ARCHIVÉ - Initiative de R–D en génomique - Rapport Annuel sur le Rendement 2009-2010

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Résumé

Dotée d'un budget de 19,9 millions de dollars par année, l'Initiative de R-D en génomique (IRDG) permet de soutenir la recherche fédérale en génomique à l'appui d’objectifs d’intérêt national afin de renforcer l'innovation, de promouvoir la compétitivité et d'assurer le développement durable au bénéfice de tous les Canadiens, et ce, dans le cadre du mandat du Conseil national de recherches du Canada (6 M$/an), d'Agriculture et Agroalimentaire Canada (6 M$/an), de Santé Canada et de l'Agence de la santé publique du Canada (4 M$/an), de Ressources naturelles Canada (2 M$/an), d'Environnement Canada (1 M$/an) et de Pêches et Océans Canada (0,9 M$/an).

Depuis la mise en œuvre de l’IRDG en 1999, les ministères et organismes participants ont accru les ressources humaines qu'ils affectent aux laboratoires fédéraux et amélioré les outils, équipements, infrastructures et réseaux dont ils ont besoin pour mener de la R-D en génomique et prendre part à des programmes de grande envergure et à fort impact dans le cadre d'une vaste collaboration avec des organismes canadiens et étrangers. Les investissements provenant de l'IRDG ont permis aux scientifiques du secteur public d'explorer des pistes de recherche prometteuses pour l'atteinte des objectifs économiques et sociaux du Canada. Ces pistes ont débouché sur des résultats concrets qui sont déjà utiles dans de nombreux domaines chers aux Canadiens. Les scientifiques du gouvernement fédéral excellent dans certains domaines stratégiquement choisis de la recherche en génomique, et l'IRDG est considérée comme bien gérée, efficace et efficiente, selon les résultats de l'évaluation formative indépendante qu'on en a fait. La phase IV de l'IRDG se termine en mars 2011. Dans un contexte où les activités du gouvernement disposent de ressources limitées, l'IRDG fait partie intégrante du programme de recherche en génomique des laboratoires fédéraux.

L’IRDG est financée par cycles de trois ans : phase I (1999-2002), phase II (2002-2005), phase III (2005-2008) et phase IV (2008-2011). L'exercice 2009-2010 marque la deuxième année des programmes de la phase IV. Le cadre global du programme de l’IRDG pour la phase IV est présenté dans la section suivante, intitulée Secteurs d’impact de la phase IV de l’IRDG. L’exercice 2009-2010 a également marqué la suite de discussions axées sur l’avenir concernant la planification de l’IRDG au–delà de la phase IV.

Le Rapport annuel sur le rendement pour 2009-2010 suit le Cadre de gestion et de responsabilisation axé sur les résultats (CGRR) pour l'IRDG, qui formalise des critères de mesure selon les exigences du Secrétariat du Conseil du Trésor. Il présente le profil du programme de l’IRDG et les secteurs d’impact, ses liens avec les objectifs ministériels et l’architecture des activités de programmes, sa pertinence pour la Stratégie fédérale en matière de sciences et de technologie (S-T) ainsi que les plans et activités concernant le programme de recherche. Puis, il fait état du rendement constaté en 2009-2010 en matière de gestion, de collaboration (tableaux 3 et 4), de renforcement des capacités, de recherche et développement (résumé à l'annexe 3 de l'Appendice A et illustré par des statistiques sommaires aux annexes 2, 4 et 5 de l'Appendice A) et de communications.

Acronymes

liste d'acronymes
AAC Agriculture et Agroalimentaire Canada
ADN Acide désoxyribonucléique
ADNc ADN complémentaire
ARN Acide ribonucléique
ASPC Agence de la santé publique du Canada
CanSeq Initiative canadienne de séquençage du génome du canola
CGRR Cadre de gestion et de responsabilisation axé sur les résultats
EC Environnement Canada
ECTS Escherichia coli producteur de toxine de Shiga
FOS

Fructooligosaccharides complètement digérés

IGS Initiative en génomique et en santé
IRDG Initiative de R-D en génomique
MPO Pêches et Océans Canada
OCDE Organisation de coopération et de développement économiques
PCGPC Projet canadien de génomique des plantes cultivées
PCR Réaction en chaîne de la polymérase
PHQ Personnel hautement qualifié
PIBA Programme d’innovation en matière de bioproduits agricoles
RCBC Réseau canadien sur les biocarburants cellulosiques
R-D Recherche et développement
RNCan Ressources naturelles Canada
SC Santé Canada
SCF Service canadien des forêts
SMA Sous-ministre adjoint
S-T Sciences et technologie
STAGE

Application stratégique de la génomique dans l’environnement

USDA Département de l’Agriculture des États-Unis
VAIS Virus de l’anémie infectieuse du saumon
VIH Virus de l’immunodéficience humaine

Secteurs d'impact de la phase IV de l'IRDG

L’objectif stratégique de la recherche financée par l’IRDG est d’apporter des solutions à plusieurs des questions les plus importantes pour les Canadiens – la protection et l’amélioration de la santé humaine, le développement de nouveaux traitements pour les maladies chroniques et les maladies infectieuses, la préservation de l’environnement et la gestion durable des ressources agricoles et naturelles. En mettant l’emphase sur le rôle particulier que joue la recherche menée par le gouvernement fédéral, elle vient appuyer la prise de décisions fondées sur des données probantes, l'élaboration des politiques ainsi que la formulation de normes et de règlements, de même qu'elle facilite la naissance d'entreprises commerciales canadiennes.

Amélioration de la santé et du mieux-être de la population

Résultats prévus

Mieux connaître et comprendre les maladies infectieuses et chroniques chez les humains pour trouver des applications en santé publique, notamment l’élaboration de nouveaux outils de diagnostic ou l’amélioration des outils existants.

Augmenter la valeur des récoltes de céréales, de canola et de soja en étudiant le développement et le métabolisme des semences (teneur en huile, qualité de l’amidon, composés antinutritionnels).

Secteurs d’impact

La phase IV de l’IRDG s’attaque à la recherche sur des thèmes comme le développement de nouveaux traitements pour le cancer, les maladies du cœur et une foule d’autres maladies aiguës et chroniques, la conception de vaccins et les mesures permettant de limiter la propagation des maladies et d’éventuelles pandémies. Les nouveaux médicaments, les nutraceutiques, l’amélioration du rendement et de la valeur nutritionnelle des cultures, ainsi que les aliments fonctionnels sont le résultat de recherches en génomique visant à améliorer la santé.

Activités planifiées

Maladies infectieuses

  • Comprendre la base moléculaire des maladies génétiques et pathogènes critiques
  • Effectuer l’épidémiologie moléculaire des maladies infectieuses
  • Créer des dispositifs aux points de service pour diagnostiquer la présence d’organismes à l’origine des infections nosocomiales et de la contamination des aliments et de l’eau
  • Comprendre les réactions aux traitements antiviraux de l’hépatite C et du VIH
  • Clarifier le rôle de la vitamine D en cas d’infection grippale grave chez les personnes âgées
  • Développer des bactériophages pour prévenir les infections bactériennes communes
  • Évaluer le rôle des bactéries pathogènes chez les patients atteints de fibrose kystique

Maladies chroniques

  • Déterminer et développer un large éventail d’agents thérapeutiques ciblés pour créer la nouvelle génération de cancérothérapies efficaces
  • Étudier les lésions hépatiques induites par l’interféron
  • Définir les biomarqueurs de l’exposition aux agents mutagènes et de l’inhalation de contaminants, ainsi que les effets de ces agents et contaminants dans le développement du cancer, de l’athérosclérose et de l’asthme

Approvisionnement alimentaire

  • Déchiffrer les gènes qui contrôlent le développement des graines, la répartition du carbone, la qualité des protéines, la qualité de l’huile, la qualité de l’amidon et l’accumulation de composés antinutritionnels dans les céréales (blé, maïs), les oléagineux (Brassica) et les légumineuses (soja) afin d’améliorer leur productivité et leur résilience
  • Étudier les composés nutraceutiques, comme les phytostérols, les anthramides et les glucanes, pour trouver des applications médicales

Recherche de la durabilité écologique

Résultats prévus

Augmenter la valeur des récoltes de céréales, de canola et de soja en les adaptant aux facteurs de stress environnementaux (maladies, ravageurs, sécheresse, froid et mauvaises conditions du sol).

Mieux connaître les méthodes de production d’arbres et de protection de la forêt au moyen de travaux portant sur des espèces et des caractères ayant une importance économique pour le Canada, tout en atténuant les répercussions sur l’environnement.

Concevoir et utiliser des outils de génomique pour mieux comprendre la génétique et la structure des populations, ainsi que les réactions comportementales, physiologiques et immunologiques à l’environnement, en vue d’assurer la gestion durable des ressources aquatiques.

Développer des applications de la génomique pour comprendre les contaminants environnementaux, procéder à la restauration de l’environnement et préserver la biodiversité.

Secteurs d’impact

La phase IV de l’IRDG s’attaque à la recherche sur des thèmes visant la durabilité écologique comme le développement de cultures plus productives et plus résistantes pour l’agriculture durable, le contrôle des phytoravageurs, des animaux nuisibles et des maladies d’une manière respectueuse pour l’environnement, l’adaptation des cultures, des forêts et des poissons pour réagir aux effets du changement climatique et la protection des espèces en voie de disparition.

Activités planifiées

Agriculture

  • Accroître la productivité et la résilience des cultures de soja canadien afin de répondre à la demande de plus en plus grande, tant au pays qu’à l’étranger, pour des applications alimentaires et industrielles (biocarburants)
  • Développer des cultures ayant une meilleure résistance aux maladies et aux insectes nuisibles
  • Concevoir des stratégies pour augmenter la tolérance des cultures à la chaleur, au froid et au gel

Foresterie

  • Déterminer des marqueurs génétiques pour la sélection d’épinettes présentant les caractéristiques souhaitées en matière de qualité du bois et d’adaptation
  • Comprendre les interactions génétiques hôte–pathogène des arbres forestiers afin d’améliorer la lutte antiparasitaire durable
  • Concevoir et transférer des outils de diagnostic moléculaire pour détecter et surveiller les maladies et les ravageurs des arbres forestiers et assurer la certification phytosanitaire

Pêches et aquaculture

  • Concevoir des outils génomiques pour la conservation des espèces d’importance pour le Canada (saumon de l’Atlantique, béluga, capelan, Dolly Varden)
  • Étudier la capacité de migration du saumon sauvage
  • Identifier les espèces et la structure des stocks de sébastes
  • Étudier les maladies du saumon (virus de l’anémie, parasites, pou)

Environnement

  • Procéder à la caractérisation moléculaire de communautés bactériennes dans des sols contaminés
  • Examiner les effets toxiques des contaminants environnementaux sur les communautés bactériennes en milieu aquatique
  • Concevoir des outils génomiques pour la conservation de certaines espèces sauvages (oiseaux, mammifères)
  • Appliquer des marqueurs génétiques pour identifier les espèces et la structure des populations des espèces aquatiques envahissantes
  • Étudier les maladies infectieuses émergentes chez les oiseaux et les amphibiens indigènes

Prises de décisions fondées sur des données probantes

Résultat prévu

Soutenir les décisions réglementaires prises par le gouvernement fédéral dans le cadre du mandat des ministères et organismes participants.

Secteurs d’impact

La recherche menée à la phase IV de l’IRDG vise : la conception d’outils de diagnostic pour détecter, surveiller et gérer les agents pathogènes d’origine alimentaire et hydrique (Salmonella, Escherichia coli), les maladies et les parasites des humains, des plantes aquatiques, des animaux et des plantes, y compris les espèces mises en quarantaine; la caractérisation détaillée des nouveaux produits (aliments, produits pharmaceutiques, appareils médicaux, etc.) en vue de leur introduction responsable sur les marchés et leur surveillance continue, et la conception d’outils d’expertise légale pour surveiller les ressources halieutiques afin d’assurer la gestion durable des dates d’ouverture de la pêche et de l’accès aux marchés mondiaux. Bon nombre des secteurs d’impact déjà décrits dans les sections précédentes viennent également appuyer les prises de décisions fondées sur des données probantes.

Activités planifiées

  • Concevoir des outils de surveillance pour gérer deux importantes pêches (béluga et saumon)
  • Instaurer l’utilisation de l’information génétique pour gérer les pêches de stocks divers
  • Comprendre la structure et la génétique des populations ayant une importance économique pour orienter les décisions de gestion
  • Concevoir des outils de diagnostic pour gérer les maladies des animaux aquatiques, lesquels sont importants pour la pêche sauvage et l’industrie de l’aquaculture
  • Développer et utiliser le profil d’ADN de l’ormeau nordique menacé afin de parvenir à poursuivre en justice les braconniers et de faciliter les règlements hors cour
  • Valider les procédures fondées sur la génomique afin d’assurer la présentation de données plus précises aux termes du Règlement sur les renseignements concernant les substances nouvelles de la Loi canadienne sur la protection de l’environnement
  • Améliorer la transmission de signaux d’« alerte rapide » aux organismes de réglementation de l’industrie à l’aide de techniques fondées sur l’ADN servant à faire le lien entre l’exposition de l’environnement à certaines substances et les effets toxiques possibles
  • Procéder à l’identification des espèces pour renforcer l’application de la Loi sur la protection d’espèces animales ou végétales sauvages et la réglementation de leur commerce international et interprovincial et la Convention sur le commerce international des espèces de faune et de flore sauvages menacées d’extinction
  • Évaluer les changements d’expression génétique observés dans les lignées cellulaires humaines à la suite d’une exposition aux signaux sans fil émis par les téléphones cellulaires
  • Étudier les effets moléculaires des contaminants environnementaux (substances prioritaires et nouveaux contaminants) sur les espèces sauvages afin d’améliorer l’évaluation et la surveillance des risques environnementaux
  • Détecter la présence d’organismes génétiquement modifiés dans les écosystèmes aquatiques
  • Détecter les microorganismes pathogènes dans les eaux usées

Formulation de politiques, de normes et de règlements

Résultats prévus

Soutenir les principaux objectifs fédéraux d’intérêt national dans le cadre du mandat des ministères et organismes participants.

Appuyer le système canadien de réglementation dans le domaine de la santé pour permettre l’innovation tout en réduisant les risques pour les Canadiens, grâce à un programme ciblé de R-D en génomique visant à renforcer la recherche dans des domaines prioritaires comme l’information génétique, les produits biotechnologiques, la génomique humaine et la génomique microbienne, afin de favoriser la santé humaine, animale et environnementale.

Mettre au point des applications de la génomique pour appuyer les activités de réglementation dans des domaines clés comme l’évaluation et la gestion des risques environnementaux; l’application des lois et règlements et la conformité; la détection, la surveillance et la prévention de la pollution; la biologie de la conservation et la génétique de la faune; les prévisions et évaluations de la technologie; ainsi que le développement durable et l’utilisation responsable des bioproduits et des procédés industriels.

Secteurs d’impact

Les approches réglementaires efficaces ouvrent la voie à des applications commerciales responsables qui génèrent de la richesse pour les Canadiens. La phase IV de l’IRDG permet d’acquérir des connaissances pour appuyer l’élaboration de politiques, de normes et de règlements concernant : l’introduction responsable et la surveillance continue des nouveaux produits sur le marché, notamment les produits pharmaceutiques, les instruments médicaux et les produits alimentaires; la traçabilité (animaux, végétaux, aliments, poisson); la surveillance et l’assainissement de l’environnement; les additifs alimentaires et l’étiquetage. Bon nombre des secteurs d’impact déjà décrits dans les sections précédentes viennent également appuyer la formulation de politiques, de normes et de règlements.

Activités planifiées

  • Élaborer une stratégie d’évaluation des risques moléculaires pour la bactérie E. Coli toxigène
  • Comprendre les modèles d’expression des gènes liés aux fibres alimentaires et aux « glucides résistants » afin de formuler une nouvelle définition de « fibre alimentaire » pour Santé Canada
  • Procéder à la caractérisation moléculaire de communautés bactériennes dans des sols contaminés afin de valider un nouveau document d’orientation national aux termes de la Loi canadienne sur la protection de l’environnement
  • Intégrer la biologie des systèmes aux évaluations de SC en toxicologie réglementaire
  • Élaborer, en collaboration avec le ministère de l’Environnement de la Colombie-Britannique, des méthodes pour que l’évaluation des effluents et des produits chimiques soit intégrée aux processus d’évaluation des risques aux termes du Plan d’action du bassin de Géorgie et du Plan de gestion des produits chimiques

Appui aux entreprises commerciales canadiennes

Résultat prévu

Réaliser des progrès pertinents du point de vue commercial dans les domaines de la R-D en génomique ayant trait à la santé humaine (p. ex. tests génétiques, diagnostics, applications de la génomique microbienne, traitement et prévention de maladies humaines comme le cancer et les maladies cardiovasculaires, et détection des agents pathogènes).

Secteurs d’impact

Au cours de la phase IV de l’IRDG, les scientifiques collaborent avec les entreprises canadiennes pour appuyer leurs efforts de R–D afin de générer de la richesse et de soutenir l’économie canadienne.

Activités planifiées

  • Confier à une entreprise privée le développement commercial des anticorps mis au point par le CNRC pour traiter le cancer
  • Confier à un partenaire commercial la validation de la technologie de détection de la bactérie Salmonella mise au point par l’ASPC en vue de sa commercialisation auprès des laboratoires de diagnostic
  • Formaliser, en février 2009, l’accord de recherche concertée conclu entre le CNRC, AAC, Genome Alberta et quatre partenaires de l’industrie (Cargill Limited, Dow AgroSciences Canada Inc., KWS SAAT Ag et RAPOOL-Ring GmbH) dans le cadre de l’Initiative canadienne de séquençage du génome du canola (CanSeq)

Initiative de R-D en génomique

Aperçu

La génomique est la science qui étudie les séquences d’ADN et leurs fonctions dans les organismes vivants. Les réels avantages qu’elle offre reposent sur son pouvoir de nous révéler les systèmes biologiques dans leur intégralité, ce qui nous permet de mieux les étudier. Ainsi, la génomique nous permet de comprendre l’interaction des gènes et de leurs produits dans un milieu donné et d’avoir un aperçu des répercussions biologiques que peuvent entraîner les variations génétiques sur la productivité, la qualité de vie et la résistance aux maladies, entre autres.

La génomique offre des applications dans toutes les sphères de la vie. Elle permet d’acquérir des connaissances pour soutenir le développement de produits et de procédés visant à améliorer la compétitivité des secteurs qui sont essentiels à la prospérité économique des collectivités canadiennes (santé, agriculture, foresterie, pêches), à mettre au point des technologies favorables à la durabilité de l’environnement et à améliorer la qualité de vie des Canadiens d’aujourd’hui et de demain. Les gouvernements fédéral et provinciaux ainsi que les administrations municipales, tout comme le secteur privé, sont d’importants utilisateurs des connaissances et des outils découlant de ces technologies.

Reconnaissant le rôle légitime et nécessaire qu’il doit jouer dans ce domaine, le gouvernement du Canada appuie la recherche en génomique depuis plus de dix ans et assure son financement dans le cadre de l’Initiative de R-D en génomiques (IRDG) depuis 1999.

Dotée d'un budget de 19,9 millions de dollars par année, l'Initiative de R-D en génomique (IRDG) permet de soutenir la recherche fédérale en génomique à l'appui d’objectifs d’intérêt national afin de renforcer l'innovation, de promouvoir la compétitivité et d'assurer le développement durable pour le bénéfice de tous les Canadiens, et ce, dans le cadre du mandat du Conseil national de recherches du Canada (6 M$/an), d'Agriculture et Agroalimentaire Canada (6 M$/an), de Santé Canada et de l'Agence de la santé publique du Canada (4 M$/an), de Ressources naturelles Canada (2 M$/an), d'Environnement Canada (1 M$/an) et de Pêches et Océans Canada (0,9 M$/an). L’IRDG est financée par cycles de trois ans, comme l’illustre le tableau 1. La phase IV de l'IRDG se termine en mars 2011. Dans un contexte où les activités du gouvernement disposent de ressources limitées, l’IRDG fait partie intégrante du programme de recherche en génomique des laboratoires fédéraux.

Tableau 1 : Fonds alloués (000 $)
Ministère/Agence Phase I
1999-2002
Phase II
2002-2005
Phase III
2005-2008
Phase IV
2008 - 2011
Agriculture et Agroalimentaire Canada 17 000 18 000 18 000 18 000
Environnement Canada 3 000 3 000 3 000 3 000
Pêches et Océans Canada 2 500 2 700 2 700 2 700
Santé Canada/Agence de la santé publique du Canada 10 000 12 000 12 000 12 000
Conseil national de recherches Canada 17 000 18 000 18 000 18 000
Ressources naturelles Canada 5 000 6 000 6 000 6 000
Conseil de recherches médicales1 500 - - -
Total 55 000 59 700 59 700 59 700

1 - Devenu les « Instituts de recherche en santé du Canada » (IRSC) – une seule allocation au cours de l’exercice financier 1999 2000 pour aider à établir et à soutenir un secrétariat pour Génome Canada.

L’objectif stratégique de la recherche financée par l’IRDG est d’apporter des solutions à plusieurs des questions les plus importantes pour les Canadiens – la protection et l’amélioration de la santé humaine, le développement de nouveaux traitements pour les maladies chroniques et les maladies infectieuses, la préservation de l’environnement et la gestion durable des ressources agricoles et naturelles. En mettant l’emphase sur le rôle particulier que joue la recherche menée par le gouvernement fédéral, elle vient appuyer la prise de décisions fondées sur des données probantes, l'élaboration des politiques ainsi que la formulation de normes et de règlements, de même qu'elle facilite la naissance d'entreprises commerciales canadiennes.

Depuis la mise en œuvre de l’IRDG en 1999, les ministères et organismes participants ont exploré des pistes de recherche prometteuses pour l’atteinte des objectifs économiques et sociaux du Canada. Ces pistes ont débouché sur des résultats concrets qui sont déjà utiles dans de nombreux domaines chers aux Canadiens.

Pour optimiser la qualité et la pertinence des programmes de recherche financés par l’IRDG, chaque ministère a recours à un processus d’appel de propositions concurrentielles et d’approbation, comprenant des évaluations par les pairs. Des accords de recherche conclus dans le cadre de nombreuses collaborations au Canada et à l'étranger permettent de multiplier de beaucoup les ressources et l'expertise, et de mener des programmes de recherche multidisciplinaire de grande envergure (voir les tableaux 2, 3 et 4, et la section Gestion, à la page 13).

Gouvernance

Un Comité de coordination interministériel de sous-ministres adjoints (SMA) supervise la gestion et la coordination globales de l’IRDG. Le Comité veille à la mise en place de mécanismes efficaces d’établissement des priorités dans les ministères et à l’atteinte des objectifs et des priorités du gouvernement. Il veille aussi à ce que des principes de gestion communs soient appliqués à l’IRDG et à ce qu’une collaboration horizontale entre les divers organismes soit favorisée et établie. Le Comité se compose de représentants de chacun des organismes financés, ainsi que de représentants invités provenant d’Industrie Canada et de Génome Canada. L’Agence canadienne d’inspection des aliments y est également représentée pour planifier les futures phases de l’IRDG.

Un groupe de travail interministériel sur l’IRDG appuie les travaux du Comité. Il a pour mandat de formuler des recommandations et des avis à l’intention du Comité de coordination des SMA en ce qui concerne l’établissement de priorités stratégiques et la gestion générale de l’IRDG. Le groupe de travail aide également à l’évaluation et à la préparation des rapports liés à l’Initiative.

Le Conseil national de recherches du Canada (CNRC) coordonne les activités interministérielles de gestion de l’IRDG, y compris l’élaboration et la mise en œuvre du Cadre de responsabilisation et de gestion axé sur les résultats (CGRR), et il préside le Comité de coordination ainsi que le groupe de travail interministériel.

Évaluation formative – Une initiative bien gérée, efficace et efficiente

Une évaluation formative de l’IRDG a été effectuée en 2006 par un consultant privé (Performance Management Network Inc.), qui a conclu qu’elle atteignait les objectifs escomptés et offrait un programme de recherche pertinent, crédible et bien géré à l’appui des politiques, de la réglementation et des décisions gouvernementales. L’évaluation a confirmé que la plupart des six ministères du gouvernement avaient une capacité limitée de mener à bien des recherches en génomique avant la mise en œuvre de l’IRDG, et que celle-ci a permis de combler cette lacune. Les ministères soutenus par l’IRDG ont réussi à accroître leurs ressources humaines et à améliorer les outils, équipements, infrastructures et réseaux nécessaires pour entreprendre de la R-D en génomique et participer à des programmes de grande envergure et à fort impact établis dans le cadre d’accords de collaboration formelle et informelle avec des organisations canadiennes et étrangères (gouvernements, universités, ONG et entreprises privées). L’évaluation a également corroboré le rôle légitime et nécessaire du gouvernement dans la R-D en génomique, ainsi que la nature complémentaire de l’IRDG et des autres initiatives fédérales ou provinciales dans ce domaine, sans chevauchement ou double emploi.

L’une des principales recommandations de l’évaluation était de non seulement maintenir le soutien de l’Initiative, mais aussi d’accroître sa base de financement pour répondre au besoin sans cesse croissant de R-D en génomique dans les laboratoires du gouvernement. L’évaluation recommandait également au gouvernement de définir des mécanismes pour renforcer l’orientation stratégique de l’IRDG afin qu’elle cible les priorités nationales, et de prendre des mesures pour veiller à ce que la responsabilité et la performance continuent d’être des éléments clés de l’Initiative. Le Comité de coordination des SMA sur l'IRDG s'est engagé à répondre aux recommandations dans un plan d'action et de gestion, en conformité avec la Politique d'évaluation du Conseil du Trésor, et de faire état des progrès chaque année dans le Rapport ministériel sur le rendement du CNRC. 

Solide performance scientifique

En 2009, Science-Metrix a effectué l’évaluation bibliométrique des recherches financées par l’IRDG entre 1996 et 2007. Elle en a tiré les principales conclusions suivantes : 1) en ce qui concerne les retombées scientifiques de leurs recherches, les scientifiques de l’IRDG se comparent favorablement aux autres scientifiques fédéraux prenant part aux recherches en génomique ainsi qu’avec leurs pairs canadiens et étrangers; les articles qu’ils ont publiés étaient plus souvent cités que la moyenne canadienne (9 %) et mondiale (22 %) dans le domaine de la génomique; 2) le gouvernement fédéral a harmonisé ses efforts de recherche en génomique avec ceux consentis au Canada et dans le monde depuis la mise en œuvre de l’IRDG en 1999; 3) le nombre moyen d’articles portant sur la génomique publiés par les scientifiques de l’IRDG a augmenté durant la période de financement. En outre, la génomique est responsable d’une plus grande proportion des résultats de recherche scientifique obtenus par le gouvernement fédéral : de 6 % des résultats de recherche en 1996, elle est passée à 9 % en 2007.

Se préparer à l’avenir – une IRDG renouvelée

Depuis la mise en œuvre de l’IRDG, en 1999, de nombreux événements et phénomènes ont influé sur la portée et l'orientation de la recherche en génomique. Mentionnons, entre autres, les menaces à la santé, à la sécurité, à la salubrité des aliments et à la sécurité énergétique, qui sont en grande partie liés aux changements environnementaux, au flux croissant des échanges commerciaux mondiaux et à l’évolution démographique; les progrès scientifiques spectaculaires de la recherche en génomique qui offrent d’importantes possibilités économiques; une nouvelle politique scientifique au Canada grâce à la Stratégie fédérale en matière de sciences et de technologie; le rôle marqué de Génome Canada dans le soutien à la recherche de grande envergure en génomique menée par les universités et les organismes à but non lucratif non liés au gouvernement fédéral; la reconnaissance de la force du Canada en génomique; et les conclusions tirées de l’évaluation formative de l’IRDG, qui confirment sa réussite et sa pertinence et s’accompagnent de recommandations en matière d’action gouvernementale. Les intervenants de l’IRDG ont entrepris des activités de planification visant à réorienter l’IRDG de façon à tenir compte de ces changements, à se préparer à la prochaine génération de technologies qui va révolutionner la recherche en génomique et à veiller à ce que le programme canadien de recherche en génomique continue d'offrir un avantage concurrentiel aux citoyens et entreprises du Canada. Une fois réorientée, L’IRDG serait dotée de mécanismes de prestation renforcés axés sur les priorités stratégiques et elle pourrait assurer une meilleure intégration interministérielle afin de mieux remplir le rôle que joue la recherche fédérale dans l’atteinte des objectifs économiques et sociaux du Canada. L'IRDG recentrée pourrait ainsi : 1) apporter des solutions à fort impact à des problèmes nouveaux ou persistants grâce à une intégration horizontale et à des partenariats fructueux, pour le bénéfice économique, social et environnemental des Canadiens, et 2) appuyer les priorités, politiques et mandats du gouvernement en menant des travaux de recherche concertée de haut calibre en génomique dans les domaines pour lesquels les laboratoires fédéraux possèdent des compétences qui les distinguent.

Au Canada, la recherche en génomique est un milieu constitué de nombreux acteurs, et c’est dans ce cadre que s’insère l’IRDG. Compte tenu de la force du Canada dans ce domaine et des nombreux chercheurs universitaires du pays, la recherche en génomique offre une occasion unique aux laboratoires du gouvernement de mobiliser leurs ressources et d’avoir de l’influence en participant à un effort de recherche de pointe et de calibre mondial. Grâce à une IRDG ciblée et bien coordonnée, on serait mieux en mesure d’harmoniser les investissements consacrés à la recherche en génomique avec ceux qu’y consacrent les universités, les provinces canadiennes et le secteur privé.

Cadre de gestion et de responsabilisation axé sur les résultats

Un cadre de gestion et de responsabilisation axé sur les résultats (CGRR) de l'IRDG officialise l'engagement des ministères et organismes participant à l'Initiative de faire rapport sur des indicateurs de rendement communs. Ce cadre oriente la structure et le contenu du présent Rapport de rendement annuel pour 2009-2010, qui couvre la deuxième année du financement de la phase IV.

Le modèle logique du CGRR reflète les objectifs généraux de l’Initiative, organisés en quatre domaines de programme : gestion, renforcement des capacités de R-D en génomique, recherche et développement et communications. Les indicateurs de rendement clés pour chacun de ces domaines sont les suivants :

  • Gestion – Amélioration de la gouvernance, de la coordination et des partenariats.
  • Renforcement des capacités de R-D en génomique – Recrutement et formation du personnel hautement qualifié; mise à niveau des installations de façon qu'elles soient à la fine pointe de la technologie; participation accrue à des initiatives nationales et internationales en génomique.
  • Recherche et développement – Accès aux technologies et aux connaissances scientifiques et partage de ces technologies et connaissances; application des résultats de recherche pour la mise au point de méthodes, produits, technologies ou procédés innovateurs, nouveaux ou améliorés.
  • Communications - Meilleures connaissance et compréhension des r\xC3\xA9sultats et des applications de la recherche en génomique.

Un résumé du CGRR, qui comprend le modèle logique et les tableaux connexes des indicateurs de rendement, est présenté à l’Appendice B.

Liens avec les objectifs ministériels et l'architecture des activités de programme

Les projets financés par l’IRDG sont axés sur les mandats des ministères et les priorités du gouvernement et ils s’inscrivent dans les stratégies de chaque ministère.

L’Initiative en génomique et en santé (IGS) est la plus vaste initiative horizontale de R-D du CNRC. Grâce à son approche multidisciplinaire et à son excellence en recherche, l’IGS vient soutenir le deuxième objectif de la Stratégie du CNRC en contribuant de façon marquée aux priorités de R-D du Canada dans les domaines de la santé (maladies chroniques et filière agroalimentaire), de l’énergie (biocarburants) et de l’environnement (technologies environnementales et bioproduits). L’IGS contribue également à l’atteinte du premier objectif de la Stratégie du CNRC parce qu’elle favorise la compétitivité de l’industrie en augmentant les flux technologiques dans des secteurs à fort impact de l’économie canadienne. Cette contribution est possible grâce au financement de programmes de recherche qui cadrent avec des secteurs industriels clés et qui sont axés sur l’application des connaissances techniques et scientifiques de façon à favoriser le développement économique et social. L’Initiative permet au CNRC de réaliser son mandat, qui est de traduire la S-T en valeur pour le Canada par le truchement de partenariats avec d’autres organismes gouvernementaux, les universités et l’industrie afin d’assurer une approche intégrée à l’égard de ses initiatives de S-T.

Agriculture et Agroalimentaire Canada (AAC) fournit des renseignements, des recherches, des technologies, des programmes et des politiques afin de soutenir les secteurs de l’agriculture, de l’agroalimentaire et des agroproduits au Canada. L’IRDG soutient directement les sept priorités du Plan d'action stratégique en matière de science et d'innovation d'AAC : amélioration de la santé et du mieux-être des humains grâce à la nutrition, à l'alimentation et à des produits novateurs; amélioration de la qualité des aliments et de la sécurité du système alimentaire; amélioration de la sécurité et de la protection de l'approvisionnement alimentaire; amélioration des avantages économiques pour tous les intervenants; amélioration de la performance environnementale du système agricole canadien; amélioration de la compréhension des bioressources canadiennes et de la protection de la conservation de la diversité génétique; élaboration de nouvelles possibilités pour l'agriculture à partir des bioressources. Les fonds de l’IRDG ont permis à AAC de renforcer le Projet canadien de génomique des plantes cultivées (PCGPC) en investissant davantage dans la génomique des plantes et dans la formation d’équipes multidisciplinaires à l’échelle du Canada. Le financement de l’IRDG a été employé pour soutenir les progrès technologiques nécessaires 1) au développement d’aliments durables et de stocks fourragers à base de céréales, de légumineuses à grains et d’oléagineux, et 2) au lancement de plateformes pour la production de produits industriels et de biocarburants. Le PCGPC a catalysé la formation d’équipes scientifiques et technologiques intégrées au sein d’AAC et avec divers partenaires : universités, secteur privé, ONG et instituts de génomique internationaux de grande renommée.

L’IRDG soutient les quatre résultats stratégiques de Santé Canada (SC) : amélioration des connaissances afin de répondre aux priorités en matière de santé et de soins de santé; accès à des produits de santé et à des aliments efficaces et sûrs et à des renseignements en vue de choix de santé sains; réduction des risques pour la santé et l'environnement de produits et de substances réglementés et milieux de vie et de travail plus sains; de meilleurs résultats de santé et réduction des inégalités en santé entre les Premières nations et Inuits et les autres canadiens. Pour SC, la contribution de l’IRDG consiste à générer des connaissances qui sont essentielles à l’efficacité de la réglementation des produits liés à la santé. Le plan du ministère en matière de science décrit les rôles et responsabilités de SC en ce qui concerne la génomique, dont ceux d’être un chef de file en matière d’élaboration de politiques et de règlements, ainsi que d’information et de participation du public, afin de veiller à ce que le Canada occupe une place de choix sur la scène internationale et de tirer profit des avantages qu’offre la recherche en génomique pour remplir son propre mandat. Santé Canada a défini quatre thèmes pour orienter les activités de recherche de l’IRDG : production et utilisation de données sur la génétique humaine et répercussions de ces données sur la société; santé et innocuité des produits biotechnologiques; applications de la génomique humaine et répercussions liées aux diagnostics et aux maladies; et applications de la génomique microbienne et répercussions liées aux diagnostics et aux maladies.

L’IRDG soutient également le résultat stratégique de l’Agence de la santé publique du Canada (ASPC), soit une population en meilleure santé par la promotion de la santé et la prévention des maladies et des blessures. Les activités de recherche menées pour l’ASPC dans le cadre de l’IRDG portent sur deux thèmes : 1) la pathogénomique et la santé publique : acquérir de nouvelles connaissances dans le domaine de la génomique des pathogènes et des sciences connexes (protéomique, transcriptomique, métabolomique et bioinformatique), les résumer et les appliquer dans le cadre de programmes améliorés de prévention, de contrôle et de surveillance des maladies infectieuses; l’application de ces nouvelles connaissances prend notamment la forme de nouveaux moyens de diagnostic et d’outils moléculaires d’évaluation des risques, de vaccins, de stratégies d’intervention et de méthodes pour atténuer la résistance aux antimicrobiens; 2) la génomique et la santé publique : acquérir de nouvelles connaissances dans le domaine de la génomique humaine et des sciences connexes (protéomique, transcriptomique et bioinformatique), les résumer et les appliquer pour améliorer le diagnostic, la promotion de la santé et les efforts de prévention, comme la modulation des facteurs de risque des maladies chroniques ou infectieuses et le dépistage génétique préventif.

Le Service canadien des forêts (SCF) de Ressources naturelles Canada (RNCan) a pour mandat de favoriser le développement durable des forêts du Canada et la compétitivité du secteur forestier canadien. L’IRDG a jeté les bases qui contribuent à l’atteinte du résultat stratégique de RNCan liée à la compétitivité économique ainsi qu’à l’activité de programme liée à l’innovation, de la forêt au marché. Elle contribue à la sous–activité du programme, qui est de faire preuve d'une innovation vigoureuse qui ajoute une valeur économique à chacun des maillons de la chaîne de valeur du secteur forestier, de la forêt au marché. Elle est à la fine pointe de la technologie, dont elle a rendu la réalisation possible. Ces plateformes sont utilisées pour la culture d’arbres et de tissus d’insectes, le diagnostic moléculaire, la génétique des populations, les produits de lutte biologique et la génomique fonctionnelle. Elles ont généré une masse critique de données, des infrastructures et des partenariats qui commencent à donner lieu à des applications pratiques importantes.

Environnement Canada (EC) mène ses activités de recherche en génomique par l’entremise de son programme Application stratégique de la génomique dans l’environnement (STAGE). Dans le cadre de ce programme, le Ministère a essentiellement financé des projets qui visent à déterminer comment les outils et les méthodes de la génomique peuvent être utilisés pour appuyer ses divers mandats : l’élaboration de politiques, la prise de décisions réglementaires et l’application de la loi. Plus précisément, les projets portent sur les priorités ministérielles suivantes : la détermination des risques (p. ex. la connaissance des effets des contaminants environnementaux sur la biodiversité et les fonctions des communautés microbiennes); l’évaluation et la gestion des risques (p. ex. des données plus précises pour la présentation des rapports et des connaissances plus précises pour les décisions réglementaires); la biologie de la conservation et la gestion de la faune (p. ex. des marqueurs génétiques pour les décisions de conservation et de protection) et de meilleures activités de conformité et d’application de la loi (p. ex. l’identification des échantillons et l’expertise légale dans le domaine de la faune). Les outils issus de la génomique commencent à servir aux fins pour lesquelles ils ont été créés (établissement de règlements, application de la loi, élaboration de stratégies de conservation, etc.). Cependant, les domaines de la génomique n’ont pas tous atteint le même stade de maturité et une validation approfondie de certaines approches et données fondées sur la génomique reste à faire avant qu’elles puissent servir dans le cadre du mandat du Ministère en matière d’application de la loi et de prise de décisions réglementaires.

Le Programme de R-D en biotechnologie aquatique et en génomique de Pêches et Océans Canada (MPO), d’envergure nationale, appuie la recherche en génomique dans ses activités de R-D liées à ses responsabilités en matière de gestion des pêcheries, de surveillance de l’habitat du poisson, de pêcheries et d’aquaculture durables ainsi qu’à la protection des ressources marines. Des objectifs précis pour la recherche en génomique dans les quatre centres de recherche du MPO à travers le Canada ont été mis au point pour les écosystèmes et les organismes aquatiques, dans la lignée du mandat et des objectifs stratégiques du Ministère. Le Programme de R-D en biotechnologie aquatique et en génomique soutient directement l’un des trois piliers de l’architecture des activités de programmes du MPO, soit des pêches et des secteurs maritimes prospères sur le plan économique.

Pertinence pour la Stratégie fédérale en matière de sciences et de technologie

La science au gouvernement fédéral est encadrées par la stratégie fédérale en matière de sciences et de technologie (S-T) de 2007 – Réaliser le potentiel des sciences et de la technologie au profit du Canada. Cette stratégie est guidée par quatre principes de base (promouvoir une excellence de classe internationale; concentrer les efforts sur les priorités; favoriser les partenariats; augmenter la responsabilisation) et est assortie de trois engagements stratégiques, qui sont de créer un avantage entrepreneurial, un avantage humain et un avantage du savoir. Le Canada jouira d’un avantage du savoir en concentrant davantage ses énergies et ses ressources dans les domaines prioritaires de recherche, soit les sciences et technologies de l’environnement; les ressources naturelles et l’énergie; les sciences et technologies de la santé et des sciences de la vie connexes; les technologies de l’information et des communications.

Comme l’indique la Stratégie en matière de S-T, la recherche menée dans les laboratoires fédéraux vise à répondre à des mandats de réglementation, de politique publique et d’opérations dans des domaines importants comme les soins de santé, la salubrité des aliments et la protection de l’environnement, en concentrant les activités dans les domaines où le gouvernement peut livrer les meilleurs résultats et en tirant parti des forces des universités et du secteur privé.

L’IRDG est des plus pertinentes pour la Stratégie fédérale en matière de S-T, compte tenu de son objectif stratégique d’appuyer le gouvernement dans la prise de décisions fondées sur des données probantes, l’élaboration de politiques et de règlements et la mise sur pied d’entreprises commerciales canadiennes dans les secteurs clés, soit la protection et l’amélioration de la santé humaine, le développement de nouveaux traitements des maladies chroniques et infectieuses, la préservation de l’environnement et la gestion durable des ressources agricoles et naturelles.

Les programmes financés dans le cadre de l’IRDG permettent d’attirer, de former et de soutenir un personnel hautement qualifié, y compris des chercheurs, des boursiers, des doctorants, des techniciens et des analystes des politiques, en leur donnant accès à des infrastructures et à des réseaux de recherche de classe mondiale.

Les relations de collaboration sont un élément important de l’IRDG pour réunir les capacités uniques, les intérêts et les ressources des partenaires de recherche et des parties intéressées. Ces relations sont établies entre des organisations scientifiques publiques, des universités, l’industrie et d’autres instituts de recherche, au pays et à l’étranger, et elles s’appuient sur le partage de plateformes technologiques et la collaboration dans des domaines de recherche qui transcendent les clivages sectoriels

Ressources

Tous les ministères ont bonifié l’IRDG en fournissant des fonds supplémentaires à partir du budget des services votés et en obtenant des fonds de leurs collaborateurs. Le tableau 2 donne un aperçu des ressources en 2009-2010, montrant que les fonds mobilisés ont représenté plus de deux fois et demie les investissements dans l'IRDG. Les contributions en nature additionnelles comprenaient le partage des plateformes technologiques, des matériaux et du savoir-faire avec divers partenaires dans des domaines de recherche qui transcendent les clivages sectoriels traditionnels.

Tableau 2 : Fonds de l’IRDG et fonds mobilisés (000 $)
Ministère/Agence IRDG Mobilisés IRDG + mobilisés
Conseil national de recherches Canada  6 000 19 797 25 797
Agriculture et Agroalimentaire Canada 6 000 8 394 14 394
Santé Canada 1 635 1 000 2 635
Agence de la santé publique du Canada 2 365 4 500 6 865
Ressources naturelles Canada 2 000 5 478 7 478
Environnement Canada 1 000 3 200 4 200
Pêches et Océans Canada 900 2 097 2 997
Total 19 900 44 466 64 366

Plans et activités des programmes de recherche

Les projets de l’IRDG soutiennent l’innovation et les règlements et politiques connexes dans les grands secteurs de l’économie canadienne que sont la foresterie, l’agriculture, la pêche, la santé et les sciences de la vie. Le cadre global des programmes de l’IRDG menés à la phase IV est présenté dans la section intitulée Secteurs d’impact de la phase IV de l’IRDG. Les faits saillants des plans et activités ministériels pour 2009-2010 (deuxième année de la phase IV) figurent dans les sections suivantes. D'autres renseignements sont fournis à l'annexe 1 de l'appendice A.

L'Initiative en génomique et en santé (IGS) du CNRC soutient cinq programmes de recherche orientés vers la productivité du canola, le traitement des tumeurs cérébrales, les dispositifs diagnostiques hors laboratoire, la détection et le traitement du cancer et les outils de diagnostic des crises cardiaques.

Le Projet canadien de génomique des plantes cultivées (PCGPC) d'AAC a porté sur la génomique fonctionnelle de la résistance aux maladies et aux insectes, la tolérance au stress, comme le froid, les plateformes technologiques ainsi que l'amélioration des attributs de qualité des céréales (blé, orge et triticale), des oléagineux (Brassica et Arabidopsis) et des légumineuses (soja et légumineuses à grain).

À SC, les activités menées dans le cadre de l'IRDG continuent de renforcer la base de connaissances scientifiques acquises en vertu du plan en matière de science de SC pour la biotechnologie, lequel décrit les rôles et responsabilités de SC en matière de génomique, dont ceux d'être un chef de file en matière d'élaboration de politiques et de règlements, ainsi que d'information et de participation du public, afin de veiller à ce que le Canada occupe une place de choix sur la scène internationale et de tirer profit des avantages qu'offre la génomique pour remplir son propre mandat.

Du point de vue de l’ASPC, la génomique des humains et des microbes offre la possibilité de modifier radicalement les pratiques futures en santé publique, grâce à de nouvelles approches de la surveillance de la maladie, de la prévention des maladies et de l’amélioration de l’état de santé qui peuvent contrebalancer efficacement les pressions de financement dans le secteur de la santé. 

L’IRDG à RNCan génère les connaissances scientifiques approfondies requises pour trouver des solutions adaptées à des problèmes précis en foresterie, comme les besoins changeants de l’industrie forestière canadienne et la menace que représentent les insectes, les maladies et le changement climatique, en mettant l’accent sur des espèces et des traits importants du point de vue économique. Les thèmes suivants sont appuyés : problèmes environnementaux émergents, comme la surveillance des ravageurs et des pathogènes et interventions associées; relations entre les génomes pour étudier le profil génétique et l’évolution des principaux ravageurs, les mécanismes de défense de l’hôte ainsi que les interactions hôte-pathogène; développement durable et compétitivité du secteur forestier pour réussir à améliorer la croissance des arbres, la qualité du bois ainsi que la résistance aux agents biotiques et abiotiques.

Environnement Canada a renforcé sa capacité interne dans le domaine de l’élaboration et de l’application d’approches fondées sur la génomique pour aborder les questions environnementales associées à l’identification, à l’évaluation et à la gestion du risque ainsi qu’à la biologie de conservation, à la gestion de la faune de même qu’à l’amélioration de la de conformité des activités d’application de la loi. EC utilise cette capacité pour trouver la meilleure façon d'utiliser la génomique dans l'accomplissement de son mandat, qui est de protéger les systèmes aquatiques, les systèmes terrestres et la faune du Canada contre les effets nocifs des agresseurs environnementaux existants et émergents (chimiques, biologiques et physiques). Les chercheurs d'EC en génomique participent à de vastes initiatives nationales et internationales dans ce domaine et sont reconnus pour leurs précieuses compétences et leurs contributions scientifiques.

Le MPO poursuit ses travaux de recherche dans trois domaines : profilage des ressources aquatiques, santé des animaux aquatiques et santé de l’écosystème aquatique. Certains investissements ont permis à la Région des Maritimes d’améliorer son expertise en génomique et ses infrastructures dans ce domaine, ce qui a favorisé les collaborations internes et externes. À la suite du processus concurrentiel lancé par le MPO dans le but d’affecter les fonds disponibles pour la phase IV de l’IRDG, des chercheurs de toutes les régions du Ministère prennent maintenant une part active aux projets de R-D en génomique afin de contribuer à l’atteinte de ses objectifs stratégiques en matière de recherche. 

Rendement

Le présent rapport annuel sur le rendement pour 2009-2010 est structuré selon les catégories d'indicateurs de rendement établies dans le CGRR de l'IRDG, afin de rendre compte des progrès sur les divers aspects de l'Initiative : la gouvernance, la coordination et les partenariats scientifiques, la capacité de recherche; l'infrastructure; le partage des connaissances technologiques et scientifiques; la sensibilisation du public à la génomique; la participation à des initiatives nationales et internationales, et l'application des résultats de la recherche pour élaborer des méthodes, produits, technologies ou processus novateurs.

Gestion

La saine gestion est un aspect important de tout programme gouvernemental. Les ministères et organismes participant à l’IRDG ont mis en place des pratiques visant à définir efficacement les priorités, à favoriser la coordination ministérielle et à sélectionner des projets qui portent expressément sur les priorités cernées.

Par exemple, en 2009-2010, le CNRC a procédé à un examen à mi-parcours officiel de l’Initiative en génomique et en santé, conformément au cadre de gouvernance de l’IGS. L’évaluation visait principalement à fournir au CNRC des conseils stratégiques sur la poursuite des investissements liés aux projets de recherche de l’IGS-4 et à présenter des recommandations au VP, Sciences de la vie, sur les orientations à suivre. Le Comité d’experts IGS-CNRC a été chargé d’examiner l’avancement des projets en termes d’échéances et de livrables, de gestion des ressources, de mise en œuvre du cadre de gouvernance, de prise de décisions et de gestion du risque, ainsi que d’évaluer si l’orientation globale de la recherche constituait un domaine d’investissement continu et pertinent pour le CNRC et le Canada. Les recommandations du Comité d’experts ont été acceptées par la direction du CNRC, et elles ont été intégrées aux plans de projets pour le dernier exercice (2010-2011) du programme de l’IGS–4.

Le CNRC a également lancé un appel de propositions en 2009-2010 pour la cinquième phase du programme de l’IGS. Afin de maximiser le rendement des investissements du CNRC, l’IGS continue d’employer un processus concurrentiel pour choisir les projets. Celui–ci nécessite la soumission de lettres d’intention et de propositions complètes à un examen externe pour assurer la qualité et la pertinence des propositions par rapport à certains critères d’évaluation préétablis. Quinze lettres d’intention ont été reçues et officiellement examinées par le Comité des directeurs généraux de l’IGS dans le but d’en évaluer la faisabilité globale et la valeur potentielle pour soutenir la stratégie du CNRC. Neuf de ces lettres d’intention ont été approuvées pour l’élaboration de propositions complètes. Le renouvellement de trois projets existants de l’IGS a été mis de l’avant (simulation chirurgicale, huile biorenouvelable et cancer), et six nouveaux domaines de recherche seront envisagés au cours de la nouvelle phase : la maladie d’Alzheimer, la mammographie, les neuropuces, les implants vasculaires, les agents anti–infectieux et les essais biologiques reposant sur l’utilisation de bactériophages.

À l’échelon interministériel, le groupe de travail de l’IRDG et le Comité de coordination des SMA sur l’IRDG se sont réunis une fois par mois et trois fois, respectivement, pour poursuivre l’élaboration d’un nouveau cadre stratégique pour l’IRDG à la fin de la phase IV (mars 2011). En janvier 2010, un nouveau modèle a été approuvé par le Comité de coordination des SMA sur l’IRDG afin de réagir à l’évolution de la conjoncture. Le modèle décrit trois volets pour soutenir des priorités stratégiques partagées, les priorités et le mandat de chaque ministère et organisme et des fonctions communes visant l’augmentation de l’efficacité. Il décrit également des cadres intégrés de prise de décisions et de gouvernance. Ce nouveau modèle doit servir à appuyer les discussions intégrant les commentaires des intervenants et des utilisateurs finaux. Les discussions concernant les meilleurs moyens d’améliorer le modèle en fonction des nouvelles occasions de financement ont été reportées à l’exercice 2010-2011.

Collaborations

Les collaborations constituent une partie importante de l’IRDG, comme l’illustrent les tableaux 3 et 4. Le tableau 3 indique les activités de collaboration interministérielle menées dans le cadre de l'IRDG en 2009-2010.

Tableau 3 : Projets de collaboration interministérielle dans le cadre de l’IRDG
Partenaires Domaine de recherche

AAC – CNRC

Au-delà du canola : génomique pour la prochaine génération des cultures canadiennes de Brassica

AAC – CNRC

Profil des transcrits de la biosynthèse de la S-méthyl-cystéine des graines de haricot en développement.

AAC – CNRC

Mécanismes génétiques et épigénétiques contrôlant l'expression des gènes de la maturation des graines chez le soja

AAC – CNRC 

Exploitation des données sur la résistance aux maladies chez les légumineuses en utilisant la génomique

AAC – CNRC 

Analyse associative de l’expression et de l’organisation des caractères complexes chez le canola

AAC-SC

Génomique fonctionnelle des protéines de la graine de soja – réduction de l’exposition aux allergènes

EC – CNRC

Génomique microbienne environnementale

EC – MPO

Identification de parasites larvaires pathogènes chez les poissons et les amphibiens au moyen de codes à barres

EC – MPO

Corrélation entre les profils d’expression génique et les paramètres toxicologiques classiques

EC – SC

Plan de gestion des produits chimiques

EC – AAC

Application de techniques de génomique pour évaluer les risques pour l’environnement que constituent les organismes génétiquement modifiés et les souches microbiennes figurant sur la Liste intérieure des substances

EC – SC

Projet de recherche en nanotechnologie

EC – SC

Toxicogénomique aquatique des substances nouvelles

Le tableau 4 montre l’étendue des collaborations entre les divers partenaires, soit près de 240 en tout, lesquelles ont permis de multiplier l’expertise et les ressources. De nombreux projets impliquent des chercheurs sans attache avec le gouvernement, provenant d’organismes de recherche et d’universités du Canada et de l’étranger. Par exemple, AAC a contribué de façon appréciable aux efforts internationaux de séquençage du génome de Brassica, ce qui lui a permis d’établir de solides liens avec les scientifiques allemands de ce domaine.

Tableau 4 : Collaborations par type d’organisation
Type CNRC AAC SC ASPC RNCan EC MPO Total

Universités (canadiennes et étrangères)

46

10

14

23

10

26

9

138

Autres organismes de recherche étrangers

12

2

4

1

5

1

0

25

Autres instituts de recherche canadiens

3

-

3

1

4

1

0

12

Secteur privé

16

-

3

-

1

4

1

25

Autres organismes du secteur public

1

8

3

-

-

2

19

33

Total

78

20

27

25

20

34

29

233

Le gouvernement du Canada finance l'organisme sans but lucratif Génome Canada et ses centres régionaux (915 millions de dollars depuis 2000) afin de pousser plus à fond la recherche en génomique de grande envergure et de renforcer la position du Canada sur la scène internationale. Cet investissement a pu être augmenté à plus de 1,7 milliard de dollars grâce au cofinancement des partenaires. La synergie qui s’est établie entre les scientifiques fédéraux participant à l’IRDG et les scientifiques universitaires actifs dans des programmes à grande échelle financés par Génome Canada se renforce au fil des ans. Les scientifiques fédéraux jouent un rôle clé dans le projet Conception d'oléagineux pour les marchés de l'avenir, codirigé par l'Université de l'Alberta et le CNRC, dans le but de développer un génotype du canola permettant d'améliorer la qualité du tourteau pour les marchés importants de l'alimentation des poissons et des animaux. Les liens créés dans le cadre de tels projets sont au cœur de l’établissement des réseaux financés par le Programme d’innovation en matière de bioproduits agricoles (PIBA) d’AAC. Par exemple, le Réseau canadien sur les biocarburants cellulosiques (RCBC), dirigé par AAC, réunit plus de 40 scientifiques gouvernementaux et universitaires qui visent tous le même but : éliminer les obstacles auxquels se bute l’industrie canadienne du bioéthanol. 

Les chercheurs d’AAC et du CNRC chargés d’étudier la Brassica ont collaboré pour concevoir et élaborer une plateforme d’analyse d’expression à haute densité, soit un microréseau qui permet à environ 70 % des gènes du canola d’être stimulés en même temps. Les scientifiques de l’IRDG ont continué de participer activement à l’accord de recherche concertée conclu entre le CNRC, AAC, Génome Alberta et quatre partenaires de l’industrie (Cargill Limited, Dow AgroSciences Canada Inc., KWS SAAT Ag et RAPOOL-Ring GmbH) officialisé en février 2009 dans le cadre de l’Initiative canadienne de séquençage du génome du canola (CanSeq). Cette collaboration d’envergure a permis au Canada de participer fortement à un projet multinational visant le séquençage de deux chromosomes du génome de Brassica rapa, d’élaborer la séquence préliminaire du génome de Brassica napus et d’identifier la variation des nucléotides dans le génome de Brassica napus.

Le Service canadien des forêts (SCF) de RNCan est un collaborateur important du projet Arborea II, de Génome Canada/Génome Québec, qui vise à identifier les gènes liés à la variation naturelle de la croissance et de la qualité du bois chez une espèce très importante sur le plan économique : l’épinette blanche. Les recherches sont dirigées par des chercheurs de l’Université Laval, et environ le tiers des membres de l’équipe travaillent au SCF. Le SCF collabore également à un projet de Génome Colombie-Britannique et de Génome Alberta sur la génomique du dendroctone du pin ponderosa.

Les scientifiques du CRNC collaborent avec l’Université d’Ottawa dans le cadre d’un projet conjoint de développement technologique de Génome Canada. Des chercheurs de l’Université ont fait la démonstration d’un prototype de réacteur protéomique, conçu pour surmonter le problème de la perte de protéines au cours de la préparation des échantillons. L’instrument permet aux scientifiques de traiter des quantités minimes de protéines et ouvre la possibilité d’étudier les protéines à l’intérieur de cellules rares individuelles, comme les cellules souches, qui ne sont présentes qu’en faibles quantités dans l’organisme. Les compétences acquises dans le cadre de l’Initiative en génomique et en santé du CNRC (IGS-CRNC) au cours des six dernières années sont essentielles pour le développement de cette technologie. Dans le cadre des investissements de l’IGS-CRNC en matière de détection des agents pathogènes et de technologies à biopuces, des approches permettant d’isoler et d’examiner des pathogènes en très petits nombres sont en cours d’élaboration depuis 2005. La fusion de ces deux équipes a permis d’établir une masse critique d’expertise qui est actuellement mise à contribution, avec succès, pour développer davantage la technologie du réacteur protéomique et l’étendre aux réacteurs protéomiques à puces. L’expertise de l’IGS-CRNC en matière de puces microfluidiques sera améliorée afin de rendre le réacteur plus efficace, au moyen de stations fluidiques automatisées. L’expertise en matière d’isolement de cellules de l’IGS-CRNC sera elle aussi accrue pour mettre au point des trousses automatisées de réacteur protéomique et pour faire la démonstration des applications pratiques de la nouvelle méthode d’analyse des cellules individuelles. On s’attend à ce que le traitement des cellules individuelles dans le réacteur, combiné à la détection par fluorescence, assure une sensibilité qui permettra de mesurer les changements de profil protéomique dans des cellules individuelles.

Les scientifiques de l’ASPC collaborent avec des chercheurs et des collègues provinciaux de la santé publique et de l’agriculture des quatre coins du pays pour étudier la virulence de Salmonella lorsqu’elle est exposée aux antimicrobiens.

Capacités de R-D en génomique

Comme l’a confirmé l’évaluation formative effectuée en 2006, la plupart des ministères participants avaient des capacités restreintes de recherche en génomique avant la mise en œuvre de l’IRDG. Les ministères soutenus par l’IRDG sont maintenant en mesure d’entreprendre de la R-D en génomique et de participer à des programmes de grande envergure et à fort impact établis dans le cadre d’accords de collaboration formelle et informelle avec des organismes canadiens et étrangers.

En 2009-2010, l’IRDG a soutenu 479 chercheurs et techniciens, 45 stagiaires postdoctoraux, 74 étudiants (Ph.D., M.Sc., B.Sc., et programmes coopératifs), 1 chercheur invité et 3 agents administratifs, pour un total de 602 personnes actives dans différents domaines de recherche. L’annexe 2 de l’appendice A contient des détails supplémentaires présentés par ministère.

Les ministères ont continué d’investir dans les infrastructures de base, dont des installations pour le séquençage de l’ADN, la protéomique et les microréseaux. Des fonds ont également été alloués pour l’achat, l’entretien et la mise à niveau d’équipement de laboratoire, notamment des équipements PCR en temps réel, des spectromètres ainsi que des stations d’électrophorèse et d’hybridation. De plus, un nouveau microscope confocal à balayage laser a été acheté par le CNRC et est actuellement utilisé pour la prise d’images à haute résolution de cellules tumorales.

Pour atteindre le rendement visé en ce qui concerne le projet de l’IGS sur le cancer, un laboratoire a été établi à l’Institut des sciences biologiques du CNRC en vue de la production à grande échelle d’anticorps au moyen du système King Fisher Flex 96. L’Institut a financé les rénovations, et l’IRDG a contribué à raison de 129 000 $ pour fournir l’équipement de l’installation.

Recherche et développement

La recherche et le développement sont l’axe central de cette initiative, tout comme les activités entourant la conduite de la R-D, qui sont essentielles pour en assurer la pertinence et l’impact, tels que le transfert des connaissances, des techniques et des produits aux partenaires de recherche et aux utilisateurs finaux, ainsi que la diffusion des résultats de recherche. Dans le Rapport sur les plans et les priorités de 2009-2010, les ministères participants ont établi un ensemble collectif de résultats prévus, soit :

  • réaliser des progrès pertinents du point de vue commercial dans les domaines de la R-D en génomique ayant trait à la santé humaine (p. ex. tests génétiques, diagnostics, applications de la génomique microbienne, traitement et prévention de maladies humaines comme le cancer et les maladies cardiovasculaires, et détection des agents pathogènes);
  • augmenter la valeur des récoltes (céréales, soja, canola) en améliorant l’adaptation des végétaux aux stress biotiques ou abiotiques (p. ex. résistance à la maladie, tolérance au froid) et en étudiant le développement et le métabolisme des semences (p. ex. applications industrielles, avantages en matière de santé et de nutrition et qualité du produit final améliorée);
  • gérer de façon durable les ressources aquatiques par l’utilisation d’outils de génomique, notamment pour gérer l’ouverture des pêches; mieux comprendre la génétique et la structure des populations; étudier plus à fond les réactions comportementales, physiologiques et immunologiques à l’environnement; gérer les maladies chez les animaux aquatiques;
  • appuyer le système canadien de réglementation dans le domaine de la santé pour permettre l'innovation tout en réduisant les risques pour les Canadiens, grâce à un programme ciblé de R–D en génomique visant à renforcer la recherche dans des domaines prioritaires comme l'information génétique, les produits biotechnologiques, la génomique humaine et la génomique microbienne, afin de favoriser la santé humaine, animale et environnementale.
  • améliorer les connaissances et notre compréhension relativement aux maladies infectieuses et chroniques chez les humains pour trouver des applications en santé publique, notamment l’élaboration de nouveaux outils de diagnostic ou l’amélioration des outils existants.
  • augmenter les connaissances à l’appui de la production d’arbres et de la protection de la forêt et tenir compte des effets sur l’environnement en menant des travaux de R-D en génomique portant sur des espèces et des caractères ayant une importance économique pour le Canada;
  • mettre au point des applications de la génomique pour appuyer les activités de réglementation et d’application des lois dans des domaines clés comme l’évaluation et la gestion des risques environnementaux; l’application des lois et règlements et la conformité; la détection, la surveillance et la prévention de la pollution; la biologie de la conservation et la génétique de la faune; les prévisions et évaluations de la technologie; ainsi que le développement et l’utilisation responsables et durables des bioproduits et des procédés industriels.

La section intitulée Secteurs d’impact de la phase IV de l’IRDG renferme les orientations stratégiques et les domaines de recherche à fort impact sélectionnés pour 2008-2011. Le compte rendu détaillé des résultats atteints en 2009-2010 par rapport aux résultats prévus décrits dans le Rapport sur les plans et les priorités 2009–2010 est présenté à l'annexe 3.

Un objectif important de l'IRDG est de veiller à ce que les chercheurs scientifiques fédéraux continuent de jouer un rôle crédible et demeurent des acteurs scientifiques de premier plan dans le domaine en évolution rapide de la génomique. Cet aspect est rendu possible grâce aux publications scientifiques et aux exposés présentés lors de conférences et d’ateliers nationaux et internationaux, ainsi qu’à la participation à des comités et à des réseaux. La liste suivante indique les résultats directs liés aux réalisations en R-D pour 2009-2010; des renseignements supplémentaires pour chaque ministère/organisme sont disponibles à l'annexe 4 de l'appendice A) :

  • 196 publications dans des revues avec comité de lecture;
  • 98 publications dans des comptes rendus de conférences;
  • 136 présentations sur invitation;
  • 26 rapports techniques;
  • 21 autres publications, dont des monographies et des chapitres de monographies;
  • 177 présentations en personne et par affiches à des conférences nationales et internationales;
  • 6 divulgations produites;
  • 2 licences accordées;
  • 7 demandes de brevets;
  • 16 brevets délivrés;
  • 6 accords de transfert de matériel;
  • 89 accords de collaboration;
  • 1 base de données liée à la génomique conçue et mise en service;
  • 4 programmes de bioinformatique mis au point;
  • de nombreux dépôts dans GenBank (divers pathogènes s’attaquant aux insectes, arpenteuse de la pruche).

Communications

Les communications publiques directes et indirectes sont un aspect important de l’IRDG. Des pages Web et des wikis de projets ont été mis sur pied; des entrevues ont été accordées aux médias; des exposés communautaires et des visites ont été organisés; des présentations ont été données à des élèves du secteur public; des brochures et des feuillets d’information ont été rédigés; des chercheurs de l’IRDG ont participé à des expo–sciences et à des activités de mentorat d’étudiants. Des renseignements supplémentaires par ministère/organisme sont présentés à l’annexe 5 de l’appendice A.

Appendice A – Détails supplémentaires sur le rendement

Annexe 1 – Projets financés par l’IRDG, par ministère

Conseil national de recherches Canada
Biopuces pour la compréhension et le diagnostic des maladies humaines
L’objectif de ce projet est de concevoir de nouveaux outils qui permettront de mieux comprendre les processus moléculaires qui sont à la base des maladies de sources pathogènes et génétiques. On vise ainsi à créer de petits appareils de diagnostic efficaces insérés dans une seule puce en silicone (biopuce) qui sont capables de détecter rapidement certains marqueurs pathogènes. Un tel appareil permettra surtout de détecter la présence d’agents infectieux responsables des infections nosocomiales et de cerner les menaces à la salubrité des aliments et de l’eau.

Huile biorenouvelable pour l’alimentation et le carburant
Le but de ce projet est d'adopter des approches fondées sur la génomique pour améliorer la productivité, le rendement, la teneur en huile et la tolérance du canola canadien afin de faire face aux demandes nationales et internationales croissantes pour cette récolte essentielle à l'alimentation (l'huile pour la cuisson) et aux applications industrielles et non alimentaires (le biocarburant).

Identification des protéines ciblant le micro-environnement des tumeurs aux fins d’applications thérapeutiques
Le but de ce projet est de s'attaquer à la question complexe du traitement du cancer en cernant et en développant un large éventail d'agents thérapeutiques ciblés qui peuvent servir à créer la prochaine génération de cancérothérapies prometteuses et plus efficaces.

Dans le cadre du programme de l’IGS, le CRNC investit également dans des projets de santé qui ne comportent pas d’élément clairement associé à la génomique. Ces projets sont les suivants.

Les maladies du cœur : meilleurs outils pour un meilleur traitement
Ce projet vise à rapprocher de la pratique clinique un certain nombre d’innovations en matière d’outils d’imagerie et de diagnostic pouvant être employés dans la gestion des maladies du cœur.

Systèmes de simulation en réalité virtuelle adaptés au patient dans le domaine de l'oncologie chirurgicale
Le but de ce projet est d’élaborer un système d’exercice pratique (formation et planification) en réalité virtuelle, intégré à l’imagerie par résonnance magnétique, pour la chirurgie oncologique personnalisée.

Agriculture et Agroalimentaire Canada

Stress biotique
Des travaux dans ce domaine sont en cours pour développer un germoplasme et des variétés résistantes aux maladies et aux insectes nuisibles qui représentent un lourd fardeau économique. Des biologistes moléculaires et des entomologistes cherchent à établir une base moléculaire pour des méthodes faisant appel aux antibiotiques et aux antixénotiques en vue d’augmenter la résistance aux insectes et aux pathogènes.

Stress abiotique
Les programmes de découverte de gènes parallèles dans différents systèmes visent à découvrir des pistes nouvelles et complémentaires afin d’augmenter la tolérance au froid et au gel. La tolérance au froid et à la chaleur ainsi que la résistance au gel sont des caractéristiques essentielles pour presque toutes les cultures et revêtent une importance stratégique cruciale pour le Canada, car elles influent grandement sur la stabilité et le potentiel de rendement.

Attributs de qualité chez les céréales (blé, orge, triticale), d'oléagineux (Brassica/Arabidopsis) et de légumineuses (soja, légumineuses à grain)
Les recherches dans ce domaine portent sur un aspect important de la qualité des graines et visent à déchiffrer les gènes qui contrôlent le développement des graines, la répartition du carbone, la qualité des protéines, la qualité de l’huile, la qualité de l’amidon et l’accumulation de composés antinutritionnels. Parmi les composés des nutraceutiques à l’étude, mentionnons les phytostérols, les anthramides et les glucanes.

Santé Canada

  • Conception et validation d’outils en toxicogénomique et de démarches intégrées en biologie des appareils anatomiques en vue d’une utilisation en toxicologie réglementaire.
  • Application de la toxicogénomique et de la protéomique à la salubrité de l’environnement. Identification de biomarqueurs d’exposition et d’effet des agents cancérigènes mutagènes dans des matrices environnementales complexes.
  • Application de la génomique moléculaire à l’évaluation des risques liés à la radiation.
  • Réactions génétiques des cellules épithéliales du côlon aux fibres alimentaires.

Agence de la santé publique du Canada

  • Génomique de l’hôte pour étudier la réaction au traitement de l’hépatite C par l’administration d’agents antiviraux.
  • Stratégie moléculaire d'évaluation des risques pour les souches d'Escherichia coli autres que la souche O157 produisant des Shiga–toxines.
  • Élaboration de méthodes de génomique comparative à grande capacité pour étudier l'épidémiologie moléculaire des maladies infectieuses.
  • Identification et caractérisation des interactions entre les protéines virales et celles de la cellule–hôte.
  • Influence de la variabilité génétique sur les voies de défense immunitaire innée et du bilan des oligoéléments sur l'évolution des maladies infectieuses, notamment l'infection grippale grave.
  • Bactériophages et prévention des infections bactériennes courantes.
  • Micro-ARN et maladie infectieuses : un nouveau mécanisme régulateur de l’interaction hôte-pathogène.
  • Utilisation d’un système multiplex parallèle à haut rendement fondé sur la PCR en temps réel pour la détection des pathogènes lors d’essais sur la résistance aux médicaments anti-VIH.
  • Études sur la variabilité génétique et la virulence dans les organismes émergents résistants aux antimicrobiens.
  • Analyse génomique de « nouvelles » bactéries pathogènes chroniques chez les patients souffrant de fibrose kystique.
  • Pyroséquençage et assemblage des quasi-espèces virales.

Ressources naturelles Canada

Génomique et protéomique pour identifier les gènes des arbres possédant les caractéristiques recherchées sur le plan commercial
Ce domaine de travail vise à élaborer des méthodes, des outils et des bases de données pour découvrir des arbres possédant les caractéristiques recherchées sur le plan commercial et pour veiller à la conservation des ressources génétiques. Les gènes candidats responsables de la qualité du bois, de la croissance de l’arbre et de sa résistance aux maladies sont caractérisés et communiqués aux généticiens forestiers et à la communauté scientifique. Les projets de recherche sont les suivants :

  • Découverte des gènes contrôlant les attributs du bois et de la fibre de l’épinette blanche et noire et établissement de marqueurs génétiques pour la sélection des arbres possédant les caractéristiques souhaitées.
  • Génomique fonctionnelle de l’épinette.
  • Relevé du génome pour révéler certains « îlots de gènes » sous-jacents à la croissance et à l’adaptation de l’épinette.
  • Isolement et identification des gènes de défense, et marqueurs moléculaires liés à la résistance du Pinus monticola aux maladies causées par le champignon de la rouille vésiculeuse.
  • Comprendre la réaction de défense des arbres grâce à la génomique.

Comprendre les interactions génétiques hôte-pathogène pour améliorer la durabilité et la productivité
Ce domaine de travail vise à renforcer les connaissances de base sur les parasites des forêts et leurs agents pathogènes. La génomique permet de comprendre le mode d’action des pathogènes, la spécificité d’hôte, les interactions hôte-pathogène, l’écologie et l’incidence sur les populations hôtes. Ces connaissances permettent de poursuivre la recherche de nouveaux ingrédients actifs et de cibles pour la nouvelle génération de biopesticides et les agents de biocontrôle nouveaux et améliorés. Les technologies moléculaires novatrices permettant l’identification et le dépistage des parasites sont également examinées et transférées aux utilisateurs finaux du Canada et de l’étranger pour assurer la surveillance des maladies et des parasites, ainsi que la certification phytosanitaire. Les projets de recherche sont les suivants :

  • Régulation protéomique des interactions entre le virus et les larves.
  • Dépistage moléculaire des agents pathogènes des coléoptères nuisibles indigènes et étrangers.
  • Génomique comparative des insectes forestiers phyllophages : de l’ADN à l’atténuation.
  • Génomique des pathogènes fongiques des arbres.
  • Génomique sensorielle de l'agrile du frêne : exploration des récepteurs olfactifs permettant de trouver un hôte et un partenaire.
  • Résistance du douglas de Menzies à la maladie des racines et à d’autres agents stresseurs.

Environnement Canada

  • Conception et optimisation de microréseaux d’ADN novateurs utilisés dans la surveillance des effets environnementaux.
  • Application de la génomique pour faire le suivi des sources microbiennes et l’évaluation de la pollution microbienne des eaux.
  • Toxicogénomique aquatique des produits émergents : nano/biotechnologie.
  • Validation d’outils de génomique pour la prévision des effets environnementaux : réaction du poisson aux sédiments contaminés.
  • Application de la génomique dans l’évaluation des risques pour l’environnement des OGM et autres produits de la biotechnologie.
  • Mise au point et normalisation de méthodes d’essais faisant appel à des techniques de génomique environnementale.
  • Technologies d’expression des gènes : application à la toxicologie de la faune.
  • Élaboration et validation d’un réseau toxicogénomique pour le homard : corrélation entre les profils d’expression génique et les paramètres toxicologiques classiques liés à l’exposition à des contaminants.
  • Outils de toxicogénomique aquatique pour l’évaluation des risques et des effets environnementaux des produits chimiques et des mélanges complexes.
  • Mise au point et application de nouvelles techniques génomiques à microréseaux pour la détection de micro-organismes environnementaux dans les eaux usées.
  • Comportement reproducteur et historique de la population de la paruline polyglotte, oiseau qui figure sur la liste des espèces protégées en Colombie-Britannique : étude pilote.
  • Mise en place de techniques d’évaluation moléculaire pour les maladies infectieuses en émergence chez les amphibiens indigènes; comparaison des techniques de laboratoire et d’échantillonnage.
  • Diversité génétique comparative de la pie-grièche migratrice sauvage et de celle vivant en captivité.
  • Génétique de la conservation de l’océanite cul-blanc.
  • Génétique de la conservation du fou de Bassan.
  • Génétique de la conservation de la grive vraie de Haida Gwaii.
  • Hybridation entre le loup ordinaire de l’Est (Canis lycaon) et d’autres canidés: exemple d’évolution contemporaine dans les paysages modifiés par les humains.
  • Caractérisation génétique de souches de Pasteurella multocida isolées à partir d’épidémies de choléra aviaire étendues dans tout le Canada.
  • Discrimination dans la capture des populations de bernaches du Canada en Ontario.
  • Caractérisation et séquençage du virus de la grippe aviaire présent chez les oiseaux de l’est de Terre-Neuve.
  • Mouvements interinsulaires du cerf mulet introduit à Haida Gwaii.

Pêches et Océans Canada

Surveillance fondée sur la génomique pour faciliter la gestion de deux pêches importantes :

  • Utilisation de la génétique pour améliorer la conservation des bélugas (Delphinapterus leucas) dans l’ouest de l’Arctique canadien.
  • Génomique de la capacité de migration du saumon sauvage.

Meilleure compréhension de la génétique et de la structure des populations de certaines pêches importantes sur le plan économique :

  • Génomique de la conservation du saumon de l’Atlantique à Terre-Neuve-et-Labrador : évaluation des différences génétiques entre les lignées sauvages et issues de l’aquaculture et analyse de la structuration génétique en vue de cerner l’importante biodiversité au sein des espèces.
  • Discrimination des populations de capelans dans le nord-ouest de l’Atlantique.
  • Identification des espèces et de la structure des stocks de sébastes (Sebastes sp.) à partir de l’analyse génétique des otolithes archivés.
  • Identification de la diversité génétique et de la structure des populations de Dolly Varden dans l’ouest de l’Arctique.
  • Investissements dans le laboratoire des services de biotechnologie aquatique de l’Institut d’océanographie de Bedford.

Meilleure compréhension des réactions comportementales, physiologiques et immunologiques à l’environnement :

  • Caractérisation microbienne de l’eau extraite et de son influence sur la communauté microbienne du milieu marin entourant la plate-forme de production Hibernia.
  • Application de marqueurs génétiques pour effectuer l’identification des espèces aquatiques envahissantes et connaître la structure de leurs populations.

Gestion des maladies des animaux aquatiques, aspect important pour les pêches sauvages et l’industrie de l’aquaculture :

  • Fonction immunitaire du saumon et résistance aux maladies causées par le virus de l’anémie infectieuse du saumon (VAIS) – phase 2.
  • Effets des milieux d’élevage à l’état sauvage et en captivité, et des parasites et pathogènes qui y sont associés, sur la diversité et la nature de la variation génétique chez le saumon de l’Atlantique.
  • Interactions hôte-parasite : une démarche de génomique fonctionnelle pour caractériser les réactions des salmonidés au pou du saumon.

Annexe 2 – Personnel hautement qualifié (PHQ), par ministère

Conseil national de recherches du Canada
184 postes de chercheurs et de techniciens ont été financés dans le cadre de l'Initiative :

  • 35 agents de recherche
  • 72 agents techniques
  • 56 associés de recherche
  • 18 étudiants
  • 3 agents administratifs

Agriculture et Agroalimentaire Canada
157 postes de chercheurs et de techniciens ont été financés dans le cadre de l'Initiative :

  • 64 chercheurs
  • 3 stagiaires postdoctoraux
  • 86 techniciens
  • 4 étudiants universitaires (finissants)

Santé Canada
42 postes de chercheurs et de techniciens ont été financés dans le cadre de l'Initiative :

  • 13 chercheurs principaux
  • 13 professionnels de la recherche
  • 1 technicien
  • 6 stagiaires postdoctoraux
  • 9 étudiants universitaires (2 au doctorat, 3 à la maîtrise et 4 au premier cycle)

Agence de la santé publique du Canada
45 postes de chercheurs et de techniciens ont été financés dans le cadre de l'Initiative :

  • 17 chercheurs principaux
  • 3 professionnels de la recherche
  • 8 techniciens
  • 8 stagiaires postdoctoraux
  • 9 étudiants universitaires

Ressources naturelles Canada
96 postes de chercheurs et de techniciens ont été financés dans le cadre de l'Initiative :

  • 12 chercheurs
  • 38 biologistes/techniciens
  • 22 stagiaires postdoctoraux
  • 1 chercheur invité
  • 23 étudiants universitaires (14 au doctorat et à la maîtrise, 9 au premier cycle)

Environnement Canada
31 postes de chercheurs et de techniciens ont été financés dans le cadre de l'Initiative :

  • 20 chercheurs
  • 1 professionnel de la recherche
  • 1 technicien en recherche
  • 1 chimiste
  • 1 stagiaire postdoctoral
  • 7 étudiants (2 au doctorat, 2 à la maîtrise et 3 au premier cycle)

Pêches et Océans Canada
47 postes de chercheurs et de techniciens ont été financés dans le cadre de l'Initiative :

  • 18 chercheurs
  • 20 techniciens
  • 5 stagiaires postdoctoraux
  • 4 étudiants

Annexe 3 – Résultats prévus et résultats obtenus (2008-2009)

Résultat prévu 1

Réaliser des progrès pertinents du point de vue commercial dans les domaines de la R-D en g\xC3\xA9nomique ayant trait à la santé humaine (p. ex. tests génétiques, diagnostics, applications de la génomique microbienne, traitement et prévention de maladies humaines comme le cancer et les maladies cardiovasculaires, et détection des agents pathogènes).

Résultat obtenu 1

Les chercheurs du CNRC ont réalisé des progrès importants en ce qui concerne l’application de matériaux et de méthodes de fabrication de pointe dans le domaine de la microphotonique à un capteur en champ évanescent dans le but de détecter des agents pathogènes pour les humains. Ils ont publié les résultats du premier exemple de réseau de biocapteurs basé sur une technologie de guide d’ondes. Grâce à des réseaux à quatre et à six capteurs, ils ont démontré la formation de complexes antigènes–anticorps de mammifères. L’équipe est en voie de livrer un instrument prototype d’ici la fin de l’exercice 2010-2011.

Le projet du CNRC sur le cancer a pour objectif de dresser une liste d’agents protéiniques capables de cibler des tumeurs cancéreuses et qui pourraient éventuellement servir à la création de médicaments contre le cancer. En avril 2009, Alethia Biotherapeutics a exercé son option de faire homologuer la technologie d’anticorps anti-clustérine du CNRC. À cet égard, la société travaille de concert avec le CNRC pour élaborer des anticorps anti-clustérines pour le traitement du cancer. En septembre 2009, la licence a été modifiée de façon à inclure un nouveau peptide de liaison à la clustérine qui s’est révélé efficace comme agent d’imagerie optique des cellules tumorales.

Résultat prévu 2

Augmenter la valeur des récoltes (céréales, soja, canola) en améliorant l’adaptation des végétaux aux stress biotiques ou abiotiques (p. ex. résistance à la maladie, tolérance au froid) et en étudiant le développement et le métabolisme des semences (p. ex. applications industrielles, avantages en matière de santé et de nutrition et qualité du produit final améliorée)

Résultat obtenu 2

Le génome du champignon responsable de la jambe noire du canola a été séquencé, ce qui a permis l’identification de gènes spécifiques qui codent les protéines qui interagissent avec la plante pour causer la maladie. La connaissance du mécanisme d’action de ces gènes mènera à la création de variétés résistantes de canola.

Les gènes activés par le stress du froid ont été identifiés dans un éventail de plantes tolérantes au froid qui sont apparentées au canola. Ces gènes pourraient constituer une nouvelle source de tolérance au froid pouvant être transmise au canola.

L’élimination des protéines de réserve d’une plante modèle apparentée au canola a mené à une augmentation globale de l’expression d’autres protéines exprimées dans les graines en développement, ce qui ouvre la possibilité d’augmenter l’expression de protéines à valeur élevée dans les graines des plantes cultivées.

Les gènes responsables de la régulation des voies biochimiques menant à la production d’isoflavonoïdes (substances bénéfiques pour la santé humaine) ont été caractérisés chez le soja.

Plusieurs gènes associés à la virulence ont été isolés du champignon responsable de la rouille du blé, et de nouvelles techniques visant à étudier leur rôle dans l’apparition de la maladie ont été mises au point. La connaissance des mécanismes en cause permettra de mettre en place des méthodes durables de résistance contre cette maladie.

Un gène qui agit comme régulateur négatif de la défense des végétaux contre le pathogène causant la rouille du blé a été décrit comme agissant également en tant que régulateur positif contre le pathogène causant la fusariose de l’épi. Cette information permettra d’identifier des mécanismes de résistance contre les deux types de maladie.

L’équipe du CRNC sur l’huile biorenouvelable a travaillé à caractériser 29 gènes qui jouent un rôle important dans l’amélioration du rendement des cultures de canola. Les résultats de cinq prototypes ayant fait l’objet d’essais au champ, en collaboration avec AAC, ont été analysés en 2009-2010. Deux des prototypes avaient une meilleure teneur en huile que les témoins, et un autre présentait une floraison précoce et des graines plus grosses.

  • Floraison précoce (10 jours plus tôt) – une floraison précoce permettrait d’éviter les temp\xC3\xA9ratures extrêmement élevées de juillet qui peuvent avoir un impact négatif sur la teneur en huile et le rendement.
  • Augmentation de la taille des graines (10 %) – une telle augmentation favorise la vigueur des graines, leur permettant de résister aux stress précoces.
  • Augmentation de la teneur en huile (2 à 8 %) – chaque augmentation de un pour cent de la teneur en huile augmente de 75 millions de dollars l’activité économique canadienne.

Résultat prévu 3

Gérer de façon durable les ressources aquatiques par l’utilisation d’outils de génomique, notamment pour gérer l’ouverture des pêches; mieux comprendre la génétique et la structure des populations; étudier plus à fond les réactions comportementales, physiologiques et immunologiques à l’environnement; gérer les maladies chez les animaux aquatiques.

Résultat obtenu 3

Les douze projets lancés par le MPO au cours de l’exercice 2008-2009, à la suite d’un concours tenu pour choisir les projets les plus aptes à concrétiser les priorités et résultats stratégiques du Ministère, se sont poursuivis au cours de l’exercice 2009-2010.

1- Dans le cadre de l’IRDG, le MPO a entrepris des activités qui visent à utiliser la surveillance fondée sur la génomique pour faciliter la gestion de deux pêches importantes.

Surveillance fondée sur la génomique des bélugas (Delphinapterus leucas) à l’intérieur et dans les environs des sites pilotes des zones de protection marines de la mer de Beaufort.
Les bélugas de la mer de Beaufort constituent une importante pêche de subsistance pour les populations inuites locales, qui en pêchent en moyenne 111 par année, selon les données sur les prises débarquées au Canada entre 1990 et 1999. Cette étude a été entreprise pour déterminer la structure des populations de bélugas de façon à en maximiser la viabilité grâce à un plan de capture fondé sur des données scientifiques fiables permettant de s'assurer que cette pêche importante demeure ouverte et productive. La collecte de données pour ce projet se poursuit, et l’analyse et l’interprétation des résultats doivent commencer à la fin de 2010.

Génomique de la capacité de migration du saumon sauvage
Cette étude a permis de découvrir une signature très répandue associée à la mortalité précoce du saumon adulte retournant à la rivière pour frayer. Cette signature est aussi présente chez les saumoneaux avant qu’ils ne quittent l’eau douce; la fréquence réduite de cette signature au cours des trois premiers mois de vie dans l’océan pourrait expliquer le taux de mortalité élevé de 2006, où plus de 27 millions de saumoneaux sont morts. Les chercheurs pensent que cette signature serait associée à l’activité virale.

2- Le MPO a entrepris plusieurs projets pour mieux comprendre la génétique et la structure des populations de certaines pêches de grande importance économique, notamment les suivantes :

Identification génétique du saumon de l’Atlantique à Terre-Neuve-et-Labrador provenant des lignées sauvages et issues de l’aquaculture
Des échantillons ont été recueillis dans 30 cours d’eau de Terre-Neuve-et-Labrador, l’ADN a été extrait, et des doubles des échantillons ont été conservés. Cinq nouveaux loci ont été optimisés pour la PCR et utilisés avec 10 loci existants afin d’établir le génotype de 564 échantillons prélevés en 2008. On utilise, à l’heure actuelle, les 15 mêmes loci pour déterminer le génotype des échantillons de 2009–2010.

Discrimination des populations de capelans dans le nord-ouest de l’Atlantique
Le capelan, une espèce commerciale, constitue aussi une ressource alimentaire importante pour bon nombre d’espèces de l’océan Arctique et de l’Atlantique Nord. Il s’agit d’une espèce dont la courte durée de vie consiste surtout à frayer sur les plages. En Europe, les résultats d’analyses génétiques ont indiqué qu’il n’y avait qu’une seule grande population. Cependant, des analyses récentes d’un programme d’échantillonnage détaillé réalisé dans le nord–ouest de l’Atlantique a permis de révéler des sous–structures génétiques qui pourraient être importantes pour la prévision des déplacements liés aux changements climatiques et la gestion des stocks.

Identification des espèces et de la structure des stocks de sébastes (Sebastes sp.) à partir de l’analyse génétique des otolithes archivés
Dans le cadre de ce projet, des analyses génétiques ont été réalisées sur le matériel adhérant aux otolites recueillis depuis 1974, pour déterminer si la composition des espèces d’une classe d’âge donnée était un facteur déterminant du succès ou de l’échec du recrutement. Les résultats indiquent qu’une classe d’âge particulièrement forte (1980) a soutenu la pêche pendant plus de 20 ans.

Diversité g\xC3\xA9nétique des populations sauvages d’omble chevalier dans l’Arctique
Ce projet a été étendu de façon à inclure des échantillons de cours d’eau de l’Alaska, en collaboration avec le Fish and Wildlife Service des États–Unis, et les études en laboratoire se poursuivent. On tente aussi d’obtenir d’autres échantillons représentatifs d’ombles chevaliers du sud (de la Colombie–Britannique) par d’autres collaborations. Les résultats préliminaires ont confirmé que le Dolly Varden septentrional constituait un taxon différent des autres sous–espèces de Dolly Varden. Cette découverte importante corrobore la structure d’unités désignables actuellement utilisée par le Comité sur la situation des espèces en péril au Canada pour examiner ce taxon.

Parallèlement aux projets entrepris, le MPO a fait des investissements dans son laboratoire des services en biotechnologie aquatique de l’Institut d’océanographie de Bedford
Le Laboratoire de biotechnologie aquatique a participé à 8 projets additionnels, ce qui représente un financement supplémentaire de 78 600 $ en matière d’O&M. Dans le cadre de ce projet, la procédure d’extraction optimale pour les échantillons recueillis sur du papier filtre a été déterminée, et les conditions de PCR pour divers loci nécessaires pour l’identification des espèces ont été optimisées.

3- Plusieurs nouveaux projets nous permettront de mieux comprendre les réactions comportementales, physiologiques et immunologiques à l'environnement, notamment les suivants :

Caractérisation microbienne de l’eau produite et de son influence sur la communauté microbienne du milieu marin autour de la plateforme de production Hibernia
Ce projet a permis de mettre au point une nouvelle technique de métagénomique pour déterminer la structure et la fonction des communautés microbiennes, afin de délimiter la zone d’impact autour des installations de production pétrolière et gazière en mer. À ce jour, les résultats ont montré des impacts en champ proche (moins de 500 m) autour de la plateforme Hibernia. De plus, une base de données a été mise sur pied dans le but de surveiller les changements de séries chronologiques en ce qui concerne les réactions des populations microbiennes à la dégradation de la qualité de l’habitat causée par des processus naturels ou d’origine humaine dans la zone de protection marine du Gully.

Application de marqueurs génétiques pour effectuer l’identification des espèces aquatiques envahissantes et connaître la structure de leurs populations
Les marqueurs génétiques sont habituellement difficiles à trouver dans les organismes non modèles, car on en connaît très peu sur l’ADN de ces organismes. Une nouvelle technologie révolutionnaire, le pyroséquençage 454, a été utilisée pour identifier et isoler 12 nouveaux marqueurs microsatellites chez le Didemnum vexillum, une espèce de tunicier colonial à risque élevé présentant des antécédents d’envahissement à l’échelle mondiale. Ces marqueurs sont exceptionnels, car leur taux de mutation élevé permet d’élucider des processus très récents à l’échelle des populations, ce qui est essentiel pour examiner la dynamique des envahissements. Les scientifiques du MPO sont sans doute les premiers à examiner les populations d’un organisme donné au moyen des marqueurs polymorphiques identifiés à l’aide de la nouvelle technique.

4- La gestion des maladies des animaux aquatiques est importante tant pour les pêches sauvages que pour l’industrie de l’aquaculture. Les recherches du MPO menées dans le cadre de l’IRDG portent encore sur des sujets tels que :

Fonction immunitaire du saumon et résistance aux maladies causées par le virus de l’anémie infectieuse du saumon
Une souche non virulente du virus de l’anémie infectieuse du saumon (VAIS) a été injectée à des saumons et, comme prévu, seule une faible mortalité a été observée. Les individus qui ont survécu et qui ont ensuite reçu une injection de souche virulente du VAIS ont présenté un taux de survie plus élevé. Il est intéressant de noter que la souche non virulente de VAIS a quand même été détectée en faible concentration chez les poissons immunisés. Il semble probable que les poissons infectés ne puissent éliminer complètement le virus après l’infection et qu’ils demeurent porteurs à long terme de la maladie.

Effets des milieux d’élevage à l’état sauvage et en captivité, ainsi que des parasites et des pathogènes qui y sont associés, sur la diversité et la nature de la variation génétique chez le saumon de l’Atlantique
De récentes augmentations du taux de mortalité marine du saumon de l’Atlantique ont entraîné des baisses considérables de la population. Le nombre de retours d’adultes est actuellement estimé à quelques centaines, et, dans les derniers relevés, aucun juvénile n’a été détecté dans plus de 90 % des cours d’eau de l’intérieur de la baie de Fundy anciennement occupés par l’espèce. Pour réagir à la baisse précipitée du nombre d’adultes et au taux élevé de mortalit\xC3\xA9, le MPO a recueilli plusieurs centaines de juvéniles dans les deux plus grands cours d’eau de l’intérieur de la baie de Fundy, la rivière Stewiacke et la grande rivière Salmon. Ces individus ont été élevés en captivité, où on a établi leur génotype avant de les répartir en fonction de généalogies spécifiques aux populations et d’entreprendre leur reproduction au moyen de principes modernes de génétique conçus pour réduire au minimum la perte de variation génétique causée par la dérive génétique aléatoire. Une partie des descendants a ensuite été élevée en captivité dans des conditions normales d’écloserie, tandis qu’une autre a été relâchée dans un habitat fluvial naturel à des fins d’exposition aux conditions sauvages et de sélection naturelle. Des juvéniles des deux environnements ont ensuite été recueillis pour l’échantillonnage des tissus et l’établissement du génotype, avant d’être répartis en fonction de généalogies spécifiques aux populations pour entreprendre la production de la prochaine génération de saumon de l’Atlantique, une espèce menacée. Les résultats préliminaires semblent indiquer que le maintien des populations en conditions semi–sauvages pourrait être important pour réduire au minimum la perte de variation génétique. En effet, l’exposition précoce des juvéniles aux conditions sauvages, comme le prévoit le programme de rétablissement du saumon de l’Atlantique de l’intérieur de la baie de Fundy, pourrait également aider à réduire les changements en matière de fréquence allélique entraînés par la sélection.

Interactions hôte-parasite : une démarche de génomique fonctionnelle pour caractériser les réactions des salmonidés au pou du saumon
Ce projet a révélé d’importantes différences en matière de réponses transcriptomiques des saumons résistants (saumon rose) et sensibles (saumon kéta, saumon de l’Atlantique) au pou du saumon. Grâce à une nouvelle biopuce, les réponses transcriptomiques du pou du saumon aux gradients de température, de salinité et de concentration du benzoate d’émamectine (un pesticide) ont été profilées. Ces données pourront être utilisées dans la mise sur pied de nouvelles stratégies de gestion du pou du saumon, soit des programmes de sélection, des vaccins et la détection précoce de la résistance aux agents chimiothérapeutiques.

Résultat prévu 4

Appuyer le système canadien de réglementation dans le domaine de la santé pour permettre l'innovation tout en réduisant les risques pour les Canadiens, grâce à un programme ciblé de R-D en génomique visant à renforcer la recherche dans des domaines prioritaires comme l'information génétique, les produits biotechnologiques, la génomique humaine et microbienne, afin de favoriser la santé humaine, animale et environnementale. Améliorer la compréhension des maladies infectieuses et chroniques chez les humains en vue d’élaborer des applications en santé publique, notamment de nouveaux outils de diagnostic ou l’amélioration des outils existants.

Résultat obtenu 4

Des travaux ont été entrepris dans le cadre des projets du Portefeuille de la Santé pour générer, résumer et traduire le nouveau savoir sur la génomique humaine et les pathogènes afin de resserrer la surveillance des maladies infectieuses, les prévenir et les contrôler au moyen de certaines applications (diagnostics, évaluation des risques moléculaires, vaccins, stratégies d'intervention, atténuation de la résistance antimicrobienne) et afin de développer des applications pour diagnostiquer et prévenir les maladies et promouvoir la santé par une sélection génétique prédictive ou une modulation des interactions gène-environnement.

Application de la génomique moléculaire à l’évaluation des risques liés à la radiation
Les effets biologiques de la radiation émise par des sources naturelles (radon, rayons UV) et par des appareils comme des téléphones cellulaires ont été examinés. Au moyen de sources de radiation contrôlées et de lignées cellulaires de rongeurs et d’humains comme modèles expérimentaux, certains gènes potentiellement réactifs à ces sources de stress ont été identifiés. D’autres expériences, qui viseront à comprendre les mécanismes biologiques des interactions gène-environnement en conditions d’exposition à long terme, sont en cours pour valider ces biomarqueurs. Santé Canada utilisera ces données pour élaborer des normes plus précises en matière d’exposition maximale aux radiations et pour mieux réguler les dispositifs émettant des radiations et l’exposition dans les environnements de vie et de travail.

Application de la toxicogénomique et de la protéomique à la salubrité de l’environnement
Divers scénarios d’exposition environnementale et professionnelle présentent des mélanges complexes de produits chimiques cancérogènes (p. ex. composés aromatiques polycycliques). Des chercheurs de Santé Canada ont examiné les voies biologiques dans des cultures de cellules transgéniques de souris altérées par des mélanges chimiques constitués de substances de référence standard (p. ex. particules de diesel et extrait de goudron de houille). De nouvelles approches ont permis de destiner treize biomarqueurs à un examen plus poussé, en utilisant des biopuces d’ADN pour analyser des génomes entiers, la spectrométrie de masse en tandem pour des analyses protéomiques et des analyses de bioinformatique pour intégrer les résultats. Une fois validés, les biomarqueurs seront examinés pour relever les changements pathologiques liés à l’exposition à des mélanges complexes de substances cancérogènes et d’autres substances toxiques présentes dans l’environnement et dans les milieux professionnels. La compréhension des changements physiologiques liés aux effets néfastes sur la santé permettra d’améliorer les décisions prises en matière de réglementation.

Conception et validation d’outils en toxicogénomique et de démarches intégrées en biologie en vue d’une utilisation en toxicologie réglementaire
L’évaluation et la réglementation des contaminants environnementaux nécessitent des essais à grand débit, en parallèle avec des approches à l’échelle des systèmes intégrés. Ces méthodes doivent être validées à l’échelle internationale et servent de plateformes méthodologiques applicables à de nombreux systèmes de modélisation. Elles ont permis de déterminer que certaines voies biologiques classiques de la carcinogenèse induites par des contaminants environnementaux n’étaient pas les seuls mécanismes entraînant la toxicité. De nouvelles approches pour l’identification de biomarqueurs et d’effets sur la santé ont été élaborées par Santé Canada, au moyen de substances cancérogènes modèles comme le benzopyrène et la fumée de cigarette. Ces méthodes intègrent l’ARNm, les microARN et l’analyse des protéines. Grâce à ces travaux, Santé Canada a considérablement contribué à l’établissement de normes internationales mené par l’OCDE et fourni de nouvelles données sur les substances toxiques pour la liste des priorités du Plan de gestion des produits chimiques.

Examen des réactions génétiques des cellules épithéliales du côlon aux fibres alimentaires
La flore bactérienne du gros intestin est responsable de bon nombre de réactions métaboliques spécifiques aux bactéries, notamment la fermentation des fibres alimentaires et d’autres substances qui pénètrent dans le côlon. Depuis plusieurs années, la littérature scientifique regorge de résultats contradictoires concernant les bienfaits potentiels de la fermentation, à cause, entre autres, de l’utilisation de différentes sources de matières fermentables pour différentes études. Ces contradictions intéressent particulièrement les organismes qui cherchent à formuler une définition des fibres alimentaires qui pourrait regrouper des matières provenant de diverses sources, notamment les glucides artificiels. Pour aborder ces questions, Santé Canada a entrepris une étude systématique sur l’effet de la source des glucides fermentables sur les interactions entre le régime alimentaire et les gènes, chez des rates en bonne santé. Les résultats ont indiqué que les cellules épithéliales du côlon réagissent à la fermentation du son de blé partiellement digéré par les bactéries et aux fructooligosaccharides complètement digérés (FOS), mais que les fibres de son de blé (jusqu’à des concentrations très élevées) et des concentrations plus faibles de FOS menaient à relativement peu de changements à grande échelle en ce qui concerne les quantités d’ARNm de gènes individuels. Des concentrations plus élevées de FOS ont entraîné de nombreux changements différents, y compris chez les gènes associés à l’absorption des minéraux et à la mort des cellules. Cet effet n’était pas uniquement attribuable à l’étendue de la fermentation, puisque les fibres de son de blé (administrées à des quantités totales similaires de substances fermentables) ont entraîné une réponse très différente. Certains de ces changements sont contraires à ce que l’on prévoyait sur le plan des répercussions physiologiques, ce qui complique l’interprétation des résultats en matière d’expression des gènes et fait ressortir le danger que représente l’extrapolation des données sur les changements des réactions génétiques pour prévoir les répercussions physiologiques. Cependant, les résultats ont montré que la source de matière fermentable peut avoir un effet considérable sur les réactions génétiques, ce qui indique que toutes ces matières ne doivent pas être traitées de manière égale. Santé Canada continue d’examiner d’autres biomarqueurs pour aider à élucider les mécanismes de réponse génétique et pour cerner tout effet potentiel sur le côlon et la santé de l’hôte, ce qui pourra mener à l’amélioration des politiques d’étiquetage des produits alimentaires en matière d’allégations relatives aux effets sur la santé.

Les recherches menées à l’ASPC ont continué d’être orientées sur l’élaboration et l’application d’outils propres aux disciplines « -omiques » pour réduire l’exposition aux agents pathogènes alimentaires sous forme d’une nouvelle démarche généralisée visant à déterminer l’empreinte génétique des bactéries pathogènes à l’aide de la génomique comparative. Cette démarche sert à concevoir un ensemble d’essais pouvant être adaptés à diverses plateformes existantes et nouvelles, ce qui offre une gamme de solutions qui peuvent être personnalisées selon les ressources de laboratoire disponibles. On a aussi conçu un programme informatique permettant d’analyser les données sur la séquence des génomes et de faciliter l’élaboration d’essais. À cet égard, des essais concernant plusieurs pathogènes prioritaires (Listeria monocytogenes, Campylobacter jejuni, Escherichia coli vérotoxigène)en sont à diverses étapes d’élaboration, tandis que la méthode est actuellement mise à l’essai sur le terrain par des collaborateurs au Canada et aux États-Unis, qui l’utilisent dans le cadre de l’analyse épidémiologique moléculaire de divers ensembles de données. D'autres travaux sur de nouvelles plateformes ont également été entrepris, une série d'essais de prototypes ont été conçus et fabriqués, alors que des protocoles ont été établis et validés. Une analyse rétrospective a permis d’identifier un ensemble de 20 gènes fournissant 90 % du pouvoir discriminant du génotypage à la moitié du coût et des efforts que représente l’essai actuel. Cet ensemble de gènes est actuellement envisagé pour la réalisation d’un filtrage rapide au moyen de la technologie de microréseaux fluides Luminex. Ceux–ci seront finalement utilisés à des fins de dépistage pour identifier des marqueurs dont l’association avec des isolats cliniques humains est accrue. Des logiciels pour l’analyse des données brutes et l’analyse statistique des données de dépistage à l’échelle des populations ont été élaborés.

La bactérie Escherichia coli productrice de toxines de Shiga (ECTS) peut causer des épidémies massives ainsi que le syndrome hémolytique et urémique, potentiellement mortel. Bien que la souche O157:H7 soit le sérotype d’ECTS le plus courant, on a détecté partout dans le monde plus de 200 isolats virulents autres que O157 qui sont associés à la maladie humaine. Même si certaines souches autres que O157 peuvent être tout aussi mortelles, d'autres ne semblent causer qu'une légère diarrhée ou ne sont associées à aucune maladie humaine. L’absence de données sur la séquence complète du génome de l’ECTS autre que O157 empêche la découverte scientifique de la base génétique liée à ces différences de virulence. Les recherches menées à l’ASPC visent à identifier les éléments génétiques essentiels de l’ECTS et les facteurs de virulence associés aux maladies graves et aux épidémies. Elles permettront l’élaboration d’une stratégie d’évaluation des risques moléculaires à l’aide de certains tests diagnostiques basés sur les acides nucléiques afin d’identifier les nouvelles souches d’ECTS autres que la souche O157 qui présentent une menace grave à la santé humaine, puis d’y réagir rapidement.

En 2009-2010, la recherche menée dans le cadre de l’IRDG est demeurée centrée sur l’élaboration de nouvelles technologies de diagnostic applicables autant à la surveillance et au dépistage à grande échelle qu’à l’observation clinique. Par exemple, on a entrepris le développement d’une biopuce à haute densité basé sur la PCR en temps réel qui permet de tester de façon rapide et économique la résistance aux médicaments contre le VIH. Les 52 jeux de sondes et d’amorces nécessaires pour détecter la mutation responsable de cette résistance sont maintenant conçus. Tous les plasmides de contrôle contenant les mutations liées à la résistance aux médicaments anti-VIH ont été désignés et synthétisés. Les travaux menés actuellement ont trait à l’optimisation et à la validation des sondes et des amorces par rapport aux réactifs de contrôle.

D'autres scientifiques étudient les principales réactions divergentes (phénotypes cliniques) au traitement d'une infection au virus de l'hépatite C par l'administration d'agents antiviraux : celle des « répondeurs » et celle des « non-répondeurs », puisqu'une proportion importante des patients infectés ne répondent pas au meilleur traitement antiviral disponible à l'heure actuelle. De nombreuses études ont démontré que les résultats thérapeutiques sont influencés par la génétique du patient. Les scientifiques utilisent des technologiques de pointe, notamment les puces à ADN de haute densité, le séquençage de l'ADN et la bioinformatique, afin d'identifier les polymorphismes génétiques de l'hôte candidat (biomarqueurs) associés à la réaction au traitement. 

La majorité des personnes souffrant de fibrose kystique sont colonisées par le bacille pyocyanique (Pseudomonas aeruginosa); cependant, leurs infections respiratoires sont de nature polymicrobienne. Le rôle des bactéries de la flore oropharyngienne a été examiné et, selon certaines études cliniques récentes, les niveaux du groupe Streptococcus milleri contribuent aux exacerbations respiratoires aiguës chez certains patients atteints de fibrose kystique. À l’heure actuelle, il n’existe aucun test ou outil diagnostique fiable pour évaluer le niveau d’isolats pathogènes du groupe S. milleri dans les infections pulmonaires chroniques. Les scientifiques de l’ASPC continuent d’évaluer les génomes bactériens de chaque espèce du groupe S. milleri afin de faciliter l’établissement de cibles pour les méthodes diagnostiques et thérapeutiques à utiliser chez les patients souffrant de fibrose kystique.

Les chercheurs de l’ASPC continuent d’examiner les polymorphismes génétiques associés à la voie d’immunomodulation et de biosynthèse de la vitamine D dans les cas d’infection grave à l’influenza. Le recrutement de sujets se poursuit, parce que l’effectif est encore insuffisant pour accroître les possibilités de détecter une association entre des marqueurs de polymorphisme de nucléotide simple et une infection grave à l’influenza. L'identification des processus moléculaires qui sont à la base d’une infection grave à l’influenza peut favoriser l’élaboration de stratégies d’intervention rationnelles, particulièrement au moyen d’un apport complémentaire en oligoéléments.

Les chercheurs de l’ASPC ont étudié plus à fond les molécules régulatrices nouvellement découvertes qui sont produites à la suite d’une infection virale et à prion et qui contribuent à la régulation des réactions immunitaires innées. Ces molécules sont les éventuelles cibles de choix des interventions thérapeutiques dans les cas de maladie ou d’infection liée au système immunitaire où une inflammation excessive ou chronique cause des dommages. En outre, elles peuvent « peaufiner » les réactions induites par la vaccination. Des lignées cellulaires exprimant un certain nombre de protéines virales immunomodulatrices ont été constituées. Des microARN exprimés dans le cerveau de souris infectées par un prion ont également été identifiés. Les cibles potentielles de ces microARN ont été repérées au moyen d’une combinaison d’analyses de génomique fonctionnelle. Des expériences à venir viseront à élucider davantage les mécanismes par lesquels les microARN régulent la réponse immunitaire innée à l’infection.

Les scientifiques de l'ASPC continuent de se pencher sur les taux de mutation élevés des virus à ARN, notamment le virus de l'immunodéficience humaine (VIH), le virus de l'hépatite B et le virus de l'hépatite C, qui provoquent l'apparition de génomes variants appelés quasi-espèces virales. La caractérisation des génomes de ces quasi-espèces virales chez les personnes infectées, comme la diversité, la recombinaison et l'évolution, est importante pour la compréhension de ces virus et l'élaboration de stratégies de contrôle, de diagnostics, de vaccins et de thérapies antivirales.

Puisque les virus dépendent entièrement des cellules hôtes pour assurer leur cycle de réplication, ils doivent interagir sur le plan physique et fonctionnel avec le protéome de leur hôte. Ces interactions protéine-protéine créent non seulement un milieu cellulaire propice à la réplication des virus, mais affectent également les fonctions normales des cellules, ce qui provoque souvent l’apparition de pathologies délétères. Une équipe de scientifiques de l'ASPC poursuit ses efforts dans l’identification des protéines humaines avec lesquelles les protéines virales interagissent afin d'avoir un aperçu des mécanismes de la réplication virale et de la pathogenèse et de déceler de nouvelles cibles thérapeutiques chez l'hôte. L’équipe a notamment élaboré une série de vecteurs contenant la structure de base des rétrovirus et permettant d’obtenir immédiatement des lignées cellulaires stables. Le clonage de gènes dans ces vecteurs a ensuite permis de confirmer l’expression des protéines associées à l’hépatite C. Parmi les autres avancées récentes, on compte l’élaboration de lignées cellulaires exprimant, de manière stable, les protéines virales d’intérêt pour l’hépatite C et le papillomavirus. Des travaux sont en cours sur le virus Ebola. La localisation cellulaire de bon nombre de ces protéines est actuellement évaluée par immunofluorescence indirecte, et l’identification des protéines en interaction par spectrométrie de masse a été réalisée pour les protéines du virus de l’hépatite C. Finalement, une base de données répertoriant toutes les protéines virales pertinentes devrait bientôt être mise sur pied, ce qui permettra aux études fonctionnelles de commencer.

Les bactériophages s’attaquent à des cellules bactériennes spécifiques; c’est pourquoi ils constituent un moyen de remplacement idéal des désinfectants et des agents antimicrobiens destinés à la prévention et au traitement des infections. Toutefois, avant de pouvoir les utiliser chez les humains et les animaux, les bactériophages doivent être caractérisés en détail en ce qui concerne leur spectre d’activité ainsi que leur structure génétique, à des fins d’efficacité et de sécurité. Les chercheurs de l’ASPC assemblent actuellement une collection de bactériophages à des fins de caractérisation de l’activité contre une collection de bactéries E. coli. Certains cocktails de phages dont les caractéristiques sont optimales pour le traitement et la prévention d’infections spécifiques seront définis. Les bactériophages formant ces cocktails seront caractérisés en détail en ce qui a trait à leur morphologie et à leur séquence génomique. Pour l’instant, des progrès ont été réalisés en ce qui concerne l’élaboration d’une nouvelle méthode visant à identifier et à isoler les bactériophages à partir d’échantillons environnementaux, ce qui a mené à l’identification et à la caractérisation des bactériophages présentant un potentiel thérapeutique contre le Staphylococcus aureus résistant à la méticilline,ainsi qu’au séquençage du génome complet de divers bactériophages pertinents et à l’élucidation de gènes d’intérêt.

Résultat prévu 5

Augmenter les connaissances à l’appui de la production d’arbres et de la protection de la forêt et tenir compte des effets sur l’environnement en menant des travaux de R–D en génomique portant sur des espèces et des caractères ayant une importance économique pour le Canada.

Résultat obtenu 5

Amélioration des connaissances sur la lutte antiparasitaire et le dépistage des ravageurs fondés sur la génomique

Le programme de génomique de RNCan fournit les connaissances de base sur les parasites des forêts et leurs agents pathogènes, notamment les modes d'action des pathogènes, les mécanismes de défense de l'hôte et les interactions hôte-pathogène. L’exercice 2009-2010 a vu la continuation d’essais de pathogènes mortels pour les insectes (entomopathogènes), qui comprennent diverses familles de virus, des microsporidies et des champignons. Les insectes en question concernent trois espèces de coléoptères envahissants de grande importance économique : l’agrile du frêne, le dendroctone du pin ponderosa et le longicorne brun de l’épinette. Des étiquettes de séquence exprimée de l’agrile du frêne ont révélé la présence de composés semblables à des substances connues agissant dans la communication chimique des insectes : protéines chimiosensorielles, protéines liant les odeurs et récepteurs gustatifs. La caractérisation fonctionnelle des protéines liant les ordeurs a débuté. Selon les premières constatations, la coévolution des insectes et de leurs virus s’est accompagnée d’une codépendance des protéines en interaction responsables du déclenchement et de l’\xC3\xA9tablissement d’une infection chez l’hôte. Les essais d’infectiosité des premiers mutants ont pris fin en 2009-2010. Voilà les premières étapes de l'identification des candidats dont la dissémination est à envisager afin de lutter contre les populations de ravageurs établies.

Divers projets de RNCan visent à accroître notre compréhension de la relation entre les pathogènes forestiers et leurs hôtes. En 2009-2010, les chercheurs de RNCan ont examiné 20 gènes liés à la défense qui jouent fort probablement un rôle dans le mécanisme de défense du douglas de Menzies contre l’infection ainsi que quatre autres gènes qui semblent associés à la résistance aux pathogènes. Ces gènes pourraient devenir des marqueurs à utiliser dans le cadre de programmes de reproduction et de dépistage chez le douglas de Menzies. Les travaux se poursuivent quant à la caractérisation moléculaire des principaux processus de signalisation dans les interactions peuplier–rouille. Les gènes associés à la résistance à la rouille ont été identifiés par des analyses du transcriptome. Les prochaines étapes viseront à élucider le rôle potentiel de ces gènes dans la résistance du peuplier à la rouille. En collaboration continue avec le service des forêts du Département de l’Agriculture des États-Unis (USDA), les chercheurs du SCF ont mis au point un marqueur permettant d’identifier les semis de pins blancs résistants et sensibles à la suite de l’infection. Le dépistage des semis partiellement résistants au moyen de polymorphismes de nucléotide simple et de microsatellites s’est également poursuivi en 2009-2010.

La recherche en génomique portant sur des produits antiparasitaires destinés aux essences qui ont une importance économique comprend la recherche d’ingrédients actifs, de cibles et de souches nouvelles ou améliorées en vue d’élaborer des méthodes de lutte antiparasitaire sans danger pour l’environnement. La création et l’analyse de banques d'ADNc permettent aux scientifiques de RNCan de continuer de travailler au développement de marqueurs moléculaires servant à l'identification et à la surveillance de deux espèces phyllophages d'importance économique (l'arpenteuse de la pruche et la chenille à houppes).

Identification des gènes contrôlant les attributs souhaités chez les essences d’importance économique

Le programme de recherche en génomique du SCF de RNCan met l’accent sur l’élaboration de méthodes, d’outils et de bases de données liés à la découverte, dans le code génétique des arbres forestiers, de gènes possédant des attributs favorisant la qualité de la fibre et la durabilité des forêts : croissance; caractéristiques liées à la qualité du bois; résistance aux facteurs biotiques et abiotiques; adaptation au changement de l’environnement. Les travaux se sont poursuivis en 2009-2010 pour explorer et identifier des régions spécifiques du génome de l’épinette codant des caractères liés à l’adaptation au changement climatique et à la résistance aux insectes et aux maladies. Par exemple, l’évaluation du mécanisme de défense et l’importance de la régulation des gènes chez les épinettes ont été examinées dans le but de produire des lignées transgéniques d’épinette blanche chez lesquelles certains gènes ont été inactivés. On pourra ainsi élaborer des outils de sélection, comme des marqueurs moléculaires, à l’intention des généticiens forestiers. Les chercheurs du SCF ont mené et mènent toujours des expériences sur certains gènes candidats pour identifier et valider ces éventuels marqueurs moléculaires.

En vue d’élaborer des outils de sélection et d’amélioration pour les généticiens forestiers, les chercheurs de RNCan ont étudié un ensemble de gènes candidats liés à la croissance et à l’adaptation de l’épinette. La cartographie de liaison a permis de positionner 1 800 marqueurs de polymorphisme de nucléotide simple de séquences génétiques sur la carte du génome de l'épinette. La cartographie de la phénologie des bourgeons et des caractères de croissance est continuellement mise à jour par les données recueillies dans les divers milieux et durant les diverses saisons afin de définir des locus quantitatifs robustes. De plus, des études sur les profils d’expression ont permis d’identifier 214 gènes prioritaires pour la formation du bois chez l’épinette blanche parmi quelques milliers de gènes candidats. On est à identifier les polymorphismes de nucléotide simple de ces gènes prioritaires afin d’élaborer une puce de génotypage. Une puce de génotypage pour la formation du bois chez l’épinette noire a déjà été mise au point et sera utilisée au cours d’une étude d’association génomique portant sur 480 arbres.

Résultat prévu 6

Mettre au point des applications de la génomique pour appuyer les activités de réglementation et d’application des lois dans des domaines clés comme l’évaluation et la gestion des risques environnementaux; l’application des lois et règlements et la conformité; la détection, la surveillance et la prévention de la pollution; la biologie de la conservation et la génétique de la faune; les prévisions et évaluations de la technologie; ainsi que le développement et l’utilisation responsables et durables des bioproduits et des procédés industriels.

Résultat obtenu 6

En 2009-2010, EC a fait des progrès significatifs dans l'application des outils et des données de la génomique acquis depuis le lancement de l'IRDG. Grâce aux fonds accordés dans le cadre de cette initiative, EC a conçu et appliqué des outils de génomique liés à l’évaluation et à la gestion des domaines de risque et à la protection et à la gestion des espèces sauvages.

Gestion/évaluation des risques :

  • Les chercheurs ont trouvé des gènes qui pourraient distinguer les effets du cadmium dans les points quantiques de haute qualité (utilisés dans le développement de nanoparticules) de ceux du cadmium dissous dans les poissons. La découverte de ces gènes fournit des renseignements précieux sur le mode d’action des métaux lourds contenant des nanoparticules, et elle pourrait aider à expliquer comment ces substances peuvent entraîner la toxicité chez les organismes aquatiques.
  • Des méthodes in vitro rentables ont été élaborées pour dépister les effets des chloroformiates de phényle sur l’expression des gènes dans les cellules embryonnaires du foie, des neurones et du cœur chez les oiseaux. Les données générées seront utilisées dans le cadre du Plan de gestion des produits chimiques dans le but d’évaluer et de gérer les produits chimiques qui sont toujours sur le marché et qui ont des effets similaires à d’autres produits chimiques qui, eux, ont été retirés du marché en raison de leur toxicité.
  • Des recherches ont été effectuées pour évaluer les impacts du mercure sur les huards. Les renseignements obtenus sont actuellement utilisés dans le cadre du Plan de gestion des produits chimiques dans le but de protéger les oiseaux migrateurs, et ils aideront à respecter les exigences de la Loi sur la Convention concernant les oiseaux migrateurs.
  • Des profils d’expression génique sur les effets des pesticides sur la vie aquatique ont été réalisés. Ils seront utilisés comme témoins pour comparer les profils d’individus exposés à des échantillons d’eau. Les profils d’expression génique issus de l’exposition aux échantillons seront également comparés aux données sur la survie provenant d’observations in situ du cycle biologique des amphibiens.

Protection/gestion des espèces sauvages :

  • L’expansion de l’aire géographique et de l’éventail des organismes hôtes des régions d’échantillonnage a permis de découvrir douze nouvelles espèces de parasites. Des travaux sont en cours pour établir des bases de données validées de séquences génétiques spécifiques aux espèces pour l’identification des parasites, au moyen de bases de données normalisées nationales et internationales (GenBank et BOLD, base de données Barcode of Life). De plus, des spécimens morphologiques sont actuellement déposés au Musée canadien de la nature. Les utilisateurs finaux pourront présenter des échantillons de parasites pathogènes qui pourront être identifiés jusqu’à l’espèce, sans avoir recours à un taxinomiste.
  • L’ADN mitochondrial a permis de déterminer que le parc national Riding Mountain abritait des Parulines à ailes dorées pures sur le plan génétique. Les résultats préliminaires indiquent que la population de Parulines à ailes dorées du district de Rainy River de l’Ontario pourrait également être exempte d’introgression génétique.
  • Au moyen d’une combinaison de pistage des gènes et de profilage de l’activité enzymatique, l’application commerciale des consortiums bactériens a été examinée. L'étude a été réalisée dans le contexte des effluents urbains, et elle fournit la preuve de la présence de produits microbiens. La prochaine étape consistera à déterminer le devenir des bactéries issues de produits commerciaux qui sont rejetées dans les effluents, en utilisant l’usine de traitement des eaux usées de Montréal comme étude de cas. Une étape de désinfection sera mise en œuvre à cette usine pour tenter d’éliminer ces bactéries de l’environnement.
  • Des travaux ont été réalisés sur le virus de l’influenza aviaire dans le nord–ouest de l’Atlantique. On a notamment découvert que des goélands de Terre–Neuve étaient porteurs de virus de l’influenza issus de souches eurasiennes et nord–américaines, ce qui indique qu’il y a des contacts entre les oiseaux sauvages des côtes est et ouest de l’Atlantique, comme c’est le cas dans le Pacifique. De plus, on a découvert qu’il pourrait exister des lignées du virus associées à l’habitat marin en Amérique du Nord, dont le rôle dans la dynamique mondiale de l’influenza aviaire est encore inconnu. Les résultats montrent également que la prévalence du virus de l’influenza aviaire est relativement faible chez les oiseaux de mer, et ils indiquent des fluctuations en ce qui concerne le nombre de cas pendant l’année. Ces résultats ne correspondent pas à ce qui a été documenté chez la sauvagine, et ils pourraient permettre d’établir les meilleures périodes de l’année pour les futures activités de surveillance.
  • De nouveaux outils de dépistage par PCR ont été élaborés pour identifier la Pasteurella multocida (petite bactérie gram-négative, non mobile, non sporulée) dans les échantillons aviaires et environnementaux, offrant ainsi des résultats plus rapides, moins coûteux et plus fiables que les méthodes bactériologiques classiques. Les nouveaux outils permettront l’identification des sources immédiates (oiseaux porteurs vs sources environnementales) et ultimes de l’émergence récente de souches de P. multocida, qui a entraîné des épidémies dans l’est de l’Arctique canadien et sur la côte est.
  • Des amorces de réaction en chaîne de la polymérase ont été élaborées pour l’évaluation de la structure génétique des populations de Moucherolles côtiers et de Moucherolles des ravins.

En 2009-2010, les investissements se sont poursuivis dans les prévisions liées à la génomique environnementale, l'enrichissement des connaissances, l'instrumentation, l'infrastructure et les communications (p. ex. analyse comparative périodique des activités de génomique environnementale à l'étranger dans le cadre d'échanges bilatéraux avec l'Agence de protection environnementale des États-Unis). Environnement Canada travaille également en étroite collaboration avec l’Organisation pour la coopération et le développement économiques (OCDE) et le Programme international sur la sécurité chimique de l’Organisation mondiale de la santé à l’élaboration de stratégies et de plans de travail dans le but de diriger et de coordonner les efforts internationaux visant l’application de méthodes et de démarches de toxicogénomique dans un contexte de réglementation. Le renforcement des partenariats et des projets conjoints entre les ministères fédéraux se poursuit (p. ex. Environnement Canada et Pêches et Océans Canada).

Annexe 4 – Extrants de la R D, par ministère

Conseil national de recherches Canada

  • 79 publications dans des revues avec comité de lecture
  • 89 publications dans des comptes rendus de conférences avec comité de lecture
  • 70 présentations sur invitation
  • 23 rapports techniques
  • 10 autres publications (p. ex. monographies et chapitres de monographies)
  • 16 participations à des conférences, des ateliers, des comités et des réseaux nationaux et internationaux
  • 6 divulgations produites
  • 7 demandes de brevets
  • 11 brevets délivrés
  • 2 licences accordées
  • 6 accords de transfert de matériel
  • 4 subventions évaluées par les pairs
  • 80 accords de collaboration, y compris avec d’autres ministères et organismes, dont 15 sont officiels

Agriculture et Agroalimentaire Canada

  • 54 publications dans des revues avec comité de lecture
  • 31 présentations sur invitation (dont 16 à l'international)
  • 64 présentations par affiches
  • 10 chapitres de livre
  • 5 brevets
  • 3 accords avec des organismes externes

Santé Canada

  • 12 publications dans des revues avec comité de lecture
  • 23 présentations, dont 1 sur invitation
  • 3 rapports techniques

Agence de santé publique du Canada

  • 6 publications dans des revues avec comité de lecture
  • 3 présentations sur invitation
  • 1 présentation dans le cadre d’une conférence internationale
  • 6 accords de coopération officiels examinés et négociés
  • 1 base de données liée à la génomique conçue et mise en service
  • 4 programmes en bioinformatique mis en œuvre
  • 1 nouvelle liste annotée de génomes bactériens mise sur pied
  • 1 000 génomes de quasi–espèces d’hépatite C séquencés
  • 1 prototype d’algorithme d’assemblage du génome des quasi–espèces élaboré
  • 1 programme de simulation du séquençage des quasi–espèces élaboré

Ressources naturelles Canada

  • 22 publications dans des revues avec comité de lecture
  • 5 publications dans des comptes rendus de conférences
  • 26 présentations sur invitation
  • 1 chapitre de livre
  •  45 exposés et présentations par affiches lors de conférences nationales
  • 37 exposés et présentations par affiches lors de conférences internationales
  • Bases de données et banques génomiques : de nombreux dépôts dans GenBank (divers pathogènes des insectes, arpenteuse de la pruche); mise au point de biopuces (épinette blanche, épinette noire)

Environnement Canada

  • 22 publications dans des revues avec comité de lecture
  • 4 publications dans des comptes rendus de conférences avec comité de lecture 
  • 1 conférencier invité     
  • 8 autres conférenciers   
  • Participants à 2 réseaux nationaux
  • Participants à 2 réseaux internationaux

Pêches et Océans Canada

  • 1 publication dans des revues avec comité de lecture
  • 4 présentations sur invitation

Annexe 5 – Communications, par ministère

Conseil national de recherches Canada

  • Site Web et wikis de projets actifs
  • 10 activités de participation des citoyens (participation à des expo-sciences, mentorat d'étudiants, Défi Sanofi-Aventis en biotechnologie, etc.)
  • 2 présentations et visites communautaires – visites de centres de recherche sur le canola, Journée des S-T sur la Colline du Parlement
  • Brochures créées pour promouvoir l’initiative

Agriculture et Agroalimentaire Canada

  • Présentations dans des écoles publiques
  • Participation à des expo-sciences

Santé Canada

  • Forum scientifique annuel de Santé Canada – invités de l’intérieur et de l’extérieur du ministère
  • Échanges scientifiques avec les autres ministères du gouvernement

Agence de la santé publique du Canada

  • 1 entrevue avec les médias
  • 1 prix de l’ASPC

Ressources naturelles Canada

  • 1 entrevue avec les médias
  • 1 présentation communautaire
  • 4 pages Web
  • 3 feuillets d’information

Environnement Canada

  • Exposés communautaires et visites menés aux instituts participant à l’IRDG partout au pays
  • 2 pages Web

Pêches et Océans Canada

  • 1 entrevue avec les médias
  • 1 présentation communautaire

Initiative de R-D en génomique : aperçu du CGRR

Aperçu

Pour satisfaire aux exigences et aux lignes directrices du Secrétariat du Conseil du Trésor, un cadre de gestion et de responsabilisation axé sur les résultats (CGRR) a été élaboré pour l’IRDG . Le CGRR officialise l’engagement des six ministères qui participent à l’Initiative concernant les exigences communes en matière de mesure et de responsabilisation.

On a conçu un modèle logique (figure 1) qui reflète les objectifs globaux de l’Initiative, en reconnaissant qu’il y a d’importantes différences quant aux priorités et aux besoins particuliers de chaque ministère. L’objectif premier de l’IRDG est de soutenir la recherche en génomique au pays à l’appui des mandats ministériels et des principaux objectifs fédéraux dans les domaines d’intérêt national (la santé humaine, l’agriculture et la sécurité alimentaire, l’environnement et la gestion des ressources naturelles), de renforcer l’innovation, de promouvoir la compétitivité à l’échelle mondiale et d’assurer le développement durable au bénéfice de tous les Canadiens. Voici les résultats clés de quatre éléments importants du programme :

Gestion – Bien que la bonne gestion soit un aspect important de tout programme gouvernemental, elle est particulièrement importante pour cette initiative en raison du nombre d’intervenants, soit six ministères et organismes, et il est important que les pratiques en place favorisent une coordination ministérielle et interministérielle efficace. Il est également primordial que les priorités des ministères et de l’Initiative soient bien définies afin que les projets soient choisis de façon à garantir l’atteinte des objectifs prioritaires de l’ensemble du gouvernement en matière d’information sur la génomique ainsi que le soutien adéquat de la génomique aux activités d’élaboration de règlements et de politiques et à la prise d’autres types de décisions.

Renforcement des capacités – Le renforcement des capacités était l’objectif principal des phases antérieures de l’Initiative, et il est essentiel qu’il se poursuive. L’embauche d’un personnel hautement qualifié (PHQ) et la formation du personnel existant, ainsi que l’accès à des outils efficaces et efficients pour faciliter la recherche, sont des éléments essentiels pour mener les projets de recherche nécessaires au succès de l’Initiative et pour être des acteurs crédibles dans le domaine de la R-D en génomique et de ses applications.

Recherche et développement – La R-D est au coeur de cette initiative. Toutes les activités entourant la R-D en tant que telle, le transfert et l’adoption des technologies mises au point et la diffusion des résultats de recherche et des connaissances scientifiques sont essentielles pour que tous les résultats soient atteints et aient un impact.

Communications – Bien que les trois premiers éléments soient importants pour s’assurer que les bonnes recherches sont menées au bon moment et que les résultats des recherches sont diffusés à la communauté scientifique, il importe également que la génomique soit bien comprise et acceptée par les Canadiens. Les communications directes et indirectes avec la population sont donc un aspect important de l’Initiative.

Plan de mesure du rendement

Le tableau 5 présente les indicateurs de rendement, les sources et la responsabilité des résultats figurant dans le modèle logique de la figure 1. L’information présentée dans ce tableau sera réunie et présentée chaque année.

Le tableau 6 présente les indicateurs de rendement, les sources et la responsabilité des résultats figurant dans le modèle logique qui devraient être examinés lors d’une évaluation future des impacts. Bien que l’information contenue dans ce tableau puisse être réunie chaque année, elle sera analysée et présentée au moment de l’évaluation des impacts.

Chaque ministère peut également indiquer ses progrès individuels dans un Rapport ministériel sur le rendement et utiliser l’information pour adapter ses programmes et ses priorités.

Les tableaux 5 et 6 présentent donc des données spécifiques qui doivent être réunies par tous les ministères, le cas échéant. Même si certaines données ne seront réunies et analysées qu’au moment de l’évaluation des impacts, les tableaux présentent les exigences ministérielles permanentes qui suivent :

Information interministérielle : Les ministères doivent tenir un dossier de tous les procès-verbaux des réunions, des comptes rendus de décisions, des documents de planification et autres documents de nature interministérielle qui ont eu une incidence sur la façon dont l’Initiative a été mise en oeuvre dans chaque ministère.

Information ministérielle : Les ministères doivent également tenir un dossier de l’information interne qui a eu une incidence sur la façon dont l’Initiative a été mise en oeuvre dans le ministère, ce qui comprend l’information financière au niveau du programme (services votés et financement de mesures nouvelles), l’information sur les ressources humaines (embauche, formation), la participation à des comités, conférences et réseaux nationaux ou internationaux non liée à un projet précis, ainsi que les statistiques sur les sites Web.

Information spécifique sur les projets : Elle comprend l’information suivante sur les projets :

  • Demandes de projets (propositions, examens par les pairs, etc.)
  • Projets approuvés (titre, portée, financement, description, objectifs, chercheur principal, membres de l’équipe)
  • Projets interministériels (titre, portée, financement, nombre de ministères, description, objectifs, chercheur principal, membres de l’équipe)
  • Partenaires, collaborateurs dans les projets (noms, type, contribution financière, contribution en nature, rôle)
  • Législateurs, décideurs, autres personnes ayant accès aux résultats de la recherche (noms, titres, coordonnées)
  • Utilisation des fonds du projet (budgets, y compris les frais généraux ou les taxes d’entreprise)
  • Projets d’infrastructure (types, financement, % du total) sur invitation
  • Nombre de rapports techniques
  • Nombre de chapitres de livres
  • Nombre d’autres publications
  • Nombre et type de participations à des comités, conférences et réseaux nationaux ou internationaux liées à des projets
  • Nombre et type de bases de données, de bibliothèques, etc., de génomique découlant des projets
  • Application des résultats de la recherche et technologies transférées
  • Nouveaux produits, outils et procédés mis au point
  • Entreprises issues de la recherche (nombre, types, noms, coordonnées)
  • Nombre de divulgations
  • Nombre de brevets actifs, de demandes de brevets, de brevets délivrés
  • Nombre de licences délivrées
  • Nombre d’accords de transfert de matériel (ATM )
  • ombre d’accords de coopération officiels
  • Nombre de protocoles d’exploitation normalisés

 

Figure 1 – Modèle logique de l'Initiative de R et D en génomique interministérielle

Gestion Renforcement des capacités Recherche et développement Vulgarisation
Activités

Coordination (interministérielle et intra-ministérielle)

Élaboration de politiques, cadres et lignes directrices

Collecte de renseignements et prévision, consultations, planification stratégique, établissement des priorités

Établissement des processus de sélection des projets

Développer la capacité scientifique et technique,
y compris l’infrastructure

Attirer, former et conserver le personnel hautement qualifié

Établir des réseaux et des collaborations

Entreprendre la R-D

Soutenir le transfert des technologies et les autorisations

Établir des partenariats stratégiques

Diffuser les résultats de la recherche

Communiquer avec le public

Développer le contenu des sites web

Extrants

Rapports sur le rendement

Plans

Priorités

Approbation des projets

Personnel technique formé pour la recherche

Infrastructure :

  • Puces à ADN
  • génotypage
  • protocoles d’essai
  • séquençage

Connaissances scientifiques

Publications documentées

Rapports techniques

Autres publications

Participation aux comités, conférences et réseaux nationaux

Ateliers et colloques

Entrevues avec les médias

Communiqués

Présentations communautaires

Site web

Feuilles d’information et base de données

Visites et brochures

Résultats immédiats
Meilleure gouvernance, coordination et partenariats scientifiques

Capacité de recherche accrue

  • augmentation du PHQ et formation du personnel existant
  • avancements dans l’infrastructure d’avant-garde

Meilleure prestation des services

Accès et partage des connaissances scientifiques et technologiques

Sensibilisation et compréhension accrues des résultats de la recherche en génomique et de leurs applications éventuelles

Soutien direct et indirect de la réglementation, des politiques et du processus décisionnel

Public plus sensibilisé à la génomique
Résultats intermédiaires
Meilleurs règlements, politiques et processus décisionnels

Participation accrue aux initiatives nationales et internationales en génomique

Application des résultats de la recherche pour développer des méthodes, produits, technologies et procédés nouveaux ou améliorés, par :

  • entreprises de retombée
  • divulgations
  • brevets actifs, demandes de brevets, brevets émis
  • permis délivrés
  • accords de transfert de matériel
  • accords de coopération officiels
Sensibilisation et compréhension accrues du public des avantages et des risques associés à la génomique
Résultats à long terme

Meilleurs soins de santé, notamment :

  • Meilleurs diagnostics et traitements
  • Réduction des risques pour la santé et l’environnement
  • Réduction des coûts des soins de santé

Réduction des impacts environnementaux associés à :

  • qualité de l’eau
  • écosystèmes aquatiques en santé et productifs
  • pêches, agriculture, foresterie et aquaculture durables

Meilleure compétitivité des entreprises canadiennes grâce à :

  • diversification
  • meilleure productivité
  • réduction des coûts
  • démonstration des activités de saine gouvernance et de développement durable
  • etc.
Le Canada est positionné comme participant crédible pour la recherche en génomique et les applications
Résultat ultime - Meilleure qualité de vie en termes de santé, de sécurité, d’environnement et de développement social et économique
Groupes visés

Secteur public

Scientifiques et décideurs du gouvernement :

  • fédéral
  • municipal
  • provincial
  • international

Universités (canadiennes et internationales) :

  • scientifiques
  • autres facultés

Autres organismes de recherche (canadiens et internationaux)

Secteur privé

Industrie (canadienne et internationale) :

  • scientifiques
  • décideurs

Organismes à but non lucratif

Grand public canadien

 

Tableau 5 : Stratégie de mesure du rendement annuel
Domaine Indicateurs permanents Sources Responsabilité
Résultats immédiats
Meilleures gouvernance et coordination et meilleurs partenariats scientifiques Nombre d’initiatives de recherche interministérielles (tableau résumant l’initiative, la portée, le financement, le nombre de ministères participants, la description) Information sur le projet Ministères
  Nombre de partenariats et collaborations aux projets par type, notamment :
>autres ministères
>universités
>organisations internationales
>secteur privé
> Génome Canada
>etc.
Information sur le projet Ministères
  Mobilisation de fonds internes :
>Financement des services votés et de nouvelles mesures
Dossiers ministériels Ministères
  Autres fonds et contributions en nature par type (complémentaires de l’information précédente sur les collaborations), notamment :
>autres ministères
>universités
>organisations internationales
>secteur privé
> Génome Canada
>etc.
Information sur le projet Ministères
Renforcement des capacités de recherche :
>Augmentation du PHQ et formation du PHQ existant
Nombre et type de nouveau personnel de recherche :
>permanent et temporaire (boursiers en perfectionnement postdoctoral et étudiants)
>soutien scientifique et technique
Dossiers ministériels Ministères
  Fonds et % alloué à la formation et aux activités connexes du PHQ Dossiers ministériels Ministères
Nombre d’employés formés (en génomique) Dossiers ministériels Ministères
Nombre d’employés du ministère travaillant à des projets de R-D en génomique financés (augmentant l’expertise acquise par la recherche) Dossiers ministériels Ministères
Progrès vers l’obtention d’une infrastructure d’avant-garde Type d’infrastructure : acquise, adaptée, mise à niveau, maintenue Rapports sur le projet Ministères
  Fonds et % alloué à l’infrastructure Dossiers ministériels Ministères
Accès aux/partage des connaissances technologiques et scientifiques Nombre d’articles dans des revues avec comité de lecture (sur papier ou électronique)
  • information sur les revues disponible sur demande
Rapports sur le projet Ministères
  Nombre d’articles dans des comptes rendus de conférences examinés par les pairs Rapports sur le projet Ministères
Nombre de présentations sur invitation Rapports sur le projet Ministères
Nombre de rapports techniques Rapports sur le projet Ministères
Nombre de chapitres de livres Rapports sur le projet Ministères
Nombre d’autres publications Rapports sur le projet Ministères
Nombre et type de participation à des comités, conférences et réseaux nationaux ou internationaux Rapports sur le projet, Dossiers ministériels Ministères
Nombre et type de bases de données, bibliothèques, etc., associés à la génomique. Rapports sur le projet Ministères
Connaissance de la génomique dans la population Présence sur le Web, nombre de visites du site Web, autres statistiques sur le site Web Analyse des statistiques de sites Web Ministères
Résultats intermédiaires
Participation accrue à des initiatives nationales et internationales en génomique Degré auquel les scientifiques des ministères participent à d’autres projets :
>nationaux ou internationaux
> rôle dans les projets
> fonds mobilisés
> nombre de partenaires, autres ministères, universités, secteur privé, Génome Canada ou autres, etc.
Information sur le projet Ministères
  Autres types de participation aux initiatives de génomique
>nationales et internationales
> nombre d’initiatives
> types d’initiative
>s rôle des ministères et des scientifiques
Dossiers ministériels Ministères
Application des résultats de la recherche pour développer des méthodes, des produits, des technologies ou des procédés novateurs ou améliorés grâce à des :
>entreprises dérivées
> divulgations
> brevets actifs, demandes de brevets, brevets délivrés
> licences délivrée
>s accords de transfert de matériel
> accords de coopération officiels
Description de l’application des résultats de la recherche (interne et externe) et/ou des technologies transférées Dossiers ministériels Ministères
Nombre et types d’entreprises dérivées Rapports sur le projet Ministères
Nombre de divulgations Rapports sur le projet Ministères
Nombre de brevets actifs, de demandes de brevets, de brevets délivrés Rapports sur le projet Ministères
Nombre de licences délivrées Rapports sur le projet Ministères
Nombre d’accords de transfert de matériel Rapports sur le projet Ministères
Nombre d’accords de coopération officiels/de protocoles d’exploitation normalisés Rapports sur le projet Ministères

 

Tableau 6 : Exigences des stratégies d’évaluation des impacts et de mesure du rendement
Domaine Indicateurs d’évaluation Sources Responsabilité
Résultats immédiats
Meilleures gouvernance et coordination et meilleurs partenariats scientifiques Preuve de planification coordonnée (interministérielle et intraministérielle), approches d’établissement des priorités et de gestion (p. ex. Comité de coordination des SMA chargé de l’IRDG, Groupe de travail sur l’IRDG, liens avec le Système canadien de réglementation de la biotechnologie) Comptes rendus des réunions et des décisions, documents de planification, etc. Ministères Comité de coordination des SMA chargé de l’IRDG Groupe de travail sur l’IRDG
  Nombre d’initiatives de recherche interministérielles (tableau résumant l’initiative, la portée, le financement, le nombre de ministères engagés, la description) Information sur le projet Évaluateurs d’après l’information ministérielle
  Nombre de partenariats et de collaborations aux projets, notamment :
>autres ministères
> universités
> organisations internationales
>secteur privé
> Génome Canada
Information sur le projet Évaluateurs d’après l’information ministérielle
  Mobilisation de fonds internes :
> Financement des services votés et de nouvelles mesures
Dossiers ministériels Évaluateurs d’après l’information ministérielle
  Utilisation des fonds aux fins voulues Information sur le projet Évaluateurs d’après l’information ministérielle
  Autres fonds et contributions en nature par type (complémentaires de l’information précédente sur les collaborations), notamment :
>autres ministères
> universités
> organisations internationales
>secteur privé
> Génome Canada
Information sur le projet Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Connaissance et compréhension accrues des résultats de la recherche en génomique et de ses applications possibles Degré auquel les projets ont répondu aux besoins d’information en génomique dans les ministères Comparaison des objectifs des projets par rapport aux priorités ministérielles; entrevues avec les gestionnaires des ministères Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Degré auquel les législateurs et les décideurs sont informés des projets, de leurs résultats et de leurs applications éventuelles
>dans les ministères
> dans les autres ministères
> dans les autres ordres de gouvernement
> dans les autres organisations
Entrevues avec les législateurs, les décideurs, les gestionnaires et autres Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Soutien direct et indirect des processus de réglementation, d’élaboration de politiques et de prise de décisions Degré auquel les données scientifiques liées à la génomique sont disponibles et utilisées pour l’élaboration des règlements et des politiques ainsi que pour les autres types de décisions
>dans les ministères
> dans les autres ministères
> dans les autres ordres de gouvernement
Entrevues avec les législateurs, les décideurs et les autres gestionnaires, examen des comptes rendus des décisions, documents de travail, livres blancs Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Connaissance de la génomique dans la population Degré de connaissance de la génomique dans la population Sondage auprès de la population Évaluateurs
Présence sur le Web, nombre de visites du site Web, autres statistiques sur le site Web Analyse des statistiques de sites Web Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Résultats intermédiaires
Meilleurs règlements, politiques et processus décisionnels fondés sur des données scientifiques Preuve de la contribution des données scientifiques à la réglementation, à l’application des lois, aux évaluations environnementales, à la santé publique et aux discussions et décisions stratégiques
>dans les ministères
> dans les autres ministères
> dans les autres ordres de gouvernement
Entrevues avec les organismes de réglementation, les décideurs et autres gestionnaires, examen des documents de discussions, livres blancs Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Participation accrue à des initiatives nationales et internationales en génomique Degré auquel les scientifiques des ministères participent à d’autres projets
>nationaux ou internationaux
>rôle dans les projets
> fonds mobilisés
> nombre de partenaires
> autres ministères, universités, secteur privé, Génome Canada ou autres.
Information sur le projet, entrevues avec les scientifiques et les partenaires Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Autres types de participation aux initiatives de génomique
>nationales et internationales
> nombre et types d’initiatives
> rôle des ministères et des scientifiques
Dossiers ministériels, entrevues avec les représentants ministériels et les représentants des autres initiatives Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Application des résultats de la recherche pour développer des méthodes, des produits, des technologies ou des procédés novateurs ou améliorés grâce à des :
>entreprises dérivées
> divulgations
> brevets actifs, demandes de brevets, brevets délivrés
> licences délivrée
>s accords de transfert de matériel
> accords de coopération officiels
Description de l’application des résultats de la recherche (interne et externe) et/ou des technologies transférées Dossiers ministériels Évaluateurs d’après l’information ministérielle
nombre et type de produits, d’outils et de procédés développés grâce à l’application des résultats de la recherche; description de l’utilisation Dossiers ministériels, entrevues avec les organisations bénéficiaires Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Nombre et types de citations Analyse de citations Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Compréhension par la population de la contribution importante de la génomique à la qualité de vie Changement du degré de compréhension dans la population Sondage auprès de la population Évaluateurs
Changements dans les reportages des médias Analyse du contenu des journaux, des autres publications Évaluateurs
Résultats à long terme
Meilleurs soins de santé, y compris :
>meilleurs diagnostics et traitements
> réduction des risques pour la santé et l’environnement
> réduction des coûts pour la santé
Degré auquel les résultats de la recherche sont utilisés pour le diagnostic, le traitement, la prévention, etc. Études de cas, entrevues Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Impacts précis sur les soins de santé (se référer aux CGRR ministériels pour les indicateurs spécifiques) Études de cas, analyse des données secondaires sur les soins de santé Évaluateurs
Réduction des impacts sur l’environnement :
>qualité de l’eau
> écosystèmes aquatiques sains et productifs pêches, agriculture, foresterie et aquaculture durables
Degré auquel les résultats de la recherche sont utilisés pour améliorer les règlements en matière d’environnement ainsi que les activités de détection et de surveillance de la pollution, et d’application des lois à cet égard Études de cas, entrevues Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Impacts environnementaux précis (se référer aux CGRR ministériels pour les indicateurs spécifiques) Études de cas, analyse des données secondaires sur l’environnement Évaluateurs
Meilleure compétitivité des entreprises canadiennes grâce à la :
>diversification
> meilleure productivité
> réduction des coûts
> démonstration d’une bonne gouvernance et d’activités de développement durable
Degré auquel les résultats de la recherche sont utilisés par les entreprises canadiennes Études de cas, entrevues Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Rendement des entreprises utilisant les résultats de la recherche par rapport à d’autres dans leur secteur (se référer aux CGRR ministériels pour les indicateurs spécifiques) Études de cas, analyse des données secondaires Évaluateurs
Meilleur rendement de certains secteurs grâce aux résultats de la recherche Études de cas, analyse des données secondaires Évaluateurs
Le Canada est considéré comme un participant crédible dans la recherche en génomique et ses applications Niveau de participation aux initiatives internationales Dossiers ministériels, entrevues avec les représentants ministériels et les représentants des autres initiatives Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Opinions des experts concernant la participation du Canada Recension des écrits, entrevues avec les experts Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Niveau d’investissement public et privé dans la R-D en génomique Études de cas, analyse des données secondaires Évaluateurs
Résultat ultime
Meilleure qualité de vie en termes de santé, de sécurité, d’environnement et de développement social et économique Divers indicateurs de la qualité de vie (p. ex. meilleurs services de santé et traitements, meilleurs perspectives d’emploi, amélioration du mode de vie, avantages environnementaux, etc.) Études de cas, analyse des données secondaires, études spéciales, etc. Évaluateurs
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