ARCHIVÉ - Initiative de R-D en génomique - Rapport annuel sur le rendement 2014-2015

Contenu archivé

L’information dont il est indiqué qu’elle est archivée est fournie à des fins de référence, de recherche ou de tenue de documents. Elle n’est pas assujettie aux normes Web du gouvernement du Canada et elle n’a pas été modifiée ou mise à jour depuis son archivage. Pour obtenir cette information dans un autre format, veuillez communiquer avec nous.

Initiative de R-D en génomique - Rapport annuel sur le rendement 2014-2015 (PDF, 754 Ko)

Grâce à l'Initiative de recherche et développement en génomique, les ministères et organismes scientifiques fédéraux collaborent dans le domaine de la recherche en génomique pour résoudre des enjeux biologiques d'un grand intérêt pour les Canadiens, en mettant l'accent sur le rôle de la recherche menée par le gouvernement fédéral.

Résumé

L'Initiative de recherche et développement (R-D) en génomique (IRDG) est un programme du gouvernement du Canada qui permet aux ministères et organismes scientifiques fédéraux de collaborer de façon structurée et d'adopter des approches communes dans le domaine de la recherche en génomique pour trouver des solutions aux questions qui revêtent de l'importance pour tous les Canadiens. L'IRDG est financée par cycles de trois ans : phase I (1999-2002), phase II (2002-2005), phase III (2005-2008), phase IV (2008-2011) et phase V (2011-2014). L'Initiative a été renouvelée en 2014 pour une période de cinq ans (phase VI, 2014-2019).

L'Initiative a réalisé d'importantes avancées dans l'atteinte de son but primordial, soit celui de permettre aux laboratoires fédéraux de mettre en application des solutions de haute qualité et fondées sur la R-D en génomique, et ce, afin de soutenir les mandats en matière de réglementation, de politiques publiques et d'activités du gouvernement fédéral dans des domaines aussi importants sur le plan social et économique que les soins de santé, la salubrité des aliments, la saine gestion des ressources naturelles, la durabilité et la compétitivité du secteur agricole ainsi que la protection de l'environnement, et ce, en collaboration étroite avec les universités et le secteur privé.

L'exercice 2014-2015 marque la première année des programmes de la phase VI. L'Initiative a continué à soutenir les recherches autorisées des ministères participants ainsi qu'un modèle de collaboration structurée pour soutenir deux projets interministériels très coordonnés ayant des priorités et des objectifs communs mis de l'avant dans le cadre de la phase V : 1) l'amélioration de la salubrité des aliments et de l'eau au Canada par le biais d'une initiative fédérale intégrée en génomique, et 2) la protection de la biodiversité et des activités commerciales du Canada contre l'effet des changements climatiques par une capacité accrue à surveiller les espèces envahissantes et les espèces justifiables de quarantaine.

D'importantes avancées ont été enregistrées en 2014-2015, comme le démontrent les réalisations ci-dessous.

  • Une plateforme microfluidique de détection des agents pathogènes d'origine alimentaire et hydrique de deuxième génération a été installée dans un laboratoire d'essai à des fins réglementaires de première ligne de l'Agence canadienne d'inspection des aliments (ACIA). Ce système permet de détecter et d'identifier les gènes marqueurs de la bactérie E. coli O157:H7 dans un délai de 18 minutes.
  • Une version alpha d'une plateforme bio-informatique appelée IRIDA (analyse intégrée rapide des maladies infectieuses) a été mise à la disposition de collaborateurs afin qu'ils procèdent au stockage, à la gestion et au partage de données sur la séquence complète du génome de plusieurs agents pathogènes.
  • Un test moléculaire pour la détection de la très problématique moule zébrée a été développé, ce qui prolonge la période dont on dispose pour intervenir afin d'atténuer les conséquences néfastes pour l'économie et l'écosystème de cette espèce envahissante.
  • Un groupe d'amorces ciblant des fragments d'ADN précis a été développé pour le saumon quinnat. Cette initiative ouvre la voie à un large éventail d'applications d'identification des stocks, ce qui permettra de maintenir une récolte durable de l'une des espèces de saumon les plus prisées au Canada.

Le Rapport annuel sur le rendement 2014-2015 est harmonisé au Cadre de mesure du rendement élaboré pour la phase VI en 2015. Il présente le profil du programme de l'IRDG et les résultats prévus, ses liens avec les objectifs ministériels et l'Architecture d'harmonisation de programmes, ainsi que ses structures de gouvernance, de coordination et de responsabilisation. Il fait ensuite état du rendement constaté en 2014-2015 en matière de gouvernance interministérielle, de R-D et du savoir et des réseaux. L'appendice A présente un sommaire statistique ainsi qu'un sommaire narratif des réalisations en matière de recherche et développement pour 2014-2015.

Acronymes

Acronymes
AAC Agriculture et Agroalimentaire Canada
ACIA Agence canadienne d'inspection des aliments
ADN Acide désoxyribonucléique
ADNe ADN environnemental
ARN Acide ribonucléique
ASPC Agence de la santé publique du Canada
ASTGE Application stratégique des technologies génomiques dans le domaine de l'environnement
CHO Cellule ovarienne de hamster
CCSMA Comité de coordination des SMA
CNRC Conseil national de recherches du Canada
CPANE Commission des pêches de l'Atlantique Nord-Est
CRISPR Courtes répétitions palindromiques groupées et régulièrement espacées (Séquences répétées de type CRISPR)
EC Environnement Canada
EEQ Espèces envahissantes et justiciables de quarantaine
ETP Équivalent à temps plein
GT Groupe de travail
IRDG Initiative de recherche et développement en génomique
IRIDA Analyse intégrée rapide des maladies infectieuses
ISO Organisation internationale de normalisation
MALDI‑TOF MS Désorption-ionisation par impact laser assistée par matrice couplée à la spectrométrie de masse en temps de vol
miARN MicroARN
MPO Pêches et Océans Canada
OCDE Organisation de coopération et de développement économiques
OMS Organisation mondiale de la santé
OPANO Organisation des pêches de l'Atlantique Nord-Ouest
PASKAL Application et bibliothèque de connaissances sur le stress abiotique chez les végétaux
PCR Réaction en chaîne par la polymérase
PCSIN Programme canadien de surveillance des infections nosocomiales
PON Procédures opérationnelles normalisées
PPEQ Programme de mise en quarantaine des pommes de terre après l'entrée au Canada
qPCR PCR quantitative
RAD-seq Séquençage d'ADN associé à un site de restriction
RAM Résistance antimicrobienne
R-D Recherche et développement
RNCan Ressources naturelles Canada
SAE Salubrité des aliments et de l'eau
SC Santé Canada
SE Salmonella Enteritidis
SMA Sous-ministre adjoint
SNG Séquençage de nouvelle génération
SNP Polymorphisme mononucléotidique
S-T Science et technologie
USDA Département de l'Agriculture des États-Unis (United States Department of Agriculture)
VIH Virus de l'immunodéficience humaine
vNHI Virus de la nécrose hématopoïétique infectieuse
VTEC Escherichia coli vérotoxinogène

Initiative de R-D en génomique – Profil

L'IRDG a été établie en 1999 pour créer et maintenir une capacité de base de recherche et développement (R-D) en génomique au sein des ministères et organismes du gouvernement fédéral. Elle dispose d'un budget de 19,9 M$ par année, lequel est remis aux ministères et organismes suivants : Agence canadienne d'inspection des aliments (ACIA); Agriculture et Agroalimentaire Canada (AAC); Environnement Canada (EC); Pêches et Océans Canada (MPO); Santé Canada (SC); Agence de la santé publique du Canada (ASPC); Conseil national de recherches du Canada (CNRC) et Ressources naturelles Canada (RNCan).

Les projets financés en vertu de l'IRDG s'articulent autour des mandats des ministères et des priorités du gouvernement et concordent stratégiquement avec les objectifs des ministères respectifs. Les recherches que finance l'IRDG visent à soutenir le mandat du gouvernement au chapitre des règlements, des politiques publiques et des activités dans des domaines aussi importants que la santé, la salubrité des aliments, la saine gestion des ressources naturelles, la durabilité et la compétitivité du secteur agricole et la protection de l'environnement, en collaboration étroite avec les universités et le secteur privé.

Le gouvernement fédéral a attribué à l'IRDG des crédits de 393,3 M$ pour la période de 1999 à 2019, soit 55 M$ pour la phase I (1999 à 2002); 59,7 M$ pour chacune des phases II (2002 à 2005), III (2005 à 2008), IV (2008 à 20011) et V (2011 à 2014) ainsi que 99,5 M$ pour la phase VI (2014 à 2019). La phase V de l'IRDG s'est caractérisée par la mise en place d'un modèle qui a permis de mobiliser les ressources afin d'effectuer des recherches conjointes sur des questions qui dépassent le mandat d'un seul ministère, appuyant du même coup des projets interministériels hautement coordonnés en fonction de priorités partagées et d'objectifs communs. Deux projets ont été élaborés : 1) l'amélioration de la salubrité des aliments et de l'eau au Canada par l'entremise d'une initiative fédérale intégrée en génomique, et 2) la protection de la biodiversité et des activités commerciales du Canada contre l'effet des changements climatiques par une capacité accrue à surveiller les espèces envahissantes et de quarantaine. Les deux projets continuent à être soutenus durant les deux premières années de la phase VI de l'IRDG (2014-2016).

Ressources

Tableau 1 : Cadre de la stratégie de mesure du rendement du programme

Ministère/Organisme Phase I
1999‑2002
Phase II
2002‑2005
Phase III
2005‑2008
Phase IV
2008‑2011
Phase V
2011‑2014
Phase VI
2014‑2019
Agriculture et Agroalimentaire Canada 17,000 18,000 18,000 18,000 15,300 22,200
Agence canadienne d'inspection des aliments - - - - - 3,600
Environnement Canada 3,000 3,000 3,000 3,000 2,550 4,000
Ministère des Pêches et des Océans 2,500 2,700 2,700 2,700 2,295 3,600
Santé Canada/Agence de la santé publique du Canada 10,000 12,000 12,000 12,000 10,200 16,000
Conseil national de recherches Canada 17,000 18,000 18,000 18,000 15,300 22,200
Ressources naturelles Canada 5,000 6,000 6,000 6,000 5,100 8,000
Priorités partagées 8,955 19,900
Conseil de recherches médicales Tableau 1 note 1 500
Total 55,000 59,700 59,700 59,700 59,700 99,500

Notes de tableau

Tableau 1 note 1

Devenu les « Instituts de recherche en santé du Canada (IRSC) » – une seule allocation au cours de l'exercice financier 1999-2000 pour aider à établir et à soutenir un secrétariat pour Génome Canada.

Retour à la référence de la note de bas de tableau 1 note 1

Tous les ministères ont bonifié les fonds de l'IRDG en fournissant des fonds supplémentaires provenant du budget des services votés et en obtenant des fonds de leurs collaborateurs. Le tableau 2 donne un aperçu des ressources engagées en 2014-2015 à l'appui des projets de l'IRDG et montre que les fonds ne provenant pas de l'IRDG représentent presque le double des investissements de l'IRDG. Les contributions additionnelles en nature comprenaient le partage de plateformes technologiques, de matériel et de savoirfaire avec divers collaborateurs dans des domaines de recherche qui transcendent les clivages sectoriels traditionnels.

Tableau 2. Investissement total en soutien des projets de l'IRDG en 2014-2015 (000$)

Ministère/Organisme IRDG Autres sources Table 2 note 1 Total
Conseil national de recherches Canada 4 440 8 247 12 687
Agriculture et Agroalimentaire Canada 4 440 9 249 13 689
Santé Canada 1 600 4 228 5 828
Agence de la santé publique du Canada 1 600 1.472 3.072
Ressources naturelles Canada 1 600 3 076 4 676
Environnement Canada 800 1 987 2 787
Pêches et Océans Canada 720 808 1 528
Agence canadienne d'inspection des aliments 720 1 488 2 208
Projets prioritaires communs IRDG Autres sources Table 2 note 1 Total
Espèces envahissantes et espèces de quarantaine 1 910 3 062 4 972
Salubrité des aliments et de l'eau 1 842 3 773 5 615
Coordination et fonctions communes 228 42 270
Total 19 900 37 432 57 332

Notes de tableau

Tableau 2 note 1

inclut des fonds approximatifs provenant du budget des services votés et d'autres sources

Retour à la référence de la note de bas de tableau 2 note 1

Résultats prévus

Comme l'indiquent les tableaux de renseignements supplémentaires du Rapport ministériel de rendement du CNRC à propos de l'IRDG, les ministères participants s'étaient fixé collectivement un ensemble de résultats attendus à obtenir en 2014-2015 :

  • utilisation de la génomique pour accroître substantiellement la part canadienne de la production mondiale de blé;
  • utilisation de la génomique pour accroître la valeur des cultures et des produits agricoles au Canada;
  • utilisation de la génomique pour assurer la salubrité des aliments, la santé animale et la protection des plantes;
  • utilisation des connaissances en génomique pour le système canadien de réglementation dans le domaine de la santé;
  • réalisation de progrès pertinents du point de vue commercial dans les domaines de la R-D en génomique ayant trait à la santé humaine;
  • connaissances en génomique à l'appui des programmes et des activités de santé publique reliés à des maladies infectieuses ou chroniques
  • utilisation des connaissances et des conseils en génomique aux fins de la gestion durable des pêches et des océans;
  • utilisation des connaissances en génomique en matière de régénération et de protection des forêts;
  • outils et technologies fondés sur la génomique pour la prise de décisions environnementales responsables;
  • travaux de recherche interministériels suivant des priorités et buts communs sur des questions dépassant le mandat individuel d'un seul ministère.

Pour en arriver à ces résultats, les ministères et les organismes ont élaboré les plans et les activités de recherche suivants.

Agriculture et Agroalimentaire Canada

Les investissements de l'IRDG dans les activités d'AAC se concentreront sur les priorités du Projet canadien de génomique des plantes cultivées et l'on misera sur ces investissements pour donner à l'industrie les moyens de profiter de nouvelles possibilités d'innovation. Les activités appartiendront à l'une ou l'autre de trois grandes catégories : 1) biodiversité, extraction de gènes et analyse fonctionnelle, pour le développement de traits génétiques caractéristiques à valeur ajoutée (par exemple, augmentation de la qualité des semences) sur un marché fortement concurrentiel, ce qui augmentera la résistance des cultures canadiennes au stress abiotique et biotique potentiellement catastrophique et maximisera la rentabilité dans le secteur; 2) outils de bio-informatique et outils physiques, pour que les scientifiques soient en mesure d'optimiser les possibilités qu'offre la recherche axée sur la génomique (par exemple, identification et caractérisation des codes génétiques comportant des traits caractéristiques souhaitables liés à la qualité des semences ou à la résistance aux maladies); 3) accès amélioré au matériel biologique et aux ensembles de données afin d'accroître l'efficacité de la sélection des plantes pour être en mesure de jeter les bases scientifiques de progrès importants à venir dans le développement et la production de traits prioritaires désignés par l'industrie (par exemple, résistance aux maladies).

Agence canadienne d'inspection des aliments

À l'ACIA, la recherche en génomique est centrée sur deux grands thèmes afin d'accroître les capacités en génomique et la capacité de réglementer les organismes nuisibles et les agents pathogènes : la « détection et l'isolement » et « l'identification et la caractérisation ». Sous ces thèmes, la recherche en génomique de l'ACIA a été arrimée aux activités de ses trois secteurs d'activité : santé animale, salubrité des aliments et santé des plantes. En ce qui concerne la santé animale, les activités de recherche en génomique sont ciblées de manière à appuyer la gestion des risques en santé publique associés à la transmission des maladies zoonotiques, des maladies à déclaration obligatoire et des maladies animales émergentes. En ce qui concerne la salubrité des aliments, les activités en génomique amélioreront la capacité de l'ACIA dans le domaine des essais de conformité, de l'attribution des sources et de l'établissement des profils de risque tout en permettant par ailleurs l'application des normes de Santé Canada en matière d'évaluation des risques pour la santé. La génomique en santé des plantes se concentre sur les moyens de détecter plus précocement les problèmes, d'intervenir plus rapidement et d'étayer le processus décisionnel relatif à la réglementation des phytoravageurs et des produits végétaux dans les secteurs agricole et forestier.

Pêches et Océans Canada

Les recherches en génomique de Pêches et Océans Canada demeureront axées sur les thèmes suivants : 1) protection des espèces de poisson et maintien de récoltes durables par le développement et l'utilisation d'outils génomiques de pointe permettant d'identifier avec précision les espèces, les populations et les stocks, de mieux gérer les pêches, d'assurer la conservation des stocks vulnérables et des espèces menacées et de maintenir la biodiversité aquatique; 2) préservation des produits canadiens à base de poisson et de fruits de mer par la mise au point de techniques novatrices en génomique permettant de détecter, de surveiller et de réduire au minimum les effets néfastes des agents pathogènes (par exemple, le virus de l'anémie infectieuse du saumon) et ainsi préserver la santé des ressources aquatiques du Canada et maintenir les exportations de produits à base de poisson et de fruits de mer du Canada; et 3) maintien d'écosystèmes aquatiques sains et productifs par le développement et l'application de nouveaux outils de génomique à la surveillance, aux mesure d'atténuation, et à la restauration des écosystèmes aquatiques.

Environnement Canada

Environnement Canada continuera d'utiliser les fonds de l'IRDG dans le cadre du programme Applications stratégiques des technologies génomiques dans le domaine de l'environnement (AST GE), en accordant la priorité aux projets de recherche en génomique suivants : 1) écotoxicologie, pour soutenir l'évaluation des risques chimiques et biologiques ; 2) conservation de la faune : pour soutenir la gestion des espèces en péril et des risques pour la faune et la flore ; 3) surveillance environnementale : pour développer des indicateurs de la santé des écosystèmes ; et 4) conformité et application : pour soutenir le mandat d'application de la loi d'EC. Ces travaux permettront à Environnement Canada de s'acquitter de ses obligations en vertu de la Loi sur les pêches et de la Loi canadienne sur la protection de l'environnement et de certains programmes dont le Plan de gestion des produits chimiques.

Santé Canada

La recherche en génomique continuera de se concentrer sur quatre domaines d'investissement prioritaires visant à renforcer le rôle réglementaire de Santé Canada : la diffusion des connaissances en matière de réglementation des produits thérapeutiques et biologiques, pour permettre la prise de décisions éclairées en matière de réglementation et étayer ces décisions tout au long du cycle de vie des produits biothérapeutiques; 2) la diffusion des connaissances en matière de réglementation sur la salubrité alimentaire et la nutrition, pour permettre la détection et la caractérisation des micro-organismes d'origine alimentaire, la caractérisation des effets sur la santé des contaminants alimentaires, des produits allergènes, des éléments nutritifs, des nouveaux aliments et des nouveaux ingrédients alimentaires ainsi que des prébiotiques et probiotiques, et le développement de marqueurs de l'état de santé et des maladies (par exemple, cancer, diabète, obésité, allergies et maladies cardiovasculaires) dans le contexte de l'exposition à certains aliments, micro-organismes, produits allergènes et contaminants alimentaires; 3) la protection de la santé humaine contre les effets néfastes éventuels de contaminants environnementaux, de rayonnements, de produits de consommation et de pesticides; 4) la recherche sur les retombées socioéthiques des technologies de génomique, de ses extrants et de ses produits, pour la mise au point d'une méthode d'intégration de la génomique responsable et avantageuse sur le plan social tenant compte des considérations éthiques, juridiques et socio-économiques.

Conseil national de recherches du Canada

Les investissements de l'IRDG au CNRC soutiendront les programmes nécessitant des activités liées à la génomique pour aider l'industrie et le gouvernement à réaliser les priorités stratégiques nationales grâce à des activités de recherche et de développement technologique ciblées. En 2014-2015, les programmes visés seront les suivants : 1) la contribution du CNRC à l'Alliance canadienne du blé, dont l'objectif est d'améliorer le rendement, la viabilité et la rentabilité du blé au profit des producteurs et de l'économie du Canada. Cet objectif sera atteint grâce à l'amélioration de la sélection, la réduction des pertes dues à la sécheresse, à la chaleur, au froid et aux maladies et une meilleure utilisation des éléments nutritifs; 2) le programme sur les produits biologiques et les produits biologiques ultérieurs, qui vise à englober tous les aspects du développement biologique, de la découverte aux essais précliniques, en collaboration avec des partenaires de l'industrie. La mise en oeuvre de ces programmes a été approuvée par le Comité de la haute direction du CNRC après avoir été soumise à un processus rigoureux d'approbation et de mise en oeuvre des programmes.

Ressources naturelles Canada

Le Service canadien des forêts de Ressources naturelles Canada se concentrera sur l'accélération de la transformation des connaissances accumulées en génomique en applications concrètes capables de soutenir la compétitivité du secteur forestier canadien. Voici quelques exemples : 1) Régénération des forêts : le développement d'applications de génomique novatrices entraînera la production accélérée de fibres de qualité supérieure, ce qui se traduira par des retombées économiques et environnementales favorables pour le Canada. 2) Protection des forêts : le développement d'outils diagnostiques novateurs issus de la génomique permettra la détection rapide et la gestion des insectes ravageurs et des maladies qui menacent la santé et l'intégrité écologique des forêts canadiennes, du secteur forestier et des communautés qui vivent de la forêt.

Agence de la santé publique du Canada

Les activités de recherche de l'IRDG à l'ASPC appliquent les technologies "-omiques" pour générer de nouvelles connaissances en vue de soutenir la prise de décisions de santé publique, et pour créer de nouveaux outils pour améliorer la prévention et le contrôle des maladies. Ces technologies offrent des méthodes pour améliorer: 1) la prévention et le contrôle des agents pathogènes prioritaires; 2) la réponse aux pathogènes résistants aux antimicrobiens; 3) la surveillance des maladies infectieuses; et 4) les mesures de sécurité pour la santé publique. Les connaissances générées à partir des approches génomiques soutiennent les analyses de risque plus détaillées, ainsi que l'identification et le développement de nouveaux points d'intervention pour le contrôle et la prévention des maladies infectieuses.

Priorités partagées

Dans le cadre du projet Protection de la biodiversité et des échanges commerciaux du Canada contre les retombées des changements planétaires par une augmentation de la capacité de surveillance des espèces exotiques envahissantes et des espèces justifiables de quarantaine (projet sur les espèces envahissantes et justifiables de quarantaine), on continuera de concevoir des protocoles novateurs et d'établir une base de données de référence de code-barres d'ADN qui éclaireront les décisions de l'administration fédérale en matière de réglementation et de politiques publiques afin de prévenir ou d'atténuer les retombées des quarantaines et des espèces envahissantes, et donneront à l'administration la capacité de prévoir les situations d'urgence et d'y répondre rapidement. Ce projet est coordonné par AAC et regroupe l'ACIA, le MPO, EC, RNCan et le CNRC.

Dans le cadre du projet Accroissement de la salubrité des aliments et de l'eau au Canada grâce à une initiative fédérale intégrée en génomique (projet de salubrité des aliments et de l'eau), on continuera de développer les outils et l'infrastructure nécessaires à l'application des méthodes fondées sur la génomique pour l'isolement, la détection et la caractérisation des agents pathogènes dans une diversité de matrices alimentaires, aquatiques et environnementales, en se concentrant sur les agents pathogènes Escherichia coli (VTE C) et Salmonella Enteritidis (SE ). La coordination du projet est assurée par SC et le projet regroupe AAC, l'ACIA, EC, le CNRC et l'ASPC.

Harmonisation avec les priorités gouvernementales

L'IRDG cherche à appuyer des décisions fédérales de plus en plus complexes fondées sur des données probantes en matière de réglementation et de politiques, selon les mandats respectifs des ministères et organismes participants; elle soutient aussi l'élaboration de nouvelles normes et politiques. L'IRDG concentre ses activités dans des secteurs de la recherche fédérale où le gouvernement est le plus en mesure d'atteindre des résultats. L'IRDG vise en outre à renforcer la capacité de prévoir les besoins de la population canadienne et d'y répondre, en ce qui a trait aux domaines de responsabilité gouvernementale, comme la santé publique, l'économie, l'agriculture et l'environnement.

Les projets financés en vertu de l'IRDG s'articulent autour des mandats des ministères et des priorités du gouvernement et concordent stratégiquement avec les objectifs des ministères et organismes respectifs.

Toutes les activités de recherche et d'innovation d'AAC (notamment celles de l'IRDG) appuient directement l'obtention de résultats de recherche prioritaires. L'IRDG contribue plus particulièrement à la poursuite du résultat stratégique suivant du Ministère : Un secteur de l'agriculture, de l'agroalimentaire et des produits agricoles novateur et durable. Grâce au financement de l'IRDG, AAC peut renforcer le Projet canadien de génomique des plantes cultivées en investissant dans la phytogénomique et dans la création, dans l'ensemble du Canada, d'équipes pluridisciplinaires axées sur l'amélioration de la viabilité et l'accroissement de la compétitivité du secteur agricole canadien.

Les activités de l'ACIA dans le cadre de l'IRDG appuient un des résultats stratégiques poursuivis par l'Agence, en l'occurrence le maintien d'un approvisionnement alimentaire et de ressources animales et végétales sûrs et accessibles. La réglementation des produits et des ressources grâce aux activités du programme de l'ACIA, y compris le programme de salubrité alimentaire, le programme de santé animale et de zoonotique, et le programme de ressources végétales, bénéficie des résultats de la recherche en génomique. Le programme de l'IRDG à l'ACIA cible l'élaboration et l'application d'outils génomiques permettant la détection rapide des agents pathogènes alimentaires, des phytoravageurs et des vecteurs de transmission des maladies chez les animaux. Ces outils accroîtront la capacité de répondre efficacement aux besoins de réglementation en matière de salubrité alimentaire, d'assurer le respect de la réglementation et de maintenir la confiance des consommateurs tout en réduisant au strict minimum les éclosions de maladies animales et végétales.

La coordination nationale des recherches en génomique au MPO est assurée par le Programme de biotechnologie et de génomique. Ce programme appuie les recherches en génomique pour des pêches et des secteurs maritimes prospères sur le plan économique et des écosystèmes aquatiques durables, soit deux des trois objectifs stratégiques de l'Architecture d'harmonisation des programmes du Ministère. La recherche en génomique est à la base des connaissances et du savoir-faire scientifiques nécessaires pour appuyer les priorités en gestion des pêches et des océans.

Toutes les activités de R-D financées par l'IRDG et entreprises par Environnement Canada visent l'obtention de deux de ses trois résultats stratégiques, en l'occurrence « l'environnement naturel du Canada est préservé et restauré pour les générations actuelles futures » et « les menaces que représente la pollution pour les Canadiens ainsi que pour leur environnement sont minimisées ». Ces activités contribuent donc à la surveillance et à la compréhension des écosystèmes du Canada, à l'évaluation des risques que font courir à la faune et aux oiseaux migrateurs les polluants chimiques, ainsi qu'à la production d'applications concrètes qui soutiennent la conformité réglementaire et la prise de décisions fondées sur des données probantes, ce qui atténue les risques en plus de favoriser la conservation des ressources.

Les recherches financées par l'IRDG à Santé Canada contribuent à générer les connaissances requises en matière de réglementation pour assurer une gestion et une communication appropriées des risques pour la santé et des avantages associés aux aliments, aux produits, aux substances et aux facteurs environnementaux. Ce savoir et les outils générés par la recherche en génomique appuient au bout du compte les efforts déployés par le Ministère pour répondre aux enjeux actuels et émergents en matière de santé dans le cadre de l'activité du programme Politiques du système de santé canadien et du résultat stratégique « Un système de santé qui répond aux besoins des Canadiens ».

L'Architecture d'alignement de programmes du CNRC a été mise à jour afin de tenir compte de sa nouvelle orientation sur l'industrie. Elle est conforme aux résultats stratégiques visés par le gouvernement du Canada et aux priorités fédérales ainsi qu'aux méthodes administratives du CNRC. Les rapports de rendement du CNRC ont été modifiés en conséquence. Au CNRC, l'IRDG appuie l'obtention du résultat stratégique « les entreprises canadiennes prospèrent grâce à des technologies novatrices » ainsi que le programme Développement et progrès technologiques et les sous-programmes Développement des cultures et des ressources aquatiques et Thérapeutiques en santé humaine. L'Initiative soutient des programmes de recherche axés sur l'amélioration du blé canadien, et sur le développement de nouveaux produits biologiques et produits biologiques ultérieurs.

Au Service canadien des forêts de RNCan, l'IRDG a jeté les fondements qui contribuent à l'atteinte de l'objectif stratégique Compétitivité économique et à l'activité de programme Possibilités économiques pour les ressources naturelles. L'IRDG contribue au résultat : Favoriser l'innovation dans le domaine des produits forestiers. D'importantes quantités de données, d'infrastructures et de collaborations donnant lieu à des applications pratiques résultent de ces fondements.

Au sein de l'ASPC, les projets financés par l'IRDG appuient les résultats stratégiques globaux qui consistent à promouvoir la santé, à réduire les inégalités dans le domaine de la santé et à prévenir et à atténuer les conséquences néfastes des maladies infectieuses et chroniques. Les chercheurs créent des outils novateurs qui mettent en application des technologies génomiques et bio-informatiques pour des interventions plus efficaces en matière de santé publique. En outre, l'IRDG génère une connaissance scientifique de pointe visant à soutenir la prise de décisions liées à la santé publique et l'élaboration de programmes. En favorisant la collaboration et le transfert de connaissances parmi les professionnels de la santé publique oeuvrant au sein d'organisations fédérales, provinciales, territoriales, municipales et non gouvernementales, l'IRDG facilite l'intégration d'information fiable et à jour dans le processus de prise de décisions et les interventions en matière de santé publique à tous les niveaux à l'échelle du Canada. L'élaboration et l'application des sciences de la santé publique de pointe et des outils pour permettre des essais spécialisés en laboratoire et offrir des services de référence contribuent à l'amélioration de la santé publique et des interventions liées aux risques de santé émergents, en harmonie avec le programme Infrastructure de santé publique.

Les activités scientifiques du gouvernement fédéral sont actuellement encadrées par un document intitulé Un moment à saisir pour le Canada : Aller de l'avant dans le domaine des sciences, de la technologie et de l'innovation (ci-après appelé la stratégie en S-T), une stratégie publiée par le gouvernement fédéral en décembre 2014 dans le cadre de son « engagement de maintenir la science, la technologie et l'innovation à l'avant-plan des politiques publiques pour les années à venir ». Cette nouvelle stratégie s'appuie sur la stratégie fédérale en S-T de 2007 intitulée Réaliser le potentiel des sciences et de la technologie au profit du Canada. L'IRDG contribue aux trois piliers des sciences au Canada décrits dans la stratégie en S-T (personnes, connaissances, innovation) et appuie la poursuite des priorités dans le domaine des ressources naturelles, de la santé et des sciences de la vie, de l'environnement et de l'agriculture. Elle appuie la prise de décisions saines et éclairées en matière de politiques publiques, de réglementation et de priorités gouvernementales conformément à la valeur inhérente des recherches du gouvernement fédéral. Elle appuie aussi les efforts de commercialisation des technologies.

Gouvernance, coordination et responsabilisation

Les ministères ont une responsabilité verticale en ce qui concerne le pouvoir d'accomplir leur mandat et de dépenser les ressources. La responsabilisation est donc souvent considérée comme un obstacle important à la gestion des programmes partagés qui visent un but collectif bien précis. En effet, les programmes auxquels plusieurs ministères prennent part afin d'atteindre des objectifs communs posent des difficultés particulières quand vient le temps d'établir les priorités et de partager les ressources.

Afin d'assurer la saine gestion de l'IRDG, le cadre de gouvernance interministériel qui a été mis en place sous l'autorité du CNRC pour les phases précédentes de l'IRDG a continué à être utilisé pour surveiller la coordination collective de l'Initiative. La structure de gouvernance de l'IRDG comprend trois éléments principaux : le Comité de coordination des sous-ministres adjoints (CCSMA ), un groupe de travail interministériel et un bureau de coordination, avec l'aide de comités consultatifs spéciaux lorsque surgissent des besoins d'expertise particuliers.

Comité de coordination des SMA (CCSMA)

Un Comité de coordination interministériel des SMA, présidé par l'organisme responsable (CNRC), se compose de représentants de chacun des organismes financés, ainsi que de représentants invités provenant d'Industrie Canada et de Génome Canada. Le Comité est responsable de l'orientation stratégique globale de l'IRDG et de l'approbation des priorités en matière d'investissement. Il veille à la mise en place de mécanismes efficaces d'établissement des priorités dans les ministères ainsi qu'à l'atteinte des objectifs et au respect des priorités du gouvernement. Il veille aussi à ce que des principes de gestion communs soient appliqués à l'IRDG et à ce qu'une collaboration entre les divers organismes soit favorisée dans la mesure du possible. Le Comité se réunit habituellement trois fois par année à la convocation du président, et plus souvent si des décisions doivent être prises.

Groupe de travail interministériel (GT)

Un GT sur l'IRDG appuie les travaux du CCSMA. Il est présidé par l'organisme responsable (CNRC) et les membres, de niveau Directeur, proviennent de tous les ministères et organismes participants, et d'Industrie Canada. Il a pour mandat de formuler, à l'intention du CCSMA, des recommandations et des conseils stratégiques au sujet de l'établissement des priorités stratégiques et de la gestion globale de l'IRDG. Il voit également à fournir une orientation aux activités menées dans le cadre de l'IRDG en ce qui concerne la prestation opérationnelle, la planification de la mise en oeuvre et l'établissement des priorités en matière d'investissement. Le GT appuie par ailleurs les impératifs d'évaluation et de rapports au sujet de l'IRDG. Il se réunit environ tous les deux mois, plus souvent si cela est justifié par des besoins particuliers de recommandations et de conseils.

Fonction de coordination de l'IRDG

Une fonction de coordination de l'IRDG est intégrée au CNRC. Elle permet d'assurer la coordination du programme, la communication, le réseautage et la diffusion à l'échelle de l'IRDG. Elle offre ainsi un soutien au CCSMA et au GT sur l'IRDG, une communication transparente et efficace avec les ministères au sujet du cycle de planification, des exigences des processus, de l'administration financière et d'autres exigences en matière de gestion de projet, ainsi qu'un appui à la planification et à la mise en oeuvre de projets communs entre les ministères. Cette fonction permet également d'effectuer des études et des analyses dont les données contribueront à établir les priorités de recherche de l'IRDG et d'offrir du soutien à la gestion et à l'administration, ainsi qu'à la gestion, à l'établissement de rapports, à l'évaluation et à la communication en matière de rendement. La fonction de coordination est financée par la partie de l'IRDG destinée aux priorités communes.

Cadre de mesure du rendement

Dans l'application de la Politique sur l'évaluation (2009) et du document connexe intitulé Guide d'élaboration de stratégies de mesure du rendement (mai 2010) ainsi que de la politique et des directives connexes aux ministères pour l'élaboration de structures de gestion des ressources et des résultats (mars 2013), la stratégie de mesure du rendement des initiatives horizontales qui a été élaborée pour la phase V des activités interministérielles de l'IRDG a été mise à jour pour la phase VI. Cette nouvelle version porte sur les exercices 2014-2015 à 2018-2019 et officialise les rôles et les responsabilités des huit ministères et organismes qui participent à l'initiative de manière à favoriser la mise en place d'activités de surveillance et d'évaluation efficaces. On trouvera à l'appendice B un aperçu de la stratégie de mesure du rendement de même que le modèle logique qui fixe les objectifs globaux de l'IRDG de conduire à l'adoption et à l'application des connaissances et des outils qu'elle générera pour faciliter la prise des décisions en matière de politiques publiques et de réglementation, d'établir les grandes priorités en matière de politiques publiques et de favoriser l'innovation dans le secteur privé.

Rendement

Gouvernance interministérielle

Approches de gestion coordonnées

Le CNRC a continué d'assurer la coordination de l'IRDG en 2014-2015, première année de la phase VI, y compris en ce qui a trait à la prestation de services de secrétariat pour les ministères et organismes de l'IRDG. Il s'est occupé de la mise en oeuvre des processus de gouvernance, de gestion et de fonctionnement de l'IRDG mis à jour pour la phase VI. Trois réunions du CCSMA et huit réunions du GT de l'IRDG ont eu lieu afin de permettre la prise de décisions concertées. Le CNRC a aussi apporté le leadership nécessaire à la mise en place des orientations stratégiques à venir pour les projets prioritaires communs de la phase VI dont le lancement est prévu en avril 2016.

La mise en oeuvre des projets aux priorités partagées a été appuyée. Des crédits ont été mis à la disposition des ministères participants en fonction des chartes de projets approuvées, et des rapports d'étape bisannuels ont été présentés au CCSMA, en juin et novembre 2014. Les principes de la stratégie de gestion des innovations pour les projets aux priorités partagées ont été avalisés par le CCSMA et des documents d'orientation connexes ont été élaborés et examinés par le groupe de travail (GT). Une communauté de pratique composée d'experts a été constituée afin de mettre la dernière main aux documents et de faciliter la mise en oeuvre individuelle de chaque orientation.

La Stratégie de mesure du rendement de l'IRDG a été mise en oeuvre suite à l'achèvement du Rapport annuel sur le rendement pour 2013-2014 et à son approbation par le CCSMA. Le Rapport ministériel sur le rendement du CNRC et le Rapport sur les plans et les priorités ont été bonifiés, et la Réponse et le plan d'action de la direction au titre des recommandations formulées dans l'évaluation de 2010 ont continué d'être mis en oeuvre.

Recherche autorisée

Les ministères et les organismes gèrent leurs programmes d'IRDG à l'intérieur de programmes existants en harmonie avec les objectifs stratégiques, les activités et les sous-activités définis dans leur architecture d'harmonisation des programmes. Les projets de la phase VI ont été choisis d'après leur contribution aux priorités identifiées où les scientifiques du gouvernement ont une expertise reconnue, en utilisant des approches de composition équilibrée du portefeuille et suivant des procédures d'approbation officielles.

Priorités communes

Des structures de gouvernance détaillées ont été établies dans les Chartes des deux projets aux priorités communes pour assurer l'intégration harmonieuse et la clarté des rôles et des responsabilités. Ces structures incluent : des comités consultatifs de gestion, composés de cadres supérieurs de chacun des ministères et des organismes participants; un Comité consultatif des sciences, composé de représentants du milieu universitaire, du gouvernement et de l'industrie; de chefs de thème; de chefs de projet désignés; et d'un leadership d'ensemble par des coordonnateurs de projets scientifiques. Une communication ouverte et continue a été établie par le biais de téléconférences, de courriels, de présentations et de réunions régulières pour communiquer les mises à jour et permettre les discussions sur la prise de décisions. Des sites SharePoint ont été mis en place sur le Web pour héberger les versions les plus récentes de tous les documents afin que tous les participants à ces derniers et les conseils consultatifs y aient accès. Les deux projets continueront à être soutenus durant les deux premières années de la phase VI de l'IRDG (2014-2016).

Recherche et développement

Toutes les activités entourant le déroulement de la R-D, le transfert des technologies et des résultats aux parties intéressées pour leur mise en oeuvre et leur application, de même que la diffusion de ces résultats, sont des éléments essentiels pour avoir un impact, et font également partie du cadre de mesure du rendement de l'IRDG.

Les résultats scientifiques directs obtenus en 2014-2015 et les indicateurs quantitatifs d'évaluation du rendement sont décrits à l'annexe 2, par ministère et par organisme, pour ce qui a trait aux contributions scientifiques (contributions scientifiques fondamentales témoignant d'un leadership; autres contributions scientifiques; outils et processus de recherche); pour ce qui a trait à la transformation du savoir et à son utilisation (contributions aux réseaux scientifiques; collaborations; produits de communication; engagement des utilisateurs finaux et activités de transfert des connaissances), et pour ce qui a trait au personnel de recherche et au personnel technique. Les faits marquants des résultats obtenus en 2014-2015 par rapport aux résultats prévus sont présentés à l'annexe 3 tandis que l'annexe 4 présente une liste des outils et processus de recherche développés dans le cadre de l'IRDG.

Voici quelques récompenses et prix qui ont été accordés à plusieurs scientifiques de l'IRDG afin de rendre hommage à l'excellence de leurs travaux de recherche :

  • Patrice Bouchard (AAC) a reçu le prix C. Gordon Hewitt. Ce prix est remis tous les ans par la Société d'entomologie du Canada à un scientifique en début de carrière pour sa contribution à l'entomologie.
  • Ed Topp (AAC) a reçu le prix pour gestion exemplaire des biosolides de la Water Environment Association of Ontario.
  • L'équipe de Carole Yauk (SC) a reçu le prix EM GS en sciences émergentes pour l'organisation du meilleur concours d'affiches d'étudiants à l'assemblée annuelle de la Genetic Toxicology Association à Newark (Delaware) aux États-Unis.
  • Genevieve Bondy (SC) a reçu le prix d'excellence du sous-ministre de la Santé du Canada dans la catégorie des sciences et le prix du sous-ministre adjoint de la Direction générale des produits de santé et des aliments dans la catégorie des sciences.
  • Gary Van Domselaar et Charles Shepard (ASPC) ont été parmi les personnes sélectionnées pour l'attribution d'un prix scientifique remis aux auteurs du meilleur mémoire par les Centers for Disease Control and Prevention des États Unis.
  • Gary Van Domselaar (ASPC) a reçu une mention dans le cadre de la remise du prix James H. Nakano pour le meilleur mémoire présenté aux Centers for Disease Control and Prevention des États Unis, National Center for Emerging and Zoonotic Infectious Diseases.

Connaissances et réseaux

Pour optimiser la valeur de l'IRDG et transférer cette valeur aux utilisateurs afin de générer des applications commerciales ou d'intérêt public au moment où l'Initiative arrive à maturité, il faudra organiser des activités de transformation du savoir et de mobilisation. Voici quelques exemples : développement de réseaux scientifiques, produits de communication, activités de mobilisation des utilisateurs finaux, intégration des politiques en matière de science, conseils scientifiques, transfert des protocoles, essais sur le terrain, activités de rayonnement, etc. Toutes ces activités garantiront que la recherche demeure pertinente en réglant des problèmes précis et en optimisant les possibilités de comprendre les besoins des utilisateurs finaux ciblés et de procéder à une diffusion active des résultats obtenus par l'IRDG. On trouvera dans les paragraphes qui suivent des exemples d'activités de transfert du savoir et de création de réseaux menées en 2014-2015.

Le projet de salubrité des aliments et de l'eau (SAE) a organisé en mai 2014 des ateliers de formation sur Unix et sur l'analyse de la séquence du génome complet des microbes à l'intention de 22 partenaires fédéraux, provinciaux et universitaires au Laboratoire national de microbiologie à Winnipeg. Ses pipelines d'analyse de données sont actuellement testés au BC Center for Disease Control et à l'Université Simon Fraser.

Des scientifiques d'AAC ont transmis leur savoir sur les méthodes d'identification exacte des données de séquençage de nouvelle génération (SNG) à des niveaux taxonomiques inférieurs (c'est-à-dire au niveau des espèces et des souches) et ont aussi donné de la formation à leurs collaborateurs de l'administration publique ainsi qu'à d'autres collaborateurs de l'USDA et de la Chine.

Des chercheurs de l'ACIA ont utilisé des données génétiques nouvellement acquises pour confirmer la présence d'un virus de la grippe aviaire hautement pathogène sur des fermes non commerciales de la Vallée du Fraser en Colombie-Britannique. Ces scientifiques travaillent à élaborer des procédures opérationnelles normalisées (PON ) pour que le SNG puisse être utilisé dans le programme de mise en quarantaine des pommes de terre après leur arrivée sur le territoire (PPEQ ) dans le but de procéder à une détection, à une identification et à une caractérisation rapides des phytovirus, et d'intégrer ces PON aux outils de diagnostic pour végétaux de l'ACIA.

À Environnement Canada, des scientifiques ont participé aux travaux du comité technique sur la sélection moléculaire et la toxicogénomique de l'Organisation de coopération et de développement économiques (OCDE) ainsi qu'au comité sur la nanotechnologie du même organisme. Ils ont aussi apporté leur contribution à la surveillance des mollusques et crustacés de concert avec leurs homologues des États-Unis ainsi qu'aux travaux du Comité du plan d'action de lutte contre la présence de produits pharmaceutiques et les éclosions d'algues nuisibles dans le fleuve Saint Laurent. De plus, des scientifiques ont participé au comité consultatif de Génome Canada sur les microbiomes des bassins hydrographiques et ont été les cofondateurs du Wetland Ecogenomics Network.

Les recherches de Santé Canada sur la toxicogénomique menées dans le cadre de l'IRDG alimentent en données le programme Tox21/ToxCast de l'agence américaine de protection de l'environnement grâce à une collaboration formelle s'appuyant sur un système de classification à haut débit en génotoxicologie. Un scientifique de Santé Canada joue dans ce partenariat un rôle de conseiller expert en plus d'être le coauteur du rapport NextGen de l'EPA des États Unis qui appuie l'évaluation des risques que posent les contaminants environnementaux. Dans le contexte de l'émergence des traitements thérapeutiques à base de cellules souches, les résultats des recherches financées par l'IRDG ont mené à la publication d'un nouveau document d'orientation de Santé Canada sur l'utilisation des produits thérapeutiques cellulaires dans les essais cliniques. De plus, un chercheur de pointe de Santé Canada a été invité à conseiller l'administration coréenne de gestion des aliments et des médicaments en lui faisant part de la réglementation canadienne sur les thérapies cellulaires en milieu clinique.

Les projets de recherche de l'ASPC ont été organisés en réseaux efficaces afin de faciliter la conversion des résultats de la recherche en applications pratiques et afin d'améliorer les échanges de connaissances avec des partenaires au pays et à l'étranger. Sur le plan national, les scientifiques participant à des projets de l'ASPC collaborent avec des collègues de pratiquement tous les laboratoires de santé publique provinciaux et territoriaux. Ces liens favorisent les échanges d'échantillons, de données et de connaissances, et créent le mécanisme nécessaire à la validation et à l'adoption des tests nouvellement développés par les laboratoires de médecine clinique de première ligne. Les projets de l'IRDG qui travaillent actuellement au développement d'outils améliorés de prévention de la propagation des agents pathogènes d'origine alimentaire collaborent aussi avec des réseaux de surveillance nationaux établis, notamment FoodNet Canada et PulseNet Canada. Suivant le même principe, les projets visant le développement d'outils fondés sur la génomique pour le contrôle et la réduction de la résistance antimicrobienne travaillent en étroite collaboration avec des réseaux nationaux de surveillance de la résistance antimicrobienne (RAM), le Programme canadien de surveillance des infections nosocomiales et le Programme intégré canadien de surveillance de la résistance aux antimicrobiens. Les liens qu'ont tissés entre eux les chercheurs en génomique et les épidémiologistes qui se consacrent à la surveillance ont renforcé les projets de l'IRDG grâce à des échanges d'échantillons et de connaissances. De plus, ces relations facilitent la conversion des résultats de la recherche en applications concrètes. À l'échelle internationale, certains projets de l'ASPC menés dans le cadre de l'IRDG ont permis d'établir des liens avec l'Organisation mondiale de la santé (OMS ) et la Pan-America Health Organisation pour le partage de connaissances et de technologies dans l'éradication du virus de la rougeole et pour la détection des virus d'immunodéficience humaine résistants aux médicaments afin de trouver un moyen de combattre ces virus. Des travaux visant à accroître la surveillance mondiale de la gonorrhée résistante aux antibiotiques sont également en cours avec la participation de partenaires de l'OMS . L'IRDG appuie les chercheurs qui collaborent avec le Center for Disease Control d'Atlanta, aux États-Unis, afin d'uniformiser les technologies de détection et de partager les méthodes communes de détection des agents pathogènes en émergence.

Appendices

Appendice A – Informations supplémentaires sur le rendement

Annexe 1 – Projets et allocation des fonds de l'IRDG

Espèces envahissantes et espèces de quarantaine

Fonds de l'IRDG ($) Titre du projet
1 909 593 Protection de la biodiversité et des échanges commerciaux du Canada contre les retombées des changements planétaires, par une augmentation de la capacité de surveillance des espèces exotiques envahissantes et des espèces de quarantaine

Salubrit é des aliments et de l'eau

Fonds de l'IRDG ($) Titre du projet
1 841 646 Accroissement de la salubrité des aliments et de l'eau au Canada grâce à une initiative fédérale intégrée en génomique

Agriculture et Agroalimentaire Canada Table annex 1 note 1

Fonds de l'IRDG ($) Titre du projet
1) Biodiversité, exploration des gènes et analyse fonctionnelle pour l'identification et l'extraction des gènes présentant les caractéristiques souhaitées, notamment les mécanismes de résistance des plantes à un stress biotique ou abiotique, aux insectes et à la virulence des agents pathogènes
88 000 Exploration pangénomique et cartographie des gènes résistants aux maladies : nouvelles stratégies d'amélioration génétique pour l'obtention de blé résistant aux maladies
280 500 Utilisation de la génomique pour réduire la prévalence des maladies causées par le Fusarium et atténuer le risque de présence de mycotoxines dans le grain canadien
82 500 Signalisation de l'éthylène et résistance à la brûlure de l'épi causée par le Fusarium dans le blé
125 000 Exploitation de la génomique pour décoder la vigueur hybride de Brassica napus
140 000 Accès aux allèles adaptatifs ancêtres de l'avoine
58 000 Utilisation de séquences répétées de type CRISP R pour élucider les caractéristiques génétiques associées dans le blé à la résistance à la brûlure de l'épi causée par le Fusarium et au rendement
116 000 Génomique et génétique des interactions entre le virus de la mosaïque de la fève de soya et la fève de soya : résistance virale de la nouvelle génération
33 630 Vérification des gènes de défense des plantes contre la Sclerotinia sclerotiorum
130 000 Effecteurs des isolats canadiens Puccinia striiformis
32 000 Outils moléculaires pour l'identification des insectes ravageurs de produits stockés et de leurs symbiotes pour utilisation dans le contrôle des insectes nuisibles
60 000 Dynamique de la chromatine spécifique à certaines catégories de cellules dans les racines chevelues de la fève de soya en réponse à un stress hydrique
159 998 Technologies de génétique de pointe pour l'amélioration de la caméline et du canola
55 000 Exploration des génomes des légumes à la recherche d'attributs d'acquisition par symbiose de nutriments durables (azote)
115 753 Exploitation des ressources moléculaires du champignon de la rouille brune pour combattre les maladies liées à la rouille des graminées
63 200 Génomique de la nouvelle génération pour l'amélioration de l'avoine
2) Diffusion des découvertes en génomique grâce à la bio-informatique et aux outils physiques afin d'améliorer l'accès aux matériaux biologiques et aux ensembles de données et de contribuer à l'adoption et à la commercialisation de nouvelles technologies
102 000 Développement d'outils génomiques et bio-informatiques capables d'effectuer des analyses épigénétiques des cultures d'oléagineuses
102 000 Développement d'outils d'identification et d'analyse en métagénomique fondée sur les amplicons se concentrant sur les agents pathogènes réglementés à haut risque
89 000 Étude sur l'applicabilité de nouvelles technologies et méthodes pour la gestion et l'analyse des données de séquençage de la nouvelle génération
3) Sélection plus efficace des végétaux
104 500 Développement de technologies de modification du génome des cellules somatiques des plantes cultivées au moyen de peptides pénétrant dans les cellules
147 500 Processus de fabrication de lignées cellulaires et de plantes transplastomiques : outil pour le développement de nouvelles caractéristiques génétiques
172 000 Outils de sélection fondés sur des effecteurs et découverte de locus quantitatifs pour la gestion de la maladie du pied de la fève de soya causée par Phytophthora sojae
38 360 Gestion de la reproduction des plantes cultivées
63 200 Génomique de la nouvelle génération pour l'amélioration de l'avoine

Notes de tableau

Tableau 1 note 1

Dépenses de fonctionnement non salariales seulement

Retour à la référence de la note de bas de tableau 1 note 1

Agence d'inspection des aliments

Fonds de l'IRDG ($) Titre du projet
70 000 Application du séquençage du génome complet pour des recherches épidémiologiques moléculaires sur la tuberculose bovine au Canada et la découverte à haut débit de nouveaux antigènes de diagnostic pour Mycobacterium bovis et Brucella abortus
130 000 Accroissement des capacités de l'ACIA en génomique pour la détection et la caractérisation des virus animaux ayant des conséquences importantes connues et inconnues ou inattendues ainsi que sur leurs vecteurs de transmission et leur réservoir
200 000 Technologies de séquençage du génome complet en tant qu'outils de détection d'isolement, d'identification et de caractérisation des agents pathogènes à l'appui de la poursuite des objectifs de l'Agence canadienne d'inspection des aliments
200 000 Détection et identification des phytoravageurs et des plantes possédant des caractéristiques génétiques nouvelles au moyen des méthodes de séquençage de la nouvelle génération
50 000 Développement de méthodes de séquençage de diagnostic afin de surveiller, détecter et caractériser les virus ARN des aliments, des animaux et des plantes après une contamination ou une infection virale
70 000 Développement d'outils bio-informatiques et d'une infrastructure en appui aux activités en génomique dans les secteurs de l'ACIA (aliments, plantes et animaux)

Environnement Canada

Fonds de l'IRDG ($) Titre du projet
33 250 Intégration de la toxicogénomique dans les « parcours de résultats néfastes » de la grenouille des bois afin de surveiller les effets environnementaux de la mise en valeur industrielle des sables bitumineux et des activités de réglementation
37 625 Toxicogénomique aviaire et parcours de résultats néfastes : nouveaux outils d'évaluation du risque
73 938 Recherche en génomique en appui aux évaluations des risques liés aux substances microbiennes nouvelles ou existantes en vertu de la Loi canadienne sur la protection de l'environnement
35 875 Marqueurs moléculaires de l'exposition parentale d'oiseaux et de mammifères à des hydrocarbures aromatiques polycycliques
26 250 Structure génétique de la population canadienne d'oiseaux de mer
78 750 Génétique de la conservation des ours polaires : application des polymorphismes mononucléotidiques à l'étude de la génétique de la population circumpolaire et de l'hybridation moléculaire de l'ours brun et aux études d'association pangénomique chez les ours polaires
61 250 Analyses transcriptomiques des effets écotoxicologiques des nanomatériaux sur les micro-organismes
64 313 Analyse des impacts des contaminants en émergence chez les organismes aquatiques au moyen de la génomique à haute résolution
39 375 Indicateur d'estimation rapide multidisciplinaire de la composition des communautés algales et bactériennes et des efflorescences nuisibles
26 250 Écotoxicogénomique aquatique des contaminants en émergence : produits pharmaceutiques, produits de soins personnels et toxines algales
87 500 Génomique en appui à la surveillance fondée sur les effets dans la région du « Cercle de feu »
43 750 Utilisation d'outils génomiques pour détecter les sources de pollution fécale contaminant les eaux douces et les écosystèmes marins
51 800 Analyse judiciaire d'identification de l'ADN d'espèces canadiennes emblématiques
47 250 Analyse des norovirus présents dans les effluents sanitaires
52 176 Harmonisation et opérationnalisation des évaluations biologiques fondées sur l'ADN pour la surveillance réglementaire des écosystèmes
22 590 Intégration des technologies émergentes en génomique aux méthodes de protection et de conservation de l'environnement

Pêches et Océans Canada

Fonds de l'IRDG ($) Titre du projet
9 100 Examen génomique préalable rapide des saumons de l'Atlantique d'élevage qui se sont échappés et des hybrides grâce aux techniques de séquençage de la nouvelle génération associé à un site de restriction (RAD -seq) et grâce à une série dynamique nanofluidique à haut rendement
78 000 Outils génomiques pour l'amélioration du saumon
36 800 Large base de polymorphismes mononucléotidiques (SNP ) pour une meilleure analyse du stock de saumons de l'Atlantique à génétique mixte dans l'Atlantique Nord-Ouest : application aux pêcheries intérieures et internationales
56 000 Délimitation du stock de narvals (Monodon monceros) de la baie de Baffin et des zones adjacentes au moyen de nouveaux marqueurs génétiques développés grâce à des techniques génomiques
75 900 valuation de l'ampleur de la dispersion géographique et de la connectivité chez les espèces de crabes verts exotiques (Carcinus maenas) et les pétoncles géants commerciaux (Placopecten magellanicus) dans les eaux canadiennes au moyen des techniques RAD -seq et du génotypage à haut débit des SNP
121 800 Soutien bio-informatique nécessaire au développement d'une « puce adaptée » (« FIT-CHIP ») aux applications industrielles et autres applications de gestion du saumon
77 800 Intégration de données génétiques neutres et adaptatives pour combler les lacunes dans les connaissances sur la structure de la population de sébaste (espèces du genre Sebastes) et les mécanismes sous-jacents au Canada Atlantique : génotypage par séquençage du génome des polymorphismes mononucléotidiques (SNP )
124 200 Étiquetage des saumons quinnats selon le géniteur
86 000 Détection des organismes aquatiques colonisateurs au moyen de techniques environnementales axées sur l'ADN (ADN e)
53 000 Discrimination des populations de capelan dans l'Atlantique Nord Ouest : effets générationnels

Santé Canada

Fonds de l'IRDG ($) Titre du projet
152 000 Application d'un test de la possibilité de servir d'adjuvant afin d'évaluer les effets sur le transcriptome immunitaire des produits chimiques alimentaires pouvant déclencher des mesures réglementaires
51 000 Sécurité des prébiotiques chez les enfants en bas âge
75 000 Profilage du microARN (miARN) du sérum et du lait fondé sur des études toxicologiques des produits chimiques naturels et anthropiques en tant qu'indicateur de résultat d'une analyse comparative comportant des indicateurs de résultats apicaux, à l'intérieur du cadre de référence applicable au dosage
210 000 Liens structure-activité des processus biologiques éclairés pour prédire les pathologies pulmonaires induites par des nanomatériau
192 000 Liens structure-activité des processus biologiques éclairés pour prédire les pathologies pulmonaires induites par des nanomatériau
327 000 a prochaine révolution : détection, par séquençage de nouvelle génération, des mutations de novo chez les descendants afin d'établir les risques liés aux cellules germinales
243 000 Identification des biomarqueurs pour l'uniformisation et l'évaluation du risque des produits de santé fondés sur des cellules souches mésenchymateuses
200 000 Développement de biomarqueurs génomiques pour produire un contexte mécaniste et des données en appui à l'établissement de la pertinence chez les humains des produits chimiques induisant des réponses cellulaires au stress

Conseil national de recherches du Canada

Fonds de l'IRDG ($) Titre du projet
3 552 000 Programme phare d'amélioration du blé (accroissement de la tolérance au Fusarium et à la rouille; sélection assistée par la génomique; stress abiotique; développement de semences)
888 000 Produits biologiques et produits biologiques ultérieurs : développement de technologies de soutien

Ressources naturelles Canada

Fonds de l'IRDG ($) Titre du projet
69 031 Application économique de la R-D en génomique
150 948 Écogénomique de la tordeuse du bourgeon de l'épinette : de la dynamique des populations à la réduction des populations
95 723 HApInomics : génomique intégrative d'Agrilus planipennis et de ses hôtes
195 127 Diagnostic et surveillance des maladies des essences forestières par des méthodes de génomique de nouvelle génération
202 491 Génomique appliquée à la sélection des arbres et à la santé des forêts
48 782 Développement d'outils moléculaires pour détecter dans le bois les champignons et les organismes de type fongique préoccupants sur le plan phytosanitaire
67 742 Sélection génomique de caractéristiques de résistance à la rouille vésiculeuse du pin blanc chez les espèces de pins blancs indigènes du Canada
58 906 Vers des tests moléculaires pour la détection prédictive d'agents pathogènes exotiques : exploration du génome des agents pathogènes fongiques à la recherche d'un marqueur de l'affinité avec l'arbre hôte
75 198 Méthodes novatrices de réhabilitation de terrain dans le secteur des sables bitumineux : amélioration de la phytoremédiation s'appuyant grâce aux interactions entre les microbes dans le sol et les arbres

Agence de la sant é publique du Canada

Fonds de l'IRDG ($) Titre du projet
125 000 Identification des bactéries grâce à la MALD I-TOF MS : établissement d'une base de données nationale MALD I en appui au travail des laboratoires de diagnostic partout au Canada
50 000 Application à l'échelle nationale du typage de l'antigène H par spectrométrie de masse pour E. coli et Salmonella
64 500 Validation internationale des procédures opérationnelles normalisées pour les analyses diagnostiques par spectrométrie de masse des toxines ayant des conséquences graves : les neurotoxines Botulinum
150 000 Outils biologiques pour la génomique prédictive des agents pathogènes d'origine alimentaire prioritaires
25 000 Élimination des lacunes de la surveillance nationale du Clostridium difficile : caractérisation épidémiologique et génomique des infections récurrentes au C. difficile d'origine communautaire
161 000 Sous-typage de la variante à nucléotide simple de Salmonella Enteritidis et de Salmonella heidelberg
75 000 Identification des molécules d'ARN spécifiques à Mycobacterium tuberculosis : approche pour accroître la précision et l'utilité des tests actuellement utilisés pour les infections latentes
80 000 Typage de la séquence de Neisseria gonorrhoeae pour établir sa résistance aux antimicrobiens : nouvelle méthode de typage de la séquence pour analyse de la résistance aux antimicrobiens et suivi de la propagation mondiale de N. gonorrhoeae
190 000 Utilisation de l'analyse de la séquence entière du génome en appui aux éclosions liées aux soins de santé d'Enterobacteriaceae résistantes aux carbapénèmes
100 000 Transfert du test de génosérotypage validé de Salmonella à un laboratoire de référence de l'ASPC et essai pilote de la technologie au Laboratoire national de microbiologie et dans certains laboratoires de santé provinciaux ciblés
190 000 Validation de la métagénomique comme approche expérimentale de bonne foi pour l'identification efficace des agents pathogènes entériques et leur sous typage
60 000 Mise en oeuvre d'une plateforme d'essai du séquençage de la nouvelle génération en appui au programme de surveillance de la résistance aux médicaments de l'Organisation panaméricaine de la santé
90 000 Séquençage du génome complet du virus de la rougeole pour une surveillance moléculaire efficace pendant l'élimination de la rougeole
90 000 Proposition d'une approche de génotypage fondée sur le séquençage du génome complet pour la tuberculose dans les collectivités du Nord canadien
50 000 Mise en oeuvre d'analyses fondées sur le génome pour la surveillance des maladies entériques suivant le concept « Un monde, une santé »
150 000 Infrastructure d'analyse translationnelle pour la découverte des agents pathogènes en émergence

Annexe 2 – Indicateurs quantitatifs de la performance

Contributions scientifiques

Les contributions scientifiques sont les informations et les publications scientifiques produites, acceptées, sous presse ou publiées (y compris sur le Web) en 2014-2015. Il s'agit entre autres de toutes les contributions des membres des équipes, dans la mesure où elles concernent le projet de l'IRDG. Il s'agit aussi des contributions découlant d'une phase antérieure d'un projet, dans la mesure où elles ont été produites au cours de 2014-2015. Les ébauches d'articles et d'autres textes ne sont pas considérées comme des contributions ni les contributions incluses dans le rapport d'années antérieures.

Contributions scientifiques clés faisant preuve de leadership

Nombre de contributions scientifiques clés

AAC ACIA MPO EC SC CNRC RNCan ASPC EEQ SAE Total
Publications dans des revues à comité de lecture 40 4 3 64 12 44 30 13 17 5 232
Publications dans les comptes rendus de conférences à comité de lecture 16 3 0 0 0 0 2 13 9 0 43
Livres (édités, rédigés) et chapitres de livres 5 0 0 3 1 0 0 1 0 0 10
Présentations sollicitées 41 4 6 6 8 3 14 13 15 6 116
Présentations à des conférences internationales 21 2 0 25 6 56 14 13 8 12 157
Postes au comité d'édition de revues nationales et internationales (à l'exclusion des comités de lecture) 0 4 0 2 2 0 4 2 1 0 15
Nouvelles bases de données ou banques de génomique 1 1 0 2 0 0 19 5 0 0 28
Prix, distinctions 1 0 0 2 3 0 0 0 3 2 11
Total 125 18 9 104 32 103 83 60 53 25 612
Autres contributions scientifiques

Nombre d'autres contributions scientifiques

AAC ACIA MPO EC SC CNRC RNCan ASPC EEQ SAE Total
Rapports techniques 0 2 3 3 0 0 5 3 0 0 16
Autres publications (ex. résumés, notes, revues professionnelles, etc.) 1 2 0 5 1 0 1 1 1 0 12
Affiches présentées à des conférences 11 1 1 12 13 78 6 10 18 11 161
Présentations à des conférences nationales 20 0 1 10 5 57 3 5 3 2 106
Apport à des bases de données ou à des banques génomiques 0 8 0 3 2 128 0 0 4 0 145
Total 32 13 5 33 21 263 15 19 26 13 440
Outils et méthodes de recherche

Il s'agit des outils et des méthodes de recherche qui ont été mis au point en 2014-2015, de ceux qui ont été mis au point durant les phases antérieures de l'IRDG s'ils ont été achevés en 20142015, et de ceux mis au point au cours des années antérieures s'ils ont été améliorés depuis la dernière fois qu'ils ont été recensés dans un rapport.

Nombre d'outils et de méthodes de recherche

AAC ACIA MPO EC SC CNRC RNCan ASPC EEQ SAE Total
Outils de recherche 20 9 11 5 11 5 3 6 8 3 81
Méthodes de recherche 2 8 3 5 2 4 1 2 2 0 29
Total 22 17 14 10 13 9 4 8 10 3 110

Adaptation des connaissances et mobilisation

L'adaptation des connaissances et la mobilisation prennent la forme d'une multitude d'activités. Voici quelques exemples : développement de réseaux scientifiques et de produits de communication, engagement des utilisateurs finaux, intégration des politiques de nature scientifique, conseils scientifiques, transferts de protocoles, essais sur le terrain, activités de rayonnement, etc. Ces activités garantissent que la recherche demeure pertinente et qu'elle résout des problèmes précis tout en optimisant la compréhension des besoins des utilisateurs finaux ciblés et la diffusion à leur intention des résultats obtenus par l'IRDG.

Contributions aux réseaux scientifiques

Nombre de contributions aux réseaux scientifiques

AAC ACIA MPO EC SC CNRC RNCan ASPC EEQ SAE Total
Participation à des réunions et à des séminaires, ou aux travaux de groupes consultatifs de l'administration publique s'intéressant à des questions de réglementation ou de politique publique au Canada et à l'échelle internationale 10 5 6 11 16 0 4 19 0 0 71
Participation aux travaux de comités nationaux ou internationaux s'intéressant à la génomique 3 4 4 9 14 1 17 11 0 10 73
Postes détenus dans des comités nationaux ou internationaux d'examen par les pairs des recherches en génomique 10 0 3 3 1 0 6 3 0 0 26
Participation à des conférences nationales 13 1 3 4 2 0 0 3 1 2 29
Participation à des conférences internationales 16 6 1 19 5 5 2 0 1 12 67
Total 52 16 17 46 38 6 29 36 2 24 266
Collaborations

Il s'agit des collaborations entre les ministères et les organismes exprimés par le nombre de personnes collaborant aux projets de recherche en 2014-2015 qui relèvent d'une organisation autre que celle dont relève le scientifique responsable du projet, et qui participent directement à la réalisation dudit projet. L'IRDG est le cadre de nombreuses collaborations de recherche entre les organisations scientifiques gouvernementales, les universités, l'industrie et divers instituts de recherche, et ce, tant au niveau national qu'au niveau international.

Nombre de collaborateurs de recherche

AAC ACIA MPO EC SC CNRC RNCan ASPC EEQ SAE Total
Universités canadiennes 6 5 8 34 10 6 8 4 19 3 104
Universités étrangères 6 1 3 6 4 4 17 4 22 2 69
Autres organisations de recherche internationales 3 1 2 8 1 2 10 8 10 0 45
Autres institutions de recherche canadiennes 0 0 0 2 0 28 2 1 7 0 40
Secteur privé 0 0 6 1 4 10 0 0 3 0 24
Autres ministères 2 17 0 21 5 1 2 21 16 0 85
Autres organisations du secteur public comme des administrations provinciales ou municipales et des organisations non gouvernementales 0 1 3 16 4 3 6 23 0 2 58
Total 17 25 22 88 28 54 45 61 77 7 424
Produits de communication

Nombre de produits de communication

AAC ACIA MPO EC SC CNRC RNCan ASPC EEQ SAE Total
Entrevues accordées aux médias 0 0 0 0 0 3 2 0 0 0 5
Communiqués de presse 0 0 0 0 0 3 1 0 0 0 4
Articles de journaux et de revues 3 0 0 0 0 2 6 1 0 0 12
Présentations dans la collectivité 0 0 0 1 0 3 2 0 0 1 7
Brochures, fiches de renseignements, pages Web 0 0 0 1 0 8 7 4 0 0 20
Total 3 0 0 2 0 19 18 5 0 1 48
Activités de transfert de connaissances et d'engagement des utilisateurs finaux

Nombre d'activités de rayonnement

AAC ACIA MPO EC SC CNRC RNCan ASPC EEQ SAE Total
Consultation des utilisateurs finaux 11 0 0 0 13 0 0 10 0 0 34
Assemblées publiques 4 0 0 9 0 0 0 0 0 13
Conseils scientifiques, y compris à la haute direction 5 0 0 0 9 0 2 26 0 4 46
Ententes de transfert de matériel vers l'extérieur 15 0 0 1 0 0 20 3 0 0 39
Transfert de procédures opérationnelles normalisées 1 1 0 0 1 0 0 8 24 1 36
Divulgations 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1
Brevets actifs, demandes de brevets, brevets délivrés 6 0 0 0 1 1 0 0 0 1 9
Permis délivrés 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Nouvelles ententes de collaboration officielles, nouveaux modes opératoires normalisés 2 0 3 0 1 0 0 14 0 0 20
Ateliers de transfert de connaissances avec des parties intéressées et des utilisateurs 9 4 4 11 7 0 2 6 2 1 46
Demandes de comptes rendus de travaux et de collaborations 26 1 2 5 1 0 1 6 0 1 43
Total 79 6 9 26 33 1 25 74 26 8 287

Chercheurs et techniciens

Il s'agit du nombre de chercheurs et de techniciens, par ministère ou agence, travaillant à des projets financés par l'IRDG en 2014-2015, comprenant sans s'y limiter celles dont les services ont été payés par des fonds de l'IRDG.

Nombre de chercheurs et de techniciens

AAC ACIA MPO EC SC CNRC RNCan ASPC EEQ SAE Total
Chercheurs scientifiques 23 39 16 12 16 44 16 23 22 42 253
Professionnels de la recherche 47 12 10 23 22 16 10 28 4 16 188
Techniciens de recherche 32 20 15 22 12 103 15 14 2 29 264
Chercheurs invités/boursiers postdoctoraux 11 4 1 7 8 25 9 5 7 7 84
Étudiants des deuxième et troisième cycles 14 2 2 10 3 1 5 4 0 12 53
Étudiants de premier cycle 23 5 5 8 17 15 2 10 14 4 103
Agents administratifs 1 0 0 3 0 0 2 2 1 0 9
Total 151 82 46 85 78 204 59 86 50 110 954
Estimation du nombre total d'équivalents temps plein 49 18 13 28 27 64 31 25 46 49 350

Annexe 3 – Principaux résultats obtenus en 2014-2015

Travaux de recherche interministériels suivant des priorités et buts communs sur des questions dépassant le mandat individuel des ministères

Projet sur les espèces envahissantes et justiciables de quarantaine

Protection de la biodiversité et des échanges commerciaux du Canada contre les retombées des changements planétaires, par une augmentation de la capacité de surveillance des espèces exotiques envahissantes et des espèces justiciables de quarantaine

Ministères et organismes participants : AAC, ACIA, EC, MPO, CNRC, RNCan
Coordination scientifique : AAC
Gestion du projet t: ACIA

Le projet sur les espèces envahissantes et justiciables de quarantaine (EEQ) est une collaboration entre 22 chercheurs principaux travaillant dans six ministères ou organismes. Comprenant cinq sous-projets, il est centré sur la protection de la biodiversité et des échanges commerciaux du Canada contre les répercussions du changement mondial par l'amélioration de la capacité de surveiller les espèces étrangères et mises en quarantaine envahissantes. Ces espèces peuvent entraîner des pertes économiques chiffrées en millions de dollars, conduire à des disputes commerciales et à la fermeture de frontières, provoquer des dommages irréversibles à l'environnement et nécessiter une vigilance et des réponses rapides en cas de découvertes de telles espèces au Canada.

Sous-projet 1 : Optimisation et normalisation de l'extraction des acides nucléiques

Les objectifs sont d'optimiser et de normaliser les méthodes d'extraction des acides nucléiques afin de : 1) préserver et archiver des tissus provenant de diverses collections fédérales; et 2) rassembler des échantillons prélevés sur le terrain pour une utilisation en détection directe sensible. Des progrès considérables ont été accomplis durant l'exercice. Des protocoles pour l'extraction de l'ADN de différents échantillons ont été mis au point et sont accessibles pour utilisation sur des spécimens venant de différentes catégories d'organismes. De multiples PON sur l'extraction de l'ADN ont été transférées à des groupes d'utilisateurs et le suivi effectué auprès de ceux-ci démontre une amélioration des résultats. Le manuscrit d'un article sur le développement d'épreuves pour l'extraction d'ADN dans des échantillons bruts d'insectes a été accepté pour publication. Pour résoudre la question de l'amplification des code-barres ciblant l'ADN des chloroplastes de phytoparasites, des travaux ont été lancés afin de développer des marqueurs de rechange qui permettraient de différencier et d'identifier les espèces du genre des phytoparasites. Des amorces amplifiant une zone du gène chloroplastique ont été testées sur des spécimens de plantes herbacées parasites et les résultats sont prometteurs.

Sous-projet 2 : Code-barres des espèces aquatiques envahissantes posant les plus grands risques pour la faune indigène et le commerce du Canada

Les objectifs sont de produire des résultats et des conclusions qui : 1) permettront l'application par le MPO du règlement imminent sur les espèces aquatiques envahissantes qui fera partie de la nouvelle Loi sur les pêches ou la Loi révisée; 2) aideront EC dans ses domaines de première responsabilité : viabilité de l'écosystème; protection du capital national et protection de l'environnement; compréhension des risques cumulatifs. Des progrès considérables ont été réalisés durant l'exercice. L'accent est mis sur la production d'ensembles de données de référence sur des séquences d'ADN qui pourront être utilisés dans le développement d'outils de détection moléculaire précis qui accroîtront la capacité du Canada d'empêcher de nouvelles invasions aquatiques. Quinze espèces ont été confiées à la collection du Musée royal de l'Ontario et des problèmes de préservation des échantillons et de perte de traçabilité entre les codes à barres précédemment soumis et les spécimens-types ont été cernés. La mise sur pied d'une base de données sur les séquences d'ADN afin de permettre la détection des organismes invertébrés aquatiques envahissants directement à partir d'échantillons environnementaux progresse bien et la collection contient plus de 2 900 spécimens qui font actuellement l'objet d'une évaluation en assurance de la qualité. Plus de 2 500 spécimens de nématodes à haut risque ont été envoyés pour extraction de deux gènes et séquençage subséquent. Ils serviront à créer une base de données de référence sur l'ADN qui facilitera l'identification des espèces.

Sous-projet 3 : Code-barres des espèces envahissantes et justiciables de quarantaine des écosystèmes terrestres

L'objectif est de produire des banques de code-barres d'ADN qui fourniront des données d'identification de base permettant la confirmation des identités, en mettant l'accent sur les espèces présentes dans les écosystèmes terrestres du Canada qui sont justiciables de quarantaine et revêtent une importance économique pour le Canada. Voici quelques exemples de réussites importantes : collecte au Canada, aux États-Unis, en Chine et en Turquie de 37 genres et de 29 espèces de nématodes ayant une importance économique en agriculture et en foresterie. Ces espèces ont été identifiées et caractérisées au moyen de méthodes morphologiques et moléculaires; extraction, traitement et utilisation de 742 spécimens de rouilles qui ont servi à créer un code-barres pour un agent pathogène de la rouille de la viorne trilobée; analyse de tous les échantillons d'arbres fruitiers et de vignes afin de détecter les virus connus et l'assemblage des génomes viraux; conception de nouveaux essais d'hybridation pour détecter et typer les espèces de phytoplasmes présentes dans les échantillons de plantes et d'insectes dont le statut était connu; et transfert et utilisation réussie des protocoles d'attribution des code-barres pour certains genres de plantes cibles (figurant sur la liste des espèces de plantes indésirables) par le Laboratoire de botanique de l'ACIA afin de contribuer à l'identification des espèces de plantes.

Sous-projet 4 : Détection directe des espèces envahissantes et justiciables de quarantaine

L'objectif est de répondre aux besoins pratiques réels pour détecter des espèces envahissantes dans des matrices qu'on ne pensait pas utilisables précédemment ou d'améliorer et d'étendre radicalement les méthodes de détection actuelles à l'aide du séquençage de nouvelle génération. Une stratégie a été élaborée pour tester la sensibilité du séquençage de l'ADN aux fins de la détection de scolytes rares (c'est-à-dire un spécimen par échantillon de 2 000 scolytes). Des travaux sont en cours pour déterminer des stratégies afin de détecter les scolytes associés qui englobent les champignons de bleuissement qui comprennent eux-mêmes des agents pathogènes végétaux importants. Un flux de travail bio-informatique a été développé et intégré au flux de travail de Galaxy aux fins d'automatisation et de réutilisation. Des progrès importants ont été accomplis dans le développement de techniques de séquençage de nouvelle génération pour diagnostiquer la présence de phytovirus et dans la comparaison entre le séquençage de nouvelle génération et les méthodes diagnostiques conventionnelles.

Sous-projet 5 : Bio-informatique

L'objectif est de créer une plateforme de cyberinfrastructure pour gérer et analyser les données produites par le projet EEQ. L'équipe a révisé tous les produits à livrer dans le cadre de ce projet et a dressé un ordre de priorités en s'appuyant sur les priorités les plus importantes. Les produits à livrer hautement prioritaires ont été terminés, dont plusieurs produits liés à la gestion des données en métagénomique, la prestation d'un soutien pour la révision de la structure du projet de taxonomie, et la production de rapports et le suivi. À ce jour, toutes les séquences d'ADN disponibles produites par l'IRDG ont été entrées dans la base de données SeqDB d'AAC, ce qui a ajouté 22 nouveaux classeurs à la base, soit 6 218 spécimens et 29 890 séquences d'ADN depuis la dernière période de référence. De la formation en bio-informatique a été offerte à un groupe témoin d'utilisateurs de l'ACIA et une activité de formation donnée conjointement par l'USDA et AAC sur l'analyse des données en métagénomique a connu beaucoup de succès.

Un certain nombre d'outils de recherche en bio-informatique ont été produits à l'intention des groupes s'intéressant à l'attribution des codebarres d'ADN et à l'identification des microbes.

Projet de salubrité des aliments et de l'eau

Accroissement de la salubrité des aliments et de l'eau au Canada grâce à une initiative fédérale intégrée en génomique

Ministères et organismes participants : AAC, ACIA, EC, SC, ASPC et CNRC
Coordination scientifique : SC
Gestion du projet : SC

Le projet Salubrité des aliments et de l'eau (SAE) est une collaboration entre six ministères et organismes. Il vise à développer les outils et l'infrastructure nécessaires pour appliquer des méthodes basées sur la génomique pour l'isolement, la détection, la caractérisation et l'identification des sources de pathogènes. Il est centré sur deux agents pathogènes microbiens prioritaires, soit les espèces Escherichia coli vérotoxinogènes (VTEC) et Salmonella Enteritidis (SE). Il comprend l'élaboration d'un système fédéral intégré de gestion et de stockage des données de génomique, ainsi qu'un accès libre aux données et aux méthodes basées sur la génomique pour accroître la discrimination des critères d'évaluation des risques et améliorer l'identification des sources de pathogènes. Les activités sont organisées selon trois thèmes principaux : 1) Isolement et détection; 2) Production de l'information; 3) Bio-informatique.

Sous-projet 1 : Isolement et détection

Le principal objectif consiste à développer des outils fondés sur la génomique afin de permettre l'isolement et la détection dans un large éventail de matrices alimentaires, aquatiques et environnementales de souches de VTEC O157 et de six souches non O157 prioritaires. La détection et l'identification d'agents pathogènes dans les aliments sont largement dépendantes de la capacité à extraire et isoler le contaminant d'aliments et de matrices environnementales hautement complexes. À cette fin, les scientifiques tentent d'isoler ces agents pathogènes sous forme de cellules entières intactes ou par l'extraction de leurs acides nucléiques. Un certain nombre de méthodes d'isolation ont été étudiées : dispositifs de filtration s'appuyant sur l'exclusion en fonction de la taille ou par la capture des membranes chargées positivement; marquage métabolique; anticorps monoclonaux; dispositif microfluidique pour isoler les cellules bactériennes entières de la matrice alimentaire; comparaison des méthodes d'extraction d'ADN d'échantillons de sol et d'eau. Des travaux visant à accroître la rapidité et la sensibilité de détection d'agents microbiens d'origine hydrique et alimentaire ciblés ont conduit à la mise au point de nouvelles technologies (essai de réaction en chaîne par la polymérase [PCR] quantitative; séquençage métagénomique de légumes-feuilles; instrument basé sur les réseaux de capteurs évanescents à fil photonique; plateforme microfluidique) qui renforcera de manière considérable la capacité du Canada de faire face aux risques de contamination des aliments. La plateforme microfluidique, qui automatise entièrement toutes les étapes de la procédure d'hybridation de puce à ADN sur tissu pour l'identification d'E. coli O157:H7, a été mise en place dans un laboratoire d'essais de réglementation de première ligne de l'ACIA afin d'évaluer rigoureusement son rendement.

Sous-projet 2 : Production d'information

Les travaux d'analyse de la séquence génomique complète se sont poursuivis afin de compléter les génomes de référence du projet SAE (11 VTEC et 9 SE) de manière à générer des séquences génomiques complètes, curées et annotées de manière uniforme pour utilisation future. Les données des génomes séquencés de 374 souches VTEC non-O157 ont été ajoutées à la base de données du projet SAE pour analyse, ce qui porte le total à ce jour à 586 souches (y compris les contributions en nature du génome de VTEC). Le nombre total de souches de Salmonella séquencées dans le cadre du projet SAE est dorénavant de 80. Les activités de surveillance de l'environnement et des aliments pour y détecter la présence de VTEC et de Salmonella Enteritidis permettent également à l'échelle nationale une meilleure sensibilisation aux types, à la prévalence et aux sources des agents pathogènes, ainsi qu'aux facteurs qui contribuent à leur présence et à leur persistance. De nouveaux outils génomiques sont sur le point d'être validés pour l'identification et le traçage des sources microbiennes. Des analyses en cours servent à évaluer et à modéliser le risque de VTEC. Des analyses génomiques comparatives devraient permettre de définir les marqueurs génétiques uniques et les caractéristiques protéiniques qui sont pertinentes pour la détection des agents pathogènes, de déterminer les sources potentielles de contamination et de faciliter la sélection des meilleures méthodes pour identifier les VTEC dans différents types d'échantillons. Les activités continues de surveillance environnementale et alimentaire donnent un aperçu pancanadien de la situation des agents pathogènes VTEC et SE (où ils sont, à quel moment et pourquoi), ce qui représente l'échantillonnage le plus complet de génomes de VTEC non-O157 à ce jour sur le territoire canadien.

Sous-projet 3 : Bio-informatique

Les produits livrables sont centrés sur : 1) la conception et le développement d'une plateforme informatique pour le stockage, la gestion, l'analyse de données et de métadonnées sur des génomes microbiens ainsi que sur la production de rapports sur ces données; 2) des ateliers de formation en bio-informatique portant sur l'épidémiologie génomique. Plusieurs étapes importantes ont été franchies dans l'élaboration d'une plateforme d'analyse rapide intégrée des maladies infectieuses (projet IRIDA : Integrated Rapid Infectious Disease Analysis). Un système pour stocker, gérer et mettre en commun les données du séquençage de génomes entiers a été élaboré et fait maintenant l'objet d'un essai par les utilisateurs finaux. Les chercheurs principaux et les chercheurs en formation du projet SAE continuent de faire la promotion du projet IRIDA à l'échelle internationale et d'autres membres du projet participent actuellement à certaines initiatives communautaires à l'échelle mondiale comme le Global Microbial Identifier, le comité consultatif canadien pour la Global Alliance for Genomics and Health, la Global Coalition for Regulatory Science Research, le Global Health Security Action Group et l'Autorité européenne de sécurité des aliments. Des membres du projet SAE ont exercé un leadership certain dans le cadre de leur présence à des réunions internationales cruciales sur les recherches relatives aux éclosions de maladies infectieuses fondées sur la séquence génomique complète, y compris le Sommet mondial sur la science de la réglementation tenu à Montréal en août 2014; la réunion du Global Microbial Identifier tenue à York, au Royaume-Uni, en septembre 2014 et à Beijing en mai 2015; la réunion internationale sur la génomique microbienne tenue à Lake Arrowhead en Californie; et le 31e congrès chilien sur les maladies infectieuses. Les nouveautés ajoutées à la plateforme du SAE et les outils de visualisation créés ont été accueillis avec enthousiasme et de nouveaux contacts ont été pris avec des chercheurs qui souhaitent recourir au projet IRIDA, tant au Canada qu'à l'étranger. Le projet a suscité de l'intérêt et une volonté d'y contribuer partout dans le monde. Des ateliers sur la génomique microbienne et la bioinformatique été organisés dans le cadre desquels plus de 100 personnes ont reçu une formation sur l'application du séquençage complet du génome à l'analyse de la génomique microbienne moderne. Les documents de formation sont en voie d'être adaptés pour favoriser l'apprentissage autonome en ligne. On procurera ainsi aux travailleurs de la santé publique la capacité d'analyser des données de séquençage du génome complet à des fins de suivi des maladies infectieuses, d'interventions après les éclosions, de pathogénomique et de dynamique des populations.

Avancées intéressantes sur le plan commercial dans les domaines de la R-D en génomique ayant trait à la santé humaine

Les cellules ovariennes de hamster (CHO) sont le principal système d'expression utilisé par l'industrie des produits biologiques. De nombreuses améliorations exclusives ont été apportées à la plateforme de production de CHO du CNRC. Elles facilitent l'expression et la purification des produits biologiques. Avec l'aide de l'IRDG, les chercheurs du CNRC continuent d'améliorer cette plateforme cruciale, s'appuyant sur des technologies de génomique et de métabolomique pour optimiser son rendement. Ce système de production de CHO a déjà permis le développement d'une nouvelle génération de produits biothérapeutiques par certaines sociétés privées canadiennes dont Formation Biologics, Zymeworks et Alethia Biotherapeutics. Le CNRC s'efforce de transférer cette plateforme à des fabricants canadiens de produits biologiques afin de favoriser l'essor au Canada du secteur de la biofabrication, créer des emplois et augmenter le retour qu'obtiendra le Canada sur ses investissements dans l'innovation.

Outre ces applications industrielles, la plateforme présente également des avantages dans le domaine de la santé publique. Des scientifiques canadiens ont en effet développé grâce à elle des anticorps très prometteurs dans le traitement de la maladie à virus Ebola. Deux des trois anticorps trouvés dans le traitement expérimental ZMapp ont en effet été initialement développés par l'ASPC. Cette dernière a demandé l'aide du CNRC pour accroître sa capacité de production d'anticorps contre Ebola. Les compétences du CNRC dans le développement de lignées cellulaires CHO et dans les bioprocédés connexes ont permis la production d'anticorps de qualité « recherche » pour l'ASPC.

En février 2015, Alethia Biotherapeutics a présenté à Santé Canada une demande d'essais cliniques de phase I (première phase chez les humains) d'un anticorps monoclonal entièrement humanisé de lutte contre le cancer. Cet anticorps, le AB-16B5, a été développé conjointement par le CNRC avec l'aide de l'IRDG et a été cédé sous licence à Alethia. Le AB-16B5 cible la clustérine sécrétée pour inhiber la transition des cellules épithéliales en cellules mésenchymateuses, une transition fondamentale dans le développement de métastases cancéreuses et dans la progression de la maladie.

Formation Biologics (anciennement AvidBiologics) continue de faire progresser la validation préclinique de son principal candidat, AVID100, un conjugué de médicamentanticorps capable de s'attaquer aux tumeurs solides. Ce conjugué anticorpsmédicament est actuellement développé en collaboration avec le CNRC et une mise à l'échelle est prévue en prévision de sa biofabrication grâce à la plateforme de production de CHO du CNRC. Prometteurs, les résultats ont permis à l'entreprise de lancer une deuxième ronde de financement réussie et de se préparer au dépôt d'une demande d'essais cliniques en 2016.

Utilisation des connaissances en génomique dans le système canadien de réglementation dans le domaine de la santé

Méthode génomique d'évaluation des effets des produits chimiques alimentaires sur le développement des allergies

L'incidence des allergies alimentaires au Canada augmente sans qu'on sache pourquoi. Dans ce projet, des chercheurs de SC s'efforcent de développer des outils fondés sur la génomique pour évaluer le potentiel de développement ou d'aggravation des allergies des produits chimiques susceptibles de contribuer à une augmentation de la prévalence des maladies causées par les allergies au Canada. Des souris susceptibles de développer des allergies ont été nourries avec des aliments contenant des contaminants chimiques et des additifs afin de vérifier si ces contaminants avaient entraîné des mutations dans leurs gènes et dans les protéines en cause dans la suppression du système immunitaire pendant le développement des allergies. Des méthodes d'analyse de combinaisons complexes de protéines ont été développées et validées, et sont actuellement appliquées à l'analyse des additifs alimentaires afin d'établir le rôle qu'ils jouent dans les allergies. Dans l'ensemble, ce projet a généré des données intéressantes pour les toxicologues et les organismes de réglementation dans le cadre du Plan de gestion des produits chimiques du gouvernement du Canada. Ce programme est partie prenante à l'évaluation des nouveaux contaminants et des additifs chimiques alimentaires, y compris les colorants et les nanomatériaux.

Sécurité des prébiotiques chez les enfants en bas âge

Le lait maternel contient un large éventail d'hydrates de carbone qui ne sont pas digérés par l'intestin grêle, mais qui transitent directement vers le gros intestin où ils nourrissent la communauté bactérienne intestinale du nouveau-né. Certains laits maternisés contiennent des oligomères et des polymères d'hydrates de carbone fermentables afin de reproduire cette fonction. Au Canada, trois types d'hydrates de carbone fermentables sont ajoutés au lait maternisé. Parmi ceux-ci, mentionnons les fructooligosaccharides, qui ont été associés à l'augmentation des cas d'inflammation des intestins chez les enfants en bas âge. Dans le cadre de ce projet, les chercheurs de SC évaluent l'effet des fructooligosaccharides sur les communautés bactériennes intestinales des enfants en bas âge pendant le sevrage et chez les rats, à plus long terme, afin de développer des méthodes fondées sur la génomique pour évaluer la composition des communautés bactériennes associées à l'ingestion de matières fermentables présentes dans les laits maternisés. Des travaux préliminaires visant à optimiser les méthodes de séquençage de la nouvelle génération ont été effectués et des méthodes d'évaluation de l'intégrité intestinale ont été étudiées.

Identification et caractérisation du microARN dans le sérum et le lait pour mesurer les effets sur la santé des toxines fongiques et des contaminants chimiques dans les aliments

Le microARN (miARN) est important dans la régulation de l'expression des gènes et la transformation en produits protéiniques et par conséquent, aux réactions du génome. Dans le cadre de ce projet, des chercheurs de SC se sont efforcés d'identifier et de caractériser le miARN dont la présence dans le sérum et le lait est associée à l'exposition alimentaire à des toxines fongiques et des contaminants chimiques actuellement détectés dans les aliments. La première année, les chercheurs de SC ont procédé à l'isolement du miARN extrait du sérum, à son analyse et à l'établissement de son profil. Ces travaux permettront la production de données toxicologiques réglementaires importantes qui éclaireront le processus d'évaluation des risques, accroîtront notre capacité de détecter la présence de toxines fongiques et de contaminants chimiques dans les aliments consommés par les Canadiens, et d'y réagir.

Méthode génomique pour prédire les pathologies pulmonaires induites par des nanomatériaux

Les nanomatériaux peuvent avoir des effets néfastes chez les animaux. Dans le cadre de la première étude du genre dans le domaine de la nanotoxicologie, des outils toxicogénomiques et computationnels ont été utilisés pour analyser les effets de différentes catégories de nanomatériaux sur les cellules et tissus pulmonaires dans le but de mettre au point des méthodes pour établir la toxicité éventuelle des nouveaux nanomatériaux. En 2014-2015, des chercheurs de SC ont exposé des souris à six catégories différentes de nanomatériaux et analysé les propriétés physicochimiques de ces nanomatériaux. Une étude approfondie de la littérature a été effectuée afin de bien comprendre les études toxicogénomiques portant sur les poumons et les maladies pulmonaires. En s'appuyant sur ces résultats, une voie d'aboutissement de résultats indésirables détaillant les voies de toxicité de la fibrose pulmonaire induite par les nanomatériaux a été développée et présentée à l'OCDE afin d'appuyer les activités d'évaluation du risque.

Méthode génomique appliquée à la compréhension du vaccin contre le virus respiratoire syncytial

Le virus respiratoire syncytial est courant et très contagieux. Il infecte les voies respiratoires des nourrissons et des jeunes enfants et il est la cause la plus fréquente de bronchite. À ce jour, il n'existe aucun vaccin capable de prévenir les maladies causées par ce virus en raison d'une absence de compréhension de la maladie et des éléments critiques pour l'évaluation de l'efficacité et des réactions d'un éventuel vaccin et des effets secondaires qui y seraient associés. Ce projet vise à mieux comprendre la toxicité du vaccin et à établir des outils de réglementation pour en évaluer la salubrité. Un modèle d'étude animale a été établi pour étudier la toxicité du vaccin. Des méthodologies ont aussi été développées pour analyser les biomarqueurs qui pourraient être pertinents en ce qui concerne la toxicité du vaccin.

Détection fondée sur le séquençage de la nouvelle génération des mutations de novo dans les descendants afin d'établir les risques liés aux cellules germinales

Les mutations de novo sont associées à tout un éventail de phénotypes génétiques et sont de plus en plus reconnues comme contribuant à un large éventail de maladies humaines. Selon les preuves accumulées, de nombreux agents environnementaux endommagent l'ADN, ce qui augmente le risque de mutations héritées et de maladies génétiques chez les descendants. Dans une étude inédite, des chercheurs de SC utilisent des technologies fondées sur la génomique pour analyser chez les animaux et les humains les mutations héréditaires induites par des produits chimiques. Des technologies avancées fondées sur la génomique ont été utilisées pour mesurer les changements à grande échelle au génome et d'origine héréditaire chez la progéniture de souris exposée à un polluant environnemental courant, le benzopyrène. Un pipeline expérimental et analytique a été développé pour appliquer les méthodes de séquençage à haut débit afin d'identifier les mutations d'un gène précis dans le sperme des souris afin de permettre la comparaison avec le sperme de la progéniture et l'évaluation du caractère héréditaire d'éventuelles mutations. Selon des résultats préliminaires, le benzopyrène déclenche des mutations du même type dans le sperme des mâles exposés, mutations qui diffèrent de celles observées dans la moelle osseuse des mêmes animaux.

Méthode génomique pour l'analyse de la normalisation et de l'évaluation du risque des produits de santé fondés sur des cellules souches

Les cellules souches recèlent un potentiel important de traitement de maladies actuellement incurables. Toutefois, l'utilisation des cellules souches n'est pas sans risque. Dans ce projet, les chercheurs de SC développent des outils diagnostiques qui permettraient une évaluation exhaustive des risques et des avantages associés à l'utilisation thérapeutique de cellules souches mésenchymateuses humaines, une catégorie de cellules souches présentes chez les sujets adultes. Un contrat a été conclu avec un scientifique de réputation mondiale dans le domaine des cellules souches cancéreuses. Cette embauche permettra d'atteindre tous les objectifs de la recherche et une lettre d'entente a été conclue pour le transfert des matériaux à être analysés par spectromètre de masse. Cette lettre d'entente a déjà conduit à des recherches préliminaires dont les résultats seront présentés à l'American Society for Mass Spectrometry lors de sa réunion de juin 2015. De plus, l'équipe a généré une liste de biomarqueurs potentiels afin d'identifier les cellules souches mésenchymateuses qui sont à la fois sûres et efficaces dans le traitement des désordres du système immunitaire. Ces biomarqueurs font actuellement l'objet de travaux de validation afin de déterminer leur capacité de discriminer les cellules souches adultes humaines capables de supprimer les réponses immunitaires excessives. La validation réussie de ces biomarqueurs constituera la base du développement de tests diagnostiques pour l'évaluation de produits de santé fondés sur les cellules souches.

Développement de méthodes toxicogénomiques pratiques pour la détection des dangers et l'évaluation des risques associés aux produits chimiques dans l'environnement

Les tests toxicologiques conventionnels utilisés pour évaluer les effets sur la santé des produits chimiques exigent beaucoup de temps et sont coûteux. Dans ce projet, les chercheurs de SC développent et valident des méthodes plus rapides d'évaluation des risques fondées sur la génomique et offrant un meilleur ratio coût-efficacité afin de prédire si un produit chimique est susceptible d'endommager l'ADN ou d'avoir d'autres effets génétiques néfastes. Au cours de la première année, deux articles ont été publiés exposant en détail le développement de ces méthodes et des exercices de validation menés par plusieurs laboratoires différents ont confirmé la reproductibilité des résultats indifféremment aux lieux et aux lignées cellulaires. Ces deux articles ont été à la base de l'utilisation pour la première fois de données toxicogénomiques dans l'évaluation par SC d'un contaminant chimique présent dans l'eau potable. De plus, cette méthode est actuellement en voie d'être intégrée au programme ToxCast de l'Environmental Protection Agency des États-Unis et sera utilisée aux fins du système de classification de la génotoxicité à haut débit. De plus, les données générées par ces recherches ont été intégrées à des documents de formation de l'OCDE et un cours a été donné aux groupes de réglementation de SC participant aux évaluations des risques pour la santé humaine.

Connaissances en génomique à l'appui des programmes et des activités de santé publique se rapportant à des maladies infectieuses ou chroniques

Maladies entériques : Développement d'une technologie fondée sur la génomique dans un réseau de laboratoires

La salubrité des aliments est une priorité nationale. Les recherches menées par l'ASPC répondent au besoin crucial d'innovations scientifiques et techniques de soustypage afin d'améliorer la gestion des produits contaminés par une attribution précise et opportune des sources. La validation internationale des procédures opérationnelles normalisées et une infrastructure analytique ouverte constituent le véhicule nécessaire pour soutenir la surveillance et les réactions transfrontalières.

Les méthodes moléculaires novatrices (par exemple, les SNP, la métagénomique) développées au cours des cycles de financement précédents de l'IRDG sont actuellement en phase de validation et d'intégration aux programmes provinciaux et nationaux (par exemple, les services de référence nationaux en microbiologie, l'Organisation mondiale de la santé animale et l'Organisation internationale de normalisation [ISO]). Ce travail est en cours pour la salmonellose, une maladie d'origine alimentaire très courante. Deux projets portent sur les sérotypes Enteritidis et Heidelberg de la Salmonella plus particulièrement (avec un groupe de 12 variantes de mononucléotides et une épreuve de génosérotypage de Salmonella développées pendant la phase V). La validation et la certification de ces méthodes novatrices permettront aux laboratoires de référence provinciaux et internationaux d'adopter la technologie. La validation à l'échelle nationale d'un nouvel antigène E. coli H grâce à la désorption-ionisation par impact laser assistée par matrice couplée à la spectrométrie de masse en temps de vol (MALDITOFMS) procure à la plupart des laboratoires de microbiologie clinique crée une plateforme plus simple pour s'attaquer à ce sous-type sous-déclaré.

Pour accroître notre capacité de sous-typer ces multiples pathogènes dans un seul isolat sans avoir à mettre en place de très coûteuses conditions exigeant par ailleurs beaucoup de maind'oeuvre, un projet de séquençage métagénomique nouveau est en développement. Les programmes de surveillance appliqués par FoodNet Canada et par le Programme intégré canadien de surveillance de la résistance aux antimicrobiens assurent une surveillance sur les agents pathogènes entériques et sur l'utilisation des antibiotiques dans la chaîne alimentaire ainsi que sur la résistance aux antibiotiques. Ces programmes complémentaires couvrent différents points du continuum de la « ferme à la table » en exerçant une surveillance sur les exploitations agricoles, les eaux de surface, la production alimentaire et les laboratoires de santé publique. Des méthodes d'épidémiologie génomique appliquées à la salubrité des aliments sont en cours de développement afin de définir les facteurs de risque et la dynamique d'E. coli, de Salmonella et de Campylobacter grâce à des activités d'échantillonnage menées dans le cadre des programmes de surveillance.

Détection et épidémiologie génomique des agents pathogènes prioritaires

Pour combler efficacement le besoin stratégique d'identifier rapidement les agents pathogènes prioritaires, l'ASPC a entrepris de développer, de valider et d'appliquer des technologies modernes (par exemple, la génomique et la spectroscopie de masse) en s'appuyant sur l'informatique scientifique de pointe. Ces travaux fournissent les preuves et les méthodologies scientifiques nécessaires à la modernisation des capacités du Canada et à l'innovation en santé publique. Les pathogènes prioritaires sélectionnés et les lacunes dans leur diagnostic et leur épidémiologie génomique sont les suivants :

  • Rougeole : Le virus de la rougeole a été éradiqué en Amérique, mais des éclosions endémiques limitées surviennent encore ailleurs dans le monde. Le marqueur de génotypage actuellement utilisé pour indiquer l'absence au Canada du virus de la rougeole a perdu de son efficacité pour exercer un suivi sur des isolats qui se ressemblent de plus en plus. Pour appuyer les interventions en santé publique fondées sur l'attribution des sources des éclosions en émergence, une nouvelle méthode de suivi est en cours de développement. Les isolats nationaux et internationaux seront séquencés et grâce à une analyse du génome complet, un génotype d'utilisation courante sera développé pour faciliter la surveillance du virus de la rougeole au moment où nous nous approchons de son élimination mondiale.
  • Diagnostic par spectrométrie de masse : En collaboration avec des collègues étrangers des États-Unis et d'Union européenne, une base de données de désorption-ionisation par impact laser assistée par matrice couplée à la spectrométrie de masse en temps de vol (MALD ITOFMS ) a été créée pour appuyer le travail des laboratoires de diagnostic partout au Canada. L'identification par spectrométrie de masse des bactéries facilitera beaucoup l'identification des agents pathogènes peu courants et des bactéries rares par les laboratoires canadiens de santé publique et les hôpitaux et facilitera l'identification rapide et précise des organismes à l'échelle locale. Les cliniciens pourront ainsi mieux cibler leurs interventions, d'où une diminution des coûts. Une nouvelle PON commune sur l'analyse des neurotoxines de Botulinum est en cours de développement en collaboration avec les Centers for Disease Control et la Direction des enquêtes relatives à la sécurité nationale de la Gendarmerie royale du Canada. La validation, de part et d'autre de la frontière, de cette technologie de pointe rapide offrant un bon ratio coût-efficacité favorisera la sécurité en santé publique et les analyses médico-légales dans les pays participants.
  • Bio-informatique : La capacité d'intervention du Canada en santé publique a été encore accrue grâce au développement de plateformes de bio-informatique dans tous les programmes de recherche. Ces plateformes améliorent la qualité des interprétations et des données en métagénomique et en métaprotéomique. Grâce à des outils de gestion de données et d'analyse, on traite ainsi efficacement d'énormes ensembles de données de comparaison, ce qui permet d'identifier rapidement les agents pathogènes présents dans des échantillons cliniques variés.
Résistance antimicrobienne : Soutien à la réponse des collectivités, des hôpitaux et des milieux internationaux

La résistance antimicrobienne nous fait perdre peu à peu notre capacité de gérer les maladies infectieuses chez les humains et les animaux. Ce problème complexe exige des instances locales, nationales et internationales qu'elles collaborent efficacement dans la création de protocoles uniformisés de surveillance de la résistance antimicrobienne. L'ASPC s'est engagée à mettre à contribution ses compétences de renommée mondiale pour ralentir la propagation de la résistance antimicrobienne et réduire ainsi les risques pour la santé publique. Par ailleurs, les travaux de recherche entrepris ainsi que les technologies et les méthodologies développées influent sur le recours aux antibiotiques et aux procédures de contrôle des infections. Collectivement, toutes ces mesures contribuent à une diminution du nombre d'organismes résistant aux antibiotiques et de maladies qui en découlent. La recherche sur la résistance antimicrobienne est devenue prioritaire et vise les agents pathogènes qui menacent le plus gravement l'infrastructure de santé publique mondiale. En voici quelques-uns :

  • Résistance aux médicaments du virus de l'immunodéficience humaine (VIH) : En collaboration avec l'Organisation panaméricaine de la santé, des chercheurs de l'ASPC ont développé une technologie de nouvelle génération fondée sur le séquençage de l'ADN pour mesurer la résistance aux médicaments du VIH. Cette technologie offre une capacité supérieure de détection et de traitement de flux de données à haut débit, et elle est moins coûteuse que les méthodes conventionnelles. Trois laboratoires de référence nationaux et régionaux sur le VIH situés au Brésil, au Mexique et à Porto Rico ont été mobilisés, et une série d'activités de transfert de technologies vers les laboratoires participants permettront de mettre en place une surveillance indépendante, responsable et peu coûteuse de la résistance aux médicaments du VIH ainsi qu'un suivi clinique.
  • Clostridium difficile : Des recherches sont en cours pour réduire le plus possible le fardeau qu'impose C. difficile aux hôpitaux canadiens grâce à une meilleure compréhension des voies de transmission et des cas récurrents en milieu hospitalier. Comme les lignes directrices pour la prévention et le contrôle des infections se sont toujours concentrées surtout sur les patients symptomatiques déjà admis, les nouveaux renseignements acquis ont porté davantage sur le problème en émergence des infections au sein de la collectivité et des infections récurrentes. Des études des facteurs de risque d'infection récurrente sont en cours de développement afin de créer des outils cliniques de prédiction qui permettront d'identifier les patients chez qui le risque d'infection récurrente est le plus élevé, et ainsi de cibler plus précisément les interventions préventives chez les patients souffrant d'une infection à C. difficile.
  • Résistance aux carbapénèmes : La résistance aux carbapénèmes a émergé dans les cas d'infection à Enterobacteriacae et provoque maintenant d'importantes éclosions dans plusieurs hôpitaux canadiens. En collaboration avec les autorités provinciales et hospitalières, un protocole de séquençage du génome complet uniformisé est en cours de développement. Des variations mononucléotidiques entre les isolats et le lien entre ces variations et les modes de transmission ont été décrits. Ces découvertes étayeront les stratégies consistant à appliquer une méthode de séquençage du génome entier pour la gestion sur place des éclosions et à informer le Programme canadien de surveillance des infections nosocomiales.
  • Neisseria gonorrhoeae : Un nouveau mode de typage est en cours de développement pour resserrer la surveillance internationale de la résistance aux antibiotiques de N. gonorrhoeae. Les mécanismes génétiques de résistance connus sont en voie d'être caractérisés afin de produire une nomenclature uniformisée à l'échelle internationale, uniforme et constante pour N. gonorrhoeae. Lorsqu'il sera prêt, cet outil sera mis en ligne à la disposition de tous les scientifiques, ce qui permettra d'effectuer un suivi et de cibler les interventions.
  • Mycobacterium tuberculosis : Le séquençage du génome entier de M. tuberculosis est en développement et permettra la conduite de recherches sur les éclosions d'isolats fortement homologues constatées dans le nord du Manitoba et au Nunavut. Ces recherches visent à décrire l'évolution de la résistance aux antibiotiques dans des souches sensibles, à identifier de nouvelles mutations résistantes non détectées par les méthodes conventionnelles et à développer une infrastructure pour la mise en oeuvre du séquençage du génome entier et le génotypage courant. De plus, la capacité de détection et de traitement des infections latentes sera développée en complément aux tests actuels qui identifient les personnes qui ont été exposées à M. tuberculosis, sans qu'elles soient nécessairement infectées. La distribution des marqueurs biologiques donnera une indication assez précise et fiable des infections actives au M. tuberculosis, d'où une optimisation des décisions cliniques qui réduira le nombre de traitements inutiles et les dépenses inutiles engagées par les systèmes de santé publique et de soins de santé.

Utilisation de la génomique pour accroître considérablement la contribution du Canada à la production mondiale de blé

Le programme phare Amélioration du blé canadien, financé en partie par l'IRDG, représente la contribution du CNRC à l'alliance de recherche de grande envergure créée pour améliorer le rendement, la durabilité et la rentabilité de la culture du blé au Canada pour le plus grand avantage des cultivateurs canadiens et de l'économie nationale. L'Alliance canadienne du blé profite de contributions importantes du CNRC, d'AAC, de l'Université de la Saskatchewan et du gouvernement de la Saskatchewan.

Ce programme a permis d'établir une solide expertise en génomique et de doter le Canada du savoir-faire requis sur les aspects développementaux pertinents en matière de rendement et de rentabilité du blé. Voici les principaux progrès scientifiques réalisés :

  1. Sélection assistée par la génomique : La séquence du génome du blé a été considérablement améliorée grâce à la technologie des bases appariées (« mate pair »), et en collaboration avec le Consortium international de séquençage du génome du blé, une version perfectionnée de cette ressource sera bientôt disponible. Une plateforme de génotypage des SNP pour la sélection assistée par des marqueurs a été développée au moyen de la technologie de Fluidigm. Une nouvelle méthode a été développée pour le génotypage des microspores de blé simples.
  2. Accroissement de la résistance au Fusarium et à la rouille : L'analyse génomique d'isolats de rouilles démontre que les rouilles évoluent rapidement et que de nouvelles formes de résistance doivent être identifiées pour le blé. L'empilage d'allèles de résistance de blé R provenant de plantes adultes a permis d'obtenir une très forte résistance à la rouille. Quatre nouveaux locus à caractère quantitatif d'expression qui influent sur la résistance à la brûlure de l'épi causée par le Fusarium ont été identifiés sur les chromosomes 1A, 3D, 2B et 4B du blé.
  3. Productivité accrue du blé dans des conditions de stress abiotique : Les gènes responsables des dépôts de cire cuticulaire sur le blé ont été identifiés et sont actuellement évalués pour utilisation comme marqueurs de résistance à la sécheresse à des fins de sélection. Un marqueur d'acide gras pour une tolérance améliorée au gel LT 50 dans le blé a été identifié et pourrait permettre de prédire les taux de destruction dans les souches de blé hivernales. Diverses souches de blé hivernales sont actuellement testées sur le terrain et génotypées afin de déterminer le niveau de corrélation entre le métabolite et la tolérance au froid. La base de données Application et bibliothèque de connaissances sur le stress abiotique chez les végétaux (PAS KAL) et des outils de bio-informatique (connaissances, données séquentielles, modélisation mathématique) ont été développés pour analyser les effets du stress abiotique sur le blé et les espèces de plantes apparentées.
  4. Ciblage des voies de développement pour améliorer la performance et le rendement des cultures de blé : La transcriptomique axée sur les séquences d'ARN a permis d'identifier de 65 % à 70 % des gènes contribuant au développement des semences de blé. Concurremment à une analyse des SNP , ces gènes ont été par ailleurs respectivement cartographiés en fonction de leurs génomes AA , BB ou DD pour les espèces diploïdes, tétraploïdes et hexaploïdes. Le gène cible de la rapamycine – gène clé dans l'efficience de la photosynthèse et des voies complexes de développement des semences et de rendement du blé – a été cloné à la fois à partir de plants de blé et de plants du genre Brachypodium.

Utilisation de la génomique pour rehausser la valeur des cultures et des produits agricoles canadiens

La recherche en génomique joue un rôle clé dans le maintien de la rentabilité du secteur canadien de l'agriculture et de l'agroalimentaire. Au cours de la première année de la phase VI de l'IRDG, AAC a lancé 21 projets. Voici quelques faits marquants survenus dans le cadre de ces projets :

Les variations dans les populations de plantes sont très importantes pour les sélectionneurs de plants. L'amélioration des plantes alimentaires cultivées vise à obtenir un rendement élevé, une qualité et une quantité supérieures, une meilleure capacité d'adaptation aux conditions climatiques et aux conditions du sol, et une tolérance ou résistance accrue aux organismes nuisibles et aux maladies. La culture de plantes domestiquées ne représente qu'une fraction des variations génétiques présentes dans le germoplasme sauvage original. Dans de nombreux cas, l'introgression sélective de gènes sauvages a conduit à un rehaussement de la qualité sur le plan agronomique. Les sélectionneurs reconnaissent l'utilité de la diversité génétique des plantes sauvages apparentées aux plantes cultivées, qui est un outil essentiel pour surmonter les difficultés actuelles et futures de la production alimentaire.

AAC a identifié un ensemble de base de 95 obtentions d'avoine sauvage et cultivée à faire pousser et à caractériser afin de déterminer leur potentiel de contribution à de nouvelles caractéristiques génétiques qui pourraient être intégrées à l'avoine cultivée. Le matériel génétique vient de Ressources phytogéniques du Canada (RPC), une organisation située à Saskatoon. Une nouvelle méthode de séquençage direct du génome est appliquée pour caractériser ces obtentions et une nouvelle base de données sur le génotypage est générée et liée aux obtentions d'avoine. La transférabilité des caractéristiques utiles présentes dans le germoplasme de l'avoine sauvage vers les variétés d'avoine cultivées est évaluée et le cas échéant, sera utilisée dans la présélection des futures obtentions d'avoine. On espère ainsi accroître l'utilisation de germoplasmes d'avoine exotique préservés par RPC et de fournir des outils génomiques ainsi que de nouvelles données phénotypiques qui favoriseront une meilleure utilisation de la diversité génétique existante dans les avoines cultivées en intégrant de nouvelles caractéristiques génétiques provenant du germoplasme sauvage afin de répondre aux besoins futurs de la culture de l'avoine. À ce jour, la caractérisation phénotypique est presque terminée et des échantillons d'ADN ont été préparés.

Dans le cadre de l'IRDG, des chercheurs d'AAC s'efforcent d'identifier de nouveaux gènes résistants à des maladies précises, de comprendre la génétique et la biologie de la résistance aux maladies et de leur virulence, et de déployer ces gènes résistants dans des cultivars ou des hybrides. L'agent pathogène Fusarium graminearum, qui cause la brûlure des épis d'orge et de blé et la pourriture de l'épi de maïs, figure parmi ceux qui ont causé le plus de dommages aux cultures canadiennes ces 30 dernières années à cause de ses retombées néfastes sur la santé et la sécurité des consommateurs (grains contaminés par des mycotoxines), sur la santé animale et sur les recettes agricoles, qui nuisent à la salubrité alimentaire au Canada et à la compétitivité de son industrie agricole. Même si les traitements aux fongicides et les pratiques agronomiques améliorées contribuent à réduire l'incidence de la brûlure de l'épi de blé et d'orge et de la pourriture de l'épi de maïs les années où le niveau d'infection va de faible à modéré, la mise au point de cultivars résistants au Fusarium est nécessaire pour éviter les pertes dévastatrices au cours des années d'épidémie et pour s'assurer que les niveaux de mycotoxines demeurent sécuritaires dans les aliments destinés à la consommation humaine et animale. Précédemment, les chercheurs en génomique avaient établi la séquence génomique de cet agent pathogène et sondé la base de données sur l'expression génétique du Fusarium pour élucider la nouvelle biosynthèse et la régulation de la toxine. Toutefois, on sait peu de choses sur les mécanismes moléculaires favorisant la résistance. Les nouvelles connaissances générées par ce projet augmenteront de manière considérable notre compréhension de la manière dont le blé et le maïs se défendent eux-mêmes contre le Fusarium, des mécanismes utilisés par le champignon pour provoquer la maladie chez l'hôte et de l'évolution de l'écosystème de l'agent pathogène. La connaissance des interactions entre l'hôte et l'agent pathogène améliorera grandement notre capacité de combiner plusieurs stratégies de résistance naturelle et d'en concevoir de nouvelles pour améliorer le germoplasme des plantes de culture ou bloquer la pathogenèse par l'application de protocoles de gestion des cultures durables. Dès la première année du projet, des progrès substantiels ont été accomplis dans la dissection du mécanisme de résistance découvert dans la végétation herbacée et dans son introgression dans le blé, et dans la création d'un relevé des souches canadiennes diversifiées de F  graminearum. Ce faisant, on a acquis de nouvelles données sur la biosynthèse et sur les mécanismes régulant les mycotoxines, et sur l'effet de la compétition fongique, et l'on a défini d'autres mécanismes de pathogénicité.

Les rouilles, comme les maladies fongiques, menacent l'industrie canadienne du blé. Les rouilles produisent dans une période très courte des quantités prodigieuses de spores qui sont ensuite dispersées par les vents sur d'énormes superficies, provoquant des pertes de rendement de l'ordre de 40 % dans les champs de blé. La rouille jaune du blé (Puccinia striiformis) menace gravement la culture du blé dans l'Ouest canadien à cause de l'émergence depuis 2000 de nouvelles races particulièrement agressives et de plus en plus résistantes aux fongicides appliqués massivement au cours des dernières années. La rapidité à laquelle l'agent pathogène s'adapte aux gènes de résistance uniques pour les vaincre a incité les chercheurs à créer des pyramides de gènes dans de nouveaux cultivars. Pour optimiser cette mise en place des gènes et maintenir leur efficacité, il est essentiel d'étudier et de comprendre comment l'organisme s'adapte si rapidement, ce qui ne peut être fait qu'en étudiant directement la structure du génome ainsi que l'expression et les mutations génétiques. Il existe quelques génomes de référence partiels et par conséquent, la génomique comparative entre de nombreuses races et lignées génétiques recèle un fort potentiel pour répondre à ces questions. Le principal objectif du projet de recherche consiste à obtenir un génome physique et une organisation des gènes de meilleure qualité de la rouille jaune du blé. Ce résultat a été obtenu cette année en obtenant de l'ADN de très bonne qualité et une profondeur de séquençage de 20X issus des données d'élongation obtenues grâce à la technologie de PacBio. On s'intéressera aussi dans le cadre de ce projet au contrôle de l'expression génétique de la rouille jaune et à l'identification des effecteurs des différentes catégories de rouilles.

Les pratiques actuelles de sélection s'appuient sur des croisements entre autogames d'élite pour générer des hybrides qui affichent des rendements plus élevés et plus stables que l'un et l'autre des parents ayant contribué à la création de l'hybride. Ces stratégies ont été largement adoptées pour la plupart des plantes cultivées, mais pour le maïs, les gains issus de la vigueur hybride ont stagné par rapport aux améliorations que démontraient les autogames d'élite. Des contraintes similaires sont prévues pour d'autres plantes cultivées, car il existe un nombre fixe d'allèles bénéfiques dans les autogames concernés. Les scientifiques s'intéressent beaucoup à la découverte des mécanismes génétiques sous-jacents à la vigueur hybride à laquelle ils s'attaquent en développant des outils moléculaires permettant de mieux identifier préalablement les parents autogames optimaux et de maximiser leur capacité de les combiner. En accédant à des génomes entièrement séquencés, plus accessibles grâce à la diminution récente et importante des coûts du séquençage de la nouvelle génération et à des batteries de marqueurs de haute densité, on pourrait en venir à comprendre certaines des limites actuelles dans l'amélioration génétique du canola, à déterminer la combinaison de nouveaux germoplasmes et à identifier les marqueurs moléculaires associés au potentiel hétérotique, autant de facteurs qui peuvent contribuer à l'amélioration du Brassica. Les scientifiques d'AAC proposent de définir les limites actuelles de l'amélioration génétique du canola et ils créent actuellement le savoir et les outils nécessaires au développement d'un germoplasme capable de dépasser ces limites et de générer des variétés offrant un rendement durable et amélioré dans les conditions existantes dans les Prairies canadiennes. L'objectif initial consistant à analyser les régions du génome de B. napus qui ont été sélectionnées pour l'amélioration génétique de la variété printanière du B. napus est atteint. Les résultats de ce projet auront des retombées favorables pour les producteurs canadiens, car ils conduiront au développement d'un germoplasme offrant un rendement accru. On s'attend d'une part à ce que ces connaissances en génomique soient utilisées par des partenaires de l'industrie et d'une autre à ce qu'elles contribuent au succès continu de l'industrie du canola au Canada.

Utilisation des connaissances en génomique pour la régénération et la protection des forêts

Identification des gènes contrôlant les attributs souhaitables dans les espèces d'arbres importantes sur le plan économique

Les travaux de recherche ont continué de se concentrer sur la compréhension de la manière dont on pourrait efficacement créer la forêt de l'avenir, et cela, en utilisant les arbres des forêts actuelles possédant les caractéristiques souhaitées ayant trait à la qualité des fibres et à la durabilité de la forêt : phénologie et croissance; caractéristiques favorisant la qualité du bois; résistance aux facteurs biotiques et abiotiques; et adaptation aux changements environnementaux. Au centre de ce projet se trouve la création de profils génomiques qui contribueront à l'identification et à la sélection des arbres à un âge précoce. Ce projet de recherche est complémentaire à deux projets financés par Génome Canada, SMarTForests et Tests rapides pour l'évaluation et l'amélioration des conifères (Fast- TRAC). Ensemble, ces deux projets permettront le transfert d'outils de génomique aux utilisateurs finaux afin qu'ils les adoptent, ce qui leur procurera un moyen de prédire avec précision les caractéristiques relatives au bois et à la croissance des jeunes arbres.

Connaissances génomiques accrues pour détecter la présence des organismes nuisibles et lutter contre ceux-ci

La recherche sur les produits de lutte antiparasitaire fondée sur la génomique pour des essences d'importance économique met en jeu une recherche d'ingrédients actifs, de sites cibles et de souches nouvelles ou améliorées pour le développement de méthodes de lutte antiparasitaire bénignes pour l'environnement.

La tordeuse des bourgeons de l'épinette est considérée par beaucoup comme une grande menace qui pèse sur nos forêts en raison de la nature périodique de ses éclosions qui peuvent causer des dommages dévastateurs et des pertes économiques très importantes. La modélisation de son expansion et le développement de nouvelles options de lutte pourraient apporter aux gestionnaires des forêts de nouveaux outils pour la gestion de ce parasite. Les administrations provinciales s'appuient sur des systèmes d'aide à la décision pour procurer aux gestionnaires des forêts l'information dont ils ont besoin pour décider de la meilleure manière de procéder dans la gestion des organismes nuisibles. Les chercheurs de RNCan ont créé des ressources génomiques comprenant des marqueurs génétiques qui contribueront à la gestion de la tordeuse des bourgeons de l'épinette.

Il existe peu d'options pour contrôler les éclosions de tordeuses des bourgeons de l'épinette. Les chercheurs de RNCan ont examiné les gènes en cause dans le phénomène d'hivernation dans un effort pour perturber ce processus. Ces gènes sont responsables de la création des protéines qui protègent la tordeuse contre le gel et qui sont donc essentielles à sa survie pendant la saison froide.

Les chercheurs de RNCan utilisent aussi la génomique pour développer des outils qui permettraient de combattre efficacement l'agrile du frêne, un insecte-perceur importé d'Asie qui crée de graves dommages économiques et écologiques aux espèces indigènes de frênes du Canada. Pour mieux comprendre cette menace et l'atténuer, les scientifiques ont examiné la réaction moléculaire à l'alimentation des larves afin de développer un test diagnostique permettant de détecter les infestations. Les enzymes digestives de l'agrile du frêne ont aussi été étudiées afin de comprendre comment cet insecte nuisible exploite les frênes.

Les forêts de l'avenir bénéficieront de la présence dans les peuplements d'arbres résistants aux parasites et aux agents pathogènes, surtout en cette ère de changements climatiques et d'intensification du commerce mondial. Les recherches menées par les scientifiques de RNCan se concentrent donc sur l'identification et la compréhension des gènes des champignons responsables des infections des arbres, et des gènes des arbres qui leur permettent de résister aux attaques fongiques. Les travaux se sont concentrés sur deux maladies fongiques, la rouille vésiculeuse et la rouille des feuilles du peuplier. Des tests génomiques visant à établir la résistance à la rouille vésiculeuse du pin blanc sont prêts à être transférés aux programmes de sélection génétique. En 2014-2015, on s'est lancé dans des travaux visant à développer un outil génomique qui permettrait de différencier les champignons vivants des champignons morts et les agents pathogènes similaires à des champignons préoccupants sur le plan phytosanitaire. Ce même outil permettra de mesurer l'efficacité des traitements appliqués sur le bois au moyen desquels il est possible de garantir à nos partenaires commerciaux que le bois canadien est exempt de tout parasite ou agent pathogène.

La prévention demeure la meilleure stratégie pour maintenir nos forêts en santé. Moins de 10 % des quelques 1,5 million d'espèces de champignons qui, selon les estimations, existent dans le monde ont été décrits et par conséquent, la possibilité que des agents pathogènes émergents non encore identifiés se retrouvent au Canada et s'y établissent est énorme. La recherche sur les agents pathogènes appuyée par les fonds de l'IRDG est complémentaire à deux projets financés par Génome Canada, en l'occurrence le programme TA IGA et le programme Protection des forêts canadiennes contre les espèces étrangères envahissantes grâce à la biosurveillance de la nouvelle génération. Misant sur les succès des recherches effectuées précédemment, le projet développe des outils qui peuvent être utilisés 1) pour attester que les matériaux produits au moyen de plantes et d'arbres sont exempts d'agents pathogènes non désirés; et 2) pour surveiller les espèces envahissantes qu'on est susceptible de trouver au Canada. Le projet a aussi pour but de développer et valider des tests plus précis de détection des agents pathogènes les plus indésirables. Ces tests sont actuellement transférés à des utilisateurs finaux pour application. Les ressources en génomique développées grâce à ce projet peuvent être appliquées à d'autres parasites et agents pathogènes.

Amélioration des méthodes de réhabilitation des terrains après l'exploitation des sables bitumineux

Un nouveau projet lancé en 2014-2015 se penche sur la dynamique de l'établissement des peuplements d'arbres et de plantes sur les sites où ont été extraits des sables bitumineux. Des méthodes génomiques ont été utilisées pour comparer les stocks de microbes des arbres présents dans des sites perturbés, dans des sites réhabilités et dans des sites naturels. Ces recherches visent à récolter les données de base nécessaires à de futurs travaux qui permettront d'évaluer les trajectoires nécessaires au succès de la réhabilitation des terrains.

Analyse économique de la R-D en génomique des forêts

Même si les recherches en génomique des forêts remontent à de nombreuses années, l'analyse des facteurs économiques et des retombées de cette recherche ne fait que commencer. Des économistes de RNCan ont étudié les projets actuels de l'IRDG sur le plan économique. Le manque de données a cependant empêché les économistes d'effectuer une analyse économique quantitative. Cependant, des applications éventuelles et des possibilités de commercialisation ont été examinées.

Utilisation des connaissances et des conseils en génomique aux fins de la gestion des pêches et des océans

Dans le cadre de la phase VI de l'IRDG, dix projets de recherche sont en cours au MPO. Ces projets visent à développer des tests expérimentaux d'ADNe qui permettront de détecter et éventuellement de surveiller la distribution des organismes colonisateurs préoccupants comme la moule zébrée, la Dolly Varden, le saumon kéta et le saumon rose; d'augmenter la capacité de production de données sur le génome complet du pétoncle géant et du crabe vert pour pouvoir répondre directement aux besoins de gestion et de conservation; de trouver un test unique et accessible qui offrira une solution rapide et rentable à la nécessité d'identifier les espèces de saumons, de collecter de l'information sur l'exploitation de certains stocks et de recenser les différents stocks; de développer de nouveaux outils de marquage moléculaire des stocks de narvals et d'évaluation de leur population pour une attribution nationale et internationale efficace des récoltes; de confirmer la structure de la population des principaux stocks de capelans afin d'améliorer la gestion des stocks et de déterminer les variantes entre les espèces attribuables à des effets générationnels; de définir les mécanismes d'adaptation qui structurent et maintiennent la diversité génétique du tambour rouge au Canada atlantique tout en comblant les lacunes dans les connaissances sur la structure de la population de tambour rouge; de « marquer » (génotyper) génétiquement les reproducteurs d'écloseries comme nouveau moyen de surveiller les habitudes migratoires et le retour des saumons quinnats; de quantifier les effets génétiques des saumons de l'Atlantique d'élevage qui s'échappent sur les populations de saumons sauvages et la fréquence des croisements en milieu sauvage entre les deux espèces; d'analyser le niveau d'introgression et le nombre de saumons quinnats s'aventurant dans les habitats sauvages environnants depuis les installations d'amélioration du saumon quinnat; et afin de produire un outil de prévision au moyen d'une « puce adaptée » (« FIT-CHIP ») capable d'évaluer une multitude de facteurs de stress externe et d'états préexistants et leurs principales retombées physiologiques sur les stocks de saumons.

On trouvera dans les paragraphes qui suivent dessous quelques exemples de résultats et de conclusions des projets de recherche en génomique du MPO qui ont été obtenus au cours de phases précédentes de l'IRDG.

Méthode génomique de mesure de la structure de la population de morue et relations avec l'efficacité des aires marines protégées

La population de morue de la baie Gilbert, protégée par la création d'une zone de protection marine, possède une variation génétique excessivement élevée (un indicateur bien connu de santé de la population) par rapport aux poissons provenant du large du Labrador et de la plateforme de Terre-Neuve. Les résultats de recherches télémétriques ont révélé que les morues de la baie Gilbert migrent à l'extérieur de la zone de protection marine et se mélangent aux autres morues de l'Atlantique. Cependant, l'étendue de ces croisements entre les morues de la baie Gilbert et les autres est inconnue. Un relevé spatial s'appuyant sur une méthode génomique a été effectué afin de quantifier la diversité parmi ces populations. L'identification de la morue de la baie Gilbert afin de la distinguer des autres morues de l'Atlantique qui font l'objet d'une pêche commerciale a démontré l'utilité des outils génomiques dans la conservation et la gestion des ressources. En prévoyant le comportement (on croit que les morues de la baie Gilbert reviennent à un lieu précis de la baie afin d'hiverner) des individus présentant des similarités génétiques, puis en testant ces prévisions au moyen d'appareils de télémétrie acoustique, on a accru la valeur des conseils de gestion fondés sur les travaux menés au moyen d'outils génétiques et télémétriques.

Délimitation des stocks de sébaste atlantique dans l'Atlantique Nord-Ouest

Fondamentalement, le sébaste atlantique (Sebastes mentella) est présent dans tout l'Atlantique Nord. Par conséquent, la gestion durable de cette ressource exige une bonne compréhension de la structure de la population non seulement dans les eaux canadiennes, mais aussi ailleurs dans l'Atlantique Nord. S'appuyant sur la génétique et sur une analyse des otolites archivés de sébastes pris dans l'Atlantique NordOuest, ce projet décrit la structure génétique des stocks de sébastes présents dans l'ensemble des zones gérées par l'Organisation des pêches de l'Atlantique Nord- Ouest (OPANO ) et par la Commission des pêches de l'Atlantique Nord-Est (CPANE ), ce qui permet une identification poussée des espèces et des populations. Ces recherches ont contribué à déterminer la connectivité entre les stocks de sébastes du Canada provenant de la mer du Labrador et des Grands Bancs de Terre-Neuve et les stocks de la mer Irminger et de l'Ouest du Groenland et avec les sébastes venant du détroit de Davis et du cap Flemish. Une description précise des stocks qui se trouvent dans les eaux de pêches permettra une exploitation durable de l'une des espèces de fond dont la pêche est parmi les plus lucratives au Canada atlantique.

Étude génomique du rôle du virus responsable de la nécrose hématopoïétique infectieuse dans les populations de saumons rouges

Le saumon rouge est probablement l'un des salmonidés du Pacifique les plus prisés et constitue une des variétés de saumon rouge les plus célèbres. Il fraye dans le fleuve Fraser dont le courant est parfois remonté par quelque 30 millions de poissons. Toutefois, ce flux est en déclin depuis les années 1990 et la maladie a été désignée comme un des facteurs qui pourraient expliquer cette diminution. Parmi les nombreux agents pathogènes connus qui s'attaquent au saumon rouge, le virus responsable de la nécrose hématopoïétique infectieuse (vNHI), une maladie contagieuse mortelle, mais des questions fondamentales demeurent quant à l'origine, au mode de transmission et aux effets du vNHI d'une espèce de salmonidés à l'autre et d'un stock à l'autre. Dans une tentative visant à répondre à ces questions, des chercheurs ont développé un nouvel outil ultrasensible de diagnostic du vNHI qui permet de détecter la présence du vNHI dans les saumons rouges qui ont été exposés au virus. Ces relevés ont conduit à la découverte qu'un faible pourcentage de poissons exposés au vNHI montraient des signes de présence du virus malgré l'absence de maladie. On a découvert que ces infections persistantes au virus étaient liées au profil unique de leur cerveau, ce qui supposait une réponse immunitaire adaptative continue de ces poissons. La capacité du vNHI de résider dans des hôtes n'affichant aucun symptôme de la maladie soutient l'hypothèse de l'existence de porteurs du virus infectieux qui, si elle est prouvée, pourrait avoir des conséquences importantes sur la persistance et la propagation du vNHI chez des hôtes éventuels, ce qui serait susceptible de causer des effets délétères sur les populations de saumons rouges. L'acquisition d'une meilleure compréhension de l'action du virus et des réactions que celui-ci cause chez le saumon rouge hôte permettra d'adopter des méthodes de gestion complètes et de protéger les générations futures de saumons rouges.

Génomique des poissons de l'Arctique en tant que « sentinelles » de l'intégrité de l'écosystème et de son évolution

De nombreuses espèces de poissons nordiques, particulièrement l'omble de l'Arctique et le ménomini, alimentent les pêches en eaux douces et côtières des populations d'Autochtones de l'Ouest de l'Arctique. D'autres espèces de poissons apportent aussi une contribution valable à la chaîne alimentaire et alimentent d'autres grands animaux, notamment les phoques et les bélugas. Ces espèces de poissons sont adaptées à l'environnement de l'Arctique et sont vulnérables aux facteurs de stress découlant de l'activité humaine, notamment les changements climatiques. Malheureusement, les changements climatiques augmentent par ailleurs le risque de colonisation des habitats de l'Arctique par des espèces subarctiques. Ces espèces colonisatrices ont un effet sur les espèces résidentes à cause de l'hybridation, de la concurrence directe et de la prédation, et de l'introduction de maladies ou de parasites. L'accent mis sur la génomique dans le cadre de ce projet consistait à établir le profil d'espèces clés de surveillance de la colonisation comme l'omble à tête plate (espèce sentinelle de la vallée du Mackenzie), le saumon quinnat (sentinelle de la colonisation des rivières côtières de l'Arctique canadien) et la morue du Pacifique (en tant que sentinelle de changement dans l'écosystème de la mer de Beaufort). Le profilage de la variété génétique de ces colonisateurs potentiels a fourni la base de leur constitution génétique. Placée dans le contexte de la diversité des espèces arctiques, l'hybridation éventuelle avec des espèces résidentes a pu être établie. Le projet s'est aussi penché sur les attentes en ce qui concerne les populations sources potentielles et les conséquences de leur colonisation de cette zone.

Recherches sur la sélection liée au climat et stock à constitution génétique mixte du saumon atlantique de l'Atlantique Nord-Ouest

Il est de plus en plus reconnu que la mortalité pendant l'étape marine de la vie du saumon atlantique est une des principales causes de la raréfaction de cette espèce. Parmi les causes de cette mortalité, mentionnons les variations climatiques ainsi que l'exploitation attribuable à la pêche de subsistance. En fait, la majorité des populations de saumons de l'Atlantique Nord-Ouest sont actuellement fragilisées ou menacées d'extinction et les estimations des effets des changements climatiques et de la pêche de subsistance sont au coeur des stratégies de reconstitution des stocks. En identifiant les gènes associés aux changements climatiques et à l'adaptation génétique du saumon atlantique, ces travaux ont mené à la découverte du rôle global des changements climatiques dans le déclin des populations de saumons atlantiques, de l'importance de la sélection génétique et du potentiel d'adaptation des saumons aux retombées des changements climatiques sur leur santé (résistance à la chaleur, plus particulièrement). Ce projet a également contribué à la quantification de l'exploitation de certaines populations précises liée à la pêche de subsistance en Atlantique Nord-Ouest. La combinaison de marqueurs moléculaires et de méthodes statistiques précises a créé une possibilité unique d'analyser la composition des prises, les mouvements des populations de poissons et le taux de mortalité du saumon atlantique dans les eaux canadiennes.

Outils et technologies fondés sur la génomique pour la prise de décisions environnementales responsables

En 2014-2015, EC a développé des outils et élaboré des méthodes fondées sur la génomique en appui à la prévention de la pollution, à l'application de la réglementation, à la gestion de la faune et à l'évaluation des risques posés par des substances potentiellement toxiques. Ces activités ont été menées en créant une capacité de génomique environnementale fondée sur les quatre secteurs de recherche prioritaires décrits ci-dessous.

Écotoxicologie

Des efforts ont été déployés pour améliorer l'efficience et l'exactitude des modèles capables de prédire les effets de l'exposition à des produits chimiques en en venant à une compréhension supérieure des mécanismes moléculaires sous-jacents aux effets toxicologiques des produits chimiques sur la faune et la vie aquatique. Des outils et des méthodes issus de la génomique ont été développés pour étudier les effets des produits chimiques existants et en émergence (mode de transport, devenir environnemental, effets et risques connexes) sur la biologie et la physiologie des organismes ainsi que sur la biodiversité et les fonctions des écosystèmes. Les recherches connexes se sont plus particulièrement concentrées sur l'évaluation des effets de l'exposition aux produits chimiques préoccupants (notamment les hydrocarbures aromatiques polycycliques et les produits ignifuges organiques) chez les espèces aviaires, mammifères et aquatiques. La compréhension améliorée du mode d'action moléculaire des produits chimiques accroît considérablement la précision des modèles qui contribuent à des évaluations de risque améliorées.

Surveillance environnementale

Environnement Canada a continué de se concentrer sur ses activités de R-D visant à mieux comprendre et surveiller les écosystèmes aquatiques et terrestres. Ainsi, les recherches se sont concentrées sur une amélioration de la compréhension des effets des métaux (y compris les chromates et le cuivre) sur les espèces de poissons qui vivent dans les eaux réceptrices en aval des activités d'exploitation minière et des installations de fusion. Dans les Grands Lacs, on a recours à l'attribution de code-barres selon l'ADN pour surveiller la composition des milieux algaux et bactériens et détecter les éclosions nuisibles, tandis qu'on évalue la capacité éventuelle de la métagénomique de contribuer à l'analyse et à l'amélioration des programmes de surveillance de la qualité des eaux en facilitant la diffusion des résultats des activités de traçage des sources microbiennes aux fins de l'intensification des efforts de remédiation. Les applications qui découleront de ces travaux augmenteront notre compréhension des effets cumulatifs sur l'environnement de multiples facteurs de stress interagissant les uns avec les autres au fil du temps et des risques connexes.

Conservation de la faune

Des techniques de génomique ont été développées pour mieux comprendre les espèces sauvages et la manière dont elles réagissent aux changements que créent dans leur habitat certaines perturbations, y compris les changements climatiques et la mise en valeur des ressources naturelles. Par exemple, des scientifiques d'EC utilisent la génomique pour étudier la structure génétique contemporaine des populations d'ours polaires afin de soutenir la gestion de ces populations et d'identifier celles qui possèdent des variantes génétiques leur procurant une capacité d'adaptation unique. Les variations génétiques des populations ont aussi été examinées au moyen d'outils génomiques afin de définir les unités de population des oiseaux de mer prioritaires, y compris les fous de Bassan et les espèces de petits pingouins du Canada atlantique, où des projets de mise en valeur des ressources naturelles sont en cours. Ces efforts appuieront la gestion des espèces sauvages et augmenteront notre compréhension de la manière dont les populations s'adaptent aux changements dans leur environnement.

Conformité et application

Les scientifiques d'Environnement Canada ont développé plusieurs méthodes et outils novateurs pour assurer le respect et l'application des règlements régissant la conservation et la protection de l'environnement contre la pollution et d'autres menaces. Les activités de R-D se sont concentrées sur l'opérationnalisation d'évaluations biologiques fondées sur l'ADN afin de s'assurer que la qualité des données et les contrôles sont conformes aux programmes de surveillance réglementaires. Le séquençage de l'ADN de certaines espèces emblématiques du Canada, notamment l'ours polaire et l'orignal, a aussi été entrepris cette année afin d'appuyer la gestion et la protection des populations d'animaux sauvages. Ces efforts faciliteront l'obtention de résultats des recherches plus précis et plus fiables qui seront utilisés pour protéger l'environnement et la faune du Canada contre la pollution et les autres menaces.

Utilisation de la génomique pour la salubrité des aliments, la santé animale et la protection des plantes

Caractérisation d'agents pathogènes d'origine alimentaire par la création de bases de données en génomique

Ce projet vise à développer des bases de données en génomique sur les agents pathogènes connus, ce qui permettra à l'ACIA de se doter d'un système hautement réactif d'inspection des aliments axé sur les risques. Dans le cadre de ce projet, les scientifiques de l'ACIA travaillent à la création d'une base de données sur les agents pathogènes d'origine alimentaire et à la création de nouveaux outils dotés d'une capacité accrue de détection des microbes menaçants dans les approvisionnements alimentaires. Au cours de la première année de ce projet de caractérisation des agents pathogènes d'origine alimentaire, le génome de plus de 700 souches de Salmonella, Listeria et Escherichia coli, ainsi que celui de 210 espèces additionnelles de bactéries liées à des maladies d'origine alimentaire ont été entièrement séquencés et ajoutés à la base de données génomiques de réglementation.

Amélioration des outils diagnostiques en santé animale

La création d'une bibliothèque de données de référence liée à la génétique des agents pathogènes viraux comme les virus bovins permettra de développer de nouveaux outils diagnostiques qui seront utilisés pour la détection et l'identification rapides des virus animaux hautement prioritaires. Par exemple, les données génétiques du virus bovin Mycobacterium bovis ont été isolées dans les réservoirs canadiens de bétail et d'animaux sauvages, et elles sont actuellement utilisées pour créer un outil de diagnostic s'appuyant sur les protéines qui pourra être utilisé sur les espèces sauvages et domestiques à des fins de caractérisation et d'identification. Par ailleurs, ce projet de recherche a coïncidé avec l'éclosion récente de grippe aviaire dans la Vallée du Fraser en Colombie-Britannique, où l'ACIA a utilisé les données génétiques nouvellement acquises pour confirmer la présence des virus aviaires H5N1 et H5N2 hautement pathogènes sur des fermes non commerciales. L'IRDG a soutenu ces recherches menées dans les laboratoires du Centre national des maladies animales exotiques, recherches qui ont joué un rôle dans la compréhension rapide de cette éclosion en développement.

Détection et identification des plantes envahissantes, des phytoravageurs et des plantes présentant des caractéristiques nouvelles

L'ACIA développe actuellement une capacité d'attribution de code-barres selon l'ADN et de séquençage de la nouvelle génération afin d'exercer des responsabilités accrues en ce qui concerne la réglementation relative à la détection et à l'identification des plantes envahissantes, des phytoravageurs, des agents pathogènes et des plantes présentant des caractéristiques génétiques nouvelles. Comme prévu, les chercheurs ont acquis le matériel et les réactifs nécessaires, et des échantillons et des outils de bio-informatique appropriés sont actuellement utilisés pour créer des mécanismes de stockage des données de séquençage. Par exemple, dans le domaine de la détection et de l'identification des phytovirus, les chercheurs utilisent le séquençage de nouvelle génération afin de développer pour le Programme de mise en quarantaine des pommes de terre après l'entrée au Canada (PPEQ) une procédure rentable et rapide de détection, d'identification et de caractérisation des phytovirus. En propageant des virus et viroïdes des pommes de terre dans des microplants de pommes de terre et en extrayant l'ADN des échantillons contenant le virus, une bibliothèque complémentaire d'ADN a été construite. Cette bibliothèque servira à développer un protocole de séquençage de la nouvelle génération standard dans des conditions optimales, protocole qui sera ensuite utilisé aux fins du programme de protection des plantes de l'ACIA.

Développement d'outils en génomique et en bio-informatique

La liste dressée par l'ACIA des organismes nuisibles réglementés comprend plusieurs virus ARN responsables de l'infection de plantes et d'animaux. Plusieurs virus animaux zoonotiques posent aussi un risque pour la santé humaine. Cette recherche se concentre sur l'utilisation de nouvelles technologies génomiques de séquençage de l'ARN pour permettre la détection, l'identification et la caractérisation des virus à ARN que l'on trouve dans différents milieux comme les tissus végétaux et animaux et dans toute une gamme d'aliments. Ce projet facilite les efforts conjoints des scientifiques des trois secteurs d'activité de l'ACIA qui s'efforcent collectivement de développer, d'améliorer, d'adapter et d'harmoniser les méthodes de séquençage du génome de la nouvelle génération et des pipelines pour l'identification et la caractérisation de virus ARN connus ou inconnus pour l'ACIA. Ces outils génomiques seront intégrés à l'arsenal de diagnostics de l'Agence.

Des développements récemment survenus dans le domaine de la génomique ont conduit à une application plus répandue de ces technologies aux activités scientifiques de réglementation de l'ACIA. Un certain nombre de méthodes et d'applications ont été développées parallèlement aux activités des secteurs des aliments, des plantes et des animaux. Ce projet a pour mission d'harmoniser les activités en génomique, y compris celles visant le développement de méthodes, l'analyse bio-informatique des données génomiques et l'offre d'une formation sur l'utilisation des outils bio-informatiques. À l'heure actuelle, un certain nombre de groupes de chercheurs dans le secteur des plantes et des aliments ont développé des collaborations avec AAC afin de répondre aux besoins de soutien en bio-informatique. Ce projet compte sur les collaborations existantes tout en améliorant l'accès dont jouit l'Agence à ces outils. L'utilisation de plateformes communes pour les travaux de génomique et de bio-informatique évitera le dédoublement inutile des efforts et assurera que les ressources qui étaient consacrées à ces redondances sont réattribuées afin d'accroître la capacité d'intégration des technologies de génomique émergentes dans les activités obligatoires de l'ACIA.

Annexe 4 - Outils et processus de recherche produits grâce à l'IRDG

Outils de recherche

  • Pipeline SNVPhyl utilisé en épidémiologie génomique et pour la réglementation, la recherche, la santé publique et les recherches sur les éclosions (SAE)
  • Pipeline Neptune pour l'identification et le diagnostic des signatures cibles (SAE)
  • Prototype de serveur Web pour le typage in silico de Salmonella (SAE)
  • Protocoles pour l'extraction d'acides nucléiques à partir de vertébrés et d'invertébrés marins (EEQ)
  • Protocoles pour l'extraction d'acides nucléiques à partir d'échantillons de terrain et d'échantillons en vrac (EEQ)
  • Nouvel ensemble d'amorces de PCR dégénérée en vue d'amplifier et de séquencer certaines régions de l'ADN des vers plats parasitaires (digéniens et cestodes) (EEQ)
  • Nouveau test PCR pour détecter le gène cpn60 des Phytoplasma spp. (EEQ)
  • Nouvel ensemble d'amorces pour les code-barres de plusieurs familles végétales (EEQ)
  • Portail Web du Système canadien d'information sur la biodiversité (EEQ)
  • SeqDB : base de données des projets de l'IRDG (EEQ)
  • Candidats gènes et marqueurs diagnostiques de la rouille brune (Lr16), de la rouille noire (SrCad) et de la cécidomyie (sm1) (AAC)
  • Candidats gènes R potentiels issus des trois génomes (A, B et D) du blé hexaploïde (AAC)
  • Données sur la séquence génétique des isolats de Puccinia striiformis (AAC)
  • SeqDB mobile : Outil pour la mise en service polyvalente et automatisée d'applications de bases de données développées à l'interne (SeqDB) (AAC)
  • Galaxy mobile : Outil pour la mise en service polyvalente et automatisée du système d'analyse de données et d'organisation du travail Galaxy (AAC)
  • IPT mobile du GBIF : Outil pour la mise en service polyvalente et automatisée de la plateforme IPT (AAC)
  • Données sur de longues séquences PacBio pour compléter les données de séquençage Illumina (AAC)
  • Lignées de Camelina sativa développées au moyen de profils altérés de protéines de semences (AAC)
  • Lignées de Brassica napus (canola) développées au moyen des techniques modifiées d'ADN recombinant (AAC)
  • Plusieurs vecteurs de transformation de plantes avec des nouvelles composantes d'expression génétique et de sélection (AAC)
  • Séquences génomiques de deux souches canadiennes de Fusarium avenaceum déposées dans la banque de gènes du National Center for Biotechnology Information de la base de données sur le séquençage aléatoire global (Whole Genome Shotgun) (AAC)
  • Soumission d'ensembles de données d'expression génétique dans la base de données Gene Expression Omnibus (GEO) du NCBI pour le mésorhizobium de l'Arctique (AAC)
  • Soumission d'ensembles de données d'expression génétique à la base de données NCBI Gene Expression Omnibus (GEO) du NCBI pour des lignées de blé sensibles et résistantes à la rouille de l'épi causée par le Fusarium (AAC)
  • Collection de lignées d'Arabidopsis transgénique permettant d'isoler des noyaux de cellules de tissu racinaire (AAC)
  • Pipeline automatisé de conception d'oligonucléotides (AAC)
  • Pipeline « Oligo Fishing » (OFP bêta) et script de validation (AAC)
  • R pour écologie microbienne fondée sur le séquençage d'amplicons (RAM) (AAC)
  • Séquence du génome de Camelina sativa (AAC)
  • Procédure optimisée de purification d'ADN de qualité supérieure de Mycobacterium bovis (ACIA)
  • Outils utilisant le langage de programmation Python et le langage de calcul statistique R pour la conception de batteries et de tâches d'analyse (ACIA)
  • Pipeline d'assemblage SPAdes de novo qui assemble et procède à la caractérisation préliminaire du génome de champignons à partir de fichiers de format FASTQ générés par Ion Torrent PGM (ACIA)
  • Technologie de séquençage de la nouvelle génération optimisée pour la détection et l'identification de semences d'espèces mélangées (ACIA)
  • Protocoles pour l'extraction des acides nucléiques de nématodes individuels (ACIA)
  • Protocoles d'extraction d'ADN pour les échantillons archivés du saumon de l'Atlantique (Salmo salar) (MPO)
  • Marqueurs d'ADN pour le génotypage du saumon sauvage et d'élevage de l'Atlantique (Salmo salar) (MPO)
  • Séquençage du génome mitochondrial complet de chacune des cinq populations canadiennes de bélugas (Delphinapterus leucas) (MPO)
  • Base de données sur les types de régions hautement polymorphes du virus de l'anémie infectieuse du saumon provenant de diverses souches de saumon de l'Atlantique (Salmo salar) (MPO)
  • Méthode de surveillance à haut débit de 45 micro-organismes pertinents pour les pêches, l'aquaculture et les installations de mise en valeur du saumon (MPO)
  • Protocole optimisé d'extraction d'ADN à molécules lourdes extrait d'échantillon de tissu pour des analyses de génotypage par séquençage (MPO)
  • Séquences de 22 paires d'amorces pour l'amplification de locus microsatellites tétramères chez les narvals (MPO)
  • Ensemble de données de microsatellites pour les saumons quinnats sauvages et d'élevage (MPO)
  • Génotypage du microsatellite parental complet des géniteurs d'écloseries des parents de saumons quinnats nés dans la rivière Puntledge en 2014 (MPO)
  • Essai d'immunoabsorption enzymatique (ÉLISA) des infections rénales bactériennes (MPO)
  • Groupes d'amorces d'amplicons (cible de 445 amplicons contenant 650 polymorphismes mononucléotidiques) pour le saumon quinnat (MPO)
  • Tests de DNAe et de qPCR pour détecter la présence de la moule zébrée, de la Dolly Varden, du saumon kéta et du saumon rose (MPO)
  • Marqueurs d'ADN pour le génotypage (résolution améliorée d'une variation allélique dans 6 locus microsatellites) (MPO)
  • Entrepôt de données sur les génotypes de capelan (MPO)
  • Micro-épreuve de SNP pour détecter la présence de SNP transcriptomiques et génomiques chez les ours polaires et les ours bruns (EC)
  • Bibliothèque de séquençage des RAD pour les espèces de petits pingouins (EC)
  • Mini-réacteur annulaire rotatif pour exposition et croissance contrôlées des communautés microbiennes à des fins d'essais écotoxicologiques (EC)
  • Séquence du gène P53 du cormoran à aigrettes (EC)
  • Procédures de PCRq pour détecter et quantifier l'ADN des espèces canines, des humains, des ruminants et des goélands dans des échantillons d'eau à des fins de suivi des sources microbiennes (EC)
  • Outils génomiques et protéomiques pour les organismes de réglementation dans le but d'identifier des biomarqueurs d'une voie de réaction immunitaire liés à l'immunosuppression chimique ou à des allergies (SC)
  • Test pour les organismes de réglementation afin de trier les additifs chimiques alimentaires et les contaminants en fonction de leur aptitude à activer le système immunitaire et à accroître le risque d'allergies alimentaires (SC)
  • Méthode de tri utilisée par les organismes de réglementation pour détecter et définir les changements au miARN dans les tissus exposés aux toxines fongiques et aux produits chimiques anthropiques (SC)
  • Voie d'aboutissement de résultats indésirables cartographiant les voies de toxicité de la fibrose pulmonaire induite par des nanomatériaux afin de soutenir les évaluations de risque pour la santé humaine (SC)
  • Outils d'analyse des données et des algorithmes de bio-informatique pour les organismes de réglementation afin qu'ils puissent trier les nanomatériaux présentant un potentiel d'induire des maladies pulmonaires (SC)
  • Logiciel d'analyse du matériel génétique (SC)
  • Modèles et tests sur les animaux pour l'évaluation des effets indésirables découlant de l'exposition au virus respiratoire syncytial à des fins d'évaluation du risque pour la santé humaine (SC)
  • Pipeline bio-informatique pour l'application du séquençage de la nouvelle génération à l'analyse de données génomiques complexes et volumineuses sur les changements survenus dans les tissus exposés aux toxines afin d'évaluer les risques sur la santé humaine (SC)
  • Biomarqueur perfectionné pour faire la distinction entre les produits chimiques génotoxiques (qui endommagent l'ADN) et non génotoxiques pour intégration sur de multiples plateformes et lignées cellulaires pour évaluation des risques pour la santé humaine (SC)
  • Visionneuse de données BMDExpress : Outil de toxicogénomique qui fonctionne au moyen d'un logiciel à code source libre (http://sourceforge.net/projects/bmdexpress/) et sert à visualiser le changement de réaction selon les doses sur les tissus afin de procéder à l'évaluation du risque pour la santé humaine de certains produits chimiques (SC)
  • Outils logiciels améliorés (CNRC)
  • Fureteur spécialisé en orthologie végétale : http://nrcmonsrv01.nrc.ca/pob/ (CNRC)
  • Analyse orthologique et ordre des gènes : scripts et programmes autonomes (CNRC)
  • Collecte de cultures fongiques (RNCan)
  • Pipeline de bio-informatique pour les flux de travail de développement des tests en utilisant des séquences génomiques (RNCan)
  • SISTR amélioré : (http://lfz.corefacility.ca/sistr-app) une ressource en bio-informatique pour le sous-typage multiple et rapide de Salmonella (ASPC)
  • Panseq amélioré : (http://lfz.corefacility.ca/panseq) pour des analyses pangénomiques de séquences génomiques fermées ou préliminaires (ASPC)
  • SuperPhy amélioré : (http://lfz.corefacility.ca/) pour des recherches épidémiologiques et comparatives par des utilisateurs ayant ou non une formation en bio-informatique (ASPC)
  • Outil fondé sur une variante de mononucléotide amélioré pour le sous-typage de S. Enteritidis (ASPC)
  • Plateforme d'essais de résistance aux médicaments du VIH fondée sur MiSeq développée aux fins de l'application du programme de surveillance de l'OPS (ASPC)
  • HyDRA, serveur Web de traitement des données sur le VIH DR (ASPC)
  • Serveur EpiQuant développé pour comparer la force des relations épidémiologiques et génétiques entre isolats bactériens (ASPC

Méthodes de recherche

  • Procédure opérationnelle normalisée pour le séquençage (code-barres) de l'ADN des plantes au moyen d'une des quatre zones génétiques (EEQ)
  • Outil de travail génomique Galaxy adapté pour utilisation dans le cadre du projet de création d'une grappe de calcul de haute performance (EEQ)
  • Procédure opérationnelle normalisée pour l'extraction de l'ADN des plantes herbacées (EEQ)
  • Pipeline de bio-informatique pour l'identification efficace des associations avec des gènes de référence applicables à toute espèce cultivée et base de données sur les analogues de gènes résistants du blé (RGA) accessible au public (AAC)
  • Approche fondée sur la bio-informatique pour procéder au séquençage de sites DNase hypersensibles en utilisant des quantités limitées de chromatine de l'ordre du nanogramme (AAC)
  • Infrastructure OpenStack (AAC)
  • Logiciel de grille de données (iRODS) (AAC)
  • Système intégré de gestion de données axée sur les règles (iRODS) (AAC)
  • Identification de RGA in silico et analyse comparative du génome (AAC)
  • Méthodes de séquençage de la nouvelle génération (AAC)
  • Silençage de l'expression génétique des plantes : méthodes et protocoles (AAC)
  • Analyse de la séquence à haut débit (AAC)
  • Système d'essai fonctionnel à haut débit (AAC)
  • Systèmes de modulation de la fréquence des recombinaisons méiotiques (AAC)
  • Génotypage d'isolats de M. bovis au moyen du séquençage du génome complet (ACIA)
  • Découverte à haut débit de nouveaux antigènes diagnostiques pour M. bovis et B. abortus (ACIA)
  • Procédure opérationnelle normalisée pour l'utilisation de la technologie de séquençage de la nouvelle génération pour la détection et l'identification des espèces de semences contaminantes (ACIA)
  • Procédure opérationnelle normalisée pour la création de séquences du génome complet d'isolats du virus de l'influenza A directement à partir d'échantillons sur applicateur (ACIA)
  • Procédures opérationnelles normalisées pour la création de séquences COX-1 et ITS à partir de cécidomyies Culicoides (ACIA)
  • Protocoles d'optimisation du génotypage du capelan à l'aide de marqueurs d'ADN microsatellites et d'un séquenceur d'Applied Biosystems (MPO)
  • Protocoles de multiplexage pour les essais de DNAe et de PCRq (MPO)
  • Génotypage parental complet des géniteurs d'écloseries (MPO)
  • SNP diagnostique des maladies liées au chromosome Y chez les ours polaires et les ours bruns (EC)
  • Structure génétique de la population des espèces de petits pingouins (EC)
  • Application du séquençage de la nouvelle génération dans une communauté microbienne pour la découverte des indicateurs de résultats écotoxicologiques (EC)
  • Méthode pour l'évaluation de l'ADN dans les tissus du foie et des poumons du cormoran à aigrettes (EC)
  • Méthode d'amplification des marqueurs microsatellites chez les espèces sauvages, y compris l'orignal et les ours polaires (EC)
  • Protocoles d'essai et modèle animal pour l'analyse de la réponse immunitaire et des réactions secondaires découlant de l'exposition au virus syncytial respiratoire (SC)
  • Méthode normalisée d'analyse de la composition du microbiome (SC)
  • Méthodes de découverte des SNP (CNRC)
  • Méthode parallèle fondée sur les bases appariées (« ;mate pair ») et méthodes communes (CNRC)
  • Pipeline d'analyse des données qui intègre les méthodes de cartographie des locus à caractères quantitatifs et des locus à caractère d'expression quantitative (CNRC)
  • Trois pipelines de traitement des séquences d'ARN (CNRC)
  • Silençage génétique induit par virus pour le blé (CNRC)
  • Six PON pour le maintien de lignées cellulaires d'insectes (RNCan)
  • Amélioration des annotations et de l'assemblage des séquences génomiques complètes (ASPC)
  • Nouvelle plateforme d'essais de résistance aux médicaments du VIH (ASPC)
  • Protocole des essais de résistance aux médicaments du VIH fondé sur le MiSeq Illumina et bibliothèque de séquençage connexe afin de permettre l'intégration à un programme de surveillance (ASPC)
  • Détection des neurotoxines Botulinum par un essai de spectrométrie de masse à endopeptidase-MALDI-TOF transférée aux laboratoires fédéraux canadiens pour validation (ASPC)

Appendice B - Initiative de recherche et développement en génomique : Aperçu du cadre de mesure du rendement

Une stratégie horizontale de mesure du rendement a été développée pour la phase VI de l'IRDG. Ce document couvre les exercices 2014-2015 à 2018-2019 et officialise les rôles et les responsabilités des huit ministères et organismes qui participent à l'Initiative afin de favoriser des activités efficaces de surveillance et d'évaluation.

Le modèle logique présenté à la figure 1 illustre les objectifs globaux de l'IRDG :

Dans le cadre de l'IRDG, huit ministères et organismes fédéraux à vocation scientifique collaborent à des travaux de recherche en génomique qui sont susceptibles d'avoir d'importantes retombées dans le règlement de questions biologiques importantes pour les Canadiens en se concentrant sur le rôle novateur et réglementaire que doit jouer la recherche menée au sein de l'administration fédérale en vertu de ses mandats opérationnels dans des domaines importants comme la préservation de la santé, la salubrité des aliments, la saine gestion des ressources naturelles, le développement durable et la compétitivité du secteur agricole, et la protection de l'environnement.

Un certain nombre d'activités sont menées en vue d'atteindre ces objectifs. Elles se concentrent sur la R-D; sur les activités de coordination et de gestion de la recherche et de diffusion d'information à ce sujet; sur la collaboration entre les parties intéressées afin que tous aient accès à une infrastructure de recherche et à des réseaux d'envergure mondiale; et sur la diffusion et le transfert des résultats de la recherche et la transformation du savoir en applications commerciales et d'intérêt public.

Ces activités produiront des résultats dont des méthodes de gestion rigoureuses, des données et des publications scientifiques, des outils et des résultats de recherche et une main-d'oeuvre hautement qualifiée. Dans l'immédiat, ces résultats se traduiront par la mise en place de mécanismes structurés de collaboration entre les ministères et organismes participants; par un leadership scientifique plus dynamique pour appuyer les mandats et priorités de l'administration fédérale; par la mise en place des connaissances, des outils et des conseils nécessaires à la prise des décisions en matière de réglementation et de politique publique; ainsi que par le développement d'outils et de méthodes novateurs.

Parmi les résultats intermédiaires attendus, mentionnons le positionnement des ministères et organismes à vocation scientifique fédéraux comme des chefs de file de la recherche en génomique; l'utilisation des résultats de la recherche par les décideurs politiques au sein de l'administration et des organismes de réglementation afin de mettre en place une réglementation, des politiques publiques et des mécanismes de prise de décisions éclairés et fondés sur des faits; et l'utilisation des résultats de recherche par les parties intéressées pour soutenir l'innovation au Canada. Au bout du compte, l'IRDG sera un facteur contribuant à la mise au point de solutions à des questions importantes pour le Canada et à l'obtention des résultats recherchés par le gouvernement du Canada : des Canadiens en santé, une forte croissance économique, une économie novatrice axée sur le savoir et un environnement propre et sain.

L'IRDG comprend trois volets importants

Gouvernance interministérielle : S'il est vrai qu'une saine gestion est un aspect important de tout programme public, elle est particulièrement importante dans le cas de l'IRDG en raison du nombre de ministères et d'organismes participants et de la diversité de leurs mandats respectifs. Il importe donc que des pratiques soient mises en place pour appuyer une coordination efficace entre les activités individuelles des différents ministères et les activités interministérielles, et que ces pratiques créent un cadre solide de nature à préciser les attentes et à favoriser les méthodes stratégiques. Il est primordial que les priorités ministérielles et partagées soient bien définies de telle sorte que les projets soient sélectionnés d'une manière conforme aux priorités d'ensemble du gouvernement en matière de recherche en génomique. La phase V de l'IRDG a démontré la viabilité d'une démarche véritablement interministérielle et la capacité des ministères et organismes participant à l'IRDG de travailler ensemble, de créer des synergies et d'ajouter de la valeur aux ressources ministérielles existantes. La phase VI mise sur ce modèle éprouvé.

Recherche et développement : Les activités de recherche et le développement sont au coeur de cette initiative qui permettra de poursuivre les priorités gouvernementales, d'appuyer l'exécution des mandats gouvernementaux, d'éclairer les décisions en matière de politiques publiques et de réglementation, et de favoriser l'innovation. Toutes les activités entourant l'exécution concrète de la R-D (activités de gestion et de communication de l'information; établissement d'une main-d'oeuvre hautement qualifiée pour exercer un leadership scientifique en appui aux mandats et aux priorités du gouvernement; collaboration pour accéder aux infrastructures et au savoir-faire de calibre mondial dans le secteur de la recherche et diffusion; et transfert des résultats de la recherche) sont cruciales pour progresser dans la poursuite des résultats attendus.

Connaissance et réseaux : Pour optimiser la valeur de l'IRDG et transférer cette valeur aux utilisateurs sous la forme d'applications commerciales ou d'intérêt public à mesure que l'initiative arrivera à maturité, des activités de transformation du savoir et de mobilisation sont nécessaires. Il faudra notamment développer des réseaux scientifiques et des produits de communication, mettre en place des activités de mobilisation des utilisateurs finaux, intégrer des politiques scientifiques, diffuser des conseils en matière de science, transférer des protocoles, procéder à des essais sur le terrain, mener des activités de rayonnement, etc. Toutes ces activités feront en sorte que la recherche demeurera pertinente dans la résolution de problèmes précis en maximisant les possibilités de mieux comprendre les besoins des utilisateurs finaux ciblés et de leur communiquer activement les résultats de l'IRDG.

Le tableau 1 décrit les indicateurs de rendement, les sources, et les responsables mentionnés dans le modèle logique (figure 1) qui devront être mentionnés dans les rapports, que ce soit le rapport annuel de rendement ou le rapport d'évaluation, selon le cas. Les évaluations ne tenteront pas de mesurer la contribution de l'IRDG aux résultats obtenus par l'administration fédérale, car l'attribution de ces résultats serait difficile. L'évaluation se concentrera plutôt sur l'atteinte des résultats immédiats et intermédiaires et précisera s'il est raisonnable de s'attendre à ce que les résultats obtenus contribuent à l'obtention par le gouvernement du Canada de ses propres résultats.

Comme il s'agit d'une initiative horizontale englobant plusieurs ministères et organismes, certaines données descriptives sont aussi incluses dans le cadre lié aux projets, au soutien financier et aux parties intéressées et aux utilisateurs finaux. Ce choix vise à appuyer l'organisation d'activités de collecte et de diffusion de l'information uniformes à propos de l'IRDG au sein des différents ministères et organismes à titre individuel, et ces données ne figurent pas au nombre des indicateurs de rendement.

Figure 1 : Modèle logique de la phase VI de l'Initiative interministérielle de R-D en génomique

Figure 1. Long description follows.
Description détaillée de la Figure 1 : Modèle logique de la phase VI de l'Initiative interministérielle de R-D en génomique

Dans le cadre de l'IRDG, huit ministères et organismes fédéraux à vocation scientifique collaborent à des recherches en génomique susceptibles de répondre à des enjeux biologiques importants les Canadiens. Ils se concentrent sur le rôle novateur et réglementaire que doit jouer la recherche du gouvernement fédéral et sur ses mandats opérationnels dans des domaines importants comme la préservation de la santé, la salubrité des aliments, la saine gestion des ressources naturelles, le développement durable et la compétitivité du secteur agricole, et la protection de l'environnement.

Dans le cadre de l'Initiative de recherche et développement en génomique (IRDG), huit ministères et organismes fédéraux à vocation scientifique unissent leurs forces dans le domaine de la recherche en génomique pour résoudre des enjeux biologiques d'importance pour les Canadiens. À cette fin, une attention particulière est accordée au rôle novateur et réglementaire que doit jouer la recherche du gouvernement fédéral ainsi qu'aux mandats opérationnels dans des domaines importants comme la préservation de la santé, la salubrité des aliments, la saine gestion des ressources naturelles, le développement durable et la compétitivité du secteur agricole, et la protection de l'environnement.

Le gouvernement du Canada accorde à l'IRDG un financement ciblé de 19 900 000 $ par an. Ce financement a commencé en 2014 et doit se terminer en 2019, ce qui équivaut à un montant total de 99 500 000 $ sur cinq ans. Les ministères et organismes participent également en puisant dans leurs propres crédits existants (salaires, infrastructure et budgets de fonctionnement) et au moyen des ressources obtenues auprès de leurs collaborateurs.

Grâce à ces intrants, les participants à l'IRDG peuvent mener un certain nombre d'activités de recherche et développement (R-D), coordonner des activités de production de rapports et de gestion, collaborer avec des parties prenantes pour accéder à une infrastructure et à des réseaux de recherche de calibre mondial, diffuser les résultats de la recherche, et transformer le savoir en applications commerciales ou d'intérêt public.

Ces intrants et ces activités produisent plusieurs extrants : gouvernance interministérielle (méthodes de gestion coordonnées pour la sélection et la gestion des projets, réunions de planification et rapports sur les ateliers, chartes de projets et plans, rapports annuels sur le rendement); recherche-développement (données scientifiques, conseils, publications, outils de recherche et processus connexes); et connaissances et réseaux pour transformer et mobiliser le savoir (produits de communication, réseaux scientifiques, activités d'engagement des utilisateurs finaux).

Ces extrants aboutissent à des résultats immédiats. À titre d'exemple, le volet gouvernance interministérielle mène à une collaboration structurée entre les ministères et les organismes participants. Les volets recherche-développement et connaissances et réseaux mènent à l'amélioration du leadership scientifique et des résultats de recherche mis à la disposition des décideurs politiques du gouvernement et des organismes de réglementation dans le but d'appuyer l'exécution des mandats et des priorités du gouvernement, notamment l'innovation au Canada.

Ces résultats immédiats à leur tour débouchent sur divers résultats intermédiaires. Par exemple, les ministères et organismes fédéraux à vocation scientifique sont reconnus comme des chefs de file dans la recherche en génomique. Par ailleurs, les résultats de la recherche servent à étayer la réglementation et les politiques ainsi que les décisions sur la gestion des ressources du gouvernement. En outre, les résultats de la recherche sont utilisés par les parties prenantes pour soutenir l'innovation au Canada.

Enfin, les résultats immédiats et intermédiaires de l'IRDG contribuent à l'atteinte des résultats souhaités par le gouvernement du Canada, à savoir : des Canadiens en santé, une forte croissance économique, une économie novatrice axée sur le savoir et un environnement propre et sain.

Données sur le projet présentées par tous les ministères et organismes participants vers le début de chaque phase (renseignements descriptifs par ministère et organisme)

  • Titres et descriptions analytiques de projets (principaux objectifs et secteurs d'impact)

Données financières déclarées annuellement par tous les ministères et organismes participants (renseignements descriptifs)

  • Montants internes venant du budget des services votés
  • Autres crédits venant des collaborateurs (autres ministères, universités, organisations internationales, secteur privé, etc.)
  • Contributions en nature des collaborateurs

Utilisateurs finaux déterminés par tous les ministères et organismes participant à l'étape de planification du projet (renseignements descriptifs)

  • Liste des intervenants et utilisateurs finaux disponibles pour chaque projet de recherche (y compris leurs coordonnées)

Extrants

Zone Indicateur Méthodologie/source Fréquence Cible Tableau Annexe B note 1 Date pour atteindre la cible Responsable

Gouvernance interministérielle

Méthodes de gestion coordonnées

% des processus, modèles et lignes directrices des projets prioritaires partagés par les ministères approuvés par le CCSMA

Processus (par exemple, processus décisionnels collectifs sur les priorités et les projets) et documents (par exemple, modèles de charte de projet et annexes) approuvés par le CCSMA. Source : Procès-verbaux des réunions

Une fois par phase

100%

Mars 2016

Secrétariat du CNRC et ministères et organismes

% des ministères et organismes partageant de l'information sur les méthodes de gestion pour les projets de recherche obligatoires

Processus ministériels en place et partagés dans le document des pratiques exemplaires de l'IRDG

Une fois par phase

100%

Septembre 2014

Ministères et organismes

% des rapports annuels de rendement de l'IRDG terminés et rendus publics

Rapport annuel de rendement de l'IRDG approuvé par le CCSMA et publié en ligne

Annuelle

100%

Septembre de l'exercice suivant

Secrétariat du CNRC

% des rapports de rendement des projets terminés à des fins de gestion interne

Rapports de rendement des projets produits conformément aux exigences du ministère ou de l'organisme

Annuelle

100%

Septembre de l'exercice suivant

Ministères et organismes

Recherche et développement

Contributions scientifiques

Nombre de contributions scientifiques clés par catégorie témoignant du leadership

Déclaration annuelle dans des rapports de projets (par exemple, publications dans des revues à comité de lecture, des comptes rendus de conférences à comité de lecture, des chapitres d'ouvrages, des allocutions sollicitées, etc.)

Annuelle

Dans la fourchette prévue de la phase V (1 472, moyenne de 490/année) Tableau Annexe B note 1

D'ici la fin de la phase

Ministères et organismes

Nombre d'autres contributions scientifiques par catégorie

Déclaration annuelle dans des rapports de projets (par exemple, rapports techniques, présentations d'affiches, dépôts dans des bases de données liées à la génomique ou dans des bibliothèques, etc.)

Annuelle

Dans la fourchette prévue de la phase V (1 445, moyenne de 482/année) Tableau Annexe B note 1

D'ici la fin de la phase

Ministères et organismes

Nombre d'outils de recherche produits

Nombre de méthodes de recherche produites

Déclaration des outils et des processus produits dans des rapports de projets

Annuelle

fourchette prévue de la phase V (283, moyenne de 94/année) Tableau Annexe B note 1

D'ici la fin de la phase

Ministères et organismes

Connaissance et réseaux

Initiatives de transformation du savoir et de mobilisation

Nombre de contributions à des réseaux scientifiques par catégorie

Déclaration annuelle dans des rapports de projets (par exemple, participation à des réunions liées à la réglementation ou aux politiques publiques, participation à des comités de recherche nationaux ou internationaux, etc.)

Annuelle

Dans la fourchette prévue de la phase V (252, moyenne de 84/année) Tableau Annexe B note 1

D'ici la fin de la phase

Ministères et organismes

Nombre de collaborations de recherche par catégorie d'organisations

Déclaration annuelle dans les rapports de projets (par exemple, universités [canadiennes et étrangères], autres organisations de recherche, secteur privé, etc.)

Annuelle

Dans la fourchette prévue de la phase V (1 101, moyenne de 367/année) Tableau Annexe B note 1

D'ici la fin de la phase

Ministères et organismes

Nombre de produits de communication par catégorie

Déclaration annuelle dans les rapports de projets (par exemple, entrevues avec les médias, communiqués de presse, articles de journaux et de revues, brochures, pages Web, etc.)

Annuelle

Dans la fourchette prévue de la phase V (241, moyenne de 80/année) Tableau Annexe B note 1

D'ici la fin de la phase

Ministères et organismes

Nombre de projets qui incluaient des activités de mobilisation des utilisateurs finaux

Déclaration annuelle dans des rapports de projets

Annuelle

100%

D'ici la fin de la phase

Ministères et organismes

Résultats immédiats

Zone Indicateur Méthodologie/source Fréquence Cible Tableau Appendice B note 1 Date pour atteindre la cible Responsable

Collaboration structurée entre les ministères et organismes participants

% des projets prioritaires partagés de l'IRDG gérés au moyen des structures de gouvernance interministérielles

Réunions des équipes de gestion de projets et du CCSMA, décisions consignées dans le procèsverbal des réunions

Une fois par phase

100%

D'ici la fin de la phase

Secrétariatdu CNRC

Ministères et organismes

% des ressources attribuées aux collaborations interministérielles

Allocations de financement approuvées par le CCSMA et transférées par le CNRC aux ministères et organismes participants conformément aux chartes de projets officielles

Annuelle

20%

D'ici la fin de la phase

Secrétariat du CNRC

Nombre de ministères participants aux projets prioritaires partagés

Réunions de planification des projets prioritaires partagés, chartes de projets

Une fois par phase

Au moins trois par projet

D'ici la fin de la phase

Ministères et organismes

Augmentation du leadership scientifique à l'appui des mandats et priorités du gouvernement

Nombre de chercheurs et de techniciens

Déclaration annuelle dans les rapports de projets (par exemple, scientifiques chercheurs et professionnels, boursiers postdoctoraux, étudiants, etc.)

Annuelle

Dans la fourchette prévue de la phase V (2 410, moyenne de 803/année) Tableau Annexe B note 1

D'ici la fin de la phase

Ministères et organismes

Les résultats des recherches sont mis à la disposition des décideurs politiques de l'administration fédérale et des organismes de réglementation à l'appui des mandats et priorités du gouvernement

% de projets comportant des activités de rayonnement afin de communiquer les résultats obtenus aux utilisateurs finaux identifiés

Déclaration annuelle dans les rapports de projets (par exemple, consultations des utilisateurs finaux, ateliers, transfert des méthodes et protocoles, conseils scientifiques, etc.)

Annuelle

100%

D'ici la fin de la phase

Ministères et organismes

Les résultats de la recherche sont mis à la disposition des parties intéressées afin d'appuyer l'innovation au Canada

Nombre d'activités de transfert par catégorie

Déclaration annuelle dans les rapports de projets (par exemple, accords de collaboration, ateliers, accords de transfert de matériel, procédures opérationnelles normalisées, divulgations, brevets, etc.)

Annuelle

Dans la fourchette prévue de la phase V (398, moyenne de 133/année) Tableau Annexe B note 1

D'ici la fin de la phase

Ministères et organismes

Résultats intermédiaires

Zone Indicateur Méthodologie/source Fréquence Cible Tableau Annexe B note 1 Date pour atteindre la cible Responsable

Les ministères et organismes à vocation scientifique fédéraux sont positionnés comme des chefs de file de la recherche en génomique

Production scientifique et impact des travaux sur la génomique

Évaluation

Tous les 5 ans

Similaire ou supérieure aux autres chercheurs en génomique au Canada

D'ici la fin de la phase

Évaluateurs

Les résultats des recherches sont utilisés pour étayer les décisions du gouvernement en matière de réglementation et de politiques publiques et ses décisions sur la gestion des ressources

Analyse de cas où les décisions en matière d'évaluation du risque, de réglementation, de politiques publiques et de gestion des ressources ont été étayées par des recherches menées dans le cadre de l'IRDG (aux paliers fédéral, provincial et municipal)

Évaluation

Tous les 5 ans

Similaire ou supérieure aux autres chercheurs en génomique au Canada

D'ici la fin de la phase

Évaluateurs

Les résultats de la recherche sont utilisés par les parties intéressées pour appuyer l'innovation au Canada

Analyse de cas d'exemples où des outils et processus novateurs ont été adoptés au Canada grâce à la recherche menée par l'IRDG (nombre de personnes interrogées qui ont utilisé les résultats des recherches de l'IRDG)

Évaluation

Tous les 5 ans

Similaire ou supérieure aux autres chercheurs en génomique au Canada

D'ici la fin de la phase

Évaluateurs

Notes de tableau

Tableau 1 note 1

Les cibles quantitatives ont été fixées en fonction des rapports annuels sur le rendement de la phase V de l'IRDG entre 2011 et 2014.

Retour à la référence de la note de bas de appendice b note de tableau 1

Date de modification :