ARCHIVÉ - Rapport Annuel sur le Rendement 2011-2012

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Résumé

L’Initiative de R-D en génomique (IRDG) est un programme fédéral dont le but est de coordonner les ministères et organismes scientifiques dans le domaine de la recherche en génomique pour trouver des solutions aux questions qui revêtent de l’importance pour tous les Canadiens. Axée sur des questions qui portent sur les organismes vivants, l’Initiative contribue à trouver des solutions en vue de protéger et d’améliorer la santé humaine, de concevoir de nouvelles interventions en matière de prévention, de lutte ou de traitement des maladies chroniques et infectieuses, de protéger l’environnement et de gérer, de manière durable, les ressources agricoles et naturelles. Elle appuie les décisions fondées sur des preuves, l’élaboration de politiques, la formulation de normes et de règlements et l’innovation en matière de sciences et technologie (S-T) au Canada, conformément au rôle particulier attribué aux recherches du gouvernement fédéral.

L’IRDG est financée par cycles de trois ans : phase I (1999-2002), phase II (2002-2005), phase III (2005-2008) et phase IV (2008-2011). Depuis son financement initial en 1999, l’IRDG a contribué à l’approfondissement des connaissances sur les organismes nuisibles et les maladies touchant les cultures de blé et de canola, qui sont très importantes au Canada, à la gestion des eaux, de la forêt et des pêches, à l’identification de certaines signatures génétiques du cancer permettant des traitements plus ciblés, ainsi qu’à l’élaboration de nouvelles méthodes d’évaluation des virus, comme le virus de l’influenza, pour une meilleure distribution des vaccins. La phase V (2011-2014) continue de soutenir les recherches autorisées des ministères participants. Elle permet aussi de soutenir deux projets interministériels très coordonnés ayant des priorités et des objectifs communs : 1) l’amélioration de la salubrité des aliments et de l’eau au Canada par le biais d’une initiative fédérale intégrée en génomique, et 2) la protection de la biodiversité et des activités commerciales du Canada contre l’effet des changements climatiques par une capacité accrue à surveiller les espèces envahissantes et justiciables de quarantaine.

Le Rapport annuel sur le rendement 2011-2012 est harmonisé au Cadre de mesure du rendement élaboré pour l’IRDG en 2011. Il présente le profil du programme de l’IRDG et les résultats prévus, ses liens avec les objectifs ministériels et l’architecture des activités de programme, sa gouvernance, ainsi que ses structures de coordination et de responsabilisation. Il fait ensuite état du rendement constaté en 2011-2012 en matière de gouvernance, de recherche et développement, et de maintien de la capacité. Les annexes présentent un sommaire statistique ainsi qu’un sommaire narratif des réalisations en matière de recherche et développement pour 2011-2012.

Acronymes

liste d'acronymes
AAC Agriculture et Agroalimentaire Canada
ACIA Agence canadienne d’inspection des aliments
ADN Acide désoxyribonucléique
ADNc ADN complémentaire
ARN Acide ribonucléique
ARNm ARN messager
ASPC Agence de la santé publique du Canada
CBRNE (Initiative de recherche et de technologie) chimique, biologique, radionucléaire et explosive
CC des SMA Comité de coordination des SMA
CMH Complexe majeur d’histocompatibilité
CNRC Conseil national de recherches Canada
CORE North American Collaborative Oat Research Enterprise
COSEPAC Comité sur la situation des espèces en péril au Canada
EC Environnement Canada
ECTS Escherichia coliproductrice de toxine de Shiga
EPA Environmental Protection Agency des États-Unis
eQTL Locus à caractère quantitatif d’expression
GTI Groupe de travail interministériel
IGS Initiative en génomique et en santé
IRDG Initiative de recherche et développement en génomique
IRSC Instituts de recherche en santé du Canada
LCPE Loi canadienne sur la protection de l’environnement
MPO Ministère des Pêches et des Océans du Canada
PCR Réaction en chaîne de la polymérase
PNS Polymorphisme nucléotidique simple
QTL Locus de caractère quantitatif
RAD ADN associé à un site de restriction
R-D Recherche et développement
RNCan Ressources naturelles Canada
RT-PCR Transcription inverse – réaction en chaîne de la polymérase
SC Santé Canada
SCF Service canadien des forêts
SMA Sous-ministre adjoint
SPC Services partagés Canada
SSR Répétitions de séquences simples
S-T Sciences et technologie
STAGE Application stratégique de la génomique dans l’environnement
TOR Cible de la rapamycine
UTO Unités taxinomiques opérationnelles
VIH Virus de l’immunodéficience humaine
VMS Virus de la mosaïque du soja

Initiative de R-D en génomique – Profil du programme

L’IRDG a été établie en 1999 pour créer et maintenir une capacité de base de R-D en génomique au sein des ministères et organismes du gouvernement fédéral. Elle dispose d’un budget de 19,9 M$ par année, fondé sur un cycle de trois ans, qui est remis à : Agriculture et Agroalimentaire Canada (AAC); Environnement Canada (EC); Pêches et Océans Canada (MPO); Santé Canada (SC); Agence de la santé publique du Canada (ASPC); Conseil national de recherches (CNRC); et Ressources naturelles Canada (RNCan).

Les projets financés en vertu de l’IRDG s’articulent autour des mandats des ministères et des priorités du gouvernement et concordent stratégiquement avec les objectifs des ministères respectifs. Les recherches que finance l’IRDG visent à soutenir le mandat du gouvernement au chapitre des règlements, des politiques publiques et des activités dans des domaines aussi importants que la santé, la salubrité des aliments, la saine gestion des ressources naturelles, la durabilité et la compétitivité du secteur agricole et la protection de l’environnement, moyennant la collaboration étroite des universités et du secteur privé.

Un élément nouveau de cette phase de l’IRDG (2011-2014) réside dans la mobilisation de ressources pour des recherches concertées sur des enjeux qui dépassent le mandat d’un seul ministère. Elle appuie des projets interministériels hautement coordonnés selon des priorités et des objectifs communs. Deux projets ont été identifiés pour action prioritaire : 1) l’amélioration de la salubrité des aliments et de l’eau au Canada par le biais d’une initiative fédérale intégrée en génomique, et 2) la protection de la biodiversité et des activités commerciales du Canada contre l’effet des changements climatiques par une capacité accrue à surveiller les espèces envahissantes et justiciables de quarantaine. Tous les ministères participant à l’IRDG, ainsi que l’Agence canadienne d’inspection des aliments, ont la possibilité de participer à ces projets prioritaires communs.

Ressources

Tableau 1 : Fonds alloués (en milliers de dollars)
Ministère/organisme Phase I
1999-2002
Phase II
2002-2005
Phase III
2005-2008
Phase IV
2008-2011
Phase V
2011-2014
Total 55 000 59 700 59 700 59 700 59 700
Agriculture et Agroalimentaire Canada 17 000 18 000 18 000 18 000 15 300
Environnement Canada 3 000 3 000 3 000 3 000 2 550
Pêches et Océans Canada 2 500 2 700 2 700 2 700 2 295
Santé Canada / Agence de la santé publique du Canada 10 000 12 000 12 000 12 000 10 200
Conseil national de recherches Canada 17 000 18 000 18 000 18 000 15 300
Ressources naturelles Canada 5 000 6 000 6 000 6 000 5 100
Priorités communes - - - - 8 955
Conseil de recherches médicalesNote de bas de page1 500 - - - -

Tous les ministères ont bonifié l’IRDG en fournissant des fonds supplémentaires provenant du budget des services votés et en obtenant des fonds de leurs collaborateurs. Le tableau 2 donne un aperçu des ressources engagées en 2011-2012 pour le soutien des projets de l’IRDG et montre que les fonds ne provenant pas de l’IRDG représentent plus de deux fois les investissements de l’IRDG. Les contributions additionnelles en nature estimées à près de deux millions de dollars comprenaient le partage des plateformes technologiques, des matériaux et du savoir-faire avec divers partenaires dans des domaines de recherche qui transcendent les clivages sectoriels traditionnels.

Tableau 2 : Investissement total en soutien aux projets de l’IRDG pour 2011-2012 (000 $)
Ministère/organisme IRDG Autres sources Total
Total 19,900 19,666 39,566
Conseil national de recherches Canada
5 966 6 241 12 207
Agriculture et Agroalimentaire Canada
5 700 1 373 7 073
Santé Canada
1 900 1 805 3 705
Agence de la santé publique du Canada
1 900 3 914 5 814
Ressources naturelles Canada
1 900 2 815 4 715
Environnement Canada
950 1 360 2 310
Pêches et Océans Canada
855 1 493 2 348
Projets prioritaires communs
Espèces envahissantes et justiciables de quarantaine
399 626 1 025
Salubrité des aliments et de l’eau
330 39 369

Résultats prévus

Dans le Rapport sur les plans et les priorités de 2010-2011 du CNRC, les ministères participants ont établi un ensemble collectif de résultats prévus, soit :

  • la réalisation de progrès pertinents du point de vue commercial dans les domaines de la R-D en génomique ayant trait à la santé humaine;
  • la poursuite de recherches interministérielles concertées en fonction des priorités et des objectifs communs sur des questions qui vont au-delà des mandats des ministères individuels et offrant à l’ACIA une occasion de participer;
  • l’utilisation de la génomique pour accroître la valeur des récoltes de céréales, de canola et de légumineuses;
  • l’utilisation des connaissances et des conseils en génomique aux fins de la gestion des pêches et des océans;
  • l’utilisation des connaissances en génomique pour le système canadien de réglementation dans le domaine de la santé;
  • l’utilisation des connaissances en génomique en matière de régénération et de protection des forêts;
  • l’utilisation des connaissances en génomique afin de renforcer les programmes et les activités de santé publique liés aux maladies infectieuses et aux maladies chroniques;
  • l’amélioration de l’application des outils et des technologies de la génomique par Environnement Canada dans le cadre de la prise de décisions responsables.

Pour en arriver à ces résultats, les ministères et les organismes ont élaboré les plans et les activités de programmes de recherche suivants :

Agriculture et Agroalimentaire Canada

Les projets soutenus par l’IRDG à AAC continueront à renforcer le Projet canadien de génomique des plantes cultivées et incluront de nouveaux types clés de cultures et des activités pertinentes. Les investissements se poursuivront dans trois secteurs principaux : 1) la biodiversité, la sélection génétique et l’analyse fonctionnelle en vue de l’identification et de la sélection des gènes ayant des caractéristiques recherchées; 2) la diffusion de découvertes en génomique par le biais de la bio-informatique et d’outils physiques afin d’améliorer l’accès au matériel et aux données biologiques, et de soutenir et accélérer l’adoption et la commercialisation de nouvelles technologies; 3) l’amélioration de l’efficacité en matière de sélection des plantes. Le programme continuera à mettre l’accent sur le stress biotique et abiotique par la génomique fonctionnelle de la résistance aux maladies et aux insectes et la tolérance au stress, comme le froid, sur l’amélioration des attributs qualitatifs des céréales (blé, avoine et triticale), des oléagineux (Brassica et Arabidopsis) et des légumineuses (soja, légumineuses à grain) ainsi que sur les plateformes technologiques.

Pêches et Océans Canada

Les recherches en génomique effectuées au sein du MPO continueront dans les trois domaines suivants :

  1. Le profilage génétique des ressources aquatiques : le MPO a la responsabilité des recherches et des conseils scientifiques sur plus de 650 espèces de poissons, d’invertébrés et de mammifères. Les possibilités de développement d’outils génomiques portant sur ces espèces, et particulièrement celles représentant un problème de gestion, sont énormes ;
  2. La recherche et le développement d’approches en génomique pour des outils de diagnostic de la santé des animaux aquatiques afin de protéger les écosystèmes aquatiques : la recherche sur la santé des animaux aquatiques inclut la recherche en génomique sur la santé des animaux aquatiques tombant sous l’autorité législative du MPO. Des recherches plus approfondies sur l’intégration des approches en génomique à la santé des animaux aquatiques permettront au Canada de mieux se positionner afin de répondre aux besoins des ressources aquatiques animales et de les gérer, particulièrement dans le contexte des changements climatiques ; et
  3. La santé de l’écosystème aquatique : les approches en génomique offrent des possibilités pour accroître notre compréhension de l’écosystème aquatique et deviendront sans doute un outil important dans l’application d’une approche écosystémique visant la gestion des ressources aquatiques et celle d’écosystèmes aquatiques productifs et en santé.

Environnement Canada

Le programmeApplication stratégique de la génomique dans l’environnement(STAGE) vise à améliorer l’application, par EC, des outils et des technologies de la génomique utilisés pour soutenir les activités d’élaboration de politiques, de prise de décisions réglementaires et d’application de la loi du Ministère. Environnement Canada continuera à faire preuve de leadership en matière de génomique environnementale et à favoriser la collaboration au sein des autres ministères et des établissements externes. La recherche en génomique soutient les résultats stratégiques de l’architecture des activités de programme du Ministère, soitL’environnement naturel du Canada est conservé et restauré pour les générations actuelles et futures et Les menaces que représente la pollution pour les Canadiens ainsi que pour leur environnement sont minimisées, rencontrant ainsi les priorités stratégiques du Ministère. Cette initiative aidera EC à rencontrer ses obligations en tant que signataire et autorité de réglementation de lois et d’accords importants en matière d’environnement, tels que laLoi sur les pêches, la Politique de gestion des substances toxiques, le Plan de gestion des produits chimiques, et la Loi canadienne sur la protection de l’environnement.

Les priorités de recherche pour le programme STAGE pour 2012-2014 ont été ainsi approuvées par le Ministère en mars 2012 : renforcer les modèles de prévision(p. ex. les outils pour traiter du transport, du devenir, des effets, et des risques des facteurs chimiques, biologiques et physiques qui influent sur les organismes, la biodiversité, la dynamique des écosystèmes et la disponibilité de l’eau); comprendre et surveiller les écosystèmes(des outils pour comprendre et surveiller les écosystèmes aquatiques et terrestres); comprendre les risques et incidences cumulatifs(p. ex. des outils pour comprendre et prévoir les incidences et les risques cumulatifs sur la santé des écosystèmes provenant de plusieurs facteurs de stress interdépendants); et  gérer les risques environnementaux(p. ex. des outils pour gérer les risques environnementaux liés aux polluants chimiques, biologiques, physiques et génétiques).

Santé Canada

La recherche en génomique continuera à mettre l’accent sur quatre secteurs d’investissements prioritaires visant à renforcer le rôle de réglementation du Ministère :

  1. La connaissance de la réglementation sur les produits thérapeutiques et biologiques : des études seront menées pour identifier les biomarqueurs associés à l’évaluation de sûreté des produits de santé;
  2. La connaissance de la réglementation sur la sécurit\xC3\xA9 alimentaire et la nutrition : des recherches en génomique seront menées afin de détecter les contaminants d’origine alimentaire, de caractériser les effets des contaminants alimentaires, des nutriments, des nouveaux aliments et ingrédients alimentaires, ainsi que des prébiotiques et probiotiques en vue d’améliorer les décisions réglementaires, et afin d’élaborer des biomarqueurs destinés à surveiller les réactions cellulaires et physiologiques dans un contexte de sensibilité nutritionnelle et de sensibilité à la maladie dans des populations définies;
  3. La connaissance de la réglementation visant à protéger la santé humaine des effets néfastes possibles des contaminants environnementaux, des produits de consommation et des pesticides : la recherche mettra l’accent sur l’évaluation efficace et rentable des risques liés aux contaminants environnementaux, des risques pour la santé des travailleurs, et des risques liés aux pesticides et aux produits de consommation; et
  4. La recherche sur les effets socioéthiques des technologies et produits de la génomique : de meilleures pratiques sur la bioéthique et le partage des avantages seront élaborées pour la recherche génétique, comprenant des études sur les enjeux éthiques, juridiques et sociaux de la génomique visant à aborder l’utilisation d’échantillons d’ADN dans un but de recherche.

Conseil national de recherches Canada

L’Initiative en génomique et en santé (IGS) du CNRC vise surtout la génomique et les technologies liées à la santé – des technologies habilitantes clés soutenant le CNRC et les priorités fédérales en matière de santé, d’énergie et d’environnement. L’IGS fournit un mécanisme permettant d’orienter les compétences multidisciplinaires et les technologies convergentes dans les instituts de recherche du CNRC tout en veillant à ce que les projets de recherche répondent aux besoins du marché et aux possibilités d’affaire pour les entreprises canadiennes.

L’IGS compte quatre objectifs principaux :

  1. Convertir les connaissances techniques et scientifiques acquises dans le cadre de la recherche en santé et en génomique en mieux-être social et économique pour le Canada;
  2. Créer et utiliser de nouvelles technologies en génomique et en santé afin de contribuer à la compétitivité internationale de l’industrie canadienne dans des secteurs clés (p. ex. la biopharmaceutique et l’agriculture);
  3. Soutenir les réseaux d’innovation régionaux, nationaux et internationaux en génomique et en santé et y participer en veillant sur la coopération et l’intégration au sein des instituts du CNRC et avec des partenaires externes de l’industrie, des universités, des ministères et d’autres organismes de recherche; et
  4. Promouvoir l’excellence dans la gestion et l’imputabilité des programmes de recherche horizontale.

Ressources naturelles Canada

La recherche en génomique s’intéresse aux difficultés auxquelles se heurte l’industrie forestière canadienne afin d’utiliser le savoir acquis pour lancer des innovations commerciales. La capacité et le savoir-faire du Canada en génomique des forêts combleront les besoins du secteur forestier en permettant :

  1. l’identification de gènes porteurs de caractéristiques importantes sur le plan commercial comme la qualité du bois, la rapidité de croissance des arbres et leur résistance aux maladies, ce qui procurera aux généticiens forestiers la capacité de sélectionner des spécimens d’arbres de qualité supérieure parmi des plants n’ayant encore qu’un an;
  2. le développement de technologies moléculaires novatrices qui permettront d’identifier des organismes nuisibles potentiellement invasifs ou de diagnostiquer leur présence;
  3. l’approfondissement de notre compréhension des interactions entre hôtes et organismes nuisibles et hôtes et microorganismes bénéfiques pour le développement de méthodes écologiques de gestion des forêts, y compris les méthodes de contrôle biologique; et
  4. la recherche de solutions bioénergétiques grâce à un produit de base amélioré ou à de nouvelles méthodes enzymatiques et à des bioproduits à valeur ajoutée connexes.

Agence de la santé publique du Canada

Pour la phase V, l’ASPC a choisi des projets de recherche ciblant des enjeux à haute priorité dans les domaines des maladies infectieuses et des maladies chroniques. Les projets liés aux maladies infectieuses portent sur des enjeux prioritaires tels que l’accroissement de nos connaissances touchant l’apparition d’agents pathogènes bactériens résistants aux médicaments ainsi que l’apparition et la réapparition d’agents pathogènes comme le virus d’Ebola et la bactérieMycobacterium tuberculosis. L’ASPC dirige aussi le support de l’IRDG vers d’autres priorités comme la salubrité alimentaire, la mise en œuvre de réseaux de santé publique surveillant et combattant les agents pathogènes d’origine alimentaire afin de déployer des outils innovateurs visant une caractérisation rapide et exacte des agents pathogènes menant à de meilleures mesures correctrices face aux agents pathogènes d’origine alimentaire. En outre, les chercheurs de l’ASPC élaborent des processus bio-informatiques automatisés pour l’analyse des séquences génomiques. Les outils créés fourniront aux chercheurs de l’ASPC, aux partenaires de la sant\xC3\xA9 publique et aux chercheurs des autres ministères fédéraux les méthodes nécessaires pour traiter des données génomiques florissantes pouvant maintenant être générées plus rapidement qu’elles ne peuvent être analysées. L’effet de l’état nutritionnel sur le développement et l’effet des maladies chroniques est à l’étude dans le cadre d’autres projets de l’IRDG à l’ASPC. Notamment, les chercheurs étudient les effets de la vitamine D sur le développement du diabète de type 2 et le rôle que les variations du métabolisme du folate jouent dans les risques liés aux maladies chroniques. Les projets de l’IRDG à l’ASPC mettent en pratique les approches de la génomique afin de générer une connaissance de pointe visant à faciliter la prise éclairée de décisions liées à la santé publique et à élaborer des outils innovateurs face aux besoins en matière de santé publique du gouvernement fédéral et de ses partenaires provinciaux.

Priorités communes

Le projet deprotection de la biodiversité et des activités commerciales du Canada contre l’effet des changements climatiques par une capacité accrue à surveiller les espèces envahissantes et justiciables de quarantaine(le projet des espèces envahissantes et justiciables de quarantaine) vise à mettre au point des outils de diagnostic basés sur les codes à barres d’ADN en vue de la détection rapide, de la surveillance et de la gestion de centaines d’espèces, en mettant l’accent sur les espèces justiciables de quarantaine. Ce projet est coordonné par AAC et regroupe l’ACIA, le MPO, EC, RNCan et le CNRC. Le projetd’amélioration de la salubrité des aliments et de l’eau au Canada par le biais d’une initiative fédérale intégrée en génomique(le projet de la salubrité des aliments et de l’eau) vise à élaborer des méthodes génomiques plus rapides et moins coûteuses aux fins d’isolement, de détection et de caractérisation des agents pathogènes, et de création d’une base de données intégrée à l’échelle fédérale pour gérer, conserver et consulter des données génomiques et l’information pertinente liées aux agents pathogènes d’origine alimentaire et hydrique, en mettant l’accent sur les bactériesEscherichia colietSalmonellaEnteritidis. Le projet est coordonné par SC et regroupe AAC, l’ACIA, EC, le CNRC et l’ASPC.

Harmonisation avec les priorités gouvernementales

L’IRDG cherche à appuyer des décisions fédérales de plus en plus complexes et fondées sur des preuves en matière de réglementation et de politiques, selon les mandats respectifs des ministères et organismes participants; elle soutient aussi l’élaboration de nouvelles normes et politiques. L’IRDG concentre ses activités dans des secteurs où le gouvernement est le plus en mesure d’atteindre des résultats, dans le champ d’action spécifique de la recherche fédérale tel que décrit dans le cadre fédéral de politiques scientifiques (Stratégie en matière de sciences et technologie [S-T], 2007). L’IRDG vise en outre à renforcer la capacité de prévoir les besoins de la population canadienne et d’y répondre, en ce qui a trait aux domaines de responsabilité gouvernementale, comme la santé publique, l’économie et l’environnement. Par exemple, la recherche financée par l’IRDG a :

  1. permis la création et l’utilisation de séries de données de génomique pour la gestion en temps réel la plus intensive au monde de la pêche de stocks mélangés, permettant ainsi d’améliorer la conservation du saumon du Pacifique, une espèce menacée, tout en prélevant des stocks plus abondants de façon durable;
  2. mené à la mise au point de méthodes de détection de contamination des eaux pour la gestion des ressources en eau par les gouvernements municipaux et provinciaux; et
  3. produit une méthode d’identification de la Salmonella qui permet de réduire les coûts de 70% et fait passer le temps d’identification de 4 jours à 7 heures. Les gouvernements provinciaux et municipaux utilisent aussi des connaissances générées par l’IRDG pour gérer les ressources publiques.

Les projets financés par l’IRDG s’articulent autour des mandats des ministères et des priorités du gouvernement et concordent stratégiquement avec les objectifs des ministères respectifs.

Toutes les activités de recherche et d’innovation d’AAC (notamment celles de l’IRDG) appuient directement l’atteinte de résultats de recherche prioritaires. Grâce au financement de l’IRDG, AAC a réussi à renforcer le Projet canadien de génomique des plantes cultivées en investissant dans la phytogénomique et dans la création d’équipes pluridisciplinaires dans l’ensemble du Canada. Sous le portfolio de l’agriculture, l’ACIA participera aux projets partagés pour appuyer son mandat de réglementation, et bénéficiera de l’intégration interministérielle de fonctions communes.

La coordination nationale des recherches en génomique au MPO est assurée par le Programme national de R-D en biotechnologie aquatique et en génomique. Ce programme appuie les recherches en génomique qui ont un lien direct avec des secteurs maritimes et des pêches prospères sur le plan économique, soit l’un des trois piliers de l’architecture des activités de programme du Ministère.

L’IRDG a permis de jeter les bases des objectifs stratégiques suivants d’EC : L’environnement naturel du Canada est conservé et restauré pour les générations actuelles et futures et Les menaces que représente la pollution pour les Canadiens ainsi que pour leur environnement sont minimisées, objectifs définis dans l’architecture des activités de programmes d’EC. Environnement Canada mène ses activités de recherche en génomique par l’entremise de son programme STAGE.

L’IRDG à SC contribue à produire des connaissances nécessaires à la réglementation fructueuse des technologies liées à la santé et à l’alimentation. Le Plan des sciences du Ministère décrit la contribution des recherches en génomique à l’amélioration de l’élaboration des politiques et de la réglementation, en plus d’éclairer et de mobiliser le public au sujet des nouvelles technologies et d’épauler les efforts déployés par SC pour harmoniser les politiques à l’échelle nationale et internationale. L’IRDG vise un certain nombre d’objectifs stratégiques en vertu de l’activité de programmeQuestions de santé émergentes.

L’Initiative en génomique et en santé (IGS) est la plus importante initiative horizontale de R-D du CNRC et elle appuie l’un des deux résultats stratégiques du CNRC : Progrès des technologies novatrices et amélioration de la capacité d’innovation dans des secteurs industriels ciblés et dans les domaines prioritaires nationaux. Pour y parvenir, l’IGS contribue aux activités opérationnelles en vertu des technologies de la santé et des sciences de la vie qui appuient les priorités canadiennes de R-D en santé (maladies chroniques et secteur de l’agroalimentaire), en énergie (biocarburants) et en environnement (technologies environnementales et produits dérivés).

Au Service canadien des forêts (SCF) de RNCan, l’IRDG a jeté les fondements qui contribuent à l’atteinte du résultat stratégique Compétitivité économiqueet à l’activité de programme Possibilités économiques pour les ressources naturelles. L’IRDG contribue au résultat visé par le SCF :Favoriser l’innovation dans le domaine des produits forestiers. D’importantes quantités de données, d’infrastructures et de collaborations qui autorisent des applications pratiques résultent de ces fondements.

Au sein de l’ASPC, les projets financés par l’IRDG appuient les résultats stratégiques globaux qui consistent à promouvoir la santé, à réduire les inégalités dans le domaine de la santé et à prévenir et à atténuer les blessures et les maladies. Les chercheurs créent des outils novateurs qui mettent en application les technologies génomiques et bio-informatiques pour des interventions plus efficaces en matière de santé publique visant les maladies infectieuses et les maladies chroniques. En outre, l’IRDG génère une connaissance scientifique de pointe visant à soutenir la prise de décisions liées à la santé publique et l’élaboration de programmes. En favorisant la collaboration et le transfert de connaissances parmi les professionnels de la santé publique œuvrant au sein d’organisations fédérales, provinciales, territoriales, municipales et non gouvernementales, l’IRDG facilite l’intégration d’information fiable et à jour dans le processus de prise de décisions et les interventions en matière de santé publique à tous les niveaux à l’échelle du Canada. L’élaboration et l’application des sciences de la santé publique de pointe et d’outils pour permettre des essais spécialisés en laboratoire et offrir des services de référence qui contribueront à une amélioration de la santé publique et des interventions face aux risques de santé émergents relèvent directement de l’activité de programmeSciences et technologie pour la santé publique.

Le cadre de la politique scientifique fédérale est actuellement fourni parRéaliser le potentiel des sciences et de la technologie (S-T) au profit du Canada(ci-après la Stratégie en matière de S-T), stratégie publiée par le gouvernement fédéral en mai 2007 qui vise à positionner le Canada pour qu’il assume un leadership mondial au chapitre des connaissances. L’IRDG vise à favoriser la S T canadienne de trois façons (avantage entrepreneurial, avantage humain et avantage du savoir), grâce à l’emphase mise sur la production de connaissances pour la prise de décisions axée sur les faits, le recrutement et la formation de personnel hautement qualifié, et d’importantes collaborations avec le milieu académique et le secteur privé pour livrer des résultats concrets. Cette approche est en harmonie avec la vision présentée dans la Stratégie en matière de S-T concernant la recherche qui devrait être réalisée dans les laboratoires des ministères fédéraux. Celles-ci doivent produire des connaissances qui contribuent à appuyer les mandats du gouvernement, à formuler des normes et des règlements, à faciliter la prise de décisions et l’élaboration de politiques fondées sur des preuves et à développer des applications novatrices liées aux principaux objectifs des politiques publiques fédérales dans tous les secteurs des sciences de la vie. Les recherches transformationnelles visent à appuyer les besoins compétitifs et la rentabilité économique des entreprises canadiennes, notamment des petites et moyennes entreprises. L’IRDG appuie les organismes de réglementation fédéraux dans leur évaluation des données sur la génomique, de même que les activités de sensibilisation qui facilitent l’accès à des renseignements clairs et exacts sur la R-D en génomique.

Gouvernance, coordination et responsabilisation

Les ministères ont une responsabilité verticale en ce qui concerne le pouvoir d’accomplir leur mandat et de dépenser les ressources. La responsabilisation est donc souvent considérée comme un obstacle important à la gestion des programmes à frais partagés qui visent un but collectif bien précis. En effet, les programmes auxquels plusieurs ministères prennent part afin d’atteindre des objectifs communs posent des difficultés particulières quand vient le temps d’établir les priorités et de partager les ressources.

Afin d’assurer la saine gestion de l’IRDG, le cadre de gouvernance interministériel qui a été mis en place sous l’autorité du CNRC pour les phases précédentes de l’IRDG continuera d’être utilisé pour surveiller la coordination collective de l’Initiative. La structure de gouvernance de l’IRDG comprend trois éléments principaux : un comité de coordination des SMA, un groupe de travail interministériel et un bureau de coordination, avec l’aide de comités consultatifs spéciaux lorsque surgissent des besoins d’expertise particuliers.

Comité de coordination des sous ministres adjoints (CC des SMA)

Un Comité de coordination interministériel de SMA, présidé par l’organisme responsable (CNRC), se compose de représentants de chacun des organismes financés, de l’ACIA ainsi que de représentants invités provenant d’Industrie Canada et de Génome Canada. Le Comité est responsable de l’orientation stratégique globale de l’IRDG et de l’approbation des priorités en matière d’investissement. Il veille à la mise en place de mécanismes efficaces d’établissement des priorités dans les ministères ainsi qu’à l’atteinte des objectifs et au respect des priorités du gouvernement. Il veille aussi à ce que des principes de gestion communs soient appliqués à l’IRDG et à ce qu’une collaboration entre les divers organismes soit favorisée dans la mesure du possible. Le Comité se réunit habituellement trois fois par année à la convocation du président, et plus souvent si des décisions doivent être prises.

Groupe de travail interministériel (GTI)

Un GTI sur l’IRDG appuie les travaux du CC des SMA. Il est présidé par l’organisme responsable (CNRC) et les membres, de niveau Directeur, proviennent de tous les ministères et organismes participants, de l’ACIA et d’Industrie Canada. Il a pour mandat de formuler, à l’intention du CC des SMA, des recommandations et des conseils stratégiques au sujet de l’établissement des priorités stratégiques et de la gestion globale de l’IRDG. Il voit également à fournir une orientation aux activités menées dans le cadre de l’IRDG en ce qui concerne la prestation opérationnelle, la planification de la mise en œuvre et l\xE2\x80\x99établissement des priorités en matière d’investissement. Le GTI appuie par ailleurs les impératifs d’évaluation et de rapports au sujet de l’IRDG. Il se réunit environ tous les deux mois, plus souvent si cela est justifié par des besoins particuliers de recommandations et de conseils, ainsi que pour élaborer le Rapport annuel sur le rendement de l’IRDG.

Fonction de coordination de l’IRDG

Une fonction de coordination de l’IRDG est intégré au CNRC, l’organisme responsable. Elle permet d’assurer la coordination du programme, la communication, le réseautage et la diffusion à l’échelle de l’IRDG. Elle offre un soutien au CC des SMA et au GTI sur l’IRDG. Elle permet de communiquer de façon transparente et efficace aux ministères des renseignements sur le cycle de planification, les exigences des processus, l’administration financière et d’autres exigences en matière de gestion de projet. Elle appuie en outre la planification et la mise en œuvre de projets communs interministériels. Cette fonction permet également d’effectuer des études et des analyses dont les données serviront à déterminer les priorités de recherche de l’IRDG et d’offrir du soutien à la gestion et à l’administration, ainsi qu’à la gestion, à l’établissement de rapports, à l’évaluation et à la communication en matière de rendement. La fonction de coordination sera financée par la partie de l’IRDG destinée aux priorités communes.

Mécanisme de consultation

Un mécanisme de consultation est nécessaire surtout lorsqu’il faut consulter des intervenants et d’éventuels utilisateurs en vue de répondre à leurs besoins au moment de planifier les projets et d’obtenir des conseils stratégiques sur les priorités. Il existe plusieurs façons de consulter les intervenants, dont la planification d’ateliers, des rencontres en personne avec les intervenants et les utilisateurs et la création de comités spéciaux lorsque des besoins particuliers surgissent (par exemple, pour donner des conseils sur des fonctions communes pour l’IRDG).

Cadre de stratégie de mesure du rendement

De concert avec le concept moderne de fonction de contrôle mettant l’accent sur des systèmes de contrôle basés sur les résultats, un cadre stratégique horizontal pour la mesure du rendement a été mis sur pied en 2011 pour l’IRDG afin de donner un caractère officiel à l’engagement des huit ministères et organismes participants en ce qui a trait aux exigences relatives à l’évaluation et la responsabilisation associées à l’Initiative. Un survol du cadre de stratégie pour la mesure du rendement est présenté à l’annexe B, ainsi que le modèle logique qui représente l’ensemble des objectifs de l’IRDG, menant à la mise en œuvre et à l’application des connaissances et des outils générés pour la prise de décisions en matière de politique et de réglementation, pour se prononcer sur les priorités en matière de politiques publiques clés, ainsi que pour appuyer l’innovation dans le secteur privé.

Rendement

Gouvernance

L’exercice 2011-2012 marque la première année des programmes de la phase V. Cependant, le financement n’a été obtenu qu’après des retards considérables, ce qui a compliqué le recrutement de personnel hautement qualifié et la mise en place de nouveaux projets. Les ministères et les organismes ont aussi dû faire face à l’incertitude quant aux examens stratégiques et opérationnels, et aux restructurations. Néanmoins, des décisions touchant la gestion de la trésorerie au sein des ministères et des organismes, et dans certains cas la poursuite des activités de la phase IV pendant une année, ont permis de poursuivre la recherche.

Coordination interministérielle de l’IRDG

Le document intitulé Cadre de gouvernance de la phase V de l’Initiative de R-D en génomique (IRDG)a été élaboré afin de fournir un cadre de gestion pour l’IRDG, et a été approuvé par le CC des SMA le 23 novembre 2011. Il traite des principes de l’IRDG, des critères de prise de décisions, de la gouvernance, la coordination et la responsabilisation, des structures de soutien et leur mandat. Il présente un diagramme de décisions et des processus pour les projets prioritaires communs interministériels, des mesures d’atténuation de risques, et il donne un aperçu des engagements liés à l’IRDG pour 2011-2014.

Le document intitulé Initiative de R-D en génomique (IRDG) phase V - Meilleures pratiques pour la recherche s’inscrivant dans le cadre des mandats ministérielstraite des structures de gouvernance élaborées par les ministères pour être en mesure de gérer et d’effectuer la recherche financée par l’IRDG, ainsi que des processus de sélection et d’approbation des projets. Il comprend aussi une gamme de gabarits qui proviennent de processus existants, et qui offrent des exemples des meilleures pratiques. Il a été approuvé par le CC des SMA le 20 février 2012.

Le document intitulé Document parallèle à la Stratégie de mesure du rendement pour l’Initiative de R-D en génomique (IRDG)– Données à recueillir en vue des rapports de rendement annuel donne des lignes directrices sur la cueillette des données nécessaires pour les indicateurs de rendement ainsi que pour améliorer le suivi du rendement et la préparation des rapports. Il offre une explication des exigences du rapport de rendement annuel qui permet aux ministères d’avoir une approche cohérente et commune, et il a été approuvé par le GTI sur l’IRDG le 30 mars 2012.

Quatre réunions du CC des SMA et 14 réunions du GTI sur l’IRDG ont été tenues pour prendre des décisions communes en temps opportun.

Des réunions de planification et des ateliers interministériels ont été organisés pour l’élaboration des projets prioritaires communs. Des directeurs de recherche et des chercheurs principaux ont participé à ces rencontres visant à identifier des objectifs spécifiques, ainsi que des chercheurs principaux pouvant diriger l’élaboration de propositions de projets détaillées, incluant des plans de travail et des plans de dépenses. Des gabarits, des directives et un soutien logistique et financier ont été fournis pour les processus d’élaboration des projets et d’examen par des pairs, et des accords de financement ont été mis en place selon les mandats de projets approuvés par le CC des SMA.

Sous la direction du CC des SMA, le GTI de l’IRDG a commandé un sondage en ligne destiné aux ministères participants pour identifier les forces, ainsi que les lacunes, les besoins et les modèles de collaboration possibles en rapport avec la bio-informatique et la recherche informatique. Le sondage a été achevé en décembre 2011 et a permis d’identifier des domaines clés pouvant être renforcés qui sont liés à : l’infrastructure, la durabilité, l’intégration des données, les données de référence, les logiciels interopérables, les approches normalisées et le besoin de politiques gouvernementales en TI plus flexibles.

Le sondage a été suivi par l’organisation d’un atelier interministériel en bio-informatique, tenu à Ottawa le 28 mars 2012, et ayant pour objet de discuter des modèles opérationnels à venir à la suite de la création de Services partagés Canada (SPC). Les projets en génomique dépendent grandement de la bio-informatique. Par exemple, tôt dans leur exécution, les deux projets prioritaires communs doivent s’assurer de la collaboration entre leur sous-projet en bio informatique et d’autres sous-projets afin de créer rapidement une cyberplateforme pour gérer, emmagasiner et analyser des données. La mise sur pied de SPC a aussi soulevé des inquiétudes sur la capacité des équipes de projet de l’IRDG à réaliser leurs engagements. Elle apporte par ailleurs une occasion unique d’améliorer la capacité de calcul scientifique au sein du gouvernement, grâce à une stratégie et une solution de recherche informatique conçues dans le cadre d’une collaboration entre SPC et l’équipe ministérielle de recherche informatique. Le nombre de participants à la rencontre s’est élevé à 65, dont plusieurs cadres supérieurs de Services partagés Canada. Au cours de l’atelier, SPC s’est engagé à travailler avec la communauté scientifique à titre de collaborateur et partenaire plutôt qu’à titre de fournisseur de services, formant ainsi la base d’une relation de travail. Un rapport a été préparé et envoyé à tous les participants, et a été présenté au CC des SMA de l’IRDG.

Recherche autorisée

Les ministères ont renouvelé leurs orientations stratégiques et tenu des concours pour allouer des fonds à de nouveaux projets, en veillant à maintenir un portefeuille équilibré, selon les pratiques mises en place pour définir les priorités, soutenir la coordination ministérielle et choisir des projets qui permettent d’aborder les priorités identifiées et où les scientifiques du gouvernement ont une expertise reconnue. Les ministères et les organismes encadrent leurs programmes d’IRDG à l’intérieur de programmes existants en harmonie avec les résultats stratégiques, les activités et les sous-activités définis dans leur architecture des activités de programme.

Bien que l’approche de gouvernance varie selon le ministère, tous les projets de recherche ont été approuvés à l’interne selon les processus d’approbation officiels.

Priorités communes

Pour la phase V de l’IRDG, le CC des SMA a envisagé de dédier une portion des fonds à un ou deux projets qui se pencheraient sur des priorités partagées. La répartition des fonds se ferait selon des forces et activités existantes, et soutiendrait les contributions spécifiques des ministères aux projets sélectionnés, sur la base d’une approche de collaboration. Une approche purement interministérielle a été utilisée pour l’élaboration des projets prioritaires communs. Le GTI sur l’IRDG a proposé des options de projets, et dix domaines thématiques ont été élaborés sur la base de synergies potentielles entre les ministères, et consolidés lors d’un atelier scientifique d’une journée.

Ces thèmes ont été analysés à l’aide de critères décisionnels préétablis, à la suite de quoi le CC des SMA a choisi de donner suite à deux d’entre eux :

  1. Capacité améliorée de détecter, diagnostiquer, et faire le suivi d’organismes microbiens pour assurer un approvisionnement durable en eau et en nourriture sécuritaires et saines pour consommation humaine ;
  2. Capacité améliorée de détecter, identifier et comprendre la diversité biologique canadienne pour préparer les ressources Canadiennes, tant naturelles que gérées, au changement planétaire.

Sur la base de ces directives, la communauté de recherche de l’IRDG s’est organisée pour élaborer des propositions détaillées de projet. Ces propositions ont ensuite été présentées au GTI de l’IRDG et au CC des SMA pour approbation avant la dernière étape de préparation. Ensuite, les propositions révisées ont été soumises à un examen scientifique par des pairs de l’extérieur pour valider les approches scientifiques proposées, pour assurer un contrôle de la qualité, et pour apporter des améliorations. Les commentaires des pairs ont été intégrés dans les propositions avant que celles-ci ne soient converties en chartes de projet officielles, approuvées par le CC des SMA.

Les chartes de projet définissent les objectifs, les étapes et les livrables de la recherche, établissent les responsabilités et les attentes en matière de rendement, fixent les étapes, proposent les ressources, établissent des réseaux de communication et servent à démontrer les résultats et les progrès.

La charte du projet de protection de la biodiversité et des activités commerciales du Canada contre l’effet des changements climatiques par une capacité accrue à surveiller les espèces envahissantes et justiciables de quarantaine (le projet des espèces envahissantes et justiciables de quarantaine) a été approuvée par le CC des SMA le 10 janvier 2012. La charte du projet d’amélioration de la salubrité des aliments et de l’eau au Canada par le biais d’une initiative fédérale intégrée en génomique (le projet de la salubrité des aliments et de l’eau) a été approuvée par le CC des SMA le 15 mars 2012.

Recherche et développement

Les activités de recherche et développement constituent la pierre angulaire de cette initiative pour aborder les priorités, soutenir les mandats gouvernementaux, fournir des renseignements appuyant des décisions en matière de politique et réglementation, et promouvoir l’innovation. Toutes les activités entourant le déroulement de la R-D, le transfert des technologies et des résultats aux parties intéressées pour leur mise en œuvre et leur application, de même que la diffusion de ces résultats, sont des éléments essentiels pour avoir un impact, et sont ainsi incluses dans le cadre d’évaluation du rendement.

Les résultats scientifiques directs qui ont été réalisés en 2011-2012 et les indicateurs quantitatifs d’évaluation du rendement sont présentés à l’annexe 2 par ministère et organisme pour ce qui a trait aux collaborations, aux contributions scientifiques, aux communications, au transfert des connaissances et de la technologie, ainsi qu’aux outils et processus de recherche. Les grandes lignes des résultats réalisés en 2011-2012 par rapport aux résultats prévus sont présentées à l’annexe 3, et l’annexe 4 présente une liste des outils et processus de recherche élaborés sous l’IRDG.

Maintien de la capacité

Personnel hautement qualifié

En 2011-2012, l’IRDG a soutenu le travail de 258 scientifiques et techniciens, 62 titulaires d’une bourse de recherche postdoctorale, 110 étudiants (Ph.D., M.Sc., B.Sc. et participant au programme d’enseignement coopératif) et 4 agents administratifs, pour un total de 634 techniciens et chercheurs. L’annexe 2 offre des détails supplémentaires présentés par ministère.

Installations

Les ministères ont continué à investir dans les infrastructures de base, et des fonds ont été alloués pour l’achat, l’entretien et la mise à niveau d’équipement de laboratoire.

Ainsi, à AAC, des contrats de services ont été accordés pour l’entretien de l’équipement de spectrométrie de masse et de microscopie électronique à transmission. Un séquenceur de nouvelle génération Illumina a aussi été acheté.

Au MPO, le fabricant des analyseurs génétiques (2 - ABI 3130xl) entretient et répare les appareils au besoin; l’un des instruments a été réparé en 2011-2012 en raison d’une défectuosité de communication du logiciel. L’équipement suivant a été acquis : un appareil Bioruptor, un appareil BioAnalyzer, un incubateur de larves, un robot de manipulation des liquides (epMotion 5070), un appareil Tissue Lyser et des semi-conducteurs pour l’appareil Ion Torrent.

À SC, des fonds de l’IRDG ont été utilisés pour le maintien de la capacité bioanalytique du Bureau de la surveillance des aliments et de l’intégration scientifique. Des articles non immobilisés comprenant de l’équipement informatique, des logiciels et des licences pour des applications, ont été achetés afin de mettre à jour et accroître la capacité d’analyse des données génomiques. De même, des articles non immobilisés comprenant de l’équipement informatique et des licences pour des applications, ont été achetés pour l’infrastructure de protéomique. Le groupe de recherche sur les questions liées à la santé environnementale utilise des installations de fabrication de puces à ADN à la fine pointe de la technologie incluant : un lecteur de puces Agilent avec les logiciels et l’équipement de laboratoire s’y rattachant, un bioanalyseur Agilent, un spectrophotomètre Nanodrop, deux machines à PCR CFX en temps réel, le logiciel d’analyse de puces à ADN GeneSpring Gx, le logiciel Ingenuity Pathway Analysis, le logiciel NextBio, et un laboratoire d’informatique central comprenant deux stations de travail haut de gamme (T7500) et trois serveurs Dell R-900. Deux ordinateurs MacBook Pro ont été achetés afin de permettre l’analyse des séquences obtenues par les nouvelles technologies et l’utilisation de logiciels Unix d’exploitation libre. Un système de PCR en temps réel à haut débit ViiA 7 a été acheté pour constituer la capacité nécessaire à l’analyse d’échantillons nombreux pour les projets de l’IRDG de la Direction des aliments. Un laser jaune-vert a été ajouté au cytomètre de flux pour en accroître la sensibilité afin de détecter les biomarqueurs des cellules souches mésenchymateuses présents en très petite quantité sur la surface cellulaire. Ce nouveau laser rend aussi l’instrument compatible avec le nouvel équipement d’isolement cellulaire nécessaire à la validation des biomarqueurs des cellules souches mésenchymateuses.

Au CNRC, l’IRDG a continué à investir dans les installations essentielles : de l’équipement de protéomique et pour la fabrication de puces à ADN. Ces installations soutiennent les projets du CNRC-IGS par des activités de recherche et des services axés sur les besoins des clients à l’aide de technologies à la fine pointe. Les fonds annuels sont versés pour le fonctionnement et l’équipement de chacune des installations avec des dépenses d’environ 43 k$. La plus grande partie des fonds a été utilisée pour les salaires. Il n’y a eu aucune acquisition d’immobilisations majeure, et le total des dépenses en immobilisations mineures, de 13,5 k$, a servi à de l’équipement informatique.

À RNCan, de l’équipement de laboratoire a été acquis, dont une enceinte de préparation de PCR, une centrifugeuse, un bain à sec chaud-froid, un appareil d’électrophorèse, des appareils de PCR en temps réel et une plateforme de bioinformatique.

À l’ASPC pour le séquençage des génomes bactériens, on utilise un pyroséquençage avec un appareil Roche GS combiné à un séquençage de plus grande port\xC3\xA9e et de moindre coût réalisé au moyen d’un appareil Illumina GAIIx. En 2011, la mise à jour du système a augmenté la capacité de pyroséquençage de l’ASPC, permettant maintenant de lire des séquences de 1000 bases. La caractérisation et la comparaison des génomes bactériens sont facilitées par des outils de bioinformatique qui produisent des graphiques tels que des cartes thermiques et des atlas BLAST. L’ASPC analyse la diversité des pathogènes génomiques grâce à une gamme d’outils de visualisation créés ou perfectionnés dans ses services. De plus, l’ASPC continue à maintenir et à améliorer l’environnement de calcul de haute performance nécessaire à la bioinformatique génomique. Le laboratoire de lutte contre les zoonoses d’origine alimentaire (Lethbridge) a acquis un super-ordinateur personnel de traitement graphique permettant l’assemblage et l’analyse de séquences génomiques. L’infrastructure informatique est gérée par des professionnels et offre des services de réseaux complets, dont le contrôle de l’accès des utilisateurs, des signaux encodés, des systèmes de détection et de prévention des intrusions, des pare-feu et des systèmes de surveillance de réseaux.

Pour le projet sur les les espèces envahissantes et justiciables de quarantaine, une table anti-vibrations et un système Applied Biosystems StepOnePlus avec thermocycleur pour la PCR classique et la PCR en temps réel ont été achetés. Le financement de ce projet a eu pour effet de catalyser un investissement coordonné de plus grande envergure pour l’infrastructure bioinformatique. On a acheté 13 serveurs afin de former une nouvelle grappe de terminaux de calcul liés à une unité de stockage (108 TO) en vue de rencontrer les besoins de l’IRDG et ceux d’autres projets bioinformatiques. Un nouveau centre de design et de formation destiné à la biodiversité et la bioinformatique pouvant accueillir de 15 à 18 bio-informaticiens a été construit.

Annexe A

Annexe 1 – Projets de l’IRDG et fonds alloués par l’IRDG

Projets de l’IRDG et fonds alloués par l’IRDG
Fonds de l’IRDG ($) Titre du projet
Espèces envahissantes et justiciables de quarantaine
398 791 Protection de la biodiversité canadienne et des échanges commerciaux contre les retombées des changements mondiaux par une augmentation de la capacité de surveiller les espèces envahissantes et justiciables de quarantaine
Salubrité des aliments et de l’eau
327 064 Accroissement de la salubrité des aliments et de l’eau au Canada grâce à une initiative fédérale intégrée en génomique
Agriculture et Agroalimentaire Canada
Étude des facteurs de stress biotiques pour la mise au point de matériel génétique et de variétés résistant aux maladies et aux insectes ravageurs d’importance économique
86 800 Approches protéomiques de l'identification des pathogènes et des facteurs hôtes provoquant la maladie ou la résistance lors de l'interaction entre le blé et la rouille
76 000 Génomique de la résistance induite chez le blé
130 880 Exploitation des ressources moléculaires du champignon microscopique responsable de la rouille des feuilles du blé afin de lutter contre la rouille des céréales
239 860 Virulence moléculaire chez leFusariumet mécanismes de résistance uniques dans le blé et le maïs, vers une réduction des mycotoxines fusariennes dans les céréales du Canada
74 400 Caractérisation de nouvelles races virulentes dePuccinia striiformisqui menacent l'industrie canadienne du blé
34 520 Caractérisation de la population dePuccinia triticinaau Canada
80 000 Pour déjouer l'altise : génomique fonctionnelle du développement du trichome
67 680 Collecte de renseignements sur la résistance à la maladie dans le cadre du projet Génome Canada : création de légumineuses à grains
47 200 Aliments, aliments pour animaux et fermentation : détermination des cibles des toxines au moyen de la génomique des levures
246 400 Identification de nouvelles sources de résistance aux maladies chez les Brassicacées cultivées
25 000 Stratégies de lutte contre le pathogène fongiqueSlerotinia sclerotiorumà vaste éventail d'hôtes - II : analyse fonctionnelle des gènes candidats de la défense des plantes et des facteurs de pathogénicité fongique
72 640 Vers le contrôle et les utilisations bénéfiques du virus de la mosaïque du soya (VMS) : génomique et génétique des interactions soya-VMS
173 600 Pourridié des racines du soya provoqué parPhytophthora sojae: génétique de la résistance de l'hôte et de la virulence du pathogène
200 000 L’intestin moyen de la légionnaire bertha (Mamestra configurata) : une cible pour l'élaboration de nouvelles stratégies de lutte et des agents de lutte biologique améliorés
49 260 Détection et quantification de pathogènes associés aux semences et de microorganismes commensaux chez les plantes cultivées du Canada et nouvelles approches de bioinformatique pour l’exploitation des données de métagénomique
125 600 Compréhension du processus moléculaire d'infection des phytovirus et élaboration de nouvelles stratégies de lutte contre ces phytopathogènes
Étude des facteurs de stress abiotiques pour la découverte de moyens novateurs et complémentaires d’améliorer la tolérance des plantes cultivées au froid et à la chaleur ainsi que leur résistance au gel
89 360 La « symbionomique » au secours d'une production de cultures durables : braquée sur la fixation du N2
240 000 Programmation de réseaux d'expression génétique pour l'amélioration de la production de cultures durables
164 640 Éclaircir l'adaptation aux faibles températures grâce à des stratégies de génomique comparative chez les Brassicacées
135 320 Technologies de sélection basée sur les marqueurs moléculaires pour maximiser la contribution des plantes fourragères à la production agricole durable
Étude des caractères qualitatifs de céréales (blé, avoine, triticale), d’oléagineux (Brassica, Arabidopsis) et de légumineuses (soja, haricots, légumineuses à grains) pour comprendre les gènes régulant le développement des graines, la distribution du carbone, la qualité des protéines, la qualité de l’amidon et l’accumulation de composés anti-nutritionnels
39 200 Génomique fonctionnelle des protéines des graines de soya : réduction des allergènes, identification des protéines bienfaisantes
32 800 Étude génomique de l'accumulation de cadmium dans les graines de soya
67 200 Mécanismes génétiques et épigénétiques contrôlant l'expression des gènes de la maturation des graines chez le soya et l'arabette
79 960 Gestion de la reproduction des plantes de grande culture
64 000 Rétroéléments du blé et polymorphismes basés sur les sites insertionnels
99 224 Profilage du transcrit de la biosynthèse de la S-méthylcystéine dans le développement des graines de haricot (Phaseolus vulgaris)
39 800 Analyse du transcriptome et du protéome des tissus reproducteurs du triticale
Plateformes technologiques pour la recherche et le développement en cours et à venir en productions végétales
253 066 Plateforme de production de protéines industrielles et d'aliments améliorés pour les animaux
69 120 Validation et application de gènes candidats et d'associations marqueurs-caractères chez l'avoine
63 200 Génomique de nouvelle génération pour l'amélioration de l'avoine
215 000 Expression associative et analyse systémique de caractères complexes de deux oléagineux, le colza et le canola
160 000 Biologie de la recombinaison de l'ADN et applications pour la mise au point de plantes cultivées de nouvelle génération
Environnement Canada
15 942 Caractérisation et séquençage des virus de l’influenza aviaire présents chez les oiseaux de Terre‑Neuve : l’éclosion d’influenza H1 de 2011 chez le guillemot marmette
42 921 Analyse protéomique par séquençage aléatoire pour l’évaluation de la santé des poissons dans le secteur préoccupant de Thunder Bay
24 526 Écologie moléculaire et évolution des souches de Pasteurella multocida isolées durant des éclosions de choléra aviaire touchant l’ensemble du Canada
49 053 Toxicogénomique aviaire – de nouveaux outils pour les programmes d’évaluation des dangers
85 842 Analyse de l’expression génique et systèmes amphibiens pour l’évaluation de la génotoxicité des contaminants environnementaux sur la faune aquatique
67 447 Étude des effets des contaminants sur la diversité microbienne aquatique d’après les profils d’expression et l’analyse protéomique
30 658 Mise au point d’outils de génomique pour l’évaluation des effets des nouveaux contaminants sur l’expression génique chez les organismes aquatiques
24 526 Vers la caractérisation métagénomique de la qualité microbienne de l’eau dans les écosystèmes aquatiques canadiens
73 375 Conception et validation d’une biopuce à ADN de crustacés et corrélation entre les profils d’expression génique et les paramètres toxicologiques classiques de l’exposition aux contaminants
122 632 Poursuite de la mise au point de techniques d’électrophorèse en gel dénaturant et recherche de polymorphismes de longueur de fragments de restriction pour l’étude des communautés et des consortiums microbiens
60 089 Identification de parasites larvaires pathogènes chez les poissons et les amphibiens au moyen de l’ADN code-barre
40 468 Application du génotypage de l’ADN à l’évaluation des populations fauniques prioritaires
93 404 Application d’outils de toxicogénomique aquatique pour l’évaluation de risques des impacts de contaminants aquatiques sur les premiers stages de vie des poissons et des amphibiens
23 300 Quantification de la consommation de saumon rouge du fleuve Fraser par le macareux rhinocéros au moyen de marqueurs génétiques et des profils d’acides gras
26 673 Évaluation de la faisabilité de l’utilisation de marqueurs fonctionnels pour distinguer la bernache du Canada nichant en région subarctique de celle nichant en zone tempérée
18 395 Étude de la génétique deLyngbya wolleiet de sa production de toxine
88 295 Toxicogénomique aquatique de substances émergentes
5 949 Caractérisation génétique de la rainette faux‑grillon de l’Ouest (Pseudacris triseriata)
20 000 Rédaction du rapport « La génomique environnementale à Environnement Canada »
Pêches et Océans Canada
60 000 Délimitation de l’aire de répartition du stock de sébaste (Sebastes mentella) d’après l’analyse génétique d’otolithes conservés
139 000 Recherche rapide de PNS et cartographie génétique par séquençage RAD de nouvelle génération : promotion des outils et de l’expertise d’une gestion fondée sur la génomique des organismes marins utilisés ou non comme modèles
134 000 Création de marqueurs génétiques moléculaires pour l’étude de la sélection liée au climat et application à l'analyse des stocks à constitution génétique mixte du saumon de l'Atlantique vivant dans l'Atlantique Nord-Ouest
26 000 Méthode génomique et télémétrique pour l’étude de la structure des populations de morue et application à l’évaluation de l'efficacité des aires marines protégées
154 000 Caractérisation génomique des saumons sauvages physiologiquement fragilisés
83 000 Détermination et caractérisation de l'état de porteur du virus de la nécrose hématopoïétique infectieuse chez le saumon rouge à l'aide d'outils génomiques
145 000 Utilisation de la génomique des poissons de l'Arctique en tant qu'indicateur de l'intégrité et du changement de l'écosystème
50 000 Étude génomique comparative in vivo du variant faiblement pathogène du virus de l'anémie infectieuse du saumon
Santé Canada
200 000 Caractérisation génomique d’isolats d’importance clinique deCampylobacteret deListeriad’origine alimentaire ayant une influence sur la santé publique
234 000 Immunotoxicogénomique et allergies alimentaires : mise au point d’une méthode génomique pour l’analyse des contaminants chimiques alimentaires modulant les voies des allergies alimentaires
226 000 Caractérisation génomique de tissus de souris transgéniques P53+/- exposées à des composés cancérogènes génotoxiques et non génotoxiques pour la mise au point de méthodes de dépistage à court terme du cancer
326 000 Analyse génomique des cellules souches mésenchymateuses en vue de la mise au point de méthodes diagnostiques à haut débit pour le dosage des ingrédients médicamenteux et des contaminants tumorigènes dans les produits de santé à base de cellules souches
453 000 Intégration de paramètres génomiques à la toxicologie réglementaire
264 000 Toxicogénomique appliquée à la toxicologie des mélanges : une approche de protéomique à fondement génomique pour l’identification de marqueurs biologiques de l’exposition et des effets des mélanges complexes de produits cancérogènes présents dans l’environnement
Conseil national de recherche
2 424 016 Canola de nouvelle génération : relever le défi environnemental
168 048 Capteurs à fil photonique et instruments photoniques pour l’identification de bactéries et la détection d’agents pathogènes d’origine alimentaire
2 597 680 Développement de protéines thérapeutiques contre le cancer ciblant les mécanismes d’invasion tumorale et la résistance au traitement
50 000 Soutien de la plateforme de protéomique
50 000 Soutien de la plateforme de biopuces
192 320 Bureau de coordination
Ressources naturelles Canada
270 000 Génomique appliquée à l’amélioration des essences forestières et à la santé des forêts
210 000 Écogénomique de la tordeuse des bourgeons de l’épinette : de la dynamique des populations à la réduction des populations
236 500 Diagnostic et surveillance des maladies des essences forestières par des méthodes de génomique de nouvelle génération
30 000 Mise au point d’une méthode de détection de l’ARNm par transcription inverse et amplification isothermique par clivage invasif pour l’évaluation de la viabilité du nématode du pin dans les produits du bois
184 000 Génomique des interactions arbre-microbe
210 000 Génomique intégrative d’Agrilusplanipenniset de ses hôtes
54 500 Plateforme de bioinformatique
Agence de la santé publique du Canada
86 000 Effet modificateur des polymorphismes génétiques intervenant dans le métabolisme du folate et de la vitamine B12 sur la relation entre la consommation de folate et de vitamine B12 et sur le bilan vitaminique
100 000 Possibilités d’utilisation des biomarqueurs protéomiques de l’inflammation pour prévoir précocement le risque de diabète de type II et surveiller la réaction à une intervention nutritionnelle à la vitamine D
99 672 Nouvelle technologie de l’évaluation de la résistance aux médicaments anti-VIH : un modèle d’intégration des techniques de séquençage de nouvelle génération et d’analyse des données
88 750 Identification de cibles pour la surveillance de la dissémination des gènes de la résistance aux carbapénèmes chez les entérobactériacées
150 000 Association de la carence en vitamine D et des variants génétiques avec l’infection tuberculeuse et la tuberculose dans une cohorte canadienne
200 000 Détermination de la signature des réactions immunitaires spécifiques auMycobacterium tuberculosispour distinguer l’infection tuberculeuse active de l’infection latente
74 287 Profilage génomique et protéomique chez des modèles in vitro et in vivo de l’infection filovirale
120 000 Caractérisation moléculaire deSalmonella enteritidispour la lutte contre les maladies d’origine alimentaire
88 000 Amélioration de l’exactitude de l’annotation automatisée du génome des procaryotes
250 000 Outil de géno-sérotypage rapide pour la classification des sérovars deSalmonella
300 000 Techniques de génomique et de protéomique à haut débit appliquées à l’épidémiologie moléculaire en santé publique : laboratoire de nouvelle génération pour l’étude des maladies bactériennes d’origine alimentaire et hydrique et les interventions en cas d’éclosions et d’endémie
220 000 Application de la génomique comparative à l’identification des sous-groupes d’Escherichia colishigatoxinogènes et des marqueurs pangénomiques fréquemment associés à la maladie chez l’être humain

Annexe 2 – Indicateurs quantitatifs de la performance

Chercheurs et techniciens

Il s’agit du nombre des chercheurs et des techniciens, par ministère ou agence, travaillant à des projets financés par l’IRDG. Toutes les personnes ayant travaillé aux projets sont prises en compte, comprenant sans s’y limiter celles dont les services ont été payés par les fonds de l’IRDG.

Chercheurs et des techniciens
Chercheurs et techniciens
Nombre de personnes AAC MPO EC SC CNR RNCan ASPC Total
Total 203 32 81 60 162 74 61 661
Années-personnes totales 76,8 24 56 46,6 84,3 38,6 21 347,3
Chercheurs scientifiques
59 11 20 17 40 14 32 193
Professionnels de recherche
0 8 12 19 14 15 13 81
Techniciens
79 12 17 11 64 17 7 207
Titulaires d'une bourse de recherche postdoctorale
19 0 6 3 22 13 2 63
Étudiants des deuxième et troisième cycles
30 1 18 5 8 5 2 69
Étudiants du premier cycle
16 0 7 5 0 10 5 43
Agents administratifs
0 0 1 0 4 0 0 5

Collaborations

Il s’agit des collaborations entre les ministères et les agences exprimées par le nombre de personnes ayant collaboré aux projets de recherche. Les personnes ayant collaboré à un projet sont considérées comme des collaborateurs de recherche lorsqu’elles relèvent d’une organisation autre que celle dont relève le scientifique responsable du projet et qu’elles ont participé directement à sa réalisation. L’IRDG est le cadre de nombreuses relations de collaboration de recherche entre les organisations scientifiques gouvernementales, les universités, l’industrie et divers instituts de recherche, et ce, tant au niveau national qu’international.

Collaborateurs
Nombre de collaborateurs
Type d’organisation AAC MPO EC SC CNR RNCan ASPC Total
Total 99 24 48 22 35 22 52 302
Universités (canadiennes)
23 6 30 8 5 7 12 91
Universités (étrangères)
22 0 0 3 4 6 0 35
Autres organisations de recherche de l’étranger
22 6 2 3 6 4 2 45
Autres organisations de recherche canadiennes
3 1 0 0 2 2 3 11
Secteur privé
5 3 2 3 12 0 2 27
Autres ministères
8 3 9 4 5 1 13 43
Autres organisations du secteur public telles que les organisations non gouvernementales provinciales et municipales
0 5 5 0 0 2 20 32
Participation à des comités nationaux ou internationaux s’occupant de génomique
3 0 0 1 1 0 0 5
Comités nationaux ou internationaux de spécialistes en génomique
13 0 0 0 0 0 0 13

Contributions scientifiques par ministère

Les contributions scientifiques sont les informations et les publications scientifiques produites en 2011-2012, qui ont été acceptées, qui sont sous presse ou qui ont été publiées, notamment sur le Web. Il s’agit entre autres de toutes les contributions des membres des équipes, dans la mesure où elles concernent le projet de l’IRDG. Il s’agit aussi des contributions découlant d’une phase antérieure d’un projet, dans la mesure où elles ont été produites au cours de l’année financière visée par le rapport. Les ébauches d’articles et d’autres textes ne sont pas considérées comme des contributions. Les contributions des années antérieures ne sont pas comprises non plus.

Contributions scientifiques par ministère
Nombre de productions en R-D
AAC MPO EC SC CNR RNCan ASPC Total
Total 213 49 146 43 92 140 58 741
Publications dans des revues à comité de lecture
61 8 45 6 33 28 9 190
Publications dans les comptes rendus de conférences à comité de lecture
4 0 1 3 17 2 2 29
Rapports techniques
7 9 2 0 2 0 2 22
Livres (édités, rédigés)
1 0 1 0 2 0 0 4
Autres publications (ex. chapitres de livre, monographies, résumés, notes, revues professionnelles, etc.)
26 1 5 0 1 15 1 49
Affiches présentées à des conférences
29 5 15 15 -* 23 8 95
Exposés présentés à des conférences
16 10 19 8 34 21 5 113
Présentations à des conférences nationales
16 1 11 0 -* 14 2 44
Présentations à des conférences internationales
17 8 16 9 -* 8 6 64
Participation active à des conférences nationales (organisation, présidence, groupes d’experts, etc.)
11 0 2 0 2 4 1 20
Participation active à des conférences internationales (organisation, présidence, groupes d’experts, etc.)
2 0 6 1 0 1 2 12
Postes au comité d’édition de revues nationales et internationales (à l’exclusion des comités de lecture)
11 0 3 0 -* 6 2 22
Apport à des bases de données ou à des banques génomiques
11 7 6 0 0 16 17 57
Nouvelles bases de données ou banques de génomique
0 0 0 0 0 1 1 2
Prix, distinctions
1 0 14 1 1 1 0 18

* Aucune information n’a été recueillie

Produits de communication

Nombre de produits de communication
AAC MPO EC SC CNR RNCan ASPC Total
Total - 7 1 3 6 10 2 -
Entrevues accordées aux médias
-* 0 0 0 0 4 0 -
Communiqués de presse et annonces
1 0 0 0 3 1 0 5
Articles de journaux et de revues
2 0 0 0 1 3 0 6
Exposés
0 6 0 3 0 1 0 10
Brochures, fiches de renseignements, pages Web
1 1 1 0 2 1 2 8

* Aucune information n’a été recueillie

Transfert des connaissances et de la technologie

Transfert des connaissances et de la technologie
AAC MPO EC SC CNR RNCan ASPC Total
Total 21 14 6 1 21 12 15 90
Activités d’information
1 5 6 0 0 0 9 21
Ententes de transfert de matériel
2 0 0 0 3 1 0 6
Transfert de modes opératoires normalisés
0 1 0 0 -* 0 3 4
Divulgations
0 0 0 0 2 0 0 2
Brevets en application, demandes de brevets, brevets délivrés
1 0 0 1 11 0 0 13
Permis délivrés
0 0 0 0 1 0 0 1
Nouvelles ententes de collaboration officielles, nouveaux modes opératoires normalisés
11 0 0 0 4 1 0 16
Ateliers de transfert de connaissances avec les parties intéressées et les utilisateurs
6 1 0 0 -* 0 1 8
Demandes de comptes rendus de travaux et de collaborations
-* 7 0 0 -* 10 2 19

* Aucune information n’a été recueillie

Outils et méthodes de recherche

Il s’agit des outils et des méthodes de recherche qui ont été mis au point en 2011-2012, qui ont été mis au point durant les phases antérieures de l’IRDG s’ils ont été achevés en 2011-2012, et qui ont été mis au point au cours des années antérieures s’ils ont été améliorés depuis la dernière fois qu’ils ont été relevés dans un rapport.

Nombre d’outils et de méthodes de recherche
AAC MPO EC SC CNR RNCan ASPC Total
Total 34 4 12 1 8 13 6 78
Outils de recherche
19 3 10 4 4 9 4 50
Méthodes de recherche
15 1 2 0 4 4 2 28

Annexe 3 – Description générale des résultats obtenus

Progrès d’intérêt commercial de la R-D en génomique dans le domaine de la santé humaine

Mise au point de substances thérapeutiques à base de protéines visant les mécanismes sous-jacents du processus envahissant des tumeurs et de la résistance aux traitements

Au CNRC, les chercheurs travaillent à la recherche et au développement de substances thérapeutiques à base de protéines ciblant les principaux mécanismes du processus métastatique tumoral et de la résistance aux traitements. Ils perfectionnent les plateformes technologiques pour que le CNRC reste à l’avant-garde dans ce domaine. Des substances à base de protéines d’intérêt thérapeutique ont fait l’objet d’une évaluation prioritaire devant permettre de déterminer si elles sont en corrélation avec le phénotype mésenchymateux agressif des cellules tumorales et d’évaluer leur aptitude à inverser ce phénotype et à rendre les cellules tumorales à nouveau sensibles aux produits de chimiothérapie. Les principes de la biologie des réseaux ont gouverné la sélection de nouvelles cibles tumorales, et des approches de création de protéines par génie génétique ont été utilisées pour le perfectionnement des protéines thérapeutiques prioritaires candidates ainsi que pour leur transfert à l’industrie.

L’une des découvertes des chercheurs du CNRC joue un rôle important dans une nouvelle méthode qui pourrait se révéler plus efficace pour le traitement de l’un des types de cancers les plus graves. Le nouveau médicament candidat, actuellement mis au point par la société Helix BioPharma, est basé sur un anticorps découvert par le CNRC dirigé contre les cancers du poumon. Il a donné les résultats espérés dans les essais en laboratoire et chez les animaux, et, récemment, les essais cliniques de phase I, qui permettent de déterminer si un produit peut être administré sans danger à l’être humain, ont été approuvés pour des personnes ayant un cancer du poumon avancé.

D’autres anticorps découverts dans le cadre de travaux sur le cancer réalisés au CNRC ont été obtenus sous licence par la société montréalaise Alethia Biothérapeutiques. La société utilise ces anticorps dans des essais précliniques portant sur de nouveaux traitements applicables à divers types de cancer. Un brevet a été délivré aux États-Unis en novembre 2011, intitulé « Methods and compositions for modulating tumor cell activity » (méthodes et composantes pour la modulation de l’activité des cellules tumorales), dont les inventeurs sont à l’emploi du CNRC.

En 2010, le CNRC a fourni une validation expérimentale importante pour une plateforme technologie innovatrice d’une compagnie canadienne émergente. Cette validation a permis à l’entreprise d’obtenir les fonds de plusieurs millions nécessaires pour poursuivre son travail, et de signer une entente de collaboration avec un partenaire pharmaceutique important pour la mise au point d’anticorps candidats à propriétés thérapeutiques. Ainsi l’entreprise a pu étendre les travaux de collaboration qu’elle mène avec le CNRC pour la suite des travaux de mise au point de technologies et de produits.

L’algorithme MSS (Multiple Survival Screening) mis au point au CNRC a servi à identifier un ensemble robuste de marqueurs prédictifs qui permettent de déterminer avec exactitude les personnes atteintes d’un cancer du sein qui ne répondront pas à un traitement au paclitaxel. Ces nouveaux marqueurs sont un outil puissant qui aidera les médecins à choisir d’autres agents de chimiothérapie, ce qui permettra d’optimiser leur traitement rapidement. Des négociations ont été engagées avec deux entreprises canadiennes pour la commercialisation de cette technologie.

Utilisation de la génomique pour améliorer la valeur des céréales, du canola et des légumineuses

Le canola de nouvelle génération : les défis environnementaux

Les scientifiques du CNRC ont cherché à comprendre et \xC3\xA0 améliorer la performance de croissance du canola (Brassica napus)), le principal oléagineux produit au Canada, lorsque les apports d’eau et de nutriments sont des facteurs limitants. Dans les principales régions productrices de canola du Canada, le déficit hydrique chronique du sol qui empêche cette culture d’approcher les rendements optimaux et le coût élevé des fertilisants que doivent assumer les producteurs ont entraîné une demande commerciale de moyens d’améliorer l’efficacité de l’assimilation des nutriments. Des protocoles d’étude en conditions de sécheresse ont été élaborés pour la comparaison de la tolérance à la sécheresse de trois espèces deB. napus,B. junceaandB. tournefortii). À l’analyse de l’expression des transcrits de Brassica, de nombreux gènes intervenant dans la réaction à la sécheresse ont été mis en évidence. Ces gènes, une fois validés, viendront considérablement enrichir les ressources génomiques dont nous disposons sur les Brassica pour une sélection de nouvelle génération du canola. La signalisation d’un gène en particulier, le gène TOR (cible de la rapamycine) est une importante composante de la détection nutritionelle et énergétique chez les plantes. Si nous comprenons les aspects moléculaires et fonctionnels de cette signalisation, nous pourrions être en mesure de créer de nouveaux outils moléculaires et de nouvelles stratégies pour améliorer l’utilisation de l’eau et la performance des cultures. Des lignées transgéniques deB. napusetArabidopsiscomprenant des construits d’expression TOR ont été créées et sont actuellement testées en serre. Dans des conditions à faible potentiel, ces lignées étaient davantage « azotées », et leurs graines contenaient davantage de protéines par comparaison au type sauvage, ce qui permet de supposer que certaines fonctions interviennent dans l’assimilation de l’azote dans des conditions de contrainte partiellement simulées. Les chercheurs du CNRC ont porté leur attention sur un certain nombre de gènes susceptibles d’avoir une importante influence biologique sur l’efficience de l’assimilation de l’azote chez leB. napus. Les plantes, actuellement récoltées, feront l’objet de diverses analyses, dont la recherche d’une insertion en copie unique et l’étude des effets des transgènes sur l’assimilation de l’azote.

L’équipe a presque terminé l’acquisition des données publiées et l’analyse nécessaire à la construction d’un réseau génomique gène-gène-caractère (CanolaNet). Elle a également trouvé dans des bases de données publiques 40 jeux de données d’expression génique de l\xE2\x80\x99Arabidopsis thalianadans différentes conditions de stress abiotique et, au moyen d’un logiciel récemment mis au point, elle a identifié les gènes et les voies génétiques d’A. thalianaqui réagissent au stress abiotique et a versé les résultats de ces travaux dans la nouvelle base de connaissances sur le stress chez l’

Les scientifiques du Canada ont contribué au séquençage d’une partie du génome du canola. Les résultats de ces travaux de collaboration internationaux ont été publiés dans l’édition d’août 2011 deNature Genetics, une revue scientifique à comité de lecture. En connaissant la séquence de l’ADN des plantes cultivées, les chercheurs peuvent comprendre les mécanismes des végétaux et cartographier les caractères présentant de l’intérêt. Les renseignements ainsi obtenus peuvent être utiles aux sélectionneurs pour la création de plantes plus résistantes aux maladies, plus tolérantes à la sécheresse, mieux adaptées aux milieux où elles seront cultivées et ayant un rendement accru. Les scientifiques du CNRC et d’AAC ont participé aux travaux d’un consortium international qui a séquencé le génome duBrassica rapa(B. rapa), et a mis au point une biopuce 60 k Infinium qui sera mise à la disposition des milieux mondiaux de la recherche en juin 2012.

Les fructueux travaux de collaboration entrepris avec Valent Biosciences se poursuivent pour l’identification d’un nouveau et important régulateur de croissance des plantes. L’équipe de recherche a vérifié plus de 240 composés au moyen d’une méthode mise au point au CNRC et a trouvé un certain nombre de composés cibles d’intérêt liés à l’accélération de la croissance et peut-être aussi à l’amélioration de la teneur en huile des graines.

La société Agrisoma Biosciences, en collaboration avec le CNRC et d’autres partenaires, a testé le carburant pour moteur à réaction fabriqué avec l’huile du nouvel oléagineuxB. carinata. Pour sa production d’oléagineux industriels de seconde génération, Agrisoma se sert d’une technologie génétique mise au point dans le cadre de travaux de recherche sur le canola du CNRC.

Adaptation au stress biotique

À AAC, trois projets concernaient leFusarium graminearum, un champignon qui infecte le blé et qui cause l’un des plus grands problèmes dans les cultures de blé des climats tempérés du monde. Dans le cadre d’un quatrième projet, on a utilisé pour la première fois des biopuces génomiques de levures à délétions hétérozygotes pour la recherche de la mycotoxine de Fusarium. La caractérisation des gènes végétaux candidats de résistance ou de sensibilité au Fusarium avance bien, et de grands progrès ont marqué la caractérisation des gènes intervenant dans la régulation de la biosynthèse de la mycotoxine et de la pathogénicité. En comprenant les mécanismes moléculaires que le pathogène exploite contre les défenses de la plante, nous devrions être mieux à même d’élaborer de nouvelles stratégies favorisant la résistance. L’un des autres moyens par lesquels on peut améliorer la résistance de l’hôte à un pathogène est de déclencher les mécanismes de défense de la plante en la traitant avec une souche deF. graminearumdésarmée. Mieux comprendre les mécanismes qui interviennent dans le déclenchement des défenses du blé par ce traitement permettra d’élaborer de nouvelles méthodes de culture durable. L’une des autres approches génétiques actuellement étudiées pour lutter contre le Fusarium est la modification de l’horloge circadienne. Un facteur de transcription conférant la résistance à l’infection àF. graminearumet améliorant peut-être aussi le rendement par la modification de l’architecture des cellules foliaires a pu être transféré de l’Arabidopsis au blé. Il a été déterminé que ce facteur de transcription intervient dans la régulation de l’horloge circadienne de l’Arabidopsis. Comme plus de 50 % de tous les gènes des végétaux sont régulés par l’horloge circadienne, la modification de cette horloge par surexpression du facteur de transcription pourrait permettre de moduler l’expression de gènes qui jouent un rôle déterminant dans les processus végétaux, notamment ceux de la résistance aux maladies.

Les fonds de l’IRDG ont servi à la réalisation de quatre projets d’AAC concernant les mécanismes génétiques des rouilles des céréales causées par lesPucciniaLa validation de principe d’une méthode provisoire pouvant servir à l’analyse fonctionnelle des gènes de pathogénicité du champignon de la rouille (il s’agit d’une analyse indirecte, car la manipulation génétique directe de ce champignon n’est pas encore possible) est terminée. Il a été démontré qu’en ciblant des facteurs de virulence fongiques essentiels au moyen d’une approche d’inactivation géniquein plantaon peut empêcher le processus pathologique des champignons causant la rouille des feuilles, la rouille jaune et la rouille des racines du blé; il pourrait s’agir de nouveaux isolats à caractère envahissant susceptibles de causer des catastrophes, comme la lignée de la rouille des racines Ug99.

À AAC, l’IRDG soutient la recherche portant sur trois grandes maladies du soja observées au Canada. La pourriture phytophthoréenne est causée par le champignon pathogène Phytophthorasojae. En moyenne, les pertes annuelles de rendement en Amérique du Nord se chiffrent à environ 1 000 tonnes, soit une valeur d’environ 300 000 $. La recherche a permis d’identifier les facteurs de virulence Avr5 et Avr1d de P.sojaequi contrôlent la compatibilité spécifique de la race et du cultivar en interagissant avec les gènes de résistance du soja. Comme la complexité et le nombre des races de P.sojaecontinuent d’augmenter dans les régions de production de soja, il est essentiel de définir les déterminants de la virulence de P.sojaepour bien diagnostiquer l’infection par ce pathogène et lutter adéquatement contre la maladie qu’il cause. Les travaux se sont aussi poursuivis sur Sclerotinia sclerotiorum,l’agent de la pourriture à sclérotes, de même que sur le virus de la mosaïque du soja, un pathogène viral pour lequel la résistance de la plante n’est conférée que par un unique gène dominant, ce qui est une forme très fragile de résistance. Les travaux de génomique ont révélé qu’une résistance durable à ce virus peut être obtenue par empilage de gènes.

Les maladies causées par les champignons et par les agents pathogènes de type fongique entraînent des pertes de rendement considérables dans les cultures de crucifères comme le canola, la moutarde et les Brassicacées potagères (telles que le brocoli, le chou-fleur et le chou). Albugo candida, Leptosphaeria maculansetPlasmodiophora brassicaecausent les maladies les plus destructrices des Brassica, soit, respectivement, l’albugine, la jambe noire et la hernie du chou. Les travaux menés jusqu’ici ont permis de produire la première ébauche du génome d’A.candida, de faire d’importants progrès dans le clonage du gène d’avirulence AvrLepR1 deL. maculanset de progresser dans le premier séquençage génomique deP. brassicae. Si nous comprenons mieux la génétique des phytopathogènes obligatoires, nous serons mieux à même d’améliorer la résistance aux maladies causées par ces organismes.

Au Canada, les producteurs de lentilles sont aux prises avec un champignon, leColletotrichum truncatumagent de l’anthracnose, qu’il est particulièrement important de maîtriser, car il est absent des pays importateurs. Les chercheurs ont mis au point la première lignée de lentilles possédant la résistance à l’anthracnose causée par les deux races qui sévissent dans l’ouest du Canada. Par la suite, un gène de dominant et trois gènes récessifs conférant la résistance à l’anthracnose ont été caractérisés. L’ascochytose est une maladie qui ravage la lentille et le pois chiche; l’agent estAscochyta lentisdans le premier cas, et Ascochyta rabiei, dans le second. L’objectif des travaux était de cartographier les locus de la résistance à ces maladies au moyen de marqueurs moléculaires tels que des répétitions de séquences simples (microsatellites, ou SSR) et des polymorphismes de nucléotide simple (PNS). La première carte de liaison génétique avec SSR de la lentille a été produite, et un locus de caractère quantitatif (QTL) de la résistance à l’ascochytose a été identifié, avec les marqueurs flanquants pouvant servir en sélection végétale assistée par marqueurs. Dans le cas du pois chiche, la première carte de liaison génétique avec SSR intégrés comprenant huit QTL de la résistance à l’ascochytose a été produite; cette carte comprend les marqueurs nécessaires à l’empilage de gènes de résistance pour les nouveaux cultivars. Plusieurs populations de cartographie de la lentille et du pois chiche sont en voie de préparation en vue de l’établissement de cartes plus précises de la résistance aux maladies; on utilise pour ce faire les nouvelles technologies à marqueurs PNS actuellement mises au point dans les installations du CNRC à Saskatoon.

Deux projets ont été réalisés sur la résistance aux insectes nuisibles. En ce qui touche les moyens de défense des plantes contre les insectes, d’importants progrès ont été réalisés dans l’étude de nouvelles lignées génétiques à trichome dans une population d’amplificateurs de l’Arabidopsisproduite antérieurement grâce à des fonds de l’IRDG. Les trichomes sont des poils qui protègent certaines plantes des insectes qui se nourrissent de tissus végétaux. Après la détermination de leur fonction, ces gènes pourraient se révéler utiles pour protéger le canola de l’altise et de la fausse-teigne des crucifères; ils pourraient aussi avoir des applications ailleurs dans le monde dans les cultures attaquées par des insectes qu’une simple perturbation empêche de s’alimenter ou de pondre. Des travaux de recherche ont aussi pu être menés sur des stratégies de lutte contre la légionnaire BerthaMamestra configurata). Ce projet a considérablement étendu nos connaissances sur l’interaction moléculaire entre les cellules du système digestif de l’hôte et ses pathogènes, notamment sur le processus d’infection des souches de baculovirus qu’on envisage d’utiliser pour mettre des biopesticides au point; ces travaux ont aussi permis d’enrichir nos ressources sur la génomique et la protéomique de cette espèce nuisible.

Adaptation au stress abiotique

Une approche de génomique comparative a été privilégiée pour l’étude de la tolérance au gel des Brassicacées. Des progrès ont été réalisés dans plusieurs champs d’étude : identification de matériel génétique diversifié pour la cartographie des QTL associés à la tolérance au froid; constitution de jeux de données sur le transcriptome d’une gamme d’espèces de Brassicacées tolérant le stress; identification de nouveaux gènes et métabolites de Brassicacées conférant la tolérance au gel et au froid; détermination des QTL d’expression (eQTL) associés à la tolérance accrue au gel d’unArabidopsismutant; premiers pas vers l’élucidation du rôle du métabolisme des polyamines et de l’acide gamma-aminobutyrique dans la réaction au froid.

Nous avons beaucoup appris sur l’influence favorable que le génome des plantes exerce sur les associations symbiotiques avec les microorganismes utiles fixateurs de l’azote qui se trouvent dans le sol. Les connaissances que nous avons acquises sur les processus qui régulent la fixation de l’azote pourraient être utiles pour l’élaboration d’une stratégie de biofertilisation contribuant à la durabilité de l’agriculture en réduisant les traitements fertilisants industriels nécessaires pour prévenir le stress nutritionnel chez les plantes.

Les scientifiques d’AAC ont démontré que des éléments transposables sont activés chez le blé exposé au stress et peuvent entraîner des changements génomiques à l’origine d’une adaptation rapide, un phénomène qui pourrait prendre de l’importance avec les changements climatiques. Les éléments transposables actifs sont d’excellentes sources de marqueurs très polymorphes et sont à l’origine de la variabilité génétique, le fondement même de la sélection végétale.

La recherche des fondements moléculaires de la tolérance au stress abiotique chez des plantes fourragères comme la luzerne et le trèfle rouge nous a apporté des renseignements qui peuvent servir à améliorer la tolérance au froid et à la salinité ainsi que la résistance auxPhytophthorachez ces plantes. Ces travaux ont révélé, par exemple, qu’une sélection végétale visant à favoriser la tolérance au gel peut être efficace si l’on se fonde sur les changements moléculaires provoqués par le froid chez les espèces parentales. La production fourragère est un important facteur de durabilité en agriculture.

Caractères qualitatifs des céréales (blé, avoine, triticale), des oléagineux (Brassica, Arabidopsis) et des légumineuses (soja, légumineuses à grains), notamment le développement et le métabolisme des graines

La mise au point de systèmes de gestion de la fertilité de certaines espèces de Triticées a progressé, plus précisément pour la création d’un triticale devant servir dans une plateforme bioindustrielle. La puce génomique du blé Affymetrix GeneChip® a permis l’acquisition à haut débit de données sur les gènes exprimés dans les tissus des organes reproducteurs du triticale. Une base de données sur des gènes spécifiques de tissus et de gènes de tissus enrichis a été constituée. Les résultats des analyses réalisées sur puce ont été complétés par plus de 2,5 millions de séquences de transcriptome entier de haute qualité obtenues par séquençage aléatoire; ces données constituent vraisemblablement la source de profils transcriptomiques de triticées la plus riche au monde. En outre, nous avons testé et optimisé les conditions d’extraction des protéines totales du stigmate de triticale et produit une carte de référence bidimensionnelle par électrophorèse en gel de polyacrylamide du protéome du stigmate du triticale qui est actuellement analysée. Nous avons aussi entrepris d’étudier chez l’Arabidopsisles mécanismes génétiques qui sous-tendent la tolérance du pollen à la chaleur.

Une plateforme à biopuce de haute densité a été mise au point pour l’étude de l’expression génique chez le haricot. Cette biopuce a permis d’établir le profil d’expression génique des graines en développement de deux génotypes de haricot se distinguant l’un de l’autre par la composition des réserves de protéines de leurs graines et par leur teneur en acides aminés soufrés essentiels. Un mécanisme global d’activation des gènes du métabolisme du soufre a été mis en évidence. Ces travaux nous ont permis de trouver des gènes candidats pour l’élaboration de nouvelles stratégies visant à augmenter la teneur en acides aminés soufrés essentiels et la qualité des protéines des graines du haricot.

L’étude des mécanismes génétiques et épigénétiques contrôlant l’expression des gènes de la maturation des graines chez le soja et chez l’Arabidopsisa révélé que le contrôle des gènes des graines fait intervenir du microARN et qu’une protéine polycomb remplit un rôle déterminant dans la répression des gènes de la graine, ce qui laisse envisager une diversification fonctionnelle des protéines polycomb chez les plantes.

Il s’accumule du cadmium dans les graines du soja cultivé dans certaines régions du Canada, et les concentrations atteintes dépassent les normes internationales, ce qui, non seulement est dangereux pour la santé humaine, mais ferme aussi les portes des marchés d’exportation. Il existe des génotypes à faible accumulation, mais il pourrait être long de convertir chacune des lignées canadiennes pour conférer à toutes cette propriété, d’autant plus que le dosage du cadmium est une opération coûteuse. Nous avons étudié la génétique de la faible accumulation de cadmium en visant à long terme l’identification des gènes à l’origine de cette propriété, la détermination des mécanismes biologiques mis en jeu et l’identification des marqueurs moléculaires des gènes susceptibles de faciliter la création de variétés à faible accumulation de cadmium. Nous examinons actuellement deux gènes afin de déterminer exactement quel gène et quel mécanisme biologique interviennent et nous voulons mettre au point des marqueurs de très grande efficacité. Le séquençage de l’ADN des gènes candidats de plusieurs lignées à faible et à forte accumulation de cadmium nous permet d’examiner la corrélation entre les allèles de ces deux locus et le phénotype de faible accumulation de cadmium.

Plateformes technologiques pour grandes cultures

La mise au point de systèmes peu coûteux pour la production de protéines commerciales propres au moyen de végétaux présente de nombreux avantages par rapport aux systèmes classiques tels que la fermentation microbienne ou la culture cellulaire et devrait avoir de nombreuses applications industrielles. Nous avons validé le principe de la déprotéinisation des graines la création d’une plateforme de production de protéines par des graines. Nous avons mis au point des technologies universelles pour réprimer de façon sélective l’expression des gènes de stockage de protéines des graines et pour diriger des protéines hétérologues vers les vacuoles de stockage de protéines des graines; nous avons également créé des lignées végétales exprimant l’hormone de croissance humaine et l’albumine sérique humaine.

Un projet international sur l’expression associative et l’analyse des systèmes de caractères complexes chez le colza/canola (le consortium ASSYST) réalisé en collaboration avec le CNRC et des groupes allemands et britanniques a donné lieu à la constitution d’une grande collection génétiquement et géographiquement diversifiée composée de matériel génétique et de biopuces à PNS qui est utilisée dans de nombreux travaux portant sur la diversité génotypique et phénotypique et sur divers caractères tels que la composition des graines en composés nutritionnels et en composés antinutritionnels. Ce consortium a donné lieu à une importante valeur ajoutée, particulièrement en raison de la combinaison d’expertises très complémentaires dans les domaines de la sélection végétale, du séquençage génomique, de l’expression génique, de la métabolomique, de la génétique quantitative et de la biofinformatique.

Nous avons acquis une quantité exceptionnelle d’information inédite sur la séquence génomique de l’avoine. Nous avons recueilli des données détaillées sur l’ADN génomique de l’avoine et sur la variabilité allélique de 25 grandes variétés d’avoine, validé de robustes associations marqueur-caractère pour l’amélioration de cette céréale, acquis de l’expertise et suivi de la formation en analyse de séquences à haut débit et constitué une nouvelle banque de séquences d’avoine au moyen de chromosomes bactériens artificiels. Les résultats de ces travaux constituent notamment l’assise d’un vaste programme nord-américain de recherche collaborative sur l’avoine (Collaborative Oat Research Enterprise, ou CORE) auquel participent AAC, le ministère de l’Agriculture des États-Unis (USDA), des producteurs, des entreprises privées et des établissements universitaires; les fonds alloués sur trois ans à ce projet représentent un montant total de 1,65 million de dollars.

Le microbiote épiphyte associé aux graines des plantes cultivées peut avoir une très grande influence sur le rendement des cultures, soit par une action antagoniste contre les pathogènes, soit par un effet de potentialisation des maladies. La métagénomique pourrait permettre d’identifier de nouveaux pathogènes et nous apporter des données essentielles sur le lien entre, d’une part, les communautés microbiennes et, d’autre part, la bonne santé et la maladie. Les scientifiques d’AAC ont mis au point des outils moléculaires qui permettent de faire l’analyse métagénomique des communautés microbiennes par les technologies de séquençage classiques ou de nouvelle génération, la quantification de microorganismes d’intérêt par PCR quantitative et la détection simultanée de nombreux microorganismes dans un seul échantillon par des techniques à billes multiplex. Grâce à certains algorithmes et logiciels, il est possible d’assembler des unités taxonomiques opérationnelles (UTO) biologiquement valables directement avec les données de séquençage de l’ADN, et de nouveaux organismes jusque-là tout à fait inconnus peuvent être utilisés, ce qui permet de trouver des marqueurs de séquence spécifiques. En assemblant les UTO de novo, il est possible de détecter la signature d’un organisme inconnu dans le contexte d’une maladie et d’en obtenir la séquence par assemblage pour la mise au point de méthodes diagnostiques spécifiques de l’organisme en question, le tout sans qu’il soit nécessaire que de l’information sur un organisme apparenté ait été versée dans une base de données de référence. De plus, en évaluant l’abondance des UTO dans une communauté, il est possible de suivre les changements survenus dans un microbiome par des calculs semblables à ceux qui ont permis d’étudier l’expression génique au moyen de biopuces à l’échelle du génome entier. Ces travaux permettront de créer une plateforme générale pour le traçage des maladies de plantes par l’étude du microbiote des graines et pourraient aboutir à l’identification de nouveaux agents de lutte et à la mise au point de méthodes d’analyse moléculaire applicables à toutes sortes d’organismes vivant dans les graines de production canadienne.

La recombinaison et la réparation de l’ADN sont des processus biologiques fondamentaux qui assurent la fidélité du génome et l’évolution des organismes par le contrôle de la fréquence des mutations et des échanges génétiques dans les cellules végétatives et durant la méiose. Ces processus ont une influence directe sur l’efficacité de la sélection végétale, car ils influent sur la fréquence de recombinaison et sur l’intégration des cassettes d’ADN dans le génome des cellules végétatives. En plus de certaines découvertes, nous avons validé le principe d’une méthode permettant d’augmenter et d’abaisser la fréquence de recombinaison par modification génétique de l’activité biochimique d’enzymes jouant un rôle déterminant dans les voies de recombinaison et par le traitement chimique des tissus végétaux. Nous avons aussi identifié plusieurs éléments de complexes de protéines facilitant la détection et la réparation des lésions de l’ADN.

Génomique et conseils pour la gestion des pêches et des océans

Dans la phase V de l’IRDG, le MPO a entrepris huit projets de recherche en génomique visant les objectifs suivants : mieux comprendre les effets des pêches et/ou d’une sélection déterminée par les conditions climatiques sur la génétique et la structure des populations de sébaste, de morue, de saumon atlantique et des poissons de l’Arctique; mettre au point de nouveaux marqueurs génétiques par séquençage de nouvelle génération pour une gestion des ressources aquatiques fondée sur la génomique; évaluer la réponse immunitaire du saumon au virus non pathogène de l’anémie infectieuse du saumon (ISAV) à RHPO et à l’exposition ultérieure à des souches pathogènes; caractériser la génomique de l’état de porteur du virus de la nécrose hématopoïétique infectieuse (IHNV) chez le saumon rouge et chez le saumon du Pacifique physiologiquement fragilisé. Sept de ces huit projets ont franchi la plupart des étapes prévues et sont en voie de produire les résultats visés; les objectifs du huitième ont dû être modifiés en raison de problèmes d’échantillonnage imprévus.

Les projets de génomique de la phase IV de l’IRDG réalisés au MPO ont donné des premiers résultats, notamment sur les points énumérés ci-après.

Identification des espèces de sébaste (genreSebastes) et étude de la structure des stocks par l’analyse génétique d’otolithes conservés

Le sébaste est un important poisson commercial dont les débarquements valent de plus de 27 millions de dollars, ce qui en fait la quatrième pêche au poisson de fond du Canada en 2010. Les travaux de recherche ont apporté de l’information importante pour l’« Évaluation des stocks de sébastesSebastes fasciatusandS. mentella) des unités 1 et 2 en 2009 » (MPO, Secrétariat canadien de consultation scientifique, Avis scientifique, 2010/037); les données recueillies ont permis de i) confirmer la structure des stocks de sébaste décrite d’après des échantillons contemporains, ii) démontrer que la structure des stocks est stable et iii) confirmer l’échec du recrutement des fortes classes d’âge des années passées dans les unités 1 et 2. Les résultats de ces travaux ont servi au Comité sur la situation des espèces en péril du Canada (COSEPAC) pour l’évaluation de la population de sébaste au moyen d’unités désignables et ont facilité l’établissement du premier programme de surveillance dirigé par l’industrie pour l’identification des espèces de sébaste dans les pêches commerciales. Les données de génomique apportées par cette étude pourraient aussi entraîner le changement des pratiques de gestion des pêches de sébaste.

Variabilité génétique des populations d’ombles sauvages en Arctique

Le dolly varden fait l’objet d’une importante partie des activités de co-gestion des pêches et des activités de gestion et de conservation de l’habitat du MPO. Les résultats des travaux de recherche ont été utilisés par le MPO et ses partenaires de co-gestion pour l’élaboration du Plan de gestion intégrée des pêches (2009-2014) et pour la préparation d’un rapport consultatif sur les stocks de dolly varden de la rivière Big Fish (2012). Les conseils formulés à l’intention des partenaires de co-gestion des pêches (Inuvialuit et Gwich’in) comportaient de l’information déterminante pour l’élaboration de politiques de pêche durable applicables aux stocks sources et aux stocks mixtes des pêches de dolly varden, les résultats des travaux étant intégrés aux décisions concernant le niveau de récolte des pêches de subsistance de 2012. L’attribution génétique de la composition des prises aux stocks d’origine a modifié les pratiques de gestion des pêches pour chacune des populations de dolly varden, les constatations ayant été prises en compte dans la décision de rouvrir des pêches qui étaient fermées depuis plus de 10 ans. Les partenaires de co-gestion ont appuyé encore deux autres années les programmes d’analyse génétique et de surveillance des pêches côtières pour être en mesure d’évaluer la stabilité de ces pêches.

Effets des facteurs du milieu sauvage et du milieu d’élevage en captivité ainsi que des parasites et des pathogènes associés sur la diversité et la nature de la variation du CHM II chez le saumon atlantique

Les résultats préliminaires de ce projet indiquent que la variation non neutre du complexe majeur d’histocompatibilité pourrait disparaître plus vite chez le saumon atlantique vivant uniquement en captivité par comparaison à celui qui passe une partie de sa vie dans le milieu sauvage du cours d’eau d’origine. Ces résultats ont été communiqués aux gestionnaires de la Division de l’écologie des populations du MPO et de la banque de gènes du vivant et ne sont pas étrangers aux modifications apportées aux stratégies de gestion pour le saumon atlantique en péril, dans l’intérieur de la baie de Fundy et notamment : a) l’augmentation de la durée de l’exposition des saumons juvéniles au milieu sauvage, b) l’ajustement de certaines exploitations pour augmenter le nombre d’adultes exposés à la sélection naturelle au stade juvénile qui parviennent à maturité à l’époque de la fraye et c) le changement des critères de sélection des reproducteurs pour augmenter le poids accordé aux géniteurs exposés au milieu sauvage par rapport aux valeurs d’apparentement moyen.

Fonction immunitaire du saumon et résistance au virus de l’anémie infectieuse du saumon - Phase 2

Le virus avirulent de l’anémie infectieuse du saumon (ISAV), appelé virus RHP0, peut être détecté par des méthodes moléculaires comme la PCR, mais on ignore encore quelle est la meilleure conduite à tenir pour les poissons qui en sont infectés. Les chercheurs ont déterminé que les poissons exposés au virus HPR0 qui ont survécu à l’infection résistent beaucoup mieux aux infections ultérieures par des souches très virulentes, ce qui dénote une forme d’immunité acquise. L’expression génique dans le rein dépend de la charge virale de cet organe, mais, chez les poissons « résistants », la charge virale du rein augmente beaucoup plus lentement que chez les poissons qui n’ont jamais été exposés, ce qui laisse penser que le système immunitaire bloque l’entrée du virus dans le rein chez le saumon immunisé, du moins aux premiers stades de l’infection. Les résultats de ces travaux ont été examinés avec les agents du Programme national sur la santé des animaux aquatiques de l’Agence canadienne d’inspection des aliments pour la préparation d’un plan d’intervention.

Génomique de la valeur adaptative de la migration chez le saumon sauvage

La recherche a révélé que le saumon en migration qui revient frayer dans le fleuve Fraser est fragilisé avant d’arriver au fleuve et qu’une seule signature génomique permet de prévoir une éventuelle mortalité prématurée dans le fleuve. La génomique a permis d’identifier un nouveau parvovirus du saumon qui provient des eaux douces et qui est porté par le saumon rouge à plusieurs stades de son développement, la charge virale étant maximale lorsque le poisson arrive dans les eaux marines. Une nouvelle approche d’analyse génomique à haut débit a permis la découverte des séquences d’un variant d’orthomyxovirus à forte homologie avec l’ISAV trouvé chez le saumon en Colombie-Britannique. L’analyse rétrospective des résultats d’études antérieures sur biopuce a permis de mettre en évidence une réponse génomique qui est associée à la présence chez le saumon du variant de l’ISAV de la Colombie-Britannique. Ces travaux ont apporté d’importantes informations dont il a été fait état dans les rapports techniques de la Commission Cohen sur le rôle des maladies et des parasites (rapport Kent) et sur le rôle des exploitations d’élevage de saumon (rapports de Dill et Noakes) ainsi que dans le document de l’atelier du MPO et de la Commission du saumon du Pacifique concernant le déclin du saumon rouge dans le fleuve Fraser (Peterman).

Laboratoire de biotechnologie aquatique – Institut d’océanographie de Bedford

Le maintien de la capacité existante du Laboratoire de biotechnologie aquatique a permis la réalisation de plusieurs projets dans le cadre de la phase IV de l’IRDG. Les fonds utilisés pour ces projets provenaient de l’IRDG et d’autres sources. Les résultats d’analyses génétiques médico-légales ont été fournis aux agents de Conservation et Protection des pêches pour deux causes (l’une dans la région des Maritimes, l’autre dans la région de Terre-Neuve et Labrador). Dans l’un des cas, où le saumon atlantique d’un navire de pêche a été saisi, les suspects ont plaidé coupables et payé une amende de 6 000 $ pour éviter des poursuites : les données génétiques ont eu un poids non négligeable dans la décision des suspects.

Utilisation de la génomique pour le système de réglementation canadien sur la santé

Évaluation génomique des contaminants chimiques des aliments donnant lieu à des allergies alimentaires

Nous avons réussi à mettre au point une méthode de culture cellulaire pour mesurer les effets des contaminants chimiques sur les voies immunitaires associées aux allergies alimentaires. Cette méthode a servi à l’évaluation de deux nanomatériaux à base de carbone susceptibles de contaminer des aliments. D’après les résultats obtenus, l’un des nanomatériaux modifie la réponse des cellules immunitaires. Nous utilisons des plaques à PCR à haut débit pour l’analyse génomique de cellules immunitaires traitées avec les nanomatériaux en vue d’étudier la relation entre les changements de la fonction immunitaire et les changements d’expression génique. Des cellules immunitaires ont également été préparées pour des analyses protéomiques par spectrométrie de masse pour l’étude des changements du degré d’expression des protéines et des concentrations de protéines qui ont changé après la traduction; nous travaillons actuellement à mettre au point des méthodes d’extraction, de purification et d’analyse des protéines. Ces travaux seront utiles à la recherche des causes de l’augmentation des allergies et permettront aux organismes de réglementation d’identifier les produits chimiques pouvant contribuer à ce problème.

Mise au point de méthodes d’analyse à court terme avec des souris transgéniques exposées à des produits cancérogènes

Nous nous sommes procuré les fournitures nécessaires à la préparation de plaques à PCR de microARN et de plaques à PCR, et des expériences préliminaires sont en cours sur des échantillons de tissus de rongeurs pour l’élaboration de normes opératoires normalisées. Nous travaillons actuellement à l’isolement du microARN d’échantillons témoins et d’échantillons de tissus rénaux provenant de souris traitées à l’ochratoxine, une mycotoxine cancérogène ayant une toxicité rénale aiguë chez les mammifères. Nous avons synthétisé les données résultant de l’analyse de microARN, et de RT-PCR spécifiques de certains gènes des tissus des souris témoins et des souris traitées à l’ochratoxine; cette synthèse a été présentée à des rencontres, des conférences et des congrès. Nous avons acheté un nouveau système d’imagerie de gel.

Application de la génomique à l’analyse des risques et des avantages des produits de santé à base de cellules souches

Les cellules souches ont un énorme potentiel pour le traitement de maladies actuellement incurables. Les cellules souches d’adultes sont une source particulièrement intéressante, car elles ne soulèvent pas les questions sociales et éthiques que pose l’utilisation des cellules souches d’embryons. Il faut toutefois évaluer les risques associés à l’utilisation des cellules souches d’adultes dans un contexte de soin de santé, et il est de la responsabilité de Santé Canada de vérifier que les produits de santé sont sans danger et efficaces. La nouvelle infrastructure vient augmenter la capacité d’acquisition de connaissances de Santé Canada et est appelée à jouer un important rôle de moteur dans ses projets, qu’ils relèvent ou non de l’IRDG. En 2011-2012, SC s’est engagé dans des collaborations internationales et nationales, a modernisé son équipement et a veillé à la formation et à l’information de son personnel. Dans le cadre de travaux réalisés en collaboration avec des chercheurs de l’Espagne et de l’Université Western Ontario, des méthodes de protéomique quantitative ont été optimisées pour l’analyse des cellules souches, l’étude des changements épigénétiques survenant dans les cellules souches mésenchymateuses qui se transforment en entités tumorigènes et la détermination des propriétés tumorigènes de 13 cultures de cellules souches mésenchymateuses. Les outils mis au point pour ces travaux sont actuellement utilisés pour l’étude des cellules souches d’humains adultes en vue de l’identification des biomarqueurs pour la mesure de l’aptitude de ces cellules à traiter le diabète et l’étude de leur potentiel tumorigène.

Intégration de paramètres génomiques à la toxicologie réglementaire

Des tests sur cellules et sur animaux avec profil d’ARN transcriptionnel global sont en cours de mise au point pour l’étude des signatures toxicogénomiques permettant de prédire le mode d’action des contaminants environnementaux et le début des processus pathologiques. Les chercheurs utilisent des produits chimiques dont les effets sur la santé et sur la structure moléculaire sont bien connus pour déterminer les signatures d’expression ancrées par rapport aux changements phénotypiques (ex. lésions génétiques, cancer, changements hormonaux). Ces travaux visent avant tout à mettre au point de nouvelles méthodes de toxicologie pouvant servir aux responsables des organismes de réglementation pour l’évaluation des produits chimiques au cas par cas, la caractérisation des modes d’action et des voies par lesquels s’exercent les effets délétères et la catégorisation des produits chimiques de façon à réduire les effets des polluants sur la santé. Les scientifiques de SC ont démontré qu’il est possible d’utiliser un test avec culture cellulaire pour évaluer l’aptitude des produits à causer des lésions et des mutations à l’ADN et pour identifier les principaux mécanismes en jeu. Ces travaux font partie des activités d’un consortium international qui réunit des intervenants des gouvernements et des établissements universitaires ainsi que des entreprises pour la mise au point ou l’amélioration de méthodes de toxicologie réglementaire qui feront progresser l’évaluation des risques toxicologiques par un travail de collaboration harmonisé. Les expériences pilotes ont révélé que les tissus utilisés dans des épreuves de dépistage du cancer qui ont été conservés deux ans pourraient servir à l’étude de l’expression génique. Une fois les protocoles optimisés, ces tissus pourraient permettre de déterminer si les paramètres génomiques peuvent être utilisés pour des expériences plus brèves (ex. un ou deux mois) pour prédire le cancer sur une période de deux ans. L’étude de la signature prédictive de diverses actions toxiques sera abordée dans les prochaines années financières. Six produits chimiques, choisis parmi ceux évalués dans le programme d’évaluation cellulaire ToxCast de l’EPA (États-Unis), ont été testés chez des rats. Des échantillons de tissus hépatiques ont été prélevés chez ces rats pour des analyses devant permettre de déterminer si, à l’échelle du génome, les perturbations des voies moléculaires qui étaient prévues sont effectivement survenues. Ces travaux apporteront des données de validation pour l’approche ToxCast et permettront de mettre en évidences les éventuelles lacunes de cette méthode.

Approche de protéomique pour l’identification de biomarqueurs de l’exposition à des mélanges complexes présents dans l’environnement et pour l’étude de leurs effets

Les scientifiques de SC ont eu recours à des études d’exposition d’animauxin vivoet aux sciences « omiques » pour caractériser et comparer les changements d’expression génique entraînés par un extrait de goudron (mélange complexe de produits cancérogènes très répandu dans l’environnement), sélectionner les fractions chimiques de l’extrait de goudron et les hydrocarbures aromatiques polycycliques du goudron afin d’identifier des biomarqueurs d’exposition et d’effets délétères. En 2011-2012, SC, après avoir obtenu du goudron brut de l’Electrical Power Research Institute (États-Unis) et de CanmetÉNERGIE (RNCan), a préparé un extrait de goudron purifié et en a établi la composition chimique, puis a caractérisé les plages de valeurs pour déterminer les doses expérimentales de goudron. La collecte d’échantillons biologiques et l’établissement du profil d’expression génique de divers tissus prélevés sur des souris exposées à des hydrocarbures aromatiques polycycliques individuels ont été menés à bien. Les résultats préliminaires indiquent que les divers produits chimiques composant le mélange agissent par différents mécanismes d’action influant sur de multiples voies biologiques, ce qui complique l’évaluation quantitative du risque de tels mélanges.

Études de génomique pour les programmes et les activités de santé publique concernant les maladies infectieuses et les maladies chroniques

Capteurs à fil photonique et instrumentation photonique pour l’identification des pathogènes alimentaires

Les scientifiques du CNRC travaillent à la création d’un instrument hautement multiplexe lisant une puce à fil photonique à champ évanescent de plus d’une centaine de capteurs. Le but général est de mettre au point une puce compacte qui se conserve et qui peut simplifier la détection et l’identification des pathogènes; il s’agit aussi d’explorer l’utilisation des capteurs pour l’analyse d’échantillons complexes afin que la purification et la concentration des échantillons puissent être simplifiées. Une nouvelle puce de silicone permet de mettre en évidence des microorganismes pathogènes non occultes par la recherche de 128 marqueurs moléculaires indépendants constituant l’empreinte qui révèle la présence et l’identité des microorganismes. Le logiciel a été mis au point et testé pour la collecte et l’analyse de l’information obtenue au moyen d’une puce à 128 capteurs. Le lecteur et le logiciel ont permis d’extraire le signal des 128 capteurs simultanément et en temps réel et d’afficher (à l’écran) les courbes de réponse de n’importe quel sous-groupe de capteurs. La puce et le lecteur sont autonomes, automatisés et commandés par ordinateur et peuvent être utilisés dans un montage permanent ou un montage de terrain. Ces travaux sont motivés par une forte demande d’instruments très multiplexes pour la détection des médicaments et pour la protéomique.

L’équipe du CNRC collabore avec l’ACIA et le Laboratoire national de microbiologie de l’ASPC la production de puces à capteurs à fil photonique à champ évanescent pour la détection et le sérotypage de souches bactériennes. Les épreuves de sérotypage, reprises plusieurs fois avec 16 puces à capteurs chargées d’anticorps dirigés contre différents sérotypes d’E. coli, ont donné des résultats nettement spécifiques. La détection et l’identification étaient confirmées lorsque seuls les capteursO157donnaient une réaction positive à l’amplification secondaire avec une solution d’anticorps anti-O157libres. La spécificité pour leO157était de beaucoup supérieure à un facteur de dix (réponse des capteursO157par rapport à la réponse des capteurs ciblant d’autres sérotypes), et ce, tant à l’étape initiale de détection qu’aux étapes d’amplification suivantes. Des résultats comparables ont été obtenus avec des échantillons contenant desE. coliO55. Des travaux de dilution ont été entrepris pour la détermination de la sensibilité des épreuves de détection des bactéries. Les expériences décrites ci-dessus portaient sur des échantillons contenant 108 (10 millions) d’unités formatrices de colonies (UFC) par ml, une concentration plutôt élevée, mais qui a facilité la mise au point préliminaire de l’épreuve. Plus récemment, l’équipe a pu démontrer qu’une réaction de détection mesurable peut être obtenue avec des échantillons contenant à peine 104UFC/ml (10 000).

L’équipe a aussi travaillé avec l’ACIA à intégrer des capteurs à fil photonique à champ évanescent à une technologie faisant intervenir des billes magnétiques pour l’extraction des agents pathogènes d’échantillons d’aliments ainsi qu’à des méthodes d’amplification des anticorps secondaires permettant d’assurer la spécificité de l’analyse des échantillons complexes. Les premières expériences ont permis de démontrer que le capteur donne une réponse nette lorsqu’il est exposé à des billes extraites d’échantillons contenantE. coli. Ce qu’il est surtout important de signaler, c’est que le capteur ne réagit pas aux billes identiques qui n’ont pas été exposées àE. coli. Cette expérience est donc la première démonstration formelle que les puces à capteurs à fil photonique à champ évanescent peuvent être combinées à l’extraction des microorganismes d’un échantillon au moyen de billes paramagnétiques. Il s’agit là d’un premier ensemble d’expériences, et il reste beaucoup à faire pour démontrer la reproductibilité et la spécificité aux sérotypes bactériens de cette technique et pour en déterminer les limites de détection.

Pathogènes alimentaires
Caractérisation génomique d’isolats deCampylobacteret deListeriad’origine alimentaire

Des données sur la séquence génomique complète de souches deListeriaet deCampylobactersont utilisées pour l’identification des séquences de signature associées aux propriétés épidémiologiques (géographique, temporelles, environnementales ou d’origine animale) et biologiques (aptitude à infecter, aptitude à survivre) des isolats. Les diagnostics fondés sur ces données seront indispensables pour retracer la source des bactéries nuisibles qui se retrouvent dans les ressources alimentaires canadiennes ainsi que pour identifier précocement les souches les plus susceptibles d’avoir des effets graves sur la santé humaine. Les objectifs de ces travaux ont été modifiés en conséquence du dernier transfert de fonds, qui date de janvier 2012. Des sommes ont été allouées à l’acquisition de fournitures de laboratoire, à des contrats de séquençage avec le BC Genome Centre et à des contrats techniques de court terme pour l’isolement des acides nucléiques des isolats deListeriaetCampylobacterétudiés en vue de leur séquençage. Pour le plus gros des analyses à faire, les services de deux chercheurs du postdoctorat ont été retenus dans le cadre du programme de bourses destinées aux chercheurs invités. Des fonds ont été accordés sous la forme d’une subvention de l’Initiative de recherche et de technologie CBRNE pour l’achat d’un séquenceur de nouvelle génération (Illumina MiSeq) grâce auquel nous serons mieux à même d’atteindre nos objectifs des années 2 et 3 de notre plan. Des données publiées nous ont servi à élaborer un cadre de travail pour les analyses bioinformatiques des données sur les séquences génomiques en vue de l’évaluation d’une méthode de typage applicable àCampylobacter jejuniet àC. coli.

Mise au point de méthodes moléculaires rapides pour le typage desSalmonella

Deux projets complémentaires sont consacrés à la mise au point de méthodes rapides pour accroître l’efficacité du typage et de la caractérisation desSalmonellaet ainsi réduire les conséquences des éclosions et le fardeau de la maladie. Des données de séquençage de 42 isolats deSalmonellaont servi à augmenter une plaque de génosérotypage deSalmonellaCette méthode améliorée et modernisée fait actuellement l’objet d’un processus de validation à l’Animal Health and Veterinary Laboratories Agency, au Royaume-Uni, et à l’Austrian Institute of Technology, en Autriche, de même qu’au Laboratoire de lutte conter les zoonoses d’origine alimentaire, à Guelph. Environ 1 000 isolats deSalmonellaseront analysés dans le cadre de ce processus de validation pour la détermination de la répétabilité, de la sensibilité et de la spécificité de la méthode et pour son évaluation comme moyen rapide pouvant remplacer le sérotypage, méthode privilégiée jusqu’ici. Dans une autre approche de génomique comparative, les empreintes génétiques et l’analyse du polymorphisme de nucléotide unique sont évaluées pour leur rapidité, leur fiabilité et leur haute résolution comme méthode de sous-typage deS.Enteritidis.

Outils et méthodes génomiques pour l’identification plus exacte des souches d’E. colipathogènes

En 2011, un rappel de produits de bœuf à la grandeur du Canada a été l’occasion de mettre en œuvre des opérations de séquençage et d’orienter la recherche dans le cadre d’un événement suivi « en temps réel ». Il est notamment apparu que les méthodes de sous-typage classiques ont révélé la grande complexité et la grande variabilité génétiques des isolats des échantillons cliniques et des échantillons d’aliments prélevés durant l’événement. Avec nos partenaires de projet, dont l’ACIA, nous avons préparé un ensemble d’environ 100 isolats d’E. coliO157:H7 provenant de sources diverses, et plus particulièrement de sources associées au rappel de bœuf récemment survenu, en plus de sources associées à des éclosions antérieures ayant touché l’ensemble du Canada. Nous avons choisi des anciens isolats présentant des similitudes avec ceux du rappel des produits de bœuf, ce qui nous a donné un contexte évolutif et nous a aidés à mieux comprendre l’évolution génomique. Jusqu’ici, six isolats d’E. coliO157:H7 associés au rappel de produits de bœuf ont été séquencés; l’assemblage du génome et l’analyse des séquences sont en cours. Nous préparons également des échantillons pour le séquençage des autres isolats. Dans d’autres travaux, nous examinons la dynamique environnementale de souches d’E. colipour mieux comprendre les réservoirs possibles de souches productrices de Shiga-toxines (ECTS) souvent associées à la maladie chez l’être humain. Plus de 300 souches d’ECTS sont en cours de séquençage. D’après les résultats des analyses préliminaires de ces 300 ECTS, un deuxième ensemble d’environ 200 souches sera constitué cette année essentiellement à partir des groupes de souches biaisés en fonction d’un hôte pour un séquençage génomique plus avancé. Des chercheurs de l’ASPC travaillent aussi à mettre au point des outils de bioinformatique pour automatiser l’annotation des génomes et faciliter la détermination de la parenté des différents isolats bactériens.

Autres pathogènes infectieux
Recherche sur la tuberculose

Des liaisons ont été établies entre le groupe de recherche sur la tuberculose financé par l’IRDG et des cliniques de santé locales. Des services ont été ouverts pour le dépistage et le suivi de la tuberculose et des infections soupçonnées d’être de la tuberculose chez les Manitobains et les nouveaux immigrants. Un centre de collecte, de manipulation et de conservation d’échantillons biologiques a été créé, et 150 échantillons prélevés chez des personnes ayant donné un résultat positif au test cutané ont été soumis à l’épreuve actuellement la plus avancée (test Quantiferon® TB Gold) pour la détermination de son utilité pour le diagnostic de la tuberculose. Les résultats des échantillons prélevés chez des sujets ayant donné un résultat négatif au test cutané ont aussi été recueillis. Des études pilotes sur des cellules sanguines ont révélé des différences de fonction entre les cellules immunitaires des sujets ayant une tuberculose active et celles des sujets ayant une tuberculose latente ainsi que celles des sujets témoins non infectés. Ces études sont actuellement étendues à tous les échantillons. Dans un projet de nature comparable portant sur l’association entre les réserves de vitamine D, l’infection tuberculeuse et la tuberculose, des échantillons ont été prélevés pour des analyses et ont été génotypés pour la recherche des facteurs génétiques propres à l’hôte intervenant dans les voies biologiques de la vitamine D.

Étude de l’antibiorésistance chez les bactériesE. colietKlebsiellabacteria

L’émergence rapide des infections bactériennes résistantes aux carbapénèmes au Canada et dans le reste du monde inquiète beaucoup les milieux médicaux. Pour étudier l’émergence et l’épidémiologie moléculaire de l’antibiorésistance desE. coliet desKlebsiella, nous avons isolé et typé 50 plasmides comprenant des gènes de carbapénèmase. Trente plasmides sont actuellement en voie d’être séquencés. Six isolats cliniques producteurs de carbapénèmase ont été retenus et sont soumis à un séquençage génomique complet.

Analyse des profils génomique et protéomique cellulaires après infection par le virus Ebola

L’analyse des changements survenant dans les cellules infectées par le virus Ebola a permis d’identifier certains caractères généraux intervenant dans la croissance et la reproduction de tous les virus et qui promettent de nous éclairer sur certains des processus particuliers au virus Ebola. Un système d’évaluation in vitro des profils génomique et protéomique des cellules infectées par le virus Ebola a été élaboré. Ce système permet de modéliser des cibles d’infection chez un animal hôte et d’analyser le protéome des cellules hôtes pour connaître les changements d’expression de protéines associés à l’infection. En comprenant mieux les processus de la réplication du virus et de la pathogénie, nous serons à même de concevoir des stratégies d’intervention en cas d’infection pour améliorer les chances des personnes atteintes et réduire le risque que ce virus hautement pathogène pose pour l’être humain.

Maladies chroniques
Étude des effets de la vitamine D sur l’insulinorésistance

Pour étudier le rôle de la vitamine D dans le déclenchement de l’insulinorésistance, les chercheurs de l’ASPC constituent une cohorte de sujets d’étude qui sont pré-diabétiques et qui présentent une carence en vitamine D sérique. Les travaux des deuxième et troisième années de ce projet porteront sur l’expression de biomarqueurs associés au diabète de type 2 et sur l’identification de signatures génomiques permettant de prédire la réaction à un supplément de vitamine D.

Application de la génomique à la génération et à la protection des forêts

Identification des gènes contrôlant des caractéristiques recherchées chez des essences forestières d’importance économique

Le programme de génomique du Service canadien des forêts de RNCan est orienté sur la mise au point de méthodes, d’outils et de bases de données pour la recherche de gènes codant des caractéristiques qui favorisent la qualité des fibres et la durabilité des ressources forestières : croissance, caractéristiques de la qualité du bois, résistance aux facteurs biotiques et abiotiques, adaptation au changement environnemental. Des études d’association effectuées en 2011-2012 ont révélé que 100-200 polymorphismes de nucléotide simple (PNS) étaient associés de façon significative avec des caractéristiques uniques du bois initial, du bois tardif ou du bois total de l’épinette. Les analyses ont permis de constater que 20-25 % de la variation phénotypique peut être expliquée par un ensemble de 40-60 PNS. En collaboration avec des scientifiques du projet SmarTForests de Génome Canada, les scientifiques de RNCan ont commencé à examiner les gènes intervenant dans la voie de régulation transcriptionnelle de la formation du bois. Tirant parti des résultats du projet Arborea de Génome Canada, ils ont construit la carte génétique d’arbres parents après avoir génotypé 500 de leurs descendants. Ils ont aussi étudié les gènes intervenant dans le développement et l’apparition des bourgeons pour mieux comprendre les gènes qui déterminent la variation phénotypique naturelle et les caractères adaptatifs de l’épinette blanche.

Étude des produits de lutte contre les organismes nuisibles et des produits de diagnostic fondés sur la génomique

La recherche sur les produits de la génomique qui servent à combattre les organismes nuisibles d’importance économique consiste notamment à chercher des ingrédients actifs, des cibles et de nouvelles souches ou des souches améliorées en vue de la mise au point de méthodes sans danger pour l’environnement pour combattre les organismes nuisibles. La tordeuse des bourgeons de l’épinette est considérée par bien des spécialistes comme la plus grande menace à redouter pour nos forêts en raison de la périodicité des infestations et de l’importance des dégâts et des pertes économiques qu’elle cause. La modélisation de la dispersion de cet insecte et la mise au point de nouveaux moyens de lutte pourraient donner aux gestionnaires des forêts de nouveaux outils pour combattre ce ravageur. À cette fin, des tordeuses adultes ont été collectées dans l’ensemble de l’aire de répartition de l’espèce au Canada pour l’extraction et l’analyse de leur ADN. Des échantillons d’ADN sont actuellement séquencés en vue de la construction de banques de fragments de restriction d’ADN pour l’identification rapide de milliers de PNS. L’analyse transcriptomique d’œufs et de larves de premier et de deuxième stade est commencée et devrait permettre de déterminer quels gènes interviennent dans la diapause. Une approche semblable est appliquée aux transcrits des glandes à phéromone et des antennes de la tordeuse des bourgeons de l’épinette et de la tordeuse du pin gris pour l’identification de gènes spécifiques de l’espèce. L’étude de 14 gènes associés à des protéines antigel se poursuit et les scientifiques étudient un gène qui pourrait stimuler l’amplification des baculovirus chez la tordeuse pour la mise au point de moyens de lutte biologiques.

Les frênes du Canada sont menacés par l’agrile du frêne. RNCan étudie actuellement trois approches de lutte. La première consiste à identifier les gènes essentiels au développement de l’agrile du frêne qui pourraient être utilisés pour des interventions de lutte ciblant la mue et les récepteurs hormonaux essentiels à la survie et à la croissance de cet insecte. La deuxième concerne l’étude de la génétique du système olfactif en vue de la mise au point d’appâts chimiques d’efficacité maximale. La dernière porte sur les champignons du milieu naturel qui pourraient être létaux pour les insectes : jusqu’ici, 102 souches ont été étudiées.

Les scientifiques du SCF de RNCan étudient actuellement les interactions arbre-pathogène plus précisément les gènes des champignons pouvant être à l’origine de processus pathogéniques (gènes de pathogénicité) et les gènes des arbres pouvant être à l’origine d’une résistance. Ces travaux ont été axés sur l’identification et la confirmation de ces fonctions chez certains gènes. L’identification de tels gènes pourrait permettre la mise au point de marqueurs moléculaires qui pourraient être intégrés à des programmes de sélection végétale assistée par marqueurs.

Pour que les données de génomique puissent être transformées en outils de diagnostic fondés sur l’ADN, il faut connaître la séquence génomique des pathogènes ciblés. Nous avons séquencé le génome de sept champignons pathogènes et réalisé l’analyse bioinformatique comparative approfondie profondeur de deux espèces. Pour reconstruire l’épidémiologie des pathogènes envahissants et pour comprendre et prédire leurs voies de migration, il est important de connaître la génétique des populations de ces organismes. Les pathogènes peuvent évoluer rapidement et subir des adaptations pouvant influer sur leur aptitude à infecter et à se propager. Ces adaptations devraient laisser une signature dans leur génome, et les voies et profils de migration pourraient en être déduites. En 2011-2012, le reséquençage du génome de populations de trois pathogènes envahissants jugés intéressants a commencé avec l’acquisition d’échantillons provenant d’endroits et d’hôtes très divers; le génotypage des PNS est actuellement en cours. Une liste de critères a été préparée en consultation avec les agences de protection des végétaux en vue de la production de la liste des 50 pathogènes les plus redoutables.

Le nématode du pin, indigène en Amérique du Nord, a dévasté les pinèdes des pays d'outre-mer où il a été introduit. Les produits du bois faisant l’objet d’un commerce international peuvent être frappés d’interdiction lorsque des nématodes morts y sont trouvés. Il est donc essentiel de disposer de moyens de détection qui permettent de différencier de manière exacte les nématodes du pin vivants des nématodes morts. Les scientifiques ont mis au point et testé des amorces spécifiques du nématode du pin et ont optimisé un test pour évaluer la stabilité de l’ARNm ciblé.

Étude de solutions bioénergétiques fondées sur l’amélioration de la matière première et/ou sur un nouveau processus enzymatique et des bioproduits à valeur ajoutée associés

Des gènes importants sont étudiés pour l’amélioration de la production des biocombustibles et l’augmentation quantitative et qualitative de la biomasse produite. Nous avons utilisé des peupliers marqués par la méthode de l’activation par étiquetage pour sélectionner des caractéristiques susceptibles d’influer sur la production bioénergétique et sur des caractéristiques importantes telles que la production de biomasse, l’architecture de l’arbre et sa phénologie. L’analyse de la chimie du bois a permis d’identifier des clones de peuplier dotés d’une capacité de production d’éthanol accrue; par ailleurs, dix gènes associés à la formation de la paroi cellulaire sont étudiés pour la recherche de moyens de faciliter la conversion de la biomasse.

Applications améliorées des outils et de la technologie génomiques d’Environnement Canada pour des décisions responsables

En 2011-2012, Environnement Canada a mis au point des outils et des approches génomiques pour l’évaluation du risque environnemental des substances potentiellement toxiques, identifier les parasites et retracer les sources de microbes. Ces outils apporteront des données utiles pour étayer les décisions touchant la gestion environnementale ainsi que les mesures d’application de la loi et l’évaluation de la conformité. Des outils et des approches ont aussi été mis au point pour l’étude de certaines espèces (par exemple, au point de vue de la structure des populations et du comportement reproducteur), ce qui sera utile pour l’élaboration des plans de gestion et de conservation de la faune applicables aux espèces dont la situation est préoccupante. Les principaux des projets d’ASTGE d’EC sont décrits ci-après.

Électrophorèse en gel dénaturant et polymorphismes de longueur de fragments de restriction clonaux pour la caractérisation des communautés et des consortiums microbiens

Il faut des techniques sélectives pour l’évaluation des substances à base de consortiums microbiens figurant sur la Liste intérieure des substances et des nouvelles substances à base de consortiums qui devront être déclarées à l’avenir. Les chercheurs d’EC ont am\xC3\xA9lioré les outils de génomique servant à détecter et à identifier les microorganismes composant un consortium qui réunit plus d’un type de microorganismes, ce qui permettra de rechercher les organismes pathogènes dans les consortiums microbiens en application duRèglement sur les renseignements concernant les substances nouvellesconcernant les organismes vivants. Les méthodes d’évaluation des consortiums microbiens seront examinées par les évaluateurs de risque d’EC et de SC, ce qui pourrait donner lieu à l’élaboration de dispositions réglementaires pour assurer la protection de l’environnement contre les pathogènes.

Vers la caractérisation métagénomique de la qualité microbiologique de l’eau des écosystèmes aquatiques du Canada

Ces travaux d’EC doivent permettre de comprendre plus vite l’importance de la diversité microbienne naturelle dans les écosystèmes aquatiques qui sont des sources d’eau potable, qui servent à des activités récréatives ou à la production d’aliments ou qui comblent les besoins de la faune. Avec les méthodes actuelles portant sur E. coli, on ne dispose que d’une étroite fenêtre pour évaluer les conséquences des changements de la qualité microbiologique de l’eau sur la santé humaine et sur la santé animale. En 2011-2012, des progrès ont été réalisés en ce qui touche le traçage des sources microbiennes pour déterminer l’origine humaine ou aviaire (mouettes et goélands) de la contamination fécale de la zone littorale des Grands Lacs. Les traçages apportent des renseignements précieux pour l’élimination des sources de pollution fécale des plages situées dans les secteurs préoccupants des Grands Lacs.

Application du génotypage de l’ADN à l’évaluation des espèces fauniques prioritaires

Les travaux préliminaires d’EC ont révélé que la loutre de rivière qui vit sur les côtes et qui fait partie des grands prédateurs de ce milieu, est exposée à de fortes concentrations de polluants industriels en milieu marin. Les effets écologiques de ces polluants ne sont pas encore connus, mais on craint qu’une baisse des populations côtières de prédateurs mette en péril l’ensemble de l’écosystème. Dans les travaux réalisés en 2011-2012, les chercheurs ont appliqué une approche pluridisciplinaire combinant des analyses génétiques, toxicologiques et hormonales dans laquelle la loutre de rivière a été très utile comme espèce sentinelle des grands prédateurs pour mieux comprendre les effets et les suites possibles de la présence de contaminants persistants dans le port de Victoria. Les résultats de ces travaux permettront aux évaluateurs de risque et aux gestionnaires de se fonder sur l’évaluation des risques actuels et futurs de la contamination des sols et des sédiments du port pour décider s’il est nécessaire de prendre des mesures correctives. Selon les estimations, les sommes que nécessiteraient les mesures correctives pourraient atteindre 800 millions de dollars.

Toxicogénomique des nouvelles substances en milieu aquatique

Des techniques d’évaluation sont nécessaires pour mieux comprendre les effets écosystémiques des nouvelles substances employées dans les activités anthropiques, et notamment des substances associées aux eaux usées urbaines, aux sables bitumineux et aux nanoparticules utilisées dans des applications de tous les jours. En 2011-2012, nous avons étudié les effets génomiques chez les poissons mâles de l’exposition aux effluents urbains pour comprendre les mécanismes qui influent sur les processus physiologiques (par exemple, la diminution des fonctions spermatiques). Nous avons examiné les propriétés toxiques des eaux usées urbaines traitées et non traitées dans des cellules de truite arc-en-ciel en utilisant les eaux usées de 12 villes où sont utilisés des procédés de traitement différents. Ces travaux ont permis d’identifier les facteurs influant sur la toxicité et de déterminer quels procédés ont le moins d’effets toxiques. En outre, nous avons produit un ensemble de cibles géniques dans les cellules de truite arc-en-ciel qui pourraient servir d’empreinte toxicogénomique pour l’évaluation de la contamination de l’eau de traitement des sables bitumineux et, dans une autre application, pour l’évaluation des réactions défavorables causées par les nanoparticules d’argent.

Évaluation de la faisabilité de l’utilisation de marqueurs fonctionnels pour distinguer la bernache du Canada nichant en région subarctique de celle nichant en zone tempérée

Les bernaches du Canada qui nichent dans le sud, de plus en plus nombreuses, sont à l’origine de nombreux conflits. En 2011-2012, les chercheurs d’EC ont travaillé à la mise au point de techniques génomiques pour être en mesure de distinguer les différentes populations de bernache du Canada et recueillir des données utiles à l’élaboration de la réglementation concernant la chasse de cette espèce. S’il est possible de distinguer d’une manière fiable les individus de populations différentes, la réglementation peut être pensée de manière à augmenter la chasse (à certains endroits et durant certaines périodes) à la bernache nichant en zone tempérée qui nuit aux cultures et au trafic aérien sans risquer de surexploiter la bernache protégée des populations qui nichent au nord.

Conception et validation d’une biopuce à ADN de crustacés et corrélation entre les profils d’expression génique et les paramètres toxicologiques classiques de l’exposition aux contaminants

Il nous faut des méthodes plus efficaces et plus exactes pour évaluer l’innocuité des produits chimiques qu’on projette de déverser en mer en application duRèglement sur l’immersion en merde la LCPE de 1999. Les chercheurs d’EC travaillent actuellement à la caractérisation des profils d’expression génique résultant de l’exposition à divers produits chimiques chez le homard. Les données recueillies serviront à l’élaboration des plans de surveillance du ministère et pourraient être utiles pour la gestion des pêches dans le cadre du programme sur l’immersion en mer.

Étude des effets des contaminants sur la diversité microbienne aquatique d’après les profils d’expression et l’analyse protéomique

Nous devons mieux comprendre la toxicité sublétale des substances d’intérêt prioritaire et des nouvelles substances pour les communautés microbiennes afin de gérer adéquatement la santé globale des écosystèmes. Les chercheurs d’EC ont déterminé comment les facteurs de stress environnemental (comme des substances pharmaceutiques) influent sur la biodiversité et les fonctions et activités microbiennes. Il s’agit d’une approche efficace pour détecter les changements qui surviennent dans les communautés microbiennes à cause de facteurs de stress qui, à plus long terme, pourraient protéger un processus écosystémique sain comme le cycle des nutriments.

Identification de parasites larvaires pathogènes chez les poissons et les amphibiens au moyen de l’ADN code-barre

Les larves de nombreuses espèces de trématodes peuvent causer des maladies ou la mort des poissons d’eau douce ou réduire la qualité des produits de la pêche. La taxonomie et le cycle biologique de ces parasites sont mal connus car leurs larves ne présentent aucune caractéristique morphologique permettant de distinguer à quelle espèce elles appartiennent, contrairement aux adultes qu’on trouve chez les oiseaux et les mammifères. En 2011-2012, les chercheurs d’EC, poursuivant le travail entrepris pour l’établissement de la correspondance entre les larves des parasites et leur forme adulte, ont continué d’enrichir une base de données génétiques normalisées sur les espèces parasites communes de façon à ce qu’elle soit représentative des diverses régions du Canada et ont poursuivi l’étude d’importants profils de spécificité pour l’hôte et le site.

Les chercheurs ont déterminé le code-barre diagnostique de près de 300 espèces de vers plats parasites pathogènes pour les poissons, les amphibiens, les oiseaux et les mammifères, dont l’être humain. Ces données permettront d’améliorer sensiblement les possibilités de diagnostic et seront utiles dans la gestion de la santé des écosystèmes à long terme.

Application de techniques d’évaluation moléculaire pour les maladies infectieuses en émergence chez les amphibiens indigènes : méthodes PCR pour l’évaluation de la fréquence et de la répartition des maladies

Partout dans le monde, les maladies des amphibiens sont considérées comme un problème de conservation, car elles entraînent la diminution des populations et même la disparition d’espèces. Les chercheurs d’EC ont eu recours à des techniques de génomique pour évaluer la répartition, la prévalence, la virulence en fonction de la souche et la dynamique de la transmission de deux maladies importantes des amphibiens du Canada. Ces travaux, en plus d’apporter de l’information utile pour les gestionnaires des écosystèmes, ont révélé que ces maladies sont présentes presque partout au Canada et peuvent être la cause d’une augmentation de la mortalité de plusieurs espèces d’amphibiens.

Analyse de l’expression génique et systèmes de tests de toxicité amphibienne pour l’évaluation de la génotoxicité des contaminants environnementaux pour la faune aquatique

Nous avons besoin de meilleures techniques pour évaluer les effets des contaminants sur les amphibiens. Des travaux actuellement en cours à EC portent sur l’étude des gènes associés au développement, à la croissance et à la métamorphose des amphibiens. Pour caractériser la génotoxicité des contaminants chez un modèle amphibien d’usage courant, les chercheurs mesurent le degré d’expression de ces gènes chez des amphibiens exposés à des contaminants environnementaux et caractérisent la relation entre les changements d’expression génique et les effets physiologiques observés à l’échelle individuelle et à l’échelle de la population. Ces travaux apporteront des renseignements utiles pour les évaluateurs de risque.

Caractérisation et séquençage des virus de l’influenza aviaire présents chez les oiseaux de Terre‑Neuve

Il est important de comprendre la dynamique du virus de l’influenza aviaire (AIV) chez les oiseaux marins, et les connaissances qu’apporte l’étude de ce phénomène présentent beaucoup d’intérêt au point de vue de la santé humaine et des écosystèmes. En, 2011-2012, les chercheurs d’EC ont fait de grands progrès dans des travaux destinés à identifier les souches d’AIV présentes dans les colonies d’oiseaux vivant au large des côtes de Terre-Neuve et à en déterminer l’origine; ils ont isolé pour la première fois un ensemble complet de virus faiblement pathogènes à l’occasion d’une éclosion active chez des oiseaux sauvages pour les étudier de manière plus approfondie et pour recueillir de l’information utile pour la gestion. Ces travaux démontrent que l’est du Canada, et plus précisément Terre-Neuve, peut être un important point d’entrée des souches eurasiennes d’AIV en Amérique du Nord. Les responsables de la réglementation en matière de santé publique, d’environnement et d’agriculture (volaille) comprennent l’importance que cette voie trans-Atlantique peut revêtir.

Analyse protéomique par séquençage aléatoire pour l’évaluation de la santé des poissons dans le secteur préoccupant de Thunder Bay

Des techniques de surveillance sont nécessaires pour l’évaluation de la santé des poissons dans les secteurs préoccupants des Grands Lacs faisant l’objet de mesures d’assainissement. Les travaux de recherche réalisés en 2011-2012 sur le meunier noir du secteur préoccupant de Thunder Bay ont révélé que ce poisson a bénéficié des mesures d’assainissement à l’un des sites tandis qu’il continue à subir les effets des rejets de contaminants qui se poursuivent dans un autre site. Cette étude a apporté des méthodes d’avant-garde pour la surveillance de la santé des poissons dans les secteurs en voie de rétablissement des Grands Lacs et ailleurs, et sera utile aux organismes de réglementation pour l’établissement d’un ordre de priorité et la mise en œuvre d’approches de gestion coordonnées. De plus, ces travaux de recherche d’EC apportent de l’information sur une nouvelle technique de génomique qui devrait être adoptée partout et avoir toutes sortes d’applications.

Toxicogénomique aviaire – de nouveaux outils pour les programmes d’évaluation des dangers

Nous avons besoin de méthodes exactes et efficaces pour déterminer et prédire les effets des produits chimiques industriels dont l’évaluation de risque pour l’environnement et la santé humaine par Environnement Canada et Santé Canada est hautement prioriaire. En 2011-2012, nous avons utilisé des outils de génomique pour déterminer et prédire les effets des produits chimiques industriels et de leurs sous-produits sur des embryons d’oiseaux, établir le lien entre les effets produits et les concentrations de contaminants mesurées dans certains secteurs des Grands Lacs et fournir aux évaluateurs de risque l’information dont ils ont besoin pour combler les lacunes que comportent les données toxicologiques concernant les produits chimiques en question.

Écologie moléculaire et évolution des souches dePasturella multocidaisolées durant des éclosions de choléra aviaire touchant l’ensemble du Canada

Le choléra aviaire est une maladie émergente dans les nouveaux environnements que sont l’Arctique et la côte est du Canada, où des éclosions de grande envergure avec une forte mortalité sont observées chez les oiseaux migrateurs. Dans les travaux de recherche effectués à EC en 2011-2012, des outils de génomique ont servi à retracer l’origine et la propagation de souches bactériennes du choléra chez les oiseaux migrateurs par l’identification des souches des individus porteurs de certaines populations. Il sera utile de comprendre la dynamique des éclosions pour les gestionnaires des écosystèmes du nord du Canada, et l’information recueillie permettra d’améliorer la salubrité des aliments des Inuits.

Caractérisation génétique de la cyanobactérie Lyngbya wolleiet de sa production de toxine

La cyanobactérie benthiqueLyngbya wolleiforme des tapis de filaments au fond des cours d’eau, ce qui entraîne leur dégradation esthétique et nuit à la qualité de leur eau (composés organiques volatils, toxines). Les chercheurs d’EC on démontré que les populations de cyanobactéries benthiques envahissantes qui vivent dans des conditions environnementales très diversifiées font partie du même clade génétique. Ils travaillent actuellement à perfectionner la méthode de dosage des toxines de cette espèce afin de recueillir de l’information pour la gestion et les programmes de surveillance.

Caractérisation génétique de la rainette faux‑grillon de l’Ouest

Récemment, la rainette faux-grillon de l’Ouest a été inscrite sur la liste des espèces préoccupantes de l’Ontario et sur la liste des espèces menacées du COSEPAC, organisme fédéral. En 2011-2012, des outils de génomique ont été utilisés pour la délimitation des populations de rainette faux-grillon. Ces travaux permettront à EC de fournir aux planificateurs de la gestion de cette espèce de l’information sur son aptitude à se maintenir dans son aire de répartition dans un milieu où son habitat est de plus en plus fragmenté.

Travaux de recherche interministériels suivant des priorités et buts communs sur des questions dépassant le mandat individuel des ministères

La première année a essentiellement été consacrée à la planification et au lancement de divers projets par des ateliers et des rencontres, l’organisation de comités d’examen spécialisés, l’embauche de personnel qualifié et l’élaboration de la charte officielle des projets. La répartition des fonds aux projets interministériels correspond aux forces et aux activités existantes et vise à soutenir certaines contributions ministérielles.

Accroissement de la salubrité des aliments et de l’eau au Canada grâce à une initiative fédérale intégrée en génomique (salubrité des aliments et de l’eau)

Ministères/Agences participants : AAC, ACIA, EC, SC, ASPC et CNRC
Coordination scientifique : SC
Gestion du projet : SC

Le projet de la salubrité des aliments et de l’eau a été lancé à la fin de mars 2012 avec l’acquisition de toutes les fournitures de laboratoire nécessaires pour l’isolement, la détection et la préparation des modèles et des souches qui serviront durant l’année financière 2012-2013. Des conférences téléphoniques, auxquelles ont participé les responsables des thématiques, le gestionnaire de projet et le coordonnateur scientifique, ont été régulièrement organisées pour qu’une communication ouverte soit maintenue entre tous les secteurs du projet et pour que l’atteinte des objectifs puisse être confirmée dans les délais prévus dans la charte du projet.

Thème : isolement-détection

S’appuyant sur le travail réalisé dans le cadre d’un projet antérieur de SC, les chercheurs ont monté un prototype de plateforme de PCR de petit encombrement contrôlée par ordinateur et ont testé le chauffage d’une première puce adaptée pour la PCR servant à l’amplification de l’acide nucléique des tissus ciblés. Un algorithme avancé de contrôle de la température a été adapté pour mesurer de façon très exacte la température et réaliser un cycle de températures plus rapide par comparaison aux systèmes d’amplification à principe thermique classique. Le cycle des trois zones de température nécessaires à l’amplification (95oC, 48oC, and 72oC) peut être réalisé en moins de 30 s avec un dépassement de moins de 0,3oC. Le temps requis pour atteindre la température voulue dans les dispositifs microfluidiques s’est révélé trois fois moindre avec la plateforme mise au point par comparaison au montage de PCR classique. Plusieurs essais préliminaires d’amplification sur puce à PCR ont été réalisés avec la plateforme mise au point et des dispositifs microfluidiques à base de polymères. Les chercheurs (à SC et au CNRC, à Boucherville) travaillent actuellement à l’identification des agents bloquants qui permettront d’empêcher l’absorption non spécifique.

Thème : production de l’information

Tous les fonds destinés à la dotation ont été affectés à l’acquisition de fournitures de laboratoire en raison de l’approbation tardive de la charte du projet.

Thème : bioinformatique

Des opérations de dotation par anticipation ont commencé, et des ateliers ont été organisés à des fins de planification et de collaboration. Un atelier pratique de deux semaines a été réalisé sur l’informatique microbienne et a été tenu à deux reprises pour les scientifiques de l’ASPC et de l’IRDG. Les fournitures nécessaires à la manipulation d’organismes pathogènes ont été achetées de même qu’une unité de traitement graphique, qui permettra d’accélérer le traitement des données, et une nouvelle version d’un logiciel spécialisé pour l’analyse protéomique aléatoire.

Protection de la biodiversité canadienne et des échanges commerciaux contre les retombées des changements mondiaux par l’augmentation de la capacité de surveiller les espèces envahissantes et justiciables de quarantaine (espèces envahissantes et justifiables de quarantaine)

Ministères/Agences participants : AAC, ACIA, EC, MPO, CNRC et RNCan
Coordination scientifique : AAC
Gestion du projet : ACIA

Le projet sur les espèces envahissantes et justiciables de quarantaine a commencé au début de janvier 2012 après l’approbation de la charte officielle par le Comité de coordination des SMA de l’IRDG. Grâce à plusieurs présentations nationales et internationales effectuées sur invitation, ce projet est déjà bien connu.

Optimisation et normalisation de l’extraction des acides nucléiques

Plusieurs amorces et procédés de pré-traitement pour l’extraction de l’ADN ont été mis à l’essai sur des tissus de mollusques et de poissons conservés dans l’éthanol en vue de l’optimisation des réactions de PCR. Ces tissus servent essentiellement de témoins positifs. Des organismes modèles devant servir à l’optimisation de l’extraction de l’ADN d’échantillons prélevés sur le terrain ont été choisis. Différents types de sols ont aussi été choisis et préparés en vue de l’ensemencement de champignons pour l’optimisation des méthodes devant être utilisées avec des échantillons de sol et d’eau prélevés sur le terrain. Des sondes spécifiques de champignons dont Phytophthoraont été mises au point. Du matériel de Phytophthoraet deVerticilliuma été cultivé pour l’essai des méthodes d’extraction d’ADN. Des plans expérimentaux ont été élaborés avec séparation par inertie, extraction de l’ADN et lyse pour la purification et la pré-concentration de l’ADN. Pour la purification des échantillons, plusieurs échantillons de sols caractéristiques ont été analysés, et leur granulométrie a été caractérisée par examen au microscope optique.

Code-barre des espèces aquatiques envahissantes posant les plus grands risques pour la faune indigène et le commerce du Canada

Après avoir obtenu la liste des espèces « interdites », l’équipe a identifié des espèces candidates de manière à ce que son travail complète celui des autres équipes de recherche. Elle a compilé une première liste d’espèces « étroitement apparentées » à celles des espèces interdites qui devront en être distinguées. Les travaux ont consisté essentiellement à collecter des spécimens des espèces introduites et à communiquer avec les collaborateurs du projet pour obtenir des spécimens provenant de la région ou du pays dont ils sont originaires.

Code-barre des espèces envahissantes et justiciables de quarantaine des écosystèmes terrestres

La dotation est commencée, des listes d’organismes cibles prioritaires ont été élaborées pour orienter l’acquisition des spécimens de terrain et la recherche de matériel dans les collections.

Détection directe des espèces envahissantes et justiciables de quarantaine

Les fournitures nécessaires au piégeage des insectes forestiers ont été achetées, et des pièges ont été installés en Colombie-Britannique pour la capture d’un grand nombre d’individus en vue de l’élaboration de premiers protocoles et de l’établissement des limites de détection du séquençage 454. Des billes de bois infestées ont aussi été transportées dans des chambres d’élevage pour la collecte des insectes en émergence. De pièges à insectes agricoles ont été installés en Ontario en préparation d’une collecte prévue plus tard dans l’année. Des échantillons de bois en dormance provenant de vignes et d’arbres fruitiers sains et infectés ont aussi été recueillis, et l’ARN double brin en a été extrait pour la confection d’échantillons témoins.

Bioinformatique

Les 169 000 $ accordés pour les projets de 2011-2012 ont catalysé un investissement coordonné d’une envergure beaucoup plus grande dans l’infrastructure de bioinformatique. En tout, 350 000 $, répartis entre 17 projets de recherche réalisés dans deux centres et comprenant des projets bénéficiant de fonds habituellement attribués par l’IRDG, ont servi à l’achat de 13 nouveaux serveurs constituant un nouvel ensemble de calcul rattaché à un grand dispositif de stockage modulaire (108 To) pour répondre aux besoins en bioinformatique des projets, dont ceux de l’IRDG. L’équipe a aussi réussi à recueillir près de 60 000 $ en plus pour des rénovations permettant de constituer un centre de design et de formation sur la biodiversité et la bioinformatique pouvant accueillir de 15 à 18 professionnels, étudiants et chercheurs en bioinformatique dans des conditions exceptionnellement favorables à la collaboration. Le 27 mars 2012, deux ateliers de bioinformatique ont été tenus à AAC dans la même foulée que l’atelier de Bioinformatique de l’IRDG-SPC. Le premier portait sur la classification des bioinformaticiens et avait été organisé pour traiter des difficultés qui se posaient à AAC en rapport avec les postes de CS demandés pour l’IRDG. Il a aussi été question de la coordination fédérale, de la normalisation des rôles et responsabilités en bioinformatique et des descriptions de poste. Le deuxième atelier portait sur la formation en bioinformatique, aspect qui se retrouve dans les priorités des deux projets de l’IRDG. Les bioinformaticiens du gouvernement fédéral qui ont participé à ces ateliers ont parlé du programme de formation actuellement dispensé en bioinformatique, des besoins à court et à long terme en matière de formation et des moyens de les combler. Une ébauche de compte rendu de ces ateliers a été préparée et la version finale sera présentée au groupe de travail de l’IRDG. Cet effort concerté en bioinformatique est l’exemple par excellence pour démontrer comment les scientifiques du gouvernement fédéral peuvent rassembler des fonds, motiver des efforts collectifs et enrichir nos connaissances.

Annexe 4 – Outils et processus de recherche produits grâce à l’IRDG

Outils de recherche

  • Nouvel anticorps spécifique de l’appareil d’infection haustoriel des champignons de la rouille permettant de réaliser une purification avancée (AAC);
  • Publication de la séquence génique du champignon de la rouille des feuilles du blé (AAC);
  • Marqueur moléculaire fonctionnel lié à la tolérance supérieure au gel de la luzerne (AAC);
  • Populations de trèfle rouge possédant une tolérance accrue au gel (AAC);
  • Nouvel ensemble d’outils pour la caractérisation des communautés microbiennes (AAC);
  • Lignées végétales exprimant l’hormone de croissance humaine et l’albumine sérique humaine (AAC);
  • Anticorps polyclonaux contre la sous-unité alpha de l’asparaginase (ASPGB1) du soja et du haricot (AAC);
  • Biopuces 96 k de haute densité CustomArray pour l’analyse du haricot (AAC);
  • Ensemble augmenté de marqueurs moléculaires pour la recherche d’isolats de la rouille des feuilles (AAC);
  • Données phénotypiques cumulatives sur une population de B. napus pour la réalisation d’études sur les associations pangénomiques (AAC);
  • Plateforme de base pour la création par modification génétique d’un canola résistant au stress abiotique à des fins de sélection végétale (AAC);
  • Profil des transcriptomes des tissus de reproduction du triticale pour la mise au point de nouveaux systèmes de fertilisation des cultures (AAC);
  • Carte bidimensionnelle établie par électrophorèse en gel de polyacrylamide du protéome du stigmate du triticale (AAC);
  • Nouveau promoteur constitutif exprimé dans tous les tissus végétaux (AAC);
  • Ensemble de vecteurs végétaux pour l’expression transitoire dans les feuilles en vue de la mise au point d’une méthode d’analyse à haut débit (AAC);
  • Complexes de protéines facilitant la détection et la réparation des lésions de l’ADN comprenant des protéines candidates pour d’éventuelles recombinaisons d’ADN (AAC);
  • Nouveau vecteur pour l’évaluation de la fonction de gènes de soja et de légumineuses et la production de protéines d’intérêt par des légumineuses (AAC);
  • Gènes candidats liés aux mécanismes de défense introduits dans le soja pour une analyse fonctionnelle (AAC);
  • Nouveau matériel génétique pour des programmes de recherche et d’amélioration génétiques nationaux et internationaux (AAC);
  • Marqueurs moléculaires (microsatellites, ADN mitochondrial et marqueurs nucléaires) pour l’étude du dolly varden et d’autres espèces d’ombles (MPO);
  • Base de données publique sur les gènes régulés à la hausse et à la baisse dans le rein après infection par l’agent de l’anémie infectieuse du saumon chez le saumon de l’Atlantique (MPO);
  • Plateforme nanofluidique Fluidigm BioMark pour la détection simultanée, par PCR quantitative à haut débit, du transcriptome et des pathogènes du saumon (MPO);
  • Nouveaux isolats de l’influenza aviaire (ADNc ) pour la recherche (EC);
  • Méthodes de marquage fonctionnel pour distinguer les populations d’oiseaux migrateurs pour le Service canadien de la faune et d’autres organismes de réglementation (EC);
  • Méthodes d’identification par PCR de la pollution d’origine fécale due aux eaux usées et aux déjections des goélands et des mouettes, à l’intention des municipalités des secteurs préoccupants des Grands Lacs (EC);
  • Outils d’analyse métagénomique et transcriptomique pour l’évaluation des communautés microbiennes des cours d’eau (EC);
  • Biopuce 44 k de poulet (Aligent) pour la détection des effets toxiques possibles des contaminants environnementaux prioritaires (dioxines) chez les oiseaux, à l’intention des évaluateurs de risque (EC);
  • Puce de PCR quantitative pour l’analyse chez la truite arc-en-ciel de l’empreinte des composantes toxiques des eaux traitées qui ont servi au traitement des sables bitumineux afin de distinguer les effets attribuables aux sables bitumineux des effets attribuables aux composantes de base naturelles, à l’intention des organismes de réglementation (EC);
  • Puce de PCR quantitative pour l’analyse chez la truite arc-en-ciel et le gastéropode Lymnea stagnalis des effets des effluents municipaux, à l’intention des organismes de réglementation (EC);
  • Séquences diagnostiques d’une partie de la cytochrome c oxydase I mises au point pour 80 espèces de parasites d’animaux sauvages pour les programmes de surveillance (EC);
  • Marqueurs diagnostiques, biomarqueurs des effets sur la santé des poissons, anticorps contre la protéine régulatrice du cancer p35 chez la truite arc-en-ciel, pour l’évaluation du risque d’exposition des populations de poissons sauvages aux facteurs de stress environnementaux (EC);
  • Électrophorèse en gel dénaturant et polymorphisme clonal de fragments de restriction pour la détection des espèces microbiennes d’une communauté mixte, pour l’évaluation de risque des nouvelles substances (consortiums microbien) pour l’environnement et la santé humaine (EC);
  • Biomarqueurs de toxicité fongique et de cancérogénicité (SC);
  • Biomarqueurs des allergènes alimentaires (SC);
  • Nouveaux marqueurs protéiques des cellules souches mésenchymateuses (SC);
  • Méthode de détection par culture cellulaire pour la prévision in vitro des modes d’action des composés génotoxiques (SC);
  • Outil de prédiction en boucle pour le perfectionnement de la conception par ordinateur de substances thérapeutiques à base de protéines (NRC);
  • Puce de détection et lecteur multiplex pour le sérotypage d’E. coli (CNRC);
  • Biopuce 60 k Infinium pour le milieu de la recherche mondial sur les Brassica (CNRC et AAC);
  • Algorithme MSS (Multiple Survival Screening) faisant intervenir un ensemble robuste de marqueurs prédictifs pour identifier avec exactitude les personnes ayant un cancer du sein qui ne répondra pas au traitement au paclitaxel (CNRC);
  • Sonde TaqMan pour la détection de champignons dans les feuilles de peuplier et les échantillons de chancre (RNCan);
  • Base de données sur les propriétés du bois de 1 800 épinettes blanches de deux groupes de sélection végétale créés suivant un plan de croisement diallélique partiel (RNCan);
  • Carte génétique d’épinettes blanches parentales par génotypage de 500 descendants (RNCan);
  • Collection de peupliers marqués par la méthode d’activation par étiquetage pour l’évaluation de caractères bioénergétiques (RNCan);
  • Profils de transcription de la tordeuse des bourgeons de l’épinette à divers stades de son développement (œuf, premier et deuxième stades larvaires) pour l’identification des gènes intervenant dans le déclenchement de la diapause (RNCan);
  • Banque de chromosomes bactériens artificiels de la tordeuse des bourgeons de l’épinette et banque de fosmides; banque d’ADNc de têtes de tordeuses des bourgeons de l’épinette adultes (RNCan);
  • Profils de transcriptomes du pin argenté de génotypes résistants et de génotypes sensibles à la rouille (RNCan);
  • Transformation du Brassica napus pour la caractérisation des gènes de résistance du pin (RNCan);
  • Banque de fosmides pour l’étude génomique de l’agrile du frêne (RNCan);
  • Logiciel d’analyse pangénomique PanSeq (ASPC);
  • Logiciels d’analyse génomique BASys, GView, ACT2 (ASPC);
  • Épreuve de génosérotypage de Salmonella (ASPC);
  • Logiciel d’annotation génomique automatisée (ASPC).

Méthodes de recherche

  • Système d’analyse pour relier des protéines candidates à des protéines fluorescentes (AAC);
  • Épreuve biologique pour isoler des protéines d’avirulence et les gènes correspondants (AAC);
  • Technologie universelle de répression sélective de l’expression des gènes des protéines de réserve des graines (AAC);
  • Technologie universelle pour diriger les protéines hétérologues vers les vacuoles de stockage de protéines des graines (AAC);
  • Paramètres nécessaires pour l’augmentation de la fréquence de recombinaison des cellules végétatives par traitement chimique des tissus végétaux (AAC);
  • Validation de principe de méthodes d’augmentation et de diminution de la fréquence de recombinaison des cellules méiotiques et des cellules végétatives des tissus végétaux (AAC);
  • Validation de principe de méthodes d’augmentation de l’accumulation des produits de PCR (AAC);
  • Validation de principe de méthodes d’augmentation de l’efficacité de substrats de ciblage génique (AAC);
  • Validation de principe de méthodes de production par génie génétique de complexes de réplication d’ADN synthétique (AAC);
  • Nouveaux systèmes d’expression protéique transitoire (AAC);
  • Nouveau système d’expression végétale multigénique (AAC);
  • Nouveau mécanisme de production de lésions recombinogènes chez les plantes (AAC);
  • Méthode d’extraction en grande quantité de l’ADN de pathogènes des racines (AAC);
  • Analyse à haut débit pour l’identification de la résistance aux maladies chez l’Arabidopsis (AAC);
  • Optimisation des conditions d’extraction des protéines du stigmate du triticale (AAC);
  • Microsatellites et méthodes adoptés dans le cadre de travaux de collaboration internationaux (MPO);
  • Modes opératoires normalisés pour l’étude toxicogénomique de l’exposition des larves du homard aux contaminants, pour le programme sur l’immersion en mer d’EC et pour les personnes qui en font la demande (EC);
  • Analyse aléatoire du protéome exprimé dans des échantillons de plasma provenant de poissons sauvages, pour les évaluateurs et les gestionnaires s’occupant des évaluations de risque concernant les Grands Lacs (EC);
  • Méthode robuste pour la purification des facteurs de croissance TRAP non étiquetés (CNRC);
  • Amélioration des propriétés pharmacodynamiques des facteurs de croissance TRAP et protéines recombinantes candidates comme substances thérapeutiques (CNRC);
  • Protocole de fonctionnarisation de détecteurs pour le sérotypage des bactéries (CNRC);
  • Nouveau processus de bioconjugaison des anticorps avec des microbulles thérapeutiques (CNRC);
  • Optimisation de l’extraction de l’ADN d’un champignon pathogène de cultures et de taches foliaires (RNCan);
  • Optimisation de l’amplification pangénomique d’un champignon pathogène par amplification par déplacements multiples (RNCan);
  • Protocole de pyroséquençage d’amplicons (tissus végétaux) et analyse bioinformatique (RNCan);
  • Analyse génomique pour le traçage des pathogènes d’origine alimentaire en cas d’éclosion et pour la détermination de la source dont ils proviennent (ASPC);
  • Optimisation de protocoles de PCR multiplex et d’hybridation pour le génosérotypage des Salmonella (ASPC).

Annexe B - Initiative de R-D en génomique : Survol du cadre de mesure du rendement

Pour satisfaire aux exigences et aux lignes directrices du Conseil du Trésor, un cadre horizontal de stratégie de mesure du rendement a été élaboré pour l’IRDG en 2011. Ce cadre officialise l’engagement des huit ministères et organismes qui participent à l’IRDG au sujet des exigences communes en matière de mesure et de responsabilisation qui s’y rattachent. Il repose sur un cadre de gestion et de responsabilisation axé sur les résultats (CGRR), conçu en 2007 pour donner suite aux conclusions et aux recommandations découlant de l’évaluation formative de l’IRDG réalisée en 2006. Il tient également compte des recommandations découlant de l’évaluation des impacts effectuée en 2010. Le modèle logique présenté à la figure 1 illustre les objectifs généraux de l’IRDG, en reconnaissant qu’il existe d’importantes différences dans les besoins et les priorités propres à chaque ministère, en reconnaissant par ailleurs qu’une proportion des fonds sera mobilisée pour des projets interministériels coordonnés assortis de priorités et de buts communs; alors que le solde des ressources sera utilisé par les ministères et les organismes pour appuyer leurs mandats et leurs priorités. Un certain nombre d’activités auront lieu pour atteindre ces objectifs. Elles seront axées sur les activités de R-D et comporteront l’aide à la recherche se rapportant à la gestion, à la coordination, à l’évaluation, aux rapports, à la formation, à l’accès à des infrastructures et des réseaux de recherche d’envergure internationale, à de puissantes collaborations, à la diffusion et à la transmission des résultats des recherches, et à la transformation des connaissances en applications d’intérêt commercial et public.

Ces activités produiront des résultats comme des méthodes de gestion rigoureuses, des données et des publications scientifiques, des outils et des produits de recherche et des effectifs très compétents. À titre de résultat immédiat, ces facteurs appuieront les mandats du gouvernement de même que l’intégration horizontale. Les résultats intermédiaires consisteront en la saisie et l’application des connaissances et des outils résultant de l’IRDG aux décisions stratégiques et réglementaires, au respect des principales priorités des politiques publiques de même qu’à l’appui de l’innovation dans le secteur privé. En définitive, l’IRDG sera l’un des facteurs qui permettront de trouver des solutions aux questions importantes pour les Canadiens, ce qui entraînera une amélioration de la santé humaine, de la salubrité et de la sécurité des aliments, de la durabilité et de la gestion de l’environnement, de l’agriculture, des forêts et des pêches, ainsi que la croissance de l’innovation en matière de S-T.

A number of activities will be conducted to reach these objectives, focused on R&D activities and including research support related to management, coordination, evaluation, reporting, training, access to world-class research infrastructure and networks, strong collaborations, dissemination and transfer of research results, and translation of knowledge into commercial and public good applications.

These activities will generate outputs such as rigorous management processes, scientific information and publications, research tools and products, and a highly skilled workforce. As an immediate outcome, these outputs will be made available to support governmental mandates as well as horizontal integration. Intermediate outcomes will consist in uptake and application of the knowledge and tools generated by the GRDI for policy and regulatory decisions, for addressing key public policy priorities, as well as for supporting private sector innovation. Ultimately, the GRDI would be one of the factors contributing solutions to issues that are important to Canadians, resulting in improved human health; improved food safety and security; enhanced sustainability and management of the environment, agriculture, forestry and fisheries; and growth of S&T innovation.

L’IRDG comporte trois éléments de programme importants :

Gouvernance :

Alors que la saine gestion est un volet important de tout programme public, elle revêt une importance toute particulière pour cette initiative en raison du nombre de ministères concernés. Il est donc important que les pratiques en place favorisent la coordination efficace dans les ministères et entre eux. Il est également essentiel que les priorités des ministères et les initiatives communes soient clairement délimitées pour la sélection des projets afin de respecter les priorités pangouvernementales en ce qui concerne les recherches en génomique. Sans cet important volet du programme, certains des résultats et des répercussions risquent de ne pas se matérialiser ou de ne pas être aussi fructueux. Les phases futures de l’IRDG en particulier ont pour but de démontrer la viabilité d’une démarche vraiment interministérielle et la capacité des ministères et des organismes qui participent à l’IRDG à collaborer, à témoigner des complémentarités, à ajouter de la valeur aux ressources ministérielles existantes et à établir de puissants partenariats.

Recherche et développement :

La R D est le volet central de cette initiative pour respecter les priorités, appuyer les mandats du gouvernement, éclairer les décisions d’ordre politique et réglementaire et stimuler l’innovation. Toutes les activités qui se rattachent à la R-D effective, au transfert des technologies et des résultats aux intervenants à titre d’application, sans oublier la transmission de ces résultats, revêtent une importance cruciale pour assurer l’atteinte de tous les résultats et les effets qui en découlent.

Maintien de la capacité :

Le renforcement des capacités était au cœur des phases préalables de l’IRDG et il est donc essentiel de maintenir une telle capacité. Le maintien d’effectifs hautement qualifiés est indispensable pour que les laboratoires du fédéral puissent se livrer aux types de projets de recherche nécessaires qui assureront le succès de l’initiative et la crédibilité des participants aux recherches et aux applications de la génomique. Pour maintenir la capacité fédérale de recherche, il est essentiel par ailleurs que les infrastructures existantes soient entretenues et que de nouvelles infrastructures de pointe soient acquises pour que les laboratoires du fédéral puissent continuer à jouer un rôle dans les recherches en génomique afin d’éclairer les règlements, les politiques et d’autres décisions. Sans le maintien de cette capacité, certains des résultats et des incidences qui s’y rattachent risquent de ne pas se matérialiser ou de ne pas être aussi fructueux.

Le tableau 2 illustre les indicateurs de rendement, les sources et la responsabilité des résultats qui figurent dans le modèle logique illustré à la figure 1 et dont il faut rendre compte, soit dans le rapport annuel sur le rendement, soit au moment de l’évaluation qui convient. Les évaluations n’ont pas pour but de mesurer les impacts de l’IRDG par rapport aux résultats à long terme, car l’attribution devient plus fragile. En revanche, elles doivent porter sur l’atteinte des résultats immédiats et intermédiaires et déterminer s’il est raisonnable de s’attendre à ce que l’atteinte des résultats intermédiaires contribue à l’atteinte des résultats à long terme.

Étant donné qu’il s’agit d’une initiative horizontale qui concerne plusieurs ministères et organismes, on trouve également dans le cadre certaines données descriptives qui se rapportent aux projets, à l’aide financière et aux intervenants et aux utilisateurs finaux. Le présent document a pour but d’uniformiser la collecte et le compte rendu des renseignements sur les activités de l’IRDG au sein de chaque ministère, sans pour autant faire état des indicateurs de rendement.

Renseignements descriptifs

  • Données sur le projet présentées par tous les ministères et organismes participants tous les trois ans
  • Titres et descriptions analytiques des projets (objectifs clés et secteurs d’impact)
  • Données financières déclarées chaque année par tous les ministères et organismes participants
  • Montants internes mobilisés à même les ressources du budget des services votés
  • Autre financement par les collaborateurs (autres ministères; universités; organisations internationales; secteur privé; etc.)
  • Contributions en nature des collaborateurs
  • Intervenants et utilisateurs finaux déterminés par tous les ministères et organismes participants tous les trois ans
  • Liste des intervenants et des utilisateurs finaux disponibles pour chaque projet de recherche (y compris leurs coordonnées)

Figure 1 : Modèle logique de l’Initiative de R-D en Génomique

Les recherches qui bénéficient du financement de l’IRDG visent à soutenir le mandat du gouvernement au chapitre des règlements, des politiques publiques et des activités dans des domaines aussi importants que les soins de santé, la salubrité des aliments, la saine gestion des ressources naturelles, la durabilité et la compétitivité du secteur agricole et la protection de l’environnement, moyennant la collaboration étroite des universités et du secteur privé.

Gouvernance

Extrants
  • Lignes directrices sur la sélection des projets et la gestion du rendement
  • Rapports sur les réunions et ateliers de planification
  • Mandats et plans des projets
  • Rapports annuels sur le rendement au niveau de l’IRDG et des ministères et organismes
  • Plans d’avenir pour les phases futures de l’Initiative
Résultats immédiats
  • Les ministères et organismes participants collaborent à la planification, à l’établissement des priorités et à la mise en place de méthodes de gestion coordonnées.
Résultats intermédiaires
  • Les décideurs et les organismes de réglementation gouvernementaux ont utilisé les résultats des recherches pour prendre des décisions sur les règlements, les politiques et la gestion des ressources reposant sur des preuves.
  • Les intervenants privés et publics qui participent au continuum de l’innovation au Canada ont adopté des méthodes et des outils novateurs et améliorés fondés sur les résultats des recherches.
Résultats à long terme
  • Amélioration de la santé humaine au Canada
  • Amélioration de la durabilité et de la gestion des secteurs canadiens de l’environnement, de l’agriculture, des forêts et des pêches
  • Amélioration de la salubrité et de la sécurité des aliments au Canada

Recherche et développement

Extrants

Pour les projets de recherche prioritaires interministériels / interorganismes communs et les recherches axées sur les mandats des ministères et organismes

  • Données et publications scientifiques
  • Outils et méthodes de recherche
  • Collaborations avec les universités, le secteur privé et d’autres ordres de gouvernement
  • Produits de communication
Résultats immédiats
  • Les décideurs et les organismes de réglementation du gouvernement ont accès s’il y a lieu à de nouvelles connaissances, de nouveaux outils et conseils produits par les scientifiques pour les décisions de stratégie et de réglementation qui appuient les décisions et mandats et les priorités communes du gouvernement.
  • Les intervenants privés et publics qui participent au continuum de l’innovation au Canada ont accès s’il y a lieu aux nouvelles connaissances produites par les scientifiques pour la conception de méthodes et d’outils novateurs ou améliorés.
Résultats intermédiaires
  • Les décideurs et les organismes de réglementation gouvernementaux ont utilisé les résultats des recherches pour prendre des décisions sur les règlements, les politiques et la gestion des ressources reposant sur des preuves.
  • Les intervenants privés et publics qui participent au continuum de l’innovation au Canada ont adopté des méthodes et des outils novateurs et améliorés fondés sur les résultats des recherches.
Résultats à long terme
  • Amélioration de la santé humaine au Canada
  • Amélioration de la durabilité et de la gestion des secteurs canadiens de l’environnement, de l’agriculture, des forêts et des pêches
  • Amélioration de la salubrité et de la sécurité des aliments au Canada

Maintien de la capacité

Extrants
  • Effectif hautement qualifié
Résultats immédiats
  • Les décideurs et les organismes de réglementation du gouvernement ont accès s’il y a lieu à de nouvelles connaissances, de nouveaux outils et conseils produits par les scientifiques pour les décisions de stratégie et de réglementation qui appuient les décisions et mandats et les priorités communes du gouvernement.
  • Les intervenants privés et publics qui participent au continuum de l’innovation au Canada ont accès s’il y a lieu aux nouvelles connaissances produites par les scientifiques pour la conception de méthodes et d’outils novateurs ou améliorés.
Résultats intermédiaires
  • Les décideurs et les organismes de réglementation gouvernementaux ont utilisé les résultats des recherches pour prendre des décisions sur les règlements, les politiques et la gestion des ressources reposant sur des preuves.
  • Les intervenants privés et publics qui participent au continuum de l’innovation au Canada ont adopté des méthodes et des outils novateurs et améliorés fondés sur les résultats des recherches.
Résultats à long terme
  • Amélioration de la santé humaine au Canada
  • Amélioration de la durabilité et de la gestion des secteurs canadiens de l’environnement, de l’agriculture, des forêts et des pêches
  • Amélioration de la salubrité et de la sécurité des aliments au Canada

Tableau 1 : Cadre de stratégie de mesure du rendement du programme

Zone : Project selection and performance management guidelines

Indicateur 1

Modèles et lignes directrices pour l’établissement des priorités, la sélection des projets et les méthodes de gestion établies pour les projets pilotes interministériels

Fréquence

Une fois par phase

Cible

100 % des modèles et des lignes directrices approuvés

Responsable

Secrétariat du CNRC

Indicateur 2

Modèles et lignes directrices pour l’établissement des priorités, la sélection des projets et les méthodes de gestion établies pour les projets de recherche dictés par les ministères et les organismes

Fréquence

Une fois par phase

Cible

100 % des modèles et des lignes directrices sont élaborés et partagés avec le GTI sur l’IRDG

Responsable

Ministères

Zone : Rapports sur les réunions et ateliers de planification

Indicateur

Pourcentage de rapports sur les réunions et les ateliers établis et approuvés

Fréquence

Au moment des réunions et des ateliers

Cible

100 %

Responsable
  • Secrétariat du CNRC
  • Ministères

Zone : Mandats de projet

Indicateur

Pourcentage de mandats de projet établis pour les projets pilotes interministériels approuvés à l’issue des modèles et des lignes directrices qui conviennent

Fréquence

Une fois par phase, révision annuelle

Cible

100 %

Responsable

Secrétariat du CNRC

Zone : Rapports annuels sur le rendement au niveau de l’IRDG et des ministères et organismes

Indicateur
  • Établissement de rapports sur le rendement au niveau de l’IRDG
  • Rapports ministériels sur le rendement établis pour l’IRDG
Fréquence

Annuelle

Cible

100 %

Responsable
  • Secrétariat du CNRC
  • Ministères

Zone : Plans d’avenir pour les phases futures de l’IRDG

Indicateur

Plan de la phase suivante établi en fonction des analyses mises à jour de la conjoncture et de l’évaluation des besoins

Fréquence

Une fois par phase

Cible

Plan approuvé par le CC des SMA

Responsable

Secrétariat du CNRC

Zone : Données et publications scientifiques

Indicateur

Nombre de contributions scientifiques :

  • Publications dans des revues à comité de lecture
  • Publications dans les actes de conférences à comité de lecture
  • Rapports techniques
  • Chapitres d’ouvrage
  • Autres publications
  • Présentation d’affiches lors de conférences
  • Présentations invitées
  • Présentations dans le cadre de conférences nationales
  • Présentations dans le cadre de conférences internationales
  • Participation à des conférences nationales
  • Participation à des conférences internationales
  • Affiches éditoriales pour des revues nationales et internationales
  • Bases de données ou bibliothèques sur la génomique
Fréquence

Annuelle

Cible

Dans la fourchette prévue de la phase IV (1 871)

Responsable

Ministères

Zone : Outils et méthodes de recherche

Indicateurs
  • Nombre d’outils de recherche produits
  • Nombre de méthodes de recherche établies
Fréquence

Annuelle

Cible

Dans la fourchette prévue de la phase IV (30)

Responsable

Ministères

Zone : Collaborations avec les universités, le secteur privé et d’autres ordres de gouvernement

Indicateur 1
  • Nombre de participations à des comités nationaux ou internationaux sur la génomique
  • Nombre de comités nationaux ou internationaux d’examen par les pairs de recherche en génomique aux travaux desquels on a participé
Fréquence

Annuelle

Cible

Dans la fourchette prévue de la phase IV (97)

Responsable

Ministères

Indicateur 2

Nombre de collaborations de recherche officielles (c.-à-d., fixées dans les plans de travail des projets subventionnés) selon le type d’organisation

  • universités (canadiennes et étrangères)
  • autres organismes de recherche internationaux
  • autres établissements de recherche canadiens
  • secteur privé
  • autres organismes du secteur public comme les provinces et les municipalités (à l’exception des autres ministères).
Fréquence

Annuelle

Cible

Dans la fourchette prévue de la phase IV (792)

Responsable

Ministères

Zone : Produits de communication

Indicateurs

Nombre de produits de communication, notamment :

  • Entrevues avec les médias;
  • Communiqués de presse;
  • Présentations communautaires (expo-sciences et activités scientifiques, écoles);
  • brochures, fiches de renseignements, pages Web.
Fréquence

Annuelle

Cible

Dans la fourchette prévue de la phase IV (151)

Responsable

Ministères

Zone : Effectif hautement qualifié

Indicateurs

Nombre de chercheurs et de techniciens

  • Chercheurs scientifiques
  • Agents de recherche
  • Agents techniques
  • Professionnels de la recherche (biologistes, physiciens, chimistes, spécialistes des TI)
  • Boursiers postdoctoraux
  • Chercheurs invités
  • Étudiants de deuxième ou troisième cycle
  • Étudiants de premier cycle
Fréquence

Annuelle

Cible

Dans la fourchette prévue de la phase IV (1 690)

Responsable

Ministères

Zone : Les ministères et organismes participants collaborent à la planification, à l’établissement des priorités et à la mise en place de méthodes de gestion coordonnées.

Indicateur 1

Les projets financés ont été sélectionnés en fonction de critères convenus.

Fréquence

Une fois par phase

Cible

100 %

Responsable
  • Secrétariat du CNRC
  • Ministères
Indicateur 2

Pourcentage de ressources affectées aux collaborations interministérielles établies le long de priorités communes

Fréquence

Annuelle

Cible

20 % des ressources totales de l’IRDG sont attribuées à des projets concertés pour 2012-2013 et 2013-2014

Responsable

Secrétariat du CNRC

Indicateur 3

Nombre de projets de recherche qui intéressent trois ou plusieurs ministères de l’IRDG pour respecter les priorités du gouvernement fédéral

Fréquence

Une fois par phase

Cible

Au moins deux

Responsable

Ministères

Zone : Les décideurs et les organismes de réglementation du gouvernement ont accès s’il y a lieu à de nouvelles connaissances, de nouveaux outils et conseils produits par les scientifiques pour les décisions de stratégie et de réglementation qui appuient les décisions et mandats et les priorités communes du gouvernement.

Indicateur

Nombre d’activités de sensibilisation visant à diffuser les résultats aux utilisateurs

Fréquence

Annuelle

Cible

Dans la fourchette prévue de la phase IV (27)

Responsable

Ministères

Zone : Les intervenants privés et publics qui participent au continuum de l’innovation au Canada ont accès s’il y a lieu aux nouvelles connaissances produites par les scientifiques pour la conception de méthodes et d’outils novateurs ou améliorés.

Indicateur

Nombre d’activités de transfert :

  • accords sur le transfert de documents vers l’extérieur;
  • transfert de procédures normalisées d’exploitation;
  • divulgations;
  • brevets actifs, demandes de brevets, brevets délivrés;
  • licences délivrées;
  • accords de collaboration officiels, protocoles normalisés d’exploitation;
  • ateliers de transmission du savoir avec les intervenants et les utilisateurs;
  • demandes de résultats de recherches, de documents, de collaborations.
Fréquence

Annuelle

Cible

Dans la fourchette prévue de la phase IV (339)

Responsable

Ministères

Zone : Les décideurs et les organismes de réglementation gouvernementaux ont utilisé les résultats des recherches pour prendre des décisions sur les règlements, les politiques et la gestion des ressources reposant sur des preuves.

Indicateur

Nombre de décisions sur la réglementation, les politiques et la gestion des ressources éclairées par les recherches de l’IRDG

Fréquence

Every 5 years

Cible

Au moins 10 décisions sur les règlements, les politiques et la gestion des ressources ont été éclairées par les cinq dernières années de recherches de l’IRDG.

Responsable

Evaluators

Zone : Les intervenants privés et publics qui participent au continuum de l’innovation au Canada ont adopté des méthodes et des outils novateurs et améliorés fondés sur les résultats des recherches.

Indicateur

Nombre d’exemples où des méthodes et des outils novateurs ont été adoptés au Canada en fonction des recherches de l’IRDG

Fréquence

Tous les cinq ans

Cible

Au moins sept méthodes et outils novateurs ou améliorés ont été adoptés au Canada en fonction des cinq dernières années de recherches de l’IRDG.

Responsable

Evaluators

Notes de bas de page

Note de bas de page 1

1 Devenu « Instituts de recherche en santé du Canada » (IRSC) – une seule allocation, au cours de l’exercice financier 1999-2000, pour aider à établir et à soutenir un secrétariat pour Génome Canada.

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