ARCHIVÉ - Initiative de R–D en génomique - Rapport Annuel sur le Rendement 2007-2008

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Sommaire

L’objectif premier de l’Initiative de R-D en génomique (IRDG) est de soutenir la recherche en génomique au pays à l’appui des principaux objectifs fédéraux dans les domaines d’intérêt national (la santé humaine, l’agriculture et la sécurité alimentaire, l’environnement et la gestion des ressources naturelles), de renforcer l’innovation, de promouvoir la compétitivité globale et d’assurer le développement durable pour le bénéfice de tous les Canadiens. Il met à profit les ressources existantes grâce à des collaborations de recherche au Canada et à l’étranger et les ministères et organismes suivants y participent directement :

  • Conseil national de recherches du Canada (6 M$/an)
  • Agriculture et Agroalimentaire Canada (6 M$/an)
  • Santé Canada et Agence de la santé publique du Canada (4 M$/an)
  • Ressources naturelles Canada (2 M$/an)
  • Environnement Canada (1 M$/an)
  • Pêches et Océans Canada (0,9 M$/an).

L’Initiative a été financée pour quatre cycle de trois ans : phase I (1999-2002), phase II (2002-2005), phase III (2005-2008) et phase IV (2008-2011). Le Comité de coordination interministériel des SMA chargés de l’IRDG, présidé par le CNRC, est composé de représentants des organisations financées et d’Industrie Canada, et il a pour mandat de fournir des orientations stratégiques et de superviser la gestion collective de l’Initiative. Ces mêmes organisations participent à un groupe de travail interministériel qui soutient le Comité de coordination interministériel des SMA et s’occupe de l’évaluation et de la préparation des rapports liés à l’Initiative.

Les investissements de l’IRDG ont fourni une base solide afin que les scientifiques du secteur public puissent explorer les avenues de recherche prometteuses pour permettre au Canada d’atteindre ses objectifs économiques et d’assurer la richesse sociale. L’exercice 2007-2008 a été la troisième et dernière année du financement de la phase III. Dans la foulée des années précédentes, les ministères participants ont une fois de plus fait d’excellents progrès dans la réalisation des objectifs établis pour l’IRDG et ils ont obtenu des résultats très intéressants ayant des retombées scientifiques en génomique et des avantages pour les Canadiens grâce à des applications directes.

Ce Rapport annuel sur le rendement pour 2007-2008 suit le cadre de gestion et de responsabilisation axé sur les résultats (CGRR) pour l’IRDG, qui formalise des critères de mesure selon les exigences du Secrétariat du Conseil du Trésor.

Le présent rapport démontre comment l’IRDG, en collaboration avec de nombreux partenaires de recherche au Canada et à l’étranger (tableaux 3 et 4), a permis d’acquérir des connaissances nouvelles et nombreuses et des technologies novatrices visant à améliorer la santé humaine, la gestion de l’environnement et des ressources naturelles, l’agriculture et la sécurité alimentaire. Certaines de ces connaissances et de ces technologies sont présentées à la section suivante sur les Faits saillants de l’IRDG; les résultats de l’Initiative sont résumés à l’Annexe 3 de l’Appendice A et illustrées par des statistiques sommaires aux Annexes 2, 4 et 5de l’Appendice A.

Faits saillants de l'irdg

Santé

Une méthode robuste pour quantifier un antigène spécifique du virus de la grippe a été mise au point et est maintenant brevetée. Cela permettra la distribution efficace des vaccins contre la grippe pour les campagnes annuelles de vaccination et une intervention rapide dans l’éventualité d’une pandémie.

Les scientifiques ont développé une technologie novatrice pour la détection rapide et abordable de la bactérie Salmonella. Des accords de coopération ont été conclus avec le Veterinary Laboratory Agency (VLA) au Royaume-Uni afin d’optimiser et de valider la technologie. À l’issue de ce travail, le produit sera vendu et distribué en Europe et en Amérique du Nord par le truchement d’Identibac, une entreprise commerciale soutenue par la VLA.

Des années de recherche ont permis de démontrer que l’immunothérapie peut traiter avec succès le cancer. Une nouvelle famille d’anticorps a été découverte : ils peuvent jouer un rôle dans la prévention de l’invasion des tumeurs en bloquant la fonction d’une glycoprotéine associée aux cancers chez l’humain. Une entreprise canadienne cherche à commercialiser ces anticorps spécifiques de la clustérine dans le monde entier pour des applications thérapeutiques et diagnostiques.

L’information génomique a été utilisée pour analyser la composition bactérienne du gros intestin humain et de sa réponse aux matières alimentaires fermentescibles, jetant ainsi les bases pour comprendre le rôle des prébiotiques et des probiotiques dans les aliments. Cette information a contribué à façonner les politiques de Santé Canada sur les probiotiques, ainsi que les décisions de principe sur l’ajout et l’étiquetage de ces substances dans les produits alimentaires, afin de fournir aux Canadiens des choix en matière d’aliments.

Agriculture

On a découvert un gène du blé qui offre une résistance à la brûlure de l’épi du blé causée par le Fusarium (BEF), une maladie directement responsable d’une perte cumulée de plus de 1,5 milliard de dollars à la ferme depuis 1996. Le gène présente aussi le potentiel d’assurer une résistance étendue contre d’autres maladies pouvant menacer les cultures canadiennes.

La découverte récente dans les légumineuses d\xE2\x80\x99un facteur génétique qui répond aux signaux des bactéries fixatrices d’azote constitue une percée majeure. Les légumineuses n’ont généralement pas besoin d’un apport en engrais azoté en raison de leur relation symbiotique avec les bactéries. L’acquisition de la capacité de fixation d’azote par des végétaux autres que les légumineuses leur permettraient de fabriquer leur propre engrais, et de réduire considérablement l’utilisation des combustibles fossiles et des matières synthétiques en agriculture.

On a découvert un gène du canola qui peut en stimuler la productivité et la résilience. Le gène a une incidence profonde sur la croissance de la plante; au cours d’essai, sa surexpression a permis d’obtenir des plantes plus grandes, plus fortes et plus durables qui accroissaient la production des graines et offraient un rendement moyen en huile qui dépassait d’environ 23 % le rendement des plantes témoin ordinaires.

Environnement

Des méthodes toxicogénomiques ont été élaborées et appliquées aux systèmes aquatiques afin d’identifier rapidement les agents pathogènes microbiens, comme ceux qui sont indicatifs de la contamination par les matières fécales humaines, animales et agricoles. Ces méthodes sont actuellement utilisées par les gouvernements (municipaux, provinciaux, fédéral) afin de gérer efficacement leurs ressources en eau.

Grâce à la mise au point et à l’utilisation de microréseaux d’ADN (un outil pour l’expression de l’ADN), les autorités douanières ont pu identifier avec succès du caviar provenant d’espèces rares et protégées, et non d’une espèce autorisée comme il avait été déclaré sur les documents d’importation. Les autorités douanières ont pu ainsi obtenir une condamnation du marchand pour importation illégale de caviar.

Ressources naturelles

Les importants bases de données de r\xC3\xA9férence établies par conçues par les scientifiques de l’IRDG pour le saumon du Pacifique sont maintenant utilisées pour la gestion génétique de la pêche en temps réel – ce mode de gestion est le plus intensif qui soit au monde. Plus de 10 000  échantillons de saumons chinook, coho et sockeye sont analysés chaque année pour gérer les dates d’ouverture de la pêche. Cela permet au Canada de maximiser les captures dans le cadre du Traité canado-américain portant sur le saumon du Pacifique, tout en maintenant des limites strictes pour les allocations de récolte afin de conserver les stocks, ce qui se traduit par une augmentation du chiffre d’affaires annuel de plusieurs millions de dollars dans le secteur des pêches.

Une trousse d’outils génomiques, conçue par des scientifiques participant à l’IRDG pour détecter et suivre le champignon qui cause la mort subite du chêne, est maintenant utilisée de manière opérationnelle par l’ACIA et l\xE2\x80\x99USDA-APHIS. Cette maladie, signalée pour la première fois au milieu des années 1990 dans le sud-ouest des États-Unis, est une menace pour les forêts de feuillus du Canada et a entraîné des pertes de centaines de millions de dollars pour les pépinières au Canada et aux États-Unis. Grâce à cette trousse d’outils, les pépinières canadiennes peuvent certifier que leurs produits sont exempts de la maladie et continuer d’exporter leurs produits.

Initiative de r-d en génomique – profil du programme

La recherche en génomique et dans les sous-disciplines connexes a profondément transformé l’étude des processus de la vie depuis les débuts de la génomique il y a vingt ans. La génomique est la science qui étudie les séquences d’ADN, les fonctions de dizaines de milliers de gènes qui constituent les organismes vivants, ainsi que la complexité de leurs multiples interactions. Cette science offre un niveau sans précédent de compréhension qui se traduit en applications importantes permettant d’améliorer la qualité de la vie humaine, l’économie du Canada et la pérennité de l’environnement. À mesure que les applications de la génomique ouvrent de nouvelles avenues, les progrès dans ce domaine sont largement perçus comme une véritable révolution scientifique.

Le gouvernement du Canada a reconnu l’importance de la recherche en génomique et a établi l’IRDG en janvier 1999, à raison de 19,9 millions de dollars par an, afin de soutenir la recherche en génomique au sein de six organisations du gouvernement fédéral.

Le gouvernement du Canada soutient également Génome Canada, une organisation sans but lucratif, et ses centres régionaux (840 millions de dollars depuis 2000) pour faire progresser la recherche en génomique et renforcer la position internationale du Canada. Cet investissement a pu être augmenté à plus de 1,6 milliard de dollars grâce au cofinancement de la part des partenaires.

À mesure que les applications de la génomique ouvrent de nouvelles avenues, les progrès dans ce domaine sont largement perçus comme une véritable révolution scientifique.

Aperçu

L’objectif premier de l’IRDG est de soutenir la recherche en génomique au pays à l’appui des principaux objectifs fédéraux dans les domaines d’intérêt national (la santé humaine, l’agriculture et la sécurité alimentaire, l’environnement et la gestion des ressources naturelles), de renforcer l’innovation, de promouvoir la compétitivité globale et d’assurer le développement durable pour le bénéfice de tous les Canadiens. Les connaissances obtenues par la recherche en génomique génèrent de puissants outils pour soutenir les mandats opérationnels et réglementaires, faciliter la prise de décisions liées aux principaux objectifs fédéraux dans tous les secteurs des sciences de la vie, et développer des applications innovatrices pour le bénéfice des Canadiens.

Ces applications comprennent :

  • Meilleurs diagnostic et compréhension des maladies infectieuses et chroniques chez l’humain;
  • Amélioration de la qualité des cultures pour de multiples usages (dont la bioénergie et les bioproduits) et adaptation aux changements environnementaux – l’accent est mis sur les céréales, les oléagineux et les légumineuses;
  • Des stratégies écologiquement durables de contrôle et de diagnostic des ravageurs et des agents pathogènes, vu les menaces accrues dues aux insectes et aux maladies dans les cultures et les forêts;
  • Des outils d’expertise légale pour le suivi des ressources halieutiques « de l’océan à l’assiette » afin d’assurer une exploitation durable de la ressource, en fonction de normes de certification, de traçabilité, d’identification des poissons illégalement pêchés ou mal étiquetés, ainsi qu’un accès aux marchés mondiaux;
  • Données génomiques de base sur les populations et outils de la métagénomique pour la surveillance et l’assainissement de l’environnement, ainsi que la surveillance des maladies des animaux aquatiques;
  • Connaissances des effets des contaminants sur les sols, les sédiments, les oiseaux et la vie aquatique permettant de surveiller la santé des écosystèmes du Canada et d’orienter les décisions réglementaires;
  • Marqueurs génomiques pour l’étude des interactions gène-gène, gène-médicament et gènes-environnement dans les études sur les maladies infectieuses et chroniques; and
  • Connaissance de la richesse génétique unique des forêts canadiennes pour identifier les gènes contrôlant les attributs désirables des arbres et fournir des outils fiables aux gestionnaires forestiers.

L’IRDG appuie également des études socio-économiques et éthiques sur les applications de la génomique; ces études visant à soutenir la surveillance réglementaire des applications contenant des données génomiques, ainsi que des activités de sensibilisation pour faciliter l’accès à une information claire et précise sur la R-D en génomique.

L’IRDG a été financée pour quatre cycles de trois ans : la phase I (1999-202), la phase II (2002-2005), la phase III (2005-2008) et, plus récemment, la phase IV (2008-2011). Les participants sont : le CNRC (6 M$/an), Agriculture et Agroalimentaire Canada (6 M$/an), Santé Canada et l’Agence de la santé publique (4 M$/an), Ressources naturelles Canada (2 M$/an), Environnement Canada (1 M$/an) et Pêches et Océans Canada (0,9 M$/an), comme il est indiqué au tableau 1.

Pour optimiser la qualité et la pertinence des programmes de recherche financés par l’IRDG, chaque ministère a recours à un processus d’appel de propositions concurrentielles et d’approbation, y compris des évaluations par les pairs. Des accords de recherche dans le cadre de vastes collaborations au Canada et à l’étranger permettent d’accroître les ressources et l’expertise, et de poursuivre des programmes de recherche multidisciplinaire de grande envergure (voir les tableaux 2, 3 et 4, et la section Gestion en page 10).

Tableau 1 : Fonds alloués
Ministère/Agence Phase I 1999-2002 Phase II
2002-2005
Phase III
2005-2008
Agriculture et Agroalimentaire Canada 17 000 000 $ 18 000 000 $ 18 000 000 $
Environnement Canada 3 000 000 $ 3 000 000 $ 3 000 000 $
Pêches et Océans Canada 2 500 000 $ 2 700 000 $ 2 700 000 $
Santé Canada/Agence de la santé publique du Canada 10 000 000 $ 12 000 000 $ 12 000 000 $
Conseil national de recherches du Canada 17 000 000 $ 18 000 000 $ 18 000 000 $
Ressources naturelles Canada 5 000 000 $ 6 000 000 $ 6 000 000 $
Conseil de recherches médicales1 500 000 $ - -
Total 55 000 000 $ 59 700 000 $ 59 700 000 $

1 - Devenu les « Instituts de recherche en santé du Canada » (IRSC) – une seule allocation au cours de l’exercice financier 1999-2000 pour aider à établir et à soutenir un secrétariat pour Génome Canada.

Gouvernance

Un Comité de coordination interministériel des sous-ministres adjoints (SMA) chargés de la R-D en génomique a été mis sur pied pour superviser la gestion et la coordination globales de l’IRDG. Le Comité veille à la mise en place de mécanismes efficaces d’établissement des priorités dans les ministères et à l’atteinte des objectifs et des priorités du gouvernement. Il veille aussi à l’application de principes de gestion communs de l’IRDG et à la collaboration horizontale entre les divers organismes lorsque cela est pertinent et possible. Le Comité se compose de représentants de chacun des organismes financés, d\xE2\x80\x99un représentant d’Industrie Canada et d’un représentant invité de Génome Canada.

Un groupe de travail interministériel sur l’IRDG appuie les travaux du Comité. Il a pour mandat de formuler des recommandations et des avis à l’intention du Comité de coordination des SMA en ce qui concerne l’établissement de priorités stratégiques et la gestion générale de l’IRDG. Le groupe de travail aide également à l’évaluation et à la préparation des rapports liés à l’Initiative.

Le Conseil national de recherches du Canada (CNRC) coordonne les activités interministérielles de gestion de l’IRDG, y compris l’élaboration et la mise en œuvre du Cadre de responsabilisation et de gestion axé sur les résultats (CGRR) et des présentations au Conseil du Trésor, et il préside le Comité de coordination ainsi que le groupe de travail interministériel.

Évaluation formative

Une évaluation formative de l\xE2\x80\x99Initiative de R-D en génomique a été réalisée en 2006 par un consultant privé (Performance Management Network Inc.), qui a conclu qu’elle atteignait les objectifs escomptés et offrait un programme de recherche pertinent, crédible et bien géré à l’appui des politiques, de la réglementation et des décisions gouvernementales. L’évaluation a confirmé que la plupart des six ministères du gouvernement avaient une capacité limitée de mener à bien des recherches en génomique avant la mise en œuvre du IRDG, et que celle-ci a permis de combler cette lacune. Les ministères soutenus par l’IRDG disposent maintenant des ressources humaines et des outils, équipements, infrastructures et réseaux nécessaires pour entreprendre de la R-D en génomique et participer à des programmes de grande envergure et à fort impact établis dans le cadre d’accords de collaboration formelle et informelle avec des organisations canadiennes et étrangères (gouvernements, universités, ONG et entreprises). L’évaluation a également corroboré le rôle légitime et nécessaire du gouvernement dans la R-D en génomique, ainsi que la nature complémentaire de l’IRDG et des autres initiatives fédérales ou provinciales dans ce domaine, sans chevauchement ou double emploi.

L’une des principales recommandations de l’évaluation était donc de non seulement maintenir le soutien de l’Initiative, mais aussi d’accroître sa base de financement pour répondre au besoin sans cesse croissant de R-D en génomique dans les laboratoires du gouvernement. L’évaluation recommandait également au gouvernement de définir des mécanismes pour renforcer l’orientation stratégique de l’IRDG afin qu’elle cible les priorités nationales, et de prendre des mesures pour veiller à ce que la responsabilité et la performance continuent d’être des éléments clés de l’Initiative.

Le Comité de coordination des SMA s’est engagé à répondre aux recommandations dans un plan d’action et de gestion en conformité avec la Politique d’évaluation du Conseil du Trésor et de faire état des progrès chaque année dans le Rapport ministériel sur le rendement du CNRC.

Cadre de gestion et de responsabilisation axé sur les résultats

Un cadre de gestion et de responsabilisation axé sur les résultats (CGRR) pour l’IRDG formalise l’engagement des six ministères et organismes participant à l’Initiative de faire rapport sur des indicateurs de rendement. Ce cadre oriente la structure et le contenu du présent Rapport de rendement annuel pour 2007-2008, qui couvre la troisième année du financement de la phase III.

Le modèle logique du CGRR reflète les objectifs généraux de l’Initiative, organisés en quatre domaines du programme : gestion, renforcement des capacités de R-D en génomique, recherche et développement et communications. Les indicateurs de rendement clés pour chacun de ces domaines sont les suivants :

  • Gestion – Amélioration de la gouvernance, de la coordination et des partenariats scientifiques.
  • Renforcement des capacités – Augmentation et formation du personnel hautement qualifié (PHQ), et mise à niveau des installations de façon qu’elles soient à la fine pointe de la technologie; participation accrue à des initiatives nationales et internationales en génomique.
  • Recherche et développement – Accès aux technologies et aux connaissances scientifiques et partage de ces technologies et connaissances; application des résultats de recherche pour la mise au point de méthodes, produits, technologies ou procédés innovateurs, nouveaux ou améliorés.
  • Vulgarisation – Meilleures connaissance et compréhension des résultats et des applications de la recherche en génomique.

Un résumé du CGRR, qui comprend le modèle logique et les tableaux connexes des indicateurs de rendement, est présenté à l’Appendice B.

Liens avec les objectifs ministériels et l'architecture des activités du programme

Les projets financés par l’IRDG sont axés sur les mandats des ministères et les priorités du gouvernement et ils s’inscrivent dans les stratégies de chaque ministère.

L’Initiative en génomique et en santé (IGS) est la plus vaste initiative de R-D du CNRC. Grâce à son approche multidisciplinaire et à son excellence en recherche, l’IGS contribue de façon majeure aux priorités de R-D du Canada dans les domaines de la santé (maladies chroniques et filière agroalimentaire), de l’énergie (biocarburants) et de l’environnement (technologies environnementales et bioproduits). Cette contribution est possible grâce au financement des programmes de recherche qui cadrent avec des secteurs industriels clés et qui sont axés sur l’application des connaissances techniques et scientifiques de façon à favoriser le développement économique et social. L’Initiative permet au CNRC de réaliser son mandat, qui est de traduire la S et T en valeur pour le Canada par le truchement de partenariats avec d’autres organismes gouvernementaux, les universités et l’industrie afin d’assurer une approche intégrée à l’égard de ses initiatives de S et T.

Agriculture et Agroalimentaire Canada (AAC) fournit de l’information, de la recherche, de la technologie, des programmes et des politiques afin de soutenir les secteurs de l’agriculture, de l’agro-alimentaire et des agroproduits au Canada. L’IRDG appuie directement deux des résultats stratégiques du ministère : un secteur concurrentiel qui gère les risques de façon proactive et d’un secteur novateur. Les fonds de l’IRDG ont permis à AAC de renforcer le Projet canadien de génomique des plantes cultivées (PCGPC) en investissant davantage dans la génomique des plantes et dans la formation d’équipes multidisciplinaires dans tout le Canada. Le financement de l’Initiative de R-D en génomique a été employé pour soutenir 1) le développement d’aliments durables et de stocks fourragers à base de céréales, de légumineuses à grains et d’oléagineux, et 2) le lancement de plateformes pour la production de produits industriels et de biocarburants. L’IRDG a catalysé la formation d’équipes scientifiques et technologiques intégrées au sein d’AAC et avec différents partenaires : universités, secteur privé, ONG et instituts de génomique internationaux de grande renommée.

L’IRDG soutient quatre résultats stratégiques de Santé Canada (SC) : amélioration des connaissances afin de répondre aux priorités en matière de santé et de soins de santé; accès à des produits de santé et à des aliments sécuritaires ainsi que des informations sur des choix santé; réduction des risques pour la santé et pour l’environnement causés par des substances et des produits réglementés; promouvoir des milieux de vie et de travail plus sains. Elle soutient également le résultat stratégique de l’Agence de la santé publique du Canada (ASPC), soit une population en meilleure santé par la promotion de la santé et la prévention des maladies et des blessures. Pour SC, la contribution de l’IRDG consiste à générer des connaissances qui sont essentielles à l’efficacité de la réglementation des produits liés à la santé. Le Cadre ministériel de Santé Canada pour la biotechnologie décrit ses rôles et responsabilités en matière de biotechnologie, dont ceux d’être un chef de file en matière d’élaboration de politiques et de règlements, et d’information et de participation du public, afin que le Canada occupe une place de choix sur la scène internationale, et d’employer les outils biotechnologiques pour remplir son propre mandat. Santé Canada a défini quatre thèmes pour orienter les activités de recherche de l’IRDG : production et utilisation de données sur la génétique humaine et impacts de ces données sur la société; santé et innocuité des produits biotechnologiques; applications de la génomique humaine et impacts liés aux diagnostics et aux maladies; et applications de la génomique microbienne et impacts liés aux diagnostics et aux maladies.

Le Service canadien des forêts de Ressources naturelles Canada (RNCan) a pour mandat de favoriser le développement durable des forêts du Canada et la compétitivité du secteur forestier canadien. L’IRDG a jeté les bases qui contribuent au résultat stratégique de RNCan Possibilités économiques pour les ressources naturelles et à l’activité de programme Innovation des forêts aux marchés. Il est à la fine pointe de la technologie, dont elle a rendu la réalisation possible. Ces plateformes sont utilisées pour la culture d’arbres et de tissus d’insectes, le diagnostic moléculaire, la génétique des populations, les produits de lutte biologique et la génomique fonctionnelle. Elles ont généré une masse critique de données, des infrastructures et des partenariats qui commencent à donner lieu à d’importantes applications pratiques.

Environnement Canada réalise ses activités de recherche en génomique par l’entremise de son programme Application stratégique de la génomique dans l’environnement (STAGE). Dans le cadre de ce programme, le ministère a essentiellement financé des projets qui visent à déterminer comment les outils et les méthodes de la génomique peuvent être utilisés pour appuyer ses différents mandats : l’élaboration de politiques, la prise de décisions réglementaires et l’application de la loi. Plus précisément, les projets portent sur les priorités ministérielles suivantes : la détermination des risques (p. ex., les connaissances sur les effets des contaminants environnementaux sur la biodiversité et les fonctions des communautés microbiennes); l’évaluation et la gestion des risques (p. ex., des données plus précises pour la présentation des rapports et des connaissances plus précises pour les décisions réglementaires); la biologie de la conservation et la gestion de la faune (p. ex., des marqueurs génétiques pour les décisions de conservation et de protection), et des meilleurs activités de conformité et d’application de loi (p. ex., l’identification des échantillons et l’expertise légale dans le domaine de la faune).

Le Programme de R-D en biotechnologie aquatique et en génomique du MPO, d’envergure nationale, appuie la recherche en génomique dans ses activités de R-D liées à ses responsabilités en matière de gestion des pêcheries, à la surveillance de l’habitat du poisson, aux pêcheries et à l’aquaculture durables ainsi qu’à la protection des ressources marines. Des objectifs spécifiques pour la recherche en génomique dans les quatre centres de recherche du MPO à travers le Canada ont été mis au point pour les écosystèmes et les organismes aquatiques, dans la lignée du mandat et des objectifs stratégiques du ministère.

Liens avec la stratégie fédérale en matière de sciences et de technologie (s et t) (2007)

La vision de la Stratégie fédérale des S et T – Réaliser le potentiel des sciences et de la technologie au profit du Canada – est d’établir un avantage concurrentiel national durable fondé sur les sciences et la technologie et sur des travailleurs qualifiés dont les aspirations, les ambitions et les talents engendrent l’innovation. La réalisation de cette vision est fondée sur la création de trois avantages en S et T pour le Canada : l’avantage entrepreneurial, l’avantage du savoir et l’avantage humain. L’orientation stratégique et les programmes de recherche de l’IRDG contribuent à ces trois avantages et sont bien alignés avec les principes de la stratégie, qui sont de promouvoir une excellence de classe internationale, de concentrer les efforts sur les priorités, de favoriser les partenariats et d’augmenter la responsabilisation.

Avantage entrepreneurial - La recherche financée dans le cadre de l’IRDG soutient les objectifs de développement économique grâce à des partenariats solides avec le milieu universitaire et le secteur privé, l’accent étant mis sur la recherche de solutions aux défis nationaux en matière de santé publique, d’agriculture, de pérennité de l’environnement et de gestion des ressources naturelles (forêts et pêches). Par exemple, les anticorps mis au point par le CNRC pour neutraliser les effets promoteurs de tumeurs d’un marqueur spécifique de protéines ont été octroyés sous licence et sont actuellement développés par un collaborateur commercial; les connaissances acquises par AAC sur un gène favorisant la résistance à la rouille brune du blé contribuera à la compréhension des mécanismes de résistance qui aident à la reproduction de nouvelles variétés résistantes à la rouille; les données génomiques ont permis au Service canadien des forêts (RNCan) de démontrer l’évaluation de l’innocuité pour de l’environnement d’un virus qui infecte spécifiquement le diprion du sapin baumier, et ont permis de l’enregistrer comme produit antiparasitaire, de le commercialiser par le truchement d’une compagnie issue de la recherche, et de l’appliquer à des forêts de l’ouest de Terre-Neuve pour lutter contre des infestations étendues du diprion. Des scientifiques de l’ASPC ont mis au point une technologie novatrice qui aide à détecter et identifier de façon rapide, économique et abordable la bactérie Salmonella. L’objectif est de faire progresser la technologie au point où elle peut facilement être transférée à des laboratoires de diagnostic. Actuellement, un accord de collaboration et un accord de divulgation et de confidentialité sont en place avec la Veterinary Laboratory Agency (VLA) au Royaume-Uni afin de réaliser l’optimisation et la validation du réseau. À l’achèvement des travaux, le produit sera vendu et distribué en Europe et en Amérique du Nord par le truchement d’Identibac, une entreprise commerciale soutenue par la VLA.

Les approches réglementaires efficaces ouvrent la voie à des applications commerciales qui génèrent de la richesse pour les Canadiens. L’IRDG soutient une réglementation efficace, efficiente et à jour en fournissant les connaissances scientifiques servant à établir des normes appropriées et évaluer l’innocuité des produits. Par exemple, mentionnons les outils de diagnostic pour les espèces mises en quarantaine, la caractérisation détaillée des nouveaux produits (aliments, produits pharmaceutiques, appareils médicaux, etc.) en vue de leur introduction responsable sur les marchés et leur surveillance continue; des outils d’expertise légale pour s’assurer que les ressources halieutiques répondent aux normes de certification et puissent accéder aux marchés mondiaux.

Avantage du savoir - L’objectif stratégique de la recherche financée par l’IRDG est d’apporter des solutions à plusieurs des questions les plus importantes pour les Canadiens – la protection de l’environnement, l’amélioration de la santé humaine, le développement de nouveaux traitements pour les maladies chroniques et les maladies infectieuses, l’amélioration de la sécurité et de la sûreté publiques, et la gestion de l’agriculture et des ressources naturelles de façon durable. Par exemple, l’IRDG est un moteur dynamique qui contribue à la santé des Canadiens, car elle soutient la recherche sur des thèmes comme le développement de nouveaux traitements pour le cancer, les maladies cardiaques et un large éventail d’autres maladies aiguës et chroniques, le développement de vaccins, et les mesures permettant de limiter la propagation des maladies et des éventuelles pandémies. Les nouveaux médicaments, les nutraceutiques et les aliments fonctionnels sont le résultat de la recherche s’appuyant sur la génomique et qui améliore la santé des Canadiens et génère de la richesse pour soutenir l’économie.

Avantage humain - Les programmes financés dans le cadre de l’IRDG permettent d’attirer, former et soutenir un personnel hautement qualifié (PHQ), y compris des chercheurs, des boursiers, des doctorants, des techniciens et des analystes des politiques, en leur fournissant l’accès à des infrastructures et des réseaux de recherche de classe mondiale.

Les relations de collaboration sont un élément important de l’IRDG pour réunir les capacités uniques, les intérêts et les ressources des partenaires de recherche et des parties intéressées. Ces relations sont établies entre des organisations scientifiques publiques, des universités, l’industrie et d’autres instituts de recherche, au niveau national et international, et elles s’appuient sur le partage de plateformes technologiques et la collaboration dans des domaines de recherche qui transcendent les clivages sectoriels traditionnels. Les collaborateurs du secteur privé sont d’importants participants dans tous les projets dirigés par le CNRC.

Ressources

Tous les ministères ont bonifié l’IRDG en fournissant des fonds supplémentaires à partir du budget des services votés et en obtenant des fonds de leurs collaborateurs. Le tableau 2 donne un aperçu des ressources en 2007-2008, montrant que les fonds mobilisés ont représenté plus de deux fois et demi les investissements dans l’IRDG. Les contributions en nature additionnelles comprenaient le partage de plateformes technologiques, des matériaux et du savoir-faire avec une variété de partenaires dans des domaines de recherche qui transcendent les clivages sectoriels traditionnels.

Tableau 2 : Fonds de l’IRDG et fonds (en milliers de $)
Ministère/Agence IRDG Mobilisés IRDG + mobilisés
Conseil national de recherches du Canada 6 000  17 351 23 351
Agriculture et Agroalimentaire Canada 6 000  7 200 13 200
Santé Canada/Agence de la santé publique du Canada 4 000  588 4 588
Ressources naturelles Canada 2 000  4 555 6 555
Environnement Canada 1 000  606 1 606
Pêches et Océans Canada 900 720 1 620
Total 19 900 31 020 50 920

Plans et activités des programmes de recherche

Les projets de l’IRDG soutiennent l’innovation et les règlements et politiques connexes dans les grands secteurs de l’économie canadienne que sont la foresterie, l’agriculture, la pêche, la santé et des sciences de la vie et les règlements et politiques connexes. Les faits saillants des plans et activités ministériels pour 2007-2008 figurent dans les sections suivantes. D’autres renseignements sont fournis à l’Annexe 1 de l’Appendice A.

L’Initiative en génomique et en santé du CNRC (IGS-CNRC) a mis en œuvre les recommandations formulées lors d’un examen formel de mi-programme en 2006-2007 par le Comité d’experts IGS-CNRC et a continué d’axer ses efforts sur six programmes de recherche orientés vers le diagnostic, le traitement et la prévention de maladies humaines et animales, la mise au point de technologies pour détecter les agents pathogènes et l’amélioration des nouvelles technologies pour les soins cardiaques et la production de récoltes agricoles ayant une valeur commerciale.

Le Projet canadien de génomique des plantes cultivées d’Agriculture et Agroalimentaire Canada (PCGPC-AAC) a porté sur la génomique fonctionnelle de la résistance aux maladies et aux insectes, la tolérance au stress, comme le froid et la sécheresse, et l’amélioration des attributs de qualité de céréales (blé et maïs), d’oléagineux (Brassica/Arabidopsis) et de légumineuses (soja).

Le Cadre ministériel de Santé Canada pour la biotechnologie décrit ses rôles et responsabilités en matière de biotechnologie, dont ceux d’être un chef de file en mati\xC3\xA8re d’élaboration de politiques et de règlements, et d’information et de participation du public, afin que le Canada occupe une place de choix sur la scène internationale, et d’employer les outils biotechnologiques pour remplir son propre mandat.

Du point de vue de l’ASPC, la génomique des humains et des microbes offre la possibilité de modifier radicalement les pratiques futures en santé publique, avec de nouvelles approches pour la surveillance de la maladie, la prévention des maladies et l’amélioration de l’état de santé, pouvant ainsi contrebalancer efficacement les pressions de financement dans le secteur de la santé.

L’IRDG à RNCan a continué de produire les connaissances scientifiques requises pour trouver des solutions adaptées à des problèmes précis en foresterie, l’accent étant mis sur des espèces et des traits importants du point de vue économique. Les thèmes suivants ont été appuyés : problèmes environnementaux émergents – trouver des solutions aux problèmes en foresterie (p. ex., surveillance des ravageurs et des pathogènes, et interventions associées); relations entre les génomes – étudier le profil génétique et l’évolution des principaux ravageurs, les mécanismes de défense de l’hôte, les interactions hôte-pathogène; développement durable et compétitivité du secteur forestier – réussir à améliorer la croissance des arbres, les caractéristiques de la qualité du bois et la résistance aux agents biotiques et abiotiques.

Les projets de l’IRDG soutiennent l’innovation et les règlements et politiques connexes dans les grands secteurs de l’économie canadienne que sont la foresterie, l’agriculture, la pêche, la santé et les sciences de la vie.

Environnement Canada a renforcé sa capacité interne en écotoxicogénomique au moyen de laquelle il évalue la meilleure façon d’utiliser la génomique afin de remplir son mandat, qui consiste à protéger les systèmes aquatiques, les systèmes terrestres et la faune du Canada contre les effets nocifs des agresseurs environnementaux existants et émergents (chimiques, biologiques et physiques). Les chercheurs d’Environnement Canada en écotoxicogénomique participent à de vases initiatives nationales et internationales dans ce domaine et sont reconnus pour leur expertise précieuse et leurs contributions scientifiques.

Le MPO poursuit ses travaux de recherche dans trois domaines : profilage des ressources aquatiques, santé des animaux aquatiques et santé de l’écosystème aquatique. En outre, une réorganisation stratégique a permis à la Région des Maritimes d’améliorer son expertise en génomique et ses infrastructures dans ce domaine, ce qui a favorisé les collaborations internes et externes. En outre, le ministère fait participer aux travaux de R-D des régions précédemment dénuées de fonds de recherche, en vue d’élaborer un plan d’action pour aider au renforcement de la recherche en génomique dans l’ensemble du ministère. Ce travail se poursuivra dans la prochaine phase.

Performance

Le présent rapport annuel sur le rendement pour 2008 est présenté à l’aide des catégories d’indicateurs de rendement établies dans le CGRR de l’Initiative de R‑D en génomique, afin de présenter les progrès sur les divers aspects de l’Initiative : la gouvernance, la coordination et les partenariats scientifiques, la capacité de recherche; l’infrastructure, le partage des connaissances technologiques et scientifiques; la participation à des initiatives nationales et internationales et l’application des résultats de la recherche pour développer des méthode, des produits, des technologies ou des processus novateurs. Dans la foulée des années précédentes, les ministères participants ont une fois de plus fait d’excellents progrès dans la réalisation des objectifs fixés pour l’IRDG.

Gestion

La saine gestion est un aspect important de tout programme gouvernemental. Les six ministères et organismes participant à l’IRDG ont mis en place des pratiques visant à définir les priorités de manière efficace, à favoriser la coordination ministérielle et à sélectionner des projets qui portent expressément sur les priorités identifiées.

Les collaborations sont une partie importante de l’IRDG, comme l’illustrent les tableaux 3 et 4. Le tableau 3 indique les activités de collaboration interministérielle dans le cadre de l’IRDG en 2007-2008.

Tableau 3 : Projets de collaboration interministérielle pour l’IRDG
Partenaires Domaine de recherche
AAC – CNRC technologies génomiques avec Brassica – huile biorenouvelable comme nourriture et carburant
AAC – CNRC essais pré-commerciaux sur le terrain – gènes candidats pour favoriser la production et la vigueur des végétaux
CNRC – EC biorestauration de sols contaminés
MPO – CNRC génomique des poissons à nageoires (p. ex., le saumon) et des poissons de fond comme la morue et la sole
RNCan – AAC croissance et adaptation de l’épinette
RNCan – AAC génomique fonctionnelle des virus des insectes
ASPC – CNRC maladies infectieuses, traitement et diagnostic du cancer
RNCan – CNRC compréhension des mécanismes de défense des arbres
SC – ASPC virus de la grippe
EC – CNRC génomique microbienne environnementale
EC – MPO partage des équipements et des espaces de laboratoire

Le tableau 4 montre l’étendue des collaborations avec un large éventail de partenaires, pour un total de près de 200 collaborations. Ces collaborations ont permis le partage de l’expertise et des ressources, et de nombreux projets sont réalisés par des chercheurs du Canada et des organisations de recherche et des universités étrangères. Par exemple, AAC a contribué de façon appréciable aux efforts internationaux de séquençage du génome de Brassica, et le succès de la génomique de Brassica s’est traduite par une collaboration officielle entre le Royaume-Uni et le Canada en vue d’études de génomique fonctionnelle sur Brassica, notamment dans le domaine de l’accumulation des huiles de graines.

Tableau 4 : Collaborations par type d’organisation
Type CNRC AAC SC RNCan EC MPO Totaux
Universités (canadiennes et étrangères) 22 25 14 30 12 13 116
Autres organisations de recherche internationales 5 9 4 8 3 1 30
Autres instituts de recherche canadiens 6 - 3 9 3 1 22
secteur privé 5 8 3 2 1 3 22
Autres organismes du secteur public - 5 3 - 1 - 9
Totaux 38 47 27 49 20 18 199

Les synergies ont été renforcées entre les scientifiques fédéraux actifs dans le cadre de l’IRDG et les scientifiques universitaires actifs dans des programmes à grande échelle financés par Génome Canada et les centres de génomique régionaux. Par exemple, le CNRC et les chercheurs d’AAC ont largement collaboré dans un projet de Génome Canada / Génome Prairie : Amélioration génétique du canola au moyen de la génomique. Ce projet de recherche conjoint a mené à la création d’importantes ressources génomiques, y compris un ensemble de plus de 600 000  séquences génomiques exprim\xC3\xA9es (SGE) – une ressource unique de séquences d’ADN qui représentent les gènes exprimés au cours du développement de la graine de canola. Ces SGE ont été soumises à la banque publique GenBank en juin 2007, ce qui constitue la plus grande contribution de séquences d’ADN de Brassica napus (canola) à la communauté scientifique mondiale. Les chercheurs des deux organismes ont également représenté le Canada dans une initiative multinationale de séquençage du génome de Brassica rapa. Des partenaires de l’industrie et de nombreux collaborateurs internationaux participent à tous ces projets de grande envergure. Les scientifiques d’AAC jouent un rôle clé dans le projet de Génome Canada intitulé Conception d’oléagineux pour les marchés de l’avenir, dans le but de développer un génotype du canola permettant d’améliorer la qualité du tourteau pour les marchés importants de l’alimentation des poissons et des animaux. De même, le Service canadien des forêts (SCF) de RNCan est un collaborateur important dans le projet Arborea II (Génome Canada/Génome Québec), qui vise à identifier les gènes liés à la variation naturelle de la croissance et de la qualité du bois chez une espèce très importante sur le plan économique : l’épinette blanche. Les recherches sont dirigées par des chercheurs de l’Université Laval, et 30 % des membres de l’équipe travaillent au SCF. Le SCF collabora également à un projet de Génome Colombie-Britannique et de Génome Alberta sur la génomique du dendroctone du pin ponderosa. En outre, les scientifiques de l’ASPC, en collaboration avec des chercheurs et des collèges provinciaux de santé publique et d’agriculture, ont démontré que l’exposition aux antimicrobiens peut accroître la virulence de Salmonella. Des essais en collaboration sont en cours dans tout le Canada afin d’évaluer les conséquences potentielles de cette découverte scientifique.

Capacités de R-D en génomique

Comme l’a confirmé l’évaluation formative réalisée en 2006, la plupart des six ministères du gouvernement avaient des capacités restreintes de recherche en génomique, avant la mise en œuvre de l’IRDG. Les ministères soutenus par l’IRDG ont maintenant la capacité en ressources humaines ainsi que les outils, équipements, infrastructures et réseaux nécessaires pour entreprendre de la R-D en génomique et participer à des programmes de grande envergure et à fort impact établis dans le cadre d’accords de collaboration formelle et informelle avec des organisations canadiennes et étrangères.

En 2007-2008, l’IRDG soutenu 82 stagiaires postdoctoraux, 247 employés scientifiques et techniques, 115 étudiants (Ph.D., M.Sc., B.Sc., et programmes coopératifs) et 10 chercheurs invités, pour un total de 454 personnes de catégorie scientifique et technique. L’Annexe 2 de l’Appendice A contient des détails supplémentaires présentés par ministère.

Les ministères ont continué d’investir dans les infrastructures de base, dont des installations pour le séquençage de l’ADN, la protéomique et les microréseaux. Des fonds ont également été alloués pour l’achat, l’entretien et la mise à niveau d’équipement de laboratoire, notamment des équipements PCR et temps réel, des spectromètres et des stations d’électrophorèse et d’hybridation.

Par exemple, SC a utilisé les fonds de l’IRDG pour acheter de nouveaux ordinateurs et serveurs équipés de logiciels de statistiques et d’analyse des données de microréseaux. Une somme d’environ 285 000 $ a été consacrée à une grande bibliothèque de rétrovirus. Un laboratoire pour l\xE2\x80\x99isolement des protéines a également été mis en place, ainsi qu’un poste de travail consacré aux analyses protéomiques, et il est équipé de logiciels spécialisés pour l’analyse des « empreintes digitales » des protéines.

Les ministères soutenus par l’IRDG ont maintenant la capacité en ressources humaines ainsi que les outils, équipements, infrastructures et réseaux nécessaires pour entreprendre de la R-D en génomique et participer à des programmes de grande envergure et à fort impact établis dans le cadre d’accords de collaboration formelle et informelle avec des organisations canadiennes et étrangères.

Recherche et développement

La recherche et le développement sont l’axe central de cette initiative, ainsi que les activités entourant la conduite de la R-D, qui sont essentielles pour en assurer la pertinence et l’impact, telles le transfert des connaissances, des techniques et des produits aux partenaires de recherche et aux utilisateurs finaux, ainsi que la diffusion des résultats de recherche. Dans le Rapport sur les plans et les priorités de 2007-2008, les ministères participants ont établi un ensemble collectif de résultats prévus :

Réaliser des progrès pertinents du point de vue commercial dans la R-D en génomique liés à la santé humaine (p. ex., tests génétiques, diagnostic, applications de la génomique microbienne, traitement et prévention de maladies humaines comme le cancer et les maladies cardiovasculaires, et détection des agents pathogènes);

Augmenter la valeur des récoltes (céréales, soja, canola) en améliorant l’adaptation des végétaux aux stress biotiques ou abiotiques (p. ex., résistance à la maladie, tolérance à la sécheresse et au froid) et la productivité, et par l’étude du développement et du métabolisme des semences (p. ex., en adaptant la qualité des huiles pour les biocarburants et les applications en nutraceutiques);

Gérer de façon durable les ressources aquatiques par l’utilisation d’outils de génomique, notamment pour gérer l’ouverture des pêches; mieux comprendre la génétique et la structure des populations; étudier les réactions comportementales, physiologiques et immunologiques à l’environnement, et gérer les maladies chez les animaux aquatiques (p. ex., mise au point de vaccins pour le poisson d’élevage);

Appuyer le système canadien de réglementation dans le domaine de la santé pour permettre l’innovation tout en réduisant les risques pour les Canadiens, grâce à un programme ciblé de R-D en génomique visant à renforcer la recherche dans des domaines prioritaires comme l’information génétique, les produits biotechnologiques, la génomique humaine et la génomique microbienne, afin de favoriser la santé humaine, animale et environnementale;

Augmenter les connaissances sur les méthodes de production d’arbres et de protection de la forêt au moyen de travaux de R-D en génomique portant sur des espèces et des caractères ayant une importance économique pour le Canada, de façon à atténuer les répercussions sur l’environnement;

Mettre au point des applications de la génomique pour appuyer les activités de réglementation et d’application des lois dans des domaines clés comme l’évaluation et la gestion des risques environnementaux; l’application des lois et règlements et la conformité; la détection, la surveillance et la prévention de la pollution; la biologie de la conservation et la génétique de la faune; les prévisions et évaluations de la technologie; ainsi que le développement et l’utilisation responsables et durables des bioproduits et des procédés industriels.

Un objectif important de l’IRDG est de veiller à ce que les chercheurs scientifiques fédéraux continuent de jouer un rôle influent et demeurent des acteurs scientifiques de premier plan dans le domaine en évolution rapide de la génomique.

À l’Annexe 3, le rapport démontre comment l’IRDG a permis d’acquérir des connaissances nouvelles et nombreuses et des technologies novatrices visant à améliorer la santé humaine, la gestion de l’environnement et des ressources naturelles, l’agriculture et la sécurité alimentaire. La section Faits saillants de l’IRDG décrit certaines des plus remarquables résultats appliqués obtenus en 2007-2008.

Un objectif important de l’IRDG est de veiller à ce que les chercheurs scientifiques fédéraux continuent de jouer un rôle influent et demeurent des acteurs scientifiques de premier plan dans le domaine en évolution rapide de la génomique. Cet élément est rendu possible grâce aux publications scientifiques et aux exposés présentés lors de conférences et d’ateliers nationaux et internationaux, et à la participation à des comités et à des réseaux. La liste suivante indique les résultats directs liés aux réalisations en R-D; des renseignements supplémentaires pour chaque ministère/organisme sont disponibles à l’Annexe 4 de l’Appendice A :

  • 204 chapitres ou articles dans des revues avec comité de lecture;
  • 103 publications dans des comptes rendus de conférences;
  • 164 présentations sur invitation;
  • 18 rapports techniques;
  • 46 autres publications;
  • 180 présentations en personne et par affiches à des conférences nationales et internationales;
  • 9 chapitres de livres;
  • 15 demandes de brevets;
  • 3 brevets délivrés;
  • 7 accords de transfert de matériel;
  • 18 accords de coopération officiels;
  • 2 livres publiés;
  • 2 bases de données liées à la génomique;
  • 8 protocoles d’exploitation normalisés transférés;
  • nombreux dépôts dans GenBank (p. ex., Brassica, blé, pathogènes de la sclérotiniose du soja, tordeuse des bourgeons de l’épinette, baculovirus).

Vulgarisation

Bien que les trois premiers éléments soient importants pour s’assurer que les bonnes recherches sont menées au bon moment et que les résultats des recherches sont diffusés dans la communauté scientifique, il est également important que la génomique soit bien comprise et acceptée par les Canadiens. Les communications directes et indirectes avec la population sont donc un aspect important de l’Initiative; toutefois, les efforts à ce chapitre ont été modestes en 2007-2008. Néanmoins, il y eu 11 entrevues avec les médias, 4 communiqués de presse et plusieurs présentations communautaires, des démonstrations, des visites et de participations à des foires scientifiques et des événements dans les écoles publiques. De plus, les ministères offrent des sites Web publics et ils ont publié des brochures et des dépliants présentant dans le détail les résultats et les réussites de la R-D en génomique. Des renseignements supplémentaires par ministère/organisme sont présentés à l’Annexe 5 de l’Appendice A.

Appendice A – Détails supplémentaires sur le rendement

Annexe 1 – Projets financés par l’IRDG, par ministère


Conseil national de recherches Canada

Développement des graines de Brassica
Le programme de génomique fonctionnelle du développement et des processus métaboliques des graines de Brassica a pour but de réaliser une analyse génomique fonctionnelle complète du canola (et d’autres espèces connexes de Brassica) allant de l’embryogenèse à la maturation et à la germination.

Détection des pathogènes
Ce programme vise la mise au point de nouvelles technologies qui faciliteront la détection biomoléculaire rapide et rentable en vue d’applications allant de dispositifs portatifs à des analyses aux points de service.

Maladies cardiovasculaires
Ce programme vise à mettre au point de meilleures méthodes d’imagerie et de diagnostic pour évaluer la réaction des patients aux traitements, pour aider à planifier et à orienter les chirurgies et pour effectuer un triage plus efficace des patients.

Réseaux de transmission des signaux à kinase
Ce programme évalue les interactions protéine-protéine qui lient les protéines dans les systèmes de signalisation cellulaire pour déterminer si elles pourraient servir de cibles à de petites molécules thérapeutiques dans le traitement des maladies humaines.

Lutte contre les maladies des animaux aquatiques
Le but de ce programme est de mettre au point des antigènes et des systèmes d’administration ciblés pour la mise au point de vaccins contre les pathogènes du saumon de l’Atlantique.

Traitement personnalisé du cancer
Le but de ce programme est de mettre en évidence des changements de nature génétique/protéinique qui causent le cancer ou fournissent des signatures du cancer et de les utiliser comme cibles de molécules thérapeutiques ainsi que pour des techniques d’imagerie servant à détecter la maladie et à évaluer l’efficacité des traitements.

Agriculture et Agroalimentaire Canada

Stress biotique
Des travaux dans ce domaine sont en cours pour développer un germoplasme et des variétés résistantes aux maladies et aux insectes parasitaires qui représentent un lourd fardeau économique. Des biologistes moléculaires et des entomologistes cherchent à établir une base moléculaire pour des méthodes faisant appel aux antibiotiques et aux antixénotiques en vue d’augmenter la résistance aux insectes et aux pathogènes.

Stress abiotique
Les programmes de découverte de gènes parallèles dans différents systèmes visent à ouvrir des avenues nouvelles et complémentaires pour augmenter la tolérance au froid et la résistance au gel. La tolérance au froid et à la chaleur et la résistance au gel sont des caractéristiques qui sont importantes pour presque toutes les cultures et revêtent une importance stratégique cruciale pour le Canada, car ils influent grandement sur la stabilité et le potentiel de rendement.

Attributs de qualité de céréales (blé et mais), d’oléagineux (Brassica/Arabidopsis) et de légumineuses (soja)
Les recherches dans ce domaine portent sur un aspect important de la qualité des graines et visent à déchiffrer les gènes qui contrôlent le développement des graines, la répartition du carbone, la qualité des protéines, la qualité de l’huile, la qualité de l’amidon et l’accumulation de composés antinutritionnels. Parmi les composés des nutraceutiques à l’étude, mentionnons les phytostérols, et anthramides et les glucanes.

Santé Canada et Agence de la santé publique du Canada

  • Validation de la toxicogénomique en vue d’une utilisation en toxicologie réglementaire
  • Applications de la toxicogénomique et de la protéomique à la salubrité de l’environnement. Identification de biomarqueurs d’exposition et d’effet des agents cancérigènes mutagène dans des matrices environnementales complexes
  • Validation biologique de l’instabilité des séquences génomiques répétées en tandem dans les cellules de rongeurs et les cellules humaines à des fins d’évaluation réglementaire de l’écotoxicité
  • Utilisation de la souris transgénique p53+/- pour de nouveaux essais biologiques sur le cancer : caractérisation génomique des tissus de souris exposées à des agents cancérogènes génotoxiques ou non génotoxiques
  • Étude des lésions hépatiques induites par l’interféron, à l’aide des méthodes de la génomique et de la protéomique
  • Biomarqueurs de l’inhalation de contaminants et des effets de ces contaminants dans l’athérosclérose et l’asthme
  • Découverte de biomarqueurs pour le diagnostic des maladies à prions
  • Biotech 2005 : une approche génétique « de choc » afin d’identifier les facteurs cellulaires de l’hôte qui sont nécessaires à la réplication et à la pathogenèse des agents infectieux
  • Méthodes génomique pour fournir des marqueurs moléculaires pour le typage de Salmonella
  • Approche immuno-informatique pour la découverte d’épitopes chez les pathogènes infectieux : applications pour l’identification de marqueurs potentiels à des fins de diagnostic et de mise au point de candidats-vaccins

Ressources naturelles Canada

  • Génomique fonctionnelle et comparative du virus de la polyédrose nucléaire du diprion
  • Génomique fonctionnelle du nucléopolyhédrovirus multiple de la Choristoneura fumiferana (CfMNPV) : rôle de tous les cadres de lecture ouverts dans le processus d’infection
  • Analyse transcriptomique de la mue chez les insectes
  • Effets de l’hôte larvaire sur la variation génomique et l’évolution de virus entomopathogènes : conséquences pour la lutte antiparasitaire
  • Outils moléculaires pour des études sur l’écologie et la phylogénie des microsporidies chez les défoliateurs forestiers
  • Plateforme de génomique fonctionnelle des arbres pour la découverte de la fonction des gènes
  • Étude de l’ensemble du génome pour révéler des gènes sous-jacents aux caractères de productivité de la croissance chez l’épinette blanche (Picea glauca)
  • Cartographie d’association de caractères du bois chez l’épinette blanche
  • Génomique des champignons pour fins de protection et de conservation
  • Interactions génomiques
  • Caractérisation génétique et moléculaire des pathosystèmes hôte coniférien-carie jaune annelée (Phellinus spp.).
  • Analyse moléculaire, activité d’élicitation, isolement de gènes R fonctionnels et génie génétique de la résistance du pin blanc au champignon de la rouille vésiculeuse

Environnement Canada

  • Mise au point et normalisation de méthodes d’essais faisant appel à des techniques de génomique environnementale
  • Technologies d’expression des gènes : application à la toxicologie de la faune
  • Début d’un test QuantiGene Plex sur le système endocrinien des salmonidés en s’appuyant sur des gènes cibles
  • Caractérisation génétique de souches de Pasteurella multocida isolées à partir d’épidémies de choléra aviaire étendues dans tout le Canada
  • Génétique du garrot d’Islande de l’est
  • Variation du phénotype de l’ours polaire
  • Dynamique des migrations et structure génétique de la population de la pie-grièche migratrice
  • Conception et optimisation de protocoles de quantification pour l’amélioration de l’utilité de microréseaux d’ADN utilisées dans la surveillance des effets environnementaux
  • Mise au point et application de nouvelles techniques génomiques pour l’identification et la quantification des micro-organismes afin d’évaluer l’efficacité des systèmes de traitement des eaux usées
  • Mise en place de techniques d’évaluation moléculaire pour les maladies infectieuses émergentes chez les amphibiens autochtones
  • Écotoxicogénomique des nanomatériaux – Détection d’organismes génétiquement modifiés et des gènes bactériens dans les écosystèmes aquatiques
  • Validation d’outils de génomique pour la prévision des effets environnementaux : réponse du poisson aux sédiments contaminés
  • Élaboration et validation d’un réseau écotoxicogénomique pour le homard : corrélation entre les profils d’expression génique et les paramètres toxicologiques classiques liés à l’exposition à des contaminants
  • Établissement du patron génétique, à l’aide de microréseaux d’ADN, de la virulence et des gènes résistants aux antibiotiques chez Escherichia coli
  • Effets écologiques des organismes génétiquement modifiés et autres produits de la biotechnologie au niveau génomique

Pêches et Océans Canada

  • Phylogéographie et pathogénomique du virus de la septicémie hémorragique virale (VSHV) et du virus de l’anémie infectieuse du saumon (VAIS) au Canada
  • Complexe protéine-peptide de choc thermique : conception et efficacité d’un nouveau vaccin
  • Application et validation de la métagénomique pour la surveillance de la santé des écosystèmes aquatiques
  • Développement et utilisation de marqueurs moléculaires comparatifs pour évaluer les niveaux et les tendances de la diversité génétique de la raie tachetée (Leucoraja ocellata)
  • Identification par l’ADN d’espèces de moules et application de cette méthode dans une étude géographique de la composition des espèces chez les moules de semences recueillies autour de la Nouvelle-Écosse
  • Études préliminaires de l’utilisation de la variation du polymorphisme de nucléotide simple (PNS) pour assigner la morue de l’Atlantique du Nord-Ouest à sa région d’origine
  • Profilage de l’expression du saumon sockeye de montaison tardive du fleuve Fraser : étude de la physiologie de la migration à l’aide de la technologie des microréseaux d’ADNc
  • Identification des unités de conservation du saumon sauvage anadrome de l’Atlantique
  • Comparaison au niveau des séquences des régions des gènes des hormones de croissance des saumons de l’Atlantique et du Pacifique

Annexe 2 – Personnel hautement qualifié (PHQ), par ministère


Conseil national de recherches Canada
95 chercheurs et techniciens étaient actifs dans le cadre de l’Initiative :

  • 22 stagiaires postdoctoraux
  • 39 agents techniques
  • 6 employés des services informatiques
  • 22 agents de recherche/agents du Conseil de recherches
  • 6 étudiants

Agriculture et Agroalimentaire Canada
176 chercheurs et techniciens étaient actifs dans le cadre de l’Initiative :

  • 34 stagiaires postdoctoraux
  • 4 chercheurs invités
  • 63 étudiants universitaires (21 au doctorat, 19 à la maîtrise, 23 au premier cycle)
  • 75 membres du personnel scientifique et technique (11 professeurs auxiliaires dans 6 universités)

Santé Canada et Agence de la santé publique du Canada
43 chercheurs et techniciens étaient actifs dans le cadre de l’Initiative :

  • 13 chercheurs principaux
  • 4 stagiaires postdoctoraux
  • 11 employés embauchés pour une période indéterminée
  • 10 étudiants universitaires (1 au doctorat, 2 à la maîtrise and 7 au premier cycle)
  • 5 employés techniques

Ressources naturelles Canada
84 chercheurs et techniciens étaient actifs dans le cadre de l’Initiative :

  • 18 stagiaires postdoctoraux
  • 12 chercheurs
  • 28 biologistes/techniciens
  • 20 étudiants universitaires (9 au doctorat et à la maîtrise, 11 au premier cycle)
  • 6 chercheurs invités

Environnement Canada
35 chercheurs et techniciens étaient actifs dans le cadre de l’Initiative :

  • 4 stagiaires postdoctoraux
  • 2 chercheurs
  • 2 techniciens de recherche
  • 1 chimiste
  • 9 étudiants (1 au doctorat, 1 à la maîtrise, 7 au premier cycle)
  • 17 chercheurs

Pêches et Océans Canada
21 chercheurs et techniciens étaient actifs dans le cadre de l’Initiative :

  • 9 membres du personnel technique
  • 7 étudiants
  • 5 chercheurs

Appendice 3 – Résultats prévus et résultats obtenus (2007-2008)


Résultat prévu 1

Réaliser des progrès pertinents du point de vue commercial dans la R-D en génomique liés à la santé humaine (p. ex., tests génétiques, diagnostic, applications de la génomique microbienne, traitement et prévention de maladies humaines comme le cancer et les maladies cardiovasculaires, et détection des agents pathogènes)

Résultat obtenu 1

La recherche sur le cancer au CNRC s’attache à découvrir les changements génétiques ou protéiniques qui causent le cancer ou constituent des signatures du cancer et de s’en servir soit comme cibles des molécules thérapeutiques soit dans les techniques d’imagerie utilisées pour détecter la maladie et évaluer l’efficacité des traitements. Les chercheurs ont découvert une nouvelle famille d’anticorps capables de jouer un rôle dans la prévention des invasions tumorales en bloquant la fonction de la clustérine sécrétée, une glycoprotéine associée au cancer humain et qui joue un rôle dans la survie ou la mort des cellules. En inhibant la fonction du gène dans les cellules cancéreuses, il est possible d’accroître l’efficacité de la réaction des cellules et leur sensibilité à la chimiothérapie et à d’autres thérapies médicamenteuses. Une société canadienne de biotechnologie, Alethia Biotherapeutics, a obtenu une licence du CNRC en 2007-2008 et a ainsi obtenu l’exclusivité des droits thérapeutiques et diagnostiques sur les anticorps spécifiques de la clustérine.

Les scientifiques du CNRC travaillent actuellement au développement de dispositifs diagnostiques « tout-en-un », portatifs et efficaces, afin de détecter les pathogènes humains. L’objectif est de créer des outils diagnostiques peu coûteux qui pourront être produits industriellement pour des applications commerciales et qui permettront d’identifier rapidement les pathogènes humains et d’obtenir des lectures instantanées, éliminant les procédures de laboratoire classiques souvent trop longues. Dans une première étape vers cet objectif, les chercheurs ont développé en 2007-2008 une « micropuce personnelle de détection », un dispositif miniature très puissant utilisé pour détecter et analyser simultanément de nombreux échantillons de protéines. Lorsque leur développement sera terminé, ces micropuces personnelles de détection pourraient révolutionner la recherche en génomique et en protéomique en laboratoire et influer de manière encore plus importante sur la manière dont les chercheurs et cliniciens comprennent, diagnostiquent et traitent un large éventail de maladies ou de pathogènes, des substances allergènes gênantes aux pathogènes comme Salmonella et E. coli.

Résultat prévu 2

Augmenter la valeur des récoltes (céréales, soja, canola) en améliorant l’adaptation des végétaux aux stress biotiques ou abiotiques (p. ex., résistance à la maladie, tolérance à la sécheresse et au froid) et la productivité, et par l’étude du développement et du métabolisme des semences (p. ex., en adaptant la qualité des huiles pour les biocarburants et les applications en nutraceutiques)

Résultat obtenu 2

Les prochaines grandes cibles en génomique du blé et son application à l’amélioration génétique du blé ont été définies : la construction de cartes de restriction pour le blé, le séquençage du génome du blé et du développement d’outils génomiques fonctionnels. Les scientifiques d’AAC ont fait des progrès de calibre mondial en génomique fonctionnelle, qui permettent la mise au point de nouvelles stratégies d’amélioration des traits du blé d’importance économique tels que le rendement ou de qualité, qui sont régis par de nombreux gènes. Dans le passé, le lien entre l’expression d’un très grand nombre de gènes en une seule fois et ceux qui contrôlent de l’apparition d’un trait donné n’était pas clair. Des progrès ont été réalisés pour établir les liens entre la fonction de certains gènes et le caractère lui-même. Cela a été accompli, p. ex., en étudiant l’expression de nombreux gènes au cours du développement de la graine et en établissant la corrélation des gènes spécifiques avec l’apparition de traits spécifiques. La méthode a été publiée dans le très réputé Plant Biotechnology Journal et est appliquée par d’autres laboratoires dans le monde entier. De plus, cette méthode a contribué à l’élaboration de la carte du blé et a permis d’identifier plusieurs régions chromosomiques qui contrôlent l’expression de nombreux gènes, dont ceux qui ont une importance économique. Aussi, des milliers de nouveaux marqueurs moléculaires ont été identifiées et sont partagés avec les phytogénéticiens du monde entier pour tester des gènes candidats et sélectionner des marqueurs moléculaires utiles pour les traits liés à la qualité du blé, comme la teneur en protéines, les fibres alimentaires, la germination prérécolte et le rendement.

Le blé représente la plus grande culture au Canada, en superficie et en valeur à la ferme (25 millions d’acres plantés et plus de 4 milliards de dollars à la ferme par année), et plusieurs maladies existantes et potentielles menacent la durabilité de la production de blé au Canada. La brûlure de l’épi causée par le Fusarium (BEF) est une maladie majeure du blé qui a déjà causé des pertes cumulées de plus de 1,5 milliard de dollars à la ferme, au Canada, et des pertes encore plus grandes dans le monde entier. En plus de réduire la masse et de qualité de la graine, le champignon qui provoque le BEF contamine également le grain en favorisant le développement de métabolites toxiques dangereux pour la santé humaine et animale. Les efforts déployés en 2007-2008 par les chercheurs d’AAC ont résulté dans le développement d’une importante collection de gènes exprimés par le Fusarium graminearum dans un large éventail de conditions de croissance et particulièrement pendant l’invasion de la plante hôte. Un groupe international de scientifiques de 21 instituts différents, représentant 9 pays, où la production de céréales est d’une grande importance économique, ont collaboré au travail de séquençage, d’annotation et de comparaison des deux souches de ce champignon. Plusieurs pays y contribuent (le nombre d’établissements est indiqué entre parenthèses : États-Unis (11), Canada (2), Allemagne (2), Pays-Bas, Espagne (1), Australie (1), France (1), Espagne (1) et Ukraine (1). Les scientifiques d’AAC ont contribué à l’annotation manuelle à la séquence du génome. Les résultats ont été publiés dans la prestigieuse revue scientifique Science (317, 1400-1402, 2007). Le génome achevé de Fusarium graminearum a permis d’identifier des régions distinctes enrichies de gènes liés à l’infection. La reconnaissance de ces régions du génome oriente les travaux futurs vers les régions qui offrent le plus grand potentiel pour élucider la dynamique des interactions entre l’hôte et les pathogènes. Les scientifiques d’AAC effectuent également des travaux de pointe afin d’isoler les gènes de résistance aux effets dévastateurs de la jambe noire, un pathogène du canola, et les facteurs d’avirulence du champignon infectieux. Cela devrait conduire à la mise au point rapide d’un nouveau germoplasme résistant et de peut-être de gènes de résistance sur mesure. Les outils de la génomique ont aussi été utilisés pour identifier les commutateurs maîtres (facteurs de transcription) qui pourraient réguler les suites de gènes impliqués dans la protection contre la maladie. Les chercheurs d’AAC ont identifié un commutateur maître (GLK1) qui protège le blé contre le BEF. Comme ce gène régule les voies associées à la défense, il pourrait également protéger d’autres cultures canadiennes contre les maladies. Une demande de brevet a été déposée pour l’utilisation de cette invention.

L’identification et la caractérisation fonctionnelle des phytogènes participant aux mécanismes de signalisation qui rendent une racine hôte sensible à l’infection et la colonisation racinaire par les micro-organismes bénéfiques du sol constituent un pas important vers une réduction de l\xE2\x80\x99utilisation des engrais chimiques, grâce à la mise au point de biofertilisants. L’année dernière, les scientifiques d’AAC spécialisés dans les légumineuses ont identifié et génétiquement cartographié plusieurs nouvelles régions chromosomiques responsables de ce processus. Cela permettra de démasquer les gènes sous-jacents au niveau moléculaire. En outre, dans le cadre d’un effort international de recherche auquel prennent part 6 groupes de 4 pays différents (Danemark, Japon, Canada et Royaume-Uni), les scientifiques d’AAC ont identifié et fonctionnellement caractérisé deux nouveaux gènes qui interviennent dans l’invasion des racines par les bactéries fixatrices d’azote. Les résultats ont été publiés dans la principale revue en sciences végétales, Plant Cell. À long terme, cette recherche devrait mener à de nouvelles stratégies d’amélioration de la productivité des plantes, grâce à la génétique sélective des associations des plantes de grande culture avec des microorganismes bénéfiques qui favorisent la croissance des plantes, ce qui permettra de concevoir des biofertilisants sur mesure. Cette percée pourrait permettre de remplacer certains engrais industriels par des solutions à la fois écologiques et rentables, ce qui pourrait engendrer d’énormes retombées environnementales et économiques au Canada. L’azote constitue plus de 80 % de l’atmosphère terrestre et est essentiel à la croissance de tous les organismes vivants. Toutefois, la plupart des plantes et des animaux ne peuvent absorber directement l’azote présent dans l’atmosphère. Celui-ci doit être auparavant intégré dans des composés organiques par un processus de fixation biologique ou un autre processus naturel. La fixation biologique de l’azote offre plus du double de la quantité d’azote produite industriellement aux écosystèmes naturels et agricoles d’une manière qui soit à la fois fiable et écologique. Si la capacité d’accueillir des bactéries fixant l’azote pouvait être étendue ne serait-ce qu’à une seule culture lucrative, comme le maïs ou le riz, il s’ensuivrait une deuxième « révolution verte » dont tous les producteurs et l’environnement bénéficieraient.

Le pathogène du sol Phytophthora sojae est la cause de la pourriture des racines et de la fonte des semis de la fève de soya. La compatibilité interraciale des cultivars entre le pathogène et son hôte est contrôlée par des gènes distincts. Ainsi, les gènes d’avirulence (Avr) de P. sojae peuvent restreindre le pathogène et déterminer quels cultivars de la fève de soya sont résistants ou vulnérables à la maladie. En 2007-2008, les chercheurs d’AAC ont identifié au moins trois gènes Avr différents du P. sojae, soit Avr1a, Avr3a et Avr3c. La découverte des gènes Avr mènera à une méthode plus rationnelle d’amélioration génétique, de diagnostic et de déploiement des cultivars et contribuera au contrôle de P. sojae dans les champs. Cette découverte mènera aussi à une meilleure compréhension des mécanismes de la maladie et de la manière dont elle peut être contrôlée.

Le canola (Brassica napus) contribue actuellement pour plus de 11 milliards de dollars à l’économie canadienne. La valeur du canola et d’autres espèces connexes de Brassica devrait croître en raison de l’augmentation de la demande d’aliments pour humains et animaux et de bioproduits. La séquence complète du génome des espèces du genre Brassica ainsi qu’une meilleure compréhension des fonctions géniques peuvent ouvrir la voie à de grandes améliorations dans la productivité et la qualité des cultures pour répondre à l’augmentation de la demande. Agriculture et Agroalimentaire Canada, de concert avec l’Institut de biotechnologie des plantes du CNRC, a déjà joué un rôle important dans le séquençage du premier génome du genre Brassica, B. rapa, en fournissant 27% des données de la Phase I de ce projet international. Les scientifiques d’AAC collaborent maintenant avec des chercheurs au Canada et à l’étranger, soit en Corée, en Chine, au Royaume-Uni et en Australie, pour compléter la séquence du génome, qui devrait être publié à la fin de 2009. La séquence de données représentera un point de référence et une étape majeure en phytogénétique, mais plus important encore, ce sera une étape importante vers la compréhension des processus moléculaires qui sous-tendent la composition des graines, ainsi que la qualité, le rendement et la résistance des plantes, ce qui ira plus loin que le simple catalogage actuel des gènes.

Une analyse fonctionnelle du développement et des processus métaboliques des graines de Brassica (p. ex., canola) a été entreprise afin d’améliorer les caractères de qualité de ces graines. En 2007-2008, les chercheurs du CNRC ont découvert un gène capable de stimuler la productivité et la résistance du canola. Les séquences d’ADN suggèrent que ce gène, qui produit une hydroxystéroïde déshydrogénase (HSD), participe au métabolisme des stéroïdes et a un effet profond sur la croissance des plantes. Les chercheurs ont « surexprimé » le gène afin de créer des plantes « transgéniques » qui produisent des niveaux plus élevés que d’habitude de la protéine HSD. Les plantes obtenues étaient plus grandes, plus fortes et plus résistantes et produisaient davantage de graines. Leur rendement oléagineux moyen était supérieur de près de 23 % à celui des plantes de contrôle ordinaires. Cette découverte pourrait aider les cultivateurs canadiens de canola à accroître leur production d’huile pour des applications alimentaires et pour répondre à la demande croissante de biodiesel.

Résultat prévu 3

Gérer de façon durable les ressources aquatiques par l’utilisation d’outils de génomique, notamment pour gérer l’ouverture des pêches; mieux comprendre la génétique et la structure des populations; étudier les réactions comportementales, physiologiques et immunologiques à l’environnement, et gérer les maladies chez les animaux aquatiques (p. ex., mise au point de vaccins pour le poisson d’élevage)

Résultat obtenu 3

On a entrepris en Nouvelle-Écosse, avec l’appui de l’industrie et du gouvernement provincial de la Nouvelle-Écosse, des recherches pour identifier de manière efficace les différences génétiques entre deux espèces de moules similaires sur le plan morphologique, à savoir Mytilus edulis et Mytilus trossulus et pour déterminer la répartition relative de ces espèces. Des marqueurs génétiques ont été mis au point et optimisés en vue d’une analyse à plus haut débit et d’une utilisation dans des activités futures d’élevage sélectif. Les résultats montrent une répartition très différente des espèces à des endroits adjacents. De plus, on a identifié des sites qui pourraient servir à recueillir de la semence de moule pour la mytiliculture en Nouvelle-Écosse, ce qui pourrait aider à atténuer l’impact de la limitation de déplacement des espèces dans les zones infestées par des espèces aquatiques envahissantes.

De façon à mieux gérer l’ouverture des pêches et mieux comprendre les modifications du comportement des stocks de poisson attribuables aux changements climatiques et à la pollution, on a recours à des outils de génomique, dont le profilage de l’expression des gènes, pour déterminer les changements physiologiques au cours de la migration précoce vers le cours d’eau d’origine, changement de comportement qui a été observé chez le saumon rouge de montaison tardive du Fraser. À ce jour, les résultats indiquent que la fonction d’osmorégulation ne joue aucun rôle dans le choix du moment d’entrée en eau douce, mais pourrait être importante pour une migration réussie dans le fleuve. De plus, on a identifié des biomarqueurs qui sont associés aux réserves brutes d’énergie somatique, aux processus de maturation, aux stratégies de navigation et aux systèmes de déclenchement, à l’état de préparation à l’osmorégulation et la réaction à la température. On a ainsi acquis une quantité incalculable de nouvelles connaissances sur la physiologie de la migration des saumons. De tels biomarqueurs prédictifs seront précieux pour surveiller les gènes pertinents, ce qui permettra aux gestionnaires des pêches de prévoir, avant le début de la saison, le comportement migratoire ainsi que le taux de survie du poisson.

Les maladies infectieuses représentent un lourd fardeau économique pour l’aquaculture de poissons à nageoires, et l’on craint que ces maladies n’aient également des répercussions négatives sur les populations de poissons sauvages. On a recours à des méthodes génomiques pour mieux comprendre la variabilité du virus de la septicémie hémorragique virale (VSHV) et pour établir un lien entre cette variabilité et les réponses de l’hôte à l\xE2\x80\x99infection, le développement de la maladie, le rétablissement par suite de la maladie clinique ou la résistance à la maladie. De nombreux isolats du VSHV provenant des eaux au large des côtes du Nouveau-Brunswick, de la Nouvelle-Écosse et de la Colombie-Britannique ont fait l’objet d’une analyse génétique, et les données obtenues ont servi à mettre en place une base de données pour l’identification et l’analyse rapides des isolats. Récemment, le VSHV a été détecté dans la région des Grands Lacs. Comme la souche en cause s’apparente le plus à des isolats du Nouveau-Brunswick et de la Nouvelle-Écosse, on pense qu’elle provient de l’Est. Les travaux de recherche se poursuivent pour mieux comprendre la base génétique de la virulence parmi les souches identifiées en eaux canadiennes.

Plusieurs candidats-vaccins à germe vivant atténué ont été mis à l’essai par le CNRC pour protéger le saumon de l’Atlantique contre un important pathogène (Aeromonas salmonicida). Quatre approches (vaccins-protéines sous-unitaires, souches atténuées d’A. salmonicida, vaccins à ADN et conjugués de lipopolysaccharide) ont démontré une protection notable du saumon de l’Atlantique contre l’infection par A. salmonicida. Ces approches ont été conçues pour permettre le développement futur de vaccins polyvalents pour cibler plusieurs pathogènes en une seule injection et fournir une protection plus efficace. Quatre demandes provisoires de brevets issues de ces méthodes vaccinales ont été déposées en mai 2007. Il y a lieu de noter que la réponse immunitaire de l’hôte à l’infection par A. salmonicida est principalement une réponse cellulaire, ce qui permet de croire que A. salmonicida pourrait être un bon véhicule pour l’administration des antigènes viraux.

En 2007-2008, de nouveaux types de vaccins ont continué d’être analysés par le MPO. Trois méthodes différentes sont actuellement ciblées. Elles sont fondées sur la stimulation indirecte, mais plus forte, du système immunitaire par l’activation de cellules présentant l’antigène (APC) au moyen de complexes protéines de choc thermique (HSP)-antigènes. Le modèle utilisé s’appuie sur la morue et le nodavirus pathogène pour plusieurs raisons. La culture commerciale de la morue sera bientôt possible dans l’Est du Canada et elle est un substitut prometteur face à la quasi-disparition des pêches de ce poisson. Le nodavirus est un pathogène préoccupant pour la culture de la morue, plusieurs éruptions du virus ayant été signalées dans les stocks de poissons jeunes au cours des quatre dernières années. Le système immunitaire de la morue de l’Atlantique semble posséder des caractéristiques uniques. En effet, même si la morue peut être immunisée, une réaction particulière de l’immunoglobuline est indétectable et on estime donc que des réactions immunitaires non spécifiques et cellulaires seraient vraisemblablement plus importantes pour ces espèces. Les vaccins à base de peptides-HSP sont considérés comme d’excellents candidats depuis que l’on a découvert que les complexes peptides-HSP sont de puissants stimulateurs de tout un éventail de réactions immunitaires. Toutefois, à notre connaissance, aucun essai n’a encore été effectué pour des vaccins à administrer aux poissons.

Résultat prévu 4

Appuyer le système canadien de réglementation dans le domaine de la santé pour permettre l’innovation tout en réduisant les risques pour les Canadiens, grâce à un programme ciblé de R-D en génomique visant à renforcer la recherche dans des domaines prioritaires comme l’information génétique, les produits biotechnologiques, la génomique humaine et la génomique microbienne, afin de favoriser la santé humaine, animale et environnementale

Résultat obtenu 4

En 2007-2008, les recherches en génomique du Portefeuille de la Santé (SC et ASPC) ont continué de se concentrer sur le développement et l’application d’outils propres aux disciplines en « omique » pour réduire l’exposition aux pathogènes alimentaires. Par exemple, l’ASPC a mis au point un microréseau tubulaire miniaturisé pour identifier les 100 sérotypes de Salmonella les plus fréquemment impliqués dans la gastro-entérite humaine. Chaque type de Salmonella est unique en termes de plage d’hôtes et d’épidémiologie, et la détermination du sérotype est une étape importante dans la caractérisation des isolats cliniques. Les méthodes disponibles sont compliquées et coûteuses, et elles entraînent des retards qui font obstacle au confinement des flambées épidémiques et accroissent leur coût pour la société. Les applications de la génomique microbienne ont fourni des connaissances nouvelles et profondes sur la diversité et de la propagation plasmides de résistance aux céphalosporines à large spectre étendu (CSE) dans Salmonella. Des protocoles normalisés pour la caractérisation des plasmides de résistance aux CSE ont été élaborés pour des comparaisons et des collaborations inter-laboratoires. Une base de données contenant des profils de restriction importante provenant des plasmides de résistance aux CSE et d’autres plasmides de résistance chez Salmonella a été mise en place pour permettre une surveillance continue et à des comparaisons inter-laboratoires. Cette plateforme rapide, économique et conviviale pour le sérotypage de Salmonella est une innovation canadienne de pointe qui permet d’intervenir rapidement en cas d’épidémie, d’améliorer la santé publique et de réduire les coûts, et elle offre des possibilités de commercialisation au Canada et sur les marchés internationaux.

Les projets du Portefeuille de la Santé ont continué de miser sur une initiative de recherche existante se concentrant sur l’évaluation de la toxicogénomique environnementale. La toxicogénomique est l’application des méthodes génétiques à l’étude de la toxicologie. Un nouveau immuno-essai multiplexe liquide basé sur des microréseaux de protéines liquides été mis au point. Cette nouvelle méthode offre une amélioration par rapport aux technologies existantes et assure une détection de certaines protéines plus rapide et à haut débit basée sur la détection des anticorps. Cette méthode est actuellement en cours de déploiement pour la caractérisation de l’immunoréactivité des allergènes dans nos modèles expérimentaux (souris et rats). La recherche actuelle fournit également un aperçu des changements cellulaires associés à l’exposition aux différentes classes de contaminants dans la nourriture et l’environnement. Scientifiques ont mis au point une lignée cellulaire stable de souris qui exprime un gène de protéine fluorescente génétiquement modifié pour reporter les mutations dans les segments d’ADN répétés. Plusieurs types de toxines et de contaminants environnementaux ont été examinés, à l’aide de la technologie des microréseaux, dans un essai « pan-génomique » visant à détecter les changements induits par la méthylation de l’ADN. Les résultats d’un projet mené en 2007-2008 ont permis de jeter un regard particulier sur les changements d’expression génétique amenés par l’exposition à des substances toxiques. Par exemple, les scientifiques ont complété l’analyse du protéome des cellules épithéliales du poumon humain après l’exposition à un certain nombre de particules en milieu urbain, de particules de diesel et de nanoparticules, afin de déterminer les réponses protéiniques qui donnent un aperçu des mécanismes de toxicité et qui ont abouti à l’élaboration d’une nouvelle méthode protéomique « passe-partout » pour le dépistage des biomarqueurs protéiques et peptidiques dans le plasma du rat. Dans le cadre d’un autre projet de recherche, on a réussi à caractériser les réactions cardio-pulmonaires à la fumée de cigarette en laboratoire, ce qui a entraîné l’identification de biomarqueurs possibles permettant de prédire le résultat sur la santé du tabagisme.

En 2007-2008, les recherches se sont poursuivies afin de générer des données pharmacogénomiques et biothérapeutiques, en vue de faciliter l’acquisition de nouvelles connaissances sur les risques potentiels pour la santé liés aux nouvelles thérapies. Par exemple, des méthodes améliorées ont été élaborées pour analyser la puissance et la qualité de l’interféron biothérapeutique et elles sont maintenant en cours de validation par rapport à d’autres méthodes actuellement utilisées en termes de précision, de simplicité et de reproductibilité pour l’amélioration de la qualité des tests de contrôle de l’interféron. Santé Canada reconnaît de plus en plus le rôle que de telles données joueront dans les futures présentations de drogues. Les résultats ont révélé des modes différentiels des réponses de l’hôte après divers régimes de biothérapies, ce qui laisse entrevoir l’éventuelle identification de marqueurs biologiques liés à des effets indésirables. Ainsi outillé, Santé Canada sera en mesure de pour relever les défis réglementaires que pose l’analyse de ces données et pour prendre des décisions réglementaires éclairées et basées sur des données scientifiques.

Les chercheurs des laboratoires fédéraux, tout comme leurs collaborateurs à l’échelle régionale, nationale et internationale, ont continué de mettre l’accent sur la recherche en génomique dans le cadre de la santé publique. Santé Canada a mené un projet de collaboration, notamment avec l’ASPC, l’Organisation mondiale de la santé et la Chinese Food and Drug Administration, visant à élaborer une méthode robuste pour la quantification d’une séquence spécifique de l’hémagglutinine, le principal antigène de virus de la grippe qui demeure très conservé dans une grande variété de souches de la grippe, en utilisant des anticorps obtenus par des méthodes originales de génie biologique. Cette méthode est maintenant brevetée et permettra la diffusion efficace des vaccins contre la grippe pour les campagnes annuelles de vaccination et une intervention rapide en cas d’une éventuelle pandémie. Les scientifiques ont également identifié de nouveaux épitopes d’une protéine associée à la protection contre l’infection par le VIH-1, qui contribuera au développement de vaccins contre le VIH-1. Ils ont aussi développé une méthode améliorée de produire des anticorps monoclonaux pour des cibles pathogènes, comme Chlamydia et Neisseria spp.

Les recherches effectuées en 2007-2008 à l’Agence de la santé publique du Canada ont mené au développement d’une importante bibliothèque des interférences ARN ciblant la plus grande partie du génome humain; cette bibliothèque a été mise sur pied parce qu’elle permet d’identifier les gènes cellulaires hôtes qui jouent un rôle dans les pathogenèses virales et l’encéphalopathie spongiforme transmissible (prions). Les maladies à prions chez les humains englobent la classique maladie de Creutzfeldt-Jakob. On a obtenu des fonds additionnels de partenaires nationaux et internationaux et de partenaires commerciaux afin de poursuivre le développement d’un test préclinique commercial. Ces résultats se révèleront probablement efficaces pour la détection rapide, la surveillance et l’évaluation de la contamination par les prions, et du risque des sous-types de microorganismes qui présentent le plus grand danger pour la santé publique.

Santé Canada a utilisé l’information génomique pour analyser la composition bactérienne du gros intestin humain et de sa réponse aux matières alimentaires fermentescibles, jetant ainsi les bases pour comprendre le rôle des prébiotiques et des probiotiques dans les aliments. Cette information a contribué à façonner les politiques de Santé Canada sur les probiotiques, ainsi que les décisions sur l’ajout et l’étiquetage de ces substances dans les produits alimentaires, afin de fournir aux Canadiens des choix en matière d’aliments.

Résultat prévu 5

Augmenter les connaissances sur les méthodes de production et de protection de la forêt, et pour atténuer les répercussions sur l’environnement, par la R-D en génomique ciblant des espèces et des traits ayant une importance économique pour le Canada

Résultat obtenu 5

Un relevé du génome effectué par des scientifiques de RNCan en 2007-2008 a révélé certains « îlots de gènes » sous-jacents à la croissance et à l’adaptation de l’épinette qui permettront la sélection rapide de gènes candidats, et la poursuite d’expériences de cartographies de liaison et d’association. Les gènes responsables de l’apparition des bourgeons ont été la cible de nouvelles bibliothèques synthétisées et d’expériences en cours de profilage de l’expression génétique. Le Service canadien des forêts de RNCan (SCF) a développé un système et une base de données pour gérer l’information de laboratoire sur l’identification de polymorphismes mononucléotiques qui permettent d’assurer un suivi sur les membres d’une famille, les données d’expression génétique, les déclencheurs du PCR, les succès du processus d’amplification et les efforts de séquençage. Une carte composite de l’épinette noire a été établie, ainsi qu’une carte génétique consensuelle de l’épinette blanche. Des locus quantitatifs ont été identifiés pour le contrôle du bourgeonnement et la croissance annuelle de l’épinette blanche. En collaboration avec Arborea II, un projet de génomique forestière à grande échelle financé par Génome Canada (et dirigé par l’Université Laval); plusieurs centaines de gènes candidats ont été identifiés en ce qui concerne la formation du bois dans l’épinette blanche. En collaboration avec Treenomix, l’autre projet de génomique forestière à grande échelle financé par Génome Canada (et dirigé par l’UBC), le SCF a été en mesure de localiser l’expression et le profil d’induction des gènes liés à la défense des systèmes, ce qui a mené à une meilleure compréhension des mécanismes de résistance aux insectes de l’épinette et du peuplier. Des progrès accomplis récemment, en 2007-2008, ont également démontré qu’un gène candidat précédemment répertorié pour le pin blanc joue un rôle important dans la réaction de défense des plantes contre les invasions de pathogènes ainsi que dans le développement de la plante. Le SCF a identifié certains des gènes qui permettent au pin Douglas de résister aux maladies.

En 2007-2008, le SCF a réalisé des progrès significatifs dans le développement d’outils de diagnostic et de surveillance de l’ADN permettant de repérer précocement les pathogènes et de suivre leur évolution. L’Agence canadienne d’inspection des aliments (ACIA) et l’Animal and Plant Health Inspection Service du Département américain de l’agriculture (USDA-APHIS) ont adopté les essais diagnostiques fondés sur l’ADN développés dans l’étude de la maladie soudaine du chêne par le SCF dans leurs activités de relevé, de certification et de mise en quarantaine. Les chercheurs du SCF, en collaboration avec le Joint Genome Institute – Department of Energy (États-Unis), ont complètement séquencé le principal agent pathogène des forêts, la rouille du peuplier. De plus, le premier séquençage au Canada du génome d’un champignon phytopahogène, soit le champignon associé au dendroctone du pin ponderosa, a été réalisé par le Genome Science Centre à Vancouver, un effort concerté de Génome Colombie-Britannique, de Génome Alberta et du Centre de foresterie des Laurentides du SCF. Le SCF génère actuellement d’importantes bases de données permettant d’identifier les gènes qui sont en cause dans le développement de maladies importantes (pathogénicité, infection, production de toxines, détoxification et reconnaissance de l’organisme hôte) pour les utiliser dans des outils diagnostiques.

L’interaction entre les virus et l’hôte naturel constitue le point culminant d’événements co-évolutionnaires qui mènent à l’infection virale et à la survie de l’hôte. Les travaux du SCF en ce domaine en 2007-2008 ont démontré la relation dynamique qui existe entre toute population donnée de virus d’insectes et de leur hôte. Des études sur des microréseaux ont permis de faire la démonstration de profils d’expression génétique précis à la suite d’une infection. Le SCF a également découvert au moyen de ces études que certains virus produisent des protéines qui ont un de réduction de la régulation sur les gènes hôtes en cause dans l’immunisation des larves aux parasites. Il s’agit d’une voie prometteuse pour générer des agents de contrôle biologique efficaces contre les lépidoptères et les coléoptères nuisibles comme le dendroctone du pin ponderosa. Le SCF a établi et annoté la séquence complète du génome du nucléopolyhédrovirus de la chenille à houppe blanche. Le séquençage des génomes viraux a permis de proposer une nouvelle classification de la famille des Baculoviridae. Ces travaux ont contribué de manière importante à la compréhension actuelle de l’évolution des baculovirus et de leur adaptation à l’insecte hôte, grâce à l’identification de la plupart des gènes et des cadres de lecture ouverts (ORF) et de la compréhension de la fonction de la majorité des gènes identifiés. Le SCF a développé des outils moléculaires pour la détection des microsporides, un groupe de pathogènes unicellulaires des insectes caractéristiques dans l’éruption de populations d’insectes phyllophages dans les forêts. En plus de permettre la création de données de base sur les interrelations, l’écologie et de la spécificité de l’hôte, ces outils ont été utilisés pour exercer un suivi sur la prévalence des microsporides pendant le cycle d’irruption de la tordeuse du pin gris et de la tordeuse de l’épinette de l’Est afin d’élucider leur rôle dans la dynamique menant à l’éruption et d’étudier leur transmission dans les populations d’insectes.

Résultat prévu 6

Mettre au point des applications de la génomique pour appuyer les activités de réglementation et d’application des lois dans des domaines clés comme l’évaluation et la gestion des risques environnementaux; l’application des lois et règlements et la conformité; la détection, la surveillance et la prévention de la pollution; la biologie de la conservation et la génétique de la faune; les prévisions et évaluations de la technologie; ainsi que le développement et l’utilisation responsables et durables des bioproduits et des procédés industriels

Résultat obtenu 6

On a eu recours à des approches fondées sur la génomique environnementale pour :

  1. étudier les effets moléculaires des contaminants environnementaux sur les espèces sauvages afin d’améliorer l’évaluation et la surveillance des risques environnementaux;
  2. procéder à la caractérisation moléculaire de communautés microbiennes dans des sols contaminés afin d’améliorer la biorestauration;
  3. détecter les microorganismes pathogènes dans les eaux usées afin d’évaluer l’efficacité des méthodes d’épuration;
  4. améliorer la prise de décisions concernant la gestion et la conservation de plusieurs espèces dont la situation est préoccupante (p. ex., l’ours polaire et diverses population d’oiseaux);
  5. de détecter la présence d’organismes génétiquement modifiés (OGM) et de gènes bactériens dans les écosystèmes aquatiques;
  6. de déterminer les effets écologiques des OGM et autres produits de la biotechnologie à l\xE2\x80\x99échelle génomique.

En 2007-2008, les investissements se sont poursuivis dans les prévisions liées à la génomique environnementale, l’enrichissement des connaissances, l’instrumentation, l’infrastructure et les communications (p. ex., analyse comparative périodique des activités de génomique environnementale à l’étranger dans le cadre d’échanges bilatéraux avec l’Environmental Protection Agency (EPA) des États-Unis). De plus, en étroite collaboration avec l’Organisation pour la coopération et le développement économiques (OCDE) et avec le Programme international sur la sécurité chimique (PISC) de l’Organisation mondiale de la santé (OMS), EC travaille également à l’élaboration de stratégies et de plans de travail sur plusieurs fronts afin de diriger et de coordonner les efforts internationaux déployés pour tenter de comprendre comment les méthodes et les démarches de la toxicogénomique pourraient être appliquées à l’élaboration de la réglementation. Le renforcement des partenariats et des projets conjoints entre les ministères fédéraux se poursuit (p. ex., Environnement Canada et Pêches et Océans Canada).

Les méthodes mises au point pour détecter les produits de la biotechnologie ont formé la base d’un nouveau programme provincial de surveillance (environnement et développement durable au Québec); la technologie des microréseaux a été utilisée pour analyser la composition des communautés microbiennes; les méthodes de la toxicogénomique ont été appliquées aux systèmes aquatiques (marins et d’eau douce) à l’aide d’espèces indicatrices canadiennes pertinentes (poissons, daphnies, amphibiens). Ces résultats sont utilisés par les directions d’Environnement Canada chargées de la réglementation et de l’application de la loi afin d’évaluer la contamination microbienne dans l’environnement, et par la Ville de Hamilton pour la gestion des eaux récréatives.

Annexe 4 – Extrants de la R-D par ministère


Conseil national de recherches Canada

  • 57 publications dans des revues avec comité de lecture
  • 53 publications dans des comptes rendus de conférences avec comité de lecture
  • 76 présentations sur invitation
  • 6 rapports techniques
  • 35 autres publications
  • 12 participations à des conférences ou ateliers nationaux
  • 48 participations à des conférences/ateliers internationaux
  • 1 base de données liées à la génomique
  • 12 demandes de brevets
  • 1 brevet délivré
  • 5 accords de transfert de matériel
  • 10 accords de coopération officiels

Agriculture et Agroalimentaire Canada

  • 41 publications dans des revues avec comité de lecture
  • 31 présentations sur invitation (dont 19 à l’international)
  • 64 présentations par affiches
  • 2 chapitres de livres
  • 2 demandes de brevets, 1 brevet délivré par les États-Unis
  • 72 articles dans des revues nationales et internationales avec comité de lecture
  • 18 commissions d’examen par les pairs, auxquelles ont participé les membres de l’IRDG
  • 11 scientifiques titulaires de postes de rédaction dans des revues nationales et internationales
  • De nombreux dépôts dans GenBank (blé, Brassica, pathogènes de la sclérotiniose du soja)

Santé Canada et Agence de la santé publique du Canada

  • 40 publications dans des revues avec comité de lecture
  • 70 présentations, dont 18 sur invitation
  • 1 chapitre de livre
  • 2 livres publiés
  • 3 rapports techniques
  • 1 demande de brevet déposée
  • 2 accords de transfert de matériel

Ressources naturelles Canada

  • 42 publications dans des revues avec comité de lecture
  • 45 publications dans des comptes rendus de conférences
  • 17 présentations sur invitation
  • 1 rapport technique
  • 6 chapitres de livres
  • 41 exposés et présentations par affiches lors de conférences nationales
  • 23 exposés et présentations par affiches lors de conférences internationales
  • 1 brevet délivré par les États-Unis
  • De nombreux dépôts dans GenBank (tordeuse des bourgeons de l’épinette, baculovirus)

Environnement Canada

  • 16 publications dans des revues avec comité de lecture
  • 5 publications dans des comptes rendus de conférences avec comité de lecture
  • 17 présentations sur invitation
  • 6 rapports techniques
  • 9 autres publications
  • Participants à 2 réseaux nationaux
  • Participants à 2 comités internationaux
  • 8 accords de coopération officiels
  • 8 protocoles d’exploitation normalisés ont été transférés

Pêches et Océans Canada

  • 8 publications dans des revues avec comité de lecture
  • 2 autres publications
  • 2 rapports techniques
  • 5 présentations sur invitation
  • 4 participations à des comités nationaux
  • 1 nouvelle base de données

Annexe 5 – Communications, par ministère


Conseil national de recherches Canada

  • 2 entrevues avec les médias
  • 1 communiqué de presse
  • 2 sites Web (1 interne et 1 externe)
  • Plusieurs exposés communautaires et visites organisées dans des instituts qui participent à l’IRDG dans tout le Canada (partenaires en enseignement, journée Découverte, expo-sciences, etc.)
  • Des brochures ont été élaborées et sont disponibles pour des conférences
  • 1 prix : Alex Ko – Chercheur associé de l’année (2007-2008), pris décernée par le Conseil d’administration de l’Institut national d’optique

Agriculture et Agroalimentaire Canada

  • 5 entrevues à la radio et 3 articles dans les journaux
  • 1 communiqué de presse
  • 2 feuillets d’information et bases de données associées
  • Démonstrations publiques lors de journées portes ouvertes
  • Présentations dans des écoles publiques
  • Participation à des expo-sciences

Santé Canada

  • Connaissance et compréhension accrues à l’interne et à l’externe des résultats de la recherche en génomique et de ses applications
  • Présentation détaillée des résultats et des réalisations de la recherche en g\xC3\xA9nomique au cours de conférences intergouvernementales

Ressources naturelles Canada

  • 1 entrevue avec les médias
  • 6 sites Web
  • 1 prix : Christopher Lucarotti a reçu en 2007 au le Prix Réalisation en sciences biologiques au Nouveau-Brunswick. Son travail a été reconnu par BioAtlantech au nom de l’industrie des biosciences du Nouveau-Brunswick

Pêches et Océans Canada

  • 2 communiqués de presse
  • 2 tours

Appendice B – Initiative de R-D en génomique : Aperçu du CGRR

Pour satisfaire aux exigences et aux lignes directrices du Secrétariat du Conseil du Trésor, un cadre de gestion et de responsabilisation axé sur les résultats (CGRR) a été élaboré pour l’IRDG. Le CGRR officialise l’engagement des six ministères qui participent à l’Initiative concernant les exigences communes en matière de mesure et de responsabilisation.

On a conçu un modèle logique (figure 1) qui reflète les objectifs globaux de l’Initiative, en reconnaissant qu’il y a d’importantes différences quant aux priorités et aux besoins particuliers de chaque ministère. L’objectif premier de l’Initiative de R-D en g\xC3\xA9nomique (IRDG) est de soutenir la recherche en génomique au pays à l’appui des principaux objectifs fédéraux dans les domaines d’intérêt national (la santé humaine, l’agriculture et la sécurité alimentaire, l’environnement et la gestion des ressources naturelles), de renforcer l’innovation, de promouvoir la compétitivité globale et d’assurer le développement durable pour le bénéfice de tous les Canadiens. Voici les résultats clés de quatre éléments importants du programme :

Gestion – Bien que la bonne gestion soit un aspect important de tout programme gouvernemental, elle est particulièrement importante pour cette initiative en raison du nombre d’intervenants, soit six ministères et organismes, et il est important que les pratiques en place favorisent une coordination ministérielle et interministérielle efficace. Il est également primordial que les priorités des ministères et de l’Initiative soient bien définies afin que les projets soient choisis de façon à garantir l’atteinte des objectifs prioritaires de l’ensemble du gouvernement en matière d’information sur la génomique. Sans cela, les résultats de la recherche en génomique ne pourront soutenir de façon adéquate les activités d’élaboration de règlements et de politiques et la prise de décisions.

Renforcement des capacités – Le renforcement des capacités était l’objectif principal des phases antérieures de l’Initiative, et il est essentiel que ces capacités soient maintenues et élargies. Sans l’embauche de nouveau personnel hautement qualifié (PHQ) et la formation du personnel existant, les laboratoires fédéraux pourraient perdre une partie de leur capacité et ne plus pouvoir mener les types de projets de recherche nécessaires pour garantir le succès de l’Initiative et pour être des acteurs crédibles dans le domaine de la R-D en génomique et de ses applications. Il est également essentiel que l’infrastructure existante soit mise à niveau et que de nouvelles infrastructures d’avant-garde soit acquises afin de s’assurer que les laboratoires fédéraux continuent de jouer leur rôle dans la recherche en génomique et puissent appuyer l’élaboration de règlements et politiques et la prise de décisions.

Recherche et développement – La R-D est l’élément principal de l’Initiative. Toutes les activités entourant la R-D en tant que telle, le transfert des technologies mises au point et la diffusion des résultats de recherche et des connaissances scientifiques sont essentielles pour que tous les résultats soient atteints et aient un impact.

Vulgarisation – Bien que les trois premiers éléments soient importants pour s’assurer que les bonnes recherches sont menées au bon moment et que les résultats des recherches sont diffusés à la communauté scientifique, il importe également que la génomique soit bien comprise et acceptée par les Canadiens. Les communications directes et indirectes avec la population sont donc un aspect important de l’Initiative.

Plan de mesure du rendement

Le tableau 5 présente les indicateurs de rendement, les sources et la responsabilité des résultats figurant dans le modèle logique de la figure 1. L’information présentée dans ce tableau sera réunie et présentée chaque année.

Le tableau 6 présente les indicateurs de rendement, les sources et la responsabilité des résultats figurant dans le modèle logique qui devraient être examinés lors d’une évaluation future des impacts. Bien que l’information contenue dans ce tableau puisse être réunie chaque année, elle sera analysée et présentée au moment de l’évaluation des impacts.

Chaque ministère peut également indiquer ses progrès individuels dans un Rapport ministériel sur le rendement et utiliser l’information pour adapter ses programmes et ses priorités.

Les tableaux 5 et 6 présentent donc des données spécifiques qui doivent être réunies par tous les ministères, le cas échéant. Même si certaines données ne seront réunies et analysées qu’au moment de l’évaluation des impacts, les tableaux présentent les exigences ministérielles permanentes qui suivent :

Information interministérielle : Les ministères doivent tenir un dossier de tous les procès-verbaux des réunions, des comptes rendus de décisions, des documents de planification, et autres documents, de nature interministérielle qui ont eu une incidence sur la façon dont l’Initiative a été mise en œuvre dans chaque ministère.

Information ministérielle : Les ministères doivent également tenir un dossier de l’information interne qui a eu une incidence sur la façon dont l’Initiative a été mise en œuvre dans le ministère, ce qui comprend l’information financière au niveau du programme (services votés et financement de mesures nouvelles), l’information sur les ressources humaines (embauche, formation), la participation à des comités, conférences et réseaux nationaux ou internationaux non liée à un projet précis, ainsi que les statistiques sur les sites Web.

Information spécifique sur les projets : Elle comprend l’information suivante sur les projets :

  • demandes de projets (propositions, examens par les pairs, etc.);
  • projets approuvés (titre, portée, financement, description, objectifs, chercheur principal, membres de l’équipe);
  • projets interministériels (titre, portée, financement, nombre de ministères, description, objectifs, chercheur principal, membres de l’équipe);
  • partenaires, collaborateurs dans les projets (noms, type, contribution financière, contribution en nature, rôle);
  • législateurs, décideurs, autres personnes ayant accès aux résultats de la recherche (noms, titres, coordonnées);
  • utilisation des fonds du projet (budgets, y compris les frais généraux ou les taxes d’entreprise);
  • projets d’infrastructure (types, financement, % du total);
  • nombre d’articles dans des revues avec comité de lecture (nom des revues);
  • nombre d’articles dans des comptes rendus de conférences examinés par les pairs;
  • nombre de présentations sur invitation;
  • nombre de rapports techniques;
  • nombre de chapitres de livres;
  • nombre d’autres publications;
  • nombre et type de participations à des comités, conférences et réseaux nationaux ou internationaux liées à des projets;
  • nombre et type de bases de données, de bibliothèques, etc., de génomique découlant des projets;
  • application des résultats de la recherche et technologies transférées;
  • nouveaux produits, outils et procédés mis au point;
  • entreprises issues de la recherche (nombre, types, noms, coordonnées);
  • nombre de divulgations;
  • nombre de brevets actifs, de demandes de brevets, de brevets délivrés;
  • nombre de licences délivrées;
  • nombre d’accords de transfert de matériel (ATM);
  • nombre d’accords de coopération officiels;
  • nombre de protocoles d’exploitation normalisés.

Figure 1 – Modèle logique de l'Initiative de R et D en génomique interministérielle

Gestion Renforcement des capacités Recherche et développement Vulgarisation
Activités

Coordination (interministérielle et intra-ministérielle)

Élaboration de politiques, cadres et lignes directrices

Collecte de renseignements et prévision, consultations, planification stratégique, établissement des priorités

Établissement des processus de sélection des projets

Développer la capacité scientifique et technique,
y compris l’infrastructure

Attirer, former et conserver le personnel hautement qualifié

Établir des réseaux et des collaborations

Entreprendre la R-D

Soutenir le transfert des technologies et les autorisations

Établir des partenariats strat\xC3\xA9giques

Diffuser les résultats de la recherche

Communiquer avec le public

Développer le contenu des sites web

↓ 
Extrants

Rapports sur le rendement

Plans

Priorités

Approbation des projets

Personnel technique formé pour la recherche

Infrastructure :

  • Puces à ADN
  • génotypage
  • protocoles d’essai
  • séquençage

Connaissances scientifiques

Publications documentées

Rapports techniques

Autres publications

Participation aux comités, conférences et réseaux nationaux

Ateliers et colloques

Entrevues avec les médias

Communiqués

Présentations communautaires

Site web

Feuilles d’information et base de données

Visites et brochures

↓ 
Résultats immédiats
Meilleure gouvernance, coordination et partenariats scientifiques

Capacité de recherche accrue

  • augmentation du PHQ et formation du personnel existant
  • avancements dans l’infrastructure d’avant-garde

Meilleure prestation des services

Accès et partage des connaissances scientifiques et technologiques

Sensibilisation et compréhension accrues des résultats de la recherche en génomique et de leurs applications éventuelles

Soutien direct et indirect de la réglementation, des politiques et du processus décisionnel

Public plus sensibilisé à la génomique
  fl�che noire
Résultats intermédiaires
Meilleurs règlements, politiques et processus décisionnels

Participation accrue aux initiatives nationales et internationales en génomique

Application des résultats de la recherche pour développer des méthodes, produits, technologies et procédés nouveaux ou améliorés, par :

  • entreprises de retombée
  • divulgations
  • brevets actifs, demandes de brevets, brevets émis
  • permis délivrés
  • accords de transfert de matériel
  • accords de coopération officiels
Sensibilisation et compréhension accrues du public des avantages et des risques associés à la génomique
↓ 
Résultats à long terme

Meilleurs soins de santé, notamment :

  • Meilleurs diagnostics et traitements
  • Réduction des risques pour la santé et l’environnement
  • Réduction des coûts des soins de santé

Réduction des impacts environnementaux associés à :

  • qualité de l’eau
  • écosystèmes aquatiques en santé et productifs
  • pêches, agriculture, foresterie et aquaculture durables

Meilleure compétitivité des entreprises canadiennes grâce à :

  • diversification
  • meilleure productivité
  • réduction des coûts
  • démonstration des activités de saine gouvernance et de développement durable
  • etc.
Le Canada est positionné comme participant crédible pour la recherche en génomique et les applications
Résultat ultime - Meilleure qualité de vie en termes de santé, de sécurité, d’environnement et de développement social et économique
Groupes visés

Secteur public

Scientifiques et décideurs du gouvernement :

  • fédéral
  • municipal
  • provincial
  • international

Universités (canadiennes et internationales) :

  • scientifiques
  • autres facultés

Autres organismes de recherche (canadiens et internationaux)

Secteur privé

Industrie (canadienne et internationale) :

  • scientifiques
  • décideurs

Organismes à but non lucratif

Grand public canadien

Tableau 5 : Stratégie de mesure du rendement annuel
Domaine Indicateurs permanents Sources Responsabilité
Résultats immédiats
Meilleures gouvernance et coordination et meilleurs partenariats scientifiques Nombre d’initiatives de recherche interministérielles (tableau résumant l’initiative, la portée, le financement, le nombre de ministères participants, la description) Information sur le projet Ministères
  Nombre de partenariats et collaborations aux projets par type, notamment :
> autres ministères
> universités
>organisations internationales
> secteur privé
> Génome Canada
> etc.
Information sur le projet Ministères
  Mobilisation de fonds internes :
> Financement des services votés et de nouvelles mesures
Dossiers ministériels Ministères
  Autres fonds et contributions en nature par type (complémentaires de l’information précédente sur les collaborations), notamment :
>autres ministères
> universités
> organisations internationales
> secteur privé
> Génome Canada
>etc.
Information sur le projet Ministères
Renforcement des capacités de recherche :
> Augmentation du PHQ et formation du PHQ existant
Nombre et type de nouveau personnel de recherche :
> permanent et temporaire (boursiers en perfectionnement postdoctoral et étudiants)
>soutien scientifique et technique
Dossiers ministériels Ministères
  Fonds et % alloué à la formation et aux activités connexes du PHQ Dossiers ministériels Ministères
Nombre d’employés formés (en génomique) Dossiers ministériels Ministères
Nombre d’employés du ministère travaillant à des projets de R-D en génomique financés (augmentant l’expertise acquise par la recherche) Dossiers ministériels Ministères
Progrès vers l’obtention d’une infrastructure d’avant-garde Type d’infrastructure : acquise adaptée mise à niveau maintenue Rapports sur le projet Ministères
  Fonds et % alloué à l’infrastructure Dossiers ministériels Ministères
Accès aux/partage des connaissances technologiques et scientifiques Nombre d’articles dans des revues avec comité de lecture (sur papier ou électronique) information sur les revues disponible sur demande Rapports sur le projet Ministères
  Nombre d’articles dans des comptes rendus de conférences examinés par les pairs Rapports sur le projet Ministères
Nombre de présentations sur invitation Rapports sur le projet Ministères
Nombre de rapports techniques Rapports sur le projet Ministères
Nombre de chapitres de livres Rapports sur le projet Ministères
Nombre d’autres publications Rapports sur le projet Ministères
Nombre et type de participation à des comités, conférences et réseaux nationaux ou internationaux Rapports sur le projet Dossiers ministériels Ministères
Nombre et type de bases de données, bibliothèques, etc., associés à la génomique. Rapports sur le projet Ministères
Connaissance de la génomique dans la population Présence sur le Web, nombre de visites du site Web, autres statistiques sur le site Web Analyse des statistiques de sites Web Ministères
Résultats intermédiaires
Participation accrue à des initiatives nationales et internationales en génomique Degré auquel les scientifiques des ministères participent à d’autres projets :
> nationaux ou internationaux
> rôle dans les projets
> fonds mobilisés
>nombre de partenaires
> autres ministères, universités, secteur privé, Génome Canada ou autres etc.
Information sur le projet Ministères
  Autres types de participation aux initiatives de génomique
> nationales et internationales
>nombre d’initiatives
> types d’initiatives
> rôle des ministères et des scientifiques
Dossiers ministériels Ministères
Application des résultats de la recherche pour développer des méthodes, des produits, des technologies ou des procédés novateurs ou améliorés grâce à des :
> entreprises dérivées
>divulgations
> brevets actifs,
> demandes de brevets,
>brevets délivrés
> licences délivrées
> accords de transfert
> de matériel accords de coopération officiels
Description de l’application des résultats de la recherche (interne et externe) et/ou des technologies transférées Dossiers ministériels Ministères
Nombre et types d’entreprises dérivées Rapports sur le projet Ministères
Nombre de divulgations Rapports sur le projet Ministères
Nombre de brevets actifs, de demandes de brevets, de brevets délivrés Rapports sur le projet Ministères
Nombre de licences délivrées Rapports sur le projet Ministères
Nombre d’accords de transfert de matériel Rapports sur le projet Ministères
Nombre d’accords de coopération officiels/de protocoles d’exploitation normalisés Rapports sur le projet Ministères
Tableau 6 : Exigences des stratégies d’évaluation des impacts et de mesure du rendement
Domaine Indicateurs d’évaluation Sources Responsabilité
Résultats immédiats
Meilleures gouvernance et coordination et meilleurs partenariats scientifiques Preuve de planification coordonnée (interministérielle et intraministérielle), approches d’établissement des priorités et de gestion (p. ex., Comité de coordination des SMA chargé de l’IRDG, Groupe de travail sur l’IRDG, liens avec le Système canadien de réglementation de la biotechnologie) Comptes rendus des réunions et des décisions, documents de planification, etc. Ministères Comité de coordination des SMA chargé de l’IRDG Groupe de travail sur l’IRDG
  Nombre d’initiatives de recherche interministérielles (tableau résumant l’initiative, la portée, le financement, le nombre de ministères engagés, la description) Information sur le projet Évaluateurs d’après l’information ministérielle
  Nombre de partenariats et de collaborations aux projets, notamment :
> autres ministères
> universités
>organisations internationales
>secteur privé
> Génome Canada
Information sur le projet Évaluateurs d’après l’information ministérielle
  Mobilisation de fonds internes :
> Financement des services votés et de nouvelles mesures
Dossiers ministériels Évaluateurs d’après l’information ministérielle
  Utilisation des fonds aux fins voulues Information sur le projet Évaluateurs d’après l’information ministérielle
  Autres fonds et contributions en nature par type (complémentaires de l’information précédente sur les collaborations), notamment :
> autres ministères
> universités
>organisations internationales
> secteur privé
>Génome Canada
Information sur le projet Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Connaissance et compréhension accrues des résultats de la recherche en génomique et de ses applications possibles Degré auquel les projets ont répondu aux besoins d’information en génomique dans les ministères Comparaison des objectifs des projets par rapport aux priorités ministérielles; entrevues avec les gestionnaires des ministères Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Degré auquel les législateurs et les décideurs sont informés des projets, de leurs résultats et de leurs applications éventuelles
> dans les ministères
> dans les autres ministères
> dans les autres ordres de gouvernement
> dans les autres organisations
Entrevues avec les législateurs, les décideurs, les gestionnaires et autres Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Soutien direct et indirect des processus de réglementation, d’élaboration de politiques et de prise de décisions Degré auquel les données scientifiques liées à la génomique sont disponibles et utilisées pour l’élaboration des règlements et des politiques ainsi que pour les autres types de décisions
> dans les ministères
> dans les autres ministères
> dans les autres ordres de gouvernement
Entrevues avec les législateurs, les décideurs et les autres gestionnaires, examen des comptes rendus des décisions, documents de travail, livres blancs Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Connaissance de la génomique dans la population Degré de connaissance de la génomique dans la population Sondage auprès de la population Évaluateurs
Présence sur le Web, nombre de visites du site Web, autres statistiques sur le site Web Analyse des statistiques de sites Web Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Résultats intermédiaires
Meilleurs règlements, politiques et processus décisionnels fondés sur des données scientifiques Preuve de la contribution des données scientifiques à la réglementation, à l’application des lois, aux évaluations environnementales, à la santé publique et aux discussions et décisions
> stratégiques
> dans les ministères
> dans les autres ministères
> dans les autres ordres de gouvernement
Entrevues avec les organismes de réglementation, les décideurs et autres gestionnaires, examen des documents de discussions, livres blancs Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Participation accrue à des initiatives nationales et internationales en génomique Degré auquel les scientifiques des ministères participent à d’autres projets
> nationaux ou internationaux
> rôle dans les projets
> fonds mobilisés nombre de partenaires
> autres ministères, universités, secteur privé, Génome Canada ou autres.
Information sur le projet, entrevues avec les scientifiques et les partenaires Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Autres types de participation aux initiatives de génomique
> nationales et internationales
> nombre et types d’initiatives
> rôle des ministères et des scientifiques
Dossiers ministériels, entrevues avec les représentants ministériels et les représentants des autres initiatives Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Application des résultats de la recherche pour développer des méthodes, des produits, des technologies ou des procédés novateurs ou améliorés grâce à des :
>entreprises dérivées
> divulgations
> brevets actifs,
>demandes de brevets,
> brevets délivrés
> licences délivrées
> accords de transfert
>de matériel accords
> de coopération officiels
Description de l’application des résultats de la recherche (interne et externe) et/ou des technologies transférées Dossiers ministériels Évaluateurs d’après l’information ministérielle
nombre et type de produits, d’outils et de procédés développés grâce à l’application des résultats de la recherche; description de l’utilisation Dossiers ministériels, entrevues avec les organisations bénéficiaires Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Nombre et types de citations Analyse de citations Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Compréhension par la population de la contribution importante de la génomique à la qualité de vie Changement du degré de compréhension dans la population Sondage auprès de la population Évaluateurs
Changements dans les reportages des médias Analyse du contenu des journaux, des autres publications Évaluateurs
Résultats à long terme
Meilleurs soins de santé, y compris :
> meilleurs diagnostics et traitements
> réduction des risques pour la santé et l’environnement
> réduction des coûts pour la santé
Degré auquel les résultats de la recherche sont utilisés pour le diagnostic, le traitement, la prévention, etc. Études de cas, entrevues Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Impacts précis sur les soins de santé (se référer aux CGRR ministériels pour les indicateurs spécifiques) Études de cas, analyse des données secondaires sur les soins de santé Évaluateurs
Réduction des impacts sur l’environnement :
> qualité de l’eau
> écosystèmes aquatiques sains et productifs
>pêches, agriculture, foresterie et aquaculture durables
Degré auquel les résultats de la recherche sont utilisés pour améliorer les règlements en matière d’environnement ainsi que les activités de détection et de surveillance de la pollution, et d’application des lois à cet \xC3\xA9gard Études de cas, entrevues Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Impacts environnementaux précis (se référer aux CGRR ministériels pour les indicateurs spécifiques) Études de cas, analyse des données secondaires sur l’environnement Évaluateurs
Meilleure compétitivité des entreprises canadiennes grâce à la :
> diversification
> meilleure productivité
>réduction des coûts
> démonstration d’une bonne gouvernance et d’activités de développement durable
Degré auquel les résultats de la recherche sont utilisés par les entreprises canadiennes Études de cas, entrevues Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Rendement des entreprises utilisant les résultats de la recherche par rapport à d’autres dans leur secteur (se référer aux CGRR ministériels pour les indicateurs spécifiques) Études de cas, analyse des données secondaires Évaluateurs
Meilleur rendement de certains secteurs grâce aux résultats de la recherche Études de cas, analyse des données secondaires Évaluateurs
Le Canada est considéré comme un participant crédible dans la recherche en génomique et ses applications Niveau de participation aux initiatives internationales Dossiers ministériels, entrevues avec les représentants ministériels et les représentants des autres initiatives Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Opinions des experts concernant la participation du Canada Recension des écrits, entrevues avec les experts Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Niveau d’investissement public et privé dans la R-D en génomique Études de cas, analyse des données secondaires Évaluateurs
Résultat ultime
Meilleure qualité de vie en termes de santé, de sécurité, d’environnement et de développement social et économique Divers indicateurs de la qualité de vie (p. ex., meilleurs services de santé et traitements, meilleurs perspectives d’emploi, amélioration du mode de vie, avantages environnementaux, etc.) Études de cas, analyse des données secondaires, études spéciales, etc. Évaluateurs
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