ARCHIVÉ - Initiative de R-D en génomique - Rapport annuel sur le rendement 2013-2014

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Grâce à l'Initiative de recherche et développement en génomique, les ministères et organismes scientifiques fédéraux collaborent dans le domaine de la recherche en génomique pour résoudre des enjeux biologiques qui sont importants pour les Canadiens, en mettant l'accent sur le rôle de la recherche menée par le gouvernement fédéral.

Préparé par : Groupe de travail sur l'Initiative de R-D en génomique
Pour de plus amples renseignements : Anne-Christine Bonfils, PhD.

Résumé

L'Initiative de recherche et développement (R-D) en génomique (IRDG) est un programme du gouvernement du Canada qui permet aux ministères et organismes scientifiques fédéraux de collaborer de façon structurée et d'adopter des approches communes dans le domaine de la recherche en génomique pour trouver des solutions aux questions qui revêtent de l'importance pour tous les Canadiens. L'IRDG est financée par cycles de trois ans : phase I (1999-2002), phase II (2002-2005), phase III (2005-2008), phase IV (2008-2011) et phase V (2011-2014).

L'Initiative a fait d'importantes avancées vers l'atteinte de son but primordial, qui est de permettre aux laboratoires fédéraux de mettre en application des solutions de haute qualité fondées sur la R-D en génomique afin de soutenir les mandats de réglementation, de politique publique et d'activités du gouvernement fédéral dans des domaines aussi importants sur le plan social et économique que les soins de santé, la salubrité des aliments, la saine gestion des ressources naturelles, la durabilité et la compétitivité du secteur agricole ainsi que la protection de l'environnement, et ce, en collaboration étroite avec les universités et le secteur privé. La section intitulée L'IRDG au travail pour les Canadiens donne un aperçu de l'utilisation que les décideurs et les organismes de réglementation du gouvernement ont fait des résultats de recherche obtenus à ce jour dans le cadre de l'IRDG pour appuyer leurs décisions, ainsi que de l'utilité de ces résultats pour les intervenants publics et privés, qui peuvent ainsi adopter des outils et processus novateurs ou améliorés.

L'exercice 2013-2014 marque la troisième et dernière année des programmes de la phase V. Durant la phase V (2011-2014), l'IRDG a continué à soutenir les recherches autorisées des ministères participants et a mis sur pied un nouveau modèle de collaboration structurée pour soutenir deux projets interministériels très coordonnés ayant des priorités et des objectifs communs : l'amélioration de la salubrité des aliments et de l'eau au Canada par le biais d'une initiative fédérale intégrée en génomique, et la protection de la biodiversité et des activités commerciales du Canada contre l'effet des changements climatiques par une capacité accrue à surveiller les espèces envahissantes et les espèces de quarantaine.

D'importantes avancées ont été enregistrées en 2013-2014, comme le démontrent les réalisations ci-dessous.

  • Une plateforme microfluidique de détection des pathogènes d'origine alimentaire et hydrique a été installée dans un laboratoire d'essai à des fins réglementaires de première ligne de l'Agence canadienne d'inspection des aliments (ACIA) pour en évaluer la performance.
  • Un système bio-informatique pour stocker, gérer et mettre en commun les données du séquençage de génomes entiers d'E. coli et de Salmonella a été développé et fait maintenant l'objet d'un essai par les utilisateurs finaux.
  • Grâce aux méthodes moléculaires conçues dans le cadre de l'IRDG, un mollusque d'origine japonaise trouvé dans des débris du tsunami en ColombieBritannique a été définitivement désigné comme non nuisible.
  • Le mildiou présent dans les pièges à spores considérées comme pathogènes a été désigné comme agent pathogène courant des mauvaises herbes.
  • La recherche a contribué à l'identification de saumons de l'Atlantique d'élevage échappés dans les populations sauvages; à la compréhension des réponses des salmonidés au pou du saumon; à la conservation des bélugas dans l'ouest de l'Arctique canadien; à l'identification d'espèces aquatiques envahissantes; à la caractérisation de microorganismes clés vivant autour des plateformes de production de gaz et de pétrole extracôtières.
  • Des outils offrant une plus grande puissance informative et plus de précision pour la détection et la caractérisation des bactéries infectieuses ont été mis au point. Utilisés pour caractériser la résistance antimicrobienne ainsi que la virulence des pathogènes, ils accroissent simultanément l'efficacité des mesures de contrôle et de surveillance des bactéries pathogènes en réduisant les temps de réponse et en permettant de retracer l'origine d'un plus grand nombre d'entre elles.
  • Des progrès importants ont été réalisés dans le perfectionnement des connaissances et des outils permettant d'atténuer les effets des stress biotiques et abiotiques qui causent chaque année aux agriculteurs canadiens des pertes de rendement se chiffrant en millions de dollars. Notamment, l'utilisation d'outils génomiques a mené à la découverte de nouvelles sources de diversité génétique chez des espèces cultivées, progénitrices et sauvages du genre Brassica qui contrôlent la capacité de la plante à s'acclimater à des conditions difficiles. Elles seront utilisées pour s'assurer que le canola, la culture la plus lucrative du Canada et qui apporte annuellement 19 milliards de dollars à l'économie canadienne, demeure hautement productif malgré l'impact des changements climatiques.

Le Rapport annuel sur le rendement 2013-2014 est harmonisé au Cadre de mesure du rendement élaboré pour l'IRDG en 2011. Il présente le profil du programme de l'IRDG et les résultats prévus, ses liens avec les objectifs ministériels et l'architecture d'harmonisation du programme ainsi que ses structures de gouvernance, de coordination et de responsabilisation. Il fait ensuite état du rendement constaté en 2013-2014 en matière de gouvernance, de R-D et de maintien de la capacité. L'Appendice A présente un sommaire statistique ainsi qu'un sommaire narratif des réalisations en matière de recherche et développement pour 2013-2014.

L'IRDG au travail pour les Canadiens depuis 1999

Depuis la mise en oeuvre de l'IRDG en 1999, les ministères et organismes participants ont bâti une capacité solide de recherche en génomique et ont grandement contribué à l'atteinte les objectifs fixés, comme l'ont confirmé deux évaluations indépendantes (2006 et 2010) et une évaluation par le Bureau du contrôleur général (2012). Des exemples d'applications pratiques des résultats des recherches menées dans le cadre de l'IRDG sont présentés ci-dessous.

Les décideurs et les organismes de réglementation gouvernementaux ont utilisé les résultats des recherches et les données probantes de celles-ci pour prendre des décisions sur les règlements, les politiques et la gestion des ressources.

  • L'IRDG constitue une base de données sur les séquences d'acide désoxyribonucléique (ADN) provenant de milliers d'organismes nuisibles et d'agents pathogènes qui peuvent endommager les cultures vivrières, y compris ceux prélevés dans le cadre d'anciens échantillonnages. Une identification précise est essentielle : la ressemblance entre diverses espèces peut être remarquable, et même les experts peuvent avoir de la difficulté à les distinguer. Bien que beaucoup d'efforts soient encore requis pour compléter cette base de données, elle s'avère déjà très utile aux activités de diagnostic menées à l'ACIA pour protéger les cultures et le commerce.
  • Malgré la mise en place de conditions d'importation visant à l'empêcher d'entrer au pays, le nématode à kyste du soja a été détecté en Ontario en 1987. Dès lors, les producteurs de soja des régions touchées ont été soumis à certains règlements afin d'éviter le déplacement du sol et des végétaux qui pouvaient être infestés. Pour favoriser le dépistage précoce, les scientifiques de l'IRDG ont mis au point un essai pour détecter la présence de ce nématode dans le sol qui est plus rapide et plus précis que tout ce qui a existé dans le passé. En 2013, cet essai a permis de confirmer, pour la toute première fois, la présence de nématodes à kyste du soja au Québec, une découverte qui a joué un rôle dans la décision de l'ACIA de lever les exigences imposées aux producteurs de soja de l'Ontario et du Manitoba.
  • Pour demeurer concurrentiels sur le marché mondial, les producteurs canadiens de fruits travaillent sans relâche pour améliorer la qualité et l'importance de leurs récoltes. Il leur faut souvent importer de nouvelles variétés d'autres pays pour innover, ce qui les expose au risque d'importer également des maladies qui pourraient avoir de lourdes conséquences pour l'industrie, comme celle causée par le virus de la sharka du prunier. Les épreuves effectuées pour déceler les maladies représentent une tâche gigantesque, très exigeante en temps et en main-d'oeuvre. Le laboratoire Sidney de l'ACIA, en ColombieBritannique, analyse jusqu'à 1 500 échantillons de vignes chaque année. Grâce au financement de l'IRDG, les scientifiques ont conçu une technique pour réduire le coût de ces analyses jusqu'à 90 %, et ils travaillent à harmoniser leurs méthodes aux normes canadiennes et américaines.
  • Peu de pays considèrent le mildiou du soja comme une espèce de quarantaine. Malgré cela, le Canada a dernièrement été mis au défi par la Malaisie, par l'entremise de l'Organisation mondiale du commerce, d'exporter des fèves de soja exemptes de la maladie (un marché annuel de 50 M$). Les données recueillies dans le cadre de l'IRDG ont permis aux scientifiques de répondre très rapidement à certaines questions précises sur les hôtes et la répartition de la maladie afin de relever plus facilement ce défi.
  • Des bases de données génomiques élaborées par des scientifiques participant à l'IRDG sont utilisées par les personnes chargées de la réglementation fédérale à Pêches et Océans Canada (MPO) pour la gestion, en temps réel, la plus intensive au monde de stocks de pêche mixtes, ce qui permet d'améliorer grandement la conservation des espèces menacées du saumon du Pacifique, tout en récoltant des stocks plus abondants de manière plus durable.
  • Une méthode élaborée et validée par des scientifiques de l'IRDG pour identifier les agents chimiques en fonction du risque de dommages qu'ils peuvent causer à l'ADN est sur le point d'être officiellement reconnue par la Food and Drug Administration des États Unis.
  • Une recherche financée par l'IRDG a appuyé l'évaluation des risques effectuée à Environnement Canada et à Santé Canada en utilisant des empreintes génétiques propres aux espèces microbiennes pour identifier rapidement les espèces microbiennes figurant sur la Liste intérieure des substances, facilitant la conformité au Règlement sur les renseignements concernant les substances nouvelles (organismes) de la Loi canadienne sur la protection de l'environnement, lequel s'applique aux organismes vivants modifiés.
  • Des scientifiques de l'IRDG ont conçu une méthode pour tester l'impact de produits chimiques sur différentes espèces avec une plus grande exactitude que les méthodes classiques. En signe de reconnaissance, l'Organisation de coopération et de développement économiques (OCDE) les a invités à se joindre au groupe qui établit les normes internationales pour l'utilisation de la toxicogénomique dans les politiques de réglementation.
  • Une méthode génomique qui s'appuie sur les biomarqueurs associés au stress chronique pour étudier l'incidence des perturbations du milieu sur la santé des espèces sauvages a été élaborée et validée par des scientifiques de l'IRDG. Jusqu'à maintenant, cette technique a été utilisée pour évaluer l'impact de changements environnementaux à grande échelle sur les fonctions immunitaires, les comportements reproducteurs et la survie des oiseaux sauvages. Les informations recueillies dans le cadre de ces travaux ont été transmises aux décideurs provinciaux pour soutenir leurs efforts d'atténuation des risques.
  • Des scientifiques de l'IRDG ont utilisé des méthodes génomiques pour étudier l'effet de contaminants, dont des ignifugeants organophosphorés, sur des cellules d'oiseaux sauvages. À l'aide d'études d'exposition d'extraits d'oeuf d'oiseaux sauvages à des agents chimiques d'intérêt prioritaire, les chercheurs ont pu établir un lien entre les taux de contaminants détectés dans des zones précises des Grands Lacs et leur impact sur diverses espèces d'oiseaux sauvages. Les évaluateurs de risques d'Environnement Canada peuvent s'appuyer sur les résultats de ces recherches pour élaborer des critères réglementaires qui contribueront à protéger la santé de la faune et des humains contre les effets nocifs des produits chimiques prioritaires.
  • Pour soutenir l'industrie des mollusques et crustacés du NouveauBrunswick et de l'ÎleduPrinceÉdouard, les scientifiques de l'IRDG ont élaboré et validé des marqueurs d'ADN pour établir les origines hydriques des agents pathogènes qui ont une incidence sur les populations coquillières. Ces travaux fourniront des données et d'autres informations sur les sources de pollution fécale qui faciliteront l'évaluation des risques ainsi que l'étude des diverses options possibles pour améliorer la qualité de l'eau dans les zones coquillières.
  • La bactérie Campylobacter est responsable de plus de 400 000 cas d'intoxication alimentaire chaque année et elle est la cause première de la gastroentérite bactérienne au Canada. Des scientifiques de l'IRDG ont conçu une méthode novatrice de détermination de l'empreinte génétique pour l'identification rapide des souches de Campylobacter, et ils l'ont transférée au British Columbia Centre for Disease Control et à l'ACIA. Cette approche donne des résultats en quelques heures plutôt qu'en plusieurs jours et permet aux organismes de réglementation de première ligne de localiser avec précision l'origine de souches spécifiques, puis de trouver des moyens de réduire leur transmission.
  • L'encre des chênes rouges est une maladie fongique qui pourrait poser un risque économique considérable pour le Canada si elle s'établissait au pays et s'attaquait aux forêts de feuillus. Le Canada exporte chaque année du bois d'oeuvre d'une valeur de quelque 5,5 milliards de dollars et des plantes ornementales d'une valeur de centaines de millions de dollars, et nos principaux partenaires commerciaux restreignent les importations de bois et de matières végétales provenant de pays où la maladie est présente. Étant donné que les plantes peuvent être infectées longtemps avant qu'elles montrent des symptômes de la maladie, les inspecteurs de l'ACIA responsables du dépistage se fiaient aux analyses de laboratoire qui peuvent prendre jusqu'à un mois pour donner des résultats. Aujourd'hui, une nouvelle analyse, plus sensible et donnant des résultats en 24 heures à peine, mise au point par des scientifiques de l'IRDG, est utilisée de façon opérationnelle par l'ACIA, ainsi que par le Département de l'Agriculture des États-Unis. Des agences du Royaume-Uni et de la France prennent aussi des mesures pour mettre cette analyse en place.
  • Des données génomiques ont permis à des scientifiques de l'IRDG de faire la distinction entre les sous-espèces et les populations de l'omble olly Varden du nord. Ces recherches ont mené à l'inscription du Dolly Varden du Nord sur la liste des espèces préoccupantes au Canada, à la réouverture de la pêche dans la rivière Big Fish et à des partenariats avec le Comité mixte de gestion de la pêche et le Conseil des ressources renouvelables des Gwich'in pour effectuer l'analyse génétique afin de les aider à évaluer la stabilité de leurs pêches.
  • Les connaissances tirées de la recherche en génomique sur le sébaste ont permis de fournir de nouveaux conseils scientifiques aux gestionnaires des pêches, leur recommandant de gérer le sébaste d'Acadie et le sébaste atlantique comme des ressources distinctes. La recherche a aussi joué un rôle dans la désignation, par le Comité sur la situation des espèces en péril au Canada, du sébaste atlantique comme espèce menacée dans l'Atlantique Nord-Ouest (2010) et a facilité l'établissement d'un partenariat de collaboration avec les pêcheurs de sébaste pour qu'ils identifient les espèces de sébaste qu'ils capturent dans le chenal Laurentien du golfe du Saint-Laurent, où un moratoire sur la pêche du sébaste est en vigueur depuis 1995.
  • La conservation des populations de saumons de l'Atlantique menacées au large de Terre Neuve et Labrador fait partie des principaux objectifs du MPO. Les données génétiques sur le saumon sauvage de l'Atlantique de cette province découlant d'un projet mené dans le cadre de l'IRDG ont permis d'appuyer les avis scientifiques étayés dans le document intitulé Évaluation du potentiel de rétablissement du saumon de l'Atlantique du sud de Terre-Neuve, ainsi que dans l'évaluation intitulée Effets potentiels entourant l'importation de saumons de l'Atlantique d'élevage d'origine européenne sur les populations et les habitats du saumon de l'Atlantique à Terre-Neuve afin de protéger les populations canadiennes de saumon sauvage de l'Atlantique.
  • La mise en place de protocoles et la collecte de données génétiques de base sur le saumon de l'Atlantique effectuées dans le cadre de l'IRDG ont été très utiles pour permettre aux agents gouvernementaux d'application de la loi spécialisés en analyse médicolégale d'identifier les produits de pêche confisqués et d'en déterminer l'espèce ou l'origine.

Les intervenants privés et publics qui participent au continuum de l'innovation au Canada ont adopté des méthodes et des outils novateurs et améliorés fondés sur les résultats des recherches.

  • Le diprion du pin pose, depuis plusieurs décennies, un problème dans l'est du Canada, où il a atteint des proportions épidémiques depuis le début des années 1990; il constitue une menace sérieuse à l'industrie forestière. Des recherches menées par des scientifiques de l'IRDG sur un baculovirus qui s'attaque uniquement au diprion du pin ont permis d'homologuer le virus, et une licence d'utilisation commerciale a été délivrée à la société Forest Protection Limited du Nouveau-Brunswick. Depuis, le virus a servi à traiter plus de 50 000 hectares de terres forestières infestées dans le cadre des programmes opérationnels de lutte contre les insectes forestiers ravageurs mis en oeuvre par le ministère des Ressources naturelles de Terre-Neuve-et- Labrador et le ministère des Ressources naturelles du Nouveau-Brunswick. Une nouvelle société, Sylvar Technologies, a été créée pour produire et commercialiser le virus, qui porte l'appellation commerciale Abietiv. Reconnaissant la valeur de sa technologie et de ses capacités de recherche, Andermatt BioControl, une grande entreprise de biotechnologie ayant son siège social en Suisse, a acquis la majorité des actions de Sylvar en 2011.
  • Des scientifiques de l'IRDG ont trouvé un marqueur bactérien nouveau et unique qui révèle la contamination fécale par les goélands, une source de pollution grave dans les Grands Lacs. Ce marqueur a changé la manière dont les municipalités canadiennes gèrent leurs plages, car il permet de trouver des solutions mieux ciblées et plus économiques pour le nettoyage des sources de pollution, et il est maintenant utilisé partout dans le monde. En 2010, la Environmental Protection Agency des États-Unis a décerné son prix de la réalisation scientifique et technique aux scientifiques de l'IRDG pour cette importante percée.
  • La fusariose de l'épi est une maladie fongique qui a causé aux producteurs de blé canadiens des pertes de revenus de plus de 1,5 milliard de dollars depuis le milieu des années 1990. L'organisme en cause, le Fusarium graminearum, produit des mycotoxines qui causent des maladies graves chez les humains et les animaux qui consomment du blé infecté. Avec le soutien de l'IRDG, des scientifiques ont bâti une banque de gènes et ils ont identifié ceux utilisés par le champignon pour produire diverses mycotoxines, ainsi que le moment où elles sont produites et les conditions dans lesquelles elles le sont. Cette banque de gènes s'inscrit dans le cadre d'un effort de recherche à l'échelle mondiale qui fournit maintenant la séquence d'ADN la plus complète et la plus précise du champignon; elle est consultée par la communauté internationale de chercheurs pour déterminer comment bloquer l'infection fongique.
  • L'industrie forestière canadienne plante quelque 650 millions d'arbres chaque année. Les programmes d'amélioration génétique des arbres aident les entreprises forestières à choisir les meilleurs semis à planter. Des scientifiques de l'IRDG travaillent à identifier les marqueurs génétiques associés aux caractères les plus utiles. Les sélectionneurs seront ainsi en mesure de déterminer, au stade de semis, si un arbre a hérité des caractères recherchés qui n'auraient autrement pu être mesurés que lorsque l'arbre a atteint la maturité, des décennies plus tard. Ces recherches contribuent déjà aux programmes de sélection génétique des gouvernements du Québec et du Nouveau-Brunswick, et elles ont été reconnues par un représentant de l'industrie forestière comme l'une des percées les plus positives dans le domaine.
  • Des techniques de sélection du blé à l'aide de marqueurs, mises au point par des scientifiques de l'IRDG, ont été intégrées dans une alliance de recherche à grande échelle établie aux fins communes d'améliorer le rendement, la durabilité et la profitabilité du blé canadien dans l'intérêt de l'économie et des producteurs canadiens. L'Alliance canadienne du blé dispose de contributions majeures du Conseil national de recherches du Canada (CNRC), d'Agriculture et Agroalimentaire Canada, de l'Université de la Saskatchewan et de la province de la Saskatchewan, en vertu d'une entente officielle signée en 2012.
  • Travaillant sous l'égide de la North American Collaborative Oat Research Enterprise, qui réunit toute la communauté de la recherche sur l'avoine et des intervenants du Canada, des ÉtatsUnis et d'ailleurs, les scientifiques de l'IRDG ont joué un rôle déterminant dans l'acquisition de connaissances approfondies sur la variation génétique de milliers de variétés d'avoine. Une dizaine des meilleurs sélectionneurs au monde ont contribué à la culture d'un vaste éventail de lignées d'avoine dans divers environnements, et les données ainsi obtenues leur ont servi d'outil pour la sélection dirigée de variétés d'avoine supérieures.
  • Avec l'aide de l'IRDG, des scientifiques ont élaboré une nouvelle génération de traitements ciblés contre le cancer – conjugué anticorps-médicaments – et collaboré activement avec des sociétés canadiennes. Ainsi, le CNRC et Zymeworks Inc., entreprise canadienne en biothérapeutique et chef de file mondial en anticorps thérapeutiques, ont annoncé en 2014 la conclusion d'une nouvelle entente de collaboration stratégique en vue du développement d'agents biothérapeutiques. Cette entente de trois ans, qui représente plusieurs millions de dollars, porte sur l'élaboration de traitements novateurs dans la lutte contre le cancer, ainsi que les maladies inflammatoires et autoimmunes.
  • La pourriture phytophtoréenne du soja, provoquée par un champignon terricole, cause de lourds dommages aux cultures de soja et peut entraîner des pertes de production annuelles de 40 à 50 millions de dollars au pays, et de près de 2 milliards de dollars dans le monde. Grâce au soutien de l'IRDG, des scientifiques ont mis à jour les mécanismes de résistance qui peuvent être exploités afin de lutter contre cet agent pathogène. De nouvelles épreuves diagnostiques rapides et peu coûteuses voient le jour et sont commercialisées afin d'identifier les souches présentes dans les champs des producteurs de soja et de permettre à ces derniers de choisir une variété porteuse des gènes de résistance à ces souches en particulier.
  • Bien que les traitements antirétroviraux aient permis d'accroître considérablement les taux de survie et la qualité de vie des personnes atteintes du virus de l'immunodéficience humaine (VIH), la résistance aux médicaments constitue toujours un obstacle important quand il s'agit de maximiser les effets des traitements. Les méthodes actuelles pour détecter l'émergence de virus résistants aux médicaments sont coûteuses et laborieuses, manquent de sensibilité et n'incluent pas les plus récents antirétroviraux. Des scientifiques de l'IRDG ont utilisé une technologie de séquençage de nouvelle génération pour élaborer une nouvelle méthode de détection de la résistance aux médicaments anti-VIH qui accélère la réalisation et l'analyse du test. Ce projet a été mené en collaboration avec des partenaires en recherche clinique et ses résultats contribueront à améliorer la prise en charge des patients atteints du VIH.

Acronymes

AAC
Agriculture et Agroalimentaire Canada
ACIA
Agence canadienne d'inspection des aliments
ADN
Acide désoxyribonucléique
ARN
Acide ribonucléique
ASPC
Agence de la santé publique du Canada
CCSMA
Comité de coordination des SMA
CIAMB
Centre international d'amélioration du maïs et du blé
CNRC
Conseil national de recherches du Canada
CSM
Cellules souches mésenchymateuses
EC
Environnement Canada
EEQ
Espèces envahissantes et justiciables de quarantaine
GT
Groupe de travail
IRDG
Initiative de recherche et développement en génomique
miARN
MicroARN
MPO
Pêches et Océans Canada
OCDE
Organisation de coopération et de développement économiques
PCR
Réaction en chaîne par la polymérase
qPCR
PCR quantitative
R-D
Recherche et développement
RNCan
Ressources naturelles Canada
SAE
Salubrité des aliments et de l'eau
SC
Santé Canada
SCF
Service canadien des forêts
SMA
Sous-ministre adjoint
SNG
Séquençage de nouvelle génération
SNP
Polymorphisme mononucléotidique
SPC
Services partagés Canada
STAGE
Application stratégique de la génomique dans l'environnement (Strategic Technology Applications of Genomics in the Environment)
STEC
E. coli producteur de shigatoxine (Shiga Toxin-Producing Escherichia coli)
VIH
Virus de l'immunodéficience humaine
VTEC
Escherichia coli vérotoxinogène (Verotoxin-producing Escherichia coli)

Initiative de R-D en génomique – Profil

L'IRDG a été établie en 1999 pour créer et maintenir une capacité de base de recherche et développement (R-D) en génomique au sein des ministères et organismes du gouvernement fédéral. Elle dispose d'un budget de 19,9 M$ par année, fondé sur un cycle de trois ans, qui est remis à : Agriculture et Agroalimentaire Canada (AAC); Environnement Canada (EC); Pêches et Océans Canada (MPO); Santé Canada (SC); Agence de la santé publique du Canada (ASPC); Conseil national de recherches Canada (CNRC), et Ressources naturelles Canada (RNCan).

Les projets financés en vertu de l'IRDG s'articulent autour des mandats des ministères et des priorités du gouvernement et concordent stratégiquement avec les objectifs des ministères respectifs. Les recherches que finance l'IRDG visent à soutenir le mandat du gouvernement au chapitre des règlements, des politiques publiques et des activités dans des domaines aussi importants que la santé, la salubrité des aliments, la saine gestion des ressources naturelles, la durabilité et la compétitivité du secteur agricole et la protection de l'environnement, en collaboration étroite avec les universités et le secteur privé.

Un élément nouveau de cette cinquième phase de l'IRDG (2011-2014) réside dans la mobilisation de ressources pour des recherches concertées sur des enjeux qui dépassent le mandat d'un seul ministère. Cette phase appuie des projets interministériels hautement coordonnés selon des priorités et des objectifs communs. Deux projets ont été identifiés pour action prioritaire : l'amélioration de la salubrité des aliments et de l'eau au Canada par le biais d'une initiative fédérale intégrée en génomique, et la protection de la biodiversité et des activités commerciales du Canada contre l'effet des changements climatiques par une capacité accrue à surveiller les espèces envahissantes et de quarantaine.

Tous les ministères participant à l'IRDG, ainsi que l'ACIA, peuvent participer à ces projets prioritaires communs.

Ressources

Tableau 1 : Fonds alloués (en M$)

Ministère/Organisme PHASE 1
1999‑2002
PHASE 2
2002‑2005
PHASE 3
2005‑2008
PHASE 4
2008‑2011
PHASE 5
2011‑2014
Agriculture et Agroalimentaire Canada 17 000 18 000 18 000 18 000 15 300
Environnement Canada 3 000 3 000 3 000 3 000 2 550
Pêches et Océans Canada 2 500 2 700 2 700 2 700 2 295
Santé Canada/Agence de la santé publique du Canada 10 000 12 000 12 000 12 000 10 200
Conseil national de recherches du Canada 17 000 18 000 18 000 18 000 15 300
Ressources naturelles Canada 5 000 6 000 6 000 6 000 5 100
Priorités partagées - - - - 8 955
Conseil de recherches médicalesNote de bas de tableau 1 500 - - - -
Total 55 000 59 700 59 700 59 700 59 700

Note de bas de tableau

Note de tableau 1

Devenu les « Instituts de recherche en santé du Canada (IRSC) » – une seule allocation au cours de l'exercice financier 1999-2000 pour aider à établir et à soutenir un secrétariat pour Génome Canada.

Retour à la référence de le note de bas de le tableau 1

Tous les ministères ont bonifié les fonds de l'IRDG en fournissant des fonds supplémentaires provenant du budget des services votés et en obtenant des fonds de leurs collaborateurs. Le tableau 2 donne un aperçu des ressources engagées en 2013-2014 à l'appui des projets de l'IRDG et montre que les fonds ne provenant pas de l'IRDG représentent presque le double des investissements de l'IRDG. Les contributions additionnelles en nature comprenaient le partage de plateformes technologiques, de matériel et de savoir-faire avec divers collaborateurs dans des domaines de recherche qui transcendent les clivages sectoriels traditionnels.

Tableau 2 : Investissement total à l'appui des projets de l'IRDG en 2013-2014 (en milliers de dollars)

Ministère/Organisme IRDG Autres sourcesNote de tableau * Total
Conseil national de recherches du Canada 4 800 9 798 14 598
Agriculture et Agroalimentaire Canada 4 800 9 249 14 049
Santé Canada 1 600 1 433 3 033
Agence de la santé publique du Canada 1 600 4 165 5 765
Ressources naturelles Canada 1 600 2 853 4 453
Environnement Canada 800 1 867 2 667
Pêches et Océans Canada 720 1 273 1 993
Projets prioritaires communs IRDG Autres sources Total
Espèces envahissantes et justiciables de quarantaine 1 856 3 062 4 918
Salubrité des aliments et de l'eau 1 810 4 015 5 825
Coordination et fonctions communes 314 40 354
Total 19 900 37 755 57 655

Note de bas de tableaus

Table 2 note *

Inclut des fonds provenant du budget des services votés et d'autres sources.

Retour à la référence de le note de bas de le tableau *

Résultats prévus

Dans les tableaux supplémentaires pour l'IRDG du Rapport sur les plans et les priorités de 2013-2014 du CNRC, les ministères participants ont établi un ensemble collectif de résultats prévus, soit :

  • des travaux de recherche interministériels suivant des priorités et buts communs sur des questions dépassant le mandat individuel des ministères;
  • la réalisation de progrès pertinents du point de vue commercial dans les domaines de la R-D en génomique ayant trait à la santé humaine;
  • l'utilisation des connaissances en génomique pour le système canadien de réglementation dans le domaine de la santé;
  • l'utilisation des connaissances en génomique afin de renforcer les programmes et les activités de santé publique liés aux maladies infectieuses et aux maladies chroniques;
  • l'utilisation de la génomique pour accroître la valeur des cultures au Canada;
  • l'utilisation des connaissances en génomique en matière de régénération et de protection des forêts;
  • l'utilisation des connaissances et des conseils en génomique aux fins de la gestion des pêches et des océans;
  • l'amélioration de l'application des outils et des technologies de génomique par Environnement Canada dans le cadre de la prise de décisions responsables.

Pour en arriver à ces résultats, les ministères et les organismes ont élaboré les plans et les activités de recherche suivants.

Agriculture et Agroalimentaire Canada

Les projets soutenus par l'IRDG à AAC continueront à renforcer le Projet canadien de génomique des plantes cultivées et incluront de nouvelles espèces clés de cultures et des activités pertinentes. Les investissements se poursuivront dans trois secteurs principaux : la biodiversité, la sélection génétique et l'analyse fonctionnelle en vue de l'identification et de la sélection de gènes ayant des caractéristiques recherchées; la diffusion de découvertes en génomique par le biais de la bio-informatique et d'outils physiques afin d'améliorer l'accès au matériel et aux données biologiques, et de soutenir et d'accélérer l'adoption et la commercialisation de nouvelles technologies; l'amélioration de l'efficacité en matière de sélection des plantes. Le programme continuera à mettre l'accent sur le stress biotique et abiotique par la génomique fonctionnelle de la résistance aux maladies et aux insectes et la tolérance aux stress, comme le froid, sur l'amélioration des attributs qualitatifs des céréales, des oléagineux et des légumineuses ainsi que sur les plateformes technologiques.

Pêches et Océans Canada

Les recherches en génomique effectuées au sein du MPO continueront dans les trois domaines suivants : Le profilage génétique des ressources aquatiques : le MPO a la responsabilité des recherches et des conseils scientifiques sur plus de 650 espèces de poissons, d'invertébrés et de mammifères. Les possibilités de développement d'outils génomiques portant sur ces espèces, et particulièrement celles représentant un problème de gestion, sont énormes; La recherche et le développement d'approches de génomique pour des outils de diagnostic en santé des animaux aquatiques afin de protéger les écosystèmes aquatiques : la recherche sur la santé des animaux aquatiques inclut la recherche en génomique sur la santé des animaux aquatiques tombant sous l'autorité législative du MPO. Des recherches plus approfondies sur l'intégration des approches de génomique à la santé des animaux aquatiques permettront au Canada de mieux se positionner pour répondre aux besoins des ressources aquatiques animales et de les gérer, particulièrement dans le contexte des changements climatiques; et La santé de l'écosystème aquatique : les approches de génomique permettront de mieux comprendre l'écosystème aquatique et deviendront sans doute un outil important dans le domaine de l'écosystémique visant la gestion de ressources aquatiques et d'écosystèmes aquatiques productifs et en bonne santé.

Environnement Canada

À EC, les travaux financés par l'IRDG continueront à être exécutés par le biais du programme Application stratégique de la génomique dans l'environnement (STAGE). Le programme STAGE sera centré sur les quatre priorités de recherche suivantes : renforcer les modèles prédictifs pour mieux comprendre et traiter les effets des facteurs de stress nouveaux et existants sur les organismes et les fonctions de leurs écosystèmes; comprendre et surveiller les écosystèmes aquatiques et terrestres; comprendre les risques et incidences cumulatifs; gérer les risques environnementaux liés aux polluants chimiques, biologiques et physiques. Le programme STAGE, par le développement des connaissances, des outils et des technologies génomiques, soutiendra l'élaboration et l'application des politiques et des règlements essentiels à l'accomplissement des obligations d'EC en vertu de diverses lois et initiatives environnementales, tels la Loi canadienne sur la protection de l'environnement et le Plan de gestion des produits chimiques.

Santé Canada

La recherche en génomique continuera à mettre l'accent sur quatre secteurs d'investissements prioritaires visant à renforcer le rôle de réglementation du Ministère : La connaissance de la réglementation sur les produits thérapeutiques et biologiques : des études seront menées pour identifier les biomarqueurs associés à l'évaluation de la sûreté des produits de santé; La connaissance de la réglementation sur la sécurité alimentaire et la nutrition : des recherches en génomique seront menées afin de détecter les contaminants d'origine alimentaire, de caractériser les effets des contaminants des aliments, des nutriments, des nouveaux aliments et des ingrédients alimentaires, ainsi que des prébiotiques et probiotiques en vue d'améliorer les décisions réglementaires, et de mettre au point des biomarqueurs destinés à surveiller les réactions cellulaires et physiologiques dans un contexte de sensibilité nutritionnelle et de sensibilité à la maladie dans des populations définies; La connaissance de la réglementation visant à protéger la santé humaine des effets néfastes possibles des contaminants environnementaux, des produits de consommation et des pesticides : la recherche mettra l'accent sur l'évaluation efficace et rentable des risques liés aux contaminants environnementaux, des risques pour la santé des travailleurs et des risques liés aux pesticides et aux produits de consommation; et La recherche sur les effets socioéthiques des technologies et produits de la génomique : de meilleures pratiques de bioéthique et de partage des avantages seront élaborées pour la recherche en génétique, comprenant des études sur les enjeux éthiques, juridiques et sociaux de la génomique visant à aborder l'utilisation d'échantillons d'ADN dans un but de recherche.

Conseil national de recherches du Canada

Les investissements de l'IRDG au CNRC soutiendront les programmes nécessitant des activités liées à la génomique pour aider l'industrie et le gouvernement à réaliser les priorités stratégiques nationales grâce à des activités de recherche et de développement technologique axées sur des missions. En 2013-2014, les programmes visés seront les suivants : la contribution du CNRC à l'Alliance canadienne du blé, dont l'objectif est d'améliorer le rendement, la viabilité et la rentabilité du blé au profit des producteurs et de l'économie du Canada. Cet objectif sera atteint grâce à l'amélioration de la sélection, la réduction des pertes dues à la sécheresse, à la chaleur, au froid et aux maladies et une meilleure utilisation des éléments nutritifs; le programme sur les produits biologiques et les produits biologiques ultérieurs, qui vise à englober tous les aspects du développement biologique, de la découverte aux essais précliniques, en collaboration avec des partenaires de l'industrie.

Ressources naturelles Canada

La recherche en génomique s'intéresse aux difficultés auxquelles se heurte l'industrie forestière canadienne afin d'utiliser le savoir acquis pour lancer des innovations commerciales. La capacité et le savoir-faire du Canada en génomique des forêts combleront les besoins du secteur forestier en permettant: l'identification de gènes porteurs de caractéristiques importantes sur le plan commercial comme la qualité du bois, la rapidité de croissance des arbres et leur résistance aux maladies, ce qui procurera aux généticiens forestiers la capacité de sélectionner des spécimens d'arbres de qualité supérieure parmi des plants n'ayant encore qu'un an; le développement de technologies moléculaires novatrices qui permettront d'identifier des organismes nuisibles potentiellement invasifs ou de révéler leur présence; l'approfondissement de notre compréhension des interactions hôtesorganismes nuisibles et hôtesmicroorganismes bénéfiques pour le développement de méthodes écologiques de gestion des forêts, y compris des méthodes de lutte biologique; et la recherche de solutions bioénergétiques grâce à un produit de base amélioré ou à de nouvelles méthodes enzymatiques et à des bioproduits connexes à valeur ajoutée.

Agence de la santé publique du Canada

Pour la phase V, l'ASPC a choisi des projets de recherche qui ciblent des enjeux à haute priorité dans les domaines des maladies infectieuses et des maladies chroniques. Les projets liés aux maladies infectieuses porteront sur des enjeux prioritaires tels que l'accroissement de nos connaissances touchant l'émergence d'agents pathogènes bactériens résistants aux antimicrobiens ainsi que l'émergence et la réémergence d'agents pathogènes comme la bactérie Mycobacterium tuberculosis. L'ASPC dirigera aussi le soutien de l'IRDG à d'autres priorités comme la salubrité des aliments, la mise en oeuvre de réseaux de santé publique surveillant et combattant les agents pathogènes d'origine alimentaire afin de déployer des outils novateurs visant la caractérisation rapide et exacte des agents pathogènes menant à une meilleure détection d'agents pathogènes d'origine alimentaire et à de meilleures mesures de lutte contre ces derniers. En outre, les chercheurs de l'ASPC élaborent des processus bio-informatiques automatisés pour l'analyse des séquences génomiques. Les outils créés fourniront aux chercheurs de l'ASPC, aux partenaires de la santé publique et aux chercheurs des autres ministères fédéraux les méthodes nécessaires pour traiter des données génomiques florissantes pouvant maintenant être générées plus rapidement qu'elles ne peuvent être analysées. L'effet de l'état nutritionnel sur le développement et l'évolution des maladies chroniques sera aussi à l'étude. Notamment, les chercheurs étudieront les effets de la vitamine D sur le développement du diabète de type 2 et le rôle que les variations du métabolisme du folate jouent dans les risques liés aux maladies chroniques. Les projets de l'IRDG à l'ASPC mettent en pratique des approches de génomique afin de générer une connaissance de pointe visant, d'une part, à faciliter la prise de décisions éclairées en matière de santé publique et, d'autre part, à élaborer des outils novateurs pour combler les besoins en matière de santé publique du gouvernement fédéral et de ses partenaires provinciaux.

Priorités communes

Le projet de protection de la biodiversité et des activités commerciales du Canada contre l'effet des changements climatiques par une capacité accrue à surveiller les espèces envahissantes et justiciables de quarantaine (le projet sur les espèces envahissantes et justiciables de quarantaine) mettra au point divers outils de diagnostic basés sur des codes-barres d'ADN en vue de la détection rapide, de la surveillance et de la gestion de centaines d'espèces, en mettant l'accent sur les espèces de quarantaine. Ce projet est coordonné par AAC et regroupe l'ACIA, le MPO, EC, RNCan et le CNRC. Le projet d'amélioration de la salubrité des aliments et de l'eau au Canada par le biais d'une initiative fédérale intégrée en génomique (le projet de la salubrité des aliments et de l'eau) élaborera des méthodes génomiques plus rapides et moins coûteuses aux fins d'isolement, de détection et de caractérisation des agents pathogènes, et créera une base de données intégrée à l'échelle fédérale pour gérer, conserver et consulter les données génomiques et l'information pertinente liées aux agents pathogènes d'origine alimentaire et hydrique, en mettant l'accent sur les bactéries Escherichia coli et Salmonella Enteritidis. Le projet est coordonné par SC et regroupe AAC, l'ACIA, EC, le CNRC et l'ASPC.

Harmonisation avec les priorités gouvernementales

L'IRDG cherche à appuyer des décisions fédérales de plus en plus complexes fondées sur des données probantes en matière de réglementation et de politiques, selon les mandats respectifs des ministères et organismes participants; elle soutient aussi l'élaboration de nouvelles normes et politiques. L'IRDG concentre ses activités dans des secteurs de la recherche fédérale où le gouvernement est le plus en mesure d'atteindre des résultats. L'IRDG vise en outre à renforcer la capacité de prévoir les besoins de la population canadienne et d'y répondre, en ce qui a trait aux domaines de responsabilité gouvernementale, comme la santé publique, l'économie, l'agriculture et l'environnement.

Les projets financés en vertu de l'IRDG s'articulent autour des mandats des ministères et des priorités du gouvernement et concordent stratégiquement avec les objectifs des ministères et organismes respectifs.

Toutes les activités de recherche et d'innovation d'AAC (notamment celles de l'IRDG) appuient directement l'atteinte de résultats de recherche prioritaires. Grâce au financement de l'IRDG, AAC a réussi à renforcer le Projet canadien de génomique des plantes cultivées en investissant dans la phytogénomique et dans la création d'équipes pluridisciplinaires dans l'ensemble du Canada axées sur l'amélioration de la viabilité et la compétitivité du secteur agricole canadien.

L'ACIA participe aux deux projets prioritaires partagés et à la gouvernance générale de l'Initiative pour appuyer son mandat de réglementation.

La coordination nationale des recherches en génomique au MPO est assurée par le Programme de biotechnologie et de génomique. Ce programme appuie les recherches en génomique pour Des pêches et des secteurs maritimes prospères sur le plan économique et Écosystèmes aquatiques durables, soit deux des trois objectifs stratégiques de l'Architecture d'harmonisation des programmes du Ministère. La recherche en génomique est à la base des connaissances et du savoir-faire scientifiques nécessaires pour appuyer les priorités en gestion des pêches et des océans.

Toutes les activités de R-D en génomique financées par l'IRDG à EC s'alignent sur les priorités du Ministère, qui incluent de conserver et de restaurer l'environnement naturel du Canada pour les générations actuelles et futures et de réduire au minimum les menaces que représente la pollution pour la population canadienne et son environnement. Dans ce but, les activités d'EC financées par l'IRDG contribuent à la surveillance et à la compréhension des écosystèmes du Canada, à l'évaluation des risques posés par les polluants chimiques à la faune et aux oiseaux migrateurs ainsi qu'à fournir des applications pratiques qui soutiennent la conformité réglementaire et la prise de décisions fondées sur des données probantes pour l'atténuation des risques et la conservation des ressources.

L'IRDG à SC contribue à produire des connaissances nécessaires à la réglementation fructueuse des technologies liées à la santé et à l'alimentation. Le Plan des sciences du Ministère décrit la contribution des recherches en génomique à l'amélioration de l'élaboration des politiques et de la réglementation, en plus d'éclairer et de mobiliser le public au sujet des nouvelles technologies et d'épauler les efforts déployés par SC pour harmoniser les politiques à l'échelle nationale et internationale. L'IRDG vise un certain nombre d'objectifs stratégiques en vertu de l'activité de programme Questions de santé émergentes.

Au cours de l'exercice 2013-2014, le CNRC a procédé à la mise à jour complète de son architecture d'harmonisation de programmes afin de tenir compte de sa nouvelle orientation qui met davantage l'accent sur l'industrie, des résultats stratégiques et des priorités du gouvernement du Canada, ainsi que des processus opérationnels du CNRC. Le rapport sur le rendement du CNRC de 20132014 a été harmonisé en conséquence. Au sein du CNRC, l'IRDG soutient le résultat stratégique Les entreprises canadiennes prospèrent grâce à l'innovation technologique, le programme Développement et progrès technologiques et les sous-programmes Développement des cultures et des ressources aquatiques et Thérapeutiques en santé humaine. Pour y parvenir, le CNRC contribue aux programmes de recherche qui mettent l'accent sur l'amélioration du blé canadien et la mise au point de nouveaux produits biologiques et produits biologiques ultérieurs.

Au Service canadien des forêts (SCF) de RNCan, l'IRDG a jeté les fondements qui contribuent à l'atteinte de l'objectif stratégique Compétitivité économique et à l'activité de programme Possibilités économiques pour les ressources naturelles. L'IRDG contribue au résultat visé par le SCF : Favoriser l'innovation dans le domaine des produits forestiers. D'importantes quantités de données, d'infrastructures et de collaborations donnant lieu à des applications pratiques résultent de ces fondements.

Au sein de l'ASPC, les projets financés par l'IRDG appuient les résultats stratégiques globaux qui consistent à promouvoir la santé, à réduire les inégalités dans le domaine de la santé et à prévenir et à atténuer les conséquences néfastes des maladies chroniques. Les chercheurs créent des outils novateurs qui mettent en application des technologies génomiques et bioinformatiques pour des interventions plus efficaces en matière de santé publique visant les maladies infectieuses et les maladies chroniques. En outre, l'IRDG génère une connaissance scientifique de pointe visant à soutenir la prise de décisions liées à la santé publique et l'élaboration de programmes. En favorisant la collaboration et le transfert de connaissances parmi les professionnels de la santé publique oeuvrant au sein d'organisations fédérales, provinciales, territoriales, municipales et non gouvernementales, l'IRDG facilite l'intégration d'information fiable et à jour dans le processus de prise de décisions et les interventions en matière de santé publique à tous les niveaux à l'échelle du Canada. En harmonie avec les activités de programme Infrastructure de santé publique, l'IRDG élabore et met en application des sciences de la santé publique de pointe et des outils pour permettre des essais spécialisés en laboratoire et offrir des services de référence qui contribuent à l'amélioration de la santé publique et des interventions liées aux risques de santé émergents.

Gouvernance, coordination et responsabilisation

Les ministères ont une responsabilité verticale en ce qui concerne le pouvoir d'accomplir leur mandat et de dépenser les ressources. La responsabilisation est donc souvent considérée comme un défi pour la gestion des programmes partagés qui visent un but collectif bien précis. En effet, les programmes auxquels plusieurs ministères prennent part afin d'atteindre des objectifs communs posent des difficultés particulières quand vient le temps d'établir les priorités et de partager les ressources.

Afin d'assurer la saine gestion de l'IRDG, le cadre de gouvernance interministériel qui a été mis en place sous l'autorité du CNRC pour les phases précédentes de l'IRDG a continué à être utilisé pour surveiller la coordination collective de l'Initiative. La structure de gouvernance de l'IRDG comprend trois éléments principaux : un comité de coordination des sousministres adjoints (SMA), un groupe de travail interministériel et un bureau de coordination, avec l'aide de comités consultatifs spéciaux lorsque surgissent des besoins d'expertise particuliers.

Comité de coordination des SMA (CCSMA)

Un Comité de coordination interministériel des SMA, présidé par l'organisme responsable (CNRC), se compose de représentants de chacun des organismes financés, de l'ACIA ainsi que de représentants invités provenant d'Industrie Canada et de Génome Canada. Le Comité est responsable de l'orientation stratégique globale de l'IRDG et de l'approbation des priorités en matière d'investissement. Il veille à la mise en place de mécanismes efficaces d'établissement des priorités dans les ministères ainsi qu'à l'atteinte des objectifs et au respect des priorités du gouvernement. Il veille aussi à ce que des principes de gestion communs soient appliqués à l'IRDG et à ce qu'une collaboration entre les divers organismes soit favorisée dans la mesure du possible. Le Comité se réunit habituellement trois fois par année à la convocation du président, et plus souvent si des décisions doivent être prises.

Groupe de travail interministériel (GT)

Un GT sur l'IRDG appuie les travaux du CCSMA. Il est présidé par l'organisme responsable (CNRC) et les membres, de niveau Directeur, proviennent de tous les ministères et organismes participants, de l'ACIA et d'Industrie Canada. Il a pour mandat de formuler, à l'intention du CCSMA, des recommandations et des conseils stratégiques au sujet de l'établissement des priorités stratégiques et de la gestion globale de l'IRDG. Il voit également à fournir une orientation aux activités menées dans le cadre de l'IRDG en ce qui concerne la prestation opérationnelle, la planification de la mise en oeuvre et l'établissement des priorités en matière d'investissement. Le GT appuie par ailleurs les impératifs d'évaluation et de rapports au sujet de l'IRDG. Il se réunit environ tous les deux mois, plus souvent si cela est justifié par des besoins particuliers de recommandations et de conseils.

Fonction de coordination de l'IRDG

Une fonction de coordination de l'IRDG est intégrée au CNRC. Elle permet d'assurer la coordination du programme, la communication, le réseautage et la diffusion à l'échelle de l'IRDG. Elle offre ainsi un soutien au CCSMA et au GT sur l'IRDG, une communication transparente et efficace avec les ministères au sujet du cycle de planification, des exigences des processus, de l'administration financière et d'autres exigences en matière de gestion de projet, ainsi qu'un appui à la planification et à la mise en oeuvre de projets communs entre les ministères. Cette fonction permet également d'effectuer des études et des analyses dont les données contribueront à établir les priorités de recherche de l'IRDG et d'offrir du soutien à la gestion et à l'administration, ainsi qu'à la gestion, à l'établissement de rapports, à l'évaluation et à la communication en matière de rendement. La fonction de coordination est financée par la partie de l'IRDG destinée aux priorités communes.

Cadre de mesure du rendement

De concert avec le concept moderne de fonction de contrôle mettant l'accent sur des systèmes basés sur les résultats, un cadre stratégique horizontal pour la mesure du rendement a été mis sur pied en 2011 pour l'IRDG afin de donner un caractère officiel à l'engagement des huit ministères et organismes participants en ce qui a trait aux exigences relatives à l'évaluation et à la responsabilisation associées à l'Initiative. Un survol du cadre de mesure du rendement est présenté à l'Appendice B, ainsi que le modèle logique qui représente l'ensemble des objectifs de l'IRDG, menant à la mise en oeuvre et à l'application des connaissances et des outils générés pour la prise de décisions en matière de politiques et de réglementation, pour l'établissement des priorités en matière de politiques publiques clés, ainsi que pour appuyer l'innovation dans le secteur privé.

Rendement

Gouvernance

Coordination interministérielle de l'IRDG

Le CNRC a continué d'assurer la coordination de l'IRDG en 2013-2014, troisième et dernière année des programmes de la phase V, y compris en ce qui a trait à la prestation de services de secrétariat aux ministères et organismes y participant. Il s'est aussi occupé de la mise en oeuvre du cadre de gouvernance, de la gestion et des processus opérationnels de l'IRDG requis pour la phase V. Quatre réunions du CCSMA et huit réunions du GT sur l'IRDG ont été tenues pour la prise des décisions communes. Un sondage sur la satisfaction des clients a été mené auprès des membres du GT et du CCSMA, et il révèle un niveau de satisfaction de 97 %. Un encadrement a été fourni en vue d'établir les prochaines orientations stratégiques du programme pour la phase VI de l'Initiative, à laquelle le gouvernement du Canada a alloué 99,5 millions de dollars sur cinq ans (2014-2019). La phase VI conservera le modèle instauré durant la phase V et offrira en plus un soutien financier aux activités de recherche prévues au mandat de l'ACIA.

La mise en oeuvre de projets aux priorités communes a été appuyée. Des fonds ont été alloués aux ministères participants en fonction des mandats des projets approuvés; les recommandations du rapport de l'examen à mi-parcours et les réponses des équipes ont été présentées en mai 2013 au CCSMA, qui les a approuvées, et des rapports d'étape semestriels ont été présentés au CCSMA (mai et octobre 2013). Des plans visant à élaborer une stratégie intégrée de gestion de l'innovation pour les projets aux priorités communes ont été dressés à la suite des recommandations formulées en mars 2013 par les groupes d'experts ayant mené l'examen à miparcours et approuvées par le CCSMA.

La Stratégie de mesure du rendement de l'IRDG a été mise en oeuvre suite à l'achèvement du Rapport annuel sur le rendement pour 2012-2013 et à son approbation par le CCSMA. Le Rapport ministériel sur le rendement du CNRC et le Rapport sur les plans et les priorités ont été bonifiés, et la Réponse et le plan d'action de la direction au titre des recommandations formulées dans l'évaluation de 2010 ont continué d'être mis en oeuvre.

Recherche autorisée

Les ministères et les organismes gèrent leurs programmes d'IRDG à l'intérieur de programmes existants en harmonie avec les objectifs stratégiques, les activités et les sous-activités définis dans leur architecture d'harmonisation des programmes. Un soutien continu de l'IRDG a été accordé aux projets de la phase V qui avaient un rendement convenable. Ces projets ont été choisis d'après leur contribution aux priorités identifiées où les scientifiques du gouvernement ont une expertise reconnue, en utilisant des approches de composition équilibrée du portefeuille et suivant des procédures d'approbation officielles.

Priorités communes

Des structures de gouvernance détaillées ont été établies dans les Chartes des deux projets aux priorités communes pour assurer l'intégration harmonieuse et la clarté des rôles et des responsabilités. Ces structures incluent des comités consultatifs de gestion, composés de cadres supérieurs de chacun des ministères et organismes participants, un Comité consultatif des sciences, composé de représentants du milieu universitaire, du gouvernement et de l'industrie, de chefs de thème, de chefs de projet désignés et un leadership d'ensemble par des coordonnateurs de projets scientifiques. Une communication ouverte et continue a été établie par le biais de téléconférences, de courriels, de présentations et de réunions régulières pour communiquer les mises à jour et permettre les discussions sur la prise de décisions. Des sites SharePoint ont été mis en place sur le Web pour héberger les versions les plus récentes de tous les documents portant sur les deux projets afin que tous les participants à ces derniers et les conseils consultatifs y aient accès. Les deux projets continueront à être soutenus durant les deux premières années de la phase VI de l'IRDG (2014-2016).

Recherche et développement

Toutes les activités entourant le déroulement de la R-D, le transfert des technologies et des résultats aux parties intéressées pour leur mise en oeuvre et leur application, de même que la diffusion de ces résultats, sont des éléments essentiels pour avoir un impact, et sont ainsi incluses dans le cadre de mesure du rendement de l'IRDG.

Les résultats scientifiques directs qui ont été produits en 2013-2014 et les indicateurs quantitatifs d'évaluation du rendement sont présentés à l'annexe 2 par ministère et organisme pour ce qui a trait aux collaborations, aux contributions scientifiques, aux communications, au transfert des connaissances et de la technologie, ainsi qu'aux outils et processus de recherche. Les grandes lignes des résultats réalisés en 2013-2014 par rapport aux résultats prévus sont présentées à l'annexe 3, et l'annexe 4 présente une liste des outils et processus de recherche élaborés sous l'IRDG.

Des prix et des récompenses ont été décernés à plusieurs scientifiques de l'IRDG en reconnaissance de l'excellence de leurs recherches.

  • Sylvie Cloutier (AAC) a reçu le prix Rosemary Davis de Financement agricole Canada pour son leadership en agriculture grâce à son sens de l'innovation, à sa créativité et à sa passion pour la prospérité de l'industrie;
  • Mark Jordan (AAC) a reçu le prix Appréciation de l'éditeur adjoint de la revue In Vitro Cellular and Development Biology;
  • Mathew Links (AAC) a reçu le prix 2013-2014 de l'Université de la Saskatchewan pour la meilleure thèse de doctorat en sciences de la vie, ainsi que la médaille d'or universitaire du gouverneur général pour la meilleure thèse de doctorat;
  • Scott Redhead (AAC) a été nommé Fellow de la Mycological Society of America;
  • Karen Dunmall (MPO) a reçu une bourse d'études supérieures du Conseil de recherches en sciences naturelles et en génie, la bourse W. Garfield Weston et la bourse J. Frances Allen;
  • Carole Yauk (SC) a reçu le prix d'excellence du sousministre adjoint de la Direction générale de la santé environnementale et de la sécurité des consommateurs dans la catégorie « Leadership » et le prix d'excellence 2013 du sousministre de SC dans la catégorie « Leadership »;
  • La qualité des affiches de l'équipe de Carole Yauk (SC) a été soulignée : parmi les dix meilleurs résumés sur l'évaluation des risques de toxicité (Toxicity Risk Assessment Abstracts) par la Society of Toxicology (Phoenix AZ, mars 2014); meilleure affiche du Forum scientifique de Santé Canada (Ottawa, déc. 2013), et meilleure affiche à la Conférence internationale sur les mutagènes environnementaux (Brésil, nv. 2013).
  • Richard Hamelin (RNCan) a reçu le prix de reconnaissance des réalisations scientifiques de l'Union internationale des instituts de recherches forestières (IUFRO) pour ses réalisations dans le domaine de la pathologie forestière.

Maintien de la capacité

Personnel hautement qualifié

Le nombre de personnes hautement qualifiées participant à des projets de l'IRDG est beaucoup plus élevé que le nombre de personnes dont le salaire est payé avec les fonds de l'IRDG. En 2013-2014, plus de 850 personnes, pour un total de 370 équivalents temps plein, ont participé à des projets de l'IRDG, incluant 668 scientifiques et techniciens, 59 titulaires d'une bourse de recherche postdoctorale, 122 étudiants (Ph. D., M.Sc., B.Sc. et participants au programme d'enseignement coopératif) et 7 agents administratifs.

Installations

Les ministères ont continué à investir dans les infrastructures de base, et des fonds ont été affectés à l'achat, à l'entretien et à la mise à niveau d'équipement de laboratoire. Voici quelques exemples : À AAC, plusieurs appareils ont été achetés pour un certain Recherche et développement Maintien de la capacité nombre de laboratoires de génomique afin de soutenir les projets financés et autorisés par l'IRDG, notamment : un appareil Samsung SUR40 à écran multipoint et multi-utilisateur (format de table), un écran Perceptive Pixel de 55 po multipoint et multi-utilisateurs, un microscope à dissection, un appareil de réaction en chaîne par la polymérase (PCR), un séquenceur Illumina MiSeq, un Qiagen QiaCube, un bioanalyseur Agilent, un spectrophotomètre, un appareil de lyophilisation et deux machines à PCR numériques à gouttelettes. Pour le projet Espèces envahissantes et justiciables de quarantaine, AAC a acheté une nouvelle infrastructure de matériel informatique à l'appui des calculs et du stockage, et a mis à profit des contributions de plusieurs projets, laboratoires et centres pour faire un plus grand achat au profit de l'équipe interministérielle. Un nouveau logiciel a été installé sur la grappe de serveurs et la nouvelle infrastructure comprend un noeud de stockage 27TB Isilon, un appareil de stockage 200TB et quatre noeuds de calcul (achetés par l'ACIA).

Les acquisitions en infrastructure à l'appui des projets du MPO comprennent un système Molecular Imager® Gel Doc™ XR+ System de Bio-Rad; un thermocycleur Veriti® de Life Technologies, un fluoromètre Qubit® 2.0 de Life Technologies; un E-Gel® SizeSelect™ Agarose Gels d'Invitrogen; un système de sélection d'ADN par la taille (E-gel; Invitrogen) et un poste de travail de PCR Airclean® System 600 PCR d'Airclean. De plus, le MPO a assuré le maintien de sa capacité en prolongeant l'entente de service relative au logiciel Dnastar Lasergene, ainsi qu'en mettant à niveau le logiciel QIAxcel de Qiagen.

Le laboratoire de génomique principal de SC comprend une installation de fabrication de puces à ADN à la fine pointe de la technologie incluant : un lecteur de puces Agilent avec les logiciels et l'équipement de laboratoire connexes, un bioanalyseur Agilent, un spectrophotomètre Nanodrop, deux appareils de PCR en temps réel CFX, le logiciel d'analyse de puces à ADN GeneSpring Gx, le logiciel Ingenuity Pathway Analysis, le logiciel NextBio et le logiciel Metacore Pathway Analysis, ainsi qu'un laboratoire d'informatique central comprenant deux stations de travail haut de gamme (T7500) et trois serveurs Dell R-900. Le soutien de l'IRDG a permis d'injecter des fonds internes dans l'agrandissement du laboratoire et dans la capacité de séquençage de nouvelle génération. Le laboratoire est maintenant équipé d'un séquenceur Ion Proton de Life Technologies et de toute l'infrastructure de bio-informatique nécessaire (serveurs, systèmes d'exploitation, système de secours et logiciel) qui facilitera le passage de l'analyse génomique de biopuces à ADN au séquençage aléatoire global du transcriptome (séquençage d'ARN), au séquençage après l'immunoprécipitation de la chromatine (ChIP-seq) et au séquençage du génome entier. La reconnaissance internationale du calibre élevé des expériences faites au laboratoire a aussi mené à une invitation à participer à des essais de validation du séquençage de transcriptomes par l'entremise de l'International Life Sciences Institute. Le laboratoire s'est également procuré un robot dissociateur de tissus.

À la Direction des aliments de SC, les fonds de l'IRDG ont assuré le maintien de la capacité bioanalytique du Bureau de la surveillance des aliments et de l'intégration de la science. Des articles qui ne paraissent pas à l'inventaire des immobilisations, notamment du matériel informatique et des logiciels ainsi que des licences d'application, ont été achetés pour moderniser et accroître la capacité d'analyse de données génomiques.

À EC, les fonds de l'IRDG ont permis l'acquisition de matériel de laboratoire, dont un appareil de séquençage 454, deux grandes chambres de croissance pour la collection de cultures d'algues et de cyanobactéries, un analyseur profileur d'algues en ligne et un microscope confocal à balayage laser. La capacité en bio-informatique a également été accrue grâce à la mise en place d'un poste de travail et de programmes de bio-informatique pour l'analyse des séquences d'ARN.

Les acquisitions en infrastructure à l'appui des projets de l'ASPC comprennent un extracteur automatisé d'ADN, le KingFisher Flex, qui facilite l'extraction de l'ADN à haut débit dans le cadre d'essais génomiques, ainsi qu'une infrastructure informatique et une capacité d'analyse des données. Des fonds de l'IRDG ont été utilisés pour financer directement des services d'entretien et de soutien continus de biens d'équipement financés par l'ASPC au coût de plus d'un million de dollars, notamment des cytomètres de flux, des appareils de PCR quantitative en temps réel et de l'équipement de diagnostic. De plus, le projet sur la salubrité des aliments et de l'eau ainsi que d'autres projets de l'IRDG ont catalysé l'utilisation en nature de biens d'équipement financés par l'ASPC, notamment l'infrastructure informatique de pointe hébergée en grande partie au Laboratoire national de microbiologie, l'infrastructure de séquençage massivement parallèle et l'installation centrale de protéomique.

Appendice A – Informations Supplémentaires sur le Rendement

Annexe 1 – Projets et allocation des fonds de l'IRDG

Espèces envahissantes et espèces de quarantaine

Fonds de l'IRDG ($) Titre du projet
1 856 000 Protection de la biodiversité et des échanges commerciaux du Canada contre les retombées des changements planétaires, par une augmentation de la capacité de surveillance des espèces exotiques envahissantes et des espèces de quarantaine

Salubrité des aliments et de l'eau

Fonds de l'IRDG ($) Titre du projet
1 810 000 Accroissement de la salubrité des aliments et de l'eau au Canada grâce à une initiative fédérale intégrée en génomique

Agriculture et Agroalimentaire CanadaNote de bas de tableau *

1. Biodiversité, exploration des gènes et analyse fonctionnelle pour l'identification et l'extraction des gènes présentant les caractéristiques souhaitées, notamment les mécanismes de résistance des plantes à un stress biotique ou abiotique, aux insectes et à la virulence des agents pathogènes
Fonds de l'IRDG ($) Titre du projet
258 308 Légionnaire bertha (Mamestra configurata) : génomiqu, dynamique des populations et biodiversité de cet insecte nuisible et de ses agents pathogènes
200 717 La caméline – Une plateforme intégrée de culture oléagineuse industrielle pour le Canada
234 008 Détermination de la virulence moléculaire des champignons du genre Fusarium et mécanismes de résistance uniques du blé et du maïs, en vue de réduire les mycotoxines fusariennes dans les céréales canadiennes
73 578 Exploitation et caractérisation des enzymes intervenant dans la synthèse, le métabolisme et le transport des glucides présentes dans le métagénome et le métatranscriptome d'échantillons du rumen
112 223 Exploitation des ressources moléculaires du champignon responsable de la rouille des feuilles du blé afin de lutter contre la rouille des céréales
208 931 Exploitation de la biodiversité des plantes cultivées du genre Brassica et des plantes exotiques de la famille des Brassicacées
30 404 Cartographie fine du locus Sr9 de la résistance à la rouille des tiges chez le blé
22 793 Analyse fonctionnelle de la résistance durable à la rouille du blé
74 786 Déterminants génétiques de la virulence propre à chaque cultivar chez l'agent pathogène Phytophthora sojae responsable de la pourriture des racines
4 614 Caractérisation génétique du gène Sm1 de résistance à la cécidomyie orangée du blé
86 587 Aspects génétiques et génomiques de la fixation symbiotique de l'azote
197 221 Stratégies assistées par la génomique pour l'évaluation et l'utilisation des ressources génétiques de la pomme de terre
115 102 Génomique des synergies et des interactions de multitoxines fusariennes dans les céréales canadiennes pour orienter le développement de cultures résistantes, la surveillance des mycotoxines et la caractérisation des risques
67 412 Génomique de nouvelle génération pour l'amélioration de l'avoine
82 494 Vers le développement d'une résistance de nouvelle génération au virus de la mosaïque du soja : génomique et génétique des interactions
2.0 Diffusion des découvertes en génomique grâce à la bio-informatique et aux outils physiques afin d'améliorer l'accès aux matériaux biologiques et aux ensembles de données et de contribuer à l'adoption et à la commercialisation de nouvelles technologies
Fonds de l'IRDG ($) Titre du projet
21 323 Prototypage de Microsoft Surface pour la bio-informatique
3.0 Sélection plus efficace des végétaux
Fonds de l'IRDG ($) Titre du projet
181 865 Validation de la technologie de transfection de peptides de pénétration cellulaire et application à la Direction générale de la recherche – Facilitation de programmes de génomique fonctionnelle
272 017 Identification et modulation des déterminants de la recombinaison de l'ADN pour accélérer l'amélioration génétique des cultures
42 869 Gestion de la reproduction des plantes cultivées

Note de bas de tableaus

Note de bas de tableau *

Dépenses non salariales de fonctionnement seulement.

Retour à la référence de le note de bas de le tableau *

Environnement Canada

Fonds de l'IRDG ($) Titre du projet
100 440 Recherche en génomique en appui à l'évaluation des risques prévue par la Loi canadienne sur la protection de l'environnement en ce qui a trait aux substances microbiennes existantes et nouvelles
52 650 Caractérisation métagénomique et à micropuce à ADN de la qualité de l'eau dans les secteurs coquilliers surveillés par Environnement Canada
60 750 Conception et validation d'une biopuce à ADN de crustacés et corrélation entre les profils d'expression génétique et les paramètres toxicologiques classiques de l'exposition aux contaminants
115 020 Toxicogénomique aviaire et voies d'aboutissement de résultats indésirables – de nouveaux outils pour l'évaluation des risques
90 720 Outils métagénomiques pour l'évaluation et la surveillance des écosystèmes aquatiques
17 820 Relevé des populations reproductrices sources de bécasseau violet (Calidris maritima) hivernant sur les côtes de l'est du Canada et du nord-est des États-Unis
102 060 Utilisation de la génomique à haut débit pour prédire les effets potentiels des contaminants issus des sables bitumineux sur la santé des poissons
32 000 Approche génomique de prévision et de gestion des proliférations d'algues nuisibles et toxiques
51 030 Élucidation de la relation entre les profils toxicogénomiques d'expression génétique et les répercussions biologiques fonctionnelles chez la truite arc-en-ciel et les néonates de Daphnia magna
85 860 Évaluation de la toxicité de contaminants nouveaux pour des organismes aquatiques au moyen de la génomique
51 030 Utilisation de la toxicogénomique chez la grenouille des bois et la voie d'aboutissement de résultats indésirables pour la surveillance des incidences environnementales de l'exploitation industrielle des sables bitumineux
40 500 Nouveaux biomarqueurs de stress pour étudier les incidences des changements environnementaux de grande portée sur la santé de la faune

Pêches et Océans Canada

Fonds de l'IRDG ($) Titre du projet
40 250 Délimitation des stocks de sébaste atlantique (Sebastes mentella) d'après l'analyse génétique d'otolithes conservés
155 080 Recherche rapide de SNP et cartographie génétique par séquençage RAD de nouvelle génération : promotion des outils et de l'expertise d'une gestion fondée sur la génomique des organismes marins utilisés ou non comme modèles
52 000 Développement de marqueurs génétiques moléculaires pour l'étude de la sélection liée au climat et application à l'analyse de stocks à constitution génétique mixte du saumon atlantique de l'Atlantique Nord-Ouest
24 000 Approche génomique et télémétrique de mesure de la structure des populations de morue franche et son application à l'efficacité des aires marines protégées
154 000 Caractérisation génomique de saumons sauvages physiologiquement fragilisés
74 500 Caractérisation de l'état de porteur du virus de la nécrose hématopoïétique infectieuse chez le saumon rouge à l'aide d'outils génomiques
115 000 Utilisation de la génomique des poissons de l'Arctique en tant qu'indicateur de l'intégrité et du changement de l'écosystème
77 000 Étude génomique comparative in vivo du variant faiblement pathogène du virus de l'anémie infectieuse du saumon

Sant é Canada

Fonds de l'IRDG ($) Titre du projet
194 000 Caractérisation génomique d'isolats d'importance clinique de Campylobacter et de Listeria d'origine alimentaire ayant une incidence sur la santé publique
228 000 Immunotoxicogénomique et allergies alimentaires : mise au point d'une épreuve génomique pour l'analyse des contaminants chimiques dans les aliments modulant des voies donnant lieu à des allergies alimentaires
220 000 Caractérisation génomique de tissus de souris transgéniques P53+/- exposées à des composés cancérogènes génotoxiques et non génotoxiques pour la mise au point de méthodes de dépistage à court terme du cancer
150 000 Analyse génomique de cellules souches mésenchymateuses en vue de la mise au point de méthodes diagnostiques à haut débit pour le dosage des ingrédients médicamenteux et des contaminants tumorigènes dans les produits de santé à base de cellules souches
400 000 Intégration de paramètres génomiques à la toxicologie réglementaire
258 000 Toxicogénomique appliquée à la toxicologie des mélanges : une approche de protéomique à fondement génomique pour l'identification de marqueurs biologiques de l'exposition à des mélanges complexes de produits cancérogènes présents dans l'environnement et de leurs effets

Conseil national de recherches

Fonds de l'IRDG ($) Titre du projet
3 856 767 Programme phare d'amélioration du blé (Augmentation de la tolérance à la fusariose et à la rouille; sélection assistée par la génomique; stress abiotique; développement des graines)
943 233 Produits biologiques ultérieurs : Développement de la technologie de soutien

Resso urces nat urelles C

GRDI funds ($) Titre du projet
231 000 Génomique appliquée à l'amélioration des essences forestières et à la santé des forêts
198 900 Écogénomique de la tordeuse des bourgeons de l'épinette : de la dynamique des populations à la réduction des populations
192 000 Diagnostic et surveillance des maladies des essences forestières par des méthodes de génomique de nouvelle génération
160 000 Génomique des interactions arbres-microorganismes
189 400 Génomique intégrative d'Agrilus planipennis et de ses hôtes

Agence de la santé publique du Canada

Fonds de l'IRDG ($) Titre du projet
68 809 Effet modificateur des polymorphismes génétiques intervenant dans le métabolisme du folate et de la vitamine B12 sur la relation entre l'apport en folate et en vitamine B12 et le bilan vitaminique
95 568 Possibilités d'utilisation de biomarqueurs protéomiques de l'inflammation pour prévoir rapidement le risque de diabète de type II et surveiller la réaction à une intervention nutritionnelle à la vitamine D
93 845 Nouvelle technologie d'évaluation de la résistance aux médicaments anti-VIH : un modèle d'intégration des techniques de séquençage de nouvelle génération et d'analyse des données
71 676 Identification de cibles pour la surveillance de la dissémination des gènes de la résistance aux carbapénèmes chez les entérobactériacées
143 352 Association de la carence en vitamine D et des variants génétiques connexes avec la tuberculose active et l'infection tuberculeuse dans une cohorte canadienne
152 908 Détermination de la signature des réactions immunitaires spécifiques au Mycobacterium tuberculosis pour distinguer l'infection tuberculeuse active de l'infection tuberculeuse latente
86 011 Caractérisation moléculaire de Salmonella Enteritidis pour la lutte contre les maladies d'origine alimentaire
95 568 Amélioration de l'exactitude de l'annotation automatisée du génome des procaryotes
238 917 Outil de génosérotypage rapide pour la classification des sérovars de Salmonella
286 703 Techniques de génomique et de protéomique à haut débit appliquées à l'épidémiologie moléculaire en santé publique : déroulement des travaux de laboratoire de nouvelle génération pour l'étude des maladies bactériennes d'origine alimentaire et hydrique et les interventions en cas d'éclosions et d'endémie
143 352 Application de la génomique comparative à l'identification des sous-groupes d'Escherichia coli shigatoxinogènes et des marqueurs pangénomiques fréquemment associés à la maladie chez l'être humain

Annexe 2 – Indicateurs quantitatifs de la performance

Chercheurs et techniciens

Il s'agit du nombre de chercheurs et de techniciens, par ministère ou agence, travaillant à des projets financés par l'IRDG, comprenant sans s'y limiter celles dont les services ont été payés par des fonds de l'IRDG.

Nombre de chercheurs et de techniciens

AAC MPO EC SC CNRC RNCan ASPC EEQ SAE Total
Chercheurs scientifiques 55 12 17 15 27 13 32 30 69 270
Professionnels de recherche 5 8 6 17 12 13 16 17 35 129
Techniciens 83 16 28 15 37 18 4 31 37 269
Chercheurs invités/boursiers postdoctoraux 11 1 9 6 10 13 3 6 0 59
Étudiants des deuxième et troisième cycles 12 5 10 2 0 4 3 2 6 44
Étudiants du premier cycle 14 0 15 0 5 2 9 32 1 78
Agents administratifs 3 0 0 0 1 1 1 1 0 7
Total 183 42 85 55 92 64 68 119 148 856
Total des équivalents temps plein 92.2 9.3 39.9 20.3 68.5 35.0 22.9 28.8 53.5 370.4

Collaborations

Il s'agit des collaborations entre les ministères et les agences exprimées par le nombre de personnes collaborant aux projets de recherche qui relèvent d'une organisation autre que celle dont relève le scientifique responsable du projet et qui participent directement à la réalisation dudit projet. L'IRDG est le cadre de nombreuses collaborations de recherche entre les organisations scientifiques gouvernementales, les universités, l'industrie et divers instituts de recherche, et ce, tant au niveau national qu'international.

Nombre de collaborateurs

AAC MPO EC SC CNRC RNCan ASPC EEQ SAE Total
Universités (canadiennes) 13 8 47 6 8 16 14 19 3 134
Universités (étrangères) 16 3 15 4 2 10 1 27 2 80
Autres organisations de recherche de l'étranger 6 1 7 1 2 6 5 7 0 35
Autres organisations de recherche canadiennes 4 0 1 0 0 4 0 7 0 16
Secteur privé 1 0 5 3 10 0 1 5 1 26
Autres ministères 15 0 17 10 31 6 5 33 6 123
Autres organisations du secteur public telles que les provinces et les municipalités et les organismes non gouvernementaux 0 2 9 0 3 14 8 10 2 48
Participation à des comités nationaux ou internationaux s'occupant de génomique 8 0 4 5 3 21 1 4 5 51
Comités nationaux ou internationaux de spécialistes en génomique 8 0 0 1 3 2 7 0 3 24
Total 71 14 105 30 62 79 42 112 22 537

Contributions scientifiques

Les contributions scientifiques sont les informations et les publications scientifiques produites, acceptées, sous presse ou publiées (y compris sur le Web) en 2013- 2014. Il s'agit entre autres de toutes les contributions des membres des équipes, dans la mesure où elles concernent le projet de l'IRDG. Il s'agit aussi des contributions découlant d'une phase antérieure d'un projet, dans la mesure où elles ont été produites au cours de 2013-2014. Les ébauches d'articles et d'autres textes ne sont pas considérées comme des contributions, ni les contributions incluses dans le rapport d'années antérieures.

Nombre de produits en R-D

AAC MPO EC SC CNRC RNCan ASPC EEQ SAE Total
Publications dans des revues à comité de lecture 28 7 53 20 17 30 22 17 6 200
Publications dans les comptes rendus de conférences à comité de lecture 14 1 9 0 3 12 11 1 2 53
Rapports techniques 0 0 9 0 1 3 1 2 0 16
Livres (édités, rédigés) 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2
Autres publications (ex. chapitres de livre, monographies, résumés, notes, revues professionnelles, etc.) 6 4 7 1 1 8 7 9 2 45
Affiches présentées à des conférences 12 4 15 15 8 19 14 4 2 93
Exposés présentés à des conférences 28 18 21 9 13 26 8 27 6 156
Présentations à des conférences nationales 8 4 6 4 2 14 7 2 2 49
Présentations à des conférences internationales 19 10 16 6 9 12 11 9 1 93
Participation active à des conférences nationales (organisation, présidence, groupes d'experts, etc.) 5 0 5 1 2 4 2 0 0 19
Participation active à des conférences internationales (organisation, présidence, groupes d'experts, etc.) 4 0 3 5 0 3 4 3 2 24
Postes au comité d'édition de revues nationales et internationales (à l'exclusion des comités de lecture) 6 2 4 0 3 6 2 4 0 27
Apport à des bases de données ou à des banques génomiques 3 0 8 3 1 35 635 15 0 700
Nouvelles bases de données ou banques de génomique 2 2 4 0 1 1 3 2 0 15
Prix, distinctions 3 3 1 6 0 1 0 0 0 14
Total 138 55 161 70 61 174 727 95 25 1,506

Produits de communication

Nombre de produits de communication

AAC MPO EC SC CNRC RNCan ASPC EEQ SAE Total
Entrevues accordées aux médias 8 1 0 0 15 0 0 1 0 25
Communiqués de presse et annonces 0 0 1 0 4 0 1 0 0 6
Articles de journaux et de revues 1 0 3 0 68 0 0 0 0 72
Exposés 0 4 4 0 2 0 0 0 2 12
Brochures, fiches de renseignements, pages Web 1 1 2 0 21 1 3 0 0 29
Total 10 6 10 0 110 1 4 1 2 144

Transferts des connaissances et de la technologie

Nombre de transferts de connaissances et de technologie

AAC MPO EC SC CNRC RNCan ASPC EEQ SAE Total
Activités d'information 18 0 7 6 8 2 11 2 1 55
Ententes de transfert de matériel 21 0 4 0 12 0 1 0 3 41
Transfert de modes opératoires normalisés 1 0 1 0 5 1 5 8 4 25
Divulgations 0 0 0 0 11 0 1 0 0 12
Brevets en application, demandes de brevets, brevets délivrés 18 0 1 0 4 0 1 2 6 32
Permis délivrés 0 0 0 0 0 0 1 0 1 2
Nouvelles ententes de collaboration officielles, nouveaux modes opératoires normalisés 0 1 3 0 3 0 1 0 1 9
Ateliers de transfert de connaissances avec les parties intéressées et les utilisateurs 0 0 3 0 1 0 1 4 0 9
Demandes de comptes rendus de travaux et de collaborations 59 2 2 0 0 0 2 0 2 67
Total 117 3 21 6 44 3 24 16 18 252

Outils et méthodes de recherche

Il s'agit des outils et des méthodes de recherche qui ont été mis au point en 2013-2014, de ceux qui ont été mis au point durant les phases antérieures de l'IRDG s'ils ont été achevés en 2013-2014, et de ceux mis au point au cours des années antérieures s'ils ont été améliorés depuis la dernière fois qu'ils ont été recensés dans un rapport.

Nombre d’outils et de méthodes de recherche

AAC MPO EC SC CNRC RNCan ASPC EEQ SAE Total
Outils de recherche 20 5 15 11 6 4 6 7 5 79
Méthodes de recherche 7 0 2 0 9 2 8 3 1 32
Total 27 5 17 11 15 6 14 10 6 111

Annexe 3 – Principaux résultats obtenus en 2013-2014

Travaux de recherche interministériels suivant des priorités et buts communs sur des questions dépassant le mandat individuel des ministères

Projet sur les espèces envahissantes et justiciables de quarantaine

Protection de la biodiversité et des échanges commerciaux du Canada contre les retombées des changements planétaires, par une augmentation de la capacité de surveillance des espèces exotiques envahissantes et des espèces justiciables de quarantaine

Ministères/organismes participants : AAC, ACIA, EC, MPO, CNRC, RNCan
Coordination scientifique : AAC
Gestion du projet : ACIA

Le projet sur les espèces envahissantes et justiciables de quarantaine (EEQ) est une collaboration entre 28 chercheurs principaux travaillant dans six ministères ou organismes. Comprenant cinq sous-projets, il est centré sur la protection de la biodiversité et des échanges commerciaux du Canada contre les répercussions du changement mondial par l'amélioration de la capacité de surveiller les espèces étrangères et mises en quarantaine envahissantes. Ces espèces peuvent entraîner des pertes économiques chiffrées en millions de dollars, conduire à des disputes commerciales et à la fermeture de frontières, provoquer des dommages irréversibles à l'environnement et nécessiter une vigilance et des réponses rapides en cas de découvertes de telles espèces au Canada.

Sous-projet 1 : Optimisation et normalisation de l'extraction des acides nucléiques

Les objectifs sont d'optimiser et de normaliser les méthodes d'extraction des acides nucléiques afin de 1) préserver et archiver des tissus provenant de diverses collections fédérales et 2) rassembler des échantillons prélevés sur le terrain pour une utilisation en détection directe sensible. Des progrès considérables ont été accomplis durant l'exercice. Les protocoles d'extraction de l'ADN de divers échantillons ont été testés ou mis au point et les amorces pour la PCR ont été optimisées. Une épreuve de détection de l'ADN dans des échantillons bruts d'insectes et des échantillons d'eau prélevés dans l'environnement a été élaborée. Une banque de séquences d'insectes a permis de confirmer rapidement la présence d'un organisme nuisible réglementé à plusieurs endroits situés en dehors des limites de la zone de quarantaine en ColombieBritannique. L'équipe a sélectionné des trousses commerciales et a publié des protocoles pour l'extraction d'ARN double brin de phytovirus. L'équipe a aussi élaboré une procédure standard d'opération pour l'extraction d'ADN des échantillons de matière végétale provenant d'herbiers. Un prototype de dispositif à microcanalisations pour la concentration de champignons de tailles allant de 25 à 40 um a été développé et testé.

Sous-projet 2 : Code-barres des espèces aquatiques envahissantes posant les plus grands risques pour la faune indigène et le commerce du Canada

Les objectifs sont de produire des résultats et des conclusions qui 1) permettront l'application par le MPO du règlement imminent sur les espèces aquatiques envahissantes qui fera partie de la nouvelle Loi sur les pêches ou la Loi révisée; 2) aideront EC dans ses domaines de première responsabilité : viabilité de l'écosystème; protection du capital national et protection de l'environnement; compréhension des risques cumulatifs. Des progrès considérables ont été réalisés durant l'exercice. Huit espèces ont été ajoutées à la collection du Musée royal de l'Ontario (MRO), et les problèmes liés à la préservation des échantillons et à la perte de traçabilité entre les codes-barres et les spécimens témoins déjà soumis ont été cernés. Des échantillons de mollusques, de crustacés et de tuniciers ont été prélevés à 56 endroits en ColombieBritannique. Plusieurs centaines d'échantillons planctoniques ont également été obtenus des régions pacifique, atlantique et arctique du Canada dans le cadre d'une collaboration avec le Réseau national de recherche sur les espèces aquatiques envahissantes (CAISN II). L'équipe a élaboré des stratégies et des flux de travail pour le traitement des spécimens et plus de mille spécimens de parasites ont été envoyés à des laboratoires à des fins de séquençage.

Sous-projet 3 : Code-barres des espèces envahissantes et justiciables de quarantaine des écosystèmes terrestres

L'objectif est de produire des banques de codes-barres d'ADN qui fourniront des données d'identification de base permettant la confirmation des identités, en mettant l'accent sur les espèces présentes dans les écosystèmes terrestres du Canada qui sont justiciables de quarantaine et revêtent une importance économique pour le Canada. Les diverses réalisations incluent notamment : des protocoles de laboratoire pour la production de codes-barres d'ADN ont été développés et testés; des codes-barres complets de 1 796 spécimens et des codes-barres partiels de 211 spécimens ont été définis; des analyses du code-barres du mildiou (Peronospora manshurica) ont servi à produire rapidement une grande quantité de données hautement pertinentes pour régler une question réglementaire liée à l'exportation, démontrant qu'il serait pratiquement impossible de certifier que le soja est exempt de mildiou – les données produites ont été acheminées à la Commission canadienne des grains et à l'ACIA, puis ont servi à régler cette question réglementaire; des cultures ont été obtenues pour dix des pathogènes fongiques des forêts les plus indésirables et leur ADN a été extrait; les conditions expérimentales pour la détermination rapide d'une contamination par Phytoplasma spp en utilisant des échantillons archivés ont été optimisées et de nouvelles paires d'amorces universelles pour les différents groupes cibles ont été conçues et optimisées; un essai d'amplification isotherme médiée par boucle a aussi été conçu et a servi à analyser de nombreux échantillons agricoles canadiens pour déterminer la séquence d'importantes souches de phytoplasmes en circulation dans l'Ouest canadien – il sera utilisé pour la toute première fois directement sur le terrain au cours de la saison de croissance de 2014.

Sous-projet 4 : Détection directe des espèces envahissantes et justiciables de quarantaine

L'objectif est de répondre aux besoins pratiques réels pour détecter des espèces envahissantes dans des matrices qu'on ne pensait pas utilisables précédemment ou d'améliorer et d'étendre radicalement les méthodes de détection actuelles à l'aide du séquençage de nouvelle génération (SNG). Un protocole visant à générer des banques de coléoptères et de leurs associés fongiques a été élaboré. Les paramètres du SNG, comme la sensibilité et la spécificité de la détection, l'établissement des flux, ainsi que la validation des coûts et des méthodes, sont tous en cours d'évaluation et seront comparés à ceux des méthodes actuelles. Un logiciel de gestion des flux de SNG est en cours de conception afin d'automatiser l'analyse des données générées par le SNG et faciliter l'accès à ces données par l'intermédiaire d'un navigateur Web pour diagnosticiens. De nouvelles collaborations sont en cours pour faire valider les méthodes d'extraction et les méthodes de SNG, puis les faire reconnaître par les gouvernements canadien et américain.

Sous-projet 5 : Bio-informatique

L'objectif est de créer une plateforme de cyberinfrastructure pour gérer et analyser les données produites par le projet EEQ . L'équipe a tiré profit d'un soutien en nature pour l'informatique, y compris du personnel de base en informatique, de l'infrastructure et des applications en informatique de la biodiversité à AAC. Le travail se fait en collaboration avec le personnel des Services partagés Canada (SPC) et de la direction générale des systèmes d'information d'AAC afin d'offrir aux collaborateurs des autres ministères un accès à cet environnement. Les normes requises pour la saisie et la gestion des données sur les spécimens de végétaux types, l'extraction de l'ADN et le séquençage ont été évaluées et mises en oeuvre dans un chiffrier personnalisé en tant qu'étape intermédiaire jusqu'à ce que les collaborateurs des autres ministères soient en mesure d'accéder directement à la base de données du projet. La base de données d'AAC, SeqDB, a été mise à niveau afin de contenir toutes les données générées par le projet EEQ et à ce jour, 32 174 séquences (167,5 plaques) ont été saisies. En outre, plusieurs milliers de séquences ont été générées à l'interne et sont en voie d'être importées dans SeqDB. Les protocoles pour la préparation et le traitement des échantillons à des fins de séquençage ont été distribués aux collaborateurs. L'équipe a également réussi à verser le contenu de base du portail du Système canadien d'information sur la biodiversité dans un tout nouvel environnement Web conforme aux exigences gouvernementales, qui peut être réutilisé pour créer le portail de l'IRDG.

Projet de salubrité des aliments et de l'eau

Accroissement de la salubrité des aliments et de l'eau au Canada grâce à une initiative fédérale intégrée en génomique

Ministères/organismes participants : AAC, ACIA, EC, SC, ASPC et CNRC
Coordination scientifique : SC
Gestion du projet : SC

Le projet de Salubrité des aliments et de l'eau (SAE) est une collaboration entre six ministères et organismes. Il se divise en trois sous-projets et vise à développer les outils et l'infrastructure nécessaires pour appliquer des méthodes basées sur la génomique pour l'isolement, la détection, la caractérisation et l'identification des sources de pathogènes. Il est centré sur deux pathogènes microbiens prioritaires, soit les espèces Escherichia coli vérotoxinogènes (VTE C) et Salmonella Enteritidis. Il comprend l'élaboration d'un système fédéral intégré de gestion et de stockage des données de génomique, ainsi qu'un accès libre aux données et aux méthodes basées sur la génomique pour accroître la discrimination des critères d'évaluation des risques et améliorer l'identification des sources de pathogènes. Les activités sont organisées selon trois thèmes principaux : 1) Isolement et détection; 2) Production de l'information; 3) Bio-informatique.

Sous-projet 1 : Isolement et détection

Le principal objectif est la mise au point d'outils basés sur la génomique pour la détection et l'isolement rapides de 1) O157 et 2) six VTE C d'intérêt prioritaire autres que O-157 dans différents aliments, l'eau et des matrices environnementales. La détection et l'identification de pathogènes dans les aliments sont largement dépendantes de la capacité à extraire et isoler le contaminant d'aliments et de matrices environnementales hautement complexes. À cette fin, les scientifiques tentent d'isoler ces pathogènes sous forme de cellules entières intactes ou par l'extraction de leurs acides nucléiques. Un certain nombre de méthodes d'isolation ont été étudiées : dispositifs de filtration s'appuyant sur l'exclusion en fonction de la taille ou par la capture des membranes chargées positivement; marquage métabolique; anticorps monoclonaux; dispositif microfluidique pour isoler les cellules bactériennes entières de la matrice alimentaire; comparaison des méthodes d'extraction d'ADN d'échantillons de sol et d'eau. Des travaux visant à accroître la rapidité et la sensibilité de détection d'agents microbiens d'origine hydrique et alimentaire ciblés a conduit à la mise au point de nouvelles technologies (essai de PRC quantitative; séquençage métagénomique de légumes-feuilles; instrument basé sur les réseaux de capteur évanescent à fil photonique; plateforme microfluidique) qui renforceront de manière considérable la capacité du Canada à faire face aux risques de contamination des aliments. La plateforme microfluidique a été automatisée et installée dans un laboratoire d'essai à des fins réglementaires de première ligne de l'ACIA pour une évaluation rigoureuse de sa performance.

Sous-projet 2 : Production de l'information

Les données sur le génome séquencé de 191 souches d'Escherichia coli vérotoxinogène (VTE C) autres que O157 ont été ajoutées à la base de données du projet sur la salubrité des aliments et de l'eau (SAE) en vue d'une analyse, ce qui porte le nombre total de souches à 334 jusqu'à maintenant (525 génomes VTE C en tout, y compris les contributions en nature). Le nombre total de souches de Salmonella séquencées dans le cadre du projet SAE est dorénavant de 79. Les activités de surveillance de l'environnement et des aliments pour y détecter la présence de VTE C et de Salmonella Enteritidis permettent également à l'échelle nationale une meilleure sensibilisation aux types, à la prévalence et aux sources des pathogènes, ainsi qu'aux facteurs qui contribuent à leur présence et à leur persistance. De nouveaux outils génomiques sont sur le point d'être validés pour l'identification et le traçage des sources microbiennes. Des analyses en cours servent à évaluer et à modéliser le risque de VTE C. Des analyses génomiques comparatives devraient permettre de définir les marqueurs génétiques uniques et les caractéristiques protéiniques qui sont pertinentes pour la détection des pathogènes, de déterminer les sources potentielles de contamination et de faciliter la sélection des meilleures méthodes pour identifier les VTE C dans différents types d'échantillons.

Sous-projet 3 : Bio-informatique

Les produits livrables sont centrés sur : 1) la conception et le développement d'une plateforme informatique pour le stockage, la gestion, l'analyse de données et de métadonnées sur des génomes microbiens ainsi que sur la production de rapports sur ces données; 2) des ateliers de formation en bio-informatique portant sur l'épidémiologie génomique. Plusieurs étapes importantes ont été franchies dans l'élaboration d'une plateforme d'analyse rapide intégrée des maladies infectieuses (projet Integrated Rapid Infectious Disease Analysis). Un système pour stocker, gérer et mettre en commun les données du séquençage de génomes entiers a été élaboré et fait maintenant l'objet d'un essai par les utilisateurs finaux. L'équipe pour l'avancement de l'ontologie est complète et sur le point de commencer ses activités. Des outils d'épidémiologie génomique ont été intégrés au moteur de gestion de flux Galaxy. Une présentation uniforme a été prévue, et des simulations de l'application Web mondiale ont été conçues et mises au point par des utilisateurs finaux. Quatre ateliers de formation sur la génomique microbienne et la bioinformatique ont été tenus, ce qui a permis de former plus de 100 personnes à l'application du séquençage du génome entier et à l'analyse génomique microbienne moderne. Ainsi, les travailleurs de la santé publique seront en mesure d'analyser les données de séquençage du génome entier dans le cadre du suivi des maladies infectieuses, de la réaction aux éclosions, de la pathogénomique et de la dynamique des populations. Des scientifiques de l'ASPC sont aussi membres et participants actifs du consortium Global Microbial Identifier, regroupant plus de 200 scientifiques d'une trentaine de pays qui travaillent à l'établissement d'une carte routière en vue de la mise en oeuvre d'une plateforme et d'un réseau mondiaux en épidémiologie génomique.

Avancées intéressantes sur le plan commercial dans les domaines de la R-D en génomique ayant trait à la santé humaine

Avec l'aide de l'IRDG, des scientifiques du CNRC élaborent une nouvelle génération de traitements ciblés contre le cancer – conjugué anticorps-médicaments – et collaborent activement avec plusieurs sociétés canadiennes. Ainsi, le CNRC et Zymeworks Inc., entreprise canadienne en biothérapeutique et chef de file mondial en anticorps thérapeutiques, ont annoncé en mars 2013 la conclusion d'une nouvelle entente de collaboration stratégique pour le développement d'agents biothérapeutiques. Cette entente de trois ans de plusieurs millions de dollars porte sur l'élaboration de traitements novateurs dans la lutte contre le cancer, ainsi que les maladies inflammatoires et autoimmunes. À ce jour, le CNRC a produit et caractérisé plus de 6 000 protéines conçues virtuellement afin de répondre aux besoins de Zymeworks et d'accélérer de beaucoup ses avancées en matière de traitements et de plateformes.

Le partenariat avec AVIDBiologics, annoncé pour la première fois en janvier 2013, se poursuit pour le développement et la validation préclinique de trois nouveaux conjugués anticorps-médicaments pour le traitement du cancer. Les conjugués anticorps-médicaments sont dirigés contre des cibles de surface cellulaire dont l'expression est élevée dans de multiples cancers, dont l'expression est restreinte aux tumeurs et qui sont rapidement internalisées. Ces cibles ont été sélectionnées parmi une liste d'antigènes du cancer générée par les plateformes génomiques, protéomiques et bioinformatiques d'avant-garde du CNRC. De nombreux autres partenaires canadiens évaluent présentement d'autres cibles de cette liste pour le développement d'éventuels anticorps thérapeutiques.

En mai 2013, Alethia Biotherapeutics, un collaborateur de longue date du CNRC, a annoncé une alliance stratégique mondiale avec l'International Biotechnology Center Generium pour le développement conjoint de l'AB-16B5, un anticorps monoclonal inhibiteur de la transition épithélio-mésenchymateuse. Cet anticorps cible un épitope précis de la clusterine secrétée et inhibe la capacité de cette protéine à induire la transition épithélio-mésenchymateuse. Cette technologie brevetée a été développée par le CNRC avec le soutien de l'IRDG et cédée sous licence à Alethia.

En mars 2014, le CNRC tenait pour la toute première fois à Toronto sa réputée plateforme d'exposition de technologies du secteur des sciences de la vie, BioTransfert. Cet événement organisé en collaboration avec plusieurs établissements de recherche de l'ensemble du pays, a abordé les thèmes des biothérapeutiques, du diagnostic et des technologies médicales. Plusieurs technologies dont le développement a été soutenu par l'IRDG y ont été présentées. La participation a été excellente, avec des représentants du milieu de la recherche, de l'industrie et du capital-risque. Plus de 100 rencontres interentreprises ont été organisées.

Utilisation des connaissances en génomique dans le système canadien de réglementation dans le domaine de la santé

Caractérisation génomique d'isolats de Campylobacter et de Listeria d'origine alimentaire

Dans le cadre de ce projet, les chercheurs de SC ont élaboré une méthode rapide et automatisée pour séquencer et analyser l'ADN bactérien. À l'aide de cette méthode, l'équipe de recherche a séquencé le génome entier de 150 isolats de Campylobacter jejuni et de plus de 200 isolats de Listeria monocytogenes – deux des principaux pathogènes d'origine alimentaire. Ils ont identifié plusieurs gènes importants et des marqueurs d'ADN associés aux diverses souches de bactéries, lesquels seront incorporés aux tests diagnostiques afin de rehausser la salubrité et la qualité de notre système alimentaire. Par exemple, les données de recherche ont servi à identifier les séquences d'ADN associées à l'origine géographique, temporelle, environnementale ou animale de différentes souches bactériennes, ainsi que les propriétés biologiques, comme la capacité des pathogènes à résister à l'exposition au stress, à infecter les humains ou à causer de graves symptômes. Les résultats issus de ce projet peuvent être appliqués dans l'industrie, aux soins de santé, à la surveillance des maladies, à la réglementation et à aux politiques sanitaires – ils permettront à l'industrie de l'alimentation, aux inspecteurs des aliments et aux évaluateurs des risques pour la santé de s'attaquer à certains des problèmes causés par la présence d'importants pathogènes d'origine alimentaire.

Évaluation génomique des contaminants chimiques des aliments provoquant des allergies alimentaires

Au cours des dernières décennies, l'incidence des allergies alimentaires au Canada s'est accrue pour des raisons que l'on ignore. Les chercheurs de Santé Canada tentent de concevoir des outils fondés sur la génomique pour détecter certains produits chimiques dans les aliments et en connaître les effets sur l'apparition d'allergies alimentaires. Pour ce faire, ils ont élaboré une épreuve de culture cellulaire qui mesure les effets des produits chimiques sur les biomarqueurs du système immunitaire qui sont liés au risque d'allergie alimentaire. Dans l'ensemble, ce projet a généré des données utiles pour les toxicologues et les organismes de réglementation s'occupant de l'évaluation des nouveaux additifs et contaminants alimentaires, notamment les agents colorants et les nanomatières. La réussite de cette recherche a permis aux toxicologues de disposer d'un nouvel outil pour l'évaluation de la capacité des produits chimiques d'altérer les réponses immunitaires, ainsi que pour la recherche des causes sousjacentes qui se cachent derrière la hausse de l'incidence des allergies.

Mise au point d'épreuves biologiques pour déterminer la cancérogénicité à court terme chez des souris transgéniques

L'objectif de ce projet est d'élaborer une méthode plus rapide que l'épreuve biologique standard de deux ans pour déterminer la cancérogénicité des toxines fongiques. Au cours du dernier exercice, les chercheurs de SC ont terminé le profilage des microARN (miARN) des organes cibles de souris transgéniques exposées à quatre importantes toxines fongiques. De plus, ils ont réussi à détecter et à identifier les modifications des miARN dans le sérum des souris exposées aux toxines fongiques. Ce travail permettra l'élaboration de méthodes rapides pour détecter la toxicité chez l'humain et, de ce fait, accroîtra notre capacité de détecter la présence de toxines fongiques dans les aliments consommés par les Canadiens et d'y réagir. L'avantage à long terme est d'améliorer la santé des Canadiens et de rehausser la salubrité des aliments.

Approche génomique dans les analyses risques – bénéfices de produits de santé à base de cellules souches

Les cellules souches présentent d'énormes possibilités dans le traitement de maladies pour lesquelles il n'existe actuellement aucun remède. Cependant, l'utilisation des cellules souches ne se fait pas sans risque. Dans le cadre de ce projet, les chercheurs de SC conçoivent des outils diagnostiques qui permettent une évaluation approfondie des risques et des avantages de l'utilisation thérapeutique des cellules souches mésenchymateuses (CSM) humaines, un type de cellule souche chez les adultes. Les données permettant de décrire les progrès accomplis par l'équipe dans la compréhension des risques de cancer associés aux CSM ont été publiées dans plusieurs revues scientifiques à comité de lecture. En outre, l'équipe a dressé la liste des biomarqueurs potentiels permettant de repérer les CSM qui sont à la fois sécuritaires et efficaces pour traiter le diabète. Ces biomarqueurs sont actuellement en cours de validation pour déterminer s'ils permettent de distinguer les cellules souches pouvant traiter le diabète de celles pouvant provoquer la formation de tumeurs cancéreuses.

Intégration de paramètres génomiques à réglementation des produits toxiques

Une méthodologie de culture de cellules a été développée et validée pour cribler les mécanismes d'action potentiellement génotoxiques (dommages causés à l'ADN) des agents chimiques. Le système permet de distinguer entre les agents génotoxiques et non génotoxiques connus et peut être utilisé dans divers systèmes de culture cellulaire. Ces travaux font partie des activités d'un consortium international qui réunit des intervenants gouvernementaux et industriels ainsi que des établissements universitaires pour la mise au point ou l'amélioration de méthodes utiles dans la réglementation des produits toxiques qui permettront de faire avancer l'évaluation des risques toxicologiques par un travail de collaboration harmonisé.

Approche de protéomique pour l'identification de biomarqueurs de l'exposition à des mélanges complexes présents dans l'environnement et l'étude de leurs effets

Dans la toute première étude du genre, les chercheurs de SC ont examiné systématiquement les effets toxiques de chaque hydrocarbure aromatiqu polycyclique, ainsi que les effets de mélanges synthétiques et complexes d'hydrocarbures aromatiques polycycliques sur certains tissus exposés. L'équipe a ainsi exposé des souris à des mélanges simples de quatre, puis de huit hydrocarbures aromatiques polycycliques, recueilli des données sur l'expression génique de divers tissus murins et préparé les résultats en vue de leur publication. L'analyse préliminaire des données indique que la toxicité des hydrocarbures aromatiques polycycliques une fois mélangés n'est pas cumulative. Cela donne à penser qu'il faudrait revoir les méthodes actuelles d'évaluation des risques des mélanges complexes, qui repose grandement sur l'hypothèse que chaque composant d'un mélange agit selon des mécanismes similaires et cumulatifs.

Connaissances en génomique à l'appui des programmes et des activités de santé publique liés à des maladies infectieuses ou chroniques

Développement de méthodes rapides pour le typage moléculaire de Salmonella

Deux projets complémentaires étaient centrés sur le développement de méthodes rapides pour accroître l'efficacité du typage et de la caractérisation de Salmonella et ainsi réduire l'impact des éclosions et le fardeau de la maladie. La première approche était une collaboration internationale entre l'Animal Health and Veterinary Laboratories Agency du Royaume-Uni, l'Institut autrichien de technologie et le Laboratoire de lutte contre les zoonoses d'origine alimentaire de l'ASPC. Ces partenaires ont élaboré et validé un outil de typage moléculaire qui permet d'identifier de façon rapide et économique les sérotypes de Salmonella en fonction des séquences de l'ADN. Ce nouvel essai réduire le temps d'analyse de 7 jours que prennent les méthodes classiques à une seule journée, ce qui permet d'accélérer le temps de diagnostic et de réduire les coûts. Cet essai sera maintenant transféré à plusieurs laboratoires de santé publique pour qu'ils puissent tirer profit de cette avancée technologique, notamment le laboratoire de référence de la salmonellose de l'ASPC, le laboratoire national de microbiologie (ASPC) et le laboratoire de la santé publique de l'Ontario.

Dans une autre approche, les chercheurs de l'IRDG ont élaboré une nouvelle méthode pour caractériser les souches de Salmonella Enteritidis, bactérie responsable de 40 % des cas de salmonellose au Canada. Auparavant, les méthodes de soustypage de SE étaient limitées, ce qui empêchait les laboratoires de santé publique de cerner les éclosions et d'effectuer un traçage efficace. Le nouvel outil fondé sur la génomique viendra faciliter les interventions en santé publique, ce qui permettra d'améliorer la capacité de réaction du système de santé publique, de renforcer la salubrité des aliments et de réduire le fardeau de la maladie.

Outils et méthodes génomiques pour identifier plus précisément les souches d'E. coli pathogènes

Les chercheurs de l'IRDG ont élaboré des techniques d'analyse et de laboratoire pour soutenir l'étude fondée sur l'épidémiologie génomique des agents pathogènes d'origine alimentaire comme E. coli. Ces techniques comprennent notamment la mise sur pied de bases de données personnalisées sur les génomes, des outils bio-informatiques et des pipelines servant à l'analyse des données de séquençage du génome à l'appui d'une intervention rapide en cas d'événements menaçant la santé publique. La bactérie Escherichia coli productrice de shigatoxine (STEC) est associée à l'éclosion de graves maladies humaines caractérisées par de la diarrhée sanglante et une insuffisance rénale. Cela dit, les STE C varient considérablement en ce qui concerne la fréquence et la gravité avec lesquelles elles provoquent des maladies humaines. Les chercheurs de l'IRDG sont à concevoir des méthodes génomiques pour distinguer les souches de STE C qui risquent le plus de causer une grave maladie humaine de celles qui sont susceptibles de s'attaquer seulement aux animaux ou qui sont rarement associées aux maladies humaines. En outre, les régions génomiques associées à la maladie humaine présentent également un intérêt comme cibles de traitement (vaccins) et pour l'élaboration ou l'amélioration des méthodes de typage moléculaire des STE C. Les données et les outils logiciels générés par ces travaux ont été rendus publics pour que les chercheurs du monde entier puissent en profiter. Les travaux se poursuivront au cours de la phase VI de l'IRDG pour peaufiner ces outils.

Autres agents pathogènes infectieux

La tuberculose revient comme maladie infectieuse prioritaire au Canada et elle s'attaque disproportionnément aux populations immigrantes et aux autochtones nés au Canada. Toutefois, les interactions entre l'hôte et les facteurs environnementaux qui prédisposent les humains à la tuberculose demeurent mal comprises. De nouvelles données probantes indiquent que la réaction immunitaire innée à la tuberculose repose sur la vitamine D, mais on constate une variation dans la façon dont la vitamine D module cette réaction immunitaire innée, et cette variation dépend du bagage génétique de l'hôte et de facteurs environnementaux. Les études se sont concentrées sur l'identification du rôle de la vitamine D dans le risque d'infection par l'agent de la tuberculose. Des variations dans les gènes intervenant dans le métabolisme de la vitamine D ont été caractérisées dans de grandes populations d'individus infectés et non infectés.

Étonnamment, on a détecté des variants communs associés à la résistance à l'infection. Ces résultats feront l'objet d'un suivi dans le cadre d'études plus poussées sur les mécanismes par lesquels le métabolisme de la vitamine D peut influencer la susceptibilité à la tuberculose. Dans des études connexes, l'analyse génomique des rares variants dans les voies associées au métabolisme de la vitamine D a été effectuée. Les constatations sont en cours de validation dans le cadre d'une étude portant sur d'autres souspopulations infectées par la tuberculose. Les résultats de toutes ces expériences permettent de cerner les voies métaboliques associées à la vitamine D dans la gestion du risque de tuberculose et de sa transmission. Il faudra mener d'autres études pour déterminer comment utiliser à la fois les facteurs de risque modifiables d'une maladie commune et les antécédents génétiques de l'hôte pour améliorer la lutte contre cette maladie.

La thérapie antirétrovirale a fait dramatiquement chuter la morbidité et la mortalité dues au VIH. Toutefois, la résistance du VIH aux médicaments constitue une limite majeure à la maximisation du bénéfice clinique de la thérapie antirétrovirale. Il est urgent d'actualiser la méthode de vérification de la résistance du VIH aux différents médicaments afin de prendre en compte ces problèmes. En combinant le séquençage de l'ADN, les codes-barres d'ADN et des technologies de pointe en bio-informatique, les chercheurs de l'ASPC ont créé une méthode d'essai qui couvre tous les gènes viraux ciblés par la thérapie antirétrovirale. De plus, un système automatisé d'analyse des données a été développé pour soutenir la technique. Un serveur pour l'analyse de la résistance aux médicaments du VIH basé sur l'Internet a été développé. Il saisit les données et formate les résultats en rapports accessibles aux cliniciens. Ce serveur permettra un accès à distance à des résultats d'analyse et permettra aux utilisateurs de sauvegarder des données sur l'Internet, de choisir les paramètres d'analyse, de visualiser et d'extraire des rapports sur la résistance aux médicaments et des ensembles de données connexes interprétables par l'utilisateur. Le dernier élément de cette plateforme de résistance aux médicaments est le processus de mise en oeuvre par les collaborateurs cliniciens.

La prévalence accrue des agents pathogènes infectieux présentant une résistance aux antibiotiques est un événement critique qui menace notre capacité de fournir des soins de santé efficaces. Les chercheurs de l'IRDG ont conçu certains outils épidémiologiques fondés sur la génomique pour mieux comprendre la propagation des superbactéries par le séquençage du génome entier et le recours à des méthodes pour déterminer la séquence des éléments génétiques transmissibles qui propagent les gènes de résistance aux populations bactériennes, et même entre les espèces. L'application de ces outils devrait permettre de mieux comprendre comment ces bactéries se propagent dans nos hôpitaux et éventuellement mener à l'application des nouvelles connaissances générées afin de réduire les infections et les décès causés par ces superbactéries.

Outils de bio-informatique

Pour faciliter l'analyse rapide des données sur les séquences génomiques, un système automatisé d'annotation génomique a été conçu. Dans le cadre d'évaluations comparatives, le système d'annotation élaboré par les chercheurs de l'ASPC a donné de meilleurs résultats que les autres systèmes d'annotation génomique testés. Ce système spécialisé permettra de faire avancer la génomique microbienne en augmentant la fiabilité des annotations génomiques, qui revêtent une importance croissante à mesure que les décideurs du gouvernement se fient de plus en plus à la génomique et aux grandes solutions de données pour remplir leurs mandats et respecter leurs priorités en santé publique. Voici quelques avantages de ce système : capacité accrue de détecter avec précision les facteurs de virulence et les gènes de résistance aux antimicrobiens dans le cadre d'une analyse génomique de surveillance à haut débit. Les avantages à long terme de ces travaux sont notamment la salubrité et la sécurité sanitaire des aliments et de l'eau, ainsi qu'une meilleure surveillance et un meilleur contrôle des infections nosocomiales.

D'autres chercheurs ont créé un logiciel ouvert, appelé Panseq, afin de comparer les gènes présents dans une série de séquences génomiques bactériennes. Cette analyse sert à détecter les facteurs de virulence propres à la souche et à cerner les agents pathogènes à l'origine des épidémies en étudiant les variations dans les gènes essentiels. Panseq est disponible sur le site Web http://lfz.corefacility.ca/panseq en version autonome.

SuperPhy est un autre logiciel bio-informatique ouvert au public qui a été conçu avec l'aide de l'IRDG. Il permet l'identification facile :

  1. des déterminants de la virulence et de la résistance aux antimicrobiens;
  2. des associations épidémiologiques entre certains génotypes, biomarqueurs, indicateurs géospatiaux, hôtes, sources et autres métadonnées;
  3. des marqueurs génomiques de clades statistiquement significatifs (présence/absence de certaines régions génomiques et polymorphismes mononucléotidiques) dans les populations bactériennes;
  4. du type moléculaire in silico pour les méthodes de typage classiques en laboratoire, notamment le typage de séquences multilocus, la cartographie peptidique par génomique comparative, le sous-typage et le sérotypage des shigatoxines.

La plateforme SuperPhy aidera les chercheurs qui examinent de grandes collections de STE C à attribuer les souches aux lignées et aux sous-groupes phylogénétiques, ainsi qu'à identifier les déterminants de la virulence et de la résistance aux antimicrobiens.

Les plateformes Panseq et SuperPhy comprennent actuellement la séquence de plus de 1000 génomes publiés ou non d'E. coli, ainsi que des outils d'analyse épidémiologique et comparative pouvant servir aux utilisateurs, qu'ils aient ou non une formation en bio-informatique.

Utilisation de la génomique pour valoriser les cultures de céréales, de canola et de légumineuses

Le programme-phare Amélioration du blé canadien, financé en partie par l'IRDG, est la contribution du CNRC à une alliance de recherche à grande échelle mise sur pied pour améliorer le rendement, la viabilité et la rentabilité du blé canadien au profit des producteurs et de l'économie du Canada. L'Alliance canadienne du blé comprend des contributions majeures du CNRC, d'AAC, de l'Université de la Saskatchewan et de la province de la Saskatchewan. Le CNRC a continué à renforcer les collaborations existantes et à en créer de nouvelles avec l'industrie et d'autres organisations nationales et internationales. Le CNRC et AAC ont notamment signé un accord de coopération avec le Centre international d'amélioration du maïs et du blé (CIAMB) dans le domaine des maladies du blé dur. Le CIAMB est l'une des plus importantes organisations de R-D sur le blé, dotée de ressources et d'une expertise considérables dans la sélection du blé. Le Centre détient en outre la plus vaste collection de germoplasmes de blé au monde.

Ce programme a permis d'établir une solide expertise en génomique ainsi que sur les aspects développementaux pertinents au rendement et à la rentabilité du blé. Les principaux progrès scientifiques réalisés sont les suivants :

  1. Sélection assistée par la génomique : Découverte d'un polymorphisme mononucléotidique (SNP) optimal pour le génome du blé hexaploïde permettant un inventaire détaillé des allèles du blé canadien. De multiples populations de cartographie génétique ont été catégorisées et les gènes candidats identifiés pour certains gènes cibles. Les régions de codage de 43 lignées de blé canadien ont été séquencées afin d'établir un vaste inventaire des variations génétiques et des gènes candidats ont été identifiés pour certains caractères cibles. Un demi-chromosome (5RL) a été séquencé et assemblé dans le cadre du volet portant sur la tolérance au froid et un demi-chromosome (7EL) de lignées de blé résistantes à fusarium a été séquencé et assemblé.
  2. Meilleure tolérance à fusarium et à la rouille : Le reséquençage d'isolats de la rouille a révélé une évolution rapide, soulignant l'importance de trouver de nouvelles sources de résistance. Trois gènes de prédisposition à la brûlure de l'épi causé par le fusarium ont été identifiés et validés, et les mutations d'au moins un de ces gènes ont été cernées en tant qu'avenue possible pour accroître la résistance de nouvelles variétés.
  3. Plus grande tolérance aux stress abiotiques : La préparation de caractéristiques liées à la sécheresse de populations de blé dur en vue d'une analyse génétique et de l'identification des gènes a constitué une première étape vers le développement d'outils moléculaires qui amélioreront l'efficacité de l'utilisation de l'eau par le blé de printemps.
  4. Cibler des voies de développement pour une rentabilité et une production accrues : Des analyses cellulaires et développementales détaillées ont été réalisées aux étapes clés du développement de l'embryon et de la graine du blé. Les analyses génomiques ont révélé l'expression de près de 80 000 gènes durant le développement du grain dans les lignées de progéniteur hexaploïde. Les analyses du métabolite ont révélé des voies biochimiques dominantes distinctes aux premiers stages et aux stades ultérieurs, ainsi que des activités métaboliques différentes dans l'embryon et l'albumen. Ces connaissances seront utiles à l'amélioration du rendement et de la rentabilité des semences.

À une époque où l'industrie s'efforce de concevoir des produits et procédés nouveaux et novateurs et de maximiser la production en raison d'une population croissance et de changements climatiques, la génomique est devenue une composante essentielle des outils de recherche en agriculture. En 2013-2014, des scientifiques d'AAC ont continué de tirer profit des résultats des projets décrits dans le rapport annuel de 2012-2013 sous les trois thèmes suivants.

Biodiversité, exploration génétique et analyse fonctionnelle pour l'identification et l'extraction de gènes de caractères souhaitables

Quinze des 19 projets de l'IRDG portent sur l'utilisation de la génomique pour découvrir et employer des gènes de caractères souhaitables en vue de lutter contre les principaux défis que posent les maladies et les insectes s'attaquant au blé, au canola, aux pommes de terre et au soja, et de créer de nouveaux débouchés à valeur ajoutée pour le secteur agricole. Les pertes agricoles mondiales attribuables aux maladies et aux insectes ont une très grande incidence sur la salubrité des aliments et coûtent aux producteurs des milliards de dollars annuellement en récoltes perdues. De nouvelles maladies et de nouveaux organismes nuisibles, ainsi que de nouvelles souches encore plus virulentes des ravageurs existants ne cessent de menacer les cultures canadiennes. Il est donc nécessaire que des études soutenues en génomique soient menées pour cerner de nouveaux gènes de résistance, comprendre la génétique et la biologie de la résistance et de la virulence, et déployer ces gènes de résistance dans de nouveaux cultivars. Le Canada dépend du commerce mondial des produits agricoles, et l'évolution des marchés se fait avec des cultures et produits agricoles nouveaux et novateurs; la recherche en génomique peut jouer un rôle de premier plan pour assurer la rentabilité continue du secteur.

Voici quelques faits saillants de la recherche.

  • D'importantes avancées ont été faites dans la compréhension de la résistance ou de la sensibilité des plantes à la brûlure de l'épi causée par le fusarium, ainsi que dans les mécanismes d'infection fongique. Les nouvelles connaissances découlant de ces travaux faciliteront de beaucoup l'élaboration de stratégies novatrices afin de lutter contre les maladies causées par le fusarium dans les cultures céréalières et d'améliorer la stabilité et la salubrité de la production de grains. Ces travaux ont mené à plusieurs partenariats nationaux et internationaux.
  • Puisque les échantillons de grain sont souvent contaminés par de nombreuses espèces de fusarium, on a mis au point des méthodes pour détecter et valider la production et la pertinence biologique de nombreuses mycotoxines produites par des espèces de fusarium coinfectantes. Les données recueillies sur les effets de la compétition entre les espèces fongiques inoculées en même temps dans le blé ont démontré la nécessité de mener d'autres études sur les effets combinés de plusieurs toxines.
  • Un septième allèle associé au gène de résistance à la rouille des tiges Sr9 a été découvert. Cet allèle confère une résistance au type de rouille des tiges hautement virulente Ug99, découvert dernièrement. Une carte génétique améliorée de la région Sr9 a été produite, alors que des marqueurs d'ADN flanquant et des marqueurs d'ADN étroitement liés à Sr9 ont été identifiés. Ces avancées permettront aux scientifiques de prédire les gènes qui offriront une résistance plus durable et soutiendront le développement de marqueurs spécifiques d'allèle pour la sélection assistée par marqueurs afin de mettre au point de nouvelles variétés de blé résistantes à la rouille des tiges.
  • Avec des outils de génomique, des scientifiques ont découvert une biodiversité intéressante dans les banques de matériel génétique du canola et de la moutarde d'Éthiopie, ainsi que dans le matériel génétique du sauvages). La structure génomique de la capacité d'acclimatation des plantes à des conditions défavorables a été décrite plus en détail, et les régions potentielles du génome essentielles à cette capacité ont été cernées. Ces connaissances serviront d'outil dans le cadre des programmes de sélection afin de maintenir la capacité du canola et des autres cultures de Brassica à rester hautement productives dans des conditions de stress. Les données obtenues dans le cadre de ce projet de l'IRDG viennent également appuyer un certain nombre de projets connexes financés et menés par l'industrie.
  • Les nouvelles connaissances sur le mécanisme par lequel le virus de la mosaïque infecte le soja à l'échelle moléculaire ont fait ressortir le rôle important que jouent les petits ARN et les microARN dans l'infection et l'effondrement de la résistance modulée par des gènes. L'avancement des connaissances dans ce domaine permettra d'appuyer la mise au point de variétés de soja présentant une plus forte résistance au virus de la mosaïque, l'un des organismes les plus nuisibles à l'heure actuelle pour la production de soja au Canada.
  • Des chercheurs ont démontré que le génotypage par séquençage est une méthode rapide, rentable et génétiquement robuste pour apporter des améliorations génétiques aux variétés d'avoine. La méthode peut être appliquée directement lors de la sélection génétique et de l'amélioration moléculaire. L'IRDG a permis au Canada d'établir des collaborations internationales, et c'est largement par l'intermédiaire des premiers rapports de recherche financés par l'IRDG que la communauté de production d'avoine a rapidement adopté cette méthode et l'a appliquée dans ses programmes de sélection.
  • L'agent pathogène terricole Phytophthora sojae cause d'importants dommages aux cultures canadiennes de soja et peut entraîner une perte de production annuelle de 40 à 50 millions de dollars. Selon les nouvelles connaissances entourant la transmission héréditaire de la capacité d'infection du phytopathogène, de nouveaux tests diagnostiques rapides et économiques sont en cours d'élaboration afin d'identifier les souches de Phytophthora sojae présentes dans les champs de soja et de permettre aux producteurs de sélectionner des variétés de soja résistantes à ces souches.
  • L'expression du gène Lr34, qui confère au blé une résistance à la rouille des feuilles, varie selon le bagage génétique du cultivar de blé dans lequel il est incorporé. De plus, ce gène est reconnu pour avoir un effet synergique sur les autres gènes de résistance. De nouvelles ressources génétiques ont été créées en vue de l'évaluation du gène Lr34 dans différents contextes génétiques. Ces données permettront aux sélectionneurs de combine combiner le gène Lr34 et les autres gènes de résistance aux bagages génétiques appropriés du blé afin d'obtenir une résistance accrue et durable à la rouille.
  • La génération de ressources génomiques et protéomiques pour les pathogènes biotrophes obligatoires, comme le champignon de la rouille des céréales, a énormément accéléré la recherche sur leurs stratégies d'infection. Cela permet aux scientifiques de mieux comprendre les maladies causées par la rouille des tiges et des feuilles du blé et de lutter contre elles. Par exemple, des comparaisons de tout le génome et des études d'association pangénomique ont mis en lumière des candidats de facteurs de virulence qui déclenchent une résistance chez certains cultivars de blé. Ces effecteurs d'avirulence peuvent servir à examiner le matériel génétique à la recherche de nouvelles sources de résistance.
  • On en connaît peu sur la biodiversité sousjacente de la légionnaire bertha, un des principaux insectes nuisibles pour le canola au Canada, et sur l'incidence qu'elle aura sur l'élaboration de stratégies de lutte biologique. Une ébauche du génome de la légionnaire bertha a été produite, et des marqueurs génétiques sont en cours d'élaboration afin d'explorer la diversité génétique des populations géographiques de cet organisme nuisible. Des populations sauvages de légionnaires bertha ont fait l'objet d'études à la recherche d'épizooties causées par des virus et des pathogènes fongiques. Ainsi, plusieurs nouvelles souches de baculovirus hautement virulentes pour la légionnaire bertha ont été découvertes, et ces souches seront utilisées pour examiner les gènes qui pourraient servir à la mise au point de nouvelles méthodes de lutte contre ces insectes, tels les biopesticides.
  • Des ressources génomiques essentielles pour l'amélioration de la pomme de terre ont été mises au point, qui faciliteront le développement d'un pipeline de sélection de pommes de terre assistée par la génomique. La caractérisation phénotypique d'une gamme diversifiée de ressources génétiques de la pomme de terre a été effectuée pour y déceler une résistance au mildiou, ainsi que des caractères de qualité et d'adaptation essentiels, et des données sur le polymorphisme mononucléotidique (SNP) ont été obtenues à partir de l'ADN des lignées généalogiques avancées qui seront utilisées dans le cadre d'un projet pilote sur la sélection par génomique.
  • Un petit nombre de familles végétales, principalement des légumineuses comme les pois et les fèves de soja, n'ont pas besoin d'engrais azotés parce qu'elles sont capables d'assimiler l'azote grâce à une symbiose avec des bactéries fixatrices d'azote présentes dans le sol. Des chercheurs ont découvert le mécanisme génétique par lequel les plantes reconnaissent les bonnes bactéries et qui mène à la formation de nodules, un processus par lequel les cellules des racines se modifient pour accommoder les bactéries et faciliter la fixation symbiotique de l'azote. La découverte de ce mécanisme fait ressortir l'importance de mener d'autres recherches visant à transférer ce procédé de fixation symbiotique de l'azote aux cultures vivrières, surtout les céréales, dont la production repose actuellement sur la fertilisation industrielle.
  • À l'aide d'échantillons prélevés chez des animaux présentant différentes capacités de digestion des matières lignocellulosiques du rumen, des chercheurs ont identifié les classes de glycosides hydrolases les plus importantes contribuant à la décomposition et à la digestion des fibres. Les résultats mettent en lumière certaines classes d'enzymes actives sur les glucides qui sont gravement sous-représentées dans tous les ensembles de données métagénomiques existants, mais hautement exprimées dans la population microbienne qui décompose activement les aliments dans le rumen. De plus, avec le séquençage de l'ARN total, on peut évaluer de nouvelles données sur les communautés microbiennes actives du rumen, notamment les champignons anaérobies. Cette découverte pourra servir à de nombreux projets sur l'écologie microbienne et ses effets sur la performance et la santé des animaux.
Diffusion des découvertes en génomique grâce à la bio-informatique et aux outils physiques afin d'améliorer l'accès au matériel biologique et aux données et de contribuer à l'adoption et à la commercialisation de nouvelles technologies

Il faut investir dans le développement de nouvelles méthodes d'exploitation des données de génomique existantes et futures (p. ex., séquences de génomes et profils métagénomiques). Un certain nombre de plateformes (Microsoft Surface, Samsung SUR40 et Perceptive Pixel) ont été évaluées, et un logiciel combinant l'analyse bio-informatique et les interactions multipoints a été développé. Les champs d'application ayant fait l'objet d'un prototype sont notamment la phylogénétique, la navigation génomique et la capacité d'élaborer des scénarios concertés dans l'analyse de données complexes.

Sélection plus efficace des végétaux

Des nouvelles connaissances et méthodes concernant les protéomes du pollen et du pistil ont été générées. Des promoteurs spécifiques du tapétum et du pollen des Triticeae ont été introduits dans Brachypodium distachyon, puis des végétaux contenant ces promoteurs ont été cultivés pour les besoins des recherches futures visant à accroître la productivité des cultures en atténuant les répercussions du stress causé par la température sur la pollinisation.

L'utilisation du système MutS pour accroître la recombinaison méiotique chez Brassica napus à l'aide de l'espèce modèle Arabidopsis a été validée grâce à l'obtention hâtive de résultats phénotypiques soutenant sa fonctionnalité. Des outils génétiques ont été développés pour quantifier l'effet de MutS chez B. napus dans des recherches subséquentes. La future application de la technologie MutS ainsi que les résultats d'une expérience connexe concernant un gène indigène du B. napus qui module la rigueur de l'appariement chromosomique et les échanges durant la méiose sont très prometteurs et permettront de développer davantage la diversité génétique chez B. napus pour la sélection de variétés améliorées.

Utilisation des connaissances en génomique dans la régénération et la protection des forêts

Identification des gènes responsables des caractères recherchés chez les essences forestières d'importance économique

Ce projet vise à mieux comprendre comment créer la forêt de demain en utilisant les arbres d'aujourd'hui qui présentent des caractères souhaitables. Le projet complète un projet financé par Génome Canada, SMarTForests. Les caractères souhaitables concernant la qualité des fibres et la durabilité forestière, comme : la phénologie et la croissance; les caractéristiques de qualité du bois; la résistance aux facteurs biotiques et abiotiques; et l'adaptation aux changements environnementaux. La création de marqueurs fondés sur la génomique servant à déterminer et à choisir de jeunes arbres présentant les caractères souhaitables est au coeur de ce projet.

L'exercice 2013-2014 a été marqué de certains progrès dans l'atteinte de cet objectif grâce à l'élaboration de modèles permettant de prévoir avec précision les caractères du bois et de sa croissance chez les jeunes arbres. Le transfert de ces technologies aux utilisateurs finaux qui disposent d'un programme de sélection d'arbres, comme JD Irving, a commencé. La recherche sur les autres caractères, comme la phénologie, l'adaptation, les mécanismes de résistance aux organismes nuisibles des forêts et la chimie du bois, se poursuit.

Connaissances génomiques accrues pour détecter la présence d'insectes nuisibles et lutter contre ceux-ci

La recherche sur les produits de lutte antiparasitaire basée sur la génomique pour des essences d'importance économique met en jeu une recherche d'ingrédients actifs, de sites cibles et de souches nouvelles ou améliorées pour le développement de méthodes de lutte antiparasitaire bénignes pour l'environnement.

La tordeuse des bourgeons de l'épinette est considérée par beaucoup comme une des plus grandes menaces pour nos forêts en raison de la nature périodique de ses infestations. Ces infestations peuvent causer des dommages dévastateurs et des pertes économiques très importantes. La modélisation de son expansion et le développement de nouvelles options de lutte pourraient apporter aux gestionnaires des forêts de nouveaux outils pour la gestion de ce parasite. Les gouvernements provinciaux s'en remettent aux systèmes d'aide à la décision pour informer leurs experts-forestiers de la marche à suivre pour lutter contre les insectes ravageurs. Les chercheurs du Service canadien des forêts (SCF) ont identifié des marqueurs génétiques qui faciliteront la lutte antiparasitaire grâce à leur capacité de détecter et de suivre la tordeuse des bourgeons de l'épinette migrante et ainsi en réduire la propagation au minimum..

Il existe peu de solutions pour lutter contre la tordeuse des bourgeons de l'épinette. Pour ajouter un nouvel outil à cette lutte, l'équipe a examiné les gènes impliqués dans la survie hiémale afin d'interrompre le processus naturel. Ces gènes sont responsables de la production des protéines antigel qui sont essentielles à la survie hiémale de ce parasite.

Les chercheurs du SCF ont recours à la génomique pour concevoir des outils de lutte contre l'agrile du frêne. Cet insecte est un coléoptère xylophage provenant d'Asie qui cause d'énormes dommages écologiques et économiques aux frênes indigènes. Alors que les travaux concernant la tordeuse des bourgeons de l'épinette cherchent à perturber la capacité du parasite de survivre à l'hiver, les scientifiques qui se penchent sur l'agrile du frêne examinent les gènes impliqués dans la mue (processus qui permet à l'insecte de grandir). Toute interférence dans la mue entraîne la mort de l'agrile du frêne.

Une autre avenue explorée en vue de l'élaboration d'outils de lutte contre l'agrile du frêne consiste à chercher des champignons qui peuvent vivre sur les frênes, mais qui sont mortels pour l'insecte. Les mêmes espèces de champignons peuvent avoir de nombreuses souches, et ces différentes souches peuvent présenter des degrés de létalité variés. Les approches fondées sur la génomique utilisées par les scientifiques du SCF leur ont permis de trouver des souches candidates pouvant survivre sur les frênes et qui sont mortelles pour l'agrile du frêne.

Il serait bon que les forêts de demain soient composées d'arbres résistants aux organismes nuisibles et aux agents pathogènes, surtout en cette époque de changements climatiques et de commerce mondial accru. Les scientifiques du SCF cherchent à identifier à mieux comprendre les gènes des champignons qui s'attaquent aux arbres et les gènes des arbres qui leur permettent de résister à ces attaques fongiques. Les travaux portent surtout sur deux maladies fongiques : la rouille vésiculeuse du pin blanc (RVPB) et la rouille des feuilles du peuplier. Des tests génomiques pour cerner la résistance à la RVPB sont prêts à être transférés aux programmes de sélection.

La prévention est la meilleure stratégie pour assurer la santé des forêts. Puisque moins de 10 % des quelque 1,5 million d'espèces fongiques du monde ont été décrites, le risque que des agents pathogènes non identifiés entrent au Canada et s'y établissent est important. La recherche sur les agents pathogènes financée par les fonds de l'IRDG vient compléter le projet TAIGA financé par Génome Canada. Elle vise à concevoir des outils pour détecter d'éventuels champignons ravageurs. En comparant les séquences génomiques de divers pathogènes, les chercheurs du SCF ont examiné les gènes liés à la pathogénicité, ou la capacité de tuer, en vue de détecter rapidement la présence de champignons ayant un potentiel pathogène. La détection n'est pas la seule application des outils fondés sur la génomique; ils peuvent également faciliter la surveillance de l'apparition et de la propagation. Le séquençage du génome des pathogènes connus pour causer la maladie (comme les agents causant la RVPB, la mort subite du chêne et le cancer du peuplier) permet aux scientifiques de mieux comprendre le profil des épidémies et de cerner les voies d'introduction des pathogènes.

Utilisation des connaissances et des conseils en génomique aux fins de la gestion des pêches et des océans

Pour la phase V de l'IRDG, huit projets de recherche en génomique sont en cours au MPO en vue : d'améliorer la compréhension de l'impact des pêches sur la génétique et la structure des populations de tambours rouges, de morues de l'Atlantique, de saumons de l'Atlantique et de poissons de l'Arctique ainsi que l'effet du potentiel de la sélection basée sur le climat sur ces poissons; de développer de nouveaux marqueurs génétiques au moyen du séquençage de nouvelle génération pour une gestion des ressources aquatiques fondée sur la génomique; d'évaluer la réponse immunitaire du saumon au virus non pathogène de l'anémie infectieuse du saumon et à l'exposition subséquente à des souches pathogènes; et de caractériser la génomique de l'état de porteur du virus de la nécrose hématopoïétique infectieuse chez le saumon sockeye et le saumon du Pacifique physiologiquement compromis.

Parmi les exemples de résultats et de conclusions des projets de recherche en génomique du MPO de la phase précédente de l'IRDG, on retrouve :

Génomique pour la conservation du saumon de l'Atlantique à TerreNeuveetLabrador

La conservation des populations de saumon de l'Atlantique menacées au large de TerreNeuveetLabrador fait partie des principaux objectifs du MPO. Dans le cadre de l'échantillonnage du saumon sauvage de l'Atlantique effectué dans les unités de conservation au large de Terre-Neuve et de l'analyse d'échantillons d'aquaculture représentatifs de toutes les souches cultivées sur la côte sud de TerreNeuve, des chercheurs ont élaboré des systèmes de marqueurs fondés sur des microsatellites afin de cerner les fuites de poissons issus de l'aquaculture dans les populations sauvages. Les données génétiques sur le saumon sauvage de l'Atlantique de Terre-Neuve-et-Labrador ont facilité la formulation de recommandations scientifiques visant à protéger les populations sauvages de saumon de l'Atlantique du Canada et ont joué un rôle déterminant pour permettre aux organismes gouvernementaux d'application de la loi spécialisés en analyse médicolégale de déterminer les produits de la pêche confisqués et d'en retracer l'espèce ou l'origine.

Différenciation des populations de capelans dans le nord-ouest de l'Atlantique

Le capelan est une espèce clé de poisson-fourrage exploitée commercialement, qu'on retrouve dans les eaux boréales du Pacifique Nord et de l'Atlantique Nord, avec quatre populations présumées habitant dans le nord-ouest de l'Atlantique, selon les données méristiques et morphométriques, les étiquettes récupérées et la distribution saisonnière. Les chercheurs ont examiné la structure de la population de capelans dans le nordouest de l'Atlantique canadien en utilisant des méthodes basées sur la génétique, et les résultats de leurs études suggèrent des groupements quelque peu différents de la structure utilisée à l'heure actuelle pour la gestion des pêches; ils indiquent par ailleurs que certains changements aux pratiques de gestion pourraient être nécessaires.

Interactions hôte-parasite : Une approche de génomique fonctionnelle pour caractériser les réponses des salmonidés au pou du saumon

Cette recherche a été intégrée à un projet de recherche financé par Genome BC, intitulé Genomics in Lice and Salmon. Cette recherche a contribué à des avancées sans précédent dans le domaine de la génomique du pou du poisson, dont la mise au point des outils de génomique suivants : une nouvelle biopuce de 38 K et une série de plus de 100 microsatellites pouvant servir de marqueurs moléculaires pour le pou du saumon. Ces outils ont été appliqués à des analyses de transcription (développement d'une biopuce et d'une PRC quantitative) et à des analyses d'interactions chimiques fondamentales pour l'identification de cibles de vaccin et l'analyse des espèces et des populations. L'analyse du pou du saumon dans les populations de Colombie- Britannique, et plus largement dans les océans Pacifique et Atlantique, a mis en évidence un flux de gènes quasi libre dans les populations de ces deux bassins océaniques, probablement le résultat du parasitisme de salmonidés hôtes fortement migratoires. Des expériences comparatives d'infection ont mis en évidence une diversité des mécanismes de réponse au pou du saumon parmi les espèces de saumon et donné des indications sur le développement précoce de la résistance naturelle.

Surveillance génétique et conservation des bélugas dans l'ouest de l'Arctique canadien

Pour ce projet, on a étudié la structure génétique des populations de bélugas dans la mer de Beaufort afin d'identifier des unités de gestion pour surveiller les effets de l'activité humaine et l'impact des changements climatiques. Les zones utilisées pour les rassemblements estivaux des bélugas dans le delta de la rivière Mackenzie ont été désignées dans le cadre de la Tarium Niryutait Marine Protected Area, avec comme objectif de conservation le maintien de la santé génétique et de l'intégrité des groupes de bélugas. Les résultats suggèrent qu'il existe une structure sociale chez les bélugas de la mer de Beaufort. Étant donné que les bélugas capturés dans la mer de Beaufort sont en grande majorité des mâles, cet ensemble de données permet d'étudier les profils de parenté dans les groupes de bélugas mâles.

Utilisation de marqueurs génétiques pour l'identification des espèces et la détermination de la structure des populations d'espèces aquatiques envahissantes

Les profils génétiques des populations peuvent apporter un éclairage sur de nombreux aspects des populations naturelles d'importance pour la conservation ainsi que la gestion des ressources et de l'écosystème. Des méthodes de génomique ont été utilisées pour identifier des espèces de tuniciers qui envahissent la Colombie-Britannique et l'Oregon et caractériser leurs populations. Les structures des populations seront comparées aux cartes de vecteurs d'invasion afin de mieux comprendre comment ces espèces peuvent se propager dans le nord-ouest du Pacifique et de déterminer les options d'intervention possibles pour limiter leur progression vers de nouveaux endroits.

Caractérisation microbienne des eaux rejetées des plateformes de production de gaz et de pétrole au large et de leur influence sur la communauté microbienne dans l'environnement marin

Les microorganismes jouent des rôles essentiels dans les processus globaux allant du recyclage des matières présentes dans l'air, l'eau et le sol au déclenchement ou à la prévention de maladies chez les plantes, les animaux et les humains. Jusqu'à récemment, les outils pour répondre aux questions fondamentales sur les structures naturelles des populations microbiennes faisaient défaut. L'objectif de ce projet était de caractériser les populations naturelles de microorganismes dans l'écosystème autour de la plateforme Hibernia et dans les eaux rejetées par les plateformes de production de gaz et de pétrole. Les microorganismes clés qui peuvent servir de traceurs des eaux rejetées ont été identifiés et quantifiés. Avec de meilleures méthodes de détection, ces microorganismes signatures particuliers peuvent être utiles comme marqueurs pour la surveillance de la dispersion des eaux rejetées dans l'environnement marin. Les connaissances acquises dans le cadre de ce projet serviront au développement de futurs protocoles réglementaires et à l'élaboration de politiques.

Applications améliorées des outils et des technologies génomiques d'Environnement Canada pour la prise de décisions responsables

En 2013-2014, EC a développé des outils et élaboré des approches basés sur la génomique pour soutenir la conformité et la mise en application de la réglementation, la gestion de la faune, la prévention de la pollution et l'évaluation des risques posés par des substances potentiellement toxiques. Cet objectif a été atteint en renforçant les capacités en matière de génomique environnementale, selon les quatre domaines de recherche prioritaires décrits ci-après.

Renforcement des modèles prédictifs

Des efforts ont visé à améliorer l'efficacité et la précision des modèles utilisés pour prédire les effets de l'exposition chimique par l'acquisition des nouvelles connaissances sur les mécanismes moléculaires sous-jacents aux effets toxicologiques manifestes des composés chimiques sur la faune et la vie aquatique. Notamment, des outils et des approches génomiques ont été développés pour examiner l'impact de produits chimiques existants ou nouveaux (y compris leur transport, leur devenir, les effets et risques connexes) sur la biologie et la physiologie des organismes ainsi que sur les fonctions de la biodiversité et des écosystèmes. Plus précisément, des recherches ont porté sur l'évaluation de la fonction, de l'activité et de la biodiversité microbiennes en réaction aux contaminants d'origine naturelle ou anthropique dans les écosystèmes aquatiques. Une meilleure compréhension des caractéristiques microbiennes améliore considérablement la précision des modèles qui contribuent à une meilleure évaluation des risques.

Comprendre et surveiller les écosystèmes

EC continue à axer ses activités de R-D sur la compréhension et la surveillance des écosystèmes aquatiques et terrestres. Des outils et des approches ont été élaborés pour étudier les besoins en déplacement et en habitat des populations à risque et surveiller les effets toxicologiques des substances rejetées dans les écosystèmes prioritaires, notamment les Grands Lacs. Ces travaux ont permis aux scientifiques d’EC de mieux comprendre l’évolution d’espèces d’oiseaux marins comme la mouette tridactyle et le bécasseau violet, ainsi que de mieux surveiller l’impact des polluants sur la vie aquatique, comme les poissons et les grenouilles des bois.

Comprendre les risques et les impacts cumulatifs

Les activités de R-D ont été concentrées sur le développement d'outils pour mieux comprendre les impacts environnementaux cumulatifs et les risques connexes posés par de multiples stresseurs interagissant au cours du temps. Des techniques génomiques ont été élaborées pour étudier le stress chez les espèces sauvages et ses effets sur les fonctions immunitaires, la survie et la reproduction. Des scientifiques d'EC ont notamment élaboré et validé l'utilisation des concentrations de corticostérone dans les plumes pour mesurer le stress chez les oiseaux sauvages, ainsi que d'autres techniques pour cerner les biomarqueurs associés au stress chronique. Ces études soutiendront les efforts de conservation en contribuant à déterminer l'incidence des changements environnementaux à grande échelle sur les populations fauniques et la biodiversité.

Gérer les risques pour l'environnement

Les scientifiques d'EC ont conçu divers outils et méthodes innovateurs pour soutenir la gestion des risques pour l'environnement posés par des polluants chimiques, biologiques et physiques. L'une de ces méthodes consiste à exposer une biopuce de crustacés à divers taux de contaminants afin d'étudier leurs impacts sur des gènes précis. Cette méthode a permis aux scientifiques de démontrer d'importantes modifications de l'expression génétique de certaines espèces attribuables à une exposition aux contaminants. Ces méthodes soutiennent le ministère dans l'application des règlements, tel le Règlement sur l'immersion en mer de la Loi canadienne sur la protection de l'environnement (1999), ainsi que dans l'exercice de son rôle défini dans la Loi sur les pêches.

Annexe 4 – Outils et processus de recherche produits grâce à l'IRDG

Outils de recherche

  • Logiciel de typage microbien in silico pour simuler/prédire les résultats de méthodes de sous-typage moléculaire multiple à partir de données sur les séquences de génome (SAE);
  • Logiciel GView pour visualiser et exploiter les données de séquences génomiques de bactéries, les étudier et les marquer (SAE);
  • Serveur GView, site Web (https://server.gview.ca) comportant des outils d'analyse comparative d'application courante (SAE);
  • Logiciel pipeline de phylogénomique de SNP pour extraire des SNP donnant des renseignements phylogénétiques à partir de séquences de génomes complets et leur utilisation pour construire un arbre phylogénomique (SAE);
  • Archives de courtes lectures pour le stockage de lectures de séquence brutes dans le cadre de la gestion des données du projet et la sécurité authentifiée (SAE);
  • Protocoles pour l'extraction d'acides nucléiques à partir de vertébrés et d'invertébrés marins (EEQ);
  • Protocoles pour l'extraction d'acides nucléiques à partir d'échantillons de terrain et d'échantillons en vrac (EEQ);
  • Nouvel ensemble d'amorces de PCR dégénérée en vue d'amplifier et de séquencer certaines régions de l'ADN des vers plats parasitaires (digéniens et cestodes) (EEQ);
  • Nouveau test PCR pour détecter le gène cpn60 des Phytoplasma spp. (EEQ);
  • Nouvel ensemble d'amorces pour les codesbarres de plusieurs familles végétales (EEQ);
  • Portail Web du Système canadien d'information sur la biodiversité (EEQ);
  • SeqDB : base de données des projets de l'IRDG (EEQ);
  • Nouveaux gènes de résistance candidats dans la lignée de blé résistante à la brûlure de l'épi causée par le fusarium CS-7EL (AAC);
  • Huit génomes séquencés du Fusarium graminearum (AAC);
  • Dépôt des données du microessai sur le fusarium no GSE56340 dans GEO du NCBI (AAC);
  • 43 souches de Fusarium identifiées, cultivées et déposées dans la Collection canadienne des cultures fongiques (AAC);
  • Carte améliorée des caractères physiques, génétiques et cytogénétiques de l'avoine (AAC);
  • Séquence du génome de Camelina sativa (AAC);
  • Transgène Lr34 dans le matériel génétique où le gène indigène Lr34 est absent (AAC);
  • Série de délétions dans le promoteur Lr34 des lignées de blé (AAC);
  • Séquence du génome de deux isolats canadiens du Fusarium avenaceum (AAC);
  • Carte génétique améliorée du gène Sr9 qui confère la résistance à la rouille du blé; marqueurs de l'ADN flanquant et étroitement lié (AAC);
  • Mutants d'inactivation de la fonction génique, trois allèles de Sr9 (AAC);
  • Base de données des séquences de marqueurs RAD de la légionnaire bertha provenant de 5 endroits de l'Ouest canadien (AAC);
  • 200 SNP identifiés et cartographiés sur l'ébauche de génome de la légionnaire bertha (AAC);
  • Séquence du génome de 50 souches du baculovirus Mametra configurata nucleopolyhedrovirus présentes dans les populations de légionnaires bertha de l'Ouest canadien (AAC);
  • Nouveaux promoteurs spécifiques de l'anthère des céréales et des oléagineux permettant de manipuler la fertilité des cultures (AAC);
  • Validation de l'utilisation de MutS pour accroître la recombinaison méiotique dans les plantes au moyen du modèle Arabidopsis (AAC);
  • Outils génétiques pour quantifier l'effet du MutS chez B. napus (AAC);
  • Plateforme et outils génétiques pour évaluer d'autres stratégies de modulation de la fréquence de recombinaison méiotique dans B. napus (AAC);
  • Important locus de régulation de la recombinaison entre homéologues cartogaphiés de B. napus (AAC);
  • Nouveau matériel génétique à utiliser dans le cadre des programmes de recherche et de sélection au pays et à l'étranger (AAC) Protocoles d'extraction d'ADN pour les échantillons archivés du saumon de l'Atlantique (Salmo salar) (MPO);
  • Marqueurs d'ADN pour le génotypage du saumon sauvage et d'élevage de l'Atlantique (Salmo salar) (MPO);
  • Séquençage du génome mitochondrial complet de chacune des cinq populations canadiennes de bélugas (Delphinapterus leucas) (MPO);
  • Base de données des types de régions hautement polymorphes du virus de l'anémie infectieuse du saumon provenant de diverses souches de saumon de l'Atlantique (Salmo salar) (MPO);
  • Méthode de surveillance à haut débit pour 45 microorganismes pertinents pour les pêches, l'aquaculture et les installations de mise en valeur du saumon (MPO);
  • Méthode de RT-qPCR pour le dépistage d'une exposition des crustacés à des contaminants (EC);
  • Biopuce de poulet de 44 K d'Agilent pour le criblage des effets toxiques potentiels, pour les oiseaux, de contaminants d'intérêt prioritaire dans l'environnement (EC);
  • Appareil d'incubation in situ pour la croissance et le développement de communautés microbiennes (EC);
  • Loci de microsatellites variables du bécasseau violet pour l'étude génétique d'autres oiseaux côtiers apparentés (EC);
  • Séquences du cytochrome-b et de la ND2 de l'ADNmt du bécasseau violet pour les études de phylogénie et de phylogéographie (EC);
  • Séquençage de l'élément rétroviral associé à la leucémie de la mye (EC);
  • Méthodes d'analyse aléatoire pour l'étude de la protéine plasmique du poisson (EC);
  • Séquençage du transcriptome du cerveau de la truite arc-en-ciel et du foie du meunier noir (EC);
  • Pipeline bio-informatique pour l'analyse des données sur les séquences d'ARN (EC);
  • Électrophorèse en gel de gradient dénaturant, polymorphisme de longueur des fragments et séquençage de nouvelle génération pour la détection des espèces microbiennes (EC);
  • Système Luminex 200 pour la détection des souches microbiennes (EC);
  • Collection de souches de cyanobactéries caractérisées en fonction des séquences géniques productrices de toxines et de composés organiques volatils (EC);
  • Génomique sur cellule unique et technique rapide des cartes d'analyse des cyanobactéries pour déterminer l'origine des proliférations de cyanobactéries (EC);
  • Épreuve d'exposition chronique de Daphnia magna fondée sur le lien entre la génomique et le phénotype (EC);
  • Procédures de qPCR pour détecter et quantifier l'ADN des Bacteriodales de l'intestin des humains et des ruminants (vaches), ainsi que l'ADN des Catellicoccus de l'intestin des goélands dans des échantillons d'eau pour déterminer l'origine des microorganismes (EC);
  • Caractérisation génomique d'isolats d'importance clinique de Campylobacter et de Listeria d'origine alimentaire ayant une incidence sur la santé publique (SC)
  • Procédures opératoires normalisées pour le séquençage du génome complet de deux importants pathogènes d'origine alimentaire, Listeria et Campylobacter (SC);
  • Évaluation génomique des contaminants chimiques des aliments causant des allergies alimentaires (SC)
  • Test destiné aux organismes de réglementation : détection des additifs alimentaires chimiques et des contaminants pouvant activer le système immunitaire et accroître le risque d'allergies alimentaires (SC);
  • Caractérisation génomique de tissus de souris transgéniques P53+/- exposées à des composés cancérogènes génotoxiques et non génotoxiques pour la mise au point de méthodes de dépistage à court terme du cancer (SC);
  • Tests de dépistage améliorés pour que les organismes de réglementation puissent détecter plus rapidement et identifier les changements dans les miARNA du sérum et des tissus à la suite d'une exposition à des toxines fongiques (SC);
  • Analyse génomique de cellules souches mésenchymateuses en vue de la mise au point de méthodes diagnostiques à haut débit pour le dosage des ingrédients médicamenteux et des contaminants tumorigènes dans les produits de santé à base de cellules souches (SC);
  • Outils de diagnostic scientifique pour que les organismes de réglementation puissent évaluer les mélanges de protéines complexes des cellules souches mésenchymateuses humaines et leur potentiel de former des tumeurs cancéreuses (SC);
  • Épreuve biologique améliorée pour que les organismes de réglementation puissent établir les coûts efficacement et déceler plus rapidement la toxicité des produits chimiques (SC);
  • Toxicogénomique appliquée à la toxicologie des mélanges : une approche de protéomique à fondement génomique pour l'identification de marqueurs biologiques de l'exposition à des mélanges complexes de produits cancérogènes présents dans l'environnement et la détermination de leurs effets (SC);
  • Protocoles statistiques et analyses bioinformatiques de données génomiques complexes multivariées pour évaluer le risque que présentent les mélanges chimiques complexes pour la santé humaine (SC);
  • Outils logiciels améliorés (CNRC);
  • Navigateur sur l'orthologie des plantes : http://nrcmonsrv01.nrc.ca/pob/ (CNRC);
  • Orthologie et analyse de l'ordre génique : scripts/ programmes autonomes (CNRC);
  • Épreuves de détection moléculaire (qPCR) de pathogènes clés des forêts (RNCan);
  • Collection de cultures de champignons (RNCan);
  • Pipeline bio-informatique pour l'identification de protéines sécrétées (RNCan);
  • Pipeline bio-informatique pour le flux de travail dans la mise au point d'épreuves au moyen de séquences génomiques (RNCan).
  • Nouvel outil fondé sur les SNP pour le soustypage de S. Enteritidis (ASPC);
  • Annotation automatisée du génome des procaryotes (ASPC);
  • Serveur Web de traitement des données sur le VIH par HyDRA ou Internet (ASPC);
  • Banque de tissus biologiques comprenant 400 isolats de Salmonella d'un vaste éventail de sérotypes (ASPC);
  • Panseq : (http://lfz.corefacility.ca/panseq) pour l'analyse pangénomique des séquences génomiques préliminaires et définitives (ASPC);
  • SuperPhy : (http://lfz.corefacility.ca/) pour des analyses épidémiologiques et comparatives par les utilisateurs finaux avec ou sans formation en bio-informatique (ASPC).

Méthodes de recherche

  • Cadre fondé sur la génomique, avec sous-typage moléculaire in silico et analyse phylogénétique du génome entier d'isolats bactériens en vue de l'élaboration de méthodes de sous-typage moléculaire (SAE);
  • Procédure opératoire normalisée pour le séquençage (codes-barres) de l'ADN des plantes à l'aide d'une à quatre régions géniques (EEQ);
  • Outils de gestion de la manipulation et de l'analyse des données de génomique « Galaxy » personnalisés pour l'utilisation dans le cadre du projet de superordinateur HPC en grappe (EEQ);
  • Procédure opératoire normalisée pour l'extraction de l'ADN de plante d'herbiers (EEQ);
  • Systèmes pour moduler la fréquence de recombinaison méiotique depuis E. coli, en passant par les levures et jusqu'aux plantes (AAC);
  • Analyse rapide avec plaques de 96 puits pour trouver les lignées d'Arabidopsis chez lesquelles des transporteurs ABC précis de réponse au F. graminearum sont absents (AAC);
  • Protocoles optimisés d'extraction phénolique pour l'étude des effets de l'infection au F. graminearum chez le blé (AAC);
  • Méthodes génomiques à haut débit pour cribler les collections de levures chez lesquelles certains gènes sont délétés en fonction avec la mycotoxine désoxynivalénol purifiée et des filtrats fongiques entiers de F. graminearum (AAC);
  • Protocole sécuritaire et efficace pour l'induction par l'EM S de mutations géniques (inactivation) dans le locus Sr9 (AAC);
  • Trieur Collaborative Image pour appareils Microsoft à écran multipoint (AAC);
  • Version Net Bio du navigateur Gnome (AAC);
  • Analyse métagénomique et transcriptomique des communautés microbiennes de rivière à l'aide de la SNG (EC);
  • Marqueurs diagnostiques pour l'identification d'un défaut de reproduction et de la toxicité aiguë du cuivre chez Daphnia magna (EC);
  • Approches de découverte par SNP (CNRC);
  • Approches parallèles de banque de paires appariées et d'assemblage (CNRC);
  • Pipeline d'analyse des données qui intègrent la cartographie des locus à caractère quantitatif et des locus à caractère quantitatif d'expression (CNRC);
  • Trois pipelines de traitement des données de séquences d'ARN (CNRC);
  • Silençage viral des gènes chez le blé (CNRC);
  • Procédure optimisée pour l'extraction de l'ADN d'échantillons prélevés dans l'environnement RNCan);
  • Procédure optimisée pour l'extraction de l'ADN de spécimens provenant d'herbiers (RNCan);
  • Annotation et assemblage améliorés des séquences du génome entier (ASPC);
  • Nouvelle plateforme de vérification de la résistance aux médicaments du VIH fondée sur le TPP (ASPC);
  • Assemblage précis d'ébauches de génome avec appels de base fiables (ASPC);
  • Affinage du génome par confirmation à l'aide du séquençage de Sanger pour régler les défauts d'assemblages possibles dans les contigs et pour combler les trous de l'armature (ASPC);
  • Détermination de SNP de grande qualité (ASPC);
  • Outils de visualisation des données sur la microdiversité et la macrodiversité des agents pathogènes (ASPC);
  • Analyse statistique des données génomiques pour la recherche de marqueurs moléculaires et cadre d'évaluation des nouvelles épreuves moléculaires (ASPC);
  • Caractérisation rapide des génotypes et des phénotypes de souches STE C afin que les laboratoires de santé publique puissent identifier celles qui appartiennent à une éclosion de source commune et celles qui présentent une virulence particulière ou des déterminants de résistance aux antimicrobiens (ASPC).

Appendice B – Initiative de recherche et développement en génomique : Aperçu du cadre de mesure du rendement

Pour satisfaire aux exigences et aux lignes directrices du Conseil du Trésor, un Cadre horizontal de stratégie de mesure du rendement (CSMR) a été développé pour l'IRDG en 2011. Ce CSMR officialise l'engagement des huit ministères et organismes participant à l'IRDG en ce qui concerne les exigences communes d'imputabilité et de mesure associées à cette initiative. Le CSMR repose sur le Cadre d'imputabilité et de gestion fondé sur les résultats, conçu en 2007, pour donner suite aux conclusions et aux recommandations résultant de l'évaluation formative de l'IRDG effectuée en 2006. Il tient aussi compte des recommandations résultant de l'évaluation d'impacts effectuée en 2010.

Le modèle logique présenté à la figure 1 illustre les objectifs globaux de l'IRDG, reconnaissant qu'il existe des différences significatives dans les besoins particuliers et les priorités de chaque ministère. Il montre également qu'une partie des fonds sera allouée à des projets interministériels coordonnés en fonction des priorités partagées et des objectifs communs, alors que le reste des ressources sera utilisé par les ministères et les organismes à des fins de soutien de leurs mandats et de leurs priorités.

Un certain nombre d'activités seront tenues pour atteindre ces objectifs. Elles seront concentrées sur la R-D et comprendront un soutien à la recherche relativement à la gestion, à la coordination, à l'évaluation, à l'élaboration de rapports, à la formation, à l'accès à des réseaux et des infrastructures de recherche de classe mondiale, à des collaborations étroites, à la diffusion et au transfert des résultats et à la transformation des connaissances en applications destinées au public et au commerce.

Ces activités produiront des résultats comme des méthodes de gestion rigoureuses, des données et des publications scientifiques, des outils et des produits de recherche et des effectifs très compétents. À titre de résultat immédiat, ces facteurs appuieront les mandats du gouvernement de même que l'intégration horizontale. Les résultats intermédiaires consisteront en la saisie et l'application des connaissances et des outils résultant de l'IRDG aux décisions stratégiques et réglementaires, au respect des principales priorités des politiques publiques de même qu'à l'appui de l'innovation dans le secteur privé. En définitive, l'IRDG fera partie des facteurs qui permettront de trouver des solutions aux questions importantes pour les Canadiens, ce qui entraînera une amélioration de la santé humaine, de la salubrité et de la sécurité des aliments, de la durabilité et de la gestion de l'environnement, de l'agriculture, des forêts et des pêches, ainsi que la croissance de l'innovation scientifique.

L'IRDG comprend trois éléments de programme importants :

Gouvernance :Alors que la saine gestion est un volet important des programmes publics, elle revêt une importance toute particulière pour cette Initiative en raison du nombre de ministères concernés. Il est donc important que les pratiques en place favorisent la coordination efficace dans les ministères et entre eux. Il est également essentiel que les priorités des ministères liées à l'Initiative ainsi que les priorités communes soient clairement délimitées pour que la sélection des projets respecte les priorités pangouvernementales en ce qui concerne la recherche en génomique. Sans cet important volet du programme, certains des résultats et des répercussions risquent de ne pas se matérialiser ou de ne pas être aussi fructueux. Les phases futures de l'IRDG en particulier ont pour but de démontrer la viabilité d'une démarche vraiment interministérielle et la capacité des ministères et des organismes qui participent à l'IRDG à collaborer, à témoigner des complémentarités, à ajouter de la valeur aux ressources ministérielles existantes et à établir de puissants partenariats.

Recherche et développement : La R-D est le volet central de cette Initiative pour respecter les priorités, appuyer les mandats du gouvernement, éclairer les décisions d'ordre politique et réglementaire et stimuler l'innovation. Toutes les activités qui se rattachent à la R-D effective, au transfert des technologies et des résultats aux intervenants à titre d'application, sans oublier la transmission de ces résultats, revêtent une importance capitale pour assurer l'atteinte de tous les résultats et les effets qui en découlent.

Maintien de la capacité : Le renforcement des capacités était au coeur des phases préalables de l'IRDG et il est donc essentiel de maintenir la capacité acquise. Le maintien d'effectifs hautement qualifiés est indispensable pour que les laboratoires du fédéral puissent se livrer aux types de projets de recherche nécessaires pour assurer le succès de l'Initiative et la crédibilité des participants aux recherches et aux applications de la génomique. Pour maintenir la capacité fédérale de recherche, il faut par ailleurs que les infrastructures existantes soient entretenues et que de nouvelles infrastructures de pointe soient acquises pour que les laboratoires du fédéral puissent continuer à jouer un rôle dans les recherches en génomique afin d'éclairer la réglementation, les politiques et d'autres décisions. Sans le maintien de cette capacité, certains des résultats et des incidences qui s'y rattachent risquent de ne pas se matérialiser ou de ne pas être aussi fructueux.

Le tableau 2 illustre les indicateurs de rendement, les sources et la responsabilité des résultats qui figurent dans le modèle logique illustré à la figure 1 et dont il faut rendre compte, soit dans le rapport annuel sur le rendement, soit au moment de l'évaluation qui convient. Les évaluations n'ont pas pour but de mesurer les impacts de l'IRDG par rapport aux résultats à long terme, car l'attribution devient plus fragile. En revanche, elles doivent porter sur l'atteinte des résultats immédiats et intermédiaires et déterminer s'il est raisonnable de s'attendre à ce que l'atteinte des résultats intermédiaires contribue à l'atteinte des résultats à long terme.

Étant donné qu'il s'agit d'une initiative horizontale qui concerne plusieurs ministères et organismes, on trouve également certaines données descriptives qui se rapportent aux projets, à l'aide financière et aux intervenants et aux utilisateurs finaux. Le présent document a pour but d'uniformiser la collecte et le compte rendu des renseignements sur les activités de l'IRDG au sein de chaque ministère, sans pour autant faire état des indicateurs de rendement.

Renseignements descriptifs
  • Données sur le projet présentées tous les trois ans par les ministères et organismes participants
  • Titres et descriptions analytiques des projets (objectifs clés et secteurs d'impact)
  • Données financières déclarées chaque année par tous les ministères et organismes participants
  • Montants internes mobilisés à même les ressources du budget des services votés
  • Autre financement par les collaborateurs (autres ministères; universités; organisations internationales; secteur privé; etc.)
  • Contributions en nature des collaborateurs
  • Intervenants et utilisateurs finaux déterminés tous les trois ans par les ministères et organismes participants
  • Liste des intervenants et des utilisateurs finaux disponibles pour chaque projet de recherche (y compris leurs coordonnées)
Figure 1 : Modèle logique de l'Initiative de R-D en Génomique

Les recherches qui bénéficient du financement de l'IRDG visent à soutenir le mandat du gouvernement au chapitre des règlements, des politiques publiques et des activités dans des domaines aussi importants que les soins de santé, la salubrité des aliments, la saine gestion des ressources naturelles, la durabilité et la compétitivité du secteur agricole ainsi que la protection de l'environnement, moyennant la collaboration étroite des universités et du secteur privé.

Extrants Résultats immédiats Résultats intermédiaires Résultats à long terme
Gouvernance

Lignes directrices sur la sélection des projets et la gestion du rendement

Rapports sur les réunions et ateliers de planification

Mandats et plans des projets

Rapports annuels sur le rendement au niveau de l'IRDG et des ministères et organismes

Plans d'avenir pour les phases futures de l'Initiative

Les ministères et organismes participants collaborent à la planification, à l'établissement des priorités et à la mise en place de méthodes de gestion coordonnées

Les décideurs et les organismes de réglementation gouvernementaux ont utilisé les résultats des recherches pour prendre des décisions sur la réglementation, les politiques et la gestion des ressources reposant sur des données probantes.

Les intervenants privés et publics qui participent au continuum de l'innovation au Canada ont adopté des méthodes et des outils novateurs et améliorés fondés sur les résultats des recherches

Amélioration de la santé humaine au Canada

Amélioration de la durabilité et de la gestion des secteurs canadiens de l'environnement, de l'agriculture, des forêts et des pêches

Amélioration de la salubrité et de la sécurité des aliments au Canada

Recherche et développement

Pour les projets de recherche prioritaires interministériels / interorganismes communs et les recherches axées sur les mandats des ministères et organismes

Données et publications scientifiques

Outils et méthodes de recherche

Collaborations avec les universités, le secteur privé et d'autres ordres de gouvernement

Produits de communication

Les décideurs et les organismes de réglementation du gouvernement ont accès, s'il y a lieu, à de nouvelles connaissances, de nouveaux outils et conseils produits par les scientifiques pour les décisions de stratégie et de réglementation qui appuient les décisions et mandats et les priorités communes du gouvernement.

Les intervenants privés et publics qui participent au continuum de l'innovation au Canada ont accès, s'il y a lieu, aux nouvelles connaissances produites par les scientifiques pour la conception de méthodes et d'outils novateurs ou améliorés.

Maintien de la capacité

Effectif hautement qualifié

Tableau 1 : Cadre de stratégie de mesure du rendement du programme

Zone Indicateur Fréquence CibleNote de bas de tableau 1 Responsable
Lignes directrices sur la sélection des projets et la gestion du rendement

Modèles et lignes directrices pour l'établissement des priorités, la sélection des projets et les méthodes de gestion établies pour les projets pilotes interministériels

Une fois par phase

100 % des modèles et des lignes directrices approuvés

Secrétariat du CNRC

Modèles et lignes directrices pour l'établissement des priorités, la sélection des projets et les méthodes de gestion établies pour les projets de recherche dictés par les ministères et les organismes

Une fois par phase

100 % des modèles et des lignes directrices sont élaborés et partagés avec le GTI sur l'IRDG

Ministères

Rapports sur les réunions et ateliers de planification

Pourcentage de rapports sur les réunions et les ateliers établi et approuvé

Au moment des réunions et des ateliers

100 %

Secrétariat du CNRC

Ministères

Mandats de projet

Pourcentage de mandats de projet établi pour les projets pilotes interministériels approuvés à l'issue des modèles et des lignes directrices qui conviennent

Une fois par phase, révision annuelle

100 %

Secrétariat du CNRC

Rapports annuels sur le rendement au niveau de l'IRDG et des ministères et organismes

Établissement de rapports sur le rendement au niveau de l'IRDG

Rapports ministériels sur le rendement établis pour l'IRDG

Annuelle

100 %

Secrétariat du CNRC

Ministères

Plans d'avenir pour les phases futures de l'Initiative

Plan de la phase suivante établi en fonction des analyses mises à jour de la conjoncture et de l'évaluation des besoins

Une fois par phase

Plan approuvé par le CC des SMA

Secrétariat du CNRC

Données et publications scientifiques

Nombre de contributions scientifiques :

  • Publications dans des revues à comité de lecture
  • Publications dans les comptes rendus de conférences à comité de lecture
  • Rapports techniques
  • Chapitres d'ouvrage
  • Autres publications
  • Affiches présentées à des conférences
  • Exposés présentés à des conférences
  • Présentations à des conférences nationales
  • Présentations à des conférences internationales
  • Participation à des conférences nationales
  • Participation à des conférences internationales
  • Affiches éditoriales pour des revues nationales et internationales
  • Bases ou banques de données sur la génomique
Annuelle Dans la fourchette prévue de la phase IV (1 871)Note de bas de tableau 1 Ministères
Outils et méthodes de recherche

Nombre d'outils de recherche produits

Nombre de méthodes de recherche établies

Annuelle

Dans la fourchette prévue de la phase IV (30)Note de bas de tableau 1

Ministères

Collaborations avec les universités, le secteur privé et d'autres ordres de gouvernement

Nombre de participations à des comités nationaux ou internationaux sur la génomique

Nombre de comités nationaux ou internationaux d'examen par les pairs de recherche en génomique aux travaux desquels on a participé

Annuelle

Dans la fourchette prévue de la phase IV (97)Note de bas de tableau 1

Ministères

# of formal research collaborations (i.e. established in funded project workplans) by organization type:

  • Nombre de collaborations de recherche officielles (c.-à-d., déterminé dans les plans de travail des projets subventionnés) selon le type d'organisation
  • universités (canadiennes et étrangères);
  • autres organisations de recherche de l'étranger
  • autres organisations de recherche canadiennes
  • secteur privé
  • autres organismes du secteur public comme les provinces et les municipalités (à l'exception des autres ministères).

Annuelle

Dans la fourchette prévue de la phase IV (792)Note de bas de tableau 1

Ministères

Produits de communication

Nombre de produits de communication, notamment:

  • entrevues accordées aux médias
  • communiqués de presse;
  • présentations communautaires (exposciences et activités scientifiques, écoles);
  • brochures, fiches de renseignements, pages Web

Annuelle

Dans la fourchette prévue de la phase IV (151)Note de bas de tableau 1

Ministères

Effectif hautement qualifié

Nombre de chercheurs et de techniciens

  • chercheurs scientifiques
  • agents de recherche
  • agents techniques
  • professionnels de la recherche (biologistes, physiciens, chimistes, spécialistes des TI)
  • boursiers postdoctoraux
  • chercheurs invités
  • étudiants des deuxième et troisième cycles
  • étudiants du premier cycle

Annuelle

Dans la fourchette prévue de la phase IV (1,690)Note de bas de tableau 1

Ministères

Les ministères et organismes participants collaborent à la planification, à l'établissement des priorités et à la mise en place de méthodes de gestion coordonnées.

Les projets financés ont été sélectionnés en fonction de critères convenus.

Une fois par phase

100 %

Secrétariat du CNRC

Ministères

Pourcentage de ressources affectées aux collaborations interministérielles établies le long de priorités communes

Annuelle

20 % des ressources totales de l'IRDG sont attribuées à des projets concertés pour 2012-2013 et 2013-2014

Secrétariat du CNRC

Nombre de projets de recherche qui intéressent trois ou plusieurs ministères de l'IRDG pour respecter les priorités du gouvernement fédéral

Une fois par phase

Au moins deux

Ministères

Les décideurs et les organismes de réglementation du gouvernement ont accès, s'il y a lieu, à de nouvelles connaissances, de nouveaux outils et conseils produits par les scientifiques pour les décisions de stratégie et de réglementation qui appuient les décisions et mandats et les priorités communes du gouvernement.

Nombre d'activités de sensibilisation visant à diffuser les résultats aux utilisateurs

Annuelle

Dans la fourchette prévue de la phase IV (27)Note de bas de tableau 1

Ministères

Les intervenants privés et publics qui participent au continuum de l'innovation au Canada ont accès, s'il y a lieu, aux nouvelles connaissances produites par les scientifiques pour la conception de méthodes et d'outils novateurs ou améliorés.

Nombre d'activités de transfert :

  • accords sur le transfert de documents vers l'extérieur;
  • transfert de modes opératoires normalisés
  • divulgations
  • brevets en application, demandes de brevets, brevets délivrés
  • Permis délivrés
  • accords de collaboration officiels, protocoles normalisés d'exploitation;
  • Ateliers de transfert de connaissances avec les parties intéressées et les utilisateurs
  • Demandes de comptes rendus de travaux et de collaborations

Annuelle

Dans la fourchette prévue de la phase IV (339)Note de bas de tableau 1

Ministères

Les décideurs et les organismes de réglementation gouvernementaux ont utilisé les résultats des recherches pour prendre des décisions sur les règlements, les politiques et la gestion des ressources reposant sur des données probantes.

Nombre de décisions sur la réglementation, les politiques et la gestion des ressources éclairées par les recherches de l'IRDG

Every 5 years

Au moins 10 décisions sur la réglementation, les politiques et la gestion des ressources ont été éclairées par les cinq dernières années de recherches de l'IRDG.

Évaluateurs

Les intervenants privés et publics qui participent au continuum de l'innovation au Canada ont adopté des méthodes et des outils novateurs et améliorés fondés sur les résultats des recherches.

Nombre d'exemples où des méthodes et des outils novateurs ont été adoptés au Canada en fonction des recherches de l'IRDG

Every 5 years

Au moins sept méthodes et outils novateurs ou améliorés ont été adoptés au Canada en fonction des cinq dernières années de recherches de l'IRDG.

Évaluateurs

Note de bas de tableau

Note de bas de tableau 1

Des cibles quantitatives ont été fixées en fonction des rapports annuels sur le rendement de la phase IV de l'IRDG entre 2008 et 2011.

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