ARCHIVÉ - Initiative de R–D en génomique - Rapport Annuel sur le Rendement 2010-2011

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Résumé

Dotée d’un budget de 19,9 millions de dollars par année, l’Initiative de R–D en génomique (IRDG) permet de soutenir la recherche fédérale en génomique à l’appui d’objectifs d’intérêt national afin de renforcer l’innovation, de promouvoir la compétitivité et d’assurer le développement durable au bénéfice de tous les Canadiens, et ce, dans le cadre du mandat du Conseil national de recherches du Canada (6 M$/an), d’Agriculture et Agroalimentaire Canada (6 M$/an), de Santé Canada et de l’Agence de la santé publique du Canada (4 M$/an), de Ressources naturelles Canada (2 M$/an), d’Environnement Canada (1 M$/an) et de Pêches et Océans Canada (0,9 M$/an).

Depuis la mise en œuvre de l’IRDG en 1999, les ministères et organismes participants ont accru les ressources humaines qu’ils affectent aux laboratoires fédéraux et amélioré les outils, équipements, infrastructures et réseaux dont ils ont besoin pour mener de la R–D en génomique et prendre part à des programmes de grande envergure et à fort impact dans le cadre de nombreuses collaborations avec des organismes canadiens et étrangers. Les investissements provenant de l’IRDG ont permis aux scientifiques du secteur public d’explorer des pistes de recherche prometteuses pour l’atteinte des objectifs économiques et sociaux du Canada. Ces pistes ont débouché sur des résultats concrets qui sont déjà utiles dans de nombreux domaines chers aux Canadiens. Les scientifiques fédéraux excellent dans certains domaines stratégiquement choisis de la recherche en génomique, et l’évaluation formative indépendante de l’IRDG ainsi que l’évaluation de ses impacts terminée en 2010 ont montré qu’elle est bien gérée, efficace et efficiente. La phase IV de l’IRDG s’est terminée en mars 2011. Dans un contexte où les activités du gouvernement disposent de ressources limitées, l’IRDG fait partie intégrante du programme de recherche en génomique des laboratoires fédéraux.

L’IRDG est financée par cycles de trois ans : phase I (1999-2002), phase II (2002-2005), phase III (2005-2008) et phase IV (2008-2011). L’exercice 2010–2011 marque la troisième et dernière année des programmes de la phase IV. Le cadre global du programme de l’IRDG pour la phase IV est présenté dans la section suivante, intitulée Secteurs d’impact de la phase IV de l’IRDG. C’est aussi au cours de l’exercice 2010–2011 que les activités de la phase V de l’IRDG ont été planifiées.

Le Rapport annuel sur le rendement pour 2010-2011 suit le Cadre de gestion et de responsabilisation axé sur les résultats (CGRR) pour l’IRDG, qui formalise des critères de mesure selon les exigences du Secrétariat du Conseil du Trésor. Il présente le profil du programme et les secteurs d’impact de l’IRDG, ses liens avec les objectifs ministériels et l’architecture des activités de programmes, sa pertinence pour la Stratégie fédérale en matière de sciences et de technologie (S–T) ainsi que les plans et activités concernant le programme de recherche. Puis, il fait état du rendement constaté en 2010–2011 en matière de gestion, de collaboration (tableaux 3 et 4), de renforcement des capacités, de recherche et développement (résumé à l’annexe 3 de l'Appendice A et illustré par des statistiques sommaires aux annexes 2, 4 et 5 de l'Appendice A) et de communications.

Acronymes

liste d'acronymes
AAC Agriculture et Agroalimentaire Canada
ACIA Agence canadienne d’inspection des aliments
ADN Acide désoxyribonucléique
ADNc ADN complémentaire
ADNmt ADN mitochondrial
ARN Acide ribonucléique
ARNm ARN messager
ASGE Applications stratégiques de la génomique dans l’environnement
ASPC Agence de la santé publique du Canada
CanSeq Initiative canadienne de séquençage du génome du canola
CGRR Cadre de gestion et de responsabilisation axé sur les résultats
CNRC Conseil national de recherches Canada
CPF Composés perfluoroalkylés
EC Environnement Canada
ECTS Escherichia coli productrice de toxine de Shiga
EGGD Électrophorèse en gel de gradient dénaturant
IGS Initiative en génomique et en santé
IRDG Initiative de R-D en génomique
LNM Laboratoire national de microbiologie
MPO Pêches et Océans Canada
PCGPC Projet canadien de génomique des plantes cultivées
PCR Réaction en chaîne par polymérase
PCRq PCR quantitative
PHQ Personnel hautement qualifié
PNS Polymorphisme nucléotidique simple
R–D Recherche et développement
RNCan Ressources naturelles Canada
SC Santé Canada
SCF Service canadien des forêts
SMA Sous-ministre adjoint
S-T Science et technologie
US-EPA Environmental Protection Agency des États-Unis
US-FDA Food and Drug Administration des États-Unis
VAIS Virus de l’anémie infectieuse du saumon
VIH Virus de l’immunodéficience humaine

Secteurs d'impact de la phase IV de l'IRDG

L’objectif stratégique de la recherche financée par l’IRDG est d’apporter des solutions à plusieurs des questions les plus importantes pour les Canadiens – la protection et l’amélioration de la santé humaine, le développement de nouveaux traitements pour les maladies chroniques et les maladies infectieuses, la préservation de l’environnement et la gestion durable des ressources agricoles et naturelles. En mettant l’accent sur le rôle particulier que joue la recherche menée par le gouvernement fédéral, elle vient appuyer la prise de décisions fondées sur des données probantes, l’élaboration des politiques ainsi que la formulation des normes et des règlements, de même qu’elle facilite la naissance d’entreprises commerciales canadiennes.

Amélioration de la santé et du mieux-être de la population

Résultats prévus

Mieux connaître et comprendre les maladies infectieuses et chroniques chez les humains pour trouver des applications en santé publique, notamment l’élaboration de nouveaux outils de diagnostic ou l’amélioration des outils existants

Augmenter la valeur des récoltes de céréales, de canola et de légumineuses en étudiant le développement et le métabolisme des semences (teneur en huile, qualité de l’amidon, composés antinutritionnels)

Secteurs d’impact

La phase IV de l’IRDG s’attaque à la recherche sur des thèmes comme le développement de nouveaux traitements pour le cancer, les maladies du cœur et une foule d’autres maladies aiguës et chroniques, la conception de vaccins et les mesures permettant de limiter la propagation des maladies et d’éventuelles pandémies. De nouveaux médicaments, des nutraceutiques, une amélioration du rendement et de la valeur nutritionnelle des cultures, ainsi que des aliments fonctionnels sont le résultat de recherches en génomique visant à améliorer la santé.

Activités planifiées

Maladies infectieuses
  • Comprendre la base moléculaire des maladies génétiques et pathogènes critiques
  • Effectuer l’épidémiologie moléculaire de maladies infectieuses
  • Créer des dispositifs aux points de service pour diagnostiquer la présence d’organismes à l’origine d’infections nosocomiales et de la contamination des aliments et de l’eau
  • Comprendre les réactions aux traitements antiviraux de l’hépatite C et du VIH
  • Clarifier le rôle de la vitamine D en cas d’infection grippale grave chez les personnes âgées
  • Développer des bactériophages pour prévenir les infections bactériennes communes
  • Évaluer le rôle des bactéries pathogènes chez les patients atteints de fibrose kystique
Maladies chroniques
  • Déterminer et développer un large éventail d’agents thérapeutiques ciblés pour créer la nouvelle génération de cancérothérapies efficaces
  • Étudier les lésions hépatiques provoquées par l’interféron
  • Définir les biomarqueurs de l’exposition aux agents mutagènes et de l’inhalation de contaminants, ainsi que les effets de ces agents et contaminants dans le développement du cancer, de l’athérosclérose et de l’asthme
Approvisionnement alimentaire
  • Déchiffrer les gènes qui contrôlent le développement des graines, la répartition du carbone, la qualité des protéines, la qualité de l’huile, la qualité de l’amidon et l’accumulation de composés antinutritionnels dans les céréales (blé, maïs), les oléagineux (Brassica) et les légumineuses (soja) afin d’améliorer leur productivité et leur résilience
  • Étudier les composés nutraceutiques, comme les phytostérols, les anthramides et les glucanes, pour trouver des applications médicales

Recherche de la durabilité écologique

Résultats prévus

Augmenter la valeur des récoltes de céréales, de canola et de légumineuses en les adaptant aux facteurs de stress environnementaux (maladies, ravageurs, sécheresse, froid et mauvaises conditions du sol)

Augmenter les connaissances pour soutenir les méthodes de production d’arbres et de protection de la forêt au moyen de travaux portant sur des espèces et des caractères ayant une importance économique pour le Canada, tout en atténuant les répercussions sur l’environnement

Concevoir et utiliser des outils de génomique pour mieux comprendre la génétique et la structure des populations, ainsi que les réactions comportementales, physiologiques et immunologiques à l’environnement, en vue d’assurer la gestion durable des ressources aquatiques

Développer des applications de la génomique pour comprendre les contaminants environnementaux, procéder à la restauration de l’environnement et préserver la biodiversité

Secteurs d’impact

La phase IV de l’IRDG s’attaque à la recherche sur des thèmes visant la durabilité écologique comme le développement de cultures plus productives et plus résistantes pour l’agriculture durable, la lutte contre les phytoravageurs, les animaux nuisibles et les maladies d’une manière respectueuse pour l’environnement, l’adaptation des cultures, des forêts et des poissons en réaction aux effets du changement climatique et la protection des espèces en voie de disparition.

Activités planifiées

Agriculture
  • Accroître la productivité et la résilience des cultures de soja canadien afin de répondre à la demande de plus en plus grande, tant au pays qu’à l’étranger, pour des applications alimentaires et industrielles (biocarburants)
  • Développer des cultures ayant une meilleure résistance aux maladies et aux insectes nuisibles
  • Concevoir des stratégies pour augmenter la tolérance des cultures à la chaleur, au froid et au gel
Foresterie
  • Déterminer des marqueurs génétiques pour la sélection d’épinettes présentant les caractéristiques souhaitées en matière de qualité du bois et d’adaptation
  • Comprendre les interactions génétiques hôte–pathogène des arbres forestiers afin d’améliorer la lutte antiparasitaire durable
  • Concevoir et transférer des outils de diagnostic moléculaire pour détecter et surveiller les maladies et les ravageurs des arbres forestiers et assurer la certification phytosanitaire
Pêches et aquaculture
  • Concevoir des outils génomiques pour la conservation des espèces d’importance pour le Canada (saumon de l’Atlantique, béluga, capelan, Dolly Varden)
  • Étudier la capacité de migration du saumon sauvage
  • Identifier les espèces et la structure des stocks de sébastes
  • Étudier les maladies du saumon (virus de l’anémie, parasites, pou)
Environnement
  • Procéder à la caractérisation moléculaire des communautés bactériennes dans les sols contaminés
  • Examiner les effets toxiques des contaminants environnementaux sur les communautés bactériennes en milieu aquatique
  • Concevoir des outils génomiques pour la conservation de certaines espèces sauvages (oiseaux, mammifères)
  • Appliquer des marqueurs génétiques pour identifier les espèces et la structure des populations des espèces aquatiques envahissantes
  • Étudier les maladies infectieuses émergentes chez les oiseaux et les amphibiens indigènes

Prises de décisions fondées sur des données probantes

Résultat prévu

Soutenir les décisions réglementaires prises par le gouvernement fédéral dans le cadre du mandat des ministères et organismes participants

Secteurs d’impact

La recherche menée à la phase IV de l’IRDG vise : la conception d’outils de diagnostic pour détecter, surveiller et gérer les agents pathogènes d’origine alimentaire et hydrique (Salmonella, Escherichia coli), les maladies et les parasites des humains, des plantes aquatiques, des animaux et des plantes, y compris les espèces mises en quarantaine; la caractérisation détaillée des nouveaux produits (aliments, produits pharmaceutiques, appareils médicaux, etc.) en vue de leur introduction responsable sur les marchés et leur surveillance continue, et la conception d’outils d’expertise légale pour surveiller les ressources halieutiques afin d’assurer la gestion durable des dates d’ouverture de la pêche et de l’accès aux marchés mondiaux. Bon nombre des secteurs d’impact déjà décrits dans les sections précédentes viennent également appuyer les prises de décisions fondées sur des données probantes.

Activités planifiées

  • Concevoir des outils de surveillance pour gérer deux importantes pêches (béluga et saumon)
  • Instaurer l’utilisation de l’information génétique pour gérer les pêches de stocks divers
  • Comprendre la structure et la génétique des populations ayant une importance économique pour orienter les décisions de gestion
  • Concevoir des outils de diagnostic pour gérer les maladies des animaux aquatiques, lesquels sont importants pour la pêche sauvage et l’industrie de l’aquaculture
  • Développer et utiliser le profil d’ADN de l’ormeau nordique menacé comme preuve pour pouvoir poursuivre en justice les braconniers et faciliter les ententes à l’amiable
  • Valider les procédures fondées sur la génomique afin d’assurer la présentation de données plus précises aux termes du Règlement sur les renseignements concernant les substances nouvelles de la Loi canadienne sur la protection de l’environnement
  • Améliorer la transmission de signaux d’« alerte rapide » aux organismes de réglementation de l’industrie à l’aide de techniques fondées sur l’ADN servant à faire le lien entre l’exposition de l’environnement à certaines substances et les effets toxiques possibles
  • Procéder à l’identification des espèces pour faciliter la prise de décisions aux termes de la Loi sur la protection d’espèces animales ou végétales sauvages et la réglementation de leur commerce international et interprovincial et la Convention sur le commerce international des espèces de faune et de flore sauvages menacées d’extinction
  • Évaluer les changements d’expression génique observés dans les lignées cellulaires humaines à la suite d’une exposition aux signaux sans fil émis par les téléphones cellulaires
  • Étudier les effets moléculaires des contaminants environnementaux (substances prioritaires et nouveaux contaminants) sur les espèces sauvages afin d’améliorer l’évaluation et la surveillance des risques environnementaux
  • Détecter la présence d’organismes génétiquement modifiés dans les écosystèmes aquatiques
  • Détecter les microorganismes pathogènes dans les eaux usées

Formulation de politiques, de normes et de règlements

Résultats prévus

Soutenir les principaux objectifs fédéraux d’intérêt national dans le cadre du mandat des ministères et organismes participants

Appuyer le système canadien de réglementation dans le domaine de la santé pour permettre l’innovation tout en réduisant les risques pour les Canadiens, grâce à un programme ciblé de R-D en génomique visant à renforcer la recherche dans des domaines prioritaires comme l’information génétique, les produits biotechnologiques, la génomique humaine et la génomique microbienne, afin de favoriser la santé humaine, animale et environnementale

Mettre au point des applications de la génomique pour appuyer les activités de réglementation dans des domaines clés comme l’évaluation et la gestion des risques environnementaux; l’application des lois et règlements et la conformité; la détection, la surveillance et la prévention de la pollution; la biologie de la conservation et la génétique de la faune; les prévisions et évaluations de la technologie; ainsi que le développement durable et l’utilisation responsable des bioproduits et des procédés industriels

Secteurs d’impact

Les approches réglementaires efficaces ouvrent la voie à des applications commerciales responsables qui génèrent de la richesse pour les Canadiens. La phase IV de l’IRDG permet l’acquisition des connaissances appuyant l’élaboration des politiques, des normes et des règlements concernant : l’introduction responsable et la surveillance continue des nouveaux produits sur le marché, notamment les produits pharmaceutiques, les instruments médicaux et les produits alimentaires; la traçabilité (animaux, végétaux, aliments, poisson); la surveillance et l’assainissement de l’environnement; les additifs alimentaires et l’étiquetage. Bon nombre des secteurs d’impact déjà décrits dans les sections précédentes viennent également appuyer la formulation des politiques, des normes et des règlements.

Activités planifiées

  • Élaborer une stratégie d’évaluation des risques moléculaires pour la bactérie E. coli toxigène
  • Comprendre les modèles d’expression des gènes liés aux fibres alimentaires et aux « glucides résistants » afin de formuler une nouvelle définition de « fibre alimentaire » pour Santé Canada
  • Procéder à la caractérisation moléculaire de communautés bactériennes dans des sols contaminés afin de valider un nouveau document d’orientation national aux termes de la Loi canadienne sur la protection de l’environnement
  • Intégrer la biologie des systèmes aux évaluations de SC en toxicologie réglementaire
  • Élaborer, en collaboration avec le ministère de l’Environnement de la Colombie-Britannique, des méthodes d’évaluation de l’effet des effluents et des produits chimiques sur les communautés bactériennes en milieu aquatique, méthodes qui seront intégrées aux processus d’évaluation des risques aux termes du Plan d’action du bassin de Géorgie et du Plan de gestion des produits chimiques

Appui aux entreprises commerciales canadiennes

Résultat prévu

Réaliser des progrès pertinents du point de vue commercial dans les domaines de la R-D en génomique ayant trait à la santé humaine (p. ex. tests génétiques, diagnostics, applications de la génomique microbienne, traitement et prévention de maladies humaines comme le cancer et les maladies cardiovasculaires, et détection des agents pathogènes)

Secteurs d\xE2\x80\x99impact

Au cours de la phase IV de l’IRDG, les scientifiques collaborent avec les entreprises canadiennes pour appuyer leurs efforts de R–D afin de générer de la richesse et de soutenir l’économie canadienne.

Activités planifiées

  • Accorder une licence à une société canadienne de biotechnologie pour la mise au point d’anticorps conçus par les scientifiques de l’IRDG pour le traitement du cancer
  • Collaborer avec un partenaire commercial pour la validation de la technologie de détection de la bactérie Salmonella mise au point par les scientifiques de l’IRDG en vue de sa commercialisation auprès des laboratoires de diagnostic
  • Mettre en œuvre l’accord de recherche concertée conclu entre les scientifiques de l’IRDG, Genome Alberta et quatre partenaires de l’industrie (Cargill Limited, Dow AgroSciences Canada Inc., KWS SAAT Ag et RAPOOL-Ring GmbH) dans le cadre de l’Initiative canadienne de séquençage du génome du canola, tel qu’officialisé en février 2009.

Initiative de R-D en génomique – profil du programme

Aperçu

La génomique est la science qui étudie les séquences d’ADN et leurs fonctions dans les organismes vivants. Les réels avantages qu’elle offre reposent sur son pouvoir de nous révéler les systèmes biologiques dans leur intégralité, ce qui nous permet de mieux les étudier. Ainsi, la génomique nous permet de comprendre l’interaction des gènes et de leurs produits dans un milieu donné et d’avoir un aperçu des répercussions biologiques que peuvent entraîner les variations génétiques sur la productivité, la qualité de vie et la résistance aux maladies, entre autres.

La génomique offre des applications dans toutes les sphères de la vie. Elle permet d’acquérir des connaissances pour soutenir le développement de produits et de procédés visant à améliorer la compétitivité des secteurs qui sont essentiels à la prospérité économique des collectivités canadiennes (santé, agriculture, foresterie, pêches), à mettre au point des technologies favorables à la durabilité de l’environnement et à améliorer la qualité de vie des Canadiens d’aujourd’hui et de demain. Les gouvernements fédéral et provinciaux ainsi que les administrations municipales, tout comme le secteur privé, sont d’importants utilisateurs des connaissances et des outils découlant de ces technologies.

Reconnaissant le rôle légitime et nécessaire qu’il doit jouer dans ce domaine, le gouvernement du Canada appuie la recherche en génomique depuis plus de dix ans et assure son financement dans le cadre de l’Initiative de R–D en génomiques (IRDG) depuis 1999.

Dotée d’un budget de 19,9 millions de dollars par année, l’IRDG permet de soutenir la recherche fédérale en génomique à l’appui d’objectifs d’intérêt national afin de renforcer l’innovation, de promouvoir la compétitivité et d’assurer le développement durable au bénéfice de tous les Canadiens, et ce, dans le cadre du mandat du Conseil national de recherches du Canada (6 M$/an), d’Agriculture et Agroalimentaire Canada (6 M$/an), de Santé Canada et de l’Agence de la santé publique du Canada (4 M$/an), de Ressources naturelles Canada (2 M$/an), d’Environnement Canada (1 M$/an) et de Pêches et Océans Canada (0,9 M$/an). L’IRDG est financée par cycles de trois ans, comme l’illustre le tableau 1. La phase IV de l’IRDG s’est terminée en mars 2011. Dans un contexte où les activités du gouvernement disposent de ressources limitées, l’IRDG fait partie intégrante du programme de recherche en génomique des laboratoires fédéraux.

Tableau 1 : Fonds alloués (000 $)
Ministère/Agence Phase I
1999-2002
Phase II
2002-2005
Phase III
2005-2008
Phase IV
2008 - 2011
Total 55 000 59 700 59 700 59 700
Agriculture et Agroalimentaire Canada 17 000 18 000 18 000 18 000
Environnement Canada 3 000 3 000 3 000 3 000
Pêches et Océans Canada 2 500 2 700 2 700 2 700
Santé Canada/Agence de la santé publique du Canada 10 000 12 000 12 000 12 000
Conseil national de recherches Canada 17 000 18 000 18 000 18 000
Ressources naturelles Canada 5 000 6 000 6 000 6 000
Conseil de recherches médicalesNote de bas de page 1 500 - - -

L’objectif stratégique de la recherche financée par l’IRDG est d’apporter des solutions à plusieurs des questions les plus importantes pour les Canadiens – la protection et l’amélioration de la santé humaine, le développement de nouveaux traitements pour les maladies chroniques et les maladies infectieuses, la préservation de l’environnement et la gestion durable des ressources agricoles et naturelles. En mettant l’accent sur le rôle particulier que joue la recherche menée par le gouvernement fédéral, elle vient appuyer les prises de décisions fondées sur des données probantes, l’élaboration des politiques ainsi que la formulation des normes et des règlements, de même qu’elle facilite la naissance d’entreprises commerciales canadiennes.

Depuis la mise en œuvre de l’IRDG en 1999, les ministères et organismes participants ont exploré des pistes de recherche prometteuses pour l’atteinte des objectifs économiques et sociaux du Canada. Ces pistes ont débouché sur des résultats concrets qui sont déjà utiles dans de nombreux domaines chers aux Canadiens.

Pour optimiser la qualité et la pertinence des programmes de recherche financés par l’IRDG, chaque ministère a recours à un processus d’appel de propositions concurrentielles et d’approbation, comprenant des évaluations par les pairs. Des accords de recherche conclus dans le cadre de nombreuses collaborations au Canada et à l’étranger permettent d’accroître de beaucoup les ressources et l’expertise, et de mener des programmes de recherche multidisciplinaire de grande envergure (voir les tableaux 2, 3 et 4, et la section Gestion).

Gouvernance

Un Comité de coordination interministériel de sous-ministres adjoints (SMA) supervise la gestion et la coordination globales de l’IRDG. Le Comité veille à la mise en place de mécanismes efficaces d’établissement des priorités dans les ministères ainsi qu’à l’atteinte des objectifs et au respect des priorités du gouvernement. Il veille aussi à ce que des principes de gestion communs soient appliqués à l’IRDG et à ce qu’une collaboration horizontale entre les divers organismes soit favorisée et établie. Le Comité se compose de représentants de chacun des organismes financés, ainsi que de représentants invités provenant d’Industrie Canada et de Génome Canada. L’Agence canadienne d’inspection des aliments y est également représentée pour la planification des phases futures de l’IRDG.

Un groupe de travail interministériel sur l’IRDG appuie les travaux du Comité. Il a pour mandat la formulation des recommandations et des avis à l’intention du Comité de coordination des SMA en ce qui concerne l’établissement des priorités stratégiques et la gestion générale de l’IRDG. Le groupe de travail aide également à évaluer et à préparer les rapports liés à l’Initiative.

Le Conseil national de recherches du Canada (CNRC) coordonne les activités interministérielles de gestion de l’IRDG, y compris l’élaboration et la mise en œuvre du Cadre de responsabilisation et de gestion axé sur les résultats (CGRR), et il préside le Comité de coordination ainsi que le groupe de travail interministériel.

Évaluation des impacts

Une évaluation indépendante des impacts a été effectuée en 2010 pour le compte de l’IRDG. Cette évaluation visait principalement l’analyse du rendement et de la pertinence de l’Initiative au regard de la Politique d’évaluation du Conseil du Trésor en ce qui concerne les résultats ciblés. L’évaluation des impacts a été confiée à un consultant privé indépendant par l’intermédiaire d’un concours public, sous l’autorité du Groupe de travail interministériel sur l’évaluation formé de deux représentants de chaque agence et ministère participant, dont un était chargé de l’évaluation et l’autre, des programmes. Ce groupe de travail a fait fonction de comité directeur sur l’évaluation et a fourni ses commentaires au cours des phases de planification et de mise en œuvre de l’évaluation. Le processus d’évaluation a été mené par la Direction de la planification et de la gestion du rendement relevant de la Direction de la stratégie et du développement du Conseil national de recherches du Canada, qui a présidé le groupe de travail interministériel, géré les contrats du consultant, participé à la planification et à l’exécution de l’évaluation, et recouvré des ministères participants les coûts établis au prorata par règlements interministériels.

Le cadre de l’évaluation, la sélection des méthodes et le niveau d’effort associé ont été déterminés à l’aide d’une approche-pilote axée sur le risque mise au point par le Conseil national de recherches du Canada. Cette approche visait à maximiser la consultation des collaborateurs et des utilisateurs externes des résultats de la R–D puisque l’évaluation de 2006 avait été davantage axée sur les intervenants du gouvernement fédéral. En tout, 158 personnes ont été consultées durant le processus, soit des intervenants d’organismes gouvernementaux canadiens (fédéraux, provinciaux, municipaux), d’universités, d’entreprises privées, d’organismes sans but lucratif et d’organismes internationaux.

Les conclusions de l’évaluation confirment que l’IRDG demeure pertinente et reconnaissent son énorme contribution à la mise au point et à l’application de nouvelles méthodes de recherche, de techniques, de protocoles d’exploitation normalisés et d’approches globales. Les conclusions démontrent que l’IRDG a très bien réussi à répondre aux besoins de ses principaux intervenants, qu’il s’agisse d’intervenants des agences et des ministères participants ou d’intervenants externes. Toutes les données soutiennent fortement le fait que l’Initiative a positionné le Canada et, en particulier les chercheurs de l’IRDG, comme d’importants contributeurs à la recherche en génomique à l’échelle nationale et internationale. Elles montrent que le dédoublement des efforts a été évité et que des processus ont été mis en place en vue d’améliorer la conduite et la gestion de l’Initiative. Les conclusions révèlent également que la recherche appuyée par l’IRDG était déterminée par les mandats, a donné des résultats non obtenus ailleurs et a répondu à des besoins précis non comblés par les autres activités de R–D en génomique menées au Canada. Les conclusions montrent l’harmonisation stratégique de l’IRDG avec les objectifs et les priorités du gouvernement fédéral et des ministères, ce qui convient particulièrement bien à la recherche effectuée en appui à la réglementation ou dans le but de s’attaquer à des problèmes particuliers qui sont importants dans le contexte canadien. Finalement, les conclusions confirment le besoin toujours présent d’une initiative gérée de façon horizontale qui appuie la R–D en génomique au sein des agences et ministères participants.

Bien que l’évaluation des impacts ait déterminé la pertinence et l’efficacité de l’IRDG dans son ensemble, plusieurs recommandations visant l’amélioration de certains aspects ont été formulées. En voici un résumé :

  • créer des occasions permettant d’appuyer des projets interministériels précis de R–D en génomique dans des domaines prioritaires de premier plan pour lesquels des ressources seront mises en commun, tout en continuant à tirer parti de l’expertise et des capacités de recherche spécifiques déjà acquises. À cet égard, examiner quelle serait la meilleure façon de répartir le financement entre les ministères participants à court terme (phase V) ainsi qu’à long terme (phases futures);
  • prendre des mesures en vue d’élaborer et de mettre en œuvre une stratégie de communication visant à accroître la visibilité de l’Initiative et à la faire mieux connaître au sein des ministères fédéraux et à l’extérieur;
  • veiller à créer et à mettre en place des mécanismes qui intégreront davantage les utilisateurs des résultats de la R–D à tous les stades du cycle de vie des projets de R–D en génomique pour que les progrès scientifiques soient judicieusement harmonisés avec les utilisations potentielles visées et les effets attendus;
  • continuer à améliorer le suivi et la consignation de l’information financière et de celle sur le rendement, en particulier pour que des données fiables sur l’ensemble des investissements et des dépenses effectués par les ministères en lien avec l’IRDG soient accessibles et compréhensibles.

Le Comité de coordination des SMA et son groupe de travail ont ébauché un plan d’action de la direction dans le but de donner suite aux recommandations et d’assurer ainsi le succès à long terme de l’IRDG.

Cadre de gestion et de responsabilisation axé sur les résultats

Un cadre de gestion et de responsabilisation axé sur les résultats (CGRR) a été conçu pour l’IRDG en 2007. Ce cadre oriente la structure et le contenu du présent Rapport de rendement annuel pour 2010-2011, qui couvre la dernière année du financement de la phase IV.

Le modèle logique du CGRR reflète les objectifs généraux de l’Initiative, organisés en quatre domaines de programme : gestion, renforcement des capacités de R-D en génomique, recherche et développement, et communications. Les indicateurs de rendement clés pour chacun de ces domaines sont les suivants :

  • Gestion – Amélioration de la gouvernance, de la coordination et des partenariats.
  • Renforcement des capacités de R-D en génomique – Augmentation et formation du personnel hautement qualifié; mise à niveau des installations de façon qu’elles soient à la fine pointe de la technologie; participation accrue à des initiatives nationales et internationales en génomique.
  • Recherche et développement – Accès aux technologies et aux connaissances scientifiques et partage de ces technologies et connaissances; application des résultats de recherche pour la mise au point de méthodes, produits, technologies ou procédés innovateurs, nouveaux ou améliorés.
  • Communications – Meilleures connaissance et compr\xC3\xA9hension des résultats et des applications de la recherche en génomique.

Un résumé du CGRR, qui comprend le modèle logique et les tableaux connexes des indicateurs de rendement, est présenté à l’appendice B.

Liens avec les objectifs ministériels et l'architecture des activités de programme

Les projets financés par l’IRDG sont axés sur les mandats des ministères et les priorités du gouvernement et ils s’inscrivent dans les stratégies de chaque ministère.

L’Initiative en génomique et en santé (IGS) est la plus vaste initiative horizontale de R–D du CNRC. Grâce à son approche multidisciplinaire et à son excellence en recherche, l’IGS vient soutenir le deuxième objectif de la Stratégie du CNRC en contribuant de façon marquée aux priorités de R–D du Canada dans les domaines de la santé (maladies chroniques et filière agroalimentaire), de l’énergie (biocarburants) et de l’environnement (technologies environnementales et bioproduits). L’IGS contribue également à l’atteinte du premier objectif de la Stratégie du CNRC parce qu’elle favorise la compétitivité de l’industrie en augmentant les flux technologiques dans des secteurs à fort impact de l’économie canadienne. Cette contribution est possible grâce au financement de programmes de recherche qui cadrent avec les secteurs industriels clés et qui sont axés sur l’application des connaissances techniques et scientifiques de façon à favoriser le développement économique et social. L’Initiative permet au CNRC de réaliser son mandat, qui est de traduire la S-T en valeur pour le Canada par le truchement de partenariats avec d’autres organismes gouvernementaux, les universités et l’industrie, et d’assurer une approche intégrée à l’égard de ses initiatives de S-T.

Agriculture et Agroalimentaire Canada (AAC) fournit des renseignements, des recherches, des technologies, des programmes et des politiques afin de soutenir les secteurs de l’agriculture, de l’agroalimentaire et des agroproduits au Canada. L’IRDG appuie directement les sept priorités du Plan d’action stratégique en matière de science et d’innovation d’AAC : amélioration de la santé et du mieux-être des humains grâce à la nutrition, à l’alimentation et à des produits novateurs; amélioration de la qualité des aliments et de la sécurité du système alimentaire; amélioration de la sécurité et de la protection de l’approvisionnement alimentaire; amélioration des avantages économiques pour tous les intervenants; amélioration de la performance environnementale du système agricole canadien; amélioration de la compréhension des bioressources canadiennes ainsi que la protection et la conservation de la diversité génétique; élaboration de nouvelles possibilités pour l’agriculture à partir des bioressources. Les fonds de l’IRDG ont permis à AAC de renforcer le Projet canadien de génomique des plantes cultivées (PCGPC) en investissant davantage dans la génomique des plantes et dans la formation d’équipes multidisciplinaires à l’échelle du Canada. Le financement de l’IRDG a été employé pour soutenir les progrès technologiques nécessaires 1) au développement d’aliments durables et de stocks fourragers à base de céréales, de légumineuses à grains et d’oléagineux, et 2) au lancement de plateformes pour la production de produits industriels et de biocarburants. Le PCGPC a catalysé la formation d’équipes scientifiques et technologiques intégrées au sein d’AAC et avec divers partenaires : universités, secteur privé, organisations non gouvernementales, et instituts de génomique internationaux de grande renommée.

À Santé Canada (SC), l’IRDG constitue un investissement profitable pour l’acquisition des connaissances essentielles à l’efficacité de la réglementation des produits liés à la santé. Le plan du ministère en matière de science décrit les rôles et responsabilités de SC en ce qui concerne la génomique, notamment d’être un chef de file en matière d’élaboration des politiques et des règlements, d’informer et d’éveiller l’intérêt du public afin que le Canada occupe une place de choix sur la scène internationale, et de tirer profit des avantages qu’offre la recherche en génomique pour remplir son propre mandat. Santé Canada a défini quatre thèmes pour orienter les activités de recherche de l’IRDG : production et utilisation de données sur la génétique humaine et répercussions de ces données sur la société; santé et innocuité des produits biotechnologiques; applications de la génomique humaine et répercussions liées aux diagnostics et aux maladies; et applications de la génomique microbienne et répercussions liées aux diagnostics et aux maladies.

Au sein de l’Agence de la santé publique du Canada (ASPC), les projets financés par l’IRDG appuient également le résultat strat\xC3\xA9gique principal : Un Canada capable de promouvoir la santé, de réduire les disparités en matière de santé et de prévenir et d’atténuer les maladies et les blessures. Les projets de recherche visant la mise au point de nouvelles méthodes fondées sur la génomique, en vue de la détermination et de l’évaluation des risques que posent les agents pathogènes pour la santé publique, sont en pleine adéquation avec plusieurs activités du programme de l’Agence. Les progrès et l’application de la science de pointe en matière de santé publique, les outils spécialisés d’analyse de laboratoire et les services de référence qui contribueront à l’amélioration de la santé publique, de même que le perfectionnement des interventions face aux risques émergents pour la santé s’inscrivent directement dans le cadre des activités du programme Sciences et technologie pour la santé publique. Ces activités sont de plus appuyées par des projets orientés vers la création de méthodes génomiques novatrices pour l’analyse du risque et la détermination des interventions à privilégier en vue de la prévention des maladies infectieuses et chroniques. En outre, grâce à la mise au point et au déploiement, dans les laboratoires de tout le Canada, de technologies de surveillance des agents pathogènes reposant sur la génomique, l’Agence renforce la surveillance qu’elle exerce et sa capacité d’évaluer les risques pour la population. En conséquence, les Canadiens bénéficieront d’une meilleure prévention des maladies et d’interventions d’urgence en santé publique plus rapides et plus efficaces.

Le Service canadien des forêts (SCF) de Ressources naturelles Canada (RNCan) a pour mandat de favoriser le développement durable des forêts du Canada et la compétitivité du secteur forestier canadien. L’IRDG a jeté les bases qui contribuent à l’atteinte du résultat stratégique de RNCan : La compétitivité économique, ainsi qu’à l’activité de programme Possibilités économiques pour les ressources naturelles. Elle contribue également à la sous-activité du programme du SCF : Innovation  tout au long de la chaîne de valeur du secteur forestier, de la forêt au marché. Elle est à la fine pointe de la technologie, et a permis la réalisation de plateformes technologiques pour la culture de tissus d’arbres et d’insectes, le diagnostic moléculaire, la génétique des populations, les produits de lutte biologique et la génomique fonctionnelle. Elle a généré une masse critique de données, des infrastructures et des partenariats qui donnent lieu à des applications pratiques importantes.

Environnement Canada (EC) mène ses activités de recherche en génomique par l’entremise de son programme Applications stratégiques de la génomique dans l’environnement (ASGE). Dans le cadre de ce programme, le Ministère a essentiellement financé des projets qui appuient le plan du Ministère en matière de science. Plus précisément, des projets qui visent à déterminer comment les outils et les méthodes de la génomique peuvent être utilisés pour appuyer les divers mandats du Ministère : l’élaboration de politiques, la prise de décisions réglementaires et l’application de la loi. Les projets portent sur les priorités ministérielles suivantes : la détermination des risques (p. ex. la connaissance des effets des contaminants environnementaux sur la biodiversité et les fonctions des communautés microbiennes); l’évaluation et la gestion des risques (p. ex. des données plus précises pour la présentation des rapports et des connaissances plus précises pour les décisions réglementaires); la biologie de la conservation et la gestion de la faune (p. ex. des marqueurs génétiques pour les décisions relatives à la conservation et à la protection) et l’amélioration des activités de conformité et d’application de la loi (p. ex. l’identification des échantillons et l’expertise légale dans le domaine de la faune). Les outils issus de la génomique commencent à être appliqués par les utilisateurs finaux (réglementation, application de la loi, stratégies de conservation, etc.). Cependant, les domaines de la génomique n’ont pas tous atteint le même stade de maturité et la validation approfondie de certaines données et approches fondées sur la génomique reste à faire avant qu’elles puissent servir dans le cadre du mandat du Ministère en matière d’application de la loi et de prise de décisions réglementaires.

Le Programme de biotechnologie et de génomique de Pêches et Océans Canada (MPO) appuie la recherche et le développement en génomique qui sont reliés à ses responsabilités en matière de gestion des pêcheries, de surveillance de l’habitat du poisson, de pêcheries et d’aquaculture durables et de la protection des ressources marines. Des objectifs précis de recherche et de développement en génomique ont été établis dans les centres de recherche du MPO au Canada pour les écosystèmes et les organismes aquatiques, et ils sont en adéquation avec le mandat et les objectifs stratégiques du Ministère. Le Programme de biotechnologie et de génomique soutient directement l’un des trois piliers de l’architecture des activités de programmes du MPO, soit Des pêches et des secteurs maritimes prospères sur le plan économique.

Pertinence pour la Stratégie fédérale en matière de sciences et de technologie

La science au gouvernement fédéral est encadrée par la stratégie fédérale en matière de sciences et de technologie (S–T) de 2007 – Réaliser le potentiel des sciences et de la technologie au profit du Canada. Cette stratégie est guidée par quatre principes de base (promouvoir une excellence de classe internationale; concentrer les efforts sur les priorités; favoriser les partenariats; augmenter la responsabilisation) et est assortie de trois engagements stratégiques, qui sont de créer un avantage entrepreneurial, un avantage humain et un avantage du savoir. Le Canada jouira d’un avantage du savoir en concentrant davantage ses énergies et ses ressources dans les domaines prioritaires de recherche, soit les sciences et technologies de l’environnement; les ressources naturelles et l’énergie; les sciences et technologies de la santé et sciences de la vie connexes; et les technologies de l’information et des communications.

Comme l’indique la Stratégie en matière de S–T, la recherche men\xC3\xA9e dans les laboratoires fédéraux vise à soutenir les mandats de réglementation, de politique publique et d’opérations dans des domaines importants comme les soins de santé, la salubrité des aliments et la protection de l’environnement, en concentrant les activités dans les domaines où le gouvernement peut livrer les meilleurs résultats et en tirant parti des forces des universités et du secteur privé.

L’IRDG est des plus pertinentes pour la Stratégie fédérale en matière de S–T, compte tenu de son objectif stratégique d’appuyer le gouvernement dans les prises de décisions fondées sur des données probantes, l’élaboration des politiques et des règlements et la mise sur pied d’entreprises commerciales canadiennes dans les secteurs clés, soit la protection et l’amélioration de la santé humaine, la mise au point de nouveaux traitements des maladies chroniques et infectieuses, la préservation de l’environnement et la gestion durable des ressources agricoles et naturelles.

Les programmes financés dans le cadre de l’IRDG permettent d’attirer, de former et de soutenir un personnel hautement qualifié, y compris des chercheurs, des boursiers, des doctorants, des techniciens et des analystes des politiques, en leur donnant accès à des infrastructures et à des réseaux de recherche de classe mondiale.

Les relations de collaboration constituent un élément important de l’IRDG, car elles réunissent les compétences uniques, les intérêts et les ressources des partenaires de recherche et des parties intéressées. Ces relations sont établies entre des organisations scientifiques publiques, des universités, l’industrie et d’autres instituts de recherche, au pays et à l’étranger, et elles s’appuient sur le partage de plateformes technologiques et la collaboration dans des domaines de recherche qui transcendent les clivages sectoriels traditionnels.

Ressources

Tous les ministères ont bonifié l’IRDG en fournissant des fonds supplémentaires provenant du budget des services votés et en obtenant des fonds de leurs collaborateurs. Le tableau 2 donne un aperçu des ressources en 2010-2011, montrant que les fonds mobilisés ont représenté presque deux fois les investissements dans l’IRDG. Les contributions additionnelles en nature comprenaient le partage des plateformes technologiques, des matériaux et du savoir-faire avec divers partenaires dans des domaines de recherche qui transcendent les clivages sectoriels traditionnels.

Tableau 2 : Fonds de l’IRDG et fonds mobilisés (000 $)
Ministère/Agence IRDG Mobilisés IRDG + mobilisés
Total 19 900 37 929 57 829
Conseil national de recherches Canada 6 000 17 962 23 962
Agriculture et Agroalimentaire Canada 6 000 7 997 13 997
Santé Canada 1 635 1 000 2 635
Agence de la santé publique du Canada 2 365 985 3 350
Ressources naturelles Canada 2 000 4 971 6 971
Environnement Canada 1 000 2 917 3 917
Pêches et Océans Canada 900 2 097 2 997

Plans et activités des programmes de recherche

Les projets de l’IRDG soutiennent l’innovation et les règlements et politiques connexes dans les grands secteurs de l’économie canadienne que sont la foresterie, l’agriculture, la pêche, la santé et les sciences de la vie. Le cadre global des programmes de l’IRDG réalisés à la phase IV est présenté dans la section intitulée Secteurs d’impact de la phase IV de l’IRDG. Les faits saillants des plans et activités ministériels pour 2010-2011 (troisième et dernière année de la phase IV) figurent dans les sections suivantes. D’autres renseignements sont fournis à l’annexe 1 de l’appendice A.

L’Initiative en génomique et en santé du CNRC soutient cinq programmes de recherche orientés vers la productivité du canola, le traitement des tumeurs cérébrales, les dispositifs diagnostiques hors laboratoire, la détection et le traitement du cancer et les outils de diagnostic pour les patients cardiaques.

Le Projet canadien de génomique des plantes cultivées (PCGPC) d’AAC porte sur la génomique fonctionnelle de la résistance aux maladies et aux insectes, la tolérance au stress, comme le froid, les plateformes technologiques ainsi que l’amélioration des attributs de qualité des céréales (blé, avoine et triticale), des oléagineux (Brassica et Arabidopsis) et des légumineuses (soja, légumineuses à grain).

À SC, les activités menées dans le cadre de l’IRDG portent essentiellement sur la détermination des voies biochimiques perturbées par l’exposition aux dangers environnementaux comme le rayonnement de sources naturelles, les appareils des consommateurs (p. ex. téléphones cellulaires), les produits chimiques carcinogènes et les perturbateurs endocriniens, et elles visent à appuyer la réglementation de SC sur les risques associés aux dangers environnementaux. Aussi, des réactions génétiques à diverses fibres alimentaires ont été mises en évidence et étudiées pour faciliter les décisions stratégiques reliées à ces composants nutritionnels.

Du point de vue de l’ASPC, la génomique des humains et des microbes offre la possibilité de modifier radicalement les pratiques futures en santé publique, grâce à de nouvelles approches pour la surveillance de la maladie, la prévention des maladies et l’amélioration de l’état de santé, pratiques qui peuvent contrebalancer efficacement les pressions relatives au financement dans le secteur de la santé.

L’IRDG à RNCan génère les connaissances scientifiques approfondies requises pour trouver des solutions adaptées à des problèmes précis en foresterie, comme les besoins changeants de l’industrie forestière canadienne et la menace que représentent les insectes, les maladies et le changement climatique, en mettant l’accent sur des espèces et des caractères importants du point de vue économique. Les thèmes suivants sont favorisés : problèmes environnementaux émergents, comme la surveillance des ravageurs et des pathogènes ainsi que les interventions associées; relations entre les génomes pour l’étude du profil génétique et de l’évolution des principaux ravageurs, des mécanismes de défense de l’hôte ainsi que des interactions hôte-pathogène; développement durable et compétitivité du secteur forestier en vue de l’amélioration de la croissance des arbres, de la qualité du bois et de la résistance aux agents biotiques et abiotiques.

Environnement Canada a renforcé sa capacité interne dans le domaine de l’élaboration et de l’application des approches fondées sur la génomique pour aborder les questions environnementales associées à l’identification, à l’évaluation et à la gestion du risque ainsi qu’à la biologie de la conservation, à la gestion de la faune de même qu’à l’amélioration de la conformité des activités d’application de la loi. Environnement Canada utilise cette capacité pour trouver la meilleure façon d’utiliser la génomique dans l’accomplissement de son mandat, qui est de protéger et d’améliorer la qualité de l’environnement naturel, notamment celle de l’eau, de l’air, du sol, de la flore et de la faune, de préserver les ressources renouvelables du Canada et de conserver et de protéger les ressources hydriques au Canada. Les chercheurs d’EC participent à de vastes initiatives nationales et internationales en génomique et sont reconnus pour leurs précieuses compétences et leurs contributions scientifiques.

Pêches et Océans Canada poursuit ses travaux de recherche dans trois domaines de recherche et développement en génomique : profilage des ressources aquatiques, santé des animaux aquatiques et santé de l’écosystème aquatique. À la suite du processus concurrentiel que le Ministère a lancé dans le but d’affecter les fonds disponibles pour la phase IV de l’IRDG, des chercheurs de toutes les régions du Ministère ont pris une part active aux projets de recherche et développement en génomique afin de contribuer à l’atteinte des objectifs stratégiques du Ministère. La planification a été amorcée dans toutes les régions du Ministère définir les projets prioritaires à venir.

Rendement

Le présent rapport annuel sur le rendement 2010–2011 est structuré selon les catégories d’indicateurs de rendement établies dans le CGRR de l’IRDG, afin de rendre compte des progrès sur les divers aspects de l’Initiative : la gouvernance, la coordination et les partenariats scientifiques, la capacité de recherche; l’infrastructure; le partage des connaissances technologiques et scientifiques; la sensibilisation du public à la génomique; la participation à des initiatives nationales et internationales, et l’application des résultats de la recherche en vue de l’élaboration de méthodes, produits, technologies ou processus novateurs.

Gestion

La saine gestion est un aspect important de tout programme gouvernemental. Les ministères et organismes participant à l’IRDG ont mis en place des pratiques visant à définir efficacement les priorités, à favoriser la coordination ministérielle et à sélectionner des projets qui portent expressément sur les priorités cernées.

Le CNRC a lancé un appel de propositions en 2010–2011 pour la cinquième phase du programme de l’IGS. Afin de maximiser le rendement des investissements du CNRC, l’IGS continue d’employer un processus concurrentiel pour choisir les projets. Celui–ci nécessite la soumission de lettres d’intention et de propositions complètes à un examen externe de la qualité et de la pertinence des propositions par rapport à certains critères d’évaluation préétablis. Sur les neuf lettres d’intention qui ont été élaborées en propositions complètes, trois ont été approuvées par le Comité de la haute direction du CNRC en vue d’une mise en œuvre en 2011–2012 (simulation chirurgicale, agents thérapeutiques à base de protéines et prochaine génération de canola). De plus, une petite partie du financement a été approuvée pour la poursuite des travaux effectués dans le cadre d’un projet antérieur de l’IGS-4 (biopuces pour la détection des agents pathogènes), en particulier le perfectionnement d’un biocapteur reposant sur la technologie à fil photonique.

À AAC, les projets de la phase IV du PCGPC seront prolongés et obtiendront une année additionnelle de financement en 2011–2012. Un appel de propositions pour la phase V sera lancé à l’automne 2011. Les propositions seront soumises à un examen des pairs et suivront le même processus que celui utilisé pour les projets financés par des services votés. Les projets sélectionnés commenceront en avril 2012.

Le processus concurrentiel de RNCan pour la sélection des projets de la phase V a commencé par un appel de lettres d’intention. Le Comité de gestion de la génomique du SCF a reçu 15 lettres d’intention et les a examinées pour vérifier leur adéquation avec les priorités de recherche en génomique de RNCan. Six d’entre elles ont été choisies en vue de l’élaboration de propositions complètes, lesquelles ont été examinées par un comité international de pairs et d’utilisateurs finaux avant la sélection finale des projets et l’allocation des fonds.

Le MPO a lancé un appel de propositions en 2010–2011 en vue du renouvellement de l’IRDG pour la cinquième phase. Trente–trois lettres d’intention ont été présentées par des chercheurs du MPO des six régions du Ministère qui font de la recherche en génomique. Les lettres d’intention seront examinées et des propositions complètes seront demandées pour celles qui se seront le mieux classées. Les facteurs à prendre en considération dans l’évaluation comprennent la compatibilité avec les quatre thèmes de la Stratégie de recherche et développement en biotechnologie et génomique aquatiques du MPO et les dix priorités du Programme de recherche quinquennal du MPO; des objectifs clairs; une collaboration appropriée; une demande de financement appropriée; et une contribution scientifique appropriée. Les propositions complètes seront ensuite évaluées et les projets prioritaires seront approuvés selon les fonds disponibles.

À l’échelon interministériel, le groupe de travail de l’IRDG s’est réuni une fois par mois et le Comité de coordination des SMA sur l’IRDG s’est réuni trois fois pour planifier les futures phases de l’IRDG. Au cours de sa réunion du 28 juin 2010, le Comité de coordination des SMA a déterminé que l’IRDG devrait planifier une phase V qui amorcerait la transition vers un modèle redéfini utilisant les ressources existantes. Durant cette transition, on entreprendra, en utilisant des ressources communes, des projets pilotes interministériels qui sont en lien avec les deux thèmes suivants : 1) accroître la capacité de détection, de diagnostic et de surveillance des organismes pour assurer un approvisionnement durable en aliments et en eau sécuritaires et sains pour la consommation humaine; et 2) accroître la capacité de détection et d’identification ainsi que la compréhension de la diversité biologique du Canada afin de préparer les ressources canadiennes, naturelles et gérées, et les marchés aux changements mondiaux. Dans le cadre de l’enveloppe destinée aux priorités communes, le Comité de coordination des SMA a aussi décidé qu’une petite somme serait investie pour le soutien initial des fonctions communes qui bénéficieraient le plus de l’intégration interministérielle (p. ex. la bioinformatique). Le Comité reconnaît l’importance du rôle de réglementation de l’Agence canadienne d’inspection des aliments (ACIA) et cette dernière aura l’occasion de participer à des projets prioritaires communs.

En 2010–2011, une nouvelle stratégie de mesure du rendement a été élaborée pour l’IRDG afin d’assurer la saine gestion de la phase V de l’Initiative et d’officialiser l’engagement des agences et ministères participants concernant les exigences communes en matière de mesure et de responsabilisation. Cette façon de faire est conforme au concept de contrôleur moderne qui met l’accent sur les systèmes de contrôle axés sur les résultats.

Collaborations

Les collaborations sont une partie importante de l’IRDG, comme l’illustrent les tableaux 3 et 4. Le tableau 3 présente les activités de collaboration interministérielle menées en 2010–2011 qui ont été financées par l’IRDG dans au moins un ministère ou une agence partenaires.

Tableau 3 : Projets de collaboration interministérielle dans le cadre de l’IRDG
Partenaires Domaine de recherche
AAC – CNRC Au-delà du canola : génomique pour la prochaine génération des cultures canadiennes de Brassica
AAC – CNRC Profil des transcrits de la biosynthèse de la S-méthyl-cystéine dans les graines de haricot en développement
AAC – CNRC Mécanismes génétiques déterminant l’expression des gènes de la maturation des graines chez le soja
AAC – CNRC Exploitation des données sur la résistance aux maladies chez les légumineuses à l’aide de la génomique
AAC – CNRC Analyse associative de l’expression et de l’organisation des caractères complexes chez le canola
AAC – SC Génomique fonctionnelle des protéines de la graine de soja – réduction de l’exposition aux allergènes
EC – MPO Identification de parasites larvaires pathogènes chez les poissons
EC – AAC Évaluation des risques pour l’environnement que constituent les organismes génétiquement modifiés
EC – CNRC Mise au point de biopuces – installations de pyroséquençage
EC – CNRC Détection et identification de microorganismes pathogènes
EC – SC Études sur des biopuces à ADN visant à évaluer les effets des composés perfluoroalkylés (CPF) sur l’expression génique chez les oiseaux
EC – SC Projet de recherche en nanotechnologie
EC – MPO Conception et validation d’une biopuce à ADNc de crustacés et corrélation des profils d’expression génique
EC – MPO Échantillonnage des populations d’oiseaux de mer
ASPC – SC Évaluation des risques associés aux souches d’E. coli produisant des toxines de Shiga (ECTS) autres que la souche O157
ASPC – ACIA
ASPC – AAC
Méthodes génomiques à haut rendement appliquées à l’épidémiologie moléculaire des maladies infectieuses
ASPC – CNRC Utilisation de bactériophages pour la prévention d’infections bactériennes courantes
ASPC – CNRC Les microARN et les maladies infectieuses

Les exemples qui suivent décrivent certaines des collaborations. Le CNRC a réussi à créer un appareil prototype de table qui fait appel à la technologie des biopuces et accélère de façon considérable la détection et l’identification des bactéries pathogènes dans les produits alimentaires. Ces travaux font partie d’un projet de collaboration entre le CNRC et le Laboratoire national de microbiologie (LNM) de l’ASPC et visent la création d’une puce en silicone qui peut rapidement détecter et identifier plusieurs souches (sérotypes) pathogènes d’E. coli en une seule mesure. Si les travaux sont concluants, la technique de sérotypage à puce permettra d’accélérer la difficile tâche de distinguer les bactéries responsables d’infections graves des nombreuses souches inoffensives. Dans le cadre de cette collaboration, c’est le LNM qui fournit les souches d’E. coli ainsi que les anticorps brevetés spécifiques des diverses souches. En retour, l’équipe du CNRC s’occupe d’adapter le protocole d’analyse fourni par le LNM à une utilisation avec les puces à biocapteurs.

La mise au point de méthodes de détection rapides et améliorées se traduit par des interventions plus promptes et plus précises dans les cas d’éclosions d’une maladie. Par conséquent, le nombre de Canadiens malades diminue, ce qui, finalement, réduit le fardeau financier sur le système de santé du Canada. Alors même que la technologie était en cours d’élaboration, le LNM et le CNRC avaient une vision commune de son potentiel pour répondre à de tels besoins. La collaboration officielle découle d’une expertise et d’exigences complémentaires. L’équipe du CNRC est particulièrement forte dans la conception et la fabrication de capteurs, en chimie de surface, en génie des anticorps et dans la conception d’instruments et d’interfaces utilisateurs. L’équipe du LNM a accès aux agents pathogènes requis et à des installations permettant la manipulation sécuritaire de ces agents et à une série d’épreuves et de protocoles optimisés reconnus s’appliquant à des souches particulières; elle connaît aussi très bien les exigences des laboratoires qui effectuent la détection de microorganismes pathogènes. Grâce au travail de collaboration, tout a été mis en place pour démontrer le potentiel d’utilisation de la technologie dans des cas concrets. Le fait que la démonstration et le déploiement de la technologie se fassent dans un laboratoire reconnu comme le LNM donne l’assurance qu’elle a été conçue pour résoudre des problèmes concrets reliés à la détection et à l’identification des microorganismes pathogènes. En plus des travaux actuels, les travaux futurs pourraient comprendre la construction d’un système pouvant être facilement déployé au LNM, ou dans d’autres laboratoires similaires, et utilisé couramment pour l’identification des microorganismes pathogènes.

Le MPO et le CNRC ont travaillé de concert à la caractérisation des microbes aquatiques autour de la plateforme Hibernia. Ces travaux ont nécessité l’expérimentation et le prélèvement de nombreux échantillons par le MPO et l’analyse métagénomique par le CNRC ainsi qu’un transfert de technologie – en particulier l’électrophorèse en gel de gradient dénaturant – du CNRC au Laboratoire de biotechnologie aquatique du MPO, y compris des formations pratiques individuelles, la configuration d’appareils et l’adaptation des protocoles entre les deux laboratoires.

Le tableau 4 montre l’étendue des collaborations entre les divers partenaires, soit plus de 320 en tout, lesquelles ont permis de multiplier l’expertise et les ressources. De nombreux projets mobilisent des chercheurs sans attache avec le gouvernement, provenant d’organismes de recherche et d’universités du Canada et de l’étranger.

Tableau 4 : Collaborations par type d’organisation
Type CNRC AAC SC ASPC RNCan EC MPO Total
Total 80 31 27 49 22 84 29 322
Universités (canadiennes et étrangères) 46 19 14 25 11 40 9 164
Autres organismes de recherche étrangers 13 5 4 9 4 16 0 51
Autres instituts de recherche canadiens 3 - 3 9 3 5 0 23
Secteur privé 16 - 3 2 1 5 1 28
Autres organismes du secteur public 2 7 3 4 3 18 19 56

Le gouvernement du Canada finance l’organisme sans but lucratif Génome Canada et ses centres régionaux (915 millions de dollars depuis 2000) afin de pousser plus à fond la recherche en génomique de grande envergure et de renforcer la position du Canada sur la scène internationale. Cet investissement a pu être augmenté à plus de 1,7 milliard de dollars grâce au cofinancement des partenaires. La synergie qui s’est établie entre les scientifiques fédéraux participant à l’IRDG et les scientifiques universitaires actifs dans des programmes à grande échelle financés par Génome Canada se renforce au fil des ans.

Les scientifiques financés par l’IRDG ont continué de participer activement à l’accord de recherche concertée conclu entre le CNRC, AAC, Génome Alberta et des partenaires de l’industrie (Cargill Limited, Dow AgroSciences Canada Inc., KWS SAAT Ag, Pioneer, Bayer, Euralis, Limagrain, Viterra et RAPOOL-Ring GmbH), qui a été officialisé en février 2009 dans le cadre de l’Initiative canadienne de séquençage du génome du canola (CanSeq). Cette collaboration d’envergure a permis au Canada de participer à un projet multinational dans le cadre duquel le séquençage complet du génome de la première espèce de Brassica, B. rapa, a été terminé récemment; il sera publié en 2011. Ce projet vise aussi le séquençage du génome de B. napus et l’identification de la variation des nucléotides dans le génome de B. napus. Brassica rapa et B. napus sont des espèces de canola cultivées au Canada et le fait de connaître la séquence de leur génome contribuera à l’amélioration des légumes crucifères qui appartiennent aussi au genre Brassica.

Des scientifiques du CNRC et d’AAC financés par l’IRDG ont collaboré, avec des scientifiques européens du John Innes Centre, au Royaume-Uni, et de deux instituts allemands (University of Giessen et le Max Plank Institute, à Cologne), à un projet en génomique : Analyse associative de l’expression et de l’organisation des caractères complexes chez le colza/canola (ASSYST, Associative expression and systems analysis of complex traits in oilseed rape/canola) qui utilise l’analyse à haut rendement de l’expression en vue de l’identification des facteurs clés déterminant l’accumulation des fibres et de l’huile dans les graines de canola.

Des scientifiques d’AAC et de SC ont collaboré à un projet visant l’identification des principaux allergènes qui affectent les Nord-Américains allergiques au soja. Ce réseau interdisciplinaire de scientifiques a permis la conception d’outils servant à la caractérisation et à la quantification des protéines allergènes dans les graines, une information essentielle à la mise au point d’aliments à base de soja non allergènes.

Le Service canadien des forêts (SCF) de RNCan est un collaborateur important du projet Arborea II, de Génome Canada/Génome Québec, qui vise à identifier les gènes liés à la variation naturelle de la croissance et de la qualité du bois chez une espèce très importante sur le plan économique : l’épinette blanche. Les recherches sont dirigées par des chercheurs de l’Université Laval, et environ le tiers des membres de l’équipe travaillent au SCF. Le SCF a également collaboré avec l’Agence spatiale canadienne, la NASA, Arborea et divers autres organismes pour la réalisation d’une étude sur l’expression génique différentielle entre des arbres soumis à la gravité et d’autres cultivés en l’absence de gravité. Enfin, le SCF a aussi participé à un projet de Génome Canada/Génome Colombie-Britannique/ Génome Alberta sur la génomique du dendroctone du pin ponderosa.

Les scientifiques de SC collaborent à l’échelle nationale et internationale avec les scientifiques et les organismes de réglementation à la mise au point de meilleurs biomarqueurs et de méthodes réglementaires pouvant servir à l’évaluation des risques associés aux substances chimiques et aux produits de consommation.

Les scientifiques de l’ASPC collaborent largement avec des partenaires de diverses universités canadiennes et étrangères. Des études sur les organismes pathogènes d’origine alimentaire ont été réalisées en partenariat avec des chercheurs de SC, de l’ACIA et d’AAC. Les scientifiques du CNRC ont prêté leur concours aux études sur le rôle des microARN dans les infections virales et à l’évaluation de l’utilisation de bactériophages pour la prévention des infections bactériennes.

Les fonds provenant de l’IRDG ont permis de soutenir la collaboration entre les scientifiques d’EC et de l’US–EPA pour la recherche sur le suivi des sources microbiennes. Le laboratoire d’EC à Burlington et les laboratoires de l’US–EPA à Cincinnati ont mis leurs ressources et leur expertise en commun et continueront à le faire à l’avenir pour répondre aux besoins communs des deux agences en matière de recherche sur la qualité microbienne de l’eau. Plus particulièrement, les deux pays devront collaborer pour résoudre les problèmes transfrontaliers reliés à la qualité de l’eau de la région des Grands Lacs où le Canada et les États–Unis partagent d’importantes sources d’approvisionnement en eau. Des agences provinciales et municipales sont également intéressées par la recherche effectuée dans le cadre de l’IRDG. Les résultats peuvent, par exemple, guider les villes comme Toronto à faire des choix (p. ex. lutte contre les oiseaux ou amélioration du traitement des eaux usées) en ce qui a trait à la gestion des plages. Il y a aussi un sentiment d’urgence découlant de l’éclosion survenue en 2000 à Walkerton relativement à l’application de nouvelles dispositions visant la protection de l’eau de source en Ontario. Les partenaires fédéraux, provinciaux et municipaux de l’étude conjointe visant la protection de l’eau potable du lac Ontario sollicitent de plus en plus le soutien d’Environnement Canada pour la recherche sur le suivi des agents pathogènes d’origine hydrique et des sources microbiennes afin de mieux comprendre les risques de menace par les agents pathogènes d’origine hydrique dans les prises d’eau potable situées au large des rives du lac Ontario.

Capacités de R-D en génomique

En 2010–2011, l’IRDG a soutenu 595 employés scientifiques et techniques, 66 stagiaires postdoctoraux, 153 étudiants (Ph.D., M.Sc., B.Sc. et programmes coopératifs), 1 chercheur invité et 4 agents administratifs, soit un total de 819 personnes des domaines scientifique et technique. L’annexe 2 de l’appendice A contient des détails supplémentaires présentés par ministère.

Les ministères ont continué d’investir dans les infrastructures de base, dont des installations pour le séquençage de l’ADN, la protéomique et les biopuces. Des fonds ont également été alloués pour l’achat, l’entretien et la mise à niveau d’équipement de laboratoire, notamment des équipements PCR en temps réel, des spectromètres ainsi que des stations d’électrophorèse et d’hybridation.

Par exemple, dans le cadre des travaux de l’IRDG visant à promouvoir la mise au point de traitements contre le cancer à base de protéines, l’Institut de recherche en biotechnologie du CNRC a fait l’acquisition d’un appareil ECIS® Z pour la surveillance des cellules grâce à un investissement de 22 000 $ issu du projet de l’IGS–4 sur le cancer. Cet appareil fournit à l’équipe un système automatisé non effractif ne nécessitant pas de marquage pour la surveillance, en temps réel, du comportement cellulaire (mobilité, migration, morphologie ou mort cellulaire). Cette acquisition permet à l’équipe du projet sur le cancer de surveiller en temps réel l’effet d’un traitement expérimental particulier sur le comportement d’une cellule cancéreuse. Avec l’appareil ECIS® Z, les expériences peuvent être exécutées plus rapidement et avec plus de précision, et elles peuvent être réalisées sur une plus grande échelle, au besoin. Ainsi, l’équipe peut évaluer les médicaments candidats de manière plus efficace.

Recherche et développement

La recherche et le développement sont l’axe central de cette initiative, tout comme les activités entourant la conduite de la R-D qui sont essentielles pour en assurer la pertinence et l’impact, tels que le transfert des connaissances, des techniques et des produits aux partenaires de recherche et aux utilisateurs finaux, ainsi que la diffusion des résultats de recherche. Dans le Rapport sur les plans et les priorités de 2010-2011, les ministères participants ont établi un ensemble collectif de résultats prévus, soit :

  • réaliser des progrès pertinents du point de vue commercial dans les domaines de la R-D en génomique ayant trait à la santé humaine (p. ex. tests génétiques, diagnostics, applications de la génomique microbienne, traitement et prévention de maladies humaines comme le cancer et les maladies cardiovasculaires, et détection des agents pathogènes);
  • augmenter la valeur des récoltes (céréales, soja, canola) en améliorant l’adaptation des végétaux aux stress biotiques ou abiotiques (p. ex. résistance à la maladie, tolérance au froid) et en étudiant le développement et le métabolisme des semences (p. ex. applications industrielles, avantages en matière de santé et de nutrition et qualité du produit final améliorée);
  • gérer de façon durable les ressources aquatiques par l’utilisation d’outils de génomique, notamment pour gérer l’ouverture de la pêche; mieux comprendre la génétique et la structure des populations; étudier plus à fond les réactions comportementales, physiologiques et immunologiques à l’environnement, et gérer les maladies chez les animaux aquatiques;
  • appuyer le système canadien de réglementation dans le domaine de la santé pour permettre l’innovation tout en réduisant les risques pour les Canadiens, grâce à un programme ciblé de R–D en génomique visant à renforcer la recherche dans des domaines prioritaires comme l’information génétique, les produits biotechnologiques, la génomique humaine et la génomique microbienne, afin de favoriser la santé humaine, animale et environnementale;
  • mieux connaître et comprendre les maladies infectieuses et chroniques chez les humains pour trouver des applications en santé publique, notamment l’élaboration de nouveaux outils de diagnostic ou l’amélioration des outils existants;
  • augmenter les connaissances à l’appui de la production d’arbres et de la protection de la forêt et tenir compte des effets sur l’environnement en menant des travaux de R-D en génomique portant sur des espèces et des caractères ayant une importance économique pour le Canada;
  • mettre au point des applications de la génomique pour appuyer les activités de réglementation et d’application des lois dans des domaines clés comme l’évaluation et la gestion des risques environnementaux; l’application des lois et règlements et la conformité; la détection, la surveillance et la prévention de la pollution; la biologie de la conservation et la génétique de la faune; les prévisions et évaluations de la technologie; ainsi que le développement et l’utilisation responsables et durables des bioproduits et des procédés industriels.

La section intitulée Secteurs d’impact de la phase IV de l’IRDG renferme les orientations stratégiques et les domaines de recherche à fort impact sélectionnés pour 2008–2011. Le compte rendu détaillé des résultats atteints en 2010–2011 par rapport aux résultats prévus décrits dans le Rapport sur les plans et les priorités 2010–2011 est présenté à l’annexe 3.

Un objectif important de l’IRDG est de veiller à ce que les chercheurs scientifiques fédéraux continuent d’être dignes de confiance et demeurent des acteurs scientifiques de premier plan dans le domaine en évolution rapide de la génomique. Cet aspect est rendu possible grâce aux publications scientifiques et aux exposés présentés lors de conférences et d’ateliers nationaux et internationaux, ainsi qu’à la participation à des comités et à des réseaux. La liste suivante indique les résultats directs liés aux réalisations en R-D pour 2010–2011; des renseignements supplémentaires pour chaque ministère/organisme sont disponibles à l’annexe 4 de l’appendice A) :

  • 198 publications dans des revues avec comité de lecture;
  • 79 publications dans des comptes rendus de conférences;
  • 124 présentations sur invitation;
  • 13 rapports techniques;
  • 26 autres publications, dont des livres et des chapitres de livre;
  • 114 présentations en personne et par affiches à des conférences nationales et internationales;
  • 14 divulgations produites;
  • 4 licences accordées;
  • 10 demandes de brevet;
  • 8 brevets délivrés;
  • 11 accords de transfert de matériel;
  • 107 accords de coopération;
  • 5 bases de données liées à la génomique conçues et mises en service;
  • 16 programmes ou outils de bioinformatique mis au point;
  • de nombreux dépôts dans la base de données en génomique.

Communications

Les communications directes et indirectes avec la population sont un aspect important de l’IRDG. Des sites Web externes et des wikis de projets ont été mis sur pied; il y a eu des entrevues avec les médias et des communiqués de presse, des présentations communautaires, des visites de démonstration et des activités de mobilisation des citoyens; des ateliers avec des intervenants externes et des utilisateurs finaux ont été organisés; des présentations et des conférences publiques ont été données dans des séminaires d’études supérieures; des brochures et des feuillets d’information ont été rédigés; des chercheurs de l’IRDG ont participé à des foires scientifiques et à des activités de mentorat d’étudiants. Des renseignements supplémentaires sur les activités détaillées des ministères et organismes sont présentés à l’annexe 5 de l’appendice A.

Appendice A – Détails supplémentaires sur le rendement

Annexe 1 – Projets financés par l’IRDG, par ministère

Conseil national de recherches Canada

Biopuces pour la compréhension et le diagnostic des maladies humaines

L’objectif de ce projet est de concevoir de nouveaux outils qui permettront de mieux comprendre les processus moléculaires qui sont à la base des maladies de sources pathogènes et génétiques. On vise ainsi à créer de petits appareils de diagnostic efficaces insérés dans une seule puce en silicone (biopuce), qui sont capables de détecter rapidement certains marqueurs pathogènes. Un tel appareil permettra surtout de détecter la présence d’agents infectieux responsables des infections nosocomiales et de cerner les menaces à la salubrité des aliments et de l’eau.

Huile biorenouvelable pour la nourriture et le carburant

Le but de ce projet est d’adopter des approches fondées sur la génomique pour améliorer la productivité, le rendement, la teneur en huile et la tolérance du canola canadien afin de faire face aux demandes nationales et internationales croissantes pour cette récolte essentielle à l’alimentation (l’huile pour la cuisson) et aux applications industrielles et non alimentaires (le biocarburant).

Identification des protéines ciblant le micro–environnement des tumeurs pour applications thérapeutiques

Le but de ce projet est de s’attaquer à la question complexe du traitement du cancer en cernant et en développant un large éventail d’agents thérapeutiques ciblés qui peuvent servir à créer la prochaine génération de cancérothérapies prometteuses et plus efficaces.

Dans le cadre du programme de l’IGS, le CRNC investit également dans des projets liés à la santé qui ne comportent pas d’éléments clairement associés à la génomique. Ces projets sont les suivants.

Les maladies du cœur : meilleurs outils pour un meilleur traitement

Ce projet vise à rapprocher de la pratique clinique un certain nombre d’innovations en matière d’outils d’imagerie et de diagnostic pouvant être employés dans la gestion des maladies du cœur.

Systèmes de simulation en réalité virtuelle adaptés au patient dans le domaine de l’oncologie chirurgicale

Le but de ce projet est d’élaborer un système d’exercice pratique (formation et planification) en réalité virtuelle, intégré à l’imagerie par résonnance magnétique, pour la chirurgie oncologique personnalisée.

Agriculture et Agroalimentaire Canada

Stress biotique

Des travaux dans ce domaine sont en cours pour développer un germoplasme et des variétés résistantes aux maladies et aux insectes nuisibles qui représentent un lourd fardeau économique. Des biologistes moléculaires et des entomologistes cherchent à établir une base moléculaire pour des méthodes faisant appel aux antibiotiques et aux antixénotiques en vue d’augmenter la résistance aux insectes et aux pathogènes.

Stress abiotique

Les programmes de découverte de gènes parallèles dans différents systèmes visent à découvrir des pistes nouvelles et complémentaires afin d’augmenter la tolérance au froid et au gel. La tolérance au froid et à la chaleur ainsi que la résistance au gel sont des caractéristiques essentielles pour presque toutes les cultures et revêtent une importance stratégique cruciale pour le Canada, car elles influent grandement sur la stabilité et le potentiel de rendement.

Attributs de qualité de céréales (blé, avoine et triticale), d’oléagineux (Brassica/Arabidopsis) et de légumineuses (soja, légumineuses à grain)

Les recherches dans ce domaine portent sur un aspect important de la qualité des graines et visent à déchiffrer les gènes qui contrôlent le développement des graines, la répartition du carbone, la qualité des protéines, la qualité de l’huile, la qualité de l’amidon et l’accumulation de composés antinutritionnels. Parmi les composés des nutraceutiques à l’étude, mentionnons les phytostérols, les anthramides et les glucanes.

Santé Canada

Conception et validation d’outils en toxicogénomique et de démarches intégrées en biologie des appareils anatomiques en vue d’une utilisation en toxicologie réglementaire

Cette recherche vise l’utilisation de démarches biologiques intégrées pour déterminer le mode d’action de substances toxiques particulières et identifier de nouveaux biomarqueurs d’exposition et d’effet. Les résultats servent à la création d’un cadre de travail visant l’intégration de la toxicogénomique dans l’évaluation réglementaire des risques.

Application de la toxicogénomique et de la protéomique à la salubrité de l’environnement. Identification de biomarqueurs d’exposition et d’effet des agents cancérigènes mutagènes dans des matrices environnementales complexes

Cette recherche vise l’identification de biomarqueurs candidats spécifiques de l’exposition à des mélanges complexes et des effets néfastes sur la santé.

Application de la génomique moléculaire à l’évaluation des risques liés à la radiation

Cette recherche vise à approfondir les connaissances scientifiques sur les processus moléculaires qui entrent en jeu dans l’interaction entre les diverses formes de radiation (y compris les particules alpha, la lumière UV et les champs de radiofréquence) et les tissus biologiques, et ce, dans le but de guider les décisions stratégiques reliées à la protection contre les radiations.

Réactions génétiques des cellules épithéliales du côlon aux fibres alimentaires

Cette recherche vise l’étude de l’expression génique dans les cellules épithéliales du côlon comme méthode de détermination de la relation entre la fermentabilité des matières et la qualité et la sécurité de la source des matières fermentables.

Agence de la santé publique du Canada

  • Génomique de l’hôte pour étudier la réaction au traitement de l’hépatite C par l’administration d’agents antiviraux
  • Stratégie d’évaluation des risques moléculaires pour les souches d’Escherichia coli produisant la toxine de Shiga autres que la souche O157
  • Élaboration de méthodes à haut rendement en génomique comparative pour étudier l’épidémiologie moléculaire des maladies infectieuses
  • Identification et caractérisation des interactions protéine-protéine dans une cellule hôte d’un virus
  • Influence de la variabilité génétique dans les voies de défense immunitaire innée et le statut en micronutriments sur l’issue des maladies infectieuses en mettant l’accent sur l’infection grippale grave
  • Bactériophages et prévention des infections bactériennes communes
  • MicroARN et maladie infectieuse : un nouveau mécanisme régulateur de l’interaction hôte-pathogène
  • Utilisation d’un système multiplex parallèle à haut rendement fondé sur la PCR en temps réel pour la détection des pathogènes lors d’essais sur la résistance aux médicaments anti–VIH
  • Études sur la variabilité génétique et la virulence dans les organismes émergents résistants aux antimicrobiens
  • Analyse génomique de « nouvelles » bactéries pathogènes chroniques chez les patients souffrant de fibrose kystique
  • Pyroséquençage et assemblage des quasi–espèces virales

Ressources naturelles Canada

Génomique et protéomique pour identifier les gènes des arbres possédant les caractéristiques recherchées sur le plan commercial

Ce domaine de travail vise à élaborer des méthodes, des outils et des bases de données pour découvrir des arbres possédant les caractéristiques recherchées sur le plan commercial et pour veiller à la conservation des ressources génétiques. Les gènes candidats responsables de la qualité du bois, de la croissance de l’arbre et de sa résistance aux maladies sont caractérisés et communiqués aux généticiens forestiers et à la communauté scientifique. Les projets de recherche sont les suivants :

  • Découverte des gènes déterminant les attributs du bois et de la fibre de l’épinette blanche et noire et établissement de marqueurs génétiques pour la sélection des arbres possédant les caractéristiques souhaitées
  • Génomique fonctionnelle de l’épinette
  • Relevé du génome pour révéler certains « îlots de gènes » sous-jacents à la croissance et à l’adaptation de l’épinette
  • Isolement et identification des gènes de défense, et marqueurs moléculaires liés à la résistance du Pinus monticola aux maladies causées par le champignon de la rouille vésiculeuse
  • Comprendre la réaction de défense des arbres grâce à la génomique
Comprendre les interactions génétiques hôte-pathogène pour améliorer la durabilité et la productivité

Ce domaine de travail vise à renforcer les connaissances de base sur les parasites des forêts et leurs agents pathogènes. La génomique permet de comprendre le mode d’action des pathogènes, la spécificité d’hôte, les interactions hôte-pathogène, l’écologie et l’incidence sur les populations hôtes. Ces connaissances permettent de poursuivre la recherche de nouveaux ingrédients actifs, de cibles pour la nouvelle génération de biopesticides et d’agents de lutte biologique nouveaux et améliorés. Les technologies moléculaires novatrices permettant l’identification et le dépistage des parasites sont également examinées et transférées aux utilisateurs finaux du Canada et de l’étranger pour assurer la surveillance des maladies et des parasites, ainsi que la certification phytosanitaire. Les projets de recherche sont les suivants :

  • Régulation protéomique des interactions entre le virus et les larves
  • Dépistage moléculaire des agents pathogènes des coléoptères nuisibles indigènes et étrangers.
  • Génomique comparative des insectes forestiers phyllophages : de l’ADN à l’atténuation
  • Génomique des pathogènes fongiques des arbres
  • Génomique sensorielle de l’agrile du frêne : exploration des récepteurs olfactifs permettant de trouver un hôte et un partenaire
  • Résistance du douglas de Menzies à la maladie des racines et à d’autres agents stresseurs

Environnement Canada

  • Toxicogénomique aquatique des substances émergentes : nanotechnologie, biotechnologie et effluents urbains
  • Conception et validation d’une biopuce à ADN de crustacés et corrélation entre les profils d’expression génique et les paramètres toxicologiques classiques s’appliquant à l’exposition aux contaminants
  • Validation d’outils de génomique pour la prévision des effets environnementaux : réaction du poisson aux sédiments contaminés
  • Effets des contaminants sur la diversité microbienne aquatique suivant les profils d’expression et l’analyse protéomique
  • Identification de parasites larvaires pathogènes chez les poissons et les amphibiens au moyen de codes à barres
  • Vers la caractérisation métagénomique de la qualité microbienne de l’eau dans les écosystèmes aquatiques canadiens
  • Application des outils toxicogénomiques à l’évaluation des risques associés aux répercussions des contaminants aquatiques sur les poissons et les amphibiens aux premiers stades de la vie : une étude de cas du lac Okanagan
  • Conception et application des techniques de génomique pour l’évaluation des risques pour l’environnement que constituent les organismes génétiquement modifiés et les souches microbiennes figurant sur la Liste intérieure des substances
  • Conservation et caractérisation génétique de la rainette faux–grillon de l’Ouest (Pseudacris triseriata)
  • Stratégies de discrimination dans la capture des populations de bernaches du Canada en Ontario
  • Écologie moléculaire et évolution des souches de Pasteurella multocida isolées durant des éclosions de choléra aviaire étendues dans tout le Canada
  • Évaluation et amélioration des biopuces à ADN pour la détection des agents pathogènes et des microorganismes dans l’environnement
  • Utilisation de l’analyse de l’expression génique et des systèmes de tests de toxicité amphibienne pour l’évaluation de la génotoxicité des pesticides à haute priorité et d’autres contaminants sur la faune aquatique
  • Toxicogénomique aviaire – de nouveaux outils pour les programmes d’évaluation des dangers
  • Caractérisation et séquençage des virus de l’influenza aviaire présents chez les oiseaux de Terre–Neuve
  • Mise en place de techniques d’évaluation moléculaire pour les maladies infectieuses en émergence chez les amphibiens indigènes; mise en place de méthodes PCR pour l’évaluation de la fréquence et de la répartition des maladies
  • Mise au point d’une méthode non effractive pour le génotypage de l’ADN d’échantillons de matières fécales provenant de mustélidés aquatiques en vue de l’application à l’évaluation de sites contaminés
  • Structuration génétique dans les populations d’oiseaux de mer et conséquences pour la conservation des oiseaux de mer qui sont accidentellement pêchés en Colombie-Britannique

Pêches et Océans Canada

Surveillance fondée sur la génomique pour faciliter la gestion de deux pêches importantes
  • Utilisation de la génétique pour améliorer la conservation des bélugas (Delphinapterus leucas) dans l’ouest de l’Arctique canadien
  • Génomique de la capacité de migration du saumon sauvage
Meilleure compréhension de la génétique et de la structure des populations de certaines pêches importantes sur le plan économique
  • Génomique de la conservation du saumon de l’Atlantique à Terre–Neuve–et–Labrador : évaluation des différences génétiques entre les lignées sauvages et issues de l’aquaculture et analyse de la structuration génétique en vue de cerner l’importante biodiversité au sein des espèces
  • Discrimination des populations de capelans dans le nord–ouest de l’Atlantique
  • Identification des espèces et de la structure des stocks de sébastes (Sebastes sp.) d’après l’analyse génétique des otolithes archivés
  • Identification de la diversité génétique et de la structure des populations de Dolly Varden dans l’ouest de l’Arctique
  • Investissements dans le laboratoire des services de biotechnologie aquatique de l’Institut d’océanographie de Bedford
Meilleure compréhension des réactions comportementales, physiologiques et immunologiques à l’environnement
  • Caractérisation microbienne de l’eau extraite et de son influence sur la communauté microbienne du milieu marin entourant la plateforme de production Hibernia
  • Application de marqueurs génétiques pour effectuer l’identification des espèces aquatiques envahissantes et connaître la structure de leurs populations
Gestion des maladies des animaux aquatiques, aspect important pour les pêches sauvages et l’industrie de l’aquaculture
  • Fonction immunitaire du saumon et résistance aux maladies causées par le virus de l’anémie infectieuse du saumon (VAIS) – phase 2
  • Effets des milieux d’élevage à l’état sauvage et en captivité, et des parasites et pathogènes qui y sont associés, sur la diversité et la nature de la variation génétique chez le saumon de l’Atlantique
  • Interactions hôte–parasite : une démarche de génomique fonctionnelle pour caractériser les réactions des salmonidés au pou du saumon

Annexe 2 – Personnel hautement qualifié (PHQ), par ministère, exprimé en nombre de personnes jouant un rôle dans l’IRDG

Conseil national de recherches du Canada

179 chercheurs et techniciens ont été soutenus dans le cadre de l'Initiative  :

  • 49 agents de recherche
  • 72 agents techniques
  • 33 associés de recherche
  • 21 étudiants
  • 4 agents administratifs

Agriculture et Agroalimentaire Canada

188 chercheurs et techniciens ont été soutenus dans le cadre de l'Initiative :

  • 64 chercheurs
  • 86 techniciens
  • 24 stagiaires postdoctoraux
  • 14 étudiants universitaires (finissants)

Santé Canada

42 chercheurs et techniciens ont été soutenus dans le cadre de l'Initiative :

  • 13 chercheurs principaux
  • 16 professionnels de la recherche
  • 1 technicien
  • 6 stagiaires postdoctoraux
  • 6 étudiants universitaires (3 au doctorat et 3 à la maîtrise)

Agence de la santé publique du Canada

100 chercheurs et techniciens ont été soutenus dans le cadre de l'Initiative :

  • 30 chercheurs principaux
  • 17 professionnels de la recherche
  • 28 techniciens
  • 4 stagiaires postdoctoraux
  • 21 étudiants universitaires

Ressources naturelles Canada

107 chercheurs et techniciens ont été soutenus dans le cadre de l'Initiative :

  • 19 chercheurs
  • 40 biologistes/techniciens
  • 23 stagiaires postdoctoraux
  • 1 chercheur invité
  • 24 étudiants universitaires (16 au doctorat et à la maîtrise, 8 au premier cycle)

Environnement Canada

156 chercheurs et techniciens ont été soutenus dans le cadre de l'Initiative :

  • 30 chercheurs
  • 21 professionnels de la recherche
  • 29 techniciens en recherche
  • 9 chimistes
  • 4 stagiaires postdoctoraux
  • 63 étudiants (13 au doctorat, 26 à la maîtrise et 24 au premier cycle)

Pêches et Océans Canada

47 chercheurs et techniciens ont été soutenus dans le cadre de l'Initiative :

  • 18 chercheurs
  • 20 employés techniques
  • 5 stagiaires postdoctoraux
  • 4 étudiants

Annexe 3 – Résultats prévus et résultats obtenus (2010-2011)

Résultat prévu 1

Réaliser des progrès pertinents du point de vue commercial dans les domaines de la R-D en génomique ayant trait à la santé humaine (p. ex. tests génétiques, diagnostics, applications de la génomique microbienne, traitement et prévention de maladies humaines comme le cancer et les maladies cardiovasculaires, et détection des agents pathogènes).

Résultat obtenu 1

Un traitement anticancéreux ciblé à base d’anticorps spécifiques de tumeur, mis au point au CNRC dans le cadre du projet sur le cancer, a été autorisé par l’US–FDA à faire l’objet d’un essai clinique de phase I chez des patients atteints d’un cancer du poumon avancé aux É.–U. L’anticorps conçu par le CNRC sera couplé à un médicament mis au point par Helix Biopharma, un partenaire industriel du CNRC. Ce médicament utilise les processus naturels de l’organisme afin de créer un milieu alcalin toxique pour les cellules cancéreuses. C’est ainsi que l’anticorps du CNRC achemine la charge de médicament vers des cellules cancéreuses cibles précises pour que le médicament modifie le milieu de la tumeur et tue les cellules cancéreuses. On s’attend à ce que cette méthode soit plus efficace et qu’elle entraîne moins d’effets secondaires que les chimiothérapies anticancéreuses à large spectre utilisées actuellement. Helix Biopharma prévoit recevoir l’autorisation de lancer un essai clinique de plus grande envergure en Europe, essai au cours duquel la sécurité et l’efficacité du médicament, employé seul ou en association, seront comparées à celles d’autres chimiothérapies.

Un des principes fondamentaux de la médecine, « d’abord, ne pas nuire », est plus facile à dire qu’à faire pour les médecins qui traitent le cancer du sein. Chaque année, près de 22 000 Canadiennes reçoivent un diagnostic de cancer du sein et leur traitement comporte généralement l’ablation de la tumeur par chirurgie ainsi que la chimiothérapie, laquelle vise à réduire le risque de récidive. Les études montrent cependant que chez la plupart des patientes atteintes d’un cancer du sein à un stade précoce, la chimiothérapie consécutive à la chirurgie est totalement inutile et qu’elle cause plus de mal que de bien. Actuellement, la majorité des médecins déterminent le pronostic de la maladie d’après l’âge de la patiente et le « grade de la tumeur », mais il s’agit d’une méthode qui ne fonctionne pas très bien. Les chercheurs du CNRC ont alors mis au point un outil permettant de déterminer quelles sont les patientes atteintes de cancer du sein qui présentent peu de risque de récidive. Cet outil, un algorithme mettant en évidence les « signatures de l’expression génique » ou les biomarqueurs capables de prédire avec 87 à 100 % d’exactitude quelles sont les tumeurs à faible risque chez différents groupes de patientes, pourrait pratiquement éliminer toute chimiothérapie inutile.

Le CNRC a construit et mis au point un appareil prototype de table faisant appel à la technologie des biopuces; cet appareil accélère de façon considérable la détection et l’identification des souches bactériennes étroitement apparentées reliées à la santé humaine. Cet appareil, qui sera modifié de manière à ce qu’il soit compact et qu’il puisse être remisé, raccourcira et simplifiera le protocole de détection des agents pathogènes dans les produits alimentaires. Dans le cadre de ses travaux, l’équipe du CNRC a réussi à détecter et à identifier la bactérie E. coli pathogène à l’aide d’un capteur photonique muni d’un guide d’ondes. Les puces du capteur ont été préparées à l’aide d’anticorps spécifiques de la souche fixés à la surface du guide d’ondes du capteur. Lorsqu’il a été exposé à des liquides contenant la bactérie E. coli O157, le capteur a produit une forte réaction de liaison causée par la capture de la bactérie cible sur la surface activée. Le signal pathogène a ensuite été amplifié et confirmé à l’aide d’une procédure secondaire au cours de laquelle le capteur a été exposé à un liquide contenant des anticorps libres spécifiques de la souche. L’amplification a confirmé l’identité de la souche d’E. coli O157 puisque les anticorps secondaires ne se lient qu’à la bactérie cible emprisonnée. Grâce à ce système, l’équipe a réussi à distinguer deux souches d’E. coli étroitement apparentées, les souches O157 et O111, lorsqu’elles étaient toutes deux présentes dans une solution complexe.

Résultat prévu 2

Augmenter la valeur des récoltes (céréales, légumineuses et canola) en améliorant l’adaptation des végétaux aux stress biotiques ou abiotiques (p. ex. résistance à la maladie, tolérance au froid) et en étudiant le développement et le métabolisme des semences (p. ex. applications industrielles, avantages en matière de santé et de nutrition et qualité du produit final améliorée).

Résultat obtenu 2

Plusieurs gènes d’intérêt ont été identifiés en 2010–2011 : 1) un gène régulateur de la voie de production des isoflavonoïdes dans le soja a été mis en évidence. Cette découverte permettra la production de variétés de soja à teneur accrue en isoflavonoïdes. Les isoflavonoïdes sont des substances qui procurent des bienfaits reconnus sur la santé humaine; 2) des gènes intervenant dans l’établissement d’une symbiose racinaire bénéfique dans les légumineuses ont été mis en évidence et caractérisés. Cette étude contribuera à l’exploitation de la fixation biologique de l’azote, qui est essentielle aux systèmes de culture agricole durable; 3) un gène de canola conférant une résistance à la rouille blanche a été découvert et caractérisé, ce qui permet la sélection génétique d’une résistance à la rouille blanche accrue et durable; 4) des gènes responsables de la sensibilité ou de la résistance aux fusariotoxines ont été découverts dans la levure. Cette découverte permettra de comprendre des gènes semblables dans le blé et le maïs en vue de l’amélioration de leur résistance aux fusarioses. Des lignées de blé présentant une résistance génétique accrue à la maladie ont été produites. Ces lignées seront analysées sur le terrain en 2011 et leur résistance à la fusariose de l’épi, une maladie importante du blé, sera examinée.

Une protéine du virus de la mosaïque du soja a été désignée comme étant responsable de la virulence. Cette protéine de soja est candidate à l’élaboration de nouvelles stratégies de lutte contre l’infection causée par le virus de la mosaïque du soja.

La première base de données complète sur les protéines exprimées par l’haustorium (tissu du champignon causant la rouille brune responsable des pertes de récolte) a été constituée. Cette base de données sera essentielle à la mise en évidence des protéines responsables d’infections et de maladies du blé et à l’élaboration de nouvelles stratégies de résistance.

Des progrès appréciables ont été accomplis en ce qui a trait à la compréhension de la façon dont certains virus infectent les insectes nuisibles (comme le légionnaire bertha, un organisme nuisible du canola), une étape importante permettant d’explorer l’utilisation des virus naturels comme biopesticides.

De nouveaux mécanismes de l’expression génique reliés à la maturation des graines ont été découverts. La maturation des graines est importante pour la mise au point de variétés de végétaux à rendement élevé possédant des caractéristiques de qualité améliorées.

Des marqueurs diagnostiques ont été produits pour l’identification des g\xC3\xA9notypes du soja dont la capacité d’accumulation du cadmium dans la graine est réduite. Une teneur élevée en cadmium pose un risque potentiel pour la santé et constitue une barrière à certains marchés d’exportation imposant des limites strictes en ce qui a trait à la concentration de cadmium. Des marqueurs diagnostiques ont aussi été produits pour un organisme pathogène des plantes de lentille. Ces marqueurs peuvent être utilisés pour tester des échantillons de graines et démontrer l’absence de l’organisme pathogène avant l’exportation, réduisant ainsi les barrières commerciales à l’exportation. Ils permettent aussi de distinguer les souches ayant différents niveaux d’agressivité. Un élève du deuxième secondaire, Rui Song, a participé à ces travaux et a été sélectionné pour représenter le Canada à la foire scientifique la plus importante au monde, la Intel International Science and Engineering Fair, qui a eu lieu à Los Angeles, en mai 2011.

Le canola (Brassica napus) et la variété apparentée B. carinata sont des candidats potentiels à la production de biocarburants. Une société canadienne de biotechnologie appliquée à l’agriculture, Agrisoma, a formé un partenariat stratégique avec le CNRC. Elle analysera cinq gènes spécifiques de B. carinata mis en évidence par les chercheurs du CNRC et reconnus pour leur capacité à accroître la teneur de la graine en huile et le rendement des cultures en vue de mettre au point une plante à valeur ajoutée pour la production de biodiésel. Le matériel génétique a été envoyé à Agrisoma par des chercheurs du CNRC aux termes d’un accord de transfert de matériel en vue d’une production industrielle.

Un autre accord de transfert de matériel a été conclu entre le CNRC et Alberta Innovates, permettant le transfert de données sur l’expression génique de Brassica et de matériel génétique relié à la résistance à l’égrenage. Les chercheurs d’Alberta Innovates utilisent les recherches du CNRC pour mettre au point des variétés de Brassica présentant une meilleure résistance à l’égrenage et un rendement plus élevé.

Résultat prévu 3

Gérer de façon durable les ressources aquatiques par l’utilisation d’outils de génomique, notamment pour gérer l’ouverture de la pêche; mieux comprendre la génétique et la structure des populations; étudier plus à fond les réactions comportementales, physiologiques et immunologiques à l’environnement, et gérer les maladies chez les animaux aquatiques.

Résultat obtenu 3

Les douze projets lancés par le MPO au cours de l’exercice 2008–2009, à la suite d’un concours tenu pour choisir les projets les plus aptes à concrétiser les priorités et résultats stratégiques du Ministère, se sont poursuivis au cours de l’exercice 2010-2011.

1- Dans le cadre de l’IRDG, le MPO a entrepris des activités qui visent à utiliser la surveillance fondée sur la génomique pour faciliter la gestion de deux pêches importantes.

Surveillance fondée sur la génomique des bélugas (Delphinapterus leucas) à l’intérieur et dans les environs des sites pilotes des zones de protection marines de la mer de Beaufort
Les bélugas de la mer de Beaufort constituent une importante pêche de subsistance pour les populations locales d’Inuvialuit, qui en pêchent en moyenne 111 par année, selon les données sur les prises débarquées au Canada entre 1990 et 1999. Cette étude visait à déterminer la structure génétique de la population de bélugas de façon à ce que la viabilité de la population soit maximisée grâce à des plans de capture fondés sur des données scientifiques fiables, et à comprendre en quoi le développement industriel dans la région pourrait nuire aux animaux migrateurs. Globalement, il s’agit ici de veiller à ce que cette pêche importante demeure ouverte et productive. La collecte de données pour ce projet est presque terminée, et l’analyse des données et l’interprétation des résultats sont en cours. Les premiers résultats portent à croire que différents groupes de bélugas fréquentent différentes zones de la mer de Beaufort. Les modèles de parentalité et les preuves de fidélité au site d’été au sein de ces groupes seront examinés une fois que l’ensemble des données auront été recueillies.

Génomique de la capacité de migration du saumon sauvage
En janvier 2011, le MPO a publié, dans la revue Science, un article faisant état de la découverte d’une signature génomique reliée à la mortalité chez le saumon rouge du fleuve Fraser revenu y frayer. Cette découverte a été effectuée dans le cadre d’une étude combinant la biotélémétrie, les biopsies non destructrices et la génomique fonctionnelle. Des expériences additionnelles en génomique ont révélé la présence de cette même signature dans plusieurs tissus (cerveau, foie, branchies, cœur, reins, sang) et tout au long du cycle biologique du saumon (de tacon à adulte reproducteur). Ce sont les saumoneaux quittant le fleuve qui présentent la plus forte prévalence de cette signature, prévalence qui diminue durant les premiers mois dans l’océan jusqu’à leur retour en eau douce à l’âge adulte. Fait important à signaler, la plus forte prévalence observée jusqu’ici pour cette signature remonte à l’année d’éclosion 2005, une classe d’âge ayant affiché un niveau de productivité d’une faiblesse inégalée non prévue par les modèles d’échappées, ce qui s’est traduit par la tenue d’une enquête judiciaire. Par comparaison aux saumoneaux de l’année d’éclosion 2006, qui sont revenus dans le Fraser une année plus tard en quantité d’une abondance jamais vue, le MPO a aussi montré à l’aide de la génomique que les saumoneaux de l’année d’éclosion 2005 étaient stressés et immunodéprimés, et qu’ils étaient porteurs de profils, dans l’océan, correspondant à une faible croissance et à une piètre alimentation.

2- Le MPO a entrepris plusieurs projets pour mieux comprendre la génétique et la structure des populations de certaines pêches de grande importance économique, notamment les suivants :

Identification génétique du saumon de l’Atlantique à Terre–Neuve–et–Labrador provenant des lignées sauvages et issues de l’aquaculture
Des échantillons prélevés en 2009 chez 504 saumons ont été soumis à l’analyse des 15 loci optimisés durant la première année. Les 15 loci ont ensuite été optimisés pour l’analyse multiplexe à l’aide de la trousse Qiagen Type-it Microsatellite, faisant ainsi passer le nombre de réactions PCR de 15 à 3 par échantillon. L’analyse de ces loci est sur le point d’être réalisée sur 2 832 échantillons prélevés à divers endroits autour de Terre–Neuve en 2009 et 2010. L’ADN de tous les échantillons prélevés a été extrait et envoyé pour analyse, et un double de chaque échantillon a été conservé en vue d’études futures.

Discrimination des populations de capelans dans le nord–ouest de l’Atlantique
Certains aspects de la biologie, de la fraye, du comportement et de la migration du capelan, une espèce de poisson fourrage du nord–ouest de l’Atlantique, ont subi récemment d’importants changements. Étant donné que la structure des populations reposait sur ces aspects, il a été nécessaire d’obtenir de nouvelles données sur le capelan du nord–ouest de l’Atlantique. Des capelans récoltés dans 15 frayères de 2002 à 2008 ont été caractérisés génétiquement. Les résultats confirment qu’il y a 8 populations génétiquement distinctes. Les capelans frayant dans les zones d’échantillonnage les plus au nord à Unity Bay, au Labrador, sont probablement apparentés aux capelans fréquentant le détroit d’Hudson plus au nord. Ces regroupements fondés sur les données génétiques sont quelque peu différents de ceux qui ont été établis précédemment et pourraient nécessiter la modification des pratiques actuelles de gestion de la pêche.

Identification des espèces et de la structure des stocks de sébastes (Sebastes sp.) d’après l’analyse génétique des otolithes archivés
Le sébaste est caractérisé par l’importante variabilité de son recrutement, avec des vagues plus fortes survenant généralement à plusieurs années d’intervalle. Des analyses génétiques ont été réalisées sur le matériel adhérant aux otolithes recueillis depuis 1974, pour déterminer si la composition des espèces d’une classe d’âge donnée était un facteur déterminant du succès ou de l’échec du recrutement dans les unités 1 et 2 (zones géographiques établies pour la gestion de la pêche) de l’Organisation des pêches de l’Atlantique Nord–Ouest. Les résultats permettent de conclure que la dernière classe d’âge forte de S. mentella ayant grandement contribué à la pêche a été produite il y a 30 ans. Dans les unités 1 et 2, les autres classes d’âge fortes (1974, 1985, 1988 et 2003) reposaient sur S. fasciatus. Ces classes d’âge composées de S. fasciatus ont disparu bien avant d’être recrutées par la pêche dans l’unité 1 et elles ont contribué de façon marginale à la pêche dans l’unité 2 (à l’exception de la classe d’âge de 2003 qui est encore largement composée de pré-recrues). Il faudra approfondir la recherche pour comprendre ce qu’il advient de ces fortes cohortes de S. fasciatus.

Diversité génétique despopulations sauvages d’omble chevalier dans l’Arctique
Les résultats préliminaires obtenus à l’aide de microsatellites nucléaires, de marqueurs de l’ADNmt et de gènes nucléaires indiquent que le Dolly Varden septentrional constitue un taxon différent des autres sous-espèces, présentant des groupes génétiques bien organisés qui correspondent aux unités géographiques. Ces résultats donnent à penser que de tels marqueurs sont utiles pour l’établissement de données de référence sur le stock unitaire et qu’ils pourraient l’être pour l’estimation de la contribution des stocks d’origine de poissons à la pêche mixte côtière au Canada et en Alaska.

Parallèlement aux projets entrepris, le MPO a fait des investissements dans son laboratoire des services en biotechnologie aquatique de l’Institut d’océanographie de Bedford
Le Laboratoire de biotechnologie aquatique a participé à cinq projets, ce qui représente un financement supplémentaire de 47 000 $ en matière d’exploitation et d’entretien. Dans le cadre de ce projet, une procédure d’extraction et des conditions de PCR optimisées ont été appliquées aux échantillons prélevés par les chercheurs de l’IRDG en vue de l’évaluation des méthodes de prélèvement et d’entreposage.

3- Plusieurs nouveaux projets nous permettront de mieux comprendre les réactions comportementales, physiologiques et immunologiques à l’environnement, notamment les suivants :

Caractérisation microbienne de l’eau extraite et de son influence sur la communauté microbienne du milieu marin entourant la plateforme de production Hibernia
Les résultats de l’analyse des échantillons d’eau produite et d’eau de mer prélevés autour de la plateforme de production Hibernia ont été publiés cette année. Les mêmes techniques ont été appliquées aux échantillons d’eau produite et d’eau de mer prélevés autour de la plateforme Terra Nova, notamment la comparaison des résultats obtenus par électrophorèse en gel de gradient dénaturant (EGGD) et à l’aide des banques de clones avec les mêmes échantillons.

Application de marqueurs génétiques pour effectuer l’identification des espèces aquatiques envahissantes et connaître la structure de leurs populations
Des récoltes de Didemnum vexillum, une espèce de tunicier colonial à risque élevé présentant des antécédents d’invasion à l’échelle mondiale, ont été faites à différentes échelles spatiales chez plusieurs populations en Colombie–Britannique, y compris la côte ouest de l’île de Vancouver, le détroit de Georgie et la Sunshine Coast, ainsi que chez les populations découvertes récemment (2010) en Oregon. Les chercheurs du MPO ont utilisé des marqueurs microsatellites pour caractériser la structure des populations et sont en voie d’établir un lien entre les signaux génétiques et les vecteurs d’invasion, ce qui permettra de mieux comprendre la dynamique des invasions. Les scientifiques du MPO sont peut–être les premiers à essayer de comprendre la dynamique des invasions à différentes échelles spatiales en lien avec les vecteurs d’invasion. Les résultats obtenus pourront inspirer la conduite à tenir en matière de gestion des espèces aquatiques envahissantes.

4- La gestion des maladies des animaux aquatiques est importante tant pour les pêches sauvages que pour l’industrie de l’aquaculture. Les recherches du MPO menées dans le cadre de l’IRDG portent encore sur des sujets tels que :

Fonction immunitaire du saumon et résistance aux maladies causées par le virus de l’anémie infectieuse du saumon
Tout comme les personnes contractant la varicelle dans l’enfance sont immunisées contre le virus plus tard dans la vie, le MPO a émis l’hypothèse que les poissons qui survivent à une infection causée par le virus de l’anémie infectieuse du saumon (VAIS) sont immunisés contre toutes les souches de ce virus. Conformément à l’hypothèse avancée, le MPO a constaté que les poissons ayant survécu à une première exposition à une souche peu virulente du VAIS étaient immunisés contre les souches fortement virulentes 18 mois plus tard. Fait intéressant à signaler, par comparaison aux poissons immunisés, la charge virale dans le rein, qui semble être le premier organe cible du VAIS, était beaucoup plus élevée et la charge virale maximale a été atteinte plus rapidement chez les poissons naïfs. Comme la charge virale dans le rein des poissons immunisés est demeurée faible, le MPO a émis l’hypothèse que certains organes doivent être touchés au début du processus infectieux et que ces organes acquièrent une solide immunité chez les poissons immunisés, ce qui empêche la réplication virale et réduit au minimum la virémie et la dissémination dans les autres organes cibles. Pour mieux comprendre ce processus à l’échelle moléculaire, le MPO a utilisé des biopuces à ADN pour identifier les gènes reliés au système immunitaire inné, le plus actif chez les poissons naïfs, et au système immunitaire acquis, le plus actif chez les poissons immunisés. Ces données seront utiles à la production de vaccins efficaces contre le VAIS.

Effets des milieux d’élevage à l’état sauvage et en captivité, et des parasites et pathogènes qui y sont associés, sur la diversité et la nature de la variation génétique chez le saumon de l’Atlantique
En réaction au déclin précipité des populations de saumon de l’Atlantique de l’intérieur de la baie de Fundy, le MPO a mis sur pied un programme de banque de gènes vivants pour prévenir l’extinction locale imminente de la diversité génétique au sein des espèces. Des saumons représentatifs ont été capturés puis élevés en captivité, où l’on a établi leur génotype avant de les répartir en fonction de généalogies spécifiques des populations et d’entreprendre leur reproduction au moyen de principes modernes de génétique conçus pour réduire au minimum la perte de variation génétique causée par la dérive génétique aléatoire. Une partie des descendants a ensuite été élevée en captivité dans des conditions normales d’écloserie, tandis qu’une autre a été relâchée dans un habitat fluvial naturel à des fins d’exposition aux conditions sauvages et de sélection naturelle. Des juvéniles des deux environnements ont ensuite été recueillis pour l’échantillonnage des tissus et l’établissement du génotype, avant d’être répartis en fonction de généalogies spécifiques des populations et d’entreprendre la production de la prochaine génération de saumon de l’Atlantique, une espèce menacée. Les scientifiques du MPO ont presque terminé les analyses par EGGD et par séquençage diploïde d’une population de la rivière Big Salmon de près de 400 individus. Le génotype des parents et celui des descendants pour un locus particulier ont été confirmés à l’aide des données généalogiques détaillées existantes s’appliquant à ce groupe. Les résultats obtenus différaient beaucoup de ceux fondés sur l’EGGD uniquement pour la population de la rivière Stewiacke, révélant ainsi un très haut degré de variation génétique et la présence de nombreux allèles encore jamais observés.

Interactions hôte–parasite : une démarche de génomique fonctionnelle pour caractériser les réactions des salmonidés au pou du saumon
Ce projet a permis de comprendre les mécanismes expliquant le passage de saumon rose sensible au pou du saumon à saumon rose résistant au pou du saumon pendant la croissance du très jeune poisson. Dans un article publié dans la partie D de la revue Comparative Biochemistry and Physiology, le MPO a montré que les voies associées à l’inflammation, à la prolifération cellulaire, au remodelage tissulaire et à l’immunité cellulaire étaient associées à ce passage. De plus, la mise au point d’une nouvelle biopuce à oligonucléotides 38K spécifique du pou du saumon a montré comment ces parasites majeurs réagissaient à d’importants signaux environnementaux comme la salinité, la température et la présence d’un médicament couramment utilisé pour traiter l’infection causée par ce parasite (benzoate d’emamectine). Les chercheurs ont aussi découvert que les poux du poisson étaient infectés par leurs propres parasites. On a constaté que ces parasites, appelés microsporidies, avaient un effet significatif sur la réaction des poux du poisson aux signaux environnementaux. On explore la possibilité d’utiliser les microsporidies comme agents de lutte biologique contre le pou du poisson.

Résultat prévu 4

Appuyer le système canadien de réglementation dans le domaine de la santé pour permettre l’innovation tout en réduisant les risques pour les Canadiens, grâce à un programme ciblé de R-D en génomique visant à renforcer la recherche dans des domaines prioritaires comme l’information génétique, les produits biotechnologiques, la génomique humaine et la génomique microbienne, afin de favoriser la santé humaine, animale et environnementale. Mieux connaître et comprendre les maladies infectieuses et chroniques chez les humains pour trouver des applications en santé publique, notamment l’élaboration de nouveaux outils de diagnostic ou l’amélioration des outils existants.

Résultat obtenu 4

Des travaux ont été entrepris dans le cadre des projets du Portefeuille de la Santé pour générer, résumer et traduire de nouvelles connaissances sur la génomique humaine et les pathogènes afin de resserrer la surveillance des maladies infectieuses, les prévenir et les contrôler au moyen de certaines applications (diagnostics, évaluation des risques moléculaires, vaccins, stratégies d’intervention, atténuation de la résistance antimicrobienne) et afin de développer des applications pour diagnostiquer et prévenir les maladies et promouvoir la santé par une sélection génétique prédictive ou une modulation des interactions gène–environnement.

Application de la génomique moléculaire à l’évaluation des risques liés à la radiation
Les effets biologiques et moléculaires du bruit acoustique, des radiations émises par des sources naturelles (radon, rayons UV) et des champs de radiofréquences (émises par des appareils comme les téléphones cellulaires) ont fait l’objet d’études sur des modèles animaux et cellulaires utilisant des sources de radiation contrôlées. Des gènes spécifiques sensibles à la dose ont été découverts pour l’exposition aux particules UV et alpha, élargissant ainsi la base des connaissances actuelles des voies moléculaires touchées par de telles expositions. L’analyse de nombreuses régions fonctionnelles distinctes du cerveau chez les rongeurs a permis de mettre en évidence des réactions potentielles, spécifiques d’une région du cerveau, à l’exposition au stress causé par le bruit et aux champs de radiofréquences. Ces réactions sont en cours de validation au moyen d’études additionnelles faisant appel à des méthodes classiques en vue de l’évaluation de leur plausibilité biologique et de leur importance physiologique en lien avec les effets sur la santé à court et à long terme. Ces travaux donneront un aperçu, au niveau moléculaire, de l’importance des effets biologiques subtils possibles et permettront l’élaboration de normes de sécurité précises sur l’exposition aux radiations émises par les appareils utilisés dans la vie courante et au travail.

Application de la toxicogénomique et de la protéomique à la salubrité de l’environnement
L’exposition environnementale et professionnelle concerne principalement les mélanges complexes de particules et de produits chimiques (p. ex. poussière urbaine, fumée du tabac et gaz d’échappement des diésels). On a eu recours aux biopuces à ADN pour l’analyse de génomes entiers, à la spectrométrie de masse en tandem pour l’analyse protéomique et à l’analyse bioinformatique rigoureuse pour l’étude des effets de l’exposition à des particules d’échappement de diésels et à des extraits de goudron de houille effectuée à l’aide d’un modèle de culture de cellules murines transgéniques in vitro. Les voies menant à des résultats nocifs et un sous–ensemble de gènes/protéines qui prédisent les dangers plausibles associés à l’exposition à des mélanges complexes ont été mis en évidence. Ces protéines sont en cours de validation en vue de la délimitation de leur rôle dans les effets provoqués par la houille de goudron et de leur utilisation possible comme marqueurs candidats de l’exposition par les décideurs en matière de réglementation.

Conception et validation d’outils en toxicogénomique et de démarches biologiques intégrées en vue d’une utilisation en toxicologie réglementaire
Compte tenu de modifications récentes des politiques, il faudra mettre au point des solutions acceptables de remplacement des méthodes de toxicologie classiques pour évaluer les milliers de produits chimiques offerts sur le marché canadien. Les chercheurs de SC s’emploient à la production de nouveaux biomarqueurs des effets nocifs sur la santé (hépatotoxicité, génotoxicité, réaction inflammatoire, perturbation de la signalisation des hormones thyroïdiennes) reposant sur l’analyse de l’ARNm, des microARN et des protéines. Le projet a abouti à la création du groupe de travail en génomique de SC formé d’environ 40 personnes, dont des chercheurs, des responsables de la réglementation et des gestionnaires, en vue de l’élaboration d’un cadre de travail servant à l’application de la toxicogénomique à l’évaluation réglementaire des risques.

Réactions génétiques des cellules épithéliales du côlon aux fibres alimentaires
Les chercheurs de SC ont utilisé les différences dans l’expression des gènes des cellules épithéliales du côlon comme moyen pour définir la relation entre la fermentabilité des matières et la qualité et la sécurité de la source de matière fermentable. Les responsables de la réglementation de SC ont besoin de cette information pour déterminer si les valeurs de fermentabilité peuvent être utilisées comme une caractéristique définissant les fibres alimentaires et pour mettre à jour la définition de « fibre alimentaire » de SC. On a montré que les profils d’expression génique dépendent du type et de la quantité de matière fermentable, et que les matières fermentant lentement ou de manière incomplète sont celles qui protègent le mieux contre l’apparition de tumeurs. SC continue d’examiner d’autres biomarqueurs pour aider à élucider les mécanismes de réponse génétique et pour cerner tout effet possible sur le côlon et la santé de l’hôte. Ce projet se traduira par l’amélioration des politiques d’étiquetage des produits alimentaires en matière d’allégations relatives aux effets sur la santé.

Les chercheurs de l’ASPC ont mis au point une nouvelle méthode d’analyse comparative des empreintes génomiques pour caractériser les organismes pathogènes d’origine alimentaire. Il s’agit d’une méthode qui permet l’analyse à grande capacité et à haute résolution des génomes bactériens et qui répond au besoin en matière de sous–typage rapide et de haute spécificité pour la surveillance et l’étude des éclosions. Cette méthode a été appliquée à E. coli, Campylobacter jejuni et Listeria monocytogenes, des agents pathogènes prioritaires. En outre, un pipeline bioinformatique a été élaboré en vue de la réalisation d’analyses génomiques comparatives de plusieurs génomes et de l’automatisation de la mise au point d’analyses comparatives des empreintes génomiques pour les espèces intéressantes. Les réseaux canadiens de surveillance des organismes pathogènes et les laboratoires de santé publique provinciaux ont grandement collaboré afin d’accroître la visibilité de la méthode et de faciliter son déploiement à grande échelle.

Les chercheurs de l’ASPC ont mis au point des outils bioinformatiques pour l’analyse pangénomique des séquences d’ADN et ils s’en servent pour faire l’analyse comparative des données sur la séquence génomique de C. jejuni, L. monocytogenes et Salmonella enteritidis. Ces outils Web, comme PanSeq, sont offerts gratuitement à la communauté scientifique, et ils contribueront à une meilleure compréhension des facteurs de virulence et de pathogénicité ainsi qu’à l’établissement de diagnostics moléculaires améliorés pour les organismes pathogènes.

La bactérie E. coli productrice de toxine de Shiga (ECTS) peut causer des épidémies massives et le syndrome hémolytique et urémique, potentiellement fatal. Bien que la souche O157:H7 soit le sérotype d’ECTS le plus commun, on a détecté partout dans le monde plus de 200 isolats virulents autres que la souche O157 qui sont pathogènes pour les humains. Même si certaines souches autres que O157 peuvent causer des maladies tout aussi fatales, d’autres ne semblent causer qu’une légère diarrhée ou ne sont associées à aucune maladie humaine. Le soutien de l’IRDG a permis aux chercheurs de l’ASPC de réaliser le séquençage et la caractérisation du génome de 19 souches d’ECTS autres que la souche O157. Grâce à ces travaux, le catalogue entier des déterminants de la virulence a été établi, ce qui permettra l’élaboration d’une stratégie d’évaluation des risques moléculaires à l’aide de certains tests diagnostiques basés sur les acides nucléiques et, par conséquent, l’identification des nouvelles souches d’ECTS autres que la souche O157 qui présentent une menace grave à la santé humaine, puis d’y réagir rapidement.

Les chercheurs de l’ASPC ont réalisé des études comparatives de souches pathogènes et non pathogènes d’E. coli pour comprendre les mécanismes contribuant à la virulence et pour mettre au point des nouvelles méthodes thérapeutiques. Environ 600 souches d’E. coli provenant d’échantillons humains d’urine infectée ainsi que d’échantillons de selles d’humains et d’animaux d’élevage ont été isolées. Les souches ont été analysées au moyen de plusieurs méthodes, dont l’ERIC–PCR (enterobacterial repetitive intergenic consensus–PCR), le typage de séquences multilocus et l’analyse multilocus des répétitions en tandem en nombre variable. L’aptitude des souches bactériennes à former une pellicule est reconnue comme étant un important facteur de virulence. Les chercheurs ont donc déterminé l’aptitude des souches recueillies à former un biofilm. Les souches formant un biofilm ont ensuite été caractérisées de façon plus approfondie par sérotypage et utilisées comme hôtes pour l’isolement de nouveaux bactériophages potentiellement thérapeutiques. Cette étude a permis d’améliorer notre compréhension de la diversité génétique des souches d’E. coli responsables des infections urinaires et de mettre en évidence des nouveaux bactériophages thérapeutiques potentiels agissant sur les souches pathogènes d’E. coli les plus virulentes parmi celles qui forment un biofilm.

Le soutien de l’IRDG a permis aux chercheurs de l’ASPC de créer une méthode de dépistage de la résistance aux médicaments anti–VIH qui détecte et caractérise les mutations responsables de la résistance au médicament associées à l’infection par le VIH. Les résultats obtenus avec cette méthode peuvent être utilisés pour orienter le traitement et suivre l’apparition de souches résistantes afin de guider les interventions en santé publique contre le VIH.

La fibrose kystique est une maladie qui touche plusieurs organes et la majorité des décès résultent d’une insuffisance pulmonaire attribuable aux exacerbations respiratoires répétées. Récemment, des bactéries du groupe Streptococcus milleri ont été considérées comme un agent pathogène important favorisant les exacerbations pulmonaires chez les patients atteints de fibrose kystique. Des facteurs génétiques contribuant à la virulence et à la pathogénicité ont été mis en évidence par l’analyse génomique comparative, offrant ainsi des sujets possibles d’étude en vue de l’élaboration de stratégies thérapeutiques pour ce groupe particulier de bactéries. De plus, une épreuve PCR diagnostique a été mise au point pour la détection et l’identification des bactéries présentes dans les échantillons cliniques, et de nouveaux anticorps monoclonaux ont été élaborés en vue d’une utilisation dans d’autres études de la pathogenèse de ces bactéries.

Pour étudier le rôle de la vitamine D sur les effets d’une infection grippale, des chercheurs de l’ASPC ont collaboré avec d’autres instituts de recherche pour mettre en place la plus importante cohorte d’étude de patients atteints de la grippe au Canada. Les polymorphismes génétiques des gènes d’importance pour le métabolisme de la vitamine D ont été déterminés chez les participants à l’étude. Lorsqu’ils ont analysé la répartition de ces polymorphismes, les chercheurs ont découvert un enrichissement important de deux génotypes parmi les patients gravement atteints. Ces travaux semblent indiquer que la vitamine D a un rôle à jouer dans la pathogenèse de la grippe et viennent étayer la nécessité d’approfondir la recherche en vue de l’évaluation de la capacité de la vitamine D à atténuer les effets de la grippe.

Des méthodes génomiques ont été utilisées pour l’étude d’une classe de régulateurs de l’expression génique appelée microARN. Les chercheurs ont mis au point de nouvelles méthodes expérimentales visant l’étude de l’expression globale de différents microARN afin de découvrir leurs gènes cibles et de déterminer leurs effets sur les produits de ces gènes cibles. Plus précisément, on a étudié le rôle des microARN durant l’infection virale pour déterminer leur participation dans la régulation de l’expression des gènes viraux et de l’hôte dans les cellules infectées par un prion, le virus de la grippe, le poliovirus, le virus JC (un type de polyomavirus humain) et le virus de l’herpès simplex. Ces études ont permis de mettre en évidence de nouvelles voies soupçonnées d’intervenir dans le tropisme et la pathogenèse du virus et de désigner de nouvelles cibles thérapeutiques possibles pour la maîtrise des infections virales.

Les scientifiques de l’ASPC ont mis au point une nouvelle méthode et des outils d’analyse bioinformatique pour étudier les taux de mutation élevés des virus à ARN, notamment le VIH, le virus de l’hépatite B et le virus de l’hépatite C, qui provoquent l’apparition de génomes variants appelés quasi–espèces virales. Il est important de comprendre la diversité, la recombinaison et l’évolution des génomes de ces populations de quasi–espèces virales chez les personnes infectées pour l’élaboration des stratégies de lutte, de diagnostics, de vaccins et de traitements antiviraux.

Une nouvelle méthode de détection des interactions entre les protéines virales et le protéome de l’hôte a été mise au point. Cette méthode a été utilisée pour mettre en évidence plusieurs nouvelles protéines de l’hôte qui interagissent avec des protéines codées par le virus de l’hépatite C et les papillomavirus impliqués dans le cancer. Ces interactions seront étudiées en profondeur pour la détermination de leur rôle possible dans le cancer.

Résultat prévu 5

Augmenter les connaissances à l’appui de la production d’arbres et de la protection de la forêt et tenir compte des effets sur l’environnement en menant des travaux de R-D en génomique portant sur des espèces et des caractères ayant une importance économique pour le Canada.

Résultat obtenu 5

Amélioration des connaissances sur la lutte antiparasitaire et le dépistage des ravageurs fondés sur la génomique
Le programme de génomique de RNCan renseigne sur les parasites des forêts et leurs agents pathogènes, notamment leurs modes d’action, les mécanismes de défense de l’hôte et les interactions hôte–pathogène. Trois espèces de coléoptères envahissants de grande importance économique, soit l’agrile du frêne, le dendroctone du pin ponderosa et le longicorne brun de l’épinette, ont fait l’objet d’analyses visant la recherche de pathogènes mortels pour les insectes (entomopathogènes), lesquels comprennent diverses familles de virus, des microsporidies et des champignons. Les charges d’entomopathogènes différaient entre les espèces et les populations. Les essais sur la caractérisation moléculaire et la virulence des champignons pathogènes sont en cours. Des marqueurs de séquences exprimées de l’agrile du frêne ont révélé la présence de composés semblables à des substances connues agissant dans la communication chimique des insectes : protéines chimiosensorielles, protéines liant les odeurs et récepteurs gustatifs. Comprendre les bases génomiques de la communication chimique est la première étape de l’élaboration de mesures de lutte sensorielles possibles contre cet insecte exotique envahissant. On a analysé des virus mutants pour déterminer les domaines clés intervenant dans le processus d’infection des larves d’insectes nuisibles, des données nécessaires à l’identification des candidats dont la dissémination est à envisager pour lutter contre les populations de ravageurs établies.

Les scientifiques de RNCan ont pour but de mieux comprendre la relation entre les agents pathogènes forestiers et leurs hôtes. Ils visent à identifier et à caractériser les gènes responsables de la résistance du douglas de Menzies aux champignons pathogènes causant la pourriture des racines. Les profils d’expression pour neuf gènes reliés à la défense des végétaux ont été établis et ont révélé que l’infection fongique avait entraîné la régulation à la hausse des gènes à divers degrés. En ce qui concerne l’agent pathogène, nombre de gènes putatifs jouant un rôle dans la pathogénicité ont été découverts et les travaux visant leur caractérisation se poursuivent. Ces gènes pourraient devenir des marqueurs à utiliser dans le cadre des programmes de reproduction et de dépistage chez le douglas de Menzies. En 2010–2011, la caractérisation moléculaire des principaux processus de signalisation dans les interactions peuplier–rouille s’est poursuivie. Les gènes associés à la résistance à la rouille ont été mis en évidence à l’aide d’analyses du transcriptome. Les prochaines étapes viseront à élucider le rôle potentiel de ces gènes dans la résistance du peuplier à la rouille. Les programmes de reproduction du pin argenté bénéficieront des travaux effectués sur les gènes associés à la résistance. Un des gènes mis en évidence régit la production d’un peptide antimicrobien qui pourrait être utilisé comme biomarqueur pour distinguer les différents mécanismes de la résistance partielle de l’hôte.

La recherche en génomique portant sur des produits antiparasitaires destinés aux essences qui ont une importance économique comprend la recherche d’ingrédients actifs, de cibles et de souches nouvelles ou améliorées en vue d’élaborer des méthodes de lutte antiparasitaire sans danger pour l’environnement. Les scientifiques de RNCan continuent à travailler au développement de marqueurs moléculaires servant à l’identification, à la surveillance et à la maîtrise potentielle de deux espèces phyllophages d’importance économique (la chenille à houppes et l’arpenteuse de la pruche). Des analyses effectuées au moyen de biopuces ont mis en évidence les gènes en cause dans la diminution de la sensibilité au tébufénozide, un insecticide, chez la chenille à houppes, et des polymorphismes de nucléotide simple (PNS) ont été analysés pour différencier les populations d’arpenteuses de la pruche. L’assemblage et l’annotation de la tordeuse des bourgeons de l’épinette, une autre espèce phyllophage, ont été amorcés.

Identification des gènes contrôlant les attributs souhaités chez les essences d’importance économique
Le programme de recherche en génomique du SCF de RNCan met l’accent sur l’élaboration de méthodes, d’outils et de bases de données liés à la découverte, dans le code génétique des arbres forestiers, de gènes possédant des attributs favorisant la qualité de la fibre et la durabilité des forêts : croissance; caractéristiques liées à la qualité du bois; résistance aux facteurs biotiques et abiotiques; et adaptation à un environnement changeant. Les travaux se sont poursuivis en 2010-2011 en ce qui concerne l’exploration et la détermination des régions spécifiques du génome de l’épinette codant des caractères liés à l’adaptation au changement climatique et à la résistance aux insectes et aux maladies. Par exemple, les mécanismes de défense et la régulation des gènes chez les épinettes ont été examinés pour la production de lignées transgéniques d’épinette blanche chez lesquelles certains gènes ont été inactivés.

Dans le but de mettre au point des marqueurs moléculaires comme outils de dépistage et de sélection à l’intention des généticiens forestiers, les scientifiques de RNCan ont étudié des gènes candidats qui seraient liés à la croissance et à l’adaptation chez l’épinette. Le génotype d’une population complète de 949 arbres a été établi pour les 13 661 PNS des gènes soupçonnés d’avoir un rôle à jouer dans les caractères liés à la croissance. L’analyse des données phénotypiques se rapportant au débourrement des bourgeons, à la croissance et à l’apparition des bourgeons s’est poursuivie en vue de l’établissement de loci quantitatifs robustes. L’année 2010–2011 a été marquée par le génotypage de 2 000 congénères provenant d’une population de cartographie génétique pour 14 145 PNS de gènes, lesquels enrichiront la carte de liaison génétique existante de l’épinette blanche. On s’attend à déterminer la position de près de 10 000 gènes. Une étude d’association des caractères du bois au moyen d’une population de découverte de 480 épinettes noires a permis d’établir une première liste de marqueurs. Ces marqueurs ont été appliqués à une population de reproducteurs de Terre–Neuve–et–Labrador en vue de la sélection de la prochaine génération d’arbres reproducteurs. Les marqueurs moléculaires associés aux caractères du bois ont été validés avec les arbres du programme de reproduction de l’épinette blanche du Nouveau–Brunswick.

Résultat prévu 6

Mettre au point des applications de la génomique pour appuyer les activités de réglementation et d’application des lois dans des domaines clés comme l’évaluation et la gestion des risques environnementaux; l’application des lois et règlements et la conformité; la détection, la surveillance et la prévention de la pollution; la biologie de la conservation et la génétique de la faune; les prévisions et évaluations de la technologie; ainsi que le développement et l’utilisation responsables et durables des bioproduits et des procédés industriels.

Résultat obtenu 6

En 2010–2011, EC a fait des progrès significatifs dans l’application des outils et des données de la génomique acquis depuis le lancement de l’IRDG. Grâce aux fonds accordés dans le cadre de cette initiative, EC a conçu et appliqué les outils de la génomique aux domaines suivants : évaluation/gestion des risques et conservation/gestion de la faune.

Évaluation et gestion des risques

  • Un partenariat de collaboration a été créé avec le Centre de recherche sur le homard de l’Université de l’Île–du–Prince–Édouard pour que les biopuces soient conçues de la même manière et que les méthodes utilisées soient similaires de manière à ce que les objectifs de recherche dans la région de l’Atlantique soient le plus possible en harmonie et que le dédoublement des ressources soit évité.
  • Les chercheurs d’EC ont établi des protocoles uniformes dans les laboratoires qui utilisent des biopuces d’amphipodes. Une étude comparative interlaboratoire est prévue pour 2011–2012 en vue de l’amélioration et de la validation de la technique et de la mise au point de démarches uniformes au Canada et aux États–Unis.
  • Les résultats d’analyses réalisées à grande échelle au moyen de l’EGGD donnent à penser que les plantes de soja génétiquement modifiées pour exprimer des gènes de tolérance aux herbicides et aux insectes n’ont aucun effet sur les communautés microbiennes du sol lorsqu’on les compare aux plantes apparentées non modifiées. Ces résultats correspondent aux résultats d’études précédentes montrant que des lignées de maïs génétiquement modifiées n’avaient aucun effet sur l’abondance dans le sol d’un gène intervenant dans le cycle de l’azote microbien.
  • L’analyse des espèces de Bacillus par PCR quantitative confirme la survie à long terme de ces bactéries dans les habitats aquatiques et l’incidence positive des basses températures sur cette survie. Par conséquent, il faut analyser les effets possibles à long terme de tout produit, inoculum ou consortium contenant des espèces de Bacillus.
  • La recherche dans la région de la rivière Athabasca a révélé que les communautés microbiennes, en réaction à l’exploitation des sables bitumineux, se sont transformées en populations plus spécialisées, capables d’utiliser certains substrats ou de tolérer des stress particuliers.
  • Des effets inédits ont été observés dans les cardiomyocytes et les neurones d’embryons de poulet exposés à de faibles doses de plusieurs nouveaux composés perfluoroalkylés (CPF). Ces constatations sont uniques et faciliteront l’évaluation des risques associés aux nouveaux CPF dans le cadre du Plan de gestion des produits chimiques.
  • On a complété une analyse de PCR quantitative avec 15 gènes sélectionnés pour mieux comprendre les effets toxiques des effluents municipaux de 12 villes dans l’ensemble du Canada.
  • Une biopuce à ADN a été mise au point avec un ensemble de 250 gènes associés au stress chez la truite arc–en–ciel pour l’étude des effets des produits de la nanotechnologie.
  • Une nouvelle méthode d’extraction de l’ADN à l’aide de microondes a été mise au point avec des champignons et des bactéries types. Des nouveaux tampons cellulaires, réactifs et protocoles ont aussi été mis au point en vue d’optimiser la méthode.
  • Les chercheurs d’EC ont mis au point des outils de génomique pour l’équipe de restauration du récif Randle en vue de l’analyse des dommages génétiques et des effets sublétaux sur la santé chez les poissons, outils qui permettent de détecter l’exposition aux sédiments contaminés par les hydrocarbures aromatiques polycycliques ainsi que leurs effets.
  • Les chercheurs d’EC ont mis au point et testé des méthodes qui permettent de mieux comprendre l’origine de la pollution fécale dans le but de guider les travaux de nettoyage des plages dans les secteurs à forte densité de population comme Toronto.
  • On a relié des données sur l’expression génique à des observations in situ sur le terrain dans des étangs de verger pour mesurer la survie amphibie, la croissance, la durée de la métamorphose, le développement sexuel, le taux de difformité et l’incidence de l’albinisme chez Rana luteiventris.

Conservation/gestion de la faune

  • Les chercheurs d’EC ont mis au point des nouveaux outils de dépistage PCR pour l’identification de Pasteurella multocida dans des échantillons aviaires et environnementaux. Ces outils donnent des résultats plus fiables plus rapidement et à moindre coût comparativement aux méthodes bactériologiques classiques. Les méthodes permettront aux utilisateurs de déterminer l’origine de l’émergence récente des souches de P. multocida responsables d’éclosions dans l’est de l’Arctique et sur la côte est du Canada, de distinguer les souches isolées chez différentes espèces aviaires, d’évaluer la dérive génétique à court terme au sein d’une éclosion, de comparer les souches de différentes régions géographiques et de comparer les souches d’éclosions survenues au même endroit d’une année à l’autre.
  • On a montré que des goélands de Terre–Neuve étaient porteurs du virus de l’influenza aviaire issu de souches eurasiennes et nord-américaines. Ce résultat indique qu’il y a des contacts entre les oiseaux sauvages des côtes est et ouest de l’Atlantique, comme c’est le cas dans le Pacifique. Dans l’ensemble, la prévalence du virus de l’influenza aviaire est relativement faible chez les oiseaux de mer et sa répartition saisonnière diffère de celle de la sauvagine; par conséquent, les activités de surveillance devront être adaptées. En outre, le virus de l’influenza aviaire pourrait être isolé d’échantillons de matières fécales de l’environnement, puis séquencé, ce qui constitue une technique d’échantillonnage moins coûteuse, qui prend moins de temps et qui serait plus stratégique que l’échantillonnage chez des oiseaux vivants.
  • Des nouvelles espèces de parasites ont été ajoutées aux bases de données Barcode of Life canadienne et internationale.
  • En 2008, le Comité sur la situation des espèces en péril au Canada a inscrit la population des Grands Lacs et Saint–Laurent et du Bouclier canadien de rainettes faux–grillon de l’ouest (Pseudacris triseriata) sur la liste des espèces menacées. Les chercheurs d’EC ont caractérisé génétiquement cette espèce pour l’identifier avec exactitude, ce qui est important pour la prise de décision en matière de gestion liée à la conservation.

En 2010-2011, les investissements se sont poursuivis dans les prévisions liées à la génomique environnementale, l’enrichissement des connaissances, l’instrumentation, l’infrastructure et les communications (p. ex. analyse comparative périodique des activités de génomique environnementale à l’étranger dans le cadre d’échanges bilatéraux avec l’Environmental Protection Agency des États–Unis). De plus, en étroite collaboration avec l’Organisation de coopération et de développement économiques et avec le Programme international sur la sécurité chimique de l’Organisation mondiale de la santé, EC travaille à l’élaboration de stratégies et de plans de travail afin de diriger et de coordonner les efforts internationaux déployés pour l’application des méthodes et des démarches de la toxicogénomique dans un contexte réglementé.

Annexe 4 – Extrants de la R D, par ministère

Conseil national de recherches Canada

  • 38 publications dans des revues avec comité de lecture
  • 58 publications dans des comptes rendus de conférences avec comité de lecture
  • 47 présentations sur invitation
  • 6 rapports techniques
  • 10 autres publications (p. ex. livres et chapitres de livre)
  • 4 participations à des conférences, des ateliers, des comités et des réseaux nationaux et internationaux
  • 14 divulgations produites
  • 10 demandes de brevet
  • 7 brevets délivrés
  • 4 licences accordées
  • 6 accords de transfert de matériel
  • 4 subventions évaluées par les pairs
  • 80 accords de coopération, y compris avec d’autres ministères et organismes, dont 16 sont officiels

Agriculture et Agroalimentaire Canada

  • 32 publications dans des revues avec comité de lecture
  • 19 présentations sur invitation (dont 16 à l’international)
  • 48 présentations par affiches
  • 7 chapitres de livre
  • 1 brevet
  • 20 accords avec des organismes externes

Santé Canada

  • 27 publications dans des revues avec comité de lecture
  • 22 présentations, dont 2 sur invitation
  • 2 rapports techniques
  • 1 chapitre de livre sur invitation

Agence de santé publique du Canada

  • 13 publications dans des revues avec comité de lecture
  • 1 publication dans un compte rendu de conférence avec comité de lecture
  • 6 présentations sur invitation
  • 1 rapport technique
  • 3 autres publications (p. ex. livres et chapitres de livre)
  • 30 participations à des conférences, des ateliers, des comités et des réseaux nationaux et internationaux
  • 4 accords de transfert de matériel
  • 4 accords de coopération
  • 5 bases de données liées à la génomique conçues et mises en service
  • 16 programmes ou outils de bioinformatique mis en œuvre
  • 144 dépôts dans des bases de données en génomique

Ressources naturelles Canada

  • 33 publications dans des revues avec comité de lecture
  • 3 publications dans des comptes rendus de conférences
  • 32 présentations sur invitation
  • 3 chapitres de livre
  • 45 exposés et présentations par affiches à des conférences nationales/internationales
  • 3 accords de coopération officiels
  • 1 accord de transfert de matériel
  • Bases de données et banques génomiques : de nombreux dépôts dans GenBank (divers insectes et leurs pathogènes)

Environnement Canada

  • 49 publications dans des revues avec comité de lecture
  • 17 publications dans des comptes rendus de conférences avec comité de lecture
  • 18 présentations sur invitation
  • 1 autre présentation
  • 25 participations à des conférences/ateliers nationaux
  • 22 participations à des conférences/ateliers internationaux
  • 1 participation à un réseau national
  • 3 participations à des comités internationaux
  • 2 chapitres de livre
  • 4 rapports techniques
  • 3 accords de coopération officiels

Pêches et Océans Canada

  • 6 publications dans des revues avec comité de lecture

Annexe 5 – Communications, par ministère

Conseil national de recherches Canada

  • Site Web externe et wikis de projets actifs
  • 6 entrevues/articles dans les médias
  • 3 communiqués de presse
  • 6 articles publiés sur des sites Web externes
  • 1 lecture publique
  • Brochures distribuées pour promouvoir l’initiative

Agriculture et Agroalimentaire Canada

  • Présentations à des producteurs agricoles et à des groupes de l’industrie agricole
  • Participation à des foires scientifiques

Santé Canada

  • Contribution aux politiques : mise à jour de la définition de « fibre alimentaire » de Santé Canada
  • Forum scientifique annuel de Santé Canada – invités du Ministère et de l’extérieur du Ministère
  • Échanges scientifiques avec d’autres ministères du gouvernement, y compris la formation d’étudiants (2 à la maîtrise et 3 au doctorat)
  • 5 conférences données dans des séminaires d’études supérieures dans des universités locales
  • Création du groupe de travail en génomique de Santé Canada, qui comprend des responsables de la réglementation et des chercheurs de SC et d’Environnement Canada
  • Invitation à participer à un comité d’experts de l’OMS sur la radiation liée à la carcinogenèse

Agence de la santé publique du Canada

  • 2 sites Web externes créés
  • 6 entrevues avec les médias
  • 2 exposés communautaires
  • 1 activité de participation des citoyens

Ressources naturelles Canada

  • 3 entrevues avec les médias
  • 4 communiqués de presse
  • 2 exposés communautaires
  • 4 pages Web
  • 9 feuillets d’information

Environnement Canada

  • 1 atelier sur la génomique environnementale, avec des scientifiques du Ministère, des chercheurs externes et des utilisateurs finaux éventuels
  • 5 bases de données liées à la génomique
  • 5 consultations auprès des collectivités des Premières nations et des associations de chasseurs-trappeurs
  • 2 événements de sensibilisation des collectivités

Pêches et Océans Canada

  • 3 visites de démonstration

Appendice B – Initiative de R-D en génomique : aperçu du CGRR

Aperçu

Pour satisfaire aux exigences et aux lignes directrices du Secrétariat du Conseil du Trésor, un cadre de gestion et de responsabilisation axé sur les résultats (CGRR) a été élaboré pour l’IRDG. Le CGRR officialise l’engagement des six ministères qui participent à l’Initiative concernant les exigences communes en matière de mesure et de responsabilisation.

On a conçu un modèle logique (figure 1) qui reflète les objectifs globaux de l’Initiative, en reconnaissant qu’il y a d’importantes différences quant aux priorités et aux besoins particuliers de chaque ministère. L’objectif premier de l’IRDG est de soutenir la recherche en génomique au pays à l’appui des mandats ministériels et des principaux objectifs fédéraux dans les domaines d’intérêt national (la santé humaine, l’agriculture et la sécurité alimentaire, l’environnement et la gestion des ressources naturelles), de renforcer l’innovation, de promouvoir la compétitivité à l’échelle mondiale et d’assurer le développement durable au bénéfice de tous les Canadiens. Voici les résultats clés de quatre éléments importants du programme :

Gestion – Bien que la bonne gestion soit un aspect important de tout programme gouvernemental, elle est particulièrement importante pour cette initiative en raison du nombre d’intervenants, soit six ministères et organismes, et il est important que les pratiques en place favorisent une coordination ministérielle et interministérielle efficace. Il est également primordial que les priorités des ministères et de l’Initiative soient bien définies afin que les projets soient choisis de façon à garantir l’atteinte des objectifs prioritaires de l’ensemble du gouvernement en matière d’information sur la génomique ainsi que le soutien adéquat de la génomique aux activités d’élaboration de règlements et de politiques et à la prise d’autres types de décisions.

Renforcement des capacités – Le renforcement des capacités était l’objectif principal des phases antérieures de l’Initiative, et il est essentiel qu’il se poursuive. L’embauche d’un personnel hautement qualifié (PHQ) et la formation du personnel existant, ainsi que l’accès à des outils efficaces et efficients facilitant la recherche, sont des éléments essentiels à la conduite des projets de recherche nécessaires au succès de l’Initiative et pour que le Canada soit un acteur crédible dans le domaine de la R-D en génomique et ses applications.

Recherche et développement – La R-D est au cœur de cette initiative. Toutes les activités entourant la R-D en tant que telle, le transfert et l’adoption des technologies mises au point et la diffusion des résultats de recherche et des connaissances scientifiques sont essentielles pour que tous les résultats soient atteints et aient un impact.

Communications – Bien que les trois premiers éléments soient importants pour s’assurer que les bonnes recherches sont menées au bon moment et que les résultats des recherches sont diffusés à la communauté scientifique, il importe également que la génomique soit bien comprise et acceptée par les Canadiens. Les communications directes et indirectes avec la population sont donc un aspect important de l’Initiative.

Plan de mesure du rendement

Le tableau 5 présente les indicateurs de rendement, les sources et la responsabilité des résultats décrits dans le modèle logique de la figure 1. L’information présentée dans ce tableau sera réunie et présentée chaque année.

Le tableau 6 présente les indicateurs de rendement, les sources et la responsabilité des résultats décrits dans le modèle logique, qui devrait être examiné lors d’une évaluation future des impacts. Bien que l’information contenue dans ce tableau puisse être réunie chaque année, elle sera analysée et présentée au moment de l’évaluation des impacts.

Chaque ministère peut également indiquer ses progrès individuels dans un Rapport ministériel sur le rendement et utiliser l’information pour adapter ses programmes et ses priorités.

Les tableaux 5 et 6 présentent donc des données spécifiques qui doivent être réunies par tous les ministères, le cas échéant. Même si certaines données ne seront réunies et analysées qu’au moment de l’évaluation des impacts, les tableaux présentent les exigences ministérielles permanentes qui suivent :

Information interministérielle : Les ministères doivent tenir un dossier de tous les procès-verbaux des réunions, des comptes rendus de décisions, des documents de planification, et autres documents, de nature interministérielle qui ont eu une incidence sur la façon dont l’Initiative a été mise en œuvre dans chaque ministère.

Information ministérielle : Les ministères doivent également tenir un dossier de l’information interne qui a eu une incidence sur la façon dont l’Initiative a été mise en œuvre dans le ministère, ce qui comprend l’information financière au niveau du programme (services votés et financement de mesures nouvelles), l’information sur les ressources humaines (embauche, formation), la participation à des comités, conférences et réseaux nationaux ou internationaux non liés à un projet précis, ainsi que les statistiques sur les sites Web.

Information spécifique sur les projets : Elle comprend l’information suivante sur les projets :

  • demandes de projets (propositions, examens par les pairs, etc.);
  • projets approuvés (titre, portée, financement, description, objectifs, chercheur principal, membres de l’équipe);
  • projets interministériels (titre, portée, financement, nombre de ministères, description, objectifs, chercheur principal, membres de l’équipe);
  • partenaires, collaborateurs dans les projets (noms, type, contribution financière, contribution en nature, rôle);
  • législateurs, décideurs, autres personnes ayant accès aux résultats de la recherche (noms, titres, coordonnées);
  • utilisation des fonds du projet (budgets, y compris les frais généraux ou les taxes d’entreprise);
  • projets d’infrastructure (types, financement, % du total);
  • nombre d’articles dans des revues avec comité de lecture (nom des revues);
  • nombre d’articles dans des comptes rendus de conférences examinés par les pairs;
  • nombre de présentations sur invitation;
  • nombre de rapports techniques;
  • nombre de chapitres de livres;
  • nombre d’autres publications;
  • nombre et type de participations à des comités, conférences et réseaux nationaux ou internationaux liées à des projets;
  • nombre et type de bases de données, de bibliothèques, etc., de génomique découlant des projets;
  • application des résultats de la recherche et technologies transférées;
  • nouveaux produits, outils et procédés mis au point;
  • entreprises issues de la recherche (nombre, types, noms, coordonnées);
  • nombre de divulgations;
  • nombre de brevets actifs, de demandes de brevet, de brevets délivrés;
  • nombre de licences délivrées;
  • nombre d’accords de transfert de matériel (ATM);
  • nombre d’accords de coopération officiels;
  • nombre de protocoles d’exploitation normalisés.
Figure 1 – de l'Initiative de R et D en génomique interministérielle
Gestion Renforcement des capacités Recherche et développement Vulgarisation
Activités

Coordination (interministérielle et intra-ministérielle)

Élaboration de politiques, cadres et lignes directrices

Collecte de renseignements et prévision, consultations, planification stratégique, établissement des priorités

Établissement des processus de sélection des projets

Développer la capacité scientifique et technique,
y compris l’infrastructure

Attirer, former et conserver le personnel hautement qualifié

Établir des réseaux et des collaborations

Entreprendre la R-D

Soutenir le transfert des technologies et les autorisations

Établir des partenariats stratégiques

Diffuser les résultats de la recherche

Communiquer avec le public

Développer le contenu des sites web

Extrants

Rapports sur le rendement

Plans

Priorités

Approbation des projets

Personnel technique formé pour la recherche Infrastructure :

  • Puces à ADN
  • génotypage
  • protocoles d’essai
  • séquençage

Connaissances scientifiques

Publications documentées

Rapports techniques

Autres publications

Participation aux comités, conférences et réseaux nationaux

Ateliers et colloques

Entrevues avec les médias

Communiqués

Présentations communautaires

Site web

Feuilles d’information et base de données

Visites et brochures

Résultats immédiats
Meilleure gouvernance, coordination et partenariats scientifiques

Capacité de recherche accrue

  • augmentation du PHQ et formation du personnel existant
  • avancements dans l’infrastructure d’avant-garde

Meilleure prestation des services

Accès et partage des connaissances scientifiques et technologiques

Sensibilisation et compréhension accrues des résultats de la recherche en génomique et de leurs applications éventuelles

Soutien direct et indirect de la réglementation, des politiques et du processus décisionnel

Public plus sensibilisé à la génomique
Résultats intermédiaires
Meilleurs règlements, politiques et processus décisionnels Participation accrue aux initiatives nationales et internationales en génomique

Application des résultats de la recherche pour développer des méthodes, produits, technologies et procédés nouveaux ou améliorés, par :

  • entreprises de retombée
  • divulgations
  • brevets actifs, demandes de brevets, brevets émis
  • permis délivrés
  • accords de transfert de matériel
  • accords de coopération officiels
Sensibilisation et compréhension accrues du public des avantages et des risques associés à la génomique
Résultats à long terme

Meilleurs soins de santé, notamment :

  • Meilleurs diagnostics et traitements
  • Réduction des risques pour la santé et l’environnement
  • Réduction des coûts des soins de santé

Réduction des impacts environnementaux associés à :

  • qualité de l’eau
  • écosystèmes aquatiques en santé et productifs
  • pêches, agriculture, foresterie et aquaculture durables

Meilleure compétitivité des entreprises canadiennes grâce à :

  • diversification
  • meilleure productivité
  • réduction des coûts
  • démonstration des activités de saine gouvernance et de développement durable
  • etc.
Le Canada est positionné comme participant crédible pour la recherche en génomique et les applications
Résultat ultime - Meilleure qualité de vie en termes de santé, de sécurité, d’environnement et de développement social et économique
Groupes visés

Secteur public

Scientifiques et décideurs du gouvernement :

  • fédéral
  • municipal
  • provincial
  • international

Universités (canadiennes et internationales) :

  • scientifiques
  • autres facultés

Autres organismes de recherche (canadiens et internationaux)

Secteur privé

Industrie (canadienne et internationale) :

  • scientifiques
  • décideurs

Organismes à but non lucratif

Grand public canadien

Tableau 5 : Stratégie de mesure du rendement annuel
Domaine Indicateurs permanents Sources Responsabilité
Résultats immédiats
Meilleures gouvernance et coordination et meilleurs partenariats scientifiques Nombre d’initiatives de recherche interministérielles (tableau résumant l’initiative, la portée, le financement, le nombre de ministères participants, la description) Information sur le projet Ministères
Nombre de partenariats et collaborations aux projets par type, notamment :
  • autres ministères
  • universités
  • organisations internationales
  • secteur privé
  • Génome Canada
  • etc.
Information sur le projet Ministères
Mobilisation de fonds internes : Financement des services votés et de nouvelles mesures Dossiers ministériels Ministères
Autres fonds et contributions en nature par type (complémentaires de l’information précédente sur les collaborations), notamment :
  • autres ministères
  • universités
  • organisations internationales
  • secteur privé
  • Génome Canada
  • etc.
Information sur le projet Ministères
Renforcement des capacités de recherche :
  • Augmentation du PHQ et formation du PHQ existant
Nombre et type de nouveau personnel de recherche :
  • permanent et temporaire (boursiers en perfectionnement postdoctoral et étudiants)
  • soutien scientifique et technique
Dossiers ministériels Ministères
Fonds et % allou\xC3\xA9s à la formation et aux activités connexes du PHQ Dossiers ministériels Ministères
Nombre d’employés formés (en génomique) Dossiers ministériels Ministères
Nombre d’employés du ministère travaillant à des projets de R-D en génomique financés (augmentant l’expertise acquise par la recherche) Dossiers ministériels Ministères
Progrès vers l’obtention d’une infrastructure d’avant-garde Type d’infrastructure :
  • acquise
  • adaptée
  • mise à niveau
  • maintenue
Rapports sur le projet Ministères

Fonds et % alloués à l’infrastructure

Dossiers ministériels

Ministères

Accès aux/partage des connaissances technologiques et scientifiques
  • Nombre d’articles dans des revues avec comité de lecture (sur papier ou électronique)
  • information sur les revues disponible sur demande
Rapports sur le projet Ministères
Nombre d’articles dans des comptes rendus de conférences examinés par les pairs Rapports sur le projet Ministères
Nombre de présentations sur invitation Rapports sur le projet Ministères
Nombre de rapports techniques Rapports sur le projet Ministères
Nombre de chapitres de livres Rapports sur le projet Ministères
Nombre d’autres publications Rapports sur le projet Ministères
Nombre et type de participation à des comités, conférences et réseaux nationaux ou internationaux Rapports sur le projet Dossiers ministériels Ministères
Nombre et type de bases de données, bibliothèques, etc., liés à la génomique. Rapports sur le projet Ministères
Connaissance de la génomique dans la population Présence sur le Web, nombre de visites du site Web, autres statistiques sur le site Web Analyse des statistiques de sites Web Ministères
Résultats intermédiaires
Participation accrue à des initiatives nationales et internationales en génomique Degré auquel les scientifiques des ministères participent à d’autres projets :
  • nationaux ou internationaux
  • rôle dans les projets
  • fonds mobilisés
  • nombre de partenaires
  • autres ministères, universités, secteur privé, Génome Canada ou autres
  • etc.
Information sur le projet Ministères
Autres types de participation aux initiatives de génomique nationales et internationales
  • nombre d’initiatives
  • types d’initiatives
  • rôle des ministères et des scientifiques
Dossiers ministériels Ministères
Application des résultats de la recherche pour développer des méthodes, des produits, des technologies ou des procédés novateurs ou améliorés grâce à des :
  • entreprises dérivées
  • divulgations
  • brevets actifs, demandes de brevet, brevets délivrés
  • licences délivrées
  • accords de transfert de matériel
  • accords de coopération officiels
Description de l’application des résultats de la recherche (interne et externe) et/ou des technologies transférées Dossiers ministériels Ministères
Nombre et types d’entreprises dérivées Rapports sur le projet Ministères
Nombre de divulgations Rapports sur le projet Ministères
Nombre de brevets actifs, de demandes de brevet, de brevets délivrés Rapports sur le projet Ministères
Nombre de licences délivrées Rapports sur le projet Ministères
Nombre d’accords de transfert de matériel Rapports sur le projet Ministères
Nombre d’accords de coopération officiels/de protocoles d’exploitation normalisés Rapports sur le projet Ministères
Tableau 6 : Exigences des stratégies d’évaluation des impacts et de mesure du rendement
Domaine Indicateurs d’évaluation Sources Responsabilité
Résultats immédiats
Meilleures gouvernance et coordination et meilleurs partenariats scientifiques Preuve de planification coordonnée (interministérielle et intraministérielle), approches d’établissement des priorités et de gestion (p. ex. Comité de coordination des SMA chargé de l’IRDG, Groupe de travail sur l’IRDG, liens avec le Système canadien de réglementation de la biotechnologie) Comptes rendus des réunions et des décisions, documents de planification, etc.
  • Ministères
  • Comité de coordination des SMA chargé de l’IRDG
  • Groupe de travail sur l’IRDG
Nombre d’initiatives de recherche interministérielles (tableau résumant l’initiative, la portée, le financement, le nombre de ministères engagés, la description) Information sur le projet Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Nombre de partenariats et de collaborations aux projets, notamment :
  • autres ministères
  • universités
  • organisations internationales
  • secteur privé
  • Génome Canada
Information sur le projet Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Mobilisation de fonds internes :
  • Financement des services votés et de nouvelles mesures
Dossiers ministériels Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Utilisation des fonds aux fins voulues Information sur le projet Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Autres fonds et contributions en nature par type (complémentaires de l’information précédente sur les collaborations), notamment :
  • autres ministères
  • universités
  • organisations internationales
  • secteur privé
  • Génome Canada
Information sur le projet Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Connaissance et compréhension accrues des résultats de la recherche en génomique et de ses applications possibles Degré auquel les projets ont répondu aux besoins d’information en génomique dans les ministères Comparaison des objectifs des projets par rapport aux priorités ministérielles; entrevues avec les gestionnaires des ministères Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Degré auquel les législateurs et les décideurs sont informés des projets, de leurs résultats et de leurs applications éventuelles
  • dans les ministères
  • dans les autres ministères
  • dans les autres ordres de gouvernement
  • dans les autres organisations
Entrevues avec les législateurs, les décideurs, les gestionnaires et autres Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Soutien direct et indirect des processus de réglementation, d’élaboration de politiques et de prise de décisions Degré auquel les données scientifiques liées à la génomique sont disponibles et utilisées pour l’élaboration des règlements et des politiques ainsi que pour les autres types de décisions
  • dans les ministères
  • dans les autres ministères
  • dans les autres ordres de gouvernement
Entrevues avec les législateurs, les décideurs et les autres gestionnaires, examen des comptes rendus des décisions, documents de travail, livres blancs Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Connaissance de la génomique dans la population Degré de connaissance de la génomique dans la population Sondage auprès de la population Évaluateurs
Présence sur le Web, nombre de visites du site Web, autres statistiques sur le site Web Analyse des statistiques de sites Web Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Résultats intermédiaires
Meilleurs règlements, politiques et processus décisionnels fondés sur des données scientifiques Preuve de la contribution des données scientifiques à la réglementation, à l’application des lois, aux évaluations environnementales, à la santé publique et aux discussions et décisions stratégiques
  • dans les ministères
  • dans les autres ministères
  • dans les autres ordres de gouvernement
Entrevues avec les organismes de réglementation, les décideurs et autres gestionnaires, examen des documents de discussions, livres blancs Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Participation accrue à des initiatives nationales et internationales en génomique Degré auquel les scientifiques des ministères participent à d’autres projets
  • nationaux ou internationaux
  • rôle dans les projets
  • fonds mobilisés
  • nombre de partenaires
  • autres ministères, universités, secteur privé, Génome Canada ou autres.
Information sur le projet, entrevues avec les scientifiques et les partenaires Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Autres types de participation aux initiatives de génomique nationales et internationales
  • nombre et types d’initiatives
  • rôle des ministères et des scientifiques
Dossiers ministériels, entrevues avec les représentants ministériels et les représentants des autres initiatives Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Application des résultats de la recherche pour développer des méthodes, des produits, des technologies ou des procédés novateurs ou améliorés grâce à des :
  • entreprises dérivées
  • divulgations
  • brevets actifs, demandes de brevet, brevets délivrés
  • licences délivrées
  • accords de transfert de matériel
  • accords de coopération officiels
Description de l’application des résultats de la recherche (interne et externe) et/ou des technologies transférées Dossiers ministériels Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Nombre et type de produits, d’outils et de procédés développés grâce à l’application des résultats de la recherche; description de l’utilisation Dossiers ministériels, entrevues avec les organisations bénéficiaires Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Nombre et types de citations Analyse de citations Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Compréhension par la population de la contribution importante de la génomique à la qualité de vie Changement du degré de compréhension dans la population Sondage auprès de la population Évaluateurs
Changements dans les reportages des médias Analyse du contenu des journaux, des autres publications Évaluateurs
Résultats à long terme
Meilleurs soins de santé, y compris :
  • meilleurs diagnostics et traitements
  • réduction des risques pour la santé et l’environnement
  • réduction des coûts pour la santé
Degré auquel les résultats de la recherche sont utilisés pour le diagnostic, le traitement, la prévention, etc. Études de cas, entrevues Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Impacts précis sur les soins de santé (se référer aux CGRR ministériels pour les indicateurs spécifiques) Études de cas, analyse des données secondaires sur les soins de santé Évaluateurs
Réduction des impacts sur l’environnement :
  • qualité de l’eau
  • écosystèmes aquatiques sains et productifs
  • pêches, agriculture, foresterie et aquaculture durables
Degré auquel les résultats de la recherche sont utilisés pour améliorer les règlements en matière d’environnement ainsi que les activités de détection et de surveillance de la pollution, et d’application des lois à cet égard Études de cas, entrevues Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Impacts environnementaux précis (se référer aux CGRR ministériels pour les indicateurs spécifiques) Études de cas, analyse des données secondaires sur l’environnement Évaluateurs
Meilleure compétitivité des entreprises canadiennes grâce à la :
  • diversification
  • meilleure productivité
  • réduction des coûts
  • démonstration d’une bonne gouvernance et d’activités de développement durable
Degré auquel les résultats de la recherche sont utilisés par les entreprises canadiennes Études de cas, entrevues Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Rendement des entreprises utilisant les résultats de la recherche par rapport à d’autres dans leur secteur (se référer aux CGRR ministériels pour les indicateurs spécifiques) Études de cas, analyse des données secondaires Évaluateurs
Meilleur rendement de certains secteurs grâce aux résultats de la recherche Études de cas, analyse des données secondaires Évaluateurs
Le Canada est considéré comme un participant crédible dans la recherche en génomique et ses applications Niveau de participation aux initiatives internationales Dossiers ministériels, entrevues avec les représentants ministériels et les représentants des autres initiatives Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Opinions des experts concernant la participation du Canada Recension des écrits, entrevues avec les experts Évaluateurs d’après l’information ministérielle
Niveau d’investissement public et privé dans la R-D en génomique Études de cas, analyse des données secondaires Évaluateurs
Résultat ultime
Meilleure qualité de vie en termes de santé, de sécurité, d’environnement et de développement social et économique Divers indicateurs de la qualité de vie (p. ex. meilleurs services de santé et traitements, meilleures perspectives d’emploi, amélioration du mode de vie, avantages environnementaux, etc.) Études de cas, analyse des données secondaires, études spéciales, etc. Évaluateurs

Notes de bas de page

Note de bas de page 1

Devenu les « Instituts de recherche en santé du Canada » (IRSC) – une seule allocation, au cours de l’exercice financier 1999 2000, pour aider à établir et à soutenir un secrétariat pour Génome Canada.

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