ARCHIVÉ - Initiative de R–D en génomique - Rapport Annuel sur le Rendement 2008-2009

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Résumé

Dotée d’un budget de 19,9 millions de dollars par année, l’Initiative de R‑D en génomique (IRDG) permet de soutenir la recherche fédérale en génomique à l’appui d’objectifs d’intérêt national afin de renforcer l’innovation, de promouvoir la compétitivité et d’assurer le développement durable pour le bénéfice de tous les Canadiens, et ce, dans le cadre du mandat du Conseil national de recherches du Canada (6 M$/an), d’Agriculture et Agroalimentaire Canada (6 M$/an), de Santé Canada et de l’Agence de la santé publique du Canada (4 M$/an), de Ressources naturelles Canada (2 M$/an), d’Environnement Canada (1 M$/an) et de Pêches et Océans Canada (0,9 M$/an).

Depuis la mise en œuvre de l’IRDG en 1999, les ministères et organismes participants ont accru les ressources humaines qu’ils affectent aux laboratoires fédéraux et amélioré les outils, équipements, infrastructures et réseaux dont ils ont besoin pour mener de la R‑D en génomique et prendre part à des programmes de grande envergure et à fort impact dans le cadre de nombreuses collaborations avec des organismes canadiens et étrangers. Les investissements provenant de l’IRDG ont permis aux scientifiques du secteur public d’explorer des pistes de recherche prometteuses pour l’atteinte des objectifs économiques et sociaux du Canada. Ces pistes ont débouché sur des résultats concrets qui sont déjà utiles dans de nombreux domaines chers aux Canadiens. Les scientifiques fédéraux excellent dans certains domaines stratégiquement choisis de la recherche en génomique, et l’évaluation formative indépendante qu’on a fait de l’IRDG a montré qu’elle est bien gérée, efficace et efficiente. La phase IV de l’IRDG se termine en mars 2011. Dans un contexte où les activités du gouvernement disposent de ressources limitées, l’IRDG fait partie intégrante du programme de recherche en génomique des laboratoires fédéraux.

L’IRDG est financée par cycles de trois ans : phase I (1999-2002), phase II (2002-2005), phase III (2005-2008) et phase IV (2008-2011). L’exercice 2008‑2009 marque la première année des programmes de la phase IV. Les ministères et organismes ont effectué une révision stratégique de leurs priorités de recherche et tenu des concours prévoyant un examen par les pairs en vue d’allouer des fonds à de nouveaux projets. Le cadre global du programme de l’IRDG pour la phase IV est présenté dans la section suivante, intitulée Secteurs d’impact de la phase IV de l’IRDG. L’exercice 2008‑2009 a également marqué le début de discussions axées sur l’avenir visant à élaborer un cadre stratégique renouvelé pour l’IRDG afin de réagir à l’évolution de la conjoncture au-delà de la phase IV.

Le Rapport annuel sur le rendement pour 2008-2009 suit le Cadre de gestion et de responsabilisation axé sur les résultats (CGRR) pour l’IRDG, qui formalise des critères de mesure selon les exigences du Secrétariat du Conseil du Trésor. Il présente le profil du programme de l’IRDG et les secteurs d’impact, ses liens avec les objectifs ministériels et l’architecture des activités de programmes, sa pertinence pour la Stratégie fédérale en matière de sciences et de technologie (S‑T) ainsi que les plans et activités concernant le programme de recherche. Puis, il fait état du rendement constaté en 2008‑2009 en matière de gestion, de collaboration (tableaux 3 et 4), de renforcement des capacités, de recherche et développement (résumé à l’annexe 3 de l’Appendice A et illustré par des statistiques sommaires aux annexes 2, 4 et 5 de l’Appendice A), et de communications.

Acronymes

AAFC Agriculture and Agri-Food Canada
ABIP Agricultural Bioproducts Innovation Program
ABL Aquatic Biotechnology Lab
ADM Assistant Deputy Minister
BC British Columbia
CanSeq Canadian Canola Genome Sequencing Initiative
CBN Cellulosic Biofuel Network
CCGI Canadian Crop Genomics Initiative
cDNA complementary DNA
CFS Canadian Forest Service
DFO Fisheries and Oceans Canada
DNA Deoxyribonucleic Acid
EAB Emerald Ash Borer
EC Environment Canada
IPCS International Programme on Chemical Safety
ISAV Infectious salmon anemia virus
GHI Genomics and Health Initiative
GRDI Genomics R&D Initiative
HC Health Canada
MPB Mountain Pine Beetle
NRC National Research Council
NRCan Natural Resources Canada
OECD Organization for Economic Cooperation and Development
OGD Other Government Departments
PCR Polymerase Chain Reaction
PGIP Polygalacturonase Inhibitor Proteins
PHAC Public Health Agency of Canada
QTL Quantitative Trait Locus
R&D Research and Development
RMAF Results-based Management and Accountability Framework
RNA Ribonucleic Acid
SNP Single Nucleotide Polymorphism
S&T Science and Technology
STAGE Strategic Technology Applications of Genomics in the Environment
USDA United States Department of Agriculture
US EPA United States Environmental Protection Agency
VTEC Verotoxigenic Escherichia coli
WHO World Health Organization

Secteurs d'impact de la phase IV de l'IRDG

L’objectif stratégique de la recherche financée par l’IRDG est d’apporter des solutions à plusieurs des questions les plus importantes pour les Canadiens  la protection et l’amélioration de la santé humaine, le développement de nouveaux traitements pour les maladies chroniques et les maladies infectieuses, la préservation de l’environnement et la gestion durable des ressources agricoles et naturelles. En mettant l’emphase sur le rôle particulier que joue la recherche menée par le gouvernement fédéral, elle vient appuyer la prise de décisions fondées sur des données probantes, l’élaboration des politiques ainsi que la formulation de normes et de règlements, de même qu’elle facilite la naissance d’entreprises commerciales canadiennes.

Amélioration de la santé et du mieux-être de la population

Résultats prévus

Mieux connaître et comprendre les maladies infectieuses et chroniques chez les humains pour trouver des applications en santé publique, notamment l’élaboration de nouveaux outils de diagnostic ou l’amélioration des outils existants.

Augmenter la valeur des récoltes de céréales, de canola et de soja en étudiant le développement et le métabolisme des semences (teneur en huile, qualité de l’amidon, composés antinutritionnels).

Secteurs d’impact

La phase IV de l’IRDG s’attaque à la recherche sur des thèmes comme le développement de nouveaux traitements pour le cancer, les maladies du cœur et une foule d’autres maladies aiguës et chroniques, la conception de vaccins et les mesures permettant de limiter la propagation des maladies et d’éventuelles pandémies. Les nouveaux médicaments, les nutraceutiques, l’amélioration du rendement et de la valeur nutritionnelle des cultures, ainsi que les aliments fonctionnels sont le résultat de recherches en génomique visant à améliorer la santé.

Activités planifiées

Maladies infectieuses

  • Comprendre la base moléculaire des maladies génétiques et pathogènes critiques
  • Effectuer l’épidémiologie moléculaire des maladies infectieuses
  • Créer des dispositifs aux points de service pour diagnostiquer la présence d’organismes à l’origine des infections nosocomiales et de la contamination des aliments et de l’eau
  • Comprendre les réactions aux traitements antiviraux de l’hépatite C et du VIH
  • Clarifier le rôle de la vitamine D en cas d’infection grippale grave chez les personnes âgées
  • Développer des bactériophages pour prévenir les infections bactériennes communes
  • Évaluer le rôle des bactéries pathogènes chez les patients atteints de fibrose kystique

Maladies chroniques

  • Déterminer et développer un large éventail d’agents thérapeutiques ciblés pour créer la nouvelle génération de cancérothérapies efficaces
  • Étudier les lésions hépatiques induites par l’interféron
  • Définir les biomarqueurs de l’exposition aux agents mutagènes et de l’inhalation de contaminants, ainsi que les effets de ces agents et contaminants dans le développement du cancer, de l’athérosclérose et de l’asthme

Approvisionnement alimentaire

  • Déchiffrer les gènes qui contrôlent le développement des graines, la répartition du carbone, la qualité des protéines, la qualité de l’huile, la qualité de l’amidon et l’accumulation de composés antinutritionnels dans les céréales (blé, maïs), les oléagineux (Brassica) et les légumineuses (soja) afin d’améliorer leur productivité et leur résilience
  • Étudier les composés nutraceutiques, comme les phytostérols, les anthramides et les glucanes, pour trouver des applications médicales

Recherche de la durabilité écologique

Résultats prévus

Augmenter la valeur des récoltes de céréales, de canola et de soja en les adaptant aux facteurs de stress environnementaux (maladies, ravageurs, sécheresse, froid et mauvaises conditions du sol).

Mieux connaître les méthodes de production d’arbres et de protection de la forêt au moyen de travaux portant sur des espèces et des caractères ayant une importance économique pour le Canada, tout en atténuant les répercussions sur l’environnement.

Concevoir et utiliser des outils de génomique pour mieux comprendre la génétique et la structure des populations, ainsi que les réactions comportementales, physiologiques et immunologiques à l’environnement, en vue d’assurer la gestion durable des ressources aquatiques.

Développer des applications de la génomique pour comprendre les contaminants environnementaux, procéder à la restauration de l’environnement et préserver la biodiversité.

Secteurs d’impact

La phase IV de l’IRDG s’attaque à la recherche sur des thèmes visant la durabilité écologique comme le développement de cultures plus productives et plus résistantes pour l’agriculture durable, le contrôle des phytoravageurs, des animaux nuisibles et des maladies d’une manière respectueuse pour l’environnement, l’adaptation des cultures, des forêts et des poissons pour réagir aux effets du changement climatique et la protection des espèces en voie de disparition.

Activités planifiées

Agriculture

  • Accroître la productivité et la résilience des cultures de soja canadien afin de répondre à la demande de plus en plus grande, tant au pays qu’à l’étranger, pour des applications alimentaires et industrielles (biocarburants)
  • Développer des cultures ayant une meilleure résistance aux maladies et aux insectes nuisibles
  • Concevoir des stratégies pour augmenter la tolérance des cultures à la chaleur, au froid et au gel

Foresterie

  • Déterminer des marqueurs génétiques pour la sélection d’épinettes présentant les caractéristiques souhaitées en matière de qualité du bois et d’adaptation
  • Comprendre les interactions génétiques hôte-pathogène des arbres forestiers afin d’améliorer la lutte antiparasitaire durable
  • Concevoir et transférer des outils de diagnostic moléculaire pour détecter et surveiller les maladies et les ravageurs des arbres forestiers et assurer la certification phytosanitaire

Pêches et aquaculture

  • Concevoir des outils génomiques pour la conservation des espèces d’importance pour le Canada (saumon de l’Atlantique, béluga, capelan, Dolly Varden)
  • Étudier la capacité de migration du saumon sauvage
  • Identifier les espèces et la structure des stocks de sébastes
  • Étudier les maladies du saumon (virus de l’anémie, parasites, pou)

Environnement

  • Procéder à la caractérisation moléculaire de communautés bactériennes dans des sols contaminés
  • Examiner les effets toxiques des contaminants environnementaux sur les communautés bactériennes en milieu aquatique
  • Concevoir des outils génomiques pour la conservation de certaines espèces sauvages (oiseaux, mammifères)
  • Appliquer des marqueurs génétiques pour identifier les espèces et la structure des populations des espèces aquatiques envahissantes
  • Étudier les maladies infectieuses émergentes chez les oiseaux et les amphibiens indigènes

Prises de décisions fondées sur des données probantes

Résultat prévu

Soutenir les décisions réglementaires prises par le gouvernement fédéral dans le cadre du mandat des ministères et organismes participants.

Secteurs d’impact

La recherche menée à la phase IV de l’IRDG vise : la conception d’outils de diagnostic pour détecter, surveiller et gérer les agents pathogènes d’origine alimentaire et hydrique (Salmonella, Escherichia coli), les maladies et les parasites des humains, des plantes aquatiques, des animaux et des plantes, y compris les espèces mises en quarantaine; la caractérisation détaillée des nouveaux produits (aliments, produits pharmaceutiques, appareils médicaux, etc.) en vue de leur introduction responsable sur les marchés et leur surveillance continue, et la conception d’outils d’expertise légale pour surveiller les ressources halieutiques afin d’assurer la gestion durable des dates d’ouverture de la pêche et de l’accès aux marchés mondiaux. Bon nombre des secteurs d’impact déjà décrits dans les sections précédentes viennent également appuyer les prises de décisions fondées sur des données probantes.

Activités planifiées

  • Concevoir des outils de surveillance pour gérer deux importantes pêches (béluga et saumon)
  • Instaurer l’utilisation de l’information génétique pour gérer les pêches de stocks divers
  • Comprendre la structure et la génétique des populations ayant une importance économique pour orienter les décisions de gestion
  • Concevoir des outils de diagnostic pour gérer les maladies des animaux aquatiques, lesquels sont importants pour la pêche sauvage et l’industrie de l’aquaculture
  • Développer et utiliser le profil d’ADN de l’ormeau nordique menacé afin de parvenir à poursuivre en justice les braconniers et de faciliter les règlements hors cour
  • Valider les procédures fondées sur la génomique afin d’assurer la présentation de données plus précises aux termes du Règlement sur les renseignements concernant les substances nouvelles de la Loi canadienne sur la protection de l’environnement
  • Améliorer la transmission de signaux d’« alerte rapide » aux organismes de réglementation de l’industrie à l’aide de techniques fondées sur l’ADN servant à faire le lien entre l’exposition de l’environnement à certaines substances et les effets toxiques possibles
  • Procéder à l’identification des espèces pour renforcer l’application de la Loi sur la protection d’espèces animales ou végétales sauvages et la réglementation de leur commerce international et interprovincial et la Convention sur le commerce international des espèces de faune et de flore sauvages menacées d’extinction
  • Évaluer les changements d’expression génétique observés dans les lignées cellulaires humaines à la suite d’une exposition aux signaux sans fil émis par les téléphones cellulaires
  • Étudier les effets moléculaires des contaminants environnementaux (substances prioritaires et nouveaux contaminants) sur les espèces sauvages afin d’améliorer l’évaluation et la surveillance des risques environnementaux
  • Détecter la présence d’organismes génétiquement modifiés dans les écosystèmes aquatiques
  • Détecter les microorganismes pathogènes dans les eaux usées

Formulation de politiques, de normes et de règlements

Résultats prévus

Soutenir les principaux objectifs fédéraux d’intérêt national dans le cadre du mandat des ministères et organismes participants.

Appuyer le système canadien de réglementation dans le domaine de la santé pour permettre l’innovation tout en réduisant les risques pour les Canadiens, grâce à un programme ciblé de R-D en génomique visant à renforcer la recherche dans des domaines prioritaires comme l’information génétique, les produits biotechnologiques, la génomique humaine et la génomique microbienne, afin de favoriser la santé humaine, animale et environnementale.

Mettre au point des applications de la génomique pour appuyer les activités de réglementation dans des domaines clés comme l’évaluation et la gestion des risques environnementaux; l’application des lois et règlements et la conformité; la détection, la surveillance et la prévention de la pollution; la biologie de la conservation et la génétique de la faune; les prévisions et évaluations de la technologie; ainsi que le développement durable et l’utilisation responsable des bioproduits et des procédés industriels.

Secteurs d’impact

Les approches réglementaires efficaces ouvrent la voie à des applications commerciales responsables qui génèrent de la richesse pour les Canadiens. La phase IV de l’IRDG permet d’acquérir des connaissances pour appuyer l’élaboration de politiques, de normes et de règlements concernant : l’introduction responsable et la surveillance continue des nouveaux produits sur le marché, notamment les produits pharmaceutiques, les instruments médicaux et les produits alimentaires; la traçabilité (animaux, végétaux, aliments, poisson); la surveillance et l’assainissement de l’environnement; les additifs alimentaires et l’étiquetage. Bon nombre des secteurs d’impact déjà décrits dans les sections précédentes viennent également appuyer la formulation de politiques, de normes et de règlements.

Activités planifiées

  • Élaborer une stratégie d’évaluation des risques moléculaires pour la bactérie E. Coli toxigène
  • Comprendre les modèles d’expression des gènes liés aux fibres alimentaires et aux « glucides résistants » afin de formuler une nouvelle définition de « fibre alimentaire » pour Santé Canada
  • Procéder à la caractérisation moléculaire de communautés bactériennes dans des sols contaminés afin de valider un nouveau document d’orientation national aux termes de la Loi canadienne sur la protection de l’environnement
  • Intégrer la biologie des systèmes aux évaluations de SC en toxicologie réglementaire
  • Élaborer, en collaboration avec le ministère de l’Environnement de la Colombie-Britannique, des méthodes pour que l’évaluation des effluents et des produits chimiques soit intégrée aux processus d’évaluation des risques aux termes du Plan d’action du bassin de Géorgie et du Plan de gestion des produits chimiques

Appui aux entreprises commerciales canadiennes

Résultat prévu

Réaliser des progrès pertinents du point de vue commercial dans les domaines de la R-D en génomique ayant trait à la santé humaine (p. ex. tests génétiques, diagnostics, applications de la génomique microbienne, traitement et prévention de maladies humaines comme le cancer et les maladies cardiovasculaires, et détection des agents pathogènes).

Secteurs d’impact

Au cours de la phase IV de l’IRDG, les scientifiques collaborent avec les entreprises canadiennes pour appuyer leurs efforts de R-D afin de générer de la richesse et de soutenir l’économie canadienne.

Activités planifiées

  • Confier à une entreprise privée le développement commercial des anticorps mis au point par le CNRC pour traiter le cancer
  • Confier à un partenaire commercial la validation de la technologie de détection de la bactérie Salmonella mise au point par l’ASPC en vue de sa commercialisation auprès des laboratoires de diagnostic
  • Formaliser, en février 2009, l’accord de recherche concertée conclu entre le CNRC, AAC, Genome Alberta et quatre partenaires de l’industrie (Cargill Limited, Dow AgroSciences Canada Inc., KWS SAAT Ag et RAPOOL-Ring GmbH) dans le cadre de l’Initiative canadienne de séquençage du génome du canola (CanSeq)

Initiative de R-D en génomique

Aperçu

La génomique est la science qui étudie les séquences d’ADN et leurs fonctions dans les organismes vivants. Les réels avantages qu’elle offre reposent sur son pouvoir de nous révéler les systèmes biologiques dans leur intégralité, ce qui nous permet de mieux les étudier. Ainsi, la génomique nous permet de comprendre l’interaction des gènes et de leurs produits dans un milieu donné et d’avoir un aperçu des répercussions biologiques que peuvent entraîner les variations génétiques sur la productivité, la qualité de vie et la résistance aux maladies, entre autres.

La génomique offre des applications dans toutes les sphères de la vie. Elle permet d’acquérir des connaissances pour soutenir le développement de produits et de procédés visant à améliorer la compétitivité des secteurs qui sont essentiels à la prospérité économique des collectivités canadiennes (santé, agriculture, foresterie, pêches), à mettre au point des technologies favorables à la durabilité de l’environnement et à améliorer la qualité de vie des Canadiens d’aujourd’hui et de demain. Les gouvernements fédéral et provinciaux ainsi que les administrations municipales sont d’importants utilisateurs des connaissances et des outils découlant de ces technologies.

Reconnaissant le rôle légitime et nécessaire qu’il doit jouer dans ce domaine, le gouvernement du Canada appuie la recherche en génomique depuis plus de dix ans et assure son financement dans le cadre de l’Initiative de R-D en génomiques (IRDG) depuis 1999.

Dotée d’un budget de 19,9 millions de dollars par année, l’IRDG permet de soutenir la recherche fédérale en génomique à l’appui d’objectifs d’intérêt national afin de renforcer l’innovation, de promouvoir la compétitivité et d’assurer le développement durable pour le bénéfice de tous les Canadiens, et ce, dans le cadre du mandat du Conseil national de recherches du Canada (6 M$/an), d’Agriculture et Agroalimentaire Canada (6 M$/an), de Santé Canada et de l’Agence de la santé publique du Canada (4 M$/an), de Ressources naturelles Canada (2 M$/an), d’Environnement Canada (1 M$/an) et de Pêches et Océans Canada (0,9 M$/an). L’IRDG est financée par cycles de trois ans, comme l’illustre le tableau 1. La phase IV de l’IRDG se termine en mars 2011. Dans un contexte où les activités du gouvernement disposent de ressources limitées, l’IRDG fait partie intégrante du programme de recherche en génomique des laboratoires fédéraux.

Tableau 1 : Fonds alloués (000 $)
Ministère/Agence Phase I
1999-2002
Phase II
2002-2005
Phase III
2005-2008
Phase IV
2008 - 2011
Agriculture et Agroalimentaire Canada 17 000 18 000 18 000 18 000
Environnement Canada 3 000 3 000 3 000 3 000
Pêches et Océans Canada 2 500 2 700 2 700 2 700
Santé Canada/Agence de la santé publique du Canada 10 000 12 000 12 000 12 000
Conseil national de recherches Canada 17 000 18 000 18 000 18 000
Ressources naturelles Canada 5 000 6 000 6 000 6 000
Conseil de recherches médicales1 500 - - -
Totaux 55 000 59 700 59 700 59 700

1 - Devenu les « Instituts de recherche en santé du Canada » (IRSC) – une seule allocation au cours de l’exercice financier 1999 2000 pour aider à établir et à soutenir un secrétariat pour Génome Canada.

L’objectif stratégique de la recherche financée par l’IRDG est d’apporter des solutions à plusieurs des questions les plus importantes pour les Canadiens – la protection et l’amélioration de la santé humaine, le développement de nouveaux traitements pour les maladies chroniques et les maladies infectieuses, la préservation de l’environnement et la gestion durable des ressources agricoles et naturelles. En mettant l’emphase sur le rôle particulier que joue la recherche menée par le gouvernement fédéral, elle vient appuyer les prises de décisions fondées sur des données probantes, l’élaboration des politiques ainsi que la formulation de normes et de règlements, de même qu’elle facilite la naissance d’entreprises commerciales canadiennes.

Depuis la mise en œuvre de l’IRDG en 1999, les ministères et organismes participants ont exploré des pistes de recherche prometteuses pour l’atteinte des objectifs économiques et sociaux du Canada. Ces pistes ont débouché sur des résultats concrets qui sont déjà utiles dans de nombreux domaines chers aux Canadiens.

Pour optimiser la qualité et la pertinence des programmes de recherche financés par l’IRDG, chaque ministère a recours à un processus d’appel de propositions concurrentielles et d’approbation, comprenant des évaluations par les pairs. Des accords de recherche conclus dans le cadre de nombreuses collaborations au Canada et à l’étranger permettent de multiplier de beaucoup les ressources et l’expertise, et de mener des programmes de recherche multidisciplinaire de grande envergure (voir les tableaux 2, 3 et 4, et la section Gestion, aux pages 12 et 14).

Gouvernance

Un Comité de coordination interministériel de sous-ministres adjoints (SMA) supervise la gestion et la coordination globales de l’IRDG. Le Comité veille à la mise en place de mécanismes efficaces d’établissement des priorités dans les ministères et à l’atteinte des objectifs et des priorités du gouvernement. Il veille aussi à ce que des principes de gestion communs soient appliqués à l’IRDG et à ce qu’une collaboration horizontale entre les divers organismes soit favorisée et établie. Le Comité se compose de représentants de chacun des organismes financés, ainsi que de représentants invités provenant d’Industrie Canada et de Génome Canada.

Un groupe de travail interministériel sur l’IRDG appuie les travaux du Comité. Il a pour mandat de formuler des recommandations et des avis à l’intention du Comité de coordination des SMA en ce qui concerne l’établissement de priorités stratégiques et la gestion générale de l’IRDG. Le groupe de travail aide également à l’évaluation et à la préparation des rapports liés à l’Initiative.

Le Conseil national de recherches du Canada (CNRC) coordonne les activités interministérielles de gestion de l’IRDG, y compris l’élaboration et la mise en œuvre du Cadre de responsabilisation et de gestion axé sur les résultats (CGRR), et il préside le Comité de coordination ainsi que le groupe de travail interministériel.

Évaluation formative – Une initiative bien gérée, efficace et efficiente

Une évaluation formative de l’IRDG a été effectuée en 2006 par un consultant privé (Performance Management Network Inc.), qui a conclu qu’elle atteignait les objectifs escomptés et offrait un programme de recherche pertinent, crédible et bien géré à l’appui des politiques, de la réglementation et des décisions gouvernementales. L’évaluation a confirmé que la plupart des six ministères du gouvernement avaient une capacité limitée de mener à bien des recherches en génomique avant la mise en œuvre de l’IRDG, et que celle-ci a permis de combler cette lacune. Les ministères soutenus par l’IRDG ont réussi à accroître leurs ressources humaines et à améliorer les outils, équipements, infrastructures et réseaux nécessaires pour entreprendre de la R-D en génomique et participer à des programmes de grande envergure et à fort impact établis dans le cadre d’accords de collaboration formelle et informelle avec des organisations canadiennes et étrangères (gouvernements, universités, ONG et entreprises privées). L’évaluation a également corroboré le rôle légitime et nécessaire du gouvernement dans la R-D en génomique, ainsi que la nature complémentaire de l’IRDG et des autres initiatives fédérales ou provinciales dans ce domaine, sans chevauchement ou double emploi.

L’une des principales recommandations de l’évaluation était de non seulement maintenir le soutien de l’Initiative, mais aussi d’accroître sa base de financement pour répondre au besoin sans cesse croissant de R-D en génomique dans les laboratoires du gouvernement. L’évaluation recommandait également au gouvernement de définir des mécanismes pour renforcer l’orientation stratégique de l’IRDG afin qu’elle cible les priorités nationales, et de prendre des mesures pour veiller à ce que la responsabilité et la performance continuent d’être des éléments clés de l’Initiative. Le Comité de coordination des SMA sur l’IRDG s’est engagé à répondre aux recommandations dans un plan d’action et de gestion, en conformité avec la Politique d’évaluation du Conseil du Trésor, et de faire état des progrès chaque année dans le Rapport ministériel sur le rendement du CNRC.

Solide performance scientifique

En 2009, Science-Metrix a effectué l’évaluation bibliométrique des recherches financées par l’IRDG entre 1996 et 2007. Elle en a tiré les principales conclusions suivantes : 1) en ce qui concerne les retombées scientifiques de leurs recherches, les scientifiques de l’IRDG se comparent favorablement aux autres scientifiques fédéraux prenant part aux recherches en génomique ainsi qu’avec leurs pairs canadiens et étrangers; les articles qu’ils ont publiés étaient plus souvent cités que la moyenne canadienne (9 %) et mondiale (22 %) dans le domaine de la génomique; 2) le gouvernement fédéral a harmonisé ses efforts de recherche en génomique avec ceux consentis dans le Canada et dans le monde depuis la mise en œuvre de l’IRDG en 1999; 3) le nombre moyen d’articles portant sur la génomique publiés par les scientifiques de l’IRDG a augmenté durant la période de financement. En outre, la génomique est responsable d’une plus grande proportion des résultats de recherche scientifique obtenus par le gouvernement fédéral : de 6 % des résultats de recherche en 1996, elle est passée à 9 % en 2007.

Se préparer à l’avenir – une IRDG renouvelée

De nombreuses avancées ont affecté la portée et l’orientation de la recherche en génomique depuis la mise en place de l’IRDG en 1999. Entre autres, mentionnons les nouveaux enjeux de menaces à la santé, à la sécurité, à la salubrité des aliments et à la sécurité énergétique, qui sont en grande partie liés aux changements environnementaux, au flux croissant des échanges commerciaux mondiaux et à l’évolution démographique humaine; les progrès scientifiques spectaculaires de la recherche en génomique qui offrent d’importantes possibilités économiques; une nouvelle politique scientifique au Canada sous la Stratégie fédérale en matière de sciences et de technologie; le rôle marqué de Génome Canada dans le soutien à la recherche universitaire de grande envergure en génomique; la reconnaissance de la force du Canada en génomique; et les conclusions tirées de l’évaluation formative de l’IRDG, qui confirment sa réussite et sa pertinence et s’accompagnent de recommandations en matière d’action gouvernementale. Le Canada doit orienter son initiative nationale pour tenir compte de ces avancées, se préparer aux technologies de prochaine génération qui vont révolutionner la recherche en génomique et veiller à ce que le programme canadien de recherche en génomique continue d’offrir un avantage concurrentiel aux citoyens et entreprises du Canada. L’IRDG fera partie intégrante de l’engagement pris par le gouvernement fédéral de « promouvoir une gestion horizontale plus efficace des questions à facettes multiples qui concernent les priorités pangouvernementales, ainsi que la mise en place de mécanismes cohérents pour promouvoir une responsabilisation élevée quant à l’utilisation des ressources fédérales en matière de S-T1. »

Misant sur la réussite globale et la pertinence de l’IRDG au pays, de même qu’en tenant compte de l’évolution des contextes économique, scientifique et stratégique canadiens et en répondant aux recommandations découlant de l’évaluation formative de l’Initiative, la collectivité fédérale de la R-D en génomique prévoit réorienter l’IRDG en se dotant de mécanismes de prestation renforcés axés sur les priorités stratégiques et en assurant une meilleure intégration interministérielle afin de mieux remplir le rôle que joue la recherche fédérale dans l’atteinte des objectifs économiques et sociaux du Canada. L’IRDG recentrée visera à : 1) apporter des solutions à fort impact à des problèmes nouveaux ou persistants grâce à une intégration horizontale et des partenariats fructueux, pour le bénéfice économique, social et environnemental des Canadiens, et 2) appuyer les priorités, politiques et mandats du gouvernement en menant des travaux de recherche concertée de haut calibre en génomique dans les domaines pour lesquels les laboratoires fédéraux possèdent des compétences qui les distinguent.

Au Canada, la recherche en génomique est un milieu constitué de nombreux acteurs, et c’est dans ce cadre que s’insère l’IRDG. Compte tenu de la force du Canada dans ce domaine et des nombreux chercheurs universitaires du pays, la recherche en génomique offre une occasion unique aux laboratoires du gouvernement de mobiliser leurs ressources et d’avoir de l’influence en participant à un effort de recherche de pointe et de calibre mondial. Grâce à une IRDG ciblée et bien coordonnée, on sera mieux en mesure d’harmoniser les investissements consacrés à la recherche en génomique avec ceux qu’y consacrent les universités, les provinces canadiennes et le secteur privé.

1 - Canada. 2006. Pour surmonter les obstacles à la collaboration en matière de S-T. Étapes vers une meilleure intégration.

Cadre de gestion et de responsabilisation axé sur les résultats

Un cadre de gestion et de responsabilisation axé sur les résultats (CGRR) pour l’IRDG formalise l’engagement des ministères et organismes participant à l’Initiative de faire rapport sur des indicateurs de rendement communs. Ce cadre oriente la structure et le contenu du présent Rapport de rendement annuel pour 2008-2009, qui couvre la première année du financement de la phase IV.

Le modèle logique du CGRR reflète les objectifs généraux de l’Initiative, organisés en quatre domaines de programme : gestion, renforcement des capacités de R-D en génomique, recherche et développement, et communications. Les indicateurs de rendement clés pour chacun de ces domaines sont les suivants :

  • Gestion – Amélioration de la gouvernance, de la coordination et des partenariats.
  • Renforcement des capacités de R-D en génomique – Augmentation et formation du personnel hautement qualifié; mise à niveau des installations de façon qu’elles soient à la fine pointe de la technologie; participation accrue à des initiatives nationales et internationales en génomique.
  • Recherche et développement – Accès aux technologies et aux connaissances scientifiques et partage de ces technologies et connaissances; application des résultats de recherche pour la mise au point de méthodes, produits, technologies ou procédés innovateurs, nouveaux ou améliorés.
  • Communications – Meilleures connaissance et compréhension des résultats et des applications de la recherche en génomique.

Un résumé du CGRR, qui comprend le modèle logique et les tableaux connexes des indicateurs de rendement, est présenté à l’Appendice B.

Liens avec les objectifs ministériels et l'architecture des activités de programme

Les projets financés par l’IRDG sont axés sur les mandats des ministères et les priorités du gouvernement et ils s’inscrivent dans les stratégies de chaque ministère.

L’Initiative en génomique et en santé (IGS) est la plus vaste initiative horizontale de R-D du CNRC. Grâce à son approche multidisciplinaire et à son excellence en recherche, l’IGS vient soutenir le deuxième objectif de la Stratégie du CNRC en contribuant de façon marquée aux priorités de R-D du Canada dans les domaines de la santé (maladies chroniques et filière agroalimentaire), de l’énergie (biocarburants) et de l’environnement (technologies environnementales et bioproduits). L’IGS contribue également à l’atteinte du premier objectif de la Stratégie du CNRC parce qu’elle favorise la compétitivité de l’industrie en augmentant les flux technologiques dans des secteurs à fort impact de l’économie canadienne. Cette contribution est possible grâce au financement de programmes de recherche qui cadrent avec des secteurs industriels clés et qui sont axés sur l’application des connaissances techniques et scientifiques de façon à favoriser le développement économique et social. L’Initiative permet au CNRC de réaliser son mandat, qui est de traduire la S-T en valeur pour le Canada par le truchement de partenariats avec d’autres organismes gouvernementaux, les universités et l’industrie afin d’assurer une approche intégrée à l’égard de ses initiatives de S-T.

Agriculture et Agroalimentaire Canada (AAC) fournit des renseignements, des recherches, des technologies, des programmes et des politiques afin de soutenir les secteurs de l’agriculture, de l’agroalimentaire et des agroproduits au Canada. L’IRDG appuie directement deux des résultats stratégiques du Ministère, soit ceux d’assurer un secteur concurrentiel qui gère les risques de manière proactive et un secteur innovateur. Les fonds de l’IRDG ont permis à AAC de renforcer le Projet canadien de génomique des plantes cultivées (PCGPC) en investissant davantage dans la génomique des plantes et dans la formation d’équipes multidisciplinaires à l’échelle du Canada. Le financement de l’IRDG a été employé pour soutenir les progrès technologiques nécessaires 1) au développement d’aliments durables et de stocks fourragers à base de céréales, de légumineuses à grains et d’oléagineux, et 2) au lancement de plateformes pour la production de produits industriels et de biocarburants. Le PCGPC a catalysé la formation d’équipes scientifiques et technologiques intégrées au sein d’AAC et avec divers partenaires : universités, secteur privé, ONG et instituts de génomique internationaux de grande renommée.

L’IRDG soutient trois résultats stratégiques de Santé Canada (SC) : amélioration des connaissances afin de répondre aux priorités en matière de santé et de soins de santé; accès à des produits de santé et à des aliments efficaces et sécuritaires, et à une information en vue de choix santé sains; et réduction des risques pour la santé et pour l’environnement causés par des substances et des produits réglementés, et milieux de vie et de travail plus sains. Pour SC, la contribution de l’IRDG consiste à générer des connaissances qui sont essentielles à l’efficacité de la réglementation des produits liés à la santé. Le Cadre ministériel de Santé Canada pour la biotechnologie décrit les rôles et responsabilités du Ministère en matière de biotechnologie, dont ceux d’être un chef de file en matière d’élaboration de politiques et de règlements, et d’information et de participation du public, afin que le Canada occupe une place de choix sur la scène internationale, et d’employer les outils biotechnologiques pour remplir son propre mandat. Santé Canada a défini quatre thèmes pour orienter les activités de recherche de l’IRDG : production et utilisation de données sur la génétique humaine et répercussions de ces données sur la société; santé et innocuité des produits biotechnologiques; applications de la génomique humaine et répercussions liées aux diagnostics et aux maladies; et applications de la génomique microbienne et répercussions liées aux diagnostics et aux maladies.

L’IRDG soutient également le résultat stratégique de l’Agence de la santé publique du Canada (ASPC), soit une population en meilleure santé par la promotion de la santé et la prévention des maladies et des blessures. Les activités de recherche menées pour l’ASPC dans le cadre de l’IRDG portent sur deux thèmes : 1) la pathogénomique de la santé publique : acquérir de nouvelles connaissances dans le domaine de la génomique des pathogènes et des sciences connexes (protéomique, transcriptomique, métabolomique et bioinformatique), les résumer et les appliquer dans le cadre de programmes améliorés de prévention, de contrôle et de surveillance des maladies infectieuses; l’application de ces nouvelles connaissances prend notamment la forme de diagnostics novateurs, d’outils d’évaluation des risques moléculaires, de vaccins, de stratégies d’intervention et de méthodes pour atténuer la résistance aux antimicrobiens; 2) la génomique de la santé publique : acquérir de nouvelles connaissances dans le domaine de la génomique humaine et des sciences connexes (protéomique, transcriptomique et bioinformatique), les résumer et les appliquer pour améliorer le diagnostic, la promotion de la santé et les efforts de prévention, comme la modulation des facteurs de risque de développer une maladie chronique et infectieuse et le dépistage génétique préventif.

Le Service canadien des forêts (SCF) de Ressources naturelles Canada (RNCan) a pour mandat de favoriser le développement durable des forêts du Canada et la compétitivité du secteur forestier canadien. L’IRDG a jeté les bases qui contribuent à l’atteinte du résultat stratégique de RNCan liée à la compétitivité économique ainsi qu’à l’activité de programme liée à l’innovation, de la forêt au marché. Elle contribue également à l’atteinte du résultat cible du SCF, qui est de faire preuve d’une innovation vigoureuse qui ajoute une valeur économique à chacun des maillons de la chaîne de valeur du secteur forestier, de la forêt au marché. Elle est à la fine pointe de la technologie, et a permis la réalisation de plateformes technologiques pour la culture d’arbres et de tissus d’insectes, le diagnostic moléculaire, la génétique des populations, les produits de lutte biologique et la génomique fonctionnelle. Elle a généré une masse critique de données, des infrastructures et des partenariats qui commencent à donner lieu à des applications pratiques importantes.

Environnement Canada (EC) mène ses activités de recherche en génomique par l’entremise de son programme Application stratégique de la génomique dans l’environnement (STAGE). Dans le cadre de ce programme, le Ministère a essentiellement financé des projets qui visent à déterminer comment les outils et les méthodes de la génomique peuvent être utilisés pour appuyer ses divers mandats : l’élaboration de politiques, la prise de décisions réglementaires et l’application de la loi. Plus précisément, les projets portent sur les priorités ministérielles suivantes : la détermination des risques (p. ex. la connaissance des effets des contaminants environnementaux sur la biodiversité et les fonctions des communautés microbiennes); l’évaluation et la gestion des risques (p. ex. des données plus précises pour la présentation des rapports et des connaissances plus précises pour les décisions réglementaires); la biologie de la conservation et la gestion de la faune (p. ex. des marqueurs génétiques pour les décisions de conservation et de protection) et de meilleures activités de conformité et d’application de la loi (p. ex. l’identification des échantillons et l’expertise légale dans le domaine de la faune). Les outils issus de la génomique commencent à servir aux fins pour lesquelles ils ont été créés (établissement de règlements, application de la loi, élaboration de stratégies de conservation, etc.). Cependant, les domaines de la génomique n’ont pas tous atteint le même stade de maturité et une validation approfondie de certaines approches et données fondées sur la génomique restent à faire avant qu’elles puissent servir dans le cadre du mandat du Ministère en matière d’application de la loi et de prise de décisions réglementaires.

Le Programme de R-D en biotechnologie aquatique et en génomique de Pêches et Océans Canada (MPO), d’envergure nationale, appuie la recherche en génomique dans ses activités de R-D liées à ses responsabilités en matière de gestion des pêcheries, de surveillance de l’habitat du poisson, de pêcheries et d’aquaculture durables ainsi qu’à la protection des ressources marines. Des objectifs précis pour la recherche en génomique dans les quatre centres de recherche du MPO à travers le Canada ont été mis au point pour les écosystèmes et les organismes aquatiques, dans la lignée du mandat et des objectifs stratégiques du Ministère.

Pertinence pour la Stratégie fédérale en matière de sciences et de technologie

La science au gouvernement fédéral est encadrée par la stratégie fédérale en matière de sciences et de technologie (S-T) de 2007 – Réaliser le potentiel des sciences et de la technologie au profit du Canada. Cette stratégie est guidée par quatre principes de base (promouvoir une excellence de classe internationale; concentrer les efforts sur les priorités; favoriser les partenariats; augmenter la responsabilisation) et est assortie de trois engagements stratégiques, qui sont de créer un avantage entrepreneurial, un avantage humain et un avantage du savoir. Le Canada jouira d’un avantage du savoir en concentrant davantage ses énergies et ses ressources dans les domaines prioritaires de recherche, soit les sciences et technologies de l’environnement; les ressources naturelles et l’énergie; les sciences et technologies de la santé et sciences de la vie connexes; et les technologies de l’information et des communications.

Comme l’indique la Stratégie en matière de S-T, la recherche menée dans les laboratoires fédéraux vise à répondre à des mandats de réglementation, de politique publique et d’opérations dans des domaines importants comme les soins de santé, la salubrité des aliments et la protection de l’environnement, en concentrant les activités dans les domaines où le gouvernement peut livrer les meilleurs résultats et en tirant parti des forces des universités et du secteur privé.

L’IRDG est des plus pertinentes pour la Stratégie fédérale en matière de S-T, compte tenu de son objectif stratégique d’appuyer le gouvernement dans les prises de décisions fondées sur des données probantes, l’élaboration de politiques et de règlements et la mise sur pied d’entreprises commerciales canadiennes dans les secteurs clés, soit la protection et l’amélioration de la santé humaine, le développement de nouveaux traitements des maladies chroniques et infectieuses, la préservation de l’environnement et la gestion durable des ressources agricoles et naturelles.

Les programmes financés dans le cadre de l’IRDG permettent d’attirer, de former et de soutenir un personnel hautement qualifié, y compris des chercheurs, des boursiers, des doctorants, des techniciens et des analystes des politiques, en leur donnant accès à des infrastructures et à des réseaux de recherche de classe mondiale.

Les relations de collaboration sont un élément important de l’IRDG pour réunir les capacités uniques, les intérêts et les ressources des partenaires de recherche et des parties intéressées. Ces relations sont établies entre des organisations scientifiques publiques, des universités, l’industrie et d’autres instituts de recherche, au pays et à l’étranger, et elles s’appuient sur le partage de plateformes technologiques et la collaboration dans des domaines de recherche qui transcendent les clivages sectoriels traditionnels.

Ressources

Tous les ministères ont bonifié l’IRDG en fournissant des fonds supplémentaires à partir du budget des services votés et en obtenant des fonds de leurs collaborateurs. Le tableau 2 donne un aperçu des ressources en 2008-2009, montrant que les fonds mobilisés ont représenté plus de deux fois et demie les investissements dans l’IRDG. Les contributions en nature additionnelles comprenaient le partage des plateformes technologiques, des matériaux et du savoir-faire avec divers partenaires dans des domaines de recherche qui transcendent les clivages sectoriels traditionnels.

Tableau 2 : Fonds de l’IRDG et fonds mobilisés (000 $)
Ministère/Agence IRDG Mobilisés IRDG + mobilisés
Conseil national de recherches Canada 6 000 16 974 22 974
Agriculture et Agroalimentaire Canada 6 000 7 200 13 200
Santé Canada 1 523 1 000 2 523
Agence de la santé publique du Canada 2 477 4 650 7 127
Ressources naturelles Canada 2 000 5 249 7 249
Environnement Canada 1 000 1 214 2 214
Pêches et Océans Canada 900 2 648 3 548
Total 19 900 38 935 58 835

Plans et activités des programmes de recherche

Les projets de l’IRDG soutiennent l’innovation et les règlements et politiques connexes dans les grands secteurs de l’économie canadienne que sont la foresterie, l’agriculture, la pêche, la santé et les sciences de la vie. Le cadre global des programmes de l’IRDG menés à la phase IV est présenté dans la section intitulée Secteurs d’impact de la phase IV de l’IRDG. Les faits saillants des plans et activités ministériels pour 2008-2009 (première année de la phase IV) figurent dans les sections suivantes. D’autres renseignements sont fournis à l’annexe 1 de l’appendice A.

L’Initiative en génomique et en santé (IGS) du CNRC soutient cinq programmes de recherche orientés vers la productivité du canola, le traitement des tumeurs cérébrales, les dispositifs diagnostiques hors laboratoire, la détection et le traitement du cancer et les outils de diagnostic pour les patients cardiaques.

Le Projet canadien de génomique des plantes cultivées (PCGPC) d’AAC porte sur la génomique fonctionnelle de la résistance aux maladies et aux insectes, la tolérance au stress, comme le froid et la sécheresse, ainsi que l’amélioration des attributs de qualité des céréales (blé et maïs), des oléagineux (Brassica et Arabidopsis) et des légumineuses (soja).

À SC, les activités menées dans le cadre de l’IRDG continuent de renforcer la base de connaissances scientifiques acquises en vertu du Cadre ministériel de Santé Canada pour la biotechnologie, lequel décrit les rôles et responsabilités de SC en matière de génomique, dont ceux d’être un chef de file en matière d’élaboration de politiques et de règlements, ainsi que d’information et de participation du public, afin de veiller à ce que le Canada occupe une place de choix sur la scène internationale et de tirer profit des avantages qu’offre la génomique pour remplir son mandat.

Du point de vue de l’ASPC, la génomique des humains et des microbes offre la possibilité de modifier radicalement les pratiques futures en santé publique, grâce à de nouvelles approches de surveillance de la maladie, de la prévention des maladies et de l’amélioration de l’état de santé qui peuvent contrebalancer efficacement les pressions de financement dans le secteur de la santé.

L’IRDG à RNCan génère les connaissances scientifiques approfondies requises pour trouver des solutions adaptées à des problèmes précis en foresterie, comme les besoins changeants de l’industrie forestière canadienne et la menace que représentent les insectes, les maladies et le changement climatique, en mettant l’accent sur des espèces et des traits importants du point de vue économique. Les thèmes suivants sont appuyés : problèmes environnementaux émergents, comme la surveillance des ravageurs et des pathogènes et interventions associées; relations entre les génomes pour étudier le profil génétique et l’évolution des principaux ravageurs, les mécanismes de défense de l’hôte ainsi que les interactions hôte-pathogène; développement durable et compétitivité du secteur forestier pour réussir à améliorer la croissance des arbres, la qualité du bois ainsi que la résistance aux agents biotiques et abiotiques.

EC a renforcé sa capacité interne en écotoxicogénomique et s’en sert pour trouver la meilleure façon d’utiliser la génomique dans l’accomplissement de son mandat, qui est de protéger les systèmes aquatiques, les systèmes terrestres et la faune du Canada contre les effets nocifs des agresseurs environnementaux existants et émergents (chimiques, biologiques et physiques). Les chercheurs d’EC en écotoxicogénomique participent à de vastes initiatives nationales et internationales dans ce domaine et sont reconnus pour leurs précieuses compétences et leurs contributions scientifiques.

Le MPO poursuit ses travaux de recherche dans trois domaines : profilage des ressources aquatiques, santé des animaux aquatiques et santé de l’écosystème aquatique. Certains investissements ont permis à la Région des Maritimes d’améliorer son expertise en génomique et ses infrastructures dans ce domaine, ce qui a favorisé les collaborations internes et externes. À la suite du processus concurrentiel lancé par le MPO dans le but d’affecter les fonds disponibles pour la phase IV de l’IRDG, des chercheurs de toutes les régions du Ministère prennent maintenant une part active aux projets de R-D en génomique afin de contribuer à l’atteinte de ses objectifs stratégiques en matière de recherche.

Rendement

Le présent rapport annuel sur le rendement pour 2008-2009 est structuré selon les catégories d’indicateurs de rendement établies dans le CGRR de l’IRDG, afin de rendre compte des progrès sur les divers aspects de l’Initiative : la gouvernance, la coordination et les partenariats scientifiques, la capacité de recherche; l’infrastructure; le partage des connaissances technologiques et scientifiques; la sensibilisation du public à la génomique; la participation à des initiatives nationales et internationales, et l’application des résultats de la recherche pour élaborer des méthodes, produits, technologies ou processus novateurs.

L’exercice 2008-2009 marque la première année de financement des programmes de la phase IV. Les ministères ont renouvelé leurs orientations stratégiques et lancé des appels d’offres pour allouer des fonds à de nouveaux projets. Cependant, le financement s’est fait énormément attendre, ce qui a compliqué le recrutement d’un personnel hautement qualifié et la mise en place de nouveaux projets. Malgré cela, les ministères et organismes ont pris des décisions de gestion financière qui ont permis à la recherche de se poursuivre sans interruption.

Gestion

La saine gestion est un aspect important de tout programme gouvernemental. Les ministères et organismes participant à l’IRDG ont mis en place des pratiques visant à définir efficacement les priorités, à favoriser la coordination ministérielle et à sélectionner des projets qui portent expressément sur les priorités cernées.

Au CNRC, par exemple, on a profité de cette année de transition 2008-2009 pour revoir le cadre global des programmes de l’IRDG après avoir consulté le Comité de coordination des programmes de l’IGS (scientifiques et gestionnaires de projet) et le Comité des directeurs généraux. On a ensuite établi le cadre de la phase IV et tenu, en décembre 2006, des concours prévoyant un examen par les pairs afin d’enclencher l’élaboration des programmes à financer dans le cadre de la phase IV. On a incité les équipes de recherche à montrer qu’elles étaient capables d’intégrer diverses disciplines afin de susciter des avancées favorables sur le plan commercial dans les domaines de pointe que sont les sciences du génome et de la santé. Les programmes de recherche devaient s’inscrire dans la stratégie du CNRC précisée dans le document intitulé La science à l’œuvre pour le Canada : Une stratégie pour le Conseil national de recherches du Canada 2006-2011. Pour la sélection des propositions de programme, les responsables ont adopté une approche formelle de la gestion de portefeuille afin de constituer un portefeuille équilibré de programmes présentant des possibilités commerciales à court terme ou visant des objectifs de recherche à plus long terme. Ils ont ainsi soumis des lettres d’intention à un examen externe pour assurer la qualité et la pertinence des propositions par rapport à certains critères d’évaluation préétablis. Ce processus d’évaluation prévoyait également l’obligation de soumettre chaque proposition à des études de marché et de positionnement stratégique indépendantes. Les propositions complètes ont ensuite fait l’objet d’un examen scientifique externe par les pairs et d’une évaluation selon des critères de sélection favorisant l’intégration des capacités de recherche de tous les instituts du CNRC ainsi que la collaboration avec les partenaires provenant des autres ministères, des universités et de l’industrie. Le comité d’experts a ainsi examiné toutes les propositions complètes et formulé des recommandations stratégiques à l’intention des hauts dirigeants du CNRC chargés de prendre la décision finale quant aux programmes à retenir. D’autres ministères et organismes ont eu recours à un procédé similaire pour allouer les ressources de la phase IV.

À l’échelon interministériel, on a pris des mesures en 2008-2009 pour doter l’IRDG d’un nouveau cadre stratégique à la fin de la phase IV (mars 2011). L’ébauche d’une proposition a été élaborée sous la gouverne du Comité de coordination des SMA de l’IRDG qui a enclenché des discussions sur ce qu’il convenait de faire pour adapter l’Initiative à un nouveau contexte économique, scientifique et stratégique et tirer profit de synergies avec d’autres acteurs, et ce, dans l’esprit de la Stratégie fédérale en matière de S-T. À la suite de ces discussions, le Groupe de travail interministériel a organisé, en novembre 2008, trois jours d’ateliers pour planifier l’avenir de l’IRDG. Ces ateliers ont réuni 33 représentants des ministères et organismes participant à l’Initiative, en plus de représentants de l’Agence canadienne d’inspection des aliments, de l’Agence de la santé publique du Canada et de Génome Canada. Un comité consultatif sur les fonctions communes, composé de 25 scientifiques fédéraux, a été mis sur pied pour donner des conseils sur les éléments prioritaires à inclure dans le volet « fonctions communes » du modèle. Trois groupes de discussion relevant de ce comité ont aussi été créés pour préciser davantage les domaines prioritaires cernés, soit la bioinformatique, les plateformes technologiques et les collections biologiques. Un autre atelier interministériel a été tenu au printemps de 2009 pour peaufiner les priorités de recherche du modèle et d’autres aspects de la nouvelle approche. Il a attiré 46 participants de l’IRDG et un représentant de Génome Canada. Les ministères ont rédigé des analyses de finalité afin de décrire les domaines prioritaires de recherche en génomique qui les aideraient à remplir leur mandat et à respecter leurs priorités et, ce faisant, ont incité les parties concernées à y prendre part.

Collaborations

Les collaborations sont une partie importante de l’IRDG, comme l’illustrent les tableaux 3 et 4. Le tableau 3 indique les activités de collaboration interministérielle menées dans le cadre de l\xE2\x80\x99IRDG en 2008-2009.

Tableau 3 : Projets de collaboration interministérielle dans le cadre de l’IRDG
Partenaires Domaine de recherche
AAC – CNRC Technologies génomiques avec Brassica – huile biorenouvelable comme nourriture et carburant
AAC – CNRC Mise sur pied d’un « réseau canadien sur les biocarburants et les biofertilisants »
AAC – CNRC Initiative canadienne de séquençage du génome du canola
AAC – CNRC Essais précommerciaux sur le terrain – gènes candidats pour favoriser la production et la vigueur des végétaux
CNRC – EC Biorestauration de sols contaminés
RNCan – AAC Croissance et adaptation de l’épinette
EC – CNRC Génomique microbienne environnementale
EC – MPO Partage des équipements et des espaces de laboratoire
EC – SC Plan de gestion des produits chimiques
EC – AAC Impact des produits pharmaceutiques et des produits de soins personnels sur l’environnement et la santé humaine
EC – SC Projet de recherche en nanotechnologie
EC – CNRC Métagénomique environnementale, séquençage de l’ADN

Le tableau 4 montre l’étendue des collaborations entre les divers partenaires, soit près de 240 en tout, lesquelles ont permis de multiplier l’expertise et les ressources. De nombreux projets impliquent des chercheurs sans attache avec le gouvernement, provenant d’organismes de recherche et d’universités du Canada et de l’étranger. Par exemple, AAC a contribué de façon appréciable aux efforts internationaux de séquençage du génome de Brassica, ce qui lui a permis d’établir de solides liens avec les scientifiques allemands de ce domaine. De plus, son expertise en génomique du blé l’a amené à travailler avec des scientifiques français et à publier un article dans la prestigieuse revue Science.

Tableau 4 : Collaborations par type d’organisation
Type CNRC AAC SC ASPC RNCan EC MPO Total
Universités (canadiennes et étrangères) 13 25 14 23 9 25 15 124
Autres organismes de recherche étrangers - 9 4 - 4 3 5 25
Autres instituts de recherche canadiens 19 - 3 - 4 4 1 31
Secteur privé 15 8 3 - 1 1 14 42
Autres organismes du secteur public - 5 3 - - - 7 15
Total 47 47 27 23 18 33 42 237

Le gouvernement du Canada finance l’organisme sans but lucratif Génome Canada et ses centres régionaux (840 millions de dollars depuis 2000) afin de pousser plus à fond la recherche en génomique de grande envergure et de renforcer la position du Canada sur la scène internationale. Cet investissement a pu être augmenté à plus de 1,7 milliard de dollars grâce au cofinancement des partenaires. La synergie qui s’est établie entre les scientifiques fédéraux participant à l’IRDG et les scientifiques universitaires actifs dans des programmes à grande échelle financés par Génome Canada se renforce au fil des ans. Les scientifiques fédéraux jouent un rôle clé dans le projet Conception d’oléagineux pour les marchés de l’avenir, codirigé par l’Université de l’Alberta et le CNRC, dans le but de développer un génotype du canola permettant d’améliorer la qualité du tourteau pour les marchés importants de l’alimentation des poissons et des animaux. Les liens créés dans le cadre de tels projets sont au cœur de l’établissement de réseaux financés par le Programme d’innovation en matière de bioproduits agricoles (PIBA) d’AAC. Par exemple, le Réseau canadien sur les biocarburants cellulosiques, dirigé par AAC, réunit plus de 40 scientifiques gouvernementaux et universitaires qui visent tous le même but : éliminer les obstacles auxquels se bute l’industrie canadienne du bioéthanol.

Les chercheurs d’AAC et du CNRC chargés d’étudier la Brassica ont collaboré pour concevoir et élaborer une plateforme d’analyse d’expression à haute densité, soit un microréseau qui permet à environ 70 % des gènes du canola d’être analysés en même temps. L’accord de recherche concertée conclu entre le CNRC, AAC, Génome Alberta et quatre partenaires de l’industrie (Cargill Limited, Dow AgroSciences Canada Inc., KWS SAAT Ag et RAPOOL-Ring GmbH) dans le cadre de l’Initiative canadienne de séquençage du génome du canola (CanSeq) a été formalisé en février 2009. Cette collaboration d’envergure a permis au Canada de participer fortement à un projet multinational visant le séquençage de deux chromosomes du génome de Brassica rapa, d’élaborer la séquence préliminaire du génome de Brassica napus et d’identifier la variation des nucléotides dans le génome de Brassica napus.

Le Service canadien des forêts (SCF) de RNCan est un collaborateur important du projet Arborea II, de Génome Canada/Génome Québec, qui vise à identifier les gènes liés à la variation naturelle de la croissance et de la qualité du bois chez une espèce très importante sur le plan économique : l’épinette blanche. Les recherches sont dirigées par des chercheurs de l’Université Laval, et environ le tiers des membres de l’équipe travaillent au SCF. Le SCF collabore également à un projet de Génome Colombie-Britannique et de Génome Alberta sur la génomique du dendroctone du pin ponderosa.

Les scientifiques de l’ASPC collaborent avec des chercheurs et des collègues provinciaux de la santé publique et de l’agriculture des quatre coins du pays pour étudier la virulence de Salmonella lorsqu’elle est exposée aux antimicrobiens.

Capacités de R-D en génomique

Comme l’a confirmé l’évaluation formative effectuée en 2006, la plupart des ministères participants avaient des capacités restreintes de recherche en génomique avant la mise en œuvre de l’IRDG. Les ministères soutenus par l’IRDG sont maintenant en mesure d’entreprendre de la R-D en génomique et de participer à des programmes de grande envergure et à fort impact établis dans le cadre d’accords de collaboration formelle et informelle avec des organismes canadiens et étrangers.

En 2008-2009, l’IRDG a soutenu 392 employés scientifiques et techniques, 63 stagiaires postdoctoraux, 106 étudiants (Ph.D., M.Sc., B.Sc. et programmes coopératifs) et 13 chercheurs invités, soit un total de 547 personnes des domaines scientifique et technique. L’annexe 2 de l’appendice A contient des détails supplémentaires présentés par ministère.

Les ministères ont continué d’investir dans les infrastructures de base, dont des installations pour le séquençage de l’ADN, la protéomique et les microréseaux. Des fonds ont également été alloués pour l’achat, l’entretien et la mise à niveau d’équipement de laboratoire, notamment des équipements PCR en temps réel, des spectromètres ainsi que des stations d’électrophorèse et d’hybridation.

Par exemple, la technologie liée aux microréseaux évolue rapidement et la plupart des scanners de microréseaux achetés initialement en sont maintenant à la 3e ou 4e génération ou sont carrément désuets. Les mises à niveau achetées par SC ont grandement amélioré la résolution et offrent maintenant, sur une seule lame de microscope, plus d’un million de cellules sur la plupart des microréseaux. Les fonds provenant de l’IRDG ont permis au CNRC de faire d’importantes acquisitions : un nanotraceur conçu pour une production à grande capacité et un positionnement des cellules à haute densité et de haute précision pour des quantités aussi faibles qu’un picolitre (10-12 litre), un scanner FMBIO III Plus pour la détection d’échantillons marqués d’un pigment fluorescent, un KingFisher Flex 96 pour le dépistage et la purification des anticorps et un chromatographe ACTA Express pour la purification systématique des protéines recombinantes, qui est employé pour purifier trois familles de pistes thérapeutiques en cours d’analyse.

Recherche et développement

La recherche et le développement sont l’axe central de cette initiative, tout comme les activités entourant la conduite de la R-D, qui sont essentielles pour en assurer la pertinence et l’impact, tels que le transfert des connaissances, des techniques et des produits aux partenaires de recherche et aux utilisateurs finaux, ainsi que la diffusion des résultats de recherche. Dans le Rapport sur les plans et les priorités de 2008-2009, les ministères participants ont établi un ensemble collectif de résultats prévus, soit :

  • réaliser des progrès pertinents du point de vue commercial dans les domaines de la R-D en génomique ayant trait à la santé humaine (p. ex. tests génétiques, diagnostics, applications de la génomique microbienne, traitement et prévention de maladies humaines comme le cancer et les maladies cardiovasculaires, et détection des agents pathogènes);
  • augmenter la valeur des récoltes (céréales, soja, canola) en améliorant l’adaptation des végétaux aux stress biotiques ou abiotiques (p. ex. résistance à la maladie, tolérance à la sécheresse et au froid) et en étudiant le développement et le métabolisme des semences (p. ex. en ce qui concerne la qualité des huiles pour les biocarburants et les applications nutraceutiques);
  • gérer de façon durable les ressources aquatiques par l’utilisation d’outils de génomique, notamment pour gérer l’ouverture des pêches; mieux comprendre la génétique et la structure des populations; étudier plus à fond les réactions comportementales, physiologiques et immunologiques à l’environnement, et gérer les maladies chez les animaux aquatiques;
  • appuyer le système canadien de réglementation dans le domaine de la santé pour permettre l’innovation tout en réduisant les risques pour les Canadiens, grâce à un programme ciblé de R-D en génomique visant à renforcer la recherche dans des domaines prioritaires comme l’information génétique, les produits biotechnologiques, la génomique humaine et la génomique microbienne, afin de favoriser la santé humaine, animale et environnementale;
  • mieux connaître et comprendre les maladies infectieuses et chroniques chez les humains pour trouver des applications en santé publique, notamment l’élaboration de nouveaux outils de diagnostic ou l’amélioration des outils existants;
  • augmenter les connaissances à l’appui de la production d’arbres et de la protection de la forêt et tenir compte des effets sur l’environnement en menant des travaux de R-D en génomique portant sur des espèces et des caractères ayant une importance économique pour le Canada;
  • mettre au point des applications de la génomique pour appuyer les activités de réglementation et d’application des lois dans des domaines clés comme l’évaluation et la gestion des risques environnementaux; l’application des lois et règlements et la conformité; la détection, la surveillance et la prévention de la pollution; la biologie de la conservation et la génétique de la faune; les prévisions et évaluations de la technologie; ainsi que le développement et l’utilisation responsables et durables des bioproduits et des procédés industriels.

La section intitulée Secteurs d’impact de la phase IV de l’IRDG renferme les orientations stratégiques et les domaines de recherche à fort impact sélectionnés pour 2008-2011. Le compte rendu détaillé des résultats atteints en 2008-2009 par rapport aux résultats prévus décrits dans le Rapport sur les plans et les priorités 2008-2009 est présenté à l’annexe 3.

Un objectif important de l’IRDG est de veiller à ce que les chercheurs scientifiques fédéraux continuent de jouer un rôle influent et demeurent des acteurs scientifiques de premier plan dans le domaine en évolution rapide de la génomique. Cet aspect est rendu possible grâce aux publications scientifiques et aux exposés présentés lors de conférences et d’ateliers nationaux et internationaux, ainsi qu’à la participation à des comités et à des réseaux. La liste suivante indique les résultats directs liés aux réalisations en R-D; des renseignements supplémentaires pour chaque ministère/organisme sont disponibles à l’annexe 4 de l’appendice A) :

  • 156 chapitres ou articles dans des revues avec comité de lecture;
  • 107 publications dans des comptes rendus de conférences;
  • 147 présentations sur invitation;
  • 29 rapports techniques;
  • 17 autres publications;
  • 146 présentations en personne et par affiches à des conférences nationales et internationales;
  • 10 chapitres de livre;
  • 10 demandes de brevets;
  • 2 brevets délivrés;
  • 8 accords de transfert de matériel;
  • 47 accords de coopération officiels;
  • 2 livres publiés;
  • 2 bases de données liées à la génomique;
  • de nombreux dépôts dans GenBank (p. ex. Brassica, blé, tordeuse des bourgeons de l’épinette, baculovirus).

Communications

Bien que les trois premiers éléments soient importants pour s’assurer que les bonnes recherches sont menées au bon moment et que les résultats des recherches sont communiqués à la communauté scientifique, il est également important que la génomique soit bien comprise et acceptée par les Canadiens. Les communications directes et indirectes avec la population sont donc un aspect important de l’Initiative; toutefois, les efforts à ce chapitre sont demeurés modestes en 2008-2009. Néanmoins, il y a eu 18 entrevues avec les médias, 11 communiqués de presse et plusieurs présentations communautaires, activités de mobilisation des citoyens, démonstrations, visites et participations à des foires scientifiques et à des événements dans les écoles publiques. De plus, certains ministères tiennent à jour des sites Web publics contenant des renseignements sur les recherches menées dans le cadre de l’IRDG. Des renseignements supplémentaires par ministère/organisme sont présentés à l’annexe 5 de l’appendice A.

Appendice A – Détails supplémentaires sur le rendement

Annexe 1 – Projets financés par l’IRDG, par ministère


Conseil national de recherches Canada

Biopuces pour la compréhension et le diagnostic des maladies humaines
L’objectif de ce projet est de concevoir de nouveaux outils qui permettront de mieux comprendre les processus moléculaires qui sont à la base des maladies de sources pathogènes et génétiques. On vise ainsi à créer de petits appareils de diagnostic efficaces insérés dans une seule puce en silicone (biopuce) qui sont capables de détecter rapidement certains marqueurs pathogènes. Un tel appareil permettra surtout de détecter la présence d’agents infectieux responsables des infections nosocomiales et de cerner les menaces à la salubrité des aliments et de l’eau.

Huile biorenouvelable pour la nourriture et le carburant
Le but de ce projet est d’adopter des approches fondées sur la génomique pour améliorer la productivité, le rendement, la teneur en huile et la tolérance du canola canadien afin de faire face aux demandes nationales et internationales croissantes pour cette récolte essentielle à l’alimentation (l’huile pour la cuisson) et aux applications industrielles et non alimentaires (le biocarburant).

Identification des protéines ciblant le micro-environnement des tumeurs pour applications thérapeutiques
Le but de ce projet est de s’attaquer à la question complexe du traitement du cancer en cernant et en développant un large éventail d’agents thérapeutiques ciblés qui peuvent servir à créer la prochaine génération de cancérothérapies prometteuses et plus efficaces.

Agriculture et Agroalimentaire Canada

Stress biotique
Des travaux dans ce domaine sont en cours pour développer un germoplasme et des variétés résistantes aux maladies et aux insectes nuisibles qui représentent un lourd fardeau économique. Des biologistes moléculaires et des entomologistes cherchent à établir une base moléculaire pour des méthodes faisant appel aux antibiotiques et aux antixénotiques en vue d’augmenter la résistance aux insectes et aux pathogènes.

Stress abiotique
Les programmes de découverte de gènes parallèles dans différents systèmes visent à découvrir des pistes nouvelles et complémentaires afin d’augmenter la tolérance au froid et au gel. La tolérance au froid et à la chaleur ainsi que la résistance au gel sont des caractéristiques essentielles pour presque toutes les cultures et revêtent une importance stratégique cruciale pour le Canada, car elles influent grandement sur la stabilité et le potentiel de rendement.

Attributs de qualité de céréales (blé et mais), d’oléagineux (Brassica/Arabidopsis) et de légumineuses (soja)
Les recherches dans ce domaine portent sur un aspect important de la qualité des graines et visent à déchiffrer les gènes qui contrôlent le développement des graines, la répartition du carbone, la qualité des protéines, la qualité de l’huile, la qualité de l’amidon et l’accumulation de composés antinutritionnels. Parmi les composés des nutraceutiques à l’étude, mentionnons les phytostérols, les anthramides et les glucanes.

Santé Canada

  • Conception et validation d’outils en toxicogénomique et de démarches intégrées en biologie des appareils anatomiques en vue d’une utilisation en toxicologie réglementaire
  • Application de la toxicogénomique et de la protéomique à la salubrité de l’environnement. Identification de biomarqueurs d’exposition et d’effet des agents cancérigènes mutagènes dans des matrices environnementales complexes
  • Utilisation de la souris transgénique p53+/- pour de nouveaux essais biologiques sur le cancer : caractérisation génomique des tissus de souris exposées à des agents cancérogènes génotoxiques ou non génotoxiques
  • Étude des lésions hépatiques induites par l’interféron à l’aide des méthodes de la génomique et de la protéomique
  • Biomarqueurs de l’inhalation de contaminants et des effets de ces contaminants dans l’athérosclérose et l\xE2\x80\x99asthme
  • Évaluation d’éventuels changements transcriptionnels observés dans les lignées cellulaires humaines à la suite d’une exposition aux signaux sans fil (comme ceux émis par les téléphones cellulaires)
  • Études en nutrigénomique pour comprendre le rôle des déterminants génomiques des cellules épithéliales intestinales et de la flore microbienne dans la digestion des fibres alimentaires et des glucides

Agence de la santé publique du Canada

  • Génomique de l’hôte pour étudier la réaction au traitement de l’hépatite C par l’administration d’agents antiviraux
  • Stratégie d’évaluation des risques moléculaires pour les souches d’Escherichia coli produisant la toxine de Shiga autres que la souche O157
  • Élaboration de méthodes en génomique comparative à haut rendement pour étudier l’épidémiologie moléculaire des maladies infectieuses
  • Identification et caractérisation des interactions protéine-protéine dans une cellule hôte d’un virus
  • Influence de la variabilité génétique dans les voies de défense immunitaire innée et le statut en micronutriments sur l’issue des maladies infectieuses en mettant l’accent sur l’infection grippale grave chez les personnes âgées et sur le rôle de la vitamine D
  • Bactériophages et prévention des infections bactériennes communes
  • Micro-ARN et maladie infectieuses : un nouveau mécanisme régulateur de l’interaction hôte-pathogène
  • Utilisation d’un système multiplex parallèle à haut rendement fondé sur la PCR en temps réel pour la détection des pathogènes lors d’essais sur la résistance aux médicaments anti-VIH
  • Études sur la variabilité génétique et la virulence dans les organismes émergents résistants aux antimicrobiens
  • Analyse génomique de « nouvelles » bactéries pathogènes chroniques chez les patients souffrant de fibrose kystique
  • Pyroséquençage et assemblage des quasi-espèces virales

Ressources naturelles Canada

Génomique et protéomique pour identifier les gènes des arbres possédant les caractéristiques recherchées sur le plan commercial
Ce domaine de travail vise à élaborer des méthodes, des outils et des bases de données pour découvrir des arbres possédant les caractéristiques recherchées sur le plan commercial et pour veiller à la conservation des ressources génétiques. Les gènes candidats responsables de la qualité du bois, de la croissance de l’arbre et de sa résistance aux maladies sont caractérisés et communiqués aux généticiens forestiers et à la communauté scientifique. Les projets de recherche sont les suivants :

  • Découverte des gènes contrôlant les attributs du bois et de la fibre de l’épinette blanche et noire et établissement de marqueurs génétiques pour la sélection des arbres possédant les caractéristiques souhaitées
  • Génomique fonctionnelle de l’épinette
  • Relevé du génome pour révéler certains « îlots de gènes » sous-jacents à la croissance et à l’adaptation de l’épinette
  • Isolement et identification des gènes de défense, et marqueurs moléculaires liés à la résistance du Pinus monticola aux maladies causées par le champignon de la rouille vésiculeuse
  • Comprendre la réaction de défense des arbres grâce à la génomique

Comprendre les interactions génétiques hôte-pathogène pour améliorer la durabilité et la productivité
Ce domaine de travail vise à renforcer les connaissances de base sur les parasites des forêts et leurs agents pathogènes. La génomique permet de comprendre le mode d’action des pathogènes, la spécificité d’hôte, les interactions hôte-pathogène, l’écologie et l’incidence sur les populations hôtes. Ces connaissances permettent de poursuivre la recherche de nouveaux ingrédients actifs et de cibles pour la nouvelle génération de biopesticides et les agents de biocontrôle nouveaux et améliorés. Les technologies moléculaires novatrices permettant l’identification et le dépistage des parasites sont également examinées et transférées aux utilisateurs finaux du Canada et de l’étranger pour assurer la surveillance des maladies et des parasites, ainsi que la certification phytosanitaire. Les projets de recherche sont les suivants :

  • Régulation protéomique des interactions entre le virus et les larves
  • Dépistage moléculaire des agents pathogènes des coléoptères nuisibles indigènes et étrangers.
  • Génomique comparative des insectes forestiers phyllophages : de l’ADN à l’atténuation
  • Génomique des pathogènes fongiques des arbres
  • Génomique sensorielle de l’agrile du frêne (AF) : exploration des récepteurs olfactifs permettant de trouver un hôte et un partenaire
  • Résistance du douglas de Menzies à la maladie des racines et à d’autres agents stresseurs

Environnement Canada

  • Conception et optimisation de microréseaux d’ADN novateurs utilisés dans la surveillance des effets environnementaux
  • Application de la génomique pour faire le suivi des sources microbiennes et l’évaluation de la pollution microbienne des eaux
  • Toxicogénomique aquatique des produits émergents : nano/biotechnologie
  • Validation d’outils de génomique pour la prévision des effets environnementaux : réaction du poisson aux sédiments contaminés
  • Application de la génomique dans l’évaluation des risques pour l’environnement des organismes génétiquement modifiés et autres produits de la biotechnologie
  • Mise au point et normalisation de méthodes d’essais faisant appel à des techniques de génomique environnementale
  • Technologies d’expression des gènes : application à la toxicologie de la faune
  • Élaboration et validation d’un réseau toxicogénomique pour le homard : corrélation entre les profils d’expression génique et les paramètres toxicologiques classiques liés à l’exposition à des contaminants
  • Outils de toxicogénomique aquatique pour l’évaluation des risques et des effets environnementaux des produits chimiques et des mélanges complexes
  • Mise au point et application de nouvelles techniques génomiques à microréseaux pour la détection de micro-organismes environnementaux dans les eaux usées
  • Comportement reproducteur et historique de la population de la paruline polyglotte, oiseau qui figure sur la liste des espèces protégées en Colombie-Britannique : étude pilote
  • Mise en place de techniques d’évaluation moléculaire pour les maladies infectieuses en émergence chez les amphibiens indigènes; comparaison des techniques de laboratoire et d’échantillonnage
  • Diversité génétique comparative de la pie-grièche migratrice sauvage et de celle vivant en captivité
  • Génétique de la conservation de l’océanite cul-blanc
  • Génétique de la conservation du fou de Bassan
  • Génétique de la conservation de la grive vraie de Haida Gwaii
  • Hybridation entre le loup ordinaire de l’Est (Canis lycaon) et les autres canidés :

exemple d’évolution contemporaine dans les paysages modifiés par l’homme

  • Caractérisation génétique de souches de Pasteurella multocida isolées à partir d’épidémies de choléra aviaire étendues dans tout le Canada
  • Discrimination dans la capture des populations de bernaches du Canada en Ontario
  • Caractérisation et séquençage du virus de la grippe aviaire présent chez les oiseaux de l’est de Terre-Neuve
  • Mouvements interinsulaires du cerf mulet introduit à Haida Gwaii

Pêches et Océans Canada

Surveillance fondée sur la génomique pour faciliter la gestion de deux pêches importantes :

  • Utilisation de la génétique pour améliorer la conservation des bélugas (Delphinapterus leucas) dans l’ouest de l’Arctique canadien
  • Génomique de la capacité de migration du saumon sauvage

Meilleure compréhension de la génétique et de la structure des populations de certaines pêches importantes sur le plan économique :

  • Génomique de la conservation du saumon de l’Atlantique à Terre-Neuve-et-Labrador : évaluation des différences génétiques entre les lignées sauvages et issues de l’aquaculture et analyse de la structuration génétique en vue de cerner l’importante biodiversité au sein des espèces
  • Discrimination des populations de capelans dans le nord-ouest de l’Atlantique
  • Identification des espèces et de la structure des stocks de sébastes (Sebastes sp.) à partir de l’analyse génétique des otolithes archivés
  • Identification de la diversité génétique et de la structure des populations de Dolly Varden dans l’ouest de l’Arctique
  • Investissements dans le laboratoire des services de biotechnologie aquatique de l’Institut d’océanographie de Bedford

Meilleure compréhension des réactions comportementales, physiologiques et immunologiques à l’environnement :

  • Caractérisation microbienne de l’eau extraite et de son influence sur la communauté microbienne du milieu marin entourant la plateforme de production Hibernia
  • Application de marqueurs génétiques pour effectuer l’identification des espèces aquatiques envahissantes et connaître la structure de leurs populations

Gestion des maladies des animaux aquatiques, aspect important pour les pêches sauvages et l’industrie de l’aquaculture :

  • Fonction immunitaire du saumon et résistance aux maladies causées par le virus de l’anémie infectieuse du saumon (VAIS) – phase 2
  • Effets des milieux d’élevage à l’état sauvage et en captivité, et des parasites et pathogènes qui y sont associés, sur la diversité et la nature de la variation génétique chez le saumon de l’Atlantique
  • Interactions hôte-parasite : une démarche de génomique fonctionnelle pour caractériser les réactions des salmonidés au pou du saumon

Annexe 2 – Personnel hautement qualifié (PHQ), par ministère


Conseil national de recherches Canada
171 chercheurs et techniciens étaient actifs dans le cadre de l’Initiative :

  • 35 agents de recherche
  • 62 agents techniques
  • 48 associés de recherche
  • 6 chercheurs invités
  • 20 étudiants

Agriculture et Agroalimentaire Canada
135 chercheurs et techniciens étaient actifs dans le cadre de l’Initiative :

  • 75 membres du personnel scientifique et technique (16 professeurs auxiliaires dans 7 universités)
  • 27 stagiaires postdoctoraux
  • 4 chercheurs invités
  • 29 étudiants universitaires (finissants)

Santé Canada
55 chercheurs et techniciens étaient actifs dans le cadre de l’Initiative :

  • 16 chercheurs principaux
  • 14 employés embauchés pour une période indéterminée
  • 10 employés techniques
  • 5 stagiaires postdoctoraux
  • 10 étudiants universitaires (1 au doctorat, 2 à la maîtrise et 7 au premier cycle)

Agence de la santé publique du Canada
42 chercheurs et techniciens étaient actifs dans le cadre de l’Initiative :

  • 17 chercheurs principaux
  • 8 employés techniques
  • 8 stagiaires postdoctoraux
  • 9 étudiants universitaires

Ressources naturelles Canada
89 chercheurs et techniciens étaient actifs dans le cadre de l’Initiative :

  • 12 chercheurs
  • 31 biologistes/techniciens
  • 21 stagiaires postdoctoraux
  • 3 chercheurs invités
  • 22 étudiants universitaires (12 au doctorat et à la maîtrise, 10 au premier cycle)

Environnement Canada
33 chercheurs et techniciens étaient actifs dans le cadre de l’Initiative :

  • 16 chercheurs
  • 2 professionnels de la recherche
  • 2 techniciens en recherche
  • 1 chimiste
  • 2 stagiaires postdoctoraux
  • 10 étudiants (2 au doctorat, 2 à la maîtrise, 6 au premier cycle)

Pêches et Océans Canada
49 chercheurs et techniciens étaient actifs dans le cadre de l’Initiative :

  • 23 chercheurs
  • 20 employés techniques
  • 6 étudiants

Annexe 3 – Résultats prévus et résultats obtenus (2008-2009)


Résultat prévu 1

Réaliser des progrès pertinents du point de vue commercial dans les domaines de la R-D en génomique ayant trait à la santé humaine (p. ex. tests génétiques, diagnostics, applications de la génomique microbienne, traitement et prévention de maladies humaines comme le cancer et les maladies cardiovasculaires, et détection des agents pathogènes).

Résultat obtenu 1

L’un des buts du projet des biopuces du CNRC est de concevoir des dispositifs intégrés qui permettent de dépister rapidement les pathogènes au point de service en s’appuyant sur leur signature génomique. Le succès de ces appareils repose sur la création de micropuces de détection possédant la sensibilité et la capacité d’analyse requises pour permettre la prise de décisions cliniques judicieuses. En 2008-2009, l’équipe des biopuces a déterminé les conditions permettant simultanément l’amplification par réaction en chaîne de la polymérase (PCR) et l’hybridation des molécules cibles sur les puces, ce qui permet de détecter un pathogène grâce à la présence de moins de cinq molécules de sa séquence d’ADN, et ce, avec une précision permettant de distinguer la discordance d’un seul nucléotide. Ces progrès portent la sensibilité de la micropuce à l’intérieur de la fourchette clinique utile de moins de dix molécules de pathogène par micropuce et représentent une percée dans la concrétisation de l’amplification par PCR, de l’hybridation et de la détection d’échantillons en temps réel.

Le projet du CNRC sur le cancer a pour objectif de dresser une liste d’agents protéiniques capables de cibler des tumeurs cancéreuses et qui pourraient éventuellement servir à la création de médicaments contre le cancer. En juillet 2008, Alethia Biotherapeutics, une société canadienne de biotechnologie prenant part à la recherche et au développement de traitements en réponse à des besoins médicaux non comblés, a signé une option en vue de l’acquisition d’une licence sur des anticorps monoclonaux spécifiques de la clustérine développés par l’équipe du projet. En 2008-2009, des études menées sur des animaux vivants ont démontré que trois des anticorps de la clustérine réduisent de manière importante la production de nodules métastatiques. De plus, on a réussi à isoler un peptide favorisant l’agglutination de la clustérine qui s’est révélé efficace comme agent d’imagerie optique des cellules tumorales dans des modèles animaux. Une demande de brevet provisoire a été déposée.

Résultat prévu 2

Augmenter la valeur des récoltes (céréales, soja, canola) en améliorant l’adaptation des végétaux aux stress biotiques ou abiotiques (p. ex. résistance à la maladie, tolérance à la sécheresse et au froid) et en étudiant le développement et le métabolisme des semences (p. ex. en ce qui concerne la qualité des huiles pour les biocarburants et les applications nutraceutiques).

Résultat obtenu 2

Au sein d’une équipe de 23 chercheurs provenant de six pays, des scientifiques d’AAC ont aidé à construire une carte de restriction pour le chromosome 3B du blé, ce qui constitue la première étape vers le séquençage du tout premier chromosome du blé. Puisque la taille de chaque chromosome du blé équivaut environ à la taille du génome complet du riz, le séquençage du blé est donc un projet colossal. Le savoir-faire d’AAC en cartographie génique a été mis à contribution par des collègues de l’INRA (France) afin de classer plus de 1 400 marqueurs génétiques du chromosome 3B, travail préalable essentiel au séquençage futur du chromosome. Les travaux menés dans le cadre de ce projet ont fait l’objet d’un article dans la prestigieuse revue Science.

Champignon pathogène à la source de maladies graves des céréales comme le blé, l’orge et le maïs, le Fusarium graminearum produit un certain nombre de toxines qui s’accumulent dans le grain infecté. Les chercheurs ont réussi à identifier des centaines de protéines du fusarium présentes lorsque le champignon est induit afin de synthétiser ces mycotoxines. À l’aide de la protéomique, 72 protéines ont ainsi été liées à la production de toxines. Elles ont fourni quelques pistes de solution dans la recherche des mécanismes de la maladie et permis la découverte de nouveaux antifongiques.

Le Sclerotinia sclerotiorum est un agent pathogène des plantes qui infecte d’importantes cultures, dont le canola, le soja et le tournesol. Il sécrète tout un ensemble d’enzymes qui détruisent le tissu végétal, notamment des polygalacturonases. La plupart des plantes ne disposent que d’un ensemble limité de protéines inhibitrices de la polygalacturonase (PIPG) qui peuvent désactiver cette enzyme sécrétée par les agents pathogènes. Les scientifiques d’AAC ont caractérisé un ensemble diversifié de 16 gènes des PIPG ducanola. Plusieurs de ces gènes ont réagi à l’infection au S. sclerotiorum ou à d’autres sources de stress. Le grand nombre de gènes des PGIP et les différentes manières dont ils sont pris en charge permettent vraisemblablement de s’assurer que le canolapeut répondre aux attaques d’une foule de pathogènes et d’organismes nuisibles. Ces gènes sont actuellement examinés afin d’établir leur capacité à créer de la résistance aux maladies causées par les pathogènes fongiques.

Les baculovirus s’avèrent efficaces pour contrôler les insectes de façon ciblée et sont non nuisibles pour les organismes non visés et les humains. Comme les baculovirus ont été identifiés dans de nombreux insectes de grande importance économique, ils représentent une excellente ressource en vue du développement futur d’insecticides organiques. Le baculovirus Autographa californica nucleopolyhedrovirus est celui qui possède le plus large éventail d’organismes hôtes connus. Les scientifiques ont examiné les gènes présents dans toutes les espèces de baculovirus dont la séquence génétique a été complètement établie à ce jour, puisqu’ils peuvent avoir un rôle crucial à jouer dans la réplication du virus. En effet, la suppression de certains de ces gènes a empêché la réplication virale. Ces nouvelles connaissances permettront une utilisation améliorée de ces agents naturels pour contrôler les populations d’insectes.

L’équipe du projet Huile biorenouvelable pour la nourriture et le carburant du CNRC travaille actuellement à la caractérisation de 29 gènes qui pourraient jouer un rôle important dans l’amélioration du rendement des cultures de canola. Les gènes candidats d’élite seront intégrés aux programmes de précommercialisation. Cinq prototypes ont fait l’objet d’essais sur le terrain, en collaboration avec AAC. Comparativement aux populations de contrôle, les deux prototypes ont confirmé qu’ils amélioraient la teneur en huile et un prototype a confirmé qu’il causait une floraison précoce et augmentait la taille des graines. On a établi une collaboration internationale formelle avec des chercheurs d’Allemagne, des Pays-Bas, de la Chine et de l’Inde.

Résultat prévu 3

Gérer de façon durable les ressources aquatiques par l’utilisation d’outils de génomique, notamment pour gérer l’ouverture des pêches; mieux comprendre la génétique et la structure des populations; étudier plus à fond les réactions comportementales, physiologiques et immunologiques à l’environnement, et gérer les maladies chez les animaux aquatiques.

Résultat obtenu 3

À la suite d’un concours tenu pour choisir les projets aptes à concrétiser le mieux les priorités et résultats stratégiques du Ministère, les douze projets décrits ci-dessous ont été amorcés durant l’exercice 2008-2009.

1- Dans le cadre de l’IRDG, le MPO a entrepris des activités qui visent à utiliser la surveillance fondée sur la génomique pour faciliter la gestion de deux pêches importantes.

Surveillance fondée sur la génomique des bélugas (Delphinapterus leucas) à l’intérieur et dans les environs des sites pilotes des zones de protection marines de la mer de Beaufort.
Les bélugas de la mer de Beaufort constituent une importante pêche de subsistance pour les populations inuites locales, qui en pêchent en moyenne 111 par année, selon les données sur les prises débarquées au Canada entre 1990 et 1999. Cette étude a été entreprise pour déterminer la structure des populations de bélugas de façon à en maximiser la viabilité grâce à un plan de capture fondé sur des données scientifiques fiables permettant de s’assurer que cette pêche importante demeure ouverte et productive. Puisque les bélugas sont également capturés en Alaska, ce qui double les pressions qui s’exercent sur eux, cette étude revêt une importance particulière. Une meilleure compréhension de la structure des populations de bélugas est importante dans le cadre d’une proposition de nouvelle zone marine protégée, pour qu’elle contribue bel et bien à leur conservation.

Génomique de la capacité de migration du saumon sauvage
Les pratiques de gestion de la pêche du saumon subissent actuellement une transformation radicale en Colombie-Britannique, en partie à cause du déclin de nombreux stocks et de la difficulté de plus en plus grande de prévoir l’échappée vu l’évolution rapide du milieu environnemental. On a recours aux technologies génomiques pour déterminer la capacité de migration du saumon de la rivière Fraser. Ces travaux permettront aux gestionnaires des pêches de déterminer les populations qui sont suffisamment fortes pour être pêchées au retour de leur cours d’eau d’origine et celles qui ne parviendront pas à revenir de leur frai en raison d’une capacité diminuée.

2- Le MPO a entrepris plusieurs projets pour mieux comprendre la génétique et la structure des populations de certaines pêches de grande importance économique, notamment les suivants :

Identification génétique du saumon de l’Atlantique à Terre-Neuve-et-Labrador provenant des lignées sauvages et issues de l’aquaculture
À l’échelle mondiale, on estime que 2 millions de saumons de l’Atlantique d’élevage s’échappent chaque année. La plupart de ces échappées surviennent dans des régions où les populations sauvages sont beaucoup plus nombreuses que les saumons d’élevage gardés en cages et dans les écloseries. Compte tenu des rigueurs de l’environnement dans certaines régions d’élevage, comme à Terre-Neuve, il est impossible d’éviter un certain degré d’échappée. Puisque la sélection artificielle des stocks d’aquaculture vient modifier les profils d’expression génique, le flux génétique des poissons d’élevage échappés peut affecter l’intégrité génétique des populations sauvages des environs. Ces travaux permettront de déterminer s’il y a introgression de gènes provenant du stock de poissons de l’aquaculture dans les populations sauvages, puis d’entreprendre la surveillance d’éventuelles répercussions.

Discrimination des populations de capelans dans le nord-ouest de l’Atlantique
La structure génétique des stocks de capelans n’a jamais été clarifiée malgré l’important rôle que joue cette espèce, tant sur le plan écologique en tant que principale espèce de poisson fourragère que sur le plan économique pour la pêche commerciale. Au cours des dernières années, le capelan est retourné sur les plages du Labrador pour frayer. On ne sait pas si cette réapparition est attribuable à une recolonisation des populations du Sud ou à une expansion de celles de l’Arctique, deux possibilités ayant un lien avec le changement climatique. Lors d’études récentes, on a décelé des barrières génétiques entre les plages du Platier, du Plateau néo-écossais et de Terre-Neuve. Puisque le capelan est l’une des principales espèces fourragères, ces travaux visent à faire la distinction génétique entre les diverses populations de capelan en âge de se reproduire afin d’aider les décideurs à prendre des mesures en matière de gestion des écosystèmes.

Identification des espèces et de la structure des stocks de sébastes (Sebastes sp.) à partir de l’analyse génétique des otolithes archivés
Le sébaste est une espèce à croissance lente dont la durée de vie est longue. La réussite de son recrutement est très variable et survient à tous les 5 à 12 ans. Dans le nord-ouest de l’Atlantique, il n’y a presque pas eu de recrutement important depuis 20 ans, et la plupart des stocks sont appauvris ou épuisés. Il est donc important de déterminer les caractéristiques génétiques de ces espèces sur des décennies, surtout durant les périodes où la taille des populations et les tendances en matière de recrutement ont subi de grandes transformations. Ces travaux nous sont essentiels pour comprendre l’écologie de ces espèces et donner les meilleurs conseils possibles pour la gestion et la conservation de ces ressources dans le cadre d’une démarche préventive.

Diversité génétique despopulations sauvages d’omble chevalier dans l’Arctique
Le Dolly Varden est une espèce d’omble chevalier présente dans l’ouest de l’Amérique du Nord. On trouve au moins deux sous-espèces et peut-être deux autres sous-espèces encore plus distinctes partout sur ce territoire. Dans le nord-ouest de l’Arctique canadien, cette espèce nordique n’est présente que dans les rivières du nord-ouest de la région composée des deux Territoires (Territoires du Nord-Ouest et Yukon) : une population côtière connue provenant de cinq rivières et deux autres populations connues à l’intérieur des terres. Par cette étude, on cherche à mieux comprendre la complexité taxonomique, la diversité génétique et le mélange côtier des populations afin de faciliter et de documenter la prise des mesures de conservation, d’évaluation et de gestion qui s’imposent.

Parallèlement aux projets entrepris, le MPO a fait des investissements dans son laboratoire des services en biotechnologie aquatique de l’Institut d’océanographie de Bedford.
Avant la création du Laboratoire de biotechnologie aquatique (LBA), la région des Maritimes ne disposait que des services en biotechnologie offerts dans le cadre de programmes de recherche individuels. De nombreux chercheurs n’y avaient donc pas accès. Le LBA a été mis sur pied à l’Institut d’océanographie de Bedford et sert d’installation de base aux chercheurs du MPO qui souhaitent disposer des outils en biotechnologie pour répondre à leurs questions sans devoir établir leur propre laboratoire. Cette ressource est mise à la disposition des chercheurs qui doivent intégrer les technologies de la génomique à leurs études, mais qui n’ont pas cette capacité à portée de main. Le LBA appuie un certain nombre de projets de cette phase.

3- Plusieurs nouveaux projets nous permettront de mieux comprendre les réactions comportementales, physiologiques et immunologiques à l’environnement, notamment les suivants :

Caractérisation microbienne de l’eau extraite et de son influence sur la communauté microbienne du milieu marin entourant la plateforme de production Hibernia
Il faut déterminer les effets à long terme des activités pétrolières menées sur notre plateau continental et dans l’Arctique si nous voulons adopter et renforcer une gestion responsable de nos ressources naturelles. L’apparition des techniques moléculaires et leur application dans le domaine de l’écologie microbienne permettent la caractérisation de l’ensemble des communautés microbiennes et la surveillance des modifications subies par la structure de ces communautés à la suite d’un stress ou d’une récupération après une agression. Puisque les microorganismes jouent un rôle essentiel dans les processus globaux, que ce soit en recyclant les matières dans l’air, l’eau et le sol ou en causant ou empêchant la maladie chez les plantes, les animaux et les humains, il est crucial de surveiller sans relâche ces acteurs clés. Ce projet permettra d’appliquer et d’adapter les techniques moléculaires afin d’établir le caractère et le profil des changements survenus dans la structure et la fonction des communautés microbiennes indigènes, puis de déterminer si le rejet à la mer de l’eau extraite a une incidence sur l’écosystème naturel entourant les plateformes de production pétrolière et gazière en mer. L’eau extraite sera également caractérisée afin de savoir si elle contient certains microorganismes uniques qui pourraient servir de traceurs en vue d’étudier l’incidence microbiologique du rejet de l’eau extraite sur l’écosystème environnant en milieu marin.

Application de marqueurs génétiques pour effectuer l’identification des espèces aquatiques envahissantes et connaître la structure de leurs populations
Partout dans le monde, les espèces envahissantes représentent l’une des plus grandes menaces à la biodiversité et à la santé des écosystèmes. La gestion et l’atténuation des répercussions qu’entraînent les espèces envahissantes reposent sur la capacité d’identifier ces espèces, y compris leur forme larvaire ou juvénile, et sur la compréhension de leurs modes de dispersion. Dans le cas des espèces envahissantes, cette dispersion peut être naturelle ou induite par l’homme et peut survenir sur de longues distances selon le site d’introduction et la durée de l’état larvaire. Dernièrement, en ce qui concerne le milieu marin, on a porté une attention particulière aux tuniciers, en raison de leurs effets néfastes sur l’aquaculture des mollusques. L’établissement de marqueurs moléculaires fournira les outils nécessaires pour résoudre ces problèmes. Une fois combinées aux données sur les déplacements de cause humaine, les données sur la génétique des populations devraient offrir des possibilités de gestion et de politiques mieux ciblées.

4- La gestion des maladies des animaux aquatiques est importante tant pour les pêches sauvages que pour l’industrie de l’aquaculture. Les recherches du MPO menées dans le cadre de l’IRDG portent encore sur des sujets tels que :

Fonction immunitaire du saumon et résistance aux maladies causées par le virus de l’anémie infectieuse du saumon
Le virus de l’anémie infectieuse du saumon (VAIS) figure parmi les principaux agents pathogènes du saumon de l’Atlantique et, malgré les efforts visant à le contenir et à contrôler sa propagation, il continue d’entraîner de lourdes pertes à l’industrie de l’aquaculture dans le Canada atlantique. Un nombre accru d’isolats du VAIS distincts sur le plan génétique continuent d’être identifiés. Les mécanismes viraux qui mènent soit à la mort du poisson soit à sa survie et à sa résistance ne sont pas bien compris du point de vue immunitaire ou moléculaire. Afin de mieux comprendre ces mécanismes, l’étude examinera la réaction immunitaire et les modes d’expression génétique globaux du poisson après une exposition aux isolats du VAIS.

Effets des milieux d’élevage à l’état sauvage et en captivité, et des parasites et pathogènes qui y sont associés, sur la diversité et la nature de la variation génétique chez le saumon de l’Atlantique
Le saumon de l’intérieur de la baie de Fundy, en voie de disparition, est actuellement maintenu dans des conditions de captivité et mi-sauvages afin d’empêcher sa disparition imminente. Toutefois, l’élevage en captivité peut entraîner la perte de variation génétique et de valeur sélective. Selon des études, les programmes de rétablissement actuels réduisent au minimum la perte de variation génétique neutre. Leur capacité de préserver la variation potentiellement adaptative reste cependant à évaluer. En étudiant les degrés de variation au fil des ans (chez les parents et la descendance), il est possible d’évaluer les taux de perte de la variation des gènes de classe II du complexe majeur d’histocompatibilité (CMH), puis de les comparer avec les données existantes provenant des marqueurs génétiques neutres chez les mêmes poissons. En comparant les taux de perte de variation génétique, et les types d’allèles du CMH II, les effets de la reproduction en captivité sur la perte d’une variation génétique qui n’est pas neutre peuvent être cernés.

Interactions hôte-parasite : une démarche de génomique fonctionnelle pour caractériser les réactions des salmonidés au pou du saumon
Le pou du saumon (Lepeophtheirus salmonis) est un parasite commun chez les saumons sauvages et d’élevage qui a de lourdes conséquences économiques. Il est donc très important, tant pour l’industrie salmonicole que pour la pêche du saumon sauvage, que ces interactions soient caractérisées afin d’atténuer les risques de dommages à l’une ou l’autre de ces populations. Les données préliminaires obtenues à partir d’échantillons combinés de saumon de l’Atlantique, de saumon kéta et de saumon rose révèlent des différences dans les profils d’expression génétique après une exposition à L. salmonis. Cette information peut servir à élaborer des plans de saine gestion visant à optimiser les stratégies de contrôle du pou du poisson afin de réduire le risque de transfert entre les populations sauvages de salmonidés et celles issues de l’aquaculture.

Résultat prévu 4

Appuyer le système canadien de réglementation dans le domaine de la santé pour permettre l’innovation tout en réduisant les risques pour les Canadiens, grâce à un programme ciblé de R-D en génomique visant à renforcer la recherche dans des domaines prioritaires comme l’information génétique, les produits biotechnologiques, la génomique humaine et la génomique microbienne, afin de favoriser la santé humaine, animale et environnementale. Mieux connaître et comprendre les maladies infectieuses et chroniques chez les humains pour trouver des applications en santé publique, notamment l’élaboration de nouveaux outils de diagnostic ou l’amélioration des outils existants.

Résultat obtenu 4

Des travaux ont été entrepris pour générer, résumer et traduire de nouvelles connaissances sur la génomique humaine et les pathogènes afin de resserrer la surveillance des maladies infectieuses, les prévenir et les contrôler au moyen de certaines applications (diagnostics, évaluation des risques moléculaires, vaccins, stratégies d'intervention, atténuation de la résistance antimicrobienne) et afin de développer des applications pour diagnostiquer et prévenir les maladies et promouvoir la santé par une sélection génétique prédictive ou une modulation des interactions gène environnement.

En 2008-2009, les recherches en génomique menées au sein de l’ASPC avaient encore pour but la conception et l’application d’outils propres aux disciplines en « omique » pour réduire l’exposition aux agents pathog\xC3\xA8nes alimentaires. Par exemple, on a élaboré une démarche généralisée visant à tracer l’empreinte génétique des bactéries pathogènes à l’aide de la génomique comparative. Cette démarche sert à concevoir un ensemble d’essais pouvant être adaptés à diverses plateformes existantes et nouvelles, ce qui offre une gamme de solutions qui peuvent être personnalisées selon les ressources de laboratoire disponibles. On a aussi conçu un programme informatique permettant d’analyser les données sur la séquence des génomes et de faciliter l’élaboration d’essais. D’ailleurs, plusieurs essais pour détecter la présence des bactéries Campylobacter jejuni, Escherichia coli producteur de vérotoxine(ECPV), Listeria monocytogenes et Helicobacter pylori en sont à diverses étapes d’élaboration. La méthode est actuellement mise à l’essai sur le terrain par des collaborateurs de PulseNet Canada et du Centre for Disease Control de la Colombie-Britannique. D’autres travaux sur de nouvelles plateformes ont également été entrepris, une série d’essais de prototypes ont été conçus et fabriqués, alors que des protocoles ont été établis et validés.

La bactérie Escherichia coli productrice de toxine de Shiga (ECTS) peut causer des épidémies massives et le syndrome hémolytique et urémique, potentiellement fatal. Bien que la souche O157:H7 soit le sérotype d’ECTS le plus commun, on a détecté partout dans le monde plus de 200 isolats virulents autres que la souche O157 qui sont associés à la maladie humaine. Même si certaines souches autres que O157 peuvent être tout aussi fatales, d’autres ne semblent causer qu’une légère diarrhée ou ne sont associées à aucune maladie humaine. L’absence de données sur la séquence complète du génome de l’ECTS autre qu’O157 empêche la découverte scientifique de la base génétique liée à ces différences de virulence. Les recherches menées à l’ASPC visent à identifier les éléments génétiques essentiels de l’ECTS et les facteurs de virulence associés aux maladies graves et aux épidémies. Elles permettront l’élaboration d’une stratégie d’évaluation des risques moléculaires à l’aide de certains tests diagnostiques basés sur les acides nucléiques afin d’identifier les nouvelles souches d’ECTS autres que la souche O157 qui présentent une menace grave à la santé humaine, puis d’y réagir rapidement.

Les projets du Portefeuille de la Santé ont continué de miser sur une initiative de recherche existante se concentrant sur l’évaluation de la toxicogénomique environnementale. La toxicogénomique est l’application des méthodes génétiques à l’étude de la toxicologie. De nouvelles technologies matricielles ont été utilisées pour identifier les sites de liaison à l’ADN des récepteurs thyroïdiens, ce qui a mené à l’élaboration d’un essai à haut rendement portant sur la détection des produits chimiques qui peuvent perturber cette liaison et entraîner la maladie. Ces travaux ont mis en lumière les mécanismes menant aux effets neurodéveloppementaux de l’hypothyroïdisme et fourni des cibles d’analyse chez les humains. On a établi un profil transcriptionnel global pour comparer l’efficacité d’un modèle de culture cellulaire afin de tenir compte de la réponse in vivo, ce qui a permis de valider l’outil in vitro. Les résultats obtenus en 2008-2009 ont donné certaines pistes concernant les modifications de l’expression des gènes à la suite d’une exposition à des substances toxiques. Plusieurs types de toxines et de contaminants environnementaux ont été examinés à l’aide de la technologie des microréseaux, dans un essai « pangénomique » visant à détecter les changements induits dans l’expression des gènes, la méthylation de l’ADN et le micro-ARN, ce qui a permis l’élaboration de modèles concernant leurs modes d’action et leurs effets possibles sur la santé. Par exemple, deux articles ont avancé des modèles pour de nouveaux biomarqueurs et des modèles pour les mécanismes d’action menant à une maladie cardiopulmonaire chez les fumeurs. D’autres travaux en toxicogénomique et en protéomique menés lors d’expériences portant sur l’exposition aux particules ont révélé que l’inhalation de particules provenant de l’échappement des diesels et du noir de carbone n’induit pas une réaction immunitaire de phase aiguë dans le foie des souris. Ils ont cependant révélé l’importance cruciale de bien comprendre les effets du stress dans la caractérisation de la réaction pulmonaire à l’aide d’expériences par inhalation nasale seulement.

En 2008-2009, la recherche s’est concentrée sur le développement de nouvelles technologies de diagnostic applicables autant à la surveillance et au dépistage à grande échelle qu’à l’observation clinique. Par exemple, on a entrepris le développement d’un microréseau à haute densité basé sur la PCR en temps réel qui permet de tester de façon rapide et économique la résistance aux médicaments contre le VIH (applicable autant à la surveillance et au dépistage à grande échelle qu’à l’observation clinique). Les 52 jeux de sondes et d’amorces nécessaires pour détecter la mutation responsable de cette résistance sont maintenant conçus. Tous les plasmides de contrôle contenant les mutations liées à la résistance aux médicaments anti-VIH ont été désignés et synthétisés. Les travaux menés actuellement ont trait à l’optimisation et à la validation des sondes et des amorces par rapport aux réactifs de contrôle. Ensuite, on verra notamment à valider les réactions dans les conditions d’un nanolitre.

D’autres scientifiques étudient les principales réactions divergentes (phénotypes cliniques) au traitement d’une infection au virus de l’hépatite C par l’administration d’agents antiviraux : celle des « répondeurs » et celle des « non-répondeurs », puisqu’une proportion importante des patients infectés ne répondent pas au meilleur traitement antiviral disponible à l’heure actuelle. De nombreuses études ont démontré que les résultats thérapeutiques sont influencés par la génétique du patient. Les scientifiques utilisent des technologiques de pointe, notamment les microréseaux d’ADN à haute densité, le séquençage de l’ADN et la bioinformatique, afin d’identifier les polymorphismes génétiques de l’hôte candidat (biomarqueurs) associés à la réaction au traitement.

La majorité des personnes souffrant de fibrose kystique sont colonisées par le bacille pyocyanique (Pseudomonas aeruginosa); cependant, leurs infections respiratoires sont de nature polymicrobienne. Le rôle des bactéries de la flore oropharyngienne a été examiné et, selon certaines études cliniques récentes, les niveaux du groupe Streptococcus milleri contribuent aux exacerbations respiratoires aiguës chez certains patients atteints de fibrose kystique. À l’heure actuelle, il n’existe aucun test ou outil diagnostique fiable pour évaluer le niveau d’isolats pathogènes du groupe S. milleri dans les infections pulmonaires chroniques. Les scientifiques de l’ASPC continuent d’évaluer les génomes bactériens de chaque espèce du groupe S. milleri afin de faciliter l’établissement de cibles pour les méthodes diagnostiques et thérapeutiques à utiliser chez les patients souffrant de fibrose kystique.

Les chercheurs de l’ASPC se proposent d’identifier les polymorphismes génétiques associés à une infection grave à l’influenza à l’aide d’une stratégie d’association pangénomique chez 2 000 adultes (1 000 cas et 1 000 contrôles) dont le résultat positif au test de dépistage de l’influenza a été confirmé en laboratoire. Un vaste réseau de recrutement comprenant quelque 20 hôpitaux en Ontario et le laboratoire provincial de santé publique à Calgary (Alberta) a été mis sur pied et on est en train d’effectuer des prélèvements. Des efforts de recrutement sont également consentis dans d’autres provinces ainsi qu’au sein de l’Union européenne.

Les chercheurs de l’ASPC ont étudié plus à fond les molécules régulatrices nouvellement découvertes qui sont produites à la suite d’une infection virale et à prion et qui contribuent à la régulation des réactions immunitaires inn\xC3\xA9es. Ces molécules sont les éventuelles cibles de choix des interventions thérapeutiques dans les cas de maladie ou d’infection liée au système immunitaire où une inflammation excessive ou chronique cause des dommages. En outre, elles peuvent améliorer les réactions induites par la vaccination.

Les scientifiques de l’ASPC se sont penchés sur les taux de mutation élevés des virus à ARN, notamment le virus de l’immunodéficience humaine (VIH), le virus de l’hépatite B et le virus de l’hépatite C, qui provoquent l’apparition de génomes variants appelés quasi-espèces virales. La caractérisation des génomes de ces quasi-espèces virales chez les personnes infectées, comme la diversité, la recombinaison et l’évolution, est importante pour la compréhension de ces virus et l’élaboration de stratégies de contrôle, de diagnostics, de vaccins et de thérapies antivirales.

Puisque les virus dépendent entièrement des cellules hôtes pour assurer leur cycle de réplication, ils doivent interagir sur le plan physique et fonctionnel avec le protéome de leur hôte. Ces interactions protéine-protéine créent non seulement un milieu cellulaire propice à la réplication des virus, mais affectent également les fonctions normales des cellules, ce qui provoque souvent l’apparition de pathologies délétères. Une équipe de scientifiques de l’ASPC tente actuellement d’identifier les protéines humaines avec lesquelles les protéines virales interagissent afin d’avoir un aperçu des mécanismes de la réplication virale et de la pathogenèse et de déceler de nouvelles cibles thérapeutiques chez l’hôte.

Santé Canada utilise la recherche en génomique pour analyser la capacité des champs de radiofréquences émises par les téléphones cellulaires de moduler les réactions transcriptionnelles dans un ensemble de lignées cellulaires humaines. Cette information a permis de renforcer la base de connaissances de SC sur les éventuels effets non thermiques des signaux de communication sans fil, de même qu’elle renforce la base de connaissances scientifiques sur laquelle se fondent les limites d’exposition humaine à cette énergie électromagnétique déjà établies par SC.

La recherche en nutrigénomique menée à SC a généré des échantillons qui serviront d’assise à une analyse de la réaction génétique des cellules recouvrant l’intérieur du côlon aux fibres alimentaires et aux glucides résistants. Nous avions prévu que tant les fibres alimentaires que les glucides résistants donneraient des résultats similaires puisque ces deux matières sont fermentées par la flore bactérienne du gros intestin et produisent des métabolites finaux très semblables, qui sont utilisés par les cellules du côlon. Les premiers résultats obtenus ont toutefois révélé une énorme différence dans la réaction cellulaire aux fibres alimentaires et aux glucides résistants. Cette information nous aide à formuler une nouvelle définition de ce qu’est une fibre alimentaire en nous renseignant sur les bienfaits pour la santé qu’il est possible d’obtenir de la seule fermentation. Ainsi, Santé Canada est mieux en mesure de réglementer ces produits et d’offrir aux Canadiens des renseignements sur les aliments qui constituent un bon choix santé.

Résultat prévu 5

Augmenter les connaissances à l’appui de la production d’arbres et de la protection de la forêt et tenir compte des effets sur l’environnement en menant des travaux de R-D en génomique portant sur des espèces et des caractères ayant une importance économique pour le Canada.

Résultat obtenu 5

Amélioration des connaissances sur la lutte antiparasitaire et le dépistage des ravageurs fondés sur la génomique

Le programme de génomique de RNCan fournit des connaissances de base sur les parasites des forêts et leurs agents pathogènes, notamment leurs modes d’action, les mécanismes de défense de l’hôte et les interactions hôte-pathogène. En 2008-2009, on a jeté les bases de l’examen des groupes pathogènes de trois espèces de coléoptères envahissants de grande importance économique : l’agrile du frêne (AF), le dendroctone du pin ponderosa (MPB) et le longicorne brun de l’épinette. Des essais fondés sur la PCR ont été optimisés pour permettre la détection des agents pathogènes viraux, et des nouvelles espèces de microsporidies ont été décelées chez l’AF et le MPB. On a entrepris un nouveau projet visant à comprendre la communication chimique de l’AF en commençant par l’établissement de banques d’ADNc. Une étude sur les virus du diprion du sapin a mené à l’identification de 18 protéines, dont trois étaient nouvelles. Selon les premières constatations, la coévolution des insectes et de leurs virus s’est accompagnée d’une codépendance des protéines en interaction afin de déclencher et d’installer une infection chez l’hôte. Voilà les premières étapes de l’identification des candidats à disséminer afin de contrôler les populations de ravageurs établies.

Les nouvelles connaissances acquises dans le cadre de l’IRDG proviennent notamment de l’identification des protéines liées aux mécanismes de défense du douglas de Menzies, l’identification des gènes liés à la pathogénicité de la carie jaune annelée et la caractérisation moléculaire des principaux processus de signalisation dans les interactions peuplier-rouille. La recherche en protéomique a permis de créer des ressources uniques (banques de peptides) pour l’annotation des génomes. L’utilisation de banques de peptides de la rouille des feuilles qui s’attaque aux conifères et aux trembles est envisagée comme modèle fiable pour étudier les interactions arbre-maladie. En collaboration avec le service des forêts du Département de l’Agriculture des États-Unis (USDA) et le ministère des Forêts et du Territoire de la Colombie-Britannique, plusieurs gènes candidats du pin blanc ont été soumis à des recherches visant à trouver des polymorphismes nucléotidiques simples (PNS) et à associer génétiquement ces PNS aux phénotypes liés à la résistance dans de multiples familles de pin blanc dont le phénotype est connu pour exprimer une résistance quantitative. La comparaison du profil protéomique des semis résistants à la rouille vésiculeuse du pin blanc et de ceux qui y sont sensibles a révélé la présence de sept protéines intéressantes dans les semis résistants.

La recherche en génomique portant sur des produits antiparasitaires destinés aux essences qui ont une importance économique comprend la recherche d’ingrédients actifs, de cibles et de souches nouvelles ou améliorées en vue d’élaborer des méthodes de lutte antiparasitaire sans danger pour l’environnement. La création de banques d’ADNc permet aux scientifiques de RNCan de travailler au développement de marqueurs moléculaires servant à l’identification et à la surveillance de deux espèces phyllophages d’importance économique (l’arpenteuse de la pruche et la chenille à houppes). La recherche en protéomique menée à RNCan nous a permis de mieux comprendre le rôle de certaines protéines, comme la P74. On a ainsi découvert que la P74 joue un rôle dans l’infectiosité virale des lépidoptères ravageurs. Il s’agit d’un pas important vers l’optimisation des produits de lutte biologique destinés à une espèce en particulier.

Identification des gènes contrôlant les attributs souhaités chez les essences d’importance économique
Les forêts du Canada subiront de plus en plus de transformations au chapitre des températures et des précipitations locales. Ce changement climatique aura une incidence sur le taux de croissance et la répartition des arbres. Le programme de recherche en génomique du SCF de RNCan met l’accent sur l’élaboration de méthodes, d’outils et de bases de données liés à la découverte, dans le code génétique des arbres forestiers, de gènes possédant des attributs favorisant la qualité de la fibre et la durabilité des forêts : croissance; caractéristiques liées à la qualité du bois; résistance aux facteurs biotiques et abiotiques; et adaptation au changement de l’environnement. En 2008-2009, on a réussi l’identification de certaines régions du génome de l’épinette dont le codage contient certains attributs comme la résistance aux insectes et aux maladies et l’adaptation au changement climatique. On pourra ainsi élaborer des outils de sélection, comme des marqueurs moléculaires, à l’intention des généticiens forestiers. Les chercheurs du SCF ont mené et mènent toujours des expériences sur certains gènes candidats pour identifier et valider ces éventuels marqueurs moléculaires.

Les scientifiques de RNCan ont étudié un ensemble de gènes candidats qui prennent part à la croissance et à l’adaptation de l’épinette. L’établissement de liens a permis de positionner 1 800 PNS des séquences génétiques sur la carte du génome de l’épinette. La cartographie de la phénologie des bourgeons et des caractères de croissance est continuellement mise à jour par les données recueillies dans les divers milieux et durant les diverses saisons afin de définir des locus quantitatifs (QTL) robustes. De plus, des études sur les profils d’expression ont permis d’identifier 214 gènes prioritaires pour la formation du bois chez l’épinette blanche parmi quelques milliers de gènes candidats. On continue à identifier les PNS de ces gènes prioritaires afin d’élaborer un réseau en vue du génotypage.

Résultat prévu 6

Mettre au point des applications de la génomique pour appuyer les activités de réglementation et d’application des lois dans des domaines clés comme l’évaluation et la gestion des risques environnementaux; l’application des lois et règlements et la conformité; la détection, la surveillance et la prévention de la pollution; la biologie de la conservation et la génétique de la faune; les prévisions et évaluations de la technologie; ainsi que le développement et l’utilisation responsables et durables des bioproduits et des procédés industriels.

Résultat obtenu 6

En 2008-2009, EC a fait des progrès significatifs dans l’application des outils et des données de la génomique acquis depuis le lancement de l’IRDG. Grâce aux fonds accordés dans le cadre de cette initiative, EC a conçu et appliqué les outils de la génomique pour :

  1. étudier les effets moléculaires des contaminants environnementaux (substances prioritaires et contaminants en émergence) sur les espèces sauvages afin d’améliorer l’évaluation et la surveillance des risques environnementaux;
  2. effectuer la caractérisation moléculaire de communautés microbiennes dans des sols contaminés afin d’améliorer la biorestauration, ainsi que valider un nouveau guide national produit en vertu de la Loi canadienne sur la protection de l'environnement;
  3. détecter les microorganismes pathogènes dans les eaux usées afin d’évaluer l’efficacité des méthodes d’épuration;
  4. examiner les effets toxiques de certains contaminants environnementaux sur les communautés microbiennes aquatiques;
  5. obtenir des données scientifiques sur lesquelles les décisions de conservation et de gestion de la faune (notamment des espèces d’oiseaux suivantes : paruline polyglotte, population d'oies de l’Ontario, pie-grièche migratrice, etc.) ont été fondées (tant à l’échelon provincial que fédéral);
  6. détecter la présence d’organismes génétiquement modifiés et de gènes bactériens dans les écosystèmes aquatiques; et
  7. déterminer les effets écologiques des produits de la biotechnologie à l’échelle génomique.

En 2008-2009, les investissements se sont poursuivis dans les prévisions liées à la génomique environnementale, l’enrichissement des connaissances, l’instrumentation, l’infrastructure et les communications (p. ex. analyse comparative périodique des activités de génomique environnementale à l’étranger dans le cadre d’échanges bilatéraux avec l’EPA des États-Unis). De plus, en étroite collaboration avec l’OCDE et avec le Programme international sur la sécurité chimique (PISC) de l’OMS, EC travaille également à l’élaboration de stratégies et de plans de travail sur plusieurs fronts afin de diriger et de coordonner les efforts internationaux déployés pour tenter de comprendre comment les méthodes et les démarches de la toxicogénomique pourraient être appliquées à l’élaboration de la réglementation. Le renforcement des partenariats et des projets conjoints entre les ministères fédéraux se poursuit (p. ex. Environnement Canada et Pêches et Océans Canada).

Les méthodes mises au point pour détecter les produits de la biotechnologie ont jeté les bases d’un nouveau programme provincial de surveillance (environnement et développement durable au Québec); la technologie des microréseaux a été utilisée pour analyser la composition des communautés microbiennes; les méthodes de la toxicogénomique ont été appliquées aux systèmes aquatiques (marins et d’eau douce) à l’aide d’espèces indicatrices canadiennes pertinentes (poissons, daphnies, amphibiens). Ces résultats sont utilisés par les directions d’Environnement Canada chargées de la réglementation et de l’application de la loi afin d’évaluer la contamination microbienne dans l’environnement, ainsi que par la Ville de Hamilton pour la gestion des eaux récréatives.

Annexe 4 – Extrants de la R D, par ministère

Conseil national de recherches Canada

  • 43 publications dans des revues avec comité de lecture
  • 37 publications dans des comptes rendus de conférences avec comité de lecture
  • 54 présentations sur invitation
  • 24 rapports techniques
  • 9 autres publications
  • 14 participations à des conférences ou ateliers nationaux
  • 36 participations à des conférences ou ateliers internationaux
  • 2 bases de données liées à la génomique
  • 9 demandes de brevets
  • 2 brevets délivrés
  • 6 accords de transfert de matériel
  • 47 accords de coopération officiels

Agriculture et Agroalimentaire Canada

  • 54 publications dans des revues avec comité de lecture
  • 55 présentations sur invitation (dont 32 à l’international)
  • 72 présentations par affiches
  • 5 chapitres de livre
  • 82 articles dans des revues nationales et internationales révisées par les pairs
  • 22 commissions d’examen par les pairs, auxquelles ont participé les membres de l’IRDG
  • 13 scientifiques titulaires de postes de rédaction dans des revues nationales et internationales

Santé Canada

  • 10 publications dans des revues avec comité de lecture
  • 75 présentations, dont 18 sur invitation
  • 1 chapitre de livre
  • 2 livres publiés
  • 3 rapports techniques
  • 1 demande de brevet
  • 2 accords de transfert de matériel

Agence de santé publique du Canada

  • 5 publications dans des revues avec comité de lecture
  • 6 présentations sur invitation
  • 8 participations à des conférences ou ateliers internationaux
  • 12 présentations par affiches à des conférences et ateliers nationaux et internationaux
  • 6 accords de coopération officiels examinés et négociés
  • 1 base de données liées à la génomique conçue et mise en service
  • 1 programme en bioinformatique mis en œuvre
  • 1 politique sur la réaction aux agents pathogènes en émergence élaborée et peaufinée
  • 1 nouvelle liste annotée de génomes bactériens mise sur pied
  • 1 nouveau protocole d’exploitation normalisé élaboré
  • 1 accord de transfert de matériel négocié
  • 30 bases de données sur les séquences génomiques des bactéries créées
  • Plusieurs nouveaux ensembles complets d’outils en pathogénomique comparative (bioinformatique) inaugurés

Ressources naturelles Canada

  • 24 publications dans des revues avec comité de lecture
  • 8 publications dans des comptes rendus de conférences
  • 21 présentations sur invitation
  • 4 chapitres de livre
  • 59 exposés et présentations par affiches lors de conférences nationales
  • 23 exposés et présentations par affiches lors de conférences internationales
  • De nombreux dépôts dans GenBank (tordeuse des bourgeons de l’épinette, baculovirus)

Environnement Canada

  • 19 publications dans des revues avec comité de lecture
  • 3 publications dans des comptes rendus de conférences avec comité de lecture
  • 5 présentations sur invitation
  • 2 rapports techniques
  • 8 autres publications
  • Participants à 2 réseaux nationaux
  • Participants à 2 réseaux internationaux

Pêches et Océans Canada

  • 6 publications dans des revues avec comité de lecture
  • 1 rapport technique
  • 10 présentations sur invitation

Annexe 5 – Communications, par ministère


Conseil national de recherches Canada

  • 8 entrevues avec les médias
  • 1 communiqué de presse
  • 1 site Web externe
  • 6 activités de participation des citoyens (participation à des expo-sciences, mentorat d’étudiants, Défi Sanofi-Aventis en biotechnologie)
  • 13 exposés communautaires et visites organisées (tournée des laboratoires d’enseignement, tournée des ministres, présentations universitaires/éducatives, Expo-science pancanadienne : journée de la science pratique)
  • 1 brochure créée pour promouvoir l’initiative
  • 1 prix pour réalisations exceptionnelles du CNRC

Agriculture et Agroalimentaire Canada

  • 3 entrevues avec les médias
  • 11 rapports à l’industrie ou aux entreprises
  • Démonstrations publiques lors de journées portes ouvertes
  • Présentations dans des écoles publiques
  • Participation à des expo-sciences

Santé Canada et Agence de la santé publique du Canada

  • Connaissance et compréhension accrues à l’interne et à l’externe des résultats de la recherche en génomique et de ses applications
  • Présentation détaillée des résultats et des réalisations de la recherche en génomique au cours de conférences intergouvernementales

Ressources naturelles Canada

  • 7 entrevues avec les médias
  • 3 pages Web
  • 1 feuillet d’information
  • 5 prix pour réalisations exceptionnelles

Pêches et Oc\xC3\xA9ans Canada

  • 10 communiqués de presse
  • 2 exposés communautaires

Environnement Canada

  • Exposés communautaires et visites menés aux instituts participant à l’IRDG partout au pays
  • Désignation officielle en tant que centre d’expertise en génomique aquatique par le DG du Centre des sciences et technologies environnementales
  • Atelier sur la Politique scientifique sur la génomique d’Environnement Canada

Appendice B – Initiative de R-D en génomique : aperçu du CGRR

Aperçu

Pour satisfaire aux exigences et aux lignes directrices du Secrétariat du Conseil du Trésor, un cadre de gestion et de responsabilisation axé sur les résultats (CGRR) a été élaboré pour l’IRDG. Le CGRR officialise l’engagement des six ministères qui participent à l’Initiative concernant les exigences communes en matière de mesure et de responsabilisation.

On a conçu un modèle logique (figure 1) qui reflète les objectifs globaux de l’Initiative, en reconnaissant qu’il y a d’importantes différences quant aux priorités et aux besoins particuliers de chaque ministère. L’objectif premier de l’IRDG est de soutenir la recherche en génomique au pays à l’appui des mandats ministériels et des principaux objectifs fédéraux dans les domaines d’intérêt national (la santé humaine, l’agriculture et la sécurité alimentaire, l’environnement et la gestion des ressources naturelles), de renforcer l’innovation, de promouvoir la compétitivité à l’échelle mondiale et d’assurer le développement durable pour le bénéfice de tous les Canadiens. Voici les résultats clés de quatre éléments importants du programme :

Gestion – Bien que la bonne gestion soit un aspect important de tout programme gouvernemental, elle est particulièrement importante pour cette initiative en raison du nombre d’intervenants, soit six ministères et organismes, et il est important que les pratiques en place favorisent une coordination ministérielle et interministérielle efficace. Il est également primordial que les priorités des ministères et de l’Initiative soient bien définies afin que les projets soient choisis de façon à garantir l’atteinte des objectifs prioritaires de l’ensemble du gouvernement en matière d’information sur la génomique ainsi que le soutien adéquat de la génomique aux activités d’élaboration de règlements et de politiques et à la prise d’autres types de décisions.

Renforcement des capacités – Le renforcement des capacités était l’objectif principal des phases antérieures de l’Initiative, et il est essentiel qu’il se poursuive. L’embauche d’un personnel hautement qualifié (PHQ) et la formation du personnel existant, ainsi que l’accès à des outils efficaces et efficients pour faciliter la recherche, sont des éléments essentiels pour mener les projets de recherche nécessaires au succès de l’Initiative et pour être des acteurs crédibles dans le domaine de la R-D en génomique et de ses applications.

Recherche et développement – La R-D est au cœur de cette initiative. Toutes les activités entourant la R-D en tant que telle, le transfert et l’adoption des technologies mises au point et la diffusion des résultats de recherche et des connaissances scientifiques sont essentielles pour que tous les résultats soient atteints et aient un impact.

Communications – Bien que les trois premiers éléments soient importants pour s’assurer que les bonnes recherches sont menées au bon moment et que les résultats des recherches sont diffusés à la communauté scientifique, il importe également que la génomique soit bien comprise et acceptée par les Canadiens. Les communications directes et indirectes avec la population sont donc un aspect important de l’Initiative.

Plan de mesure du rendement

Le tableau 5 présente les indicateurs de rendement, les sources et la responsabilité des résultats figurant dans le modèle logique de la figure 1. L’information présentée dans ce tableau sera réunie et présentée chaque année.

Le tableau 6 présente les indicateurs de rendement, les sources et la responsabilité des résultats figurant dans le modèle logique qui devraient être examinés lors d’une évaluation future des impacts. Bien que l’information contenue dans ce tableau puisse être réunie chaque année, elle sera analysée et présentée au moment de l’évaluation des impacts.

Chaque ministère peut également indiquer ses progrès individuels dans un Rapport ministériel sur le rendement et utiliser l’information pour adapter ses programmes et ses priorités.

Les tableaux 5 et 6 présentent donc des données spécifiques qui doivent être réunies par tous les ministères, le cas échéant. Même si certaines données ne seront réunies et analysées qu’au moment de l’évaluation des impacts, les tableaux présentent les exigences ministérielles permanentes qui suivent :

Information interministérielle : Les ministères doivent tenir un dossier de tous les procès-verbaux des réunions, des comptes rendus de décisions, des documents de planification, et autres documents, de nature interministérielle qui ont eu une incidence sur la façon dont l’Initiative a été mise en œuvre dans chaque ministère.

Information ministérielle : Les ministères doivent également tenir un dossier de l’information interne qui a eu une incidence sur la façon dont l’Initiative a été mise en œuvre dans le ministère, ce qui comprend l’information financière au niveau du programme (services votés et financement de mesures nouvelles), l’information sur les ressources humaines (embauche, formation), la participation à des comités, conférences et réseaux nationaux ou internationaux non liée à un projet précis, ainsi que les statistiques sur les sites Web.

Information spécifique sur les projets : Elle comprend l’information suivante sur les projets :

  • demandes de projets (propositions, examens par les pairs, etc.);
  • projets approuvés (titre, portée, financement, description, objectifs, chercheur principal, membres de l’équipe);
  • projets interministériels (titre, portée, financement, nombre de ministères, description, objectifs, chercheur principal, membres de l’équipe);
  • partenaires, collaborateurs dans les projets (noms, type, contribution financière, contribution en nature, rôle);
  • législateurs, décideurs, autres personnes ayant accès aux résultats de la recherche (noms, titres, coordonnées);
  • utilisation des fonds du projet (budgets, y compris les frais généraux ou les taxes d’entreprise);
  • projets d’infrastructure (types, financement, % du total);
  • nombre d’articles dans des revues avec comité de lecture (nom des revues);
  • nombre d’articles dans des comptes rendus de conférences examinés par les pairs;
  • nombre de présentations sur invitation;
  • nombre de rapports techniques;
  • nombre de chapitres de livres;
  • nombre d’autres publications;
  • nombre et type de participations à des comités, conférences et réseaux nationaux ou internationaux liées à des projets;
  • nombre et type de bases de données, de bibliothèques, etc., de génomique découlant des projets;
  • application des résultats de la recherche et technologies transférées;
  • nouveaux produits, outils et procédés mis au point;
  • entreprises issues de la recherche (nombre, types, noms, coordonnées);
  • nombre de divulgations;
  • nombre de brevets actifs, de demandes de brevets, de brevets délivrés;
  • nombre de licences délivrées;
  • nombre d’accords de transfert de matériel (ATM);
  • nombre d’accords de coopération officiels;
  • nombre de protocoles d’exploitation normalisés.

Figure 1 – Modèle logique de l'Initiative de R et D en génomique interministérielle

Gestion Renforcement des capacités Recherche et développement Vulgarisation
Activités

Coordination (interministérielle et intra-ministérielle)

Élaboration de politiques, cadres et lignes directrices

Collecte de renseignements et prévision, consultations, planification stratégique, établissement des priorités

Établissement des processus de sélection des projets

Développer la capacité scientifique et technique,
y compris l’infrastructure

Attirer, former et conserver le personnel hautement qualifié

Établir des réseaux et des collaborations

Entreprendre la R-D

Soutenir le transfert des technologies et les autorisations

Établir des partenariats stratégiques

Diffuser les résultats de la recherche

Communiquer avec le public

Développer le contenu des sites web

↓ 
Extrants

Rapports sur le rendement

Plans

Priorités

Approbation des projets

Personnel technique formé pour la recherche

Infrastructure :

  • Puces à ADN
  • génotypage
  • protocoles d’essai
  • séquençage

Connaissances scientifiques

Publications documentées

Rapports techniques

Autres publications

Participation aux comités, conférences et réseaux nationaux

Ateliers et colloques

Entrevues avec les médias

Communiqués

Présentations communautaires

Site web

Feuilles d’information et base de données

Visites et brochures

↓ 
Résultats immédiats
Meilleure gouvernance, coordination et partenariats scientifiques

Capacité de recherche accrue

  • augmentation du PHQ et formation du personnel existant
  • avancements dans l’infrastructure d’avant-garde

Meilleure prestation des services

Accès et partage des connaissances scientifiques et technologiques

Sensibilisation et compréhension accrues des résultats de la recherche en génomique et de leurs applications éventuelles

Soutien direct et indirect de la réglementation, des politiques et du processus décisionnel

Public plus sensibilisé à la génomique
  fl�che noire
Résultats intermédiaires
Meilleurs règlements, politiques et processus décisionnels

Participation accrue aux initiatives nationales et internationales en génomique

Application des résultats de la recherche pour développer des méthodes, produits, technologies et procédés nouveaux ou améliorés, par :

  • entreprises de retombée
  • divulgations
  • brevets actifs, demandes de brevets, brevets émis
  • permis délivrés
  • accords de transfert de matériel
  • accords de coopération officiels
Sensibilisation et compréhension accrues du public des avantages et des risques associés à la génomique
↓ 
Résultats à long terme

Meilleurs soins de santé, notamment :

  • Meilleurs diagnostics et traitements
  • Réduction des risques pour la santé et l’environnement
  • Réduction des coûts des soins de santé

Réduction des impacts environnementaux associés à :

  • qualité de l’eau
  • écosystèmes aquatiques en santé et productifs
  • pêches, agriculture, foresterie et aquaculture durables

Meilleure compétitivité des entreprises canadiennes grâce à :

  • diversification
  • meilleure productivité
  • réduction des coûts
  • démonstration des activités de saine gouvernance et de développement durable
  • etc.
Le Canada est positionné comme participant crédible pour la recherche en génomique et les applications
Résultat ultime - Meilleure qualité de vie en termes de santé, de sécurité, d’environnement et de développement social et économique
Groupes visés

Secteur public

Scientifiques et décideurs du gouvernement :

  • fédéral
  • municipal
  • provincial
  • international

Universités (canadiennes et internationales) :

  • scientifiques
  • autres facultés

Autres organismes de recherche (canadiens et internationaux)

Secteur privé

Industrie (canadienne et internationale) :

  • scientifiques
  • décideurs

Organismes à but non lucratif

Grand public canadien

Tableau 5 : Stratégie de mesure du rendement annuel
Domaine Indicateurs permanents Sources Responsabilité
Résultats immédiats
Meilleures gouvernance et coordination et meilleurs partenariats scientifiques Nombre d’initiatives de recherche interministérielles (tableau résumant l’initiative, la portée, le financement, le nombre de ministères participants, la description) Information sur le projet Ministères
  Nombre de partenariats et collaborations aux projets par type, notamment :
>autres ministères
>universités
>organisations internationales
>secteur privé
> Génome Canada
>etc.
Information sur le projet Ministères
  Mobilisation de fonds internes :
>Financement des services votés et de nouvelles mesures
Dossiers ministériels Ministères
  Autres fonds et contributions en nature par type (complémentaires de l’information précédente sur les collaborations), notamment :
>autres ministères
>universités
>organisations internationales
>secteur privé
> Génome Canada
>etc.
Information sur le projet Ministères
Renforcement des capacités de recherche :
>Augmentation du PHQ et formation du PHQ existant
Nombre et type de nouveau personnel de recherche :
>permanent et temporaire (boursiers en perfectionnement postdoctoral et étudiants)
>soutien scientifique et technique
Dossiers ministériels Ministères
  Fonds et % alloué à la formation et aux activités connexes du PHQ Dossiers ministériels Ministères
Nombre d’employés formés (en génomique) Dossiers ministériels Ministères
Nombre d’employés du ministère travaillant à des projets de R-D en génomique financés (augmentant l’expertise acquise par la recherche) Dossiers ministériels Ministères
Progrès vers l’obtention d’une infrastructure d’avant-garde Type d’infrastructure : acquise adaptée mise à niveau maintenue Rapports sur le projet Ministères
  Fonds et % alloué à l’infrastructure Dossiers ministériels Ministères
Accès aux/partage des connaissances technologiques et scientifiques Nombre d’articles dans des revues avec comité de lecture (sur papier ou électronique) information sur les revues disponible sur demande Rapports sur le projet Ministères
  Nombre d’articles dans des comptes rendus de conférences examinés par les pairs Rapports sur le projet Ministères
Nombre de présentations sur invitation Rapports sur le projet Ministères
Nombre de rapports techniques Rapports sur le projet Ministères
Nombre de chapitres de livres Rapports sur le projet Ministères
Nombre d’autres publications Rapports sur le projet Ministères
Nombre et type de participation à des comités, conférences et réseaux nationaux ou internationaux Rapports sur le projet Dossiers ministériels Ministères
Nombre et type de bases de données, bibliothèques, etc., associés à la génomique. Rapports sur le projet Ministères
Connaissance de la génomique dans la population Présence sur le Web, nombre de visites du site Web, autres statistiques sur le site Web Analyse des statistiques de sites Web Ministères
Résultats intermédiaires
Participation accrue à des initiatives nationales et internationales en génomique Degré auquel les scientifiques des ministères participent à d’autres projets :
>nationaux ou internationaux
> rôle dans les projets
> fonds mobilisés
> nombre de partenaires autres ministères, universités, secteur privé, Génome Canada ou autres etc.
Information sur le projet Ministères
  Autres types de participation aux initiatives de génomique
>nationales et internationales
> nombre d’initiatives
> types d’initiative
>s rôle des ministères et des scientifiques
Dossiers ministériels Ministères
Application des résultats de la recherche pour développer des méthodes, des produits, des technologies ou des procédés novateurs ou améliorés grâce à des :
>entreprises dérivées
> divulgations
> brevets actifs, demandes de brevets, brevets délivrés
> licences délivrée
>s accords de transfert de matériel
> accords de coopération officiels
Description de l’application des résultats de la recherche (interne et externe) et/ou des technologies transférées Dossiers ministériels Ministères
Nombre et types d’entreprises dérivées Rapports sur le projet Ministères
Nombre de divulgations Rapports sur le projet Ministères
Nombre de brevets actifs, de demandes de brevets, de brevets délivrés Rapports sur le projet Ministères
Nombre de licences délivrées Rapports sur le projet Ministères
Nombre d’accords de transfert de matériel Rapports sur le projet Ministères
Nombre d’accords de coopération officiels/de protocoles d’exploitation normalisés Rapports sur le projet Ministères
Tableau 6 : Exigences des stratégies d’évaluation des impacts et de mesure du rendement
Domaine Indicateurs d’évaluation Sources Responsabilité
Résultats immédiats
Meilleures gouvernance et coordination et meilleurs partenariats scientifiques Preuve de planification coordonnée (interministérielle et intraministérielle), approches d’établissement des priorités et de gestion (p. ex. Comité de coordination des SMA chargé de l’IRDG, Groupe de travail sur l’IRDG, liens avec le Système canadien de réglementation de la biotechnologie) Comptes rendus des réunions et des décisions, documents de planification, etc. Ministères Comité de coordination des SMA chargé de l’IRDG Groupe de travail sur l’IRDG
  Nombre d’initiatives de recherche interministérielles (tableau résumant l’initiative, la portée, le financement, le nombre de ministères engagés, la description) Information sur le projet Évaluateurs d’après l’information ministérielle
  Nombre de partenariats et de collaborations aux projets, notamment :
>autres ministères
> universités
> organisations internationales
>secteur privé
> Génome Canada
Information sur le projet Évaluateurs d’après l’information ministérielle
  Mobilisation de fonds internes :
> Financement des services votés et de nouvelles mesures
Dossiers ministériels Évaluateurs d’après l’information ministérielle
  Utilisation des fonds aux fins voulues Information sur le projet Évaluateurs d’après l’information ministérielle
  Autres fonds et contributions en nature par type (complémentaires de l’information précédente sur les collaborations), notamment :
>autres ministères
> universités
> organisations internationales
>secteur privé
> Génome Canada
Information sur le projet Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Connaissance et compréhension accrues des résultats de la recherche en génomique et de ses applications possibles Degré auquel les projets ont répondu aux besoins d’information en génomique dans les ministères Comparaison des objectifs des projets par rapport aux priorités ministérielles; entrevues avec les gestionnaires des ministères Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Degré auquel les législateurs et les décideurs sont informés des projets, de leurs résultats et de leurs applications éventuelles
>dans les ministères
> dans les autres ministères
> dans les autres ordres de gouvernement
> dans les autres organisations
Entrevues avec les législateurs, les décideurs, les gestionnaires et autres Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Soutien direct et indirect des processus de réglementation, d’élaboration de politiques et de prise de décisions Degré auquel les données scientifiques liées à la génomique sont disponibles et utilisées pour l’élaboration des règlements et des politiques ainsi que pour les autres types de décisions
>dans les ministères
> dans les autres ministères
> dans les autres ordres de gouvernement
Entrevues avec les législateurs, les décideurs et les autres gestionnaires, examen des comptes rendus des décisions, documents de travail, livres blancs Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Connaissance de la génomique dans la population Degré de connaissance de la génomique dans la population Sondage auprès de la population Évaluateurs
Présence sur le Web, nombre de visites du site Web, autres statistiques sur le site Web Analyse des statistiques de sites Web Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Résultats intermédiaires
Meilleurs règlements, politiques et processus décisionnels fondés sur des données scientifiques Preuve de la contribution des données scientifiques à la réglementation, à l’application des lois, aux évaluations environnementales, à la santé publique et aux discussions et décisions stratégiques
>dans les ministères
> dans les autres ministères
> dans les autres ordres de gouvernement
Entrevues avec les organismes de réglementation, les décideurs et autres gestionnaires, examen des documents de discussions, livres blancs Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Participation accrue à des initiatives nationales et internationales en génomique Degré auquel les scientifiques des ministères participent à d’autres projets
>nationaux ou internationaux
>rôle dans les projets
> fonds mobilisés
> nombre de partenaires
> autres ministères, universités, secteur privé, Génome Canada ou autres.
Information sur le projet, entrevues avec les scientifiques et les partenaires Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Autres types de participation aux initiatives de génomique
>nationales et internationales
> nombre et types d’initiatives
> rôle des ministères et des scientifiques
Dossiers ministériels, entrevues avec les représentants ministériels et les représentants des autres initiatives Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Application des résultats de la recherche pour développer des méthodes, des produits, des technologies ou des procédés novateurs ou améliorés grâce à des :
>entreprises dérivées
> divulgations
> brevets actifs, demandes de brevets, brevets délivrés
> licences délivrée
>s accords de transfert de matériel
> accords de coopération officiels
Description de l’application des résultats de la recherche (interne et externe) et/ou des technologies transférées Dossiers ministériels Évaluateurs d’après l’information ministérielle
nombre et type de produits, d’outils et de procédés développés grâce à l’application des résultats de la recherche; description de l’utilisation Dossiers ministériels, entrevues avec les organisations bénéficiaires Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Nombre et types de citations Analyse de citations Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Compréhension par la population de la contribution importante de la génomique à la qualité de vie Changement du degré de compréhension dans la population Sondage auprès de la population Évaluateurs
Changements dans les reportages des médias Analyse du contenu des journaux, des autres publications Évaluateurs
Résultats à long terme
Meilleurs soins de santé, y compris :
>meilleurs diagnostics et traitements
> réduction des risques pour la santé et l’environnement
> réduction des coûts pour la santé
Degré auquel les résultats de la recherche sont utilisés pour le diagnostic, le traitement, la prévention, etc. Études de cas, entrevues Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Impacts précis sur les soins de santé (se référer aux CGRR ministériels pour les indicateurs spécifiques) Études de cas, analyse des données secondaires sur les soins de santé Évaluateurs
Réduction des impacts sur l’environnement :
>qualité de l’eau
> écosystèmes aquatiques sains et productifs pêches, agriculture, foresterie et aquaculture durables
Degré auquel les résultats de la recherche sont utilisés pour améliorer les règlements en matière d’environnement ainsi que les activités de détection et de surveillance de la pollution, et d’application des lois à cet égard Études de cas, entrevues Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Impacts environnementaux précis (se référer aux CGRR ministériels pour les indicateurs spécifiques) Études de cas, analyse des données secondaires sur l’environnement Évaluateurs
Meilleure compétitivité des entreprises canadiennes grâce à la :
>diversification
> meilleure productivité
> réduction des coûts
> démonstration d’une bonne gouvernance et d’activités de développement durable
Degré auquel les résultats de la recherche sont utilisés par les entreprises canadiennes Études de cas, entrevues Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Rendement des entreprises utilisant les résultats de la recherche par rapport à d’autres dans leur secteur (se référer aux CGRR ministériels pour les indicateurs spécifiques) Études de cas, analyse des données secondaires Évaluateurs
Meilleur rendement de certains secteurs grâce aux résultats de la recherche Études de cas, analyse des données secondaires Évaluateurs
Le Canada est considéré comme un participant crédible dans la recherche en génomique et ses applications Niveau de participation aux initiatives internationales Dossiers ministériels, entrevues avec les représentants ministériels et les représentants des autres initiatives Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Opinions des experts concernant la participation du Canada Recension des écrits, entrevues avec les experts Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Niveau d’investissement public et privé dans la R-D en génomique Études de cas, analyse des données secondaires Évaluateurs
Résultat ultime
Meilleure qualité de vie en termes de santé, de sécurité, d’environnement et de développement social et économique Divers indicateurs de la qualité de vie (p. ex. meilleurs services de santé et traitements, meilleurs perspectives d’emploi, amélioration du mode de vie, avantages environnementaux, etc.) Études de cas, analyse des données secondaires, études spéciales, etc. Évaluateurs
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