteuse du microorganisme dans diverses régions du Canada et de l'Amérique du Nord.

Détection et identification des ravageurs des plantes et des végétaux présentant de nouveaux caractères par le séquençage de nouvelle génération

Période de financement : 2014-2019
Responsable : Guillaume Bilodeau
Investissement global de l'IRDG : 1 000 000 $

L'ACIA met au point un système de code à barres génétique et de séquençage de nouvelle génération qui lui permettra de mieux assumer ses responsabilités en réglementation phytosanitaire, notamment par la détection et l'identification des plantes envahissantes, des insectes et des agents pathogènes nuisibles réglementés, ainsi que des végétaux à caractères nouveaux. Les chercheurs disposent de matériel et d'outils de bio-informatique dont ils se serviront pour créer des dépôts de données sur le séquençage. De nouveaux instruments, protocoles d'essai sur le terrain, techniques de génotypage pour les organismes visés et méthodes d'assemblage du génome faciliteront la détection des virus, insectes et plantes qui exhibent de nouveaux caractères génétiques. Ce projet fera progresser les sciences avant-gardistes au service de la réglementation pour appuyer l'ACIA dans ses efforts de phytoprotection.

Élaboration de méthodes diagnostiques reposant sur le séquençage pour surveiller, dépister et caractériser l'ARN des virus qui contaminent ou infectent les aliments, les animaux et les plantes

Période de financement : 2014-2019
Responsable : Mike Rott
Investissement global de l'IRDG : 350 000 $

La liste des organismes nuisibles réglementés par l'Agence canadienne d'inspection des aliments comprend de nombreux ARN viraux susceptibles d'infecter les végétaux et les animaux. Certains présentent aussi des risques appréciables pour l'être humain. Ce projet propose d'utiliser de nouvelles techniques de séquençage de l'ARN pour détecter, identifier et caractériser au niveau moléculaire les ARN viraux découverts dans divers substrats tels les plantes, les tissus animaux et une gamme d'aliments. Le projet aidera les scientifiques des trois secteurs d'activité de l'ACIA pour mettre au point, perfectionner, adapter et harmoniser les méthodes de séquençage de la prochaine génération et les filières d'identification et de caractérisation des ARN viraux connus ou inconnus. Les outils de génomique seront intégrés à l'arsenal de moyens diagnostiques de l'ACIA.

Développement d'une infrastructure et d'outils en bio-informatique pour appuyer les travaux de génomique poursuivis par les trois secteurs d'activité (aliments, plantes et animaux) de l'ACIA

Période de financement : 2014-2019
Responsable : Catherine Carrillo
Investissement global de l'IRDG : 200 000 $

Les progrès récents accomplis en génomique ont débouché sur une plus grande application des technologies connexes aux activités scientifiques qui sous-tendent les efforts de réglementation de l'ACIA. Les trois secteurs d'activité de l'Agence (aliments, plantes et animaux) ont mis au point plusieurs méthodes et applications en parallèle. Ce projet harmonisera les activités en génomique de l'ACIA, notamment l'élaboration de méthodes, l'analyse des données en génomique par la bio-informatique et la formation sur l'usage des outils de bio-informatique dispensée par l'ACIA dans les trois domaines de son ressort, à savoir la salubrité des aliments, l'hygiène vétérinaire et la phytoprotection. Le projet tirera parti des collaborations nouées avec d'autres laboratoires fédéraux et débouchera sur un meilleur accès général à ces outils, à l'ACIA. L'utilisation de plateformes communes en génomique et bio-informatique fera en sorte que les efforts ne soient pas répétés inutilement et que les ressources puissent être réaffectées en vue d'une meilleure intégration des nouvelles technologies de génomique aux activités officielles de l'agence.

Amélioration des capacités de l'ACIA à détecter et à caractériser les virus connus et inconnus/inattendus des animaux aux répercussions importantes, ainsi que leurs vecteurs et leurs réservoirs

Période de financement : 2014-2019
Responsable : John Pasick
Investissement global de l'IRDG : 650 000 $

Ce projet augmente la capacité de l'ACIA à dépister puis à caractériser les virus des animaux les plus prioritaires. Les recherches soutiennent l'élaboration de méthodes et de protocoles pour séquencer les isolats viraux ainsi qu'exploiter les techniques de séquençage de nouvelle génération, en complément aux méthodes de diagnostic usuelles. Le projet aidera aussi le Centre national des maladies animales exotiques à mieux réagir lors de l'identification du virus de la grippe aviaire et du virus Seneca Valley dans les échantillons prélevés sur le terrain. On a passablement avancé dans le développement et le perfectionnement de nouveaux protocoles applicables aux virus de plusieurs maladies exotiques (virus de la fièvre catarrhale, virus Seneca Valley, virus de la fièvre aphteuse, paramyxovirus-1 aviaire et virus de la peste porcine classique) et on a analysé le génome de multiples isolats de ces virus prioritaires en vue de rendre le diagnostic des maladies plus facile.

Le séquençage intégral du génome en tant qu'outil pour dépister, isoler, identifier et caractériser les agents pathogènes et concourir à la réalisation des objectifs canadiens liés à l'inspection des aliments

Période de financement : 2014-2019
Responsable : Burton Blais
Investissement global de l'IRDG : 1 000 000 $

Ce projet développe une base de données sur les agents pathogènes connus grâce à laquelle l'ACIA mettra en place un système d'inspection des aliments extrêmement réactif et articulé sur les risques. Les scientifiques de l'ACIA s'efforcent de créer une base de données sur les agents pathogènes liés aux aliments ainsi que de nouveaux outils avec lesquels on dépistera mieux les microorganismes dangereux dans les approvisionnements alimentaires. On a séquencé entièrement des milliers d'agents pathogènes, y compris les souches de Salmonella, Listeria, Escherichia coli, Shigella, Staphylococcus et des bactéries infectieuses associées aux maladies d'origine alimentaire, puis ajouté leur génome à la base de données en génomique utilisée pour la réglementation. Cette base de données concourra à atténuer les risques que le système d'approvisionnement alimentaire pourrait présenter pour la santé publique.

Environnement et Changement climatique Canada

Évaluation de l'impact de la chasse et d'autres causes de mortalité sur les populations vulnérables du guillemot marmette dans l'Atlantique Nord à l'aide de la génomique

Période de financement : 2016-2019
Responsable : Greg Robertson
Investissement global de l'IRDG : 60 272 $

Oiseau de mer qui nidifie un peu partout dans l'hémisphère nord, le guillemot marmette subit de nombreuses contraintes attribuables à l'activité humaine, notamment la chasse, permise au Canada et au Groenland. De nombreuses colonies de cet oiseau s'amenuisent dans l'Atlantique Nord. Il importe donc d'établir si certaines populations sont plus touchées que d'autres par la chasse, auquel cas des quotas devront être établis pour les préserver. Nous recourrons au séquençage de l'ADN pour déterminer la colonie d'origine des guillemots abattus au Canada et au Groenland. Les résultats étayeront les pratiques de chasse dans les deux pays et en commanderont la modification au besoin, pour éviter que les populations en déclin ne subissent des pressions excessives.

Élaboration et validation de techniques de métabolomique pour évaluer l'incidence des changements environnementaux de grande envergure sur la réaction de la faune au stress

Période de financement : 2016-2019
Responsable : Catherine Soos
Investissement global de l'IRDG : 149 477 $

Comprendre les causes et les conséquences du stress chez la faune est de plus en plus important, étant donné que des changements environnementaux à grande échelle se produisent à un rythme rapide et entraînent de multiples facteurs de stress concurrents qui menacent la faune et la santé humaine. Des techniques de pointe non invasives sont nécessaires pour nous aider à comprendre et à atténuer les effets du stress sur la faune, et à identifier les populations à risque. Dans le cadre de ce projet, nous développons et validons l'utilisation de nouveaux outils métabolomiques pour évaluer le stress chez les animaux sauvages et nous appliquons ces outils pour étudier les réponses à des changements à grande échelle comme le changement climatique et le développement des sables bitumineux.

Développement d'outils de génomique de la prochaine génération pour examiner les effets cumulatifs des polluants et des agents pathogènes urbains sur deux espèces de poisson utilisées comme sentinelles écologiques

Période de financement : 2016-2019
Responsables : Magali Houde et David Marcogliese
Investissement global de l'IRDG : 262 109 $

Les effluents municipaux constituent d'importantes sources de pollution du milieu aquatique. Ce projet vise à déterminer l'impact cumulatif des facteurs de stress anthropiques (exposition aux produits chimiques) et naturels (parasites) sur la vitalité de deux espèces sauvages de poisson, présentes dans le Saint-Laurent et dont l'environnement est exposé à d'importants effluents, essentiellement urbains. L'usage d'outils technologiques de pointe aidera les chercheurs à déterminer les systèmes biologiques que pourrait affecter l'exposition au bouillon complexe résultant des activités humaines. Des essais complémentaires sur l'exposition à long terme de jeunes truites arc-en-ciel en laboratoire nous en apprendront davantage sur les effets particuliers d'un facteur de stress métallique et naturel (température et oxygénation de l'eau) sur les poissons, ce qui nous amènera à mieux saisir les répercussions possibles d'une accumulation de ces effets sur les organismes aquatiques.

L'ADN environnemental — meilleures inférences grâce à des études de validation

Période de financement : 2016-2019
Responsable : Kirsty Gurney
Investissement global de l'IRDG : 170 019 $

Les chercheurs utilisent de plus en plus du matériel génétique trouvé dans l'environnement naturel (ADN environnemental) pour surveiller la biodiversité, déterminer où se trouvent des espèces menacées, insaisissables ou envahissantes, ou étudier l'alimentation chez les animaux en liberté. Il existe toutefois des lacunes en matière de connaissances concernant la récupération efficace du matériel génétique provenant d'échantillons environnementaux. Afin de combler ces lacunes et ainsi d'améliorer la fiabilité des études qui incluent l'utilisation de l'ADN environnemental, nous menons des études sur le terrain et des expériences d'alimentation en laboratoire. En validant une technologie émergente, notre recherche profitera à des programmes de surveillance environnementale, de conservation de la faune et d'évaluation des risques.

Production de données hybrides à partir des méthodes de biosurveillance classiques et de celles reposant sur l'étude de l'ADN

Période de financement : 2016-2019
Responsable : Donald Baird
Investissement global de l'IRDG : 276 963 $

Le Réseau canadien de biosurveillance aquatique (RCBA) d'Environnement et Changement climatique Canada étudie la composition biologique des écosystèmes fluviaux afin de comprendre comment les impacts anthropiques influencent la santé des écosystèmes aquatiques. En collaboration directe avec l'équipe du RCBA et les partenaires du réseau, ce projet explore l'utilisation de méthodes de séquençage d'ADN à haut débit pour obtenir des informations quantitatives sur la composition des communautés de terres humides des sites menacés du Canada atlantique et de la région des sables bitumineux de l'Alberta. Les résultats obtenus dans le cadre de cette étude améliorent la qualité et la quantité des données disponibles pour leur utilisation dans des évaluations environnementales.

Vitalité du génome des espèces sauvages

Période de financement : 2016-2019
Responsable : Jason O'Brien
Investissement global de l'IRDG : 156 454 $

La pollution et la perturbation des habitats résultant de l'activité humaine peuvent avoir des conséquences néfastes sur le génome des animaux sauvages. En effet, celui-ci peut perdre de sa vigueur à la suite de dommages ou de mutations à l'ADN, voire d'une mauvaise régulation du code génétique (épigénétique), avec d'éventuelles répercussions héréditaires qui affecteront des populations entières. Ce projet du Programme des technologies stratégiques pour l'avancement de la génomique en environnement fait appel à la génomique moderne et aux technologies à haut débit pour quantifier les marqueurs de la vitalité génétique chez les populations d'animaux sauvages exposées à divers stress environnementaux résultant de l'exploitation des ressources naturelles, au Canada. Les résultats nous aideront à mieux comprendre l'impact des activités humaines sur le génome des animaux sauvages au pays et fourniront de précieuses informations qui concourront à une exploitation raisonnée des ressources en question.

Prévision par la métabolomique du mode d'action des produits chimiques préoccupants chez les organismes aquatiques

Période de financement : 2016-2019
Responsable : Vimal Balakrishnan
Investissement global de l'IRDG : 184 976 $

La métabolomique est une approche d'un nouveau genre pour évaluer et prévoir l'effet des composés chimiques préoccupants sur les organismes aquatiques et leur écosystème. Pour mieux circonscrire les voies d'action des effets indésirables, les chercheurs se doteront de capacités « internes » avec lesquelles ils établiront comment le génome des organismes (notamment celui de la lampsile fasciolée, une espèce menacée) réagit quand il est exposé à des contaminants prioritaires, mentionnés dans le Plan de gestion des produits chimiques. Les nouvelles techniques faciliteront l'évaluation des risques posés par les substances chimiques, ainsi que la réglementation future de ces dernières par l'apport de nouvelles données tirées de l'ADN.

Profilage de la qualité des cours d'eau par l'ADN environnemental en vue de l'identification des sources de pollution et de la protection des bassins hydrographiques

Période de financement : 2016-2019
Responsable : Tom Edge
Investissement global de l'IRDG : 124 784 $

La pollution par les matières fécales et une quantité excessive d'oligoéléments est un problème très répandu qui affecte la qualité des cours d'eau canadiens. En effet, pareille pollution peut entraîner l'éclosion de maladies d'origine hydrique, la fermeture de plages et de zones où l'on pêche les mollusques et les crustacés, la prolifération d'algues et des répercussions désastreuses pour la santé humaine, la vitalité de l'écosystème et l'économie locale. Ce projet du Programme des technologies stratégiques pour l'avancement de la génomique en environnement recourt aux techniques de séquençage de la prochaine génération pour caractériser l'ADN environnemental dans les cours d'eau et détecter les unicellulaires disséminés par l'hôte animal (être humain, vache, bêtes sauvages…). Ces techniques seront examinées parallèlement aux méthodes, plus classiques, de dépistage des sources de contamination microbienne, de manière à mieux retracer l'origine des oligoéléments et des contaminants fécaux, et ainsi conduire à l'adoption des mesures adéquates pour y remédier.

Structure génétique de la population d'un oiseau de mer très répandu sur la côte du Pacifique

Période de financement : 2017-2019
Responsable : Mark Hipfner
Investissement global de l'IRDG : 51 256 $

Le macareux rhinocéros est un oiseau de mer commun dans le Pacifique dont l'intendance mondiale a essentiellement échoué à ECCC. La pollution par les hydrocarbures, la capture accessoire lors de la pêche, la prolifération des algues toxiques et la modification du réseau trophique attribuable au réchauffement de l'océan figurent parmi les causes de mortalité de l'espèce. Les efforts d'ECCC pour protéger celle-ci sont entravés par le peu d'informations que l'on possède sur la structure génétique de sa population et de celle d'autres espèces. Ce projet appuiera les activités de conservation (à savoir, actions en cas d'urgence marine, création d'aires marines protégées, évaluations environnementales) par une vaste analyse de la façon dont la population du macareux rhinocéros est structurée en vue d'identifier les groupes que l'on pourrait gérer dans le nord du Pacifique.

Analyse rapide de la population d'algues et de la prolifération des algues toxiques au moyen du code à barres génétique et de la télédétection

Période de financement : 2016-2019
Responsable : Jérôme Comte
Investissement global de l'IRDG : 169 651 $

On signale de plus en plus une réduction de la biodiversité du plancton et la prolifération d'algues nuisibles dans les eaux douces, un peu partout au Canada, ce qui a des conséquences néfastes sur la vitalité et la résilience des réseaux trophiques aquatiques. S'y ajoute un impact négatif de nature socioéconomique. Ce projet vise essentiellement à élaborer une méthode multidisciplinaire rapide pour dépister les paramètres importants révélant la présence de cyanobactéries et d'algues toxiques. Les chercheurs recourent à l'ADN et aux images satellitaires à haute résolution pour bâtir une base de données de référence rassemblant le code génétique et le spectre des cyanobactéries et des algues isolées dans les Grands Lacs et d'autres étendues d'eau. Ensuite, on utilisera cette base de données avec les échantillons prélevés dans le lac Érié et ailleurs pour lier ces données aux images obtenues par télédétection. Ce travail aidera le Canada à élargir ses capacités à détecter, à suivre à long terme et à gérer durablement ce problème qui affecte la qualité de l'eau.

Évaluation toxicogénomique du degré d'exposition de la faune aux contaminants environnementaux et de leurs effets

Période de financement : 2016-2019
Responsable : Doug Crump
Investissement global de l'IRDG : 179 278 $

Ce projet cadre avec les stratégies scientifiques poursuivies par ECCC, notamment l'atténuation de l'impact des polluants sur l'environnement, la surveillance de l'environnement, l'étaiement des politiques et de la réglementation connexes ainsi que l'innovation dans le domaine des technologies environnementales. Nous appliquons de nouvelles approches de génomique à des espèces aviaires afin de préciser les effets des produits chimiques prioritaires et des mélanges d'importance pour l'environnement canadien. Les résultats comprendront la caractérisation de spécimens venant des Grands Lacs et des sables bitumineux, l'élaboration d'outils en génomique applicables aux oiseaux sauvages, ainsi qu'un dépouillement plus facile des rapports d'évaluation sur les substances toxiques très prioritaires et la description de nouvelles voies pour les impacts indésirables.

Analyse transcriptomique de l'écotoxicologie des nanomatériaux chez les microorganismes

Période de financement : 2016-2019
Responsable : John Lawrence
Investissement global de l'IRDG : 152 667 $

La production de nanomatériaux et leur usage dans de nombreux produits industriels ou de consommation nous contraignent à en évaluer les risques pour l'environnement. Les chercheurs recourent au séquençage à haut débit et à la bio-informatique (génomique) pour évaluer les effets des nanomatériaux synthétiques sur l'expression de certains gènes, types de gènes ou voies métaboliques chez les microorganismes aquatiques importants pour le bon fonctionnement de l'écosystème. L'objectif consiste à établir un protocole expérimental et des méthodes d'analyse qui autoriseront une évaluation efficace et économique des risques éventuels que les nanomatériaux posent pour l'environnement.

Identification des agents pathogènes viables par le séquençage de l'ADN lors de l'évaluation des risques microbiens

Période de financement : 2016-2019
Responsable : Lee Beaudette
Investissement global de l'IRDG : 177 726 $

Environnement et Changement climatique Canada doit se servir de méthodes scientifiquement valables pour évaluer l'innocuité des produits environnementaux d'origine microbienne offerts dans le commerce à diverses fins (biorestauration, fosses septiques, nettoyage des taches laissées par les animaux familiers, etc.). Les méthodes qui permettent l'identification de tous les microorganismes présents dans ces produits à partir de leur matériel génétique ayant progressé, on doit aussi pouvoir distinguer les microorganismes pouvant se reproduire (donc vivants) de ceux qui en sont incapables (donc morts). La capacité de caractériser à la perfection les produits environnementaux d'origine microbienne aboutira à une évaluation correcte des risques en vertu du Règlement sur les renseignements concernant les substances nouvelles, applicable aux organismes vivants.

Pêches et Océans Canada

Détection in situ des organismes aquatiques grâce à l'ADN environnemental

Période de financement : 2017-2019
Responsable : Rob Bajno
Investissement global de l'IRDG : 187 200 $

Les chercheurs utilisent des appareils à PCR quantitative portatifs, mis au point depuis peu et d'usage facile, pour analyser l'ADN environnemental et détecter en temps réel, sur le terrain, les espèces aquatiques envahissantes, celles menacées d'extinction et celles revêtant un intérêt particulier pour la pêche. Les chercheurs mettent au point une méthode pour la moule zébrée, qui a récemment envahi les eaux du Manitoba, puis ils vérifieront s'il est possible de l'appliquer à d'autres organismes aquatiques (à savoir, les poissons osseux d'eau douce). Ce travail aura son utilité pour les programmes qui requièrent une surveillance dans les lieux reculés et aux endroits « essentiels » (les ports et les sites d'inspection, par exemple), ce qui permettra d'élaborer des approches communautaires qui aideront le gouvernement à suivre et à gérer les organismes aquatiques importants.

Le marquage généalogique du saumon Chinook en Colombie-Britannique

Période de financement : 2017-2019
Responsable : Terry Beacham
Investissement global de l'IRDG : 360 000 $

Les chercheurs collaborent avec les membres des programmes d'amélioration des salmonidés pour élaborer un système de marquage génomique qui remplacera les micromarques magnétisées codées onéreuses et malcommodes avec lesquelles on détermine actuellement l'apport des élevages à la population de saumon Chinook. En identifiant génétiquement les spécimens employés comme géniteurs, on pourra établir l'âge, l'origine et les parents des poissons d'élevage qui reviennent de leur migration dans l'océan. Cette technique non invasive fournira beaucoup plus d'informations que les micromarques codées, et de manière plus facile et moins coûteuse. Ces informations serviront à étayer scientifiquement l'amélioration des salmonidés et les mesures de protection.

Analyse génomique de la répartition spatiale des stocks d'omble chevalier au Labrador

Période de financement : 2017-2019
Responsable : Ian Bradbury
Investissement global de l'IRDG : 481 400 $

L'omble chevalier peuple les eaux douces de l'Arctique. Ce salmonidé anadrome présente depuis longtemps un grand intérêt pour la pêche de subsistance et la pêche commerciale. Pourtant, on a peu de connaissances permettant de prendre des décisions éclairées concernant la pêche commerciale ou par les Premières Nations. Les chercheurs et leurs collaborateurs établissent la distribution des populations de l'omble chevalier en analysant son génome et à l'aide de marqueurs génétiques. Ces enquêtes déboucheront sur une compréhension sans précédent de la distribution de l'omble chevalier, qui permettra d'éclairer les décisions liées à l'exploitation de cette importante espèce de l'Arctique.

Méthodes rapides et sensibles reposant sur l'ADN environnemental pour la détection rapide des espèces aquatiques envahissantes, la lutte contre ces dernières et la surveillance des espèces menacées

Période de financement : 2017-2019
Responsable : Nellie Gagné et Francis LeBlanc
Investissement global de l'IRDG : 207 800 $

Identifier les espèces grâce à l'ADN environnemental présent dans les échantillons d'eau faciliterait les enquêtes usuelles sur le terrain qui étayent la gestion et la protection des espèces aquatiques, surtout les espèces élusives, difficiles à étudier. Dans le cadre de ce projet, on conçoit, évalue et optimise des tests fondés sur l'ADN environnemental pour une vingtaine d'espèces aquatiques envahissantes et pour l'alasmidonte renflée, une espèce menacée. On disposera ainsi d'un nouvel outil pour surveiller les espèces aquatiques importantes et pour tracer des cartes indiquant la distribution de l'alasmidonte renflée ainsi que des espèces envahissantes, problématiques pour l'écologie et l'économie. Les résultats aideront à échafauder des stratégies de gestion et de protection plus efficaces.

Étude de la distribution de la population et de la connectivité de la morue dans l'ouest de l'Atlantique par les techniques de séquençage de la prochaine génération

Période de financement : 2017-2019
Responsable : Geneviève Parent et Yanjun Wang
Investissement global de l'IRDG : 216 700 $

Il faut absolument comprendre comment les stocks sont répartis pour mieux en gérer l'exploitation. La pêche de la morue dans l'Atlantique présente depuis toujours une énorme valeur commerciale. Cependant, en dépit des efforts déployés pour la gérer, la population de ce poisson ne s'est pas encore rétablie. Avec ce projet, on s'efforce de résoudre les problèmes de gestion en précisant les facteurs associés à la reconstitution des stocks. Les populations de morue sont génétiquement caractérisées au terme d'un échantillonnage général des zones de reproduction du Canada et des États-Unis. On évalue la connectivité des stocks à la frontière des deux pays ainsi que dans le nord du golfe du Saint-Laurent. Le projet validera les unités de gestion existantes ou facilitera l'élaboration de nouvelles unités, susceptibles de rehausser la gestion des pêches dans les eaux du Canada et des États-Unis.

Santé Canada

Approche fondée sur les processus biologiques intégrés pour l'analyse de l'immunopotentialisation induite par les vaccins contre le virus respiratoire syncytial

Période de financement : 2014-2019
Responsable : Sean Li
Investissement global de l'IRDG : 1 192 000 $

En plus d'être fréquent, le virus respiratoire syncytial est extrêmement contagieux. Ce virus infecte le système respiratoire des nouveau-nés, des enfants en bas âge et des personnes âgées. Il est la cause la plus commune de la bronchite. Pour l'instant, aucun vaccin ne prévient les maladies qu'il induit, la raison étant que l'on connaît mal les mécanismes viraux à leur origine et que l'on ne possède aucun outil adéquat pour évaluer les vaccins. Avec ce projet, les chercheurs de Santé Canada recourent à la génomique pour mieux saisir les effets toxiques des vaccins et créer des outils de réglementation avec lesquels on pourra évaluer l'innocuité d'un vaccin éventuel.

Développement d'un biomarqueur génomique pour produire un contexte mécaniste et des données justificatives pour l'établissement de la pertinence chez les humains des produits chimiques induisant des réponses cellulaires au stress

Période de financement : 2014-2019
Responsable : Carole Yauk
Investissement global de l'IRDG : 1 075 000 $

Santé Canada évalue les effets sur la santé des milliers de composés chimiques offerts dans le commerce au Canada. Les moyens usuels employés pour en établir la toxicité sont aussi onéreux que laborieux. Les responsables de la réglementation ont besoin d'approches moins coûteuses et plus rapides pour assumer leurs fonctions. Dans le cadre de ce projet, les chercheurs élaborent puis valideront des méthodes d'évaluation des risques plus efficaces, qui établiront plus rapidement si un produit chimique quelconque détériore l'ADN ou cause d'autres effets secondaires de nature génétique. L'équipe a déjà publié plusieurs rapports et articles dans des périodiques à comité de lecture, y compris un chapitre d'ouvrage dans lequel ils décrivent l'utilité de leurs travaux pour l'évaluation des risques. Les données issues du projet ont aussi servi à étayer une soumission au programme de qualification des biomarqueurs de la Food and Drug Administration des États-Unis, en vue de faire approuver ces outils de génomique.

Identification des biomarqueurs pour l'uniformisation et l'évaluation du risque des produits de santé fondés sur des cellules souches mésenchymateuses

Période de financement : 2014-2019
Responsable : Michael Rosu-Myles
Investissement global de l'IRDG : 1 316 000 $

Les cellules souches promettent énormément pour soigner les maladies actuellement sans traitement, cependant leur utilisation ne va pas sans risques. Grâce à ce projet, des scientifiques élaboreront des outils de diagnostic avec lesquels on évaluera soigneusement les risques et les avantages associés à l'usage des cellules souches mésenchymateuses humaines, sorte de cellules souches présentes chez l'adulte, à des fins thérapeutiques. Ces travaux ont incité Santé Canada à rédiger un document d'orientation qui aide l'industrie et les professionnels de la santé à se conformer aux exigences de la réglementation. L'équipe du projet a découvert deux nouveaux biomarqueurs dont on pourrait se servir pour évaluer le pouvoir des cellules souches mésenchymateuses à guérir le diabète. Elle a également dressé une liste des biomarqueurs avec lesquels on pourrait identifier les cellules souches mésenchymateuses qui ne présentent aucun danger, mais combattent les troubles immuns. On utilisera ces biomarqueurs pour évaluer les produits de santé à base de cellules souches.

Profilage du microARN (miARN) du sérum et du lait fondé sur des études toxicologiques des produits chimiques naturels et anthropiques en tant qu'indicateur de résultat d'une analyse comparative comportant des indicateurs de résultats apicaux, à l'intérieur du cadre de référence applicable au dosage

Période de financement : 2014-2019
Responsable : Ivan Curran
Investissement global de l'IRDG : 455 000 $

Santé Canada évalue les effets de milliers de composés chimiques, substances pharmaceutiques, produits biologiques, constituants alimentaires, éléments nutritifs, produits de santé naturels et toxines naturelles sur la santé. La génomique permet d'examiner comment le génome entier réagit à un composé chimique ou à une toxine. C'est ce que l'on appelle la toxicogénomique. Lors de recherches antérieures, on a identifié les molécules miARN qui régulent l'expression des gènes. Avec ce projet, les scientifiques détermineront et caractériseront les molécules miARN du sérum et du lait résultant d'une exposition aux toxines fongiques et aux contaminants chimiques présents dans les aliments. Les données toxicogénomiques découlant de ces travaux aideront Santé Canada à mieux garantir la salubrité des aliments consommés par les Canadiens.

Sécurité des prébiotiques chez les enfants en bas âge

Période de financement : 2014-2019
Responsable : Steve Brooks
Investissement global de l'IRDG : 474 000 $

Le lait maternel renferme de nombreux glucides qui, en tant qu'élément nutritif, servent à bâtir la flore intestinale du nouveau-né. Certaines préparations pour nourrisson contiennent des glucides fermentables qui imitent cette fonction. Des glucides fermentables de trois sortes sont ajoutés à ces préparations, au Canada. Or, certains ont été associés à une plus forte inflammation de l'intestin chez le nouveau-né. Dans le cadre de ce projet, les scientifiques évaluent l'impact des glucides en question sur la flore intestinale du nourrisson au sevrage et chez le rat, à plus long terme. Leurs résultats renseigneront les responsables de la réglementation de Santé Canada sur les répercussions éventuelles des substances fermentables, surtout celles présentes dans les préparations pour nourrisson.

Liens structure-activité des processus biologiques éclairés pour prédire les pathologies pulmonaires induites par des nanomatériaux

Période de financement : 2014-2019
Responsable : Sabina Halappanavar
Investissement global de l'IRDG : 1 017 000 $

La nanotechnologie suppose la manipulation de la matière à très petite échelle, en l'occurrence celle du nanomètre. Un nanomètre équivaut à un milliardième de mètre (un cheveu humain mesure 75 000 nanomètres de largeur). À cette échelle, les propriétés chimiques et physiques de la matière diffèrent de celles que l'on observe dans les matériaux bruts, et elles pourraient présenter des risques pour la santé. Dans le cadre de la première étude du genre, les chercheurs recourent à la toxicogénomique et aux outils informatiques pour analyser les effets de divers nanomatériaux sur les cellules et les tissus. Ces travaux aideront les responsables de la réglementation de Santé Canada à déterminer la toxicité éventuelle des nouveaux nanomatériaux préoccupants au Canada ainsi qu'à établir des normes en vue d'évaluer les risques qu'ils posent pour la santé.

La prochaine révolution : détection, par séquençage de nouvelle génération, des mutations de novo chez les descendants pour établir les risques liés aux cellules germinales

Période de financement : 2014-2019
Responsable : Francesco Marchetti
Investissement global de l'IRDG : 1 469 000 $

On convient de plus en plus que les mutations expliquent en partie maintes maladies. Les faits laissent croire que de nombreux agents environnementaux causent à l'ADN des dommages qui augmentent les risques d'anomalie congénitale et de maladies héréditaires. Avec ce projet, les scientifiques utilisent les technologies de la génomique pour déterminer la façon dont le benzopyrène, polluant courant que l'on retrouve dans la fumée de cigarette, les aliments grillés et les gaz d'échappement, augmente le nombre de mutations transmises d'une génération à l'autre. Les résultats aideront les responsables de la réglementation de Santé Canada à analyser les mutations héréditaires chez ceux qui sont exposés au benzopyrène en vue d'en préserver les générations futures.

Conseil national de recherches du Canada

Produits biologiques et biofabrication : développement de technologies de soutien

Période de financement : 2014-2019
Responsable : Bernard Massie
Investissement global de l'IRDG : 4 440 000 $

L'IRDG soutient le programme Produits biologiques et biofabrication, qui couvre tous les aspects du développement de la découverte jusqu'aux essais précliniques, en collaboration avec des partenaires industriels. En utilisant des approches en génomique, en protéomique, et en bioinformatique, des cibles prometteuses sont identifiées d'après leurs profils associés au cancer. Des centaines d'anticorps sont ensuite utilisés contre ces cibles et évalués afin d'en déterminer la spécificité et la fonction. Les chercheurs du CNRC adaptent ce pipeline à l'immunothérapie avec des conjugués anticorps-médicament. Ceux-ci révolutionnent le domaine de la chimiothérapie anticancéreuse en combinant la spécificité de ciblage des anticorps avec le potentiel de destruction des toxines cellulaires pour obtenir une grande efficacité de faible toxicité.

Programme phare d'amélioration du blé (accroissement de la tolérance au fusarium et à la rouille; sélection assistée par la génomique; stress abiotique; développement de semences)

Période de financement : 2014-2019
Responsable : Alison Ferrie
Investissement global de l'IRDG : 17 760 000 $

Le programme phare de l'amélioration du blé canadien, financé en partie par l'IRDG, est la contribution du CNRC à une vaste alliance de recherche visant à améliorer le rendement, la durabilité et la rentabilité de la culture du blé au Canada pour le bénéfice des agriculteurs canadiens et de l'économie nationale. Cet objectif sera atteint grâce à l'amélioration de la sélection, la réduction des pertes dues à la sécheresse, à la chaleur, au froid et aux maladies et une meilleure utilisation des éléments nutritifs. L'Alliance canadienne du blé comprend des contributions importantes du CNRC, d'AAC, de l'Université de la Saskatchewan et du gouvernement de la Saskatchewan.

Ressources naturelles Canada

Accélération de la découverte des molécules volatiles attirant les insectes grâce à la génomique

Période de financement : 2015-2018
Responsable : Daniel Doucet
Investissement global de l'IRDG : 237 000 $

Capturer des insectes est une façon fiable de se renseigner sur l'importance de leur population. Pour une efficacité optimale, les pièges employés attirent l'insecte concerné grâce à une phéromone particulière. Malheureusement, l'identification de cette phéromone est un travail laborieux qui dépend de nombreuses variables, dont la biologie de l'insecte, variables qui deviennent problématiques quand l'on est aux prises avec une infestation qui évolue rapidement. La méthode élaborée dans le cadre de ce projet permettra de déterminer les composés actifs auxquels l'insecte est sensible. On recourra aux outils de la génomique pour examiner les récepteurs sensoriels de l'insecte et trouver le ou les attractifs correspondants. Les chercheurs créeront aussi une banque de données sur les récepteurs sensoriels des coléoptères que l'on pourra ultérieurement exploiter à diverses fins, y compris pour la recherche.

Outil de détection précoce de l'agrile du frêne et protection des ressources en frênes

Période de financement : 2015-2018
Responsable : Armand Seguin
Investissement global de l'IRDG : 326 000 $

L'agrile du frêne est un ravageur exotique envahissant. Il a détruit des millions de frênes, partout dans l'est de l'Amérique du Nord, et continuera sans doute de s'étendre sur le continent. Malheureusement, le Canada possède peu de moyens pour combattre ce ravageur. Le projet a pour but de recueillir des connaissances dont on se servira pour freiner la progression du parasite. Dans l'espoir de mieux détecter celui-ci, les chercheurs identifient les signatures génétiques révélant la présence de l'agrile avant que l'arbre n'affiche les symptômes de la maladie. Durant le projet, on étudiera aussi les substances libérées par l'agrile qui déclenchent les mécanismes de défense du frêne.

Génomique appliquée à la sélection et la santé des arbres

Période de financement : 2014-2018
Responsable : Nathalie Isabel
Investissement global de l'IRDG : 798 000 $

Hybrider des arbres a toujours demandé du temps. En effet, il faut environ 15 ans avant qu'un arbre soit assez développé pour que l'on sache s'il possède les caractères souhaités. Ce projet recourt à la génomique pour vérifier si les arbustes d'un an présentent certains caractères comme la hauteur et la densité du bois. S'ensuivra une économie de temps considérable. Parallèlement, on disposera d'une banque de caractères génétiques correspondant à d'autres propriétés désirables telle la résistance à la sécheresse et aux ravageurs. Enfin, le projet évaluera la capacité du Service canadien des forêts à identifier les essences canadiennes d'épinette par leur « empreinte digitale » génétique. Pareille technique permettra de déceler les arbres qui ont mal été identifiés et résoudra le problème des importations de bois d'œuvre récolté frauduleusement.

Développement d'approches génomiques moléculaires et environnementales pour les communautés de microbes et d'invertébrés afin d'évaluer l'intégrité des écosystèmes dans la gestion des forêts

Période de financement : 2015-2018
Responsable : Lisa Venier
Investissement global de l'IRDG : 407 000 $

L'industrie forestière canadienne est de plus en plus contrainte à prouver la durabilité de ses méthodes d'exploitation, obligeant de nombreux producteurs à faire certifier leurs méthodes de gestion pour les valider. Grâce à ce projet, on élaborera une méthode articulée sur la génomique qui évaluera les répercussions de diverses pratiques sylvicoles sur les principaux microorganismes et invertébrés du sol. Les forestiers y recourront pour déterminer les pratiques durables pouvant être certifiées. Le projet établira aussi le profil des microorganismes et des invertébrés aquatiques et terrestres dans diverses conditions d'exploitation forestière, en vue de mieux jauger l'impact d'une méthode de récolte ou d'une autre.

Développement de la nouvelle génération d'outils de biosurveillance pour le suivi et la prévention des invasions de parasites des forêts

Période de financement : 2015-2018
Responsable : Philippe Tanguay
Investissement global de l'IRDG : 639 000 $

Surveiller les parasites en puissance (indigènes et exotiques) s'avère parfois aussi complexe qu'onéreux. Ce projet découle d'une requête formulée par l'Agence canadienne d'inspection des aliments (ACIA), laquelle souhaitait obtenir plus de renseignements sur un groupe d'espèces particulièrement problématique en vue de mieux organiser ses activités de surveillance. Le projet engendrera une base de données composée de cartes d'infestation, de codes à barres génétiques et de données sur le génome, utiles pour l'ACIA. Les membres de l'équipe créeront et valideront aussi un système portatif pour dépister le Phytophthora ramorum, l'agent pathogène responsable de l'encre des chênes rouges, ce qui mettra un terme aux épreuves coûteuses de dépistage en laboratoire.

Développement d'outils de métagénomique et de bio-informatique afin de faciliter le traitement des captures dans les pièges

Période de financement : 2015-2018
Responsable : Jeremy Allison
Investissement global de l'IRDG : 232 000 $

Piéger les insectes puis les identifier est un processus laborieux et coûteux, car trier à la main les invertébrés capturés pour en établir l'espèce exige du temps. En outre, le nombre de personnes possédant les compétences essentielles à un tel travail ne cesse de diminuer. Les données sur les insectes piégés présentent néanmoins une importance capitale quand il faut prendre une décision pour combattre les ravageurs forestiers. Afin de résoudre les problèmes d'érosion du nombre de taxonomistes et du coût élevé du piégeage, les chercheurs créeront des outils de métagénomique permettant d'identifier les insectes capturés à moindres frais. Le projet commencera par le développement d'une banque de données de référence sur l'ADN des coléoptères qui facilitera l'identification du matériel génétique recueilli ultérieurement.

Sélection des arbres assistée par la génomique afin d'améliorer la remise en état des écosystèmes forestiers perturbés

Période de financement : 2015-2018
Responsable : Jun-Jun Liu
Investissement global de l'IRDG : 313 000 $

Les forestiers, les administrations publiques et les agences de conservation sont à la recherche de pins qui résisteront à la rouille vésiculeuse afin de restaurer les peuplements menacés. Ce projet recourt à la génomique pour découvrir et comprendre les mécanismes de résistance chez les espèces que voici : pin argenté, pin flexible, pin à écorce blanche et pin blanc. On espère ainsi identifier les arbres qui résistent totalement ou partiellement à la maladie, afin de les multiplier puis de les planter.

Méthodes novatrices de réhabilitation de terrain à la suite de l'exploitation des sables bitumineux : amélioration de la phytoremédiation grâce aux interactions entre les microbes dans le sol et les arbres

Période de financement : 2014-2018
Responsable : Armand Seguin
Investissement global de l'IRDG : 605 000 $

Les sociétés albertaines qui exploitent les sables bitumineux se sont engagées à restaurer le sol afin que l'écosystème se rétablisse une fois le pétrole récupéré. La restauration est un processus onéreux, mais sans elle, l'exploitation des sables bitumineux risquerait de ne pas être acceptée socialement. Le projet améliorera les méthodes de réhabilitation du sol après épuisement des sables bitumineux en misant sur les liens qui unissent les microorganismes telluriques aux variétés de tremble plantées dans trois milieux : les sables bitumineux, les forêts perturbées et les forêts naturelles. Les chercheurs élaboreront une méthode avec laquelle on surveillera les interactions de l'arbre et de la microflore. Ils évalueront les variétés de tremble en fonction des microorganismes qui favorisent le plus la longévité de l'arbre.

Écogénomique de la tordeuse des bourgeons de l'épinette : de la dynamique à la suppression des populations

Période de financement : 2014-2018
Responsable : Michel Cusson
Investissement global de l'IRDG : 440 000 $

La tordeuse des bourgeons de l'épinette ravage les forêts canadiennes en les défeuillant, ce qui nuit à une croissance cyclique des essences commerciales. Le Québec est actuellement dévasté par une infestation qui progresse vers l'Ontario et le Nouveau-Brunswick. Ce projet utilise des marqueurs moléculaires pour préciser la structure génétique des populations de tordeuses en Ontario. Grâce à ces données, les chercheurs prévoiront la trajectoire empruntée par l'insecte et modéliseront les infestations existantes et futures. Ces informations aideront aussi les forestiers ontariens à prendre les bonnes décisions pour combattre le ravageur.

Outils visant à améliorer la détection moléculaire de la spongieuse asiatique et la détermination de ses origines géographiques

Période de financement : 2015-2018
Responsable : Michel Cusson
Investissement global de l'IRDG : 320 000 $

Les espèces exotiques s'avèrent très préoccupantes pour le commerce, l'industrie du bois et la vitalité des forêts. L'Agence canadienne d'inspection des aliments (ACIA) surveille la spongieuse asiatique dans les ports canadiens. En effet, cet insecte pourrait s'implanter dans nos forêts, en entraîner la défoliation et nuire aux exportations du Canada. Les chercheurs examineront le génome de la spongieuse asiatique pour trouver les marqueurs indiquant son origine. Si l'on parvient à identifier la provenance du parasite, le programme de surveillance de l'ACIA gagnera en efficacité et les négociations commerciales visant à empêcher l'introduction éventuelle d'espèces envahissantes au pays s'en trouveront facilitées.

Agence de la santé publique du Canada

Outils biologiques pour la génomique prédictive des agents pathogènes d'origine alimentaire prioritaires

Période de financement : 2014-2019
Responsable : Vic Gannon
Investissement global de l'IRDG : 710 000 $

La génomique prédictive détermine le phénotype d'après l'ADN brut, une fois celui-ci séquencé. Les chercheurs perfectionneront la plateforme qu'ils ont mise au point pour l'Escherichia coli en y ajoutant des modules pour le Salmonella enterica et le Campylobacter jejuni. La plateforme facilite le téléversement des parties du génome séquencées par les utilisateurs des secteurs public et privé. Elle intègre aussi les séquences de même que les outils d'analyse de tous les génomes publiquement disponibles. Parmi les analyses spécifiques, mentionnons la détermination de la virulence et des facteurs de résistance aux antimicrobiens, les associations épidémiologiques, l'identification des marqueurs génétiques des variants dans la population bactérienne ainsi que l'établissement du type moléculaire in silico. L'analyse de milliers de séquences du génome, effectuée presque en temps réel, produit de précieux et instructifs résultats pour un grand nombre d'intéressés, notamment les spécialistes en médecine clinique, épidémiologie, écologie et évolution des espèces.

Élimination des lacunes de la surveillance nationale du Clostridium difficile : caractérisation épidémiologique et génomique des infections récurrentes au C. difficile d'origine communautaire

Période de financement : 2014-2018
Responsable : George Golding
Investissement global de l'IRDG : 460 000 $

Ce projet combine l'étude des séquences du génome aux enquêtes épidémiologiques pour résoudre le problème des infections récurrentes à C. difficile d'origine communautaire, au Canada. L'objectif est d'alléger autant que possible le fardeau que le C. difficile laisse peser sur les institutions de santé canadiennes par une meilleure compréhension des voies de contamination et des cas récurrents dans les établissements de santé. Ces informations pourraient aboutir à de nouvelles politiques de lutte contre la maladie, à la création d'outils de prévision cliniques, ainsi qu'à des mesures prophylactiques et thérapeutiques mieux ciblées auprès des malades qui présentent un risque élevé d'infection récurrente à C. difficile.

Mise en œuvre d'analyses fondées sur le génome pour la surveillance des maladies entériques suivant le concept « Un monde, une santé »

Période de financement : 2014-2019
Responsable : Eduardo Taboada
Investissement global de l'IRDG : 375 000 $

Ce projet recourt à la génomique appliquée à l'épidémiologie pour garantir la salubrité des aliments comme suit : 1) par analyse de la répartition des sources probables d'exposition aux maladies d'origine alimentaire, 2) par évaluation du risque relatif lié aux différents sous-types des agents pathogènes et 3) par analyse de la dynamique de transmission le long de la chaîne alimentaire. Le but ultime est d'étayer les décisions en santé publique ainsi que d'élaborer des programmes qui rehausseront les interventions relatives aux agents pathogènes dans les aliments et leur résistance aux antimicrobiens en santé publique.

PulseNet Canada : développement d'un cadre modèle en vue de l'utilisation de la génomique dans les laboratoires du réseau

Période de financement : 2015-2019
Responsable : Celine Nadon
Investissement global de l'IRDG : 285 000 $

PulseNet Canada est le réseau national de sous-typage moléculaire employé pour surveiller les maladies d'origine alimentaire. Ce programme fournit des informations en temps réel permettant de détecter les flambées de maladie et d'en établir l'origine au stade le plus précoce possible. Jusqu'à présent, PulseNet Canada s'est presque exclusivement fié à une méthode d'essai : l'électrophorèse sur gel en champ pulsé, étalon international par excellence depuis près de vingt ans. Toutefois, en 2013, le comité directeur de PulseNet Canada a dressé un plan pour que le réseau développe et exploite la génomique. La majorité des partenaires de PulseNet Canada (microbiologistes, épidémiologistes, gestionnaires et responsables de la réglementation) devront cependant recevoir une formation en génomique avant que l'on puisse appliquer celle-ci à l'ensemble du réseau. Le but principal du projet est de concevoir et de mettre en place un cadre qui englobera les différents aspects de la génomique dans le contexte particulier de PulseNet Canada. La conversion des connaissances garantira le passage sans heurt du système de surveillance national actuel aux technologies de génomique.

Sous-typage de la variante à nucléotide simple du Salmonella Enteritidis et du Salmonella Heidelberg

Période de financement : 2014-2019
Responsable : Roger Johnson
Investissement global de l'IRDG : 435 818 $

La salmonellose est une maladie très courante véhiculée par les aliments. Les sérotypes enteritidis (SE) et Heidelberg (SH) sont les agents pathogènes les plus courants au Canada. On a besoin de méthodes de sous-typage fiables pour détecter les éclosions et en retracer la source. Les techniques actuelles, y compris l'étalon par excellence (l'électrophorèse sur gel en champ pulsé), n'offrent pas la résolution voulue pour que l'on identifie précisément le sous-type des deux sérotypes, qui se clonent avec une facilité déconcertante. Ce projet verra l'élaboration et la validation d'une plateforme d'analyse simple pour les variants nucléotidiques dont les laboratoires de santé publique pourront se servir. Plus important encore, les variants des deux sérotypes qui auront été identifiés seront intégrés au futur séquençage du génome complet, ce qui aidera les autorités fédérales et provinciales responsables de la santé publique à mieux réagir aux infections par l'un ou l'autre sérotype.

Infrastructure d'analyse translationnelle pour la découverte des agents pathogènes en émergence

Période de financement : 2014-2018
Responsable : Gary Van Domselaar
Investissement global de l'IRDG : 360 000 $

Ce projet recourt à la génomique moderne pour bonifier l'analyse des données et identifier rapidement les agents pathogènes dans des spécimens complexes. À cette fin, les chercheurs optimiseront les méthodes de laboratoire humide pour traiter des échantillons issus de différents types de spécimens cliniques par la métagénomique et la métaprotéomique, puis ils valideront ces méthodes avec des échantillons complexes inconnus. Parallèlement, les chercheurs perfectionneront les outils de gestion et d'analyse des données de manière à autoriser la comparaison de jeux importants de données métagénomiques. Ils s'appuieront sur ces travaux pour rédiger des guides formulant des recommandations sur la collecte et la manipulation des échantillons, leur conditionnement en laboratoire humide et les méthodes d'analyse. L'analyse des données servira à identifier les agents biologiques qui pourraient faire l'objet d'une enquête plus poussée en clinique ou dans le secteur de la santé publique.

Séquençage du génome complet du Neisseria meningitidis et application à la surveillance de l'agent pathogène ainsi qu'à l'étude de la dynamique moléculaire de l'infection à méningocoques envahissante sur le plan de l'épidémiologie

Période de financement : 2015-2018
Responsable : Raymond Tsang
Investissement global de l'IRDG : 220 000 $

Le projet nous aidera à mieux saisir comment l'infection à méningocoques se propage dans différents lieux, à court et à long terme. Plus exactement, les chercheurs identifient des marqueurs génétiques, des cibles éventuelles pour les vaccins, des méthodes de typage, les nouvelles souches et les signes avant-coureurs d'une propagation de la forme envahissante de la maladie. Ce faisant, ils espèrent faire progresser la génomique dans le domaine de la santé publique et améliorer la prévention de la maladie en empêchant celle-ci de se propager grâce à des interventions précoces.

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