ARCHIVÉ - Initiative de R–D en génomique - Rapport Annuel sur le Rendement 2006-2007

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Sommaire

Un cadre de gestion et de responsabilisation axé sur les résultats (CGRR) pour l’Initiative de R-D en génomique a été élaboré afin de répondre aux exigences et aux lignes directrices du Secrétariat du Conseil du Trésor. Le CGRR officialise l’engagement des six ministères qui participent à l’Initiative concernant les exigences communes en matière de mesure et d’imputabilité associées à l’Initiative. Les ministères et organismes qui participent à l’Initiative de R-D en génomique ont utilisé ce CGRR pour orienter la rédaction du Rapport annuel sur le rendement (2006-2007).

Au cours de l’exercice 2006-2007, deuxième année de financement de la phase 3, les ministères participants ont réalisé d’excellents progrès vers l’atteinte des objectifs généraux de l’Initiative de R-D en génomique. Ils ont développé des connaissances et des technologies innovatrices destinées à améliorer la santé humaine, la gestion de l’environnement, l’agriculture et la sécurité alimentaire et ont amélioré la durabilité et la gestion des ressources naturelles.

Dans le cadre des programmes de recherche de l’Initiative en génomique et en santé du Conseil national de recherches du Canada (IGS-CNRC), 126 articles ont été publiés dans des revues à comité de lecture et 68, dans des comptes rendus de conférences examinés par les pairs. De plus, 93 présentations sur invitation ont été données lors de conférences et de symposiums. Douze demandes de brevet ont été déposées et trois autres demandes ont été acceptées. De plus, trois contrats de licence ont été signés, ainsi que trois accords de transfert de matériel. Dans le cadre du programme de recherche Génomique fonctionnelle du développement et des processus métaboliques des graines de Brassica de l’IGS‑CNRC, les bases biologiques cellulaires permettant d’obtenir un tégument plus mince et plus léger pour le canola à graines jaunes ont été déterminées. Ces travaux représentent une percée majeure qui pourrait mener au développement de cultures de canola plus durables et plus productives, une question d’importance croissante dans la quête mondiale de carburants renouvelables qui soient rentables et efficaces.

Dans le cadre des recherches du Projet canadien de génomique des plantes cultivées d’Agriculture et Agroalimentaire Canada (PCGPC-AAC), 65 articles ont été publiés dans des revues à comité de lecture et 23, dans des comptes rendus de conférences examinés par les pairs. De plus, 50 présentations sur invitation ont été données lors de conférences et de symposiums. Douze demandes de brevet ont été déposées et 2 autres demandes ont été acceptées. De plus, 7 divulgations d’inventions de fonctionnaires et 2 contrats de licence ont été signés. Depuis les années 1950, AAC est un chef de file mondial dans la recherche sur la rouille brune. Dans le cadre du programme de recherche du PCGPC-AAC, des outils de génomique ont été utilisés pour cloner un gène de résistance à la rouille brune, ce qui permettra de faire d’autres études pour mieux comprendre les mécanismes de résistance qu’une plante peut utiliser lorsqu’elle est attaquée par cet agent pathogène. Plusieurs nouveaux gènes de résistance à la rouille brune ont été découverts, et l’un de ces gènes, le gène Lr1, a été cloné. Des bases de données de séquences génomiques exprimées (SGE) ont été créées pour l’agent de la rouille brune, et des marqueurs moléculaires liés à des gènes clés ont été conçus. Il s’en est suivi la mise sur le marché de cultivars de blé résistants à la rouille brune.

Les programmes de recherche de l’Initiative de R‑D en génomique de Santé Canada/l’Agence de la santé publique du Canada (IRDG‑SC/ASPC) ont donné lieu à la publication de 38 chapitres dans des revues à comité de lecture, 15 articles dans des comptes rendus de conférences, 4 chapitres de livre, 9 présentations par affiches au cours de symposiums, 22 présentations sur invitation et 1 demande de brevet provisoire pour des marqueurs distinctifs qui font saillie à la surface d’un antigène et qui préviennent le système immunitaire de la présence de l’antigène du VIH-1. Dans le cadre du programme IRDG‑SC/ASPC, il y a eu un certain nombre de percées dans le domaine de l’évaluation de la santé et de l’innocuité des produits biotechnologiques, y compris des méthodes améliorées pour analyser la puissance et la qualité de l’interféron biothérapeutique. Les produits biothérapeutiques comme l’interféron pourraient devenir le quatrième type de traitement du cancer, après la chirurgie, la chimiothérapie et la radiothérapie. Dans le domaine de la génomique en santé publique, des chercheurs ont effectué un séquençage complet du génome de trois espèces de streptocoques récemment identifiés comme des pathogènes chez les patients atteints de fibrose kystique. Le génome de ces espèces n’avait jamais été séquencé. Les séquences seront utilisées pour la mise au point de nouveaux agents diagnostiques et thérapeutiques ciblant ces espèces.

L’Initiative de R-D en génomique du Service canadien des forêts (SCF) de Ressources naturelles Canada (RNCan) a donné lieu à 40 articles dans des revues à comité de lecture, 33 articles dans des comptes rendus de conférences, 1 rapport de symposium national, 13 présentations sur invitation, 1 rapport technique, 3 chapitres de livre, 15 exposés et rapports lors de conférences nationales, 34 exposés et affiches lors de conférences internationales, 15 exposés communautaires, 14 entrevues avec les médias et plusieurs articles sur la génomique sur le site Web du SCF. Des chercheurs du SCF ont rempli des fonctions de membres exécutifs dans des réseaux nationaux et internationaux et de chercheurs coprincipaux dans des initiatives internationales. Un grand nombre de données ont été partagées dans des bases de données Web internationales sur les séquences, et des accords de coopération officiels ont été conclus ou se sont poursuivis avec d’autres ministères et organismes gouvernementaux, des universités, des instituts de recherche, des gouvernements provinciaux, le secteur privé et des organismes de recherche internationaux. L’Initiative a permis la formation de neuf scientifiques, de huit techniciens/biologistes, de dix boursiers en perfectionnement postdoctoral et de 14 étudiants diplômés. La recherche a permis d’étudier des gènes de résineux et de ravageurs importants du point de vue économique, de concevoir des outils moléculaires pour la surveillance des agents pathogènes forestiers et des espèces en quarantaine et d’étudier de nouveaux produits de lutte biologique. Ce travail est lié à la gestion de la forêt boréale et a donc un impact à l’échelle nationale.

Dans le cadre de la recherche effectuée sous l’égide du programme STAGE (Strategic Applications of Genomics in the Environment, ou Applications stratégiques de la génomique dans l’environnement) d’Environnement Canada, 13 articles ont été publiés dans des revues à comité de lecture et 2, dans des comptes rendus de conférences examinés par les pairs. De plus, 6 présentations sur invitation ont été données lors de conférences et de symposiums. Le Ministère a mis la main finale à quatre protocoles d’exploitation normalisés, ainsi qu’à deux accords de coopération. Dans le cadre du programme STAGE, des outils de toxicogénomique (microréseaux et PCR en temps réel) ont été utilisés pour examiner les changements d’expression des gènes chez les poissons à la suite d’expositions à des substances toxiques ou à des effluents. Ces études ont produit des données prédictives et diagnostiques qui ont été utilisées pour prévenir la pollution et en réduire au minimum l’impact sur les espèces aquatiques. Les scientifiques d’Environnement Canada ont partagé leur expertise en participant à la rédaction de nombreux chapitres d’un nouveau livre publié par la Society of Environmental Toxicology and Chemistry (SETAC) intitulé Genomics in Regulatory Ecotoxicology: Applications and Challenges (La génomique en écotoxicologie réglementaire : applications et défis).

L’Initiative de R-D en génomique du MPO a permis de faire avancer les connaissances en matière de ressources aquatiques du Canada. Plusieurs initiatives majeures sont actuellement en cours afin d’établir le génome d’importantes ressources aquatiques, dont le flétan et le saumon. Il y a eu, et il continue d’y avoir, des travaux de recherche et développement afin de concevoir des approches génomiques pour protéger la santé des animaux aquatiques et afin de mettre au point des outils pour assurer la santé de l’écosystème aquatique, comme la restauration de sites aquatiques contaminés par des plateformes de forage pétrolier. Les projets financés dans le cadre de l’Initiative de R-D en génomique (IRDG) ont donné lieu à 6 articles dans des revues à comité de lecture, 6 articles dans des comptes rendus de conférences examinés par les pairs, 1 rapport technique, 4 chapitres de livres, 2 présentations sur invitation et plusieurs visites d’installations de recherche en génomique. L’Initiative a également favorisé l’établissement de 30 ententes de collaboration et partenariats avec d’autres ministères et organismes fédéraux, des universités et le secteur privé.

Profil du programme

Contexte

En mars 1998, le Comité consultatif national de la biotechnologie (CCNB) a publié un rapport qui recommandait des moyens pour faire du Canada un chef de file mondial dans le domaine de la biotechnologie d’ici 2005. De même, au cours de la même période, le Conseil national de recherches et le Conseil de recherches médicales ont invité les intervenants à participer à des consultations sur la biotechnologie au Canada. La génomique a été clairement identifiée comme la priorité absolue pour la recherche et développement (R‑D) en biotechnologie au Canada.

Le CCNB a recommandé d’accorder la priorité à plusieurs mesures, dont le parrainage politique, l’établissement d’un cadre gouvernemental fédéral pour réglementer la biotechnologie et des fonds supplémentaires pour les programmes canadiens de R‑D en génomique.

En janvier 1999, le Cabinet a approuvé une proposition visant à soutenir la recherche en génomique au pays, et le gouvernement fédéral a accordé un nouveau financement de 55 millions de dollars pour la période d’avril 1999 à mars 2002. Ce financement a été renouvelé pour les périodes de 2002 à 2005 (phase II) et de 2005 à 2008 (phase III) et s’établissait à 59,7 millions de dollars par phase. Les fonds accordés pour l’Initiative de R-D en génomique sont distribués aux ministères et organismes suivants : Conseil national de recherches du Canada (CNRC) – 6 millions de dollars par année, Agriculture et Agroalimentaire Canada (AAC) – 6 millions de dollars par année, Santé Canada (SC) et l’Agence de la santé publique du Canada (ASPC) – 4 millions de dollars par année, Ressources naturelles Canada (RNCan) – 2 millions de dollars par année, Environnement Canada (EC) – 1 million de dollars par année et Pêches et Océans Canada (MPO) – 0,9 million de dollars par année. Des renseignements supplémentaires sur les montants alloués figurent au tableau 1.

Survol

L’Initiative de R-D en génomique a été mise sur pied dans le but de créer et de maintenir des capacités de recherche en génomique au sein des ministères. En tant que technologie habilitante, la génomique fournit des outils puissants et des renseignements précis pour soutenir les mandats opérationnels, renseignements sur lesquels peuvent s’appuyer les décisions stratégiques et réglementaires. Les ministères et organismes fédéraux à vocation scientifique interagissent avec des partenaires, des intervenants et des clients et lient ces technologies et outils habilitants à des applications à valeur ajoutée qui permettent au Canada de répondre aux priorités nationales, remplir ses mandats gouvernementaux et soutenir l’accroissement de la richesse des Canadiens.

Les applications sont variées : répondre aux besoins internationaux de tests de génomique validés pour faciliter l’accès aux produits exportés; interpréter et évaluer les données génomiques soumises avec l’information sur le produit en vue des contrôles réglementaires; concevoir des tests et des produits au moyen d’approches génomiques afin d’améliorer la qualité de vie des Canadiens, l’environnement et la durabilité des activités humaines; examiner les facteurs socioéconomiques et éthiques liés à l’utilisation et à l’intégration de la génomique dans les soins de santé, les activités visant à assurer la durabilité de l’environnement ainsi que les applications et produits destinés aux consommateurs et à l’industrie; et faciliter aux Canadiens l’accès à de l’information exacte et compréhensible au sujet des sciences génomiques.

Les programmes financés dans le cadre de l’Initiative de R-D en génomique sont également utilisés pour renforcer les ressources humaines et créer des partenariats avec d’autres ministères, des universités et l’industrie (le cas échéant) par le partage des plateformes technologiques et la collaboration dans les domaines de recherche communs aux secteurs ministériels classiques.

Gouvernance

Un Comité de coordination interministériel des SMA chargés de la R‑D en génomique a été mis sur pied pour superviser la gestion et la coordination globales de l’Initiative de R-D en génomique. Le Comité veille à la mise en place de mécanismes efficaces d’établissement des priorités dans les ministères et à l’atteinte des objectifs et des priorités du gouvernement.

Le Comité veille aussi à l’application de principes de gestion communs pour la R‑D en génomique et à la collaboration horizontale entre les divers organismes lorsque cela est pertinent et possible. Il se compose de représentants de chacun des organismes financés et d’un représentant d’Industrie Canada.

Un groupe de travail interministériel appuie les travaux du Comité. Il a pour mandat de formuler des recommandations et des avis à l’intention du Comité de coordination des SMA en ce qui concerne l’établissement de priorités stratégiques et la gestion générale de l’Initiative de R-D en génomique. Le groupe de travail aide également à l’évaluation et à la préparation des rapports liés à l’Initiative.

Le Conseil national de recherches du Canada a dirigé l’élaboration du cadre de responsabilisation et de gestion axé sur les résultats (CGRR) et des présentations au Conseil du Trésor, et il préside le Comité de coordination ainsi que le groupe de travail interministériel.

Pour optimiser les retombées des investissements du gouvernement dans la R‑D en génomique, chaque ministère a recours à un processus interne d’appel de propositions concurrentielles et d’approbation, ainsi qu’à une évaluation par les pairs de la qualité et de la pertinence des programmes de recherche. Tous les ministères ont complété l’investissement gouvernemental dans la R‑D en génomique en fournissant des fonds supplémentaires (ou de contrepartie) à partir du budget des services votés. Dans chaque ministère, les ressources sont affectées de façon à satisfaire à des exigences précises du mandat. Des collaborations fructueuses ont été établies lorsqu’elles ont été jugées pertinentes.

Tableau 1 : Fonds alloués
Ministère/Organisme 1999-2002 2002-2005 2005-2008
Agriculture et Agroalimentaire Canada 17 000 000 $ 18 000 000 $ 18 000 000 $
Environnement Canada 3 000 000 $ 3 000 000 $ 3 000 000 $
Pêches et Océans Canada 2 500 000 $ 2 700 000 $ 2 700 000 $
Santé Canada/Agence de la santé publique du Canada 10 000 000 $ 12 000 000 $ 12 000 000 $
Conseil national de recherches du Canada 17 000 000 $ 18 000 000 $ 18 000 000 $
Ressources naturelles Canada 5 000 000 $ 6 000 000 $ 6 000 000 $
Conseil de recherches médicales* 500 000 $    
Total 55 000 000 $ 59 700 000 $ 59 700 000 $

* - Devenu les «Instituts de recherche en santé du Canada » (IRSC) – une seule allocation au cours de l’exercice financier 1999-2000 pour aider à établir et à soutenir un secrétariat pour Génome Canada.

Cadre de gestion et de responsabilisation axé sur les résultats

Un cadre de gestion et de responsabilisation axé sur les résultats (CGRR) pour l’Initiative de R-D en génomique officialise l’engagement de six ministères et organismes qui participent à l’Initiative concernant les exigences communes en matière de mesure et d’imputabilité associées à l’Initiative. Les ministères et organismes qui participent à l’Initiative de R-D en génomique ont utilisé le CGRR pour orienter la rédaction du Rapport annuel sur le rendement (2006-2007). Le présent rapport porte sur la deuxième année du financement de la phase 3.

Le modèle logique du CGRR reflète les objectifs généraux de l’Initiative, qui reposent sur des résultats clés liés à quatre éléments importants du programme : gestion, renforcement des capacités de R-D en génomique, recherche et développement et communications. La structure du Rapport annuel sur le rendement est basée sur la stratégie de la mesure du rendement du CGRR et les indicateurs de rendement associés. Les indicateurs de rendement clés pour chacun des domaines de résultats clés sont mentionnés ci-dessous.

  • Gestion : meilleures gouvernance et coordination et meilleurs partenariats scientifiques.
  • Renforcement des capacités : renforcement des capacités de recherche, augmentation du personnel hautement qualifié (PHQ) et formation du PHQ existant, et mise à niveau des installations de façon qu’elles soient à la fine pointe de la technologie; participation accrue à des initiatives nationales et internationales dans le domaine de la génomique.
  • Recherche et développement : accès aux technologies et aux connaissances scientifiques et partage de ces technologies et connaissances; application des résultats de recherche pour la mise au point de méthodes, produits, technologies ou procédés innovateurs, nouveaux ou améliorés.
  • Communications : meilleures connaissance et compréhension des résultats et des applications de la recherche en génomique.

Les faits saillants du Rapport annuel sur le rendement (2006-2007) sont présentés au moyen de ces catégories d’indicateurs de rendement. Un résumé du CGRR, qui comprend le modèle logique et les tableaux connexes des indicateurs de rendement, est présenté à l’appendice B.

Liens avec les objectifs ministériels et l'AAP

Un résumé des activités de recherche de chacun des ministères qui participent à l’Initiative de R-D en génomique, y compris les objectifs spécifiques des programmes, est présenté à la section suivante. Les descriptions montrent les liens entre les programmes, d’une part, et les objectifs et l’architecture des activités de programmes (AAP) de chacun des ministères, d’autre part.

L’Initiative en génomique et en santé (IGS) est la plus vaste initiative de recherche et développement (R‑D) du CNRC. Grâce à son approche multidisciplinaire et à son excellence en recherche, l’IGS contribue de façon majeure aux priorités de R‑D du Canada dans les domaines de la santé (maladies chroniques et filière agroalimentaire), de l’énergie (biocarburants) et de l’environnement (technologies environnementales et bioproduits). Cette contribution est possible grâce au financement des programmes de recherche qui cadrent avec des secteurs industriels clés et qui sont axés sur l’application des connaissances techniques et scientifiques de façon à favoriser le développement économique et social. L’IGS est l’un des moyens par lesquels le CNRC s’associe à d’autres organismes gouvernementaux, à des universités et à l\xE2\x80\x99industrie pour offrir une approche intégr\xC3\xA9e en matière d’initiatives scientifiques et technologiques.

AAC a renforcé le Projet canadien de génomique des plantes cultivées (PCGPC) en investissant davantage dans la génomique des plantes et dans la formation d’équipes multidisciplinaires dans tout le Canada pour réaliser ces priorités. Le financement de l’Initiative de R-D en génomique a été employé pour soutenir l’amélioration des technologies destinées à la mise au point de céréales sans toxines, le développement d’aliments durables et de stocks fourragers à base de céréales, de légumineuses à grains et d’oléagineux, ainsi que le lancement de plateformes pour la production de produits industriels et de biocarburants. Le PCGPC a permis de former des équipes scientifiques et technologiques intégrées au sein d’AAC et avec différents partenaires : universités, secteur privé, ONG et instituts de génomique internationaux de grande renommée.

Le rôle de Santé Canada (SC) dans l’Initiative de R-D en génomique est de générer des connaissances essentielles à la réglementation efficace des technologies et des produits mis au point grâce à la génomique. Le Cadre ministériel de Santé Canada pour la biotechnologie souligne les rôles et responsabilités du Ministère en matière de biotechnologie, dont ceux d’être un chef de file en matière d’élaboration de politiques et de règlements, de faire en sorte que le Canada occupe une place de choix sur la scène internationale et d’employer les outils biotechnologiques pour remplir son propre mandat. Santé Canada a défini quatre thèmes pour orienter les activités de recherche de l’Initiative de R-D en génomique : production et utilisation de données sur la génétique humaine et impacts de ces données sur la société; santé et innocuité des produits biotechnologiques; applications de la génomique humaine et impacts liés aux diagnostics et aux maladies; et applications de la génomique microbienne et impacts liés aux diagnostics et aux maladies.

Le Service canadien des forêts de Ressources naturelles Canada a pour mandat de favoriser le développement durable des forêts du Canada et la compétitivité du secteur forestier canadien. L’Initiative de R-D en génomique contribue à ces priorités stratégiques en occupant une place de premier plan grâce aux plateformes uniques, à la fine pointe de la technologie, dont elle a rendu la réalisation possible. Ces plateformes sont utilisées pour la culture d’arbres et de tissus d’insectes, le diagnostic moléculaire, la génétique des populations, les produits de lutte biologique et la génomique fonctionnelle. Ces plateformes ont généré une masse critique de données, des infrastructures et des partenariats qui commencent à se traduire par des applications pratiques importantes.

Environnement Canada finance l’Initiative de R-D en génomique par l’entremise de son programme STAGE. Sous l’égide de ce programme, le Ministère a essentiellement financé des projets qui visent à déterminer comment les outils et les méthodes de la génomique peuvent être utilisés pour appuyer sa prise de décisions réglementaires, ses politiques et l’application de la loi. Plus particulièrement, les projets concernent les priorités ministérielles suivantes : détermination, évaluation et gestion des risques, application et conformité accrues, biologie de conservation et gestion de la faune.

Le Programme de R-D en biotechnologie aquatique et en génomique du MPO appuie la recherche qui intègre la génomique dans des activités de R-D liées aux responsabilités en matière de gestion des pêcheries, à la surveillance de l’habitat du poisson, aux pêcheries et à l’aquaculture durables ainsi qu’à la protection des ressources marines. Des objectifs précis en matière de génomique et de biotechnologie rendent possibles les recherches sur des écosystèmes et organismes aquatiques. Ils ont été définis afin de faire correspondre les activités de recherche et les possibilités de R-D établies qui appuient le mandat et les objectifs stratégiques du Ministère. À l’heure actuelle, un financement ciblé en génomique permet de soutenir la recherche dans quatre centres de recherche canadiens du MPO. La recherche en génomique cadre avec trois domaines de recherche interdépendants, chacun ayant ses objectifs et ses buts particuliers.

Ressources

Le tableau 2 donne un aperçu des ressources prévues et réelles en 2006-2007, y compris les fonds mobilisés. Ces derniers représentaient environ 46 % du total des investissements de l’IRDG.

Tableau 2 : Fonds prévus, réels et mobilisés (en milliers de $)
Ministère/Organisme Prévus Réels Mobilisés Réels + Mobilisés
Conseil national de recherches CanadaNote de bas de page 1 6,000 6,000 6,300 12,300
Agriculture et Agroalimentaire CanadaNote de bas de page 2 6,000 6,000 2,450 8,450
Santé Canada / Agence de la santé publique du CanadaNote de bas de page 3 4,000 4,000 588 4,588
Ressources naturelles CanadaNote de bas de page 4 2,000 2,000 5,600 7,600
Environnement CanadaNote de bas de page 5 1,000 1,000 845 1,845
Pêches et océans CanadaNote de bas de page 6 900 900 1,092 1,992
Totaux 19,900 19,900 16,875 36,775

Plans et activités des programmes de recherche

Les projets financés par l’Initiative de R-D en génomique sont axés sur les mandats des ministères et les priorités du gouvernement et cadrent avec les stratégies de chaque ministère. Les projets de recherche soutiennent l’élaboration de règlements et de politiques et favorisent le développement durable dans plusieurs secteurs industriels canadiens clés (p. ex. foresterie, agriculture, pêcheries et sciences de la vie). Les plans des projets de recherche sont établis sur la base d’extrants mesurables et d’indicateurs de rendement. Les extrants sont atteints au moyen d’une meilleure gouvernance, d’une plus grande coordination interministérielle et de meilleurs partenariats scientifiques. Les faits saillants des plans et des activités ministériels pour 2006-2007 (deuxième année de la troisième phase des activités de recherche) figurent dans les sections suivantes. D’autres renseignements sont fournis à l’annexe 1 de l’appendice A.

L’Initiative en génomique et en santé du CNRC (IGS-CNRC) a continué d’axer ses efforts sur six programmes de recherche orientés vers le diagnostic, le traitement et la prévention de maladies humaines et animales, la mise au point de technologies pour détecter les agents pathogènes et l’amélioration des nouvelles technologies pour les soins cardiaques et la production de récoltes agricoles ayant une bonne valeur commerciale. Le groupe d’experts de l’IGS-CNRC a procédé à un examen à mi‑parcours officiel des programmes de recherche de l’IGS en 2006-2007, et des recommandations ont été formulées au CNRC concernant les changements à apporter aux objectifs et aux orientations de la recherche au moment où les plans ont été établis pour la dernière année de la troisième phase de l’IGS (2007-2008).

Le Projet canadien de génomique des plantes cultivées d’AAC est financé par l’entremise de l’Initiative de R‑D en génomique. Les projets, examinés par les pairs, sont axés sur la génomique fonctionnelle de la résistance aux maladies et aux insectes, la tolérance au stress, comme le froid et la sécheresse, et l’amélioration des attributs de qualité de céréales (blé et maïs), d’oléagineux (Brassica/Arabidopsis) et de légumineuses (soja). Les membres du Projet canadien de génomique des plantes cultivées se sont rencontrés pour souligner les progrès réalisés dans le cadre des projets existants et élaborer des lignes directrices pour le prochain appel de propositions, qui aura lieu au début d’octobre et qui visera à satisfaire aux besoins accrus dans le domaine de la génomique afin de soutenir les priorités de recherche élargies d’AAC, en particulier en ce qui concerne les nouvelles occasions en bioéconomie.

Les projets de Santé Canada/l’Agence de la santé publique du Canada se sont poursuivis comme prévu, conformément aux lignes directrices et aux objectifs généraux de l’Initiative. Ces projets ont fait avancer le calendrier des activités de réglementation et ont élargi le corpus de connaissances en génomique au sein de l’Initiative de R-D en génomique; ils ont ainsi permis au Canada de contribuer au domaine de la biotechnologie.

L’Initiative de R-D en génomique de Ressources naturelles Canada a continué de produire les connaissances scientifiques requises pour trouver des solutions adaptées à des problèmes précis en foresterie, l’accent étant mis sur des espèces et des traits importants du point de vue économique. Les thèmes suivants ont été appuyés : problèmes environnementaux émergents – trouver des solutions aux nouveaux problèmes en foresterie (p. ex. surveillance des ravageurs et des pathogènes, et interventions associées); relations entre les génomes – étudier le profil génétique et l’évolution des principaux ravageurs, les mécanismes de défense de l’hôte, les interactions hôte‑pathogène; développement durable et compétitivité du secteur forestier – réussir à améliorer de façon ciblée la croissance des arbres, les caractéristiques de qualité du bois et la résistance aux agents biotiques et abiotiques.

Environnement Canada a acquis une capacité interne en écotoxicogénomique au moyen de laquelle il évalue la meilleure façon d’utiliser la génomique afin de remplir son mandat, qui consiste à protéger les systèmes aquatiques, les systèmes terrestres et la faune du Canada des effets nocifs des agresseurs environnementaux existants et émergents (chimiques, biologiques et physiques). Les chercheurs d’Environnement Canada en écotoxicogénomique ont formé des alliances avec des initiatives nationales et internationales plus vastes en écotoxicogénomique et sont reconnus pour leur expertise dans ces disciplines et pour la valeur de leur travail.

Au MPO, outre la poursuite de la recherche dans trois domaines (profilage des ressources aquatiques, santé des animaux aquatiques et santé de l’écosystème aquatique), une décision stratégique de réorganiser l’expertise et les infrastructures a été prise pendant la deuxième phase de financement de l’Initiative de R-D en génomique de concert avec la région des Maritimes. Cette réorganisation a permis à cette région d’améliorer son expertise en génomique et ses infrastructures dans ce domaine, ce qui a favorisé la collaboration avec des scientifiques du MPO de la région et de l’extérieur et avec des partenaires externes.

Rendement

Introduction

Les données du Rapport annuel sur le rendement sont présentées à l’aide des catégories d’indicateurs de rendement établies dans le CGRR de l’Initiative de R–D en génomique. Comme il est mentionné dans les sections suivantes, les ministères et organismes participants ont fait d’excellents progrès vers l’atteinte des objectifs généraux de l’Initiative de R–D en génomique. Ils ont notamment généré de nouvelles connaissances et mis au point des technologies pour améliorer la santé humaine, la gestion de l’environnement, l’agriculture et la sécurité alimentaire ainsi que la durabilité et la gestion des ressources naturelles.

Gestion

La gestion est un aspect important de tout programme gouvernemental, mais c’est particulièrement le cas pour l’Initiative de R-D en génomique en raison de la complexité de sa gouvernance ainsi que de sa contribution importante aux résultats. Pour ce qui est de la gouvernance, six ministères et organismes participent à l’Initiative, et il est important que les pratiques en place favorisent une coordination ministérielle et interministérielle efficace. Il est également primordial que les priorités des ministères et de l’Initiative soient bien définies afin que les projets soient choisis de façon à permettre l’atteinte des objectifs prioritaires en génomique de l’ensemble du gouvernement. Le tableau 3 présente un résumé des projets conjoints pendant la période d’évaluation (par type et organisation).

Tableau 3 : Projets conjoints par type et organisation
Type CNRC AAC SC RNCan EC MPO Totaux
Autres Ministères 7 2 6 11 10 6 42
Universités (canadiennes et étrangères) 21 17 11 32 13 9 103
Autres organisations de recherche internationales 6 7 - 9 5 1 28
Autres instituts de recherche canadiens - - 4 - - 8 12
Secteur privé 4 23 - 2 - 5 29
Autres organismes du secteur public - - 6 - - 1 7
Totaux 38 49 27 54 28 30 221

Une bonne complémentarité et des liens ont également été établis entre les ministères fédéraux qui participent à l’Initiative de R-D en génomique et à Génome Canada. Plusieurs ministères collaborent avec des intervenants externes à des projets financés par les centres régionaux de Génome Canada ainsi qu’à des initiatives internationales de Génome Canada. Par exemple, le Service canadien des forêts (SCF) de RNCan est un collaborateur important dans le projet Arborea II (Génome Canada/Génome Québec), qui vise à identifier les gènes liés à la variation naturelle de la croissance et de la qualité du bois chez une espèce très importante sur le plan économique : l’épinette blanche. Les recherches sont dirigées par des chercheurs de l’Université Laval, et 30 % des membres de l’équipe travaillent au SCF.

De même, des chercheurs du CNRC et d’AAC travaillent ensemble à des projets gérés par Génome Prairie et Génome Alberta (Amélioration génétique du canola au moyen de la génomique et Conception d’oléagineux pour les marchés de l’avenir) qui visent à déterminer comment l’expression des gènes intervient dans le développement du canola. L’Université de l’Alberta et plusieurs autres collaborateurs étrangers participent également aux recherches. L’objectif de la recherche est de concevoir des méthodes pour améliorer la qualité des semences et leur rendement.

Capacités de R-D en génomique

Le renforcement des capacités était l’objectif principal des phases antérieures de l’Initiative; le maintien et le renforcement des capacités se poursuit pendant la phase actuelle. L’embauche de nouveau personnel hautement qualifié (PHQ) et la formation du personnel existant permettent aux laboratoires fédéraux de maintenir leur capacité de mener les projets de recherche requis pour assurer la réussite de l’Initiative et pour être des acteurs crédibles dans le domaine de la R–D en génomique et de ses applications. Il est également essentiel de maintenir les infrastructures existantes et d’acquérir de nouvelles installations ultramodernes afin que les laboratoires fédéraux continuent de jouer leur rôle dans la recherche en génomique et puissent soutenir l’élaboration de règlements et politiques et la prise de décisions.

En 2006-2007, les ministères ont continué d’investir dans les infrastructures de base, dont des installations pour le séquençage de l’ADN, la protéomique et les microréseaux. Des fonds ont également été alloués pour l’achat, l’entretien et la mise à niveau d’équipement et d’installations de laboratoire.

Au cours de la dernière année, de bons progrès ont été réalisés dans la formation de PHQ, dont des boursiers en perfectionnement postdoctoral, du personnel scientifique et technique et des étudiants. La liste suivante est un résumé par catégorie pour l’Initiative (des renseignements supplémentaires pour chaque ministère/organisme sont fournis à l’annexe 2 de l’appendice A) :

  • 78 boursiers en perfectionnement postdoctoral
  • 94 membres du personnel scientifique et technique
  • 99 étudiants (B. Sc., M. Sc., Ph. D. et étudiants inscrits à un programme d’enseignement coopératif)
  • 5 chercheurs invités/ boursiers invités

Recherche et development

La R–D est l’élément principal de l’Initiative. Toutes les activités entourant la R–D en tant que telle, le transfert des technologies mises au point et/ou la diffusion des résultats de recherche et des connaissances scientifiques sont essentielles pour que tous les résultats soient atteints et aient un impact.

L’un des éléments clés de l’Initiative de R-D en génomique consiste à maintenir le Canada en tête du peloton mondial dans cette nouvelle science. Cet élément est rendu possible grâce aux publications scientifiques et aux exposés présentés lors de conférences et d’ateliers nationaux et internationaux. De plus, pendant la période d’examen, les chercheurs des ministères participants ont déposé 6 demandes de brevet; 24 autres demandes sont en cours d’examen, et plus de 100 brevets ont déjà été délivrés. La liste suivante indique les résultats directs liés aux réalisations en R–D (des renseignements supplémentaires pour chaque minist\xC3\xA8re/organisme sont disponibles à l’annexe 3 de l’appendice A) :

  • 286 chapitres ou articles dans des revues à comité de lecture;
  • 99 articles dans des comptes rendus de conférences examinés par les pairs;
  • 48 articles dans des comptes rendus de conférences
  • 164 présentations sur invitation;
  • 20 rapports techniques;
  • 28 participations à des conférences/ateliers nationaux;
  • 100 participations à des conférences/ateliers internationaux;
  • 36 participations à des comités et réseaux nationaux/internationaux;
  • 6 brevets délivrés, 24 demandes de brevet;
  • 49 présentations par affiches.

Dans le Rapport sur les plans et les priorités de 2006-2007, les ministères participants ont établi un ensemble collectif de résultats prévus. Un résumé des résultats obtenus figure ci-dessous.

Résultats prévus 1
Réaliser des progrès pertinents du point de vue commercial dans la R-D en génomique liés à la santé humaine (p. ex. tests génétiques, diagnostic, applications de la génomique microbienne, traitement et prévention de maladies humaines comme le cancer et les maladies cardiovasculaires, et détection des agents pathogènes).
Résultats obtenus 1.1
La recherche sur le cancer s’attache à découvrir les changements génétiques ou protéiniques qui causent le cancer ou constituent des signatures du cancer et de s’en servir soit comme cibles des molécules thérapeutiques soit dans les techniques d’imagerie utilisées pour détecter la maladie et évaluer l’efficacité des traitements. Les travaux réalisés avec des modèles de cellules de glioblastome et des échantillons cliniques ont abouti non seulement à l’identification de biomarqueurs de la vascularisation des tumeurs cérébrales, mais également à l’identification d’une famille de marqueurs ayant une activité anti angiogénique (capacité de freiner le développement de nouveaux vaisseaux sanguins) : la famille de l’IGFBP (Insulin like Growth Factor Binding Protein, ou protéine de liaison du facteur de croissance analogue à l’insuline). Une demande de brevet provisoire a été déposée pour l’utilisation de ces molécules et des peptides connexes en tant que molécules anti angiogéniques en vue d’applications éventuelles dans le traitement du cancer.
Résultats prévus 2
Augmenter la valeur des récoltes (céréales, soja, canola) en améliorant la qualité dans les domaines liés à l’adaptation des végétaux aux stress biotiques ou abiotiques (p. ex. résistance à la maladie, tolérance à la sécheresse et au froid), ainsi qu’au développement et au métabolisme des semences (p. ex. teneur en huile pour les biocarburants et applications en neutraceutique).
Résultats obtenus 2.1
Une analyse fonctionnelle du développement et des processus métaboliques des graines de Brassica (p. ex. canola) a été entreprise afin d’améliorer les caractères de qualité de ces graines. On a déterminé les bases biologiques cellulaires nécessaires pour que le tégument de la graine de canola à graines jaunes soit plus mince et plus léger, ce qui fournit une cible ou une assise structurale pour d’autres manipulations génétiques. Les chercheurs ont réussi à montrer que le développement du tégument est temporairement et intimement lié au développement de l’embryon chez le canola. La fonctionnalité d’un promoteur d’une couche particulière du tégument est maintenant établie, ce qui offre un outil pour manipuler cette partie de l’enveloppe. Cette technique de manipulation pourrait favoriser le développement de cultures de canola plus durables et plus productives, enjeu d’une importance croissante dans la quête mondiale de carburants renouvelables qui soient rentables et efficaces.
Résultats obtenus 2.2
Afin d’élaborer de nouvelles stratégies d’amélioration du blé en fonction de caractères complexes importants sur le plan économique et de découvrir les bases génétiques de ces caractères, des travaux ont été réalisés pour établir les liens entre la fonction de certains gènes et le caractère lui même. Pour ce faire, on a créé une carte génétique de l’expression génique au cours du développement de la graine et on a établi des corrélations avec une carte de caractères similaire. Cette méthode a permis d’identifier plusieurs régions chromosomiques qui constituent d’importants régulateurs de caractères d’intérêt sur le plan économique et qui contrôlent également l’expression de nombreux gènes.
Résultats obtenus 2.3
La brûlure de l’épi causée par le Fusarium (BEF) est une maladie majeure du blé, qui a des conséquences sur la salubrité des aliments. On a réussi à cartographier avec précision l’emplacement dans le blé de trois gènes de résistance à la maladie, ce qui a mené à la mise au point de marqueurs diagnostiques robustes pour ces gènes importants. Les marqueurs et l’information que renferme la carte génétique sont maintenant intégrés à un processus d’amélioration du blé dans l’Ouest canadien. Cette information a été transmise à des collègues européens et américains qui s’intéressent aussi aux gènes de résistance à la BEF.
Résultats obtenus 2.4
Plus de 80 gènes qui codent des protéines de gluten du grain ont été séquencés. Ces protéines jouent un rôle déterminant dans la qualité de la farine utilisée dans la fabrication du pain. On a examiné des collections de blé afin de déterminer le mécanisme évolutif qui a mené au développement de cet important caractère de qualité du grain. Les gènes responsables d’un autre caractère de la qualité du grain, la dureté, ont également été identifiés et séquencés. D’autres recherches sur ces séquences fourniront des données sur l’évolution de ce caractère majeur du grain.
Résultats obtenus 2.5
La rouille brune du blé, qui est causée par le champignon Puccinia triticina, est une maladie bien caractérisée sur le plan génétique qui constitue un modèle de maladie utile pour les céréales. On a eu recours à la protéomique pour déterminer les protéines qui jouent un rôle dans le développement de la maladie. Par la suite, les chercheurs ont élargi leur étude afin de caractériser les événements de phosphorylation post traductionnels qui sont responsables de la régulation de processus biochimiques comme le développement de la maladie et la résistance à la maladie.
Résultats prévus 3
Gérer de façon durable les ressources aquatiques par l’utilisation d’outils de génomique afin de gérer l’ouverture des pêches; mieux comprendre la génétique et la structure des populations; et mieux comprendre les réactions comportementales, physiologiques et immunologiques à l’environnement, ainsi que par la gestion des maladies chez les animaux aquatiques (p. ex. mise au point de vaccins pour le poisson d’élevage).
Résultats obtenus 3.1
Les recherches en vue de concevoir de nouveaux outils et de nouvelles technologies efficaces pour la mise au point de vaccins et la vaccination des poissons d’élevage (p. ex. saumon de l’Atlantique) visent à réduire les coûts tout en accroissant la valeur de l’industrie canadienne. Le génome d’un pathogène majeur du saumon de l’Atlantique (Aeromonas salmonicida) a été annoté et transmis à GenBank. Les premiers candidats-vaccins à germe vivant atténué ont été mis à l’essai chez le saumon de l’Atlantique et trois candidats-vaccins prometteurs ont été retenus. Ils offrent une protection appréciable au saumon au cours de la remontée.
Résultats obtenus 3.2
On a entrepris des recherches pour identifier de manière efficace les différences génétiques entre deux espèces de moules similaires sur le plan morphologique, à savoir Mytilus edulis et Mytilus trossulus et pour déterminer la répartition relative de ces espèces en Nouvelle-Écosse, avec l’appui de l’industrie et du gouvernement provincial de la Nouvelle-Écosse. Des marqueurs génétiques ont été mis au point et optimisés en vue d’une analyse à plus haut débit et d’une utilisation dans des activités futures d’élevage sélectif. Les résultats montrent une répartition très différente des espèces à des endroits adjacents. De plus, on a identifié des sites qui pourraient servir à recueillir de la semence de moule pour la mytiliculture en Nouvelle-Écosse, ce qui pourrait aider à atténuer l’impact de la limitation de déplacement des espèces dans les zones infestées par des espèces aquatiques envahissantes.
Résultats obtenus 3.3
De façon à mieux gérer l’ouverture des pêches et mieux comprendre les modifications du comportement des stocks de poisson attribuables aux changements climatiques et à la pollution, on a recours à des outils de génomique, dont le profilage de l’expression des gènes, pour déterminer les changements physiologiques au cours de la migration précoce vers le cours d’eau d’origine, changement de comportement qui a été observé chez le saumon rouge de montaison tardive du Fraser. À ce jour, les résultats indiquent que la fonction d’osmorégulation ne joue aucun rôle dans le choix du moment d’entrée en eau douce, mais pourrait être importante pour une migration réussie dans le fleuve. Des biomarqueurs prédictifs sont actuellement mis au point pour surveiller les gènes pertinents, ce qui permettra aux gestionnaires des pêches de prévoir, avant le début de la saison, le comportement migratoire ainsi que le taux de survie du poisson.
Résultats obtenus 3.4
Les maladies infectieuses représentent un lourd fardeau économique pour l’aquaculture de poissons à nageoires, et l’on craint que ces maladies n’aient également des répercussions négatives sur les populations de poissons sauvages. On a recours à des méthodes génomiques pour mieux comprendre la variabilité du virus de la septicémie hémorragique virale (VSHV) et pour établir un lien entre cette variabilité et les réponses de l’hôte à l’infection, le développement de la maladie, le rétablissement par suite de la maladie clinique ou la résistance à la maladie. De nombreux isolats du VSHV provenant des eaux marines au large des côtes du Nouveau-Brunswick, de la Nouvelle-Écosse et de la Colombie-Britannique ont fait l’objet d’une analyse génétique, et les données obtenues ont servi à mettre en place une base de données pour l’identification et l’analyse rapides des isolats. Récemment, le VSHV a été détecté dans la région des Grands Lacs. Comme la souche en cause s’apparente le plus à des isolats du Nouveau-Brunswick et de la Nouvelle Écosse, on pense qu’elle provient de l’Est. Les travaux de recherche se poursuivent pour mieux comprendre la base génétique de la virulence parmi les souches identifiées en eaux canadiennes.
Résultats prévus 4
Appuyer le système canadien de réglementation dans le domaine de la santé pour permettre l’innovation tout en réduisant les risques pour les Canadiens, grâce à un programme ciblé de R D en génomique visant à renforcer les capacités dans des domaines prioritaires comme l’information génétique, les produits biotechnologiques, la génomique humaine et la génomique microbienne, afin de favoriser la santé humaine, animale et environnementale.
Résultats obtenus 4.1
Les chercheurs des laboratoires fédéraux, tout comme leurs collaborateurs à l’échelle locale, nationale et internationale, ont continué de mettre l’accent sur la génomique microbienne, en particulier celle liée aux causes courantes d’infections d’origine alimentaire ou hydrique. De nouveaux outils ont été conçus pour l’analyse génomique de pathogènes dont la virulence varie chez l’humain. Ils se révèleront probablement efficaces pour la détection rapide, la surveillance et l’évaluation du risque des sous-types de microorganismes qui présentent le plus grand danger pour la santé publique.
Résultats obtenus 4.2
D’autres recherches concernaient la mise au point et l’application d’outils propres aux disciplines en « -omique » pour réduire l’exposition aux pathogènes alimentaires, évaluer et atténuer les risques associés aux contaminants chimiques alimentaires, et évaluer les effets des nutriments et d’autres aliments bioactifs sur les risques pour la santé des Canadiens et des groupes vulnérables en présence de génotypes particuliers.
Résultats obtenus 4.3
On a donné suite à un projet pour exploiter les résultats du projet de recherche en cours intitulé Evaluation of Environmental Toxicogenomics for Use in Regulatory Toxicology & Risk (Évaluation de la toxicogénomique environnementale en vue d’une utilisation pour la toxicologie réglementaire et l’évaluation des risques. La toxicogénomique est l’application des méthodes génétiques à l’étude de la toxicologie. Les résultats du projet ont mené à l’élaboration de procédés permettant de mesurer de très faibles taux de produits toxiques. On évalue cette approche pour déterminer si de tels procédés peuvent constituer une méthode de référence plus rationnelle et objective pour l’évaluation des risques toxicologiques chez certains organismes.
Résultats obtenus 4.4
La g\xC3\xA9nomique joue un rôle déterminant en permettant de mieux comprendre les risques pour la santé liés au rayonnement de radiofréquences (p. ex. téléphones cellulaires, Programme de la sécurité des produits-PSP), à la fumée de tabac (Programme de lutte contre le tabagisme), à la fumée de cannabis (Programme de la stratégie antidrogue et des substances contrôlées), à la pollution de l’air (Programme de la sécurité des milieux), aux perturbateurs endocriniens, aux produits de biotechnologie microbienne et aux sites contaminés.
Résultats obtenus 4.5
Les travaux de recherche se poursuivent sur les données pharmacogénomiques et biothérapeutiques. Ces données pourraient influer sur l’homologation des médicaments destinés aux humains au Canada. Santé Canada reconnaît le rôle croissant que de telles données joueront dans les futures présentations de drogues. Les projets de recherche ont permis de mieux comprendre les méthodes et les analyses de données utilisées dans la production de données génomiques ou protéomiques relatives à la biothérapeutique. Ainsi outillé, Santé Canada sera mieux armé pour relever les défis réglementaires que pose l’analyse de ces données et pour prendre des décisions éclairées basées sur des données scientifiques.
Résultats prévus 5
Augmenter les connaissances sur les méthodes de production d’arbres et de protection de la forêt au moyen de travaux de R D en génomique portant sur des espèces et des caractères ayant une importance économique pour le Canada, de façon à atténuer les répercussions sur l’environnement.
Résultats obtenus 5.1
En ce qui concerne la régénération de la forêt, on a créé des lignées transgéniques d’épinette blanche et de peuplier qui surexpriment des gènes candidats particuliers intervenant dans des processus liés à la formation du bois et à la réponse immunitaire. Il s’agit d’une approche novatrice de l’analyse fonctionnelle et écologique. Certaines de ces lignées ont été transférées à des partenaires en vue d’autres études. Les polymorphismes de nucléotide simple ont été analysés pour 144 gènes candidats de caractères du bois chez l’épinette blanche en vue d’une comparaison de la fréquence des gènes dans les populations naturelles et dans les populations améliorées, et trois nouvelles cartes de liaison génétique ont été mises au point pour l’analyse des QTL (quantitative trait loci). On a effectué un phénotypage moléculaire dans des conditions environnementales contrôlées pour évaluer les changements moléculaires et biochimiques qui surviennent à l’apparition des bourgeons chez l’épinette blanche. Une base de données Web a été élaborée et transférée au projet Arborea II de Génome Canada, ce qui a permis l’intégration de l’information. Une carte de liaison génétique d’un gène de résistance à la rouille vésiculeuse a été conçue pour le pin argenté, ce qui a permis aux programmes provinciaux (Colombie Britannique) d’amélioration des espèces d’obtenir un outil moléculaire pour la sélection à l’aide de marqueurs.
Résultats obtenus 5.2
En ce qui concerne la protection des forêts, les scientifiques du SCF codirigent des initiatives visant à séquencer et annoter complètement le génome de pathogènes forestiers (rouille du peuplier et champignon associé au dendroctone du pin ponderosa) et à analyser le génome du champignon envahissant qui est à l’origine de l’encre des chênes rouges. Des protocoles d’études de transcriptome des systèmes hôte pathogène ont été élaborés, et ces études ont permis d’identifier plusieurs gènes candidats qui jouent un rôle dans la pathogénicité et l’élicitation des réactions de défense des végétaux (rouille du peuplier, carie jaune annelée du Douglas latifolié, rouille vésiculeuse du pin argenté). De plus, des marqueurs conçus pour caractériser les populations ont été validés, des mécanismes d’infection virale ont été mieux caractérisés (chez la tordeuse des bourgeons de l’épinette), et on a publié le premier rapport sur le profilage de l’expression génique de baculovirus à l’aide d’oligoréseaux. On a complètement séquencé le génome d’un virus qui infecte spécifiquement le diprion du sapin, et on a utilisé les données génomiques pour évaluer l’innocuité de ce virus pour l’environnement et l’enregistrer en tant que produit de lutte biologique sous le nom d’AbietivMC. Une entreprise dérivée, Sylvar Technologies Inc., a réussi à commercialiser AbietivMC en vue d’une application à large échelle dans les forêts de sapin baumier de Terre Neuve. Enfin, on envisage d’utiliser des microsporidies, groupe de pathogènes unicellulaires peu connus qui s’attaquent aux insectes, comme agents de lutte biologique, et l’on a vérifié leur classification taxonomique par une analyse de séquences d’ADN.
Résultats prévus 6.0
Mettre au point des applications de la génomique pour appuyer les activités de réglementation et d’application des lois dans des domaines clés comme l’évaluation et la gestion des risques environnementaux; l’application des lois et règlements et la conformité; la détection, la surveillance et la prévention de la pollution; la biologie de la conservation et la génétique de la faune; les prévisions et évaluations de la technologie; ainsi que le développement et l’utilisation responsables et durables des bioproduits et des procédés industriels.
Résultats obtenus 6.1

On a eu recours à des approches fondées sur la génomique environnementale pour :

  1. étudier les effets moléculaires des contaminants environnementaux sur les espèces sauvages afin d’améliorer l’évaluation et la surveillance des risques environnementaux;
  2. procéder à la caractérisation moléculaire de communautés microbiennes dans des sols contaminés afin d’améliorer la biorestauration;
  3. détecter les microorganismes pathogènes dans les eaux usées afin d’évaluer l’efficacité des méthodes d’épuration;
  4. améliorer la prise de décisions concernant la gestion et la conservation de plusieurs espèces dont la situation est préoccupante (p. ex. l’ours polaire et diverses population d’oiseaux).
Résultats obtenus 6.2
Les investissements se sont poursuivis dans les prévisions liées à la génomique environnementale, l’enrichissement des connaissances et les communications (p. ex. analyse comparative périodique des activités de génomique environnementale à l’étranger dans le cadre d’échanges bilatéraux avec l’Environmental Protection Agency (EPA) des États-Unis, le Department of Energy (DOE) des États-Unis, le Royaume Uni, l’OCDE et la Society of Environmental Toxicology and Chemistry; la préparation de l’intégration future des données de génomique provenant des dossiers de déclaration soumis conformément à la Loi canadienne sur la protection de l’environnement; et les applications potentielles de la génomique pour l’exploitation de systèmes microbiens dans les domaines de la biorestauration, de la bioénergie et de l’atténuation des changements climatiques.
Résultats obtenus 6.3
Conformément au mandat de protection des habitats des espèces pêchées du MPO, des outils génomiques sont utilisés pour évaluer la santé des écosystèmes aquatiques. Étant donné que les bactéries sont responsables de la biodégradation et de la biotransformation des contaminants environnementaux et réagissent rapidement à leur milieu environnant, des recherches sont en cours pour évaluer l’utilisation des changements dans la structure et la fonction des communautés microbiennes aquatiques en tant qu’indicateurs de la santé environnementale ou de la restauration des habitats dans les sites contaminés.

Communications

Bien que les trois premiers éléments soient importants pour s’assurer que les bonnes recherches sont menées au bon moment et que les résultats des recherches sont diffusés aux bonnes personnes qui les utilisent de la bonne façon, il est également important que la génomique soit bien comprise et acceptée par les Canadiens. Les communications directes et indirectes avec la population sont donc un aspect important de l’Initiative. Au cours de la période d’évaluation, 17 entrevues ont été réalisées avec les médias, 3 communiqués de presse ont été publiés et plus de 17 exposés communautaires ont été présentés. De plus, les ministères disposent de sites Web publics et ont publié des brochures et des dépliants présentant dans le détail les résultats et les réussites de la R–D en génomique. Des renseignements supplémentaires par ministère/organisme sont présentés à l’annexe 4 de l’appendice A.

Appendice A – Détails supplémentaires sur le rendement

Programmes de recherches du Conseil national de recherches Canada

  • Devéloppement des graines de Brassica
    Le programme de génomique fonctionnelle du développement et des processus métaboliques des graines de Brassica a pour but de réaliser une analyse génomique fonctionnelle complète du canola (et d’autres espèces connexes de Brassica) allant de l’embryogenèse à la maturation et à la germination.
  • Détection des pathogènes
    Ce programme vise la mise au point de nouvelles technologies qui faciliteront la détection biomoléculaire rapide et rentable en vue d’applications allant de dispositifs portatifs à des analyses aux points de service.
  • Maladies cardiovasculaires
    Ce programme vise à mettre au point de meilleures méthodes d’imagerie et de diagnostic pour évaluer la réaction des patients aux traitements, pour aider à planifier et à orienter les chirurgies et pour effectuer un triage plus efficace des patients.
  • Réseaux de transmission des signaux à Kinase
    Ce programme évalue les interactions protéine-protéine qui lient les protéines dans les systèmes de signalisation cellulaire pour déterminer si elles pourraient servir de cibles à de petites molécules thérapeutiques dans le traitement de maladies humaines.
  • Lutte contre les maladies des animaux aquatiques
    Le but de ce programme est de mettre au point des antigènes et des systèmes d’administration ciblés pour la mise au point de vaccins contre les pathogènes du saumon de l’Atlantique.
  • Traitement personalisé du cancer
    Le but de ce programme est de mettre en évidence des changements de nature génétique/protéinique qui causent le cancer ou fournissent des signatures du cancer et de les utiliser comme cibles de molécules thérapeutiques ainsi que pour des techniques d’imagerie servant à détecter la maladie et à évaluer l’efficacité des traitements.

Activités de recherche d'Agriculture et Agroalimentaire Canada

  • Stress biotique
    La résistance aux maladies et aux insectes est une caractéristique importante pour toutes les cultures. Des biologistes moléculaires et des entomologistes procèdent actuellement à des études afin d’établir une base moléculaire pour des méthodes faisant appel aux antibiotiques et aux antixénotiques en vue d’augmenter la résistance aux insectes. Des travaux sont en cours pour développer un germoplasme et des variétés résistantes aux insectes importants du point de vue économique.
  • Stress abiotique
    La tolérance au froid et à la chaleur et la résistance au gel sont des caractéristiques qui sont importantes pour presque toutes les cultures et revêtent une importance stratégique cruciale pour le Canada. La résistance au gel a une incidence considérable sur la stabilité du rendement, et la tolérance au froid a une influence majeure sur le potentiel de rendement. Les programmes de découverte de gènes parallèles dans différents systèmes ouvrent des avenues nouvelles et complémentaires pour augmenter la tolérance au froid et la résistance au gel.
  • Amélioration des attributs de qualité de céréales (blé et mais), d’oléagineux (Brassica/Arabidopsis) et de légumineuses (soja)
    • Technologies qui ont fait leurs preuves pour améliorer de façon radicale la qualité nutritionnelle du tourteau de canola. AAC a contribué de façon appréciable aux efforts internationaux de séquençage du génome de Brassica, et le succès de la génomique de Brassica s’est traduite par une collaboration officielle entre le Royaume-Uni et le Canada en vue d’études de génomique fonctionnelle sur Brassica.
    • La découverte récente dans les légumineuses d’un facteur génétique qui répond aux signaux des bactéries fixatrices d’azote constitue une percée majeure. Ce facteur est essentiel à la fixation de l’azote par les légumineuses. Les plantes qui peuvent produire leur propre engrais représenteront sans conteste un progrès en matière de réduction de l’utilisation des combustibles fossiles et des matières synthétiques en agriculture.
    • La qualité des semences est un élément de grande valeur dans toutes les cultures de céréales, de légumineuses à graines et d’oléagineux. Les gènes qui contrôlent le développement des graines, la répartition du carbone, la qualité des protéines, la qualité de l’huile, la qualité de l’amidon et l’accumulation de composés antinutritionnels sont des cibles majeures dans les domaines de la découverte et de la modification. Ce secteur inclut des composés qui présentent un intérêt en tant que neutraceutiques, tels que les phytostérols, les anthramides et les glucanes.
  • L’assemblée annuelle du Projet canadien de génomique des plantes cultivées, qui a eu lieu les 12 et 13 septembre à Penticton, en Colombie-Britannique, a été l’occasion de souligner les progrès réalisés dans les projets actuels et d’élaborer des lignes directrices pour le prochain appel de propositions, qui sera lancé au début d’octobre et qui visera à satisfaire aux besoins accrus dans le domaine de la génomique afin de soutenir les priorités de recherche élargies d’AAC, en particulier en ce qui concerne les nouvelles occasions en bioéconomie.
  • Les progrès en génomique à l’extérieur du pays ont été examinés lors de la Canadian Plant Genomics Conference, qui s’est tenue à Vancouver du 30 juillet au 2 août.

Projets de Santé Canada - projets

  • Validation de la toxicogénomique en vue d’une utilisation en toxicologie réglementaire.
  • Analyses protéomiques basées sur la génomique.
  • Validation biologique de l’instabilité des séquences génomiques répétées en tandem dans les cellules de rongeurs et les cellules humaines à des fins d’évaluation réglementaire de la génotoxicité.
  • Utilisation de la souris transgénique p53+/- pour de nouveaux essais biologiques sur le cancer : caractérisation génomique des tissus de souris exposées à des agents cancérogènes génotoxiques ou non génotoxiques.
  • Étude des lésions hépatiques induites par l’interféron à l’aide de la génomique et de la protéomique.
  • Biomarqueurs de l’inhalation de contaminants et des effets de ces contaminants dans l’athérosclérose et l’asthme.
  • Découverte de biomarqueurs pour le diagnostic des maladies à prions.
  • Biotech 2005 : une approche génétique « de choc » afin d’identifier les facteurs cellulaires de l’hôte qui sont nécessaires à la réplication et à la pathogenèse des agents infectieux.
  • Groupes de recherche sur la génomique de Salmonella du LLZA.
  • Approche immuno-informatique pour la découverte d’épitopes chez les pathogènes infectieux : applications pour l’identification de marqueurs potentiels à des fins de diagnostic et de mise au point de candidats-vaccins.

Projets de Ressources naturelles Canada

  • Génomique fonctionnelle et comparative du virus de la polyédrose nucléaire du diprion.
  • Génomique fonctionnelle du CfMNPV : rôle de tous les cadres de lecture ouverts dans le processus d’infection.
  • Analyse transcriptomique de la mue chez les insectes.
  • Effets de l’hôte larvaire sur la variation génomique et l’évolution de virus entomopathogènes : implications pour la lutte antiparasitaire.
  • Outils moléculaires pour des études sur l’écologie et la phylogénie des microsporidies chez les défoliateurs forestiers.
  • Une plateforme de génomique fonctionnelle des arbres pour la découverte de la fonction des gènes.
  • Étude de l’ensemble du génome pour révéler des gènes sous-jacents aux caractères de productivité de la croissance chez l’épinette blanche (Picea glauca).
  • Cartographie d’association de caractères du bois chez l’épinette blanche.
  • Génomique des champignons pour fins de protection et de conservation.
  • Interactions génomiques.
  • Caractérisation génétique et moléculaire des pathosystèmes hôte coniférien-carie jaune annelée (Phellinus spp.).
  • Analyse moléculaire, activité d’élicitation, isolement de gènes R fonctionnels et génie génétique de la résistance du pin blanc au champignon de la rouille vésiculeuse.

Projets d'Environnement Canada

  • Application de la génomique à la surveillance de la santé et de l’activité des communautés microbiennes dans les sols contaminés et les milieux fluviaux soumis à un stress.
  • Mise au point et normalisation de méthodes d’essais faisant appel à des techniques de génomique environnementale.
  • Application de méthodes génomiques et mesure des paramètres pour les essais de toxicologie aquatique et la surveillance des effets sur l’environnement.
  • Mise au point et application de nouvelles techniques basées sur la génomique pour la détection de microorganismes environnementaux et l’évaluation de la toxicité chronique des eaux usées.
  • Technologies d’expression des gènes : application de la génomique à la toxicologie de la faune.
  • Élaboration et validation d’un réseau écotoxicogénomique pour le homard : corrélation entre les profils d’expression génique et les paramètres toxicologiques classiques liés à l’exposition à des contaminants, aux effets histologiques et aux changements comportementaux.
  • Sécurité environnementale de la biotechnologie pour les écosystèmes aquatiques : impacts des cultures transgéniques et des consortiums de bactéries commerciales sur les invertébrés aquatiques.
  • Validation d’outils de génomique pour la prévision des effets environnementaux : réponse du poisson aux sédiments contaminés.
  • Application de la génomique au retraçage des sources microbiennes : identification de marqueurs génétiques spécifiques de la pollution fécale par les animaux dans les milieux aquatiques.

Projets de Pêches et Océans Canada

  • Phylogéographie et pathogénomique du virus de la septicémie hémorragique virale (VSHV) et du virus de l’anémie infectieuse du saumon (VAIS) au Canada visant à mieux comprendre la diversité de ces deux virus et à établir un lien entre cette diversité et les réponses de l’hôte (poisson à nageoires), le développement de la maladie, le rétablissement de la maladie clinique et la résistance à la maladie.
  • Nouveaux vaccins recombinants contre le virus de l’anémie infectieuse du saumon (VAIS) : utilisation d’un complexe protéine-peptide de choc thermique pour la conception d’un nouveau vaccin contre le VAIS à l’aide de modèles de lignées cellulaires de poisson, et évaluation de l’efficacité de ce vaccin.
  • Application et validation de la métagénomique pour la surveillance de la santé des écosystèmes aquatiques : analyse métagénomique pour délimiter les zones d’impact des déversements d’eaux usées autour des plateformes de forage pétrolier.
  • Conception et utilisation de marqueurs moléculaires comparatifs pour évaluer le degré et les profils de diversité génétique chez la raie tachetée (Leucoraja ocellata) afin de déterminer la subdivision de la population de cette espèce (qui est considérée comme préoccupante à menacée par le COSEPAC) de la Nouvelle-Écosse au golfe du Saint-Laurent.
  • Établissement du profil génétique de Mytilus edulis et de Mytilus trossulus pour valider les méthodes actuelles d’identification des espèces basées sur l’ADN, optimiser les marqueurs utiles en vue d’une analyse à plus haut débit et utiliser ces marqueurs optimisés pour déterminer la fréquence relative des deux espèces (et de leurs hybrides) dans plusieurs sites de collecte de semence de moule.
  • Mise au point de marqueurs de type SNP chez la morue pour comparer les estimations de la structure des stocks et du flux de gènes parmi plusieurs populations clés et pour évaluer les méthodes futures d’identification des stocks.
  • Comparaison des séquences du gène codant l’hormone de croissance chez le saumon de l’Atlantique et le saumon du Pacifique afin d’évaluer l’utilité des données génomiques sur le saumon de l’Atlantique en vue de les appliquer à la recherche sur la génétique et la physiologie du saumon du Pacifique.
  • Identification d’unités de conservation chez le saumon de l’Atlantique anadrome sauvage afin d’évaluer la variation des microsatellites parmi les populations du Nouveau‑Brunswick et de la Nouvelle‑Écosse.
  • Profilage de l’expression chez le saumon rouge de montaison tardive du Fraser : mise au jour de la physiologie de la migration à l’aide de puces à ADNc.


Annexe 2 – Personnel hautement qualifié par ministère


Conseil national de recherches Canada
59 nouveaux membres du personnel technique et de recherche étaient actifs dans le cadre de l’Initiative :

  • 22 boursiers en perfectionnement postdoctoral
  • 23 agents techniques
  • 3 employés des services informatiques
  • 7 agents de recherche/agents du Conseil de recherches

Agriculture et Agroalimentaire Canada
22 nouveaux membres du personnel technique et de recherche étaient actifs dans le cadre de l’Initiative :

  • 33 boursiers en perfectionnement postdoctoral
  • 3 chercheurs invités
  • 61 étudiants universitaires
  • 25 membres du personnel technique et scientifique

Santé Canada
36 nouveaux membres du personnel technique et de recherche étaient actifs dans le cadre de l’Initiative :

  • 9 boursiers en perfectionnement postdoctoral
  • 2 employés embauchés pour une période déterminée
  • 3 employés embauchés pour une période indéterminée
  • 16 étudiants (candidats à la maîtrise ès sciences ou au doctorat)
  • 6 employés techniques

Resources naturelles Canada
50 nouveaux membres du personnel technique et de recherche étaient actifs dans le cadre de l’Initiative :

  • 10 boursiers en perfectionnement postdoctoral
  • 9 chercheurs
  • 8 techniciens/biologistes
  • 22 étudiants universitaires (étudiants à la maîtrise ou au doctorat inscrits à un programme d’enseignement coopératif)
  • 1 stagiaire invité

Environnement Canada
9 nouveaux membres du personnel technique et de recherche étaient actifs dans le cadre de l’Initiative :

  • 3 boursiers en perfectionnement postdoctoral
  • 2 chercheurs
  • 1 employé de soutien technique et scientifique
  • 2 employés embauchés pour une période déterminée
  • 1 stagiaire invité du Conseil de recherches en sciences naturelles et en génie du Canada (CRSNG)

Pêches et Océans Canada
4 nouveaux membres du personnel technique et de recherche étaient actifs dans le cadre de l’Initiative :

  • 1 boursier en perfectionnement postdoctoral
  • 1 membre du personnel technique (temporaire)
  • 2 membres du personnel scientifique (permanents)


Annexe 3 – Extrants de la R-D par ministère


Conseil national de recherches Canada

  • 126 articles dans des revues à comité de lecture
  • 68 articles dans des comptes rendus de conférences examinés par les pairs
  • 93 présentations sur invitation
  • 3 rapports techniques
  • 42 autres publications
  • 13 participations à des conférences ou ateliers nationaux
  • 66 participations à des conférences ou ateliers internationaux
  • 5 participations à des comités et réseaux nationaux
  • 10 participations à des comités et réseaux internationaux
  • 2 bases de données liées à la génomique
  • 10 brevets actifs
  • 12 demandes de brevets
  • 3 brevets délivrés
  • 3 accords de transfert de matériel
  • 38 accords de coopération officiels

Agriculture et Agroalimentaire Canada

  • 65 articles dans des revues à comité de lecture
  • 23 articles dans des comptes rendus de conférences examinés par les pairs
  • 50 présentations sur invitation
  • 9 rapports techniques
  • 12 chapitres de livres
  • 56 autres publications
  • 7 divulgations d’inventions de fonctionnaires
  • 112 brevets actifs, 12 demandes de brevets, 2 brevets délivrés
  • 2 licences accordées

Santé Canada

  • 38 chapitres dans des revues à comité de lecture
  • 22 présentations sur invitation
  • 4 chapitres de livres
  • 9 présentations par affiches
  • 15 articles dans des publications de conférences

Natural Resources Canada

  • 40 publications dans des revues à comité de lecture
  • 33 publications dans des comptes rendus de conférences
  • 1 rapport de symposium national
  • 13 présentations sur invitation
  • 1 rapport technique
  • 3 chapitres de livres
  • 15 exposés et présentations par affiches lors de conférences nationales
  • 34 exposés et présentations par affiches lors de conférences internationales
  • 1 brevet américain provisoire a été accordé et 1 demande complète de brevet américain en est à la dernière étape du processus de traitement

Environnement Canada

  • 11 articles dans des revues à comité de lecture (version papier et électronique)
  • Information sur les revues disponible sur demande, 2 articles en préparation
  • 2 articles dans des comptes rendus de conférences
  • 6 présentations sur invitation
  • 6 rapports techniques
  • 10 autres publications

Pêches et Océans Canada

  • 6 articles dans des revues à comité de lecture
  • 6 articles dans des comptes rendus de conférences
  • 1 rapport technique
  • 4 chapitres de livres
  • 2 présentations sur invitation
  • 15 participations à des comités nationaux
  • 6 participations à des comités internationaux


Annexe 4 – Communications par ministère


Conseil national de recherches Canada

  • 1 entrevue avec les médias
  • 1 communiqué de presse
  • 2 sites Web (interne et externe)
  • Plusieurs exposés communautaires et visites organisées dans des instituts qui participent à l’IGS-CNRC au Canada (partenaires en enseignement, journée Découverte, expo-sciences, etc.)
  • Des brochures concernant la troisième phase de l’IGS-CNRC ont été élaborées et sont offertes pour des conférences.
  • Participation à des ateliers et distribution de feuillets d’information

Agriculture et Agroalimentaire Canada

  • 2 entrevues avec les médias
  • 1 communiqué de presse
  • 2 feuillets d’information et bases de données associées
  • Démonstrations publiques lors de journées portes ouvertes
  • Présentations dans des écoles publiques
  • Participation à des expo-sciences

Santé Canada

  • Le principal objectif de plusieurs projets de SC est de faire mieux connaître et comprendre, tant à l’interne qu’à l’externe, les résultats et applications de la recherche en génomique.
  • Au cours de conférences intergouvernementales, on a présenté les résultats et les réalisations de la recherche en génomique.

Ressources naturelles Canada

  • 14 entrevues avec les médias
  • 15 exposés communautaires

Pêches et Océans Canada

  • 1 communiqué de presse
  • 2 exposés communautaires
  • 1 feuillet d’information
  • 3 visites organisées

Appendice B – Initiative de R-D en génomique : survol du CGRR

Pour satisfaire aux exigences et aux lignes directrices du Secrétariat du Conseil du Trésor, un cadre de gestion et de responsabilisation axé sur les résultats (CGRR) a été élaboré pour l’Initiative de R D en génomique interministérielle. Le CGRR officialise l’engagement des six ministères qui participent à l’Initiative concernant les exigences communes de mesure et d’imputabilité associées à l’Initiative.

On a conçu un modèle logique (figure 1) qui reflète les objectifs globaux de l’Initiative, en reconnaissant qu’il y a d’importantes différences quant aux priorités et aux besoins particuliers de chaque ministère. Néanmoins, l’objectif énoncé de l’Initiative est de renforcer la capacité des laboratoires gouvernementaux d’entreprendre de la recherche associée aux sciences du génome afin de soutenir la réalisation des mandats ministériels, de renforcer le système de réglementation et de procurer les avantages des progrès révolutionnaires de la recherche et de la technologie à divers secteurs industriels canadiens et diverses régions. Voici les résultats clés de quatre éléments importants du programme :

  • Gestion - La gestion est un aspect important de tout programme gouvernemental, mais c’est particulièrement le cas pour l’Initiative de R-D en génomique en raison de la complexité de sa gouvernance ainsi que de sa contribution importante aux résultats. Pour ce qui est de la gouvernance, six ministères et organismes participent à l’Initiative, et il est important que les pratiques en place favorisent une coordination ministérielle et interministérielle efficace. Il est également primordial que les priorités des ministères et de l’Initiative soient bien définies afin que les projets soient choisis de façon à garantir l’atteinte des objectifs prioritaires de l’ensemble du gouvernement en matière d’information sur la génomique. Sans cela, les résultats de la recherche en génomique ne pourront soutenir de façon adéquate les activités d’élaboration de règlements et de politiques et la prise de décisions. Sans cet important élément du programme, certains des résultats et leurs impacts risquent de ne pas se produire.
  • Renforcement des capacités - Le renforcement des capacités était l’objectif principal des phases antérieures de l’Initiative, et il est essentiel que ces capacités soient maintenues et élargies. Sans l’embauche de nouveau personnel hautement qualifié (PHQ) et la formation du personnel existant, les laboratoires fédéraux pourraient perdre une partie de leur capacité et ne plus pouvoir mener les types de projets de recherche nécessaires pour garantir le succès de l’Initiative et pour être des acteurs crédibles dans le domaine de la R D en génomique et de ses applications. Pour continuer à maintenir les capacités de recherche fédérale, il est également essentiel que l’infrastructure existante soit mise à niveau et que de nouvelles infrastructures d’avant-garde soit acquises afin de s’assurer que les laboratoires fédéraux continuent de jouer leur rôle dans la recherche en génomique et puissent appuyer l’élaboration de règlements et politiques et la prise de décisions. Sans un renforcement continu des capacités, certains des résultats et leurs impacts risquent de ne pas se produire (ou de ne pas être aussi fructueux).
  • Recherche et développement - La R D est l’élément principal de l’Initiative. Toutes les activités entourant la R D en tant que telle, le transfert des technologies mises au point et/ou la diffusion des résultats de recherche et des connaissances scientifiques sont essentielles pour que tous les résultats soient atteints et aient un impact.
  • Communications - Bien que les trois premiers éléments soient importants pour s\xE2\x80\x99assurer que les bonnes recherches sont menées au bon moment et que les résultats des recherches sont diffusés aux bonnes personnes qui les utilisent de la bonne façon, il est également important que la génomique soit bien comprise et acceptée par les Canadiens. Les communications directes et indirectes avec la population sont donc un aspect important de l’Initiative.

Plan de mesure du rendement

Le tableau 3 présente les indicateurs de rendement, les sources et la responsabilité des résultats figurant dans le modèle logique de la figure 1 qui seront mentionnés dans le Rapport annuel sur le rendement. Toute l’information présentée dans ce tableau sera réunie et présentée chaque année.

Le tableau 4 présente les indicateurs de rendement, les sources et la responsabilité des résultats figurant dans le modèle logique qui devraient être examinés lors d’une évaluation future des impacts. Bien que l’information contenue dans ce tableau puisse être réunie chaque année, elle sera analysée et présentée au moment de l’évaluation des impacts.

Chaque ministère peut également indiquer ses progrès individuels dans un Rapport ministériel sur le rendement et utiliser l’information pour adapter ses programmes et ses priorités.

Les tableaux 3 et 4 présentent donc des données spécifiques qui doivent être réunies par tous les ministères, le cas échéant. Même si certaines données ne seront réunies ou analysées qu’au moment de l’évaluation des impacts, les tableaux présentent les exigences ministérielles permanentes qui suivent :

Information interministérielle :

Les ministères doivent tenir un dossier de tous les procès-verbaux des réunions, des comptes rendus de décisions, des documents de planification, et autres documents, de nature interministérielle qui ont eu une incidence sur la façon dont l’Initiative a été mise en œuvre dans chaque ministère.

Information ministérielle :

Les ministères doivent également tenir un dossier de l’information interne qui a eu une incidence sur la façon dont l’Initiative a été mise en œuvre dans le ministère, ce qui comprend l’information financière au niveau du programme (services votés et financement de mesures nouvelles), l’information sur les ressources humaines (embauche, formation), la participation à des comités, conférences et réseaux nationaux ou internationaux non liée à un projet précis, ainsi que les statistiques sur le site Web.

Information spécifique sur les projets :

Elle comprend l’information suivante sur les projets :

  • demandes de projets (propositions, examens par les pairs, etc.)
  • projets approuvés (titre, portée, financement, description, objectifs, chercheur principal, membres de l’équipe)
  • projets interministériels (titre, portée, financement, nombre de ministères, description, objectifs, chercheur principal, membres de l’équipe)
  • partenaires, collaborateurs dans les projets (noms, type, contribution financière, contribution en nature, rôle)
  • législateurs, décideurs, autres personnes ayant accès aux résultats de la recherche (noms, titres, coordonnées)
  • utilisation des fonds du projet (budgets par rapport aux dépenses réelles, y compris les frais généraux ou les taxes d’entreprise)
  • projets d’infrastructure (types, financement, % du total)
  • nombre d’articles dans des revues avec comité de lecture (nom des revues
  • nombre d’articles dans des comptes rendus de conférences examinés par les pairs
  • nombre de présentations sur invitation
  • nombre de rapports techniques
  • nombre de chapitres de livres
  • nombre d’autres publications
  • nombre et type de participations à des comités, conférences et réseaux nationaux ou internationaux liées à des projets
  • nombre et type de bases de données, de bibliothèques, etc. de génomique découlant des projets
  • application des résultats de la recherche et technologies transférées
  • nouveaux produits, outils et procédés mis au point
  • entreprises dérivées (nombre, types, noms, coordonnées)
  • nombre de divulgations
  • nombre de brevets actifs, de demandes de brevets, de brevets délivrés
  • nombre de licences délivrées
  • nombre d’accords de transfert de matériel (ATM)
  • nombre d’accords de coopération officiels
  • nombre de protocoles d’exploitation normalisés

Figure 1: Modèle logique de l'Initiative de R-D en génomique interministérielle

Gestion Renforcement des capacités Recherche et développement Vulgarisation
Activités

Coordination (interministérielle et intra-ministérielle)

Élaboration de politiques, cadres et lignes directrices

Collecte de renseignements et prévision, consultations, planification stratégique, établissement des priorités

Établissement des processus de sélection des projets

Développer la capacité scientifique et technique,
y compris l’infrastructure

Attirer, former et conserver le personnel hautement qualifié

Établir des réseaux et des collaborations

Entreprendre la R-D

Soutenir le transfert des technologies et les autorisations

Établir des partenariats stratégiques

Diffuser les résultats de la recherche

Communiquer avec le public

Développer le contenu des sites web

↓ 
Extrants

Rapports sur le rendement

Plans

Priorités

Approbation des projets

Personnel technique formé pour la recherche

Infrastructure :

  • Puces à ADN
  • génotypage
  • protocoles d’essai
  • séquençage

Connaissances scientifiques

Publications documentées

Rapports techniques

Autres publications

Participation aux comités, conférences et réseaux nationaux

Ateliers et colloques

Entrevues avec les médias

Communiqués

Présentations communautaires

Site web

Feuilles d’information et base de données

Visites et brochures

↓ 
Résultats immédiats
Meilleure gouvernance, coordination et partenariats scientifiques

Capacité de recherche accrue

  • augmentation du PHQ et formation du personnel existant
  • avancements dans l’infrastructure d’avant-garde

Meilleure prestation des services

Accès et partage des connaissances scientifiques et technologiques

Sensibilisation et compréhension accrues des résultats de la recherche en génomique et de leurs applications éventuelles

Soutien direct et indirect de la réglementation, des politiques et du processus décisionnel

Public plus sensibilisé à la génomique
  fl�che noire
Résultats intermédiaires
Meilleurs règlements, politiques et processus décisionnels

Participation accrue aux initiatives nationales et internationales en génomique

Application des résultats de la recherche pour développer des méthodes, produits, technologies et procédés nouveaux ou améliorés, par :

  • entreprises de retombée
  • divulgations
  • brevets actifs, demandes de brevets, brevets émis
  • permis délivrés
  • accords de transfert de matériel
  • accords de coopération officiels
Sensibilisation et compréhension accrues du public des avantages et des risques associés à la génomique
↓ 
Résultats à long terme

Meilleurs soins de santé, notamment :

  • Meilleurs diagnostics et traitements
  • Réduction des risques pour la santé et l’environnement
  • Réduction des coûts des soins de santé

Réduction des impacts environnementaux associés à :

  • qualité de l’eau
  • écosystèmes aquatiques en santé et productifs
  • pêches, agriculture, foresterie et aquaculture durables

Meilleure compétitivité des entreprises canadiennes grâce à :

  • diversification
  • meilleure productivité
  • réduction des coûts
  • démonstration des activités de saine gouvernance et de développement durable
  • etc.
Le Canada est positionné comme participant crédible pour la recherche en génomique et les applications
Résultat ultime - Meilleure qualité de vie en termes de santé, de sécurité, d’environnement et de développement social et économique
Groupes visés

Secteur public

Scientifiques et décideurs du gouvernement :

  • fédéral
  • municipal
  • provincial
  • international

Universités (canadiennes et internationales) :

  • scientifiques
  • autres facultés

Autres organismes de recherche (canadiens et internationaux)

Secteur privé

Industrie (canadienne et internationale) :

  • scientifiques
  • décideurs

Organismes à but non lucratif

Grand public canadien

Tableau 3 : Stratégie de mesure du rendement annuel
Domaine Indicateurs permanents Sources Responsabilité
Résultats immédiats
Meilleures gouvernance et coordination et meilleurs partenariats scientifiques Nombre d'initiatives de recherche interministérielles (tableau résumant l'initiative, la portée, le financement, le nombre de ministères participants, la description) Information sur le project Ministères
Nombre de partenariats et collaborations aux projets par type :
> autres ministères
> universités
> organisations internationales
> secteur privé
> Génome Canada> etc.
Information sur le project Ministères
Mobilisation de fonds internes :
> Financement des services votés et de nouvelles mesures
Dossiers ministériels Ministères
Autres fonds et contributions en nature par type (complémentaires de l'information précédente sur les collaborations)
> autres ministères
> universités
> organisations internationales
> secteur privé
> Génome Canada
> etc.
Information sur le projet Ministères
Renforcement des capacités de recherche :
>Augmentation du PHQ et formation du PHQ existant
Nombre et type de de nouveau personnel de recherche:
> permanent et temporaire (boursiers postdoctoral et étudiants)
> soutien scientifique et technique
Dossiers ministériels Ministères
Fonds et % alloué à la formation et aux activités connexes du PHQ Dossiers ministériels Ministères
Nombre d'employés formés (en génomique) Dossiers ministériels Ministères
Nombre d'employés du ministère travaillant à des projets de R-D en génomique financés (augmentant l'expertise acquise par la recherche) Dossiers ministériels Ministères
> Progrès vers l'obtention d'une infrastructure d'avant-garde Type d'infrastructure :
> acquise
> adaptée
> mise à niveau
> maintenue
Rapports sur le projet Ministères
Fonds et % allou\xC3\xA9 à l'infrastructure Dossiers ministériels Ministères
Accès aux/partage des connaissances technologiques et scientifiques Nombre d'articles dans des revues à comité de lecture (sur papier ou électronique)
> information sur les revues disponible sur demande
Rapports sur le projet Ministères
Nombre d'articles dans des comptes rendus de conférences examinés par les pairs Rapports sur le projet Ministères
Nombre de présentations sur invitation Rapports sur le projet Ministères
Nombre de rapports techniques Rapports sur le projet Ministères
Nombre de chapitres de livres Rapports sur le projet Ministères
Nombre d'autres publications Rapports sur le projet Ministères
Nombre et type de participation à des comités, conférences et réseaux nationaux et internationaux Rapports sur le projet Dossiers ministériels Ministères
Nombre et type de bases de données, bibliothèques, etc. associés à la génomique Rapports sur le projet Ministères
Connaissance de la génomique par la population Présence sur le Web, nombre de visites du site Web, autres statistiques sur le site Web Analyse des statistiques sur le site Web Ministères
Résultats intermédiaires
Participation accrue à des initiatives nationales et internationales en génomique Degré auquel les scientifiques des ministères participent à d'autres projets :
> nationaux et internationaux
> rôle dans les projets
> fonds mobilisés
> nombre de partenaires
> autres ministères, universités, secteur privé, Génome Canada ou autres
> etc.
Information sur le projet Ministères
Autres types de participation à des initiatives nationales et internationales en génomique :
> nombre d'initiatives
> types d'initiatives
> rôle des ministères et des scientifiques
Dossiers ministériels Ministères
Application des résultats de la recherche pour développer des méthodes des produits, des technologies ou des procédés novateurs ou améliorés grâce à des :
> entreprises dérivées
> divulgations
> brevets actifs, demandes de brevets, brevets délivrés
> licences délivrées
> accords de transfert de matériel
> accords de coopération officiels
Description de l'application des résultats de la recherche (interne et externe) et/ou des technologies transférées Dossiers ministériels Ministères
Nombre et types d'entreprises dérivées Rapports dur le projet Ministères
Nombre de divulgations Rapports dur le projet Ministères
Nombre de brevets actifs, de demandes de brevets, de brevets d\xC3\xA9livrés Rapports dur le projet Ministères
Nombre de licences délivrées Rapports dur le projet Ministères
Nombre d'accords de transfert de matériel Rapports dur le projet Ministères
Nombre d'accords de coopération officiels/ de protocoles d'exploitation normalisés Rapports dur le projet Ministères
Tableau 4 : Exigences des strtégies d'évaluation des impacts et de mesure du rendement
Domaine Indicateurs d'évaluation Sources Responsabilité
Résultats immédiats
Meilleures gouvernance et coordination de meilleurs partenariats scientifiques Preuve de planification coordonnée (interministérielle et intraministérielle) approches d'établissement des priorités et de gestion (p. ex. Comité des SMA en génomique, Groupe de travail sur la R-D en génomique, liens avec le Fonds de la SCB et le SCRB) Comptes rendus des réunions et des décisions, documents de planification, etc. Ministères et Groupe de travail sur la R-D en génomique
Nombre d'initiatives de recherche interministérielles (tableau résumant l'initiative, la portée, le financement, le nombre de ministères engagés, la description) Information sur le project Évaluateurs d'après l'information ministérielle
Nombre de partenariats et de collaborations aux projets :
> autres ministères
> universités
> organisations internationales
> secteur privé
> Génome Canada
Information sur le projet Évaluateurs d'après l'information ministérielle
Mobilisation des fonds internes :
> Financement des services votés et de nouvelles mesures
Dossiers ministériels Évaluateurs d'après l'information ministérielle
Utilisation des fonds aux fins voulues Information sur le projet Évaluateurs d'après l'information ministérielle
Autre financement et contributions en nature par type (complémentaires de l'information antérieure sur les collaborations) :
> autres ministères
> universités
> organisations internationales
> secteur privé
> Génome Canada
Information sur le projet Évaluateurs d'après l'information ministérielle
Connaissance et compréhension accrues des résultats de la recherche en génomique et de ses applications possibles Degré auquel les projets ont répondu aux besoins d'information en génomique dans les ministères Comparaison des projets par rapport aux priorités ministérielles; entrevues avec les gestionnaires des ministères Évaluateurs d'après l'information ministérielle
Degré auquel les législateurs et les décideurs sont informés des projets, de leurs résultats et de leurs applications éventuelles :
> dans les ministères
> dans les autres ministères
> dans les autres ordres de gouvernement
> dans les autres organisations
Entrevues aves les législateurs, les décideurs, les gestionnaires et autres Évaluateurs d'après l'information ministérielle
Soutient direct et indirect des processus de réglementation, d'élaboration de politique et de prise de décisions Degré auquel les données scientifiques liées à la génomique sont disponibles et utilisées pour k'élaboration des règlements et des politiques ainsi que pour les autres types de décisions:
> dans les ministères
> dans les autres ministères
> dans les autres ordres de gouvernement
Entrevues avec les législateurs, les décideurs et les autres gestionnaires, examen des comptes rendus des décisions, documents de travail, livres blancs Évaluateurs d'après l'information ministérielle
Connaissance de la génomique dans la population Degré de connaissance de la génomique dans la population Sondage auprès de la population Évaluateurs
Présence sur le Web, nombre de visites du site Web, autres statistiques sur le site Web Analyse des statistiques de sites Web Évaluateurs d'après l'information ministérielle
Résultats intermédiaires
Meilleures règlements, politiques et processus décisionnels fondés sur des données scientifiques Preuve de la contribution des données scientifiques à la réglementation, à l'application des lois, aux évaluation environnementales, à la santé publique et aux discussions et décisions stratégiques :
> dans les ministères
> dans les autres ministères
> dans les autres ordres de gouvernement
Entrevues avec les organismes de réglemen-tation, les décideurs et autres gestionnaires, examen des documents de discussions, livres blancs Évaluateurs d'après l'information ministérielle
Participation accrue aux initiatives de génomique nationales et internationales Degré auquel les scientifiques des ministères participent à d'autres projets :
> nationaux et internationaux
> rôle dans les projets
> fonds mobilisés
> nombre de partenaires
> autres ministères, universités, secteur privé, Génome Canada ou autres
Information sur le projet, entrevues avec les scientifiques et les partenaires Évaluateurs d'après l'information ministérielle
Autres types de participation aux initiatives de génomique nationales et internationales :
> nombre et types d'initiatives
> rôle des ministères et des scientifiques
Dossiers ministériels, entrevues avec les représentants ministériels et les représentants des autres initiatives Évaluateurs d'après l'information ministérielle
Application des résultats de la recherche pour développer des méthodes, des produits, des technologies ou des procédés novateurs ou améliorés grâce à des :
> entreprises dérivées
> divulgations
> brevets actifs, demandes de brevets, brevets délivrés
> licences délivrées
> accords de transfert de matériel
> accords de coopération officiels
Description de l'application des résultats de la recherche (interne et externe) et des technologies transférées Dossiers ministériels Évaluateurs d'après l'information ministérielle
Nombre et type de produits, d'outils et de procédés dévéloppés grâce à l'application des résultats de la recherche; description de l'utilisation Dossiers ministériels, entrevues avec les organisations bénéficiaires Évaluateurs d'après l'information ministérielle
Nombre et types de citations Analyse de citations Évaluateurs d'après l'information ministérielle
Compréhension par la population de la contribution importante de la génomique à la qualité de vie Changement du degré de compréhension dans la population Sondage auprès de la population Évaluateurs
Changements dans les reportages des médias Analyse du contenu des journaux, des autres publications Évaluateurs
Résultats à long terme
Meilleurs soins de santé y compris :
> meilleurs diagnostics et traitements
> réduction des risques pour la santé et l'- environnement
> réduction des coûts pour la santé
Degré auquel les résultats de la recherche sont utilisés pour le diagnostic, le traitement, la prévention, etc. Études des cas, entrevues Évaluateurs d'après l'information ministérielle
Impacts précis sur les soins de santé (se référer aux CGRR ministériels pour les indicateurs spécifiques) Études de cas, analyse des données secondaires sur les soins de santé Évaluateurs
Réduction des impacts sur l'environnement :
> qualité de l'eau
> écosystèmes aquatiques sains ey productifs
> pêches, agriculture, foresterie et aquaculture durables
Degré auquel les résultats de la recherche sont utilisés pour améliorer les règlements en matière d'environnement ainsi que les activités de détection et de surveillance de la pollution, et d'application des lois à cet régard Études de cas, entrevues Évaluateurs d'après l'information ministérielle
Impacts environnementaux précis (se réferer aux CGRR ministériels pour les indicateurs spécifiques) Études de cas, analyse des données secondaires sur l'environnement Évaluateurs
Meilleure compétitivité des entreprises canadiennes grâce à la :
> diversification
> meilleure productivité
> réduction des coûts
> démonsration d'une bonne gouvernance et d'activités dedévelop- pement durable
Degré auquel les résultats de la recherche sont utilisés par les entreprises canadiennes Études de cas, entrevues Évaluateurs d'après l'information ministérielle
Rendement des entreprises utilisant les résultats de la recherche par rapport à d;autres dans le secteur (se réferer aux CGRR ministériels pour les indicateurs spécifiques) Études de cas, analyse des données secondaires Évaluateurs
Meilleur rendement de certains secteurs grâce aux résultats de la recherche Études de cas, analyse des données secondaires Évaluateurs
Le Canada est considéré comme un participant créduble dans la recherche en génomique et ses applications Noveau de participation aux initiatives internationales Dossiers ministériels, entrevues avec les représentants ministériels et les représentants des autres initiatives Évaluateurs d'après l'information ministérielle
Opinions des experts concernant la participation du Canada Recension des écrits, entrevues avec les experts Évaluateurs d'après l'information ministérielle
Niveau d'investissement public et privé dans la R-D en génomique Études de cas, analyse des données secondaires, études spéciales, etc. Évaluateurs
Résultat ultime
Meilleure qualité de vie en termes de santé, de sécurité, d'environnement et de développement social et économique Divers indicateurs de la qualité de vie (p. ex. meilleurs ervices de santé et traitements, meilleurs perspectives d'emploi, amélioration du mode de vie, avantages environnementaux, etc.) Études de cas, analyse des données secondaires, études spéciales, etc. Évaluateurs

Notes de bas de page

Note de bas de page 1

Les instituts de recherche du CNRC doivent fournir des fonds du budget des services votés (au moins équivalents).

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Note de bas de page 2

Le financement a été obtenu par les centres de recherche d’AAC (services votés).

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Note de bas de page 3

Les fonds de contrepartie de SC provenant du budget des services votés ont été estimés.

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Note de bas de page 4

Les fonds mobilisés par RNCan proviennent du budget des services votés et de collaborateurs externes.

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Note de bas de page 5

Les fonds mobilisés par EC proviennent du budget des services votés.

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Note de bas de page 6

Les fonds mobilisés par le MPO proviennent du budget des services votés et de collaborateurs externes.

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